src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     public boolean paintFlag = false;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  44       {\r
  45           String string = String.valueOf(i);\r
  46           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  47 \r
  48           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  49                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  50 \r
  51       }\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
  57 {\r
  58     if (horizontal == 0 && vertical == 0)\r
  59       return;\r
  60 \r
  61     if (img == null || paintFlag)\r
  62     {\r
  63       repaint();\r
  64       return;\r
  65     }\r
  66 \r
  67     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
  68                 -vertical * av.charHeight);\r
  69 \r
  70     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
  71         transX = 0, transY = 0;\r
  72     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
  73     {\r
  74       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
  75       sr = er - horizontal;\r
  76     }\r
  77     else if (horizontal < 0)\r
  78       er = sr - horizontal;\r
  79 \r
  80     else if (vertical > 0) // scroll down\r
  81     {\r
  82       transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  83       ss = es - vertical;\r
  84     }\r
  85     else if (vertical < 0)\r
  86       es = ss - vertical;\r
  87 \r
  88     gg.translate(transX, transY);\r
  89 \r
  90     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
  91 \r
  92     gg.translate( -transX, -transY);\r
  93     getGraphics().drawImage(img, 0, 0, this);\r
  94 \r
  95 }\r
  96 \r
  97 /**\r
  98  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  99  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 100  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 101  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 102  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 103  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 104  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 105  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 106  */\r
 107 \r
 108   public void paintComponent(Graphics g)\r
 109   {\r
 110     // this draws the whole of the alignment\r
 111       imgWidth  = getWidth();\r
 112       imgHeight = getHeight();\r
 113 \r
 114       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 115       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 116 \r
 117       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 118       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 119       gg.setFont(av.getFont());\r
 120       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 121       paintFlag = false;\r
 122 \r
 123       gg.setColor(Color.white);\r
 124       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 125 \r
 126     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
 127     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 128 \r
 129     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 130     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 131 \r
 132 \r
 133     if (av.getWrapAlignment())\r
 134       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 135     else\r
 136       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 137 \r
 138     g.setColor(Color.white);\r
 139     g.fillRect(0,0,getWidth(),getHeight());\r
 140     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 141 \r
 142   }\r
 143 \r
 144   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 145   {\r
 146       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 147 \r
 148       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 149       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 150 \r
 151       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 152       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 153 \r
 154       while (ypos <= canvasHeight)\r
 155       {\r
 156         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 157         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 158 \r
 159         ypos += cHeight;\r
 160         startRes += cWidth;\r
 161         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 162 \r
 163         if (endx > da.getWidth())\r
 164           endx = da.getWidth();\r
 165       }\r
 166 \r
 167   }\r
 168 \r
 169 \r
 170   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 171 \r
 172 \r
 173    Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 174     g.setFont(av.getFont());\r
 175     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 176 \r
 177     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 178     Vector tmpseq = new Vector();\r
 179     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 180         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 181             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 182 \r
 183     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 184         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 185 \r
 186     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 187         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 188                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 189                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 190 \r
 191 */\r
 192 \r
 193    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 194     {\r
 195        fillBackground(g,\r
 196                    Color.red,\r
 197                    (x1-startx)*charWidth,\r
 198                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 199                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 200                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 201     }*/\r
 202 \r
 203     SequenceI nextSeq;\r
 204 \r
 205     /// First draw the sequences\r
 206     /////////////////////////////\r
 207     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 208     {\r
 209      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 210 \r
 211      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 212                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 213                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 214                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 215 \r
 216      if(av.showSequenceFeatures)\r
 217      {\r
 218        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 219                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 220                        offset +\r
 221                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 222                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 223      }\r
 224     }\r
 225     //\r
 226     /////////////////////////////////////\r
 227 \r
 228     // Now outline any areas if necessary\r
 229     /////////////////////////////////////\r
 230     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 231     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 232 \r
 233     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 234     int groupIndex = -1;\r
 235     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 236     {\r
 237       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 238       groupIndex = 0;\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (group != null)\r
 242       do\r
 243       {\r
 244         int oldY = -1;\r
 245         int i = 0;\r
 246         boolean inGroup = false;\r
 247         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 248         {\r
 249           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 250           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 251           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 252 \r
 253           if (group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i))\r
 254               && sx < getWidth()\r
 255               && ex > 0)\r
 256           {\r
 257             if (!inGroup)\r
 258             {\r
 259               oldY = sy;\r
 260               inGroup = true;\r
 261               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 262               {\r
 263             //    g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,2f,2f}, 0f ));\r
 264                 g.setColor(Color.RED);\r
 265               }\r
 266               else\r
 267               {\r
 268                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 269                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 270               }\r
 271             }\r
 272           }\r
 273           else\r
 274           {\r
 275             if (inGroup)\r
 276             {\r
 277               g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 278               inGroup = false;\r
 279             }\r
 280           }\r
 281         }\r
 282         if (inGroup)\r
 283         {\r
 284           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 285           g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 286           inGroup = false;\r
 287         }\r
 288 \r
 289         groupIndex++;\r
 290         if (groupIndex >= groups.size())\r
 291           break;\r
 292 \r
 293         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 294 \r
 295       }\r
 296       while (groupIndex < groups.size());\r
 297 \r
 298 \r
 299     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 300     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 301     if(displaySearch)\r
 302     {\r
 303       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 304       {\r
 305         int searchSeq = searchResults[r];\r
 306         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 307         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 308 \r
 309         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 310         {\r
 311           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 312           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 313                                   searchStart,\r
 314                                   searchEnd,\r
 315                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 316                                   offset +\r
 317                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 318               av.charHeight),\r
 319                                   av.charWidth,\r
 320                                   av.charHeight);\r
 321         }\r
 322       }\r
 323     }\r
 324 \r
 325   }\r
 326 \r
 327 \r
 328   public int getChunkWidth() {\r
 329     return chunkWidth;\r
 330   }\r
 331 \r
 332   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 333   {\r
 334     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 335     if(results==null)\r
 336       displaySearch = false;\r
 337     else\r
 338       displaySearch = true;\r
 339 \r
 340     searchResults = results;\r
 341 \r
 342     paintFlag = true;\r
 343     repaint();\r
 344   }\r
 345 \r
 346 \r
 347 }\r