src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.AlphaComposite;
  34 import java.awt.BasicStroke;
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Graphics2D;
  40 import java.awt.RenderingHints;
  41 import java.awt.Shape;
  42 import java.awt.image.BufferedImage;
  43 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  44 import java.util.Iterator;
  45
  46 import javax.swing.JComponent;
  47
  48 /**
  49  * DOCUMENT ME!
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  55 {
  56   private static String ZEROS = "0000000000";
  57
  58   final FeatureRenderer fr;
  59
  60   final SequenceRenderer seqRdr;
  61
  62   BufferedImage img;
  63
  64   Graphics2D gg;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean fastPaint = false;
  69
  70   int labelWidthWest;
  71
  72   int labelWidthEast;
  73
  74   int cursorX = 0;
  75
  76   int cursorY = 0;
  77
  78   int charHeight = 0;
  79
  80   int charWidth = 0;
  81
  82   boolean fastpainting = false;
  83
  84   AnnotationPanel annotations;
  85
  86   /**
  87    * Creates a new SeqCanvas object.
  88    *
  89    * @param av
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    */
  92   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  93   {
  94     this.av = ap.av;
  95     updateViewport();
  96     fr = new FeatureRenderer(ap);
  97     seqRdr = new SequenceRenderer(av);
  98     setLayout(new BorderLayout());
  99     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 100     setBackground(Color.white);
 101
 102     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 103   }
 104
 105   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 106   {
 107     return seqRdr;
 108   }
 109
 110   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 111   {
 112     return fr;
 113   }
 114
 115   private void updateViewport()
 116   {
 117     charHeight = av.getCharHeight();
 118     charWidth = av.getCharWidth();
 119   }
 120
 121   /**
 122    * DOCUMENT ME!
 123    *
 124    * @param g
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    * @param startx
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    * @param endx
 129    *          DOCUMENT ME!
 130    * @param ypos
 131    *          DOCUMENT ME!
 132    */
 133   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 134   {
 135     updateViewport();
 136     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 137             endx))
 138     {
 139       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 140       if (mpos < 0)
 141       {
 142         continue;
 143       }
 144       String mstring = mark.text;
 145
 146       if (mark.major)
 147       {
 148         if (mstring != null)
 149         {
 150           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 151         }
 152         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 153                 (ypos + 2) - (charHeight / 2),
 154                 (mpos * charWidth) + (charWidth / 2), ypos - 2);
 155       }
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @param g
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    * @param startx
 165    *          DOCUMENT ME!
 166    * @param endx
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    * @param ypos
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    */
 171   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 172   {
 173     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 174     ypos += charHeight;
 175
 176     if (av.hasHiddenColumns())
 177     {
 178       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 179               .adjustForHiddenColumns(startx);
 180       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 181               .adjustForHiddenColumns(endx);
 182     }
 183
 184     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 185     if (av.hasHiddenColumns())
 186     {
 187       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 188               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 189     }
 190
 191     // WEST SCALE
 192     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 193     {
 194       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 195       int index = startx;
 196       int value = -1;
 197
 198       while (index < endx)
 199       {
 200         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 201         {
 202           index++;
 203
 204           continue;
 205         }
 206
 207         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 208
 209         break;
 210       }
 211
 212       if (value != -1)
 213       {
 214         int x = labelWidthWest - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 215                 - charWidth / 2;
 216         g.drawString(value + "", x,
 217                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 218       }
 219     }
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param g
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    * @param startx
 228    *          DOCUMENT ME!
 229    * @param endx
 230    *          DOCUMENT ME!
 231    * @param ypos
 232    *          DOCUMENT ME!
 233    */
 234   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 235   {
 236     ypos += charHeight;
 237
 238     if (av.hasHiddenColumns())
 239     {
 240       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 241               .adjustForHiddenColumns(endx);
 242     }
 243
 244     SequenceI seq;
 245     // EAST SCALE
 246     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 247     {
 248       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 249       int index = endx;
 250       int value = -1;
 251
 252       while (index > startx)
 253       {
 254         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 255         {
 256           index--;
 257
 258           continue;
 259         }
 260
 261         value = seq.findPosition(index);
 262
 263         break;
 264       }
 265
 266       if (value != -1)
 267       {
 268         g.drawString(String.valueOf(value), 0,
 269                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 270       }
 271     }
 272   }
 273
 274
 275   /**
 276    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 277    * slider adjustment
 278    *
 279    * @param horizontal
 280    *          shift along
 281    * @param vertical
 282    *          shift up or down in repaint
 283    */
 284   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 285   {
 286     if (fastpainting || gg == null || img == null)
 287     {
 288       return;
 289     }
 290     fastpainting = true;
 291     fastPaint = true;
 292     updateViewport();
 293
 294     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 295     int startRes = ranges.getStartRes();
 296     int endRes = ranges.getEndRes();
 297     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 298     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 299     int transX = 0;
 300     int transY = 0;
 301
 302     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
 303             img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
 304             -vertical * charHeight);
 305
 306     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 307     {
 308       transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
 309       startRes = endRes - horizontal;
 310     }
 311     else if (horizontal < 0)
 312     {
 313       endRes = startRes - horizontal;
 314     }
 315     else if (vertical > 0) // scroll down
 316     {
 317       startSeq = endSeq - vertical;
 318
 319       if (startSeq < ranges.getStartSeq())
 320       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 321         startSeq = ranges.getStartSeq();
 322       }
 323       else
 324       {
 325         transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
 326       }
 327     }
 328     else if (vertical < 0)
 329     {
 330       endSeq = startSeq - vertical;
 331
 332       if (endSeq > ranges.getEndSeq())
 333       {
 334         endSeq = ranges.getEndSeq();
 335       }
 336     }
 337
 338     gg.translate(transX, transY);
 339     drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 340     gg.translate(-transX, -transY);
 341
 342     repaint();
 343     fastpainting = false;
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void paintComponent(Graphics g)
 348   {
 349     super.paintComponent(g);
 350
 351     updateViewport();
 352
 353     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 354
 355     int width = getWidth();
 356     int height = getHeight();
 357
 358     width -= (width % charWidth);
 359     height -= (height % charHeight);
 360
 361     // selectImage is the selection group outline image
 362     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(
 363             ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 364             ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
 365
 366     if ((img != null) && (fastPaint
 367             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 368             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
 369     {
 370       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 371       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 372       fastPaint = false;
 373     }
 374     else if ((width > 0) && (height > 0))
 375     {
 376       // img is a cached version of the last view we drew, if any
 377       // if we have no img or the size has changed, make a new one
 378       if (img == null || width != img.getWidth()
 379               || height != img.getHeight())
 380       {
 381         img = setupImage();
 382         if (img == null)
 383         {
 384           return;
 385         }
 386         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 387         gg.setFont(av.getFont());
 388       }
 389
 390       if (av.antiAlias)
 391       {
 392         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 393                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 394       }
 395
 396       gg.setColor(Color.white);
 397       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
 398
 399       if (av.getWrapAlignment())
 400       {
 401         drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 402       }
 403       else
 404       {
 405         drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 406                 ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 407       }
 408
 409       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
 410       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 411       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 412     }
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Draw an alignment panel for printing
 417    *
 418    * @param g1
 419    *          Graphics object to draw with
 420    * @param startRes
 421    *          start residue of print area
 422    * @param endRes
 423    *          end residue of print area
 424    * @param startSeq
 425    *          start sequence of print area
 426    * @param endSeq
 427    *          end sequence of print area
 428    */
 429   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 430           int startSeq, int endSeq)
 431   {
 432     drawPanel(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 433
 434     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(startRes, endRes,
 435             startSeq, endSeq);
 436     if (selectImage != null)
 437     {
 438       ((Graphics2D) g1).setComposite(AlphaComposite
 439               .getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 440       g1.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 441     }
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Draw a wrapped alignment panel for printing
 446    *
 447    * @param g
 448    *          Graphics object to draw with
 449    * @param canvasWidth
 450    *          width of drawing area
 451    * @param canvasHeight
 452    *          height of drawing area
 453    * @param startRes
 454    *          start residue of print area
 455    */
 456   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
 457           int canvasHeight, int startRes)
 458   {
 459     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 460
 461     drawWrappedPanel(g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
 462
 463     if (group != null)
 464     {
 465       BufferedImage selectImage = null;
 466       try
 467       {
 468         selectImage = new BufferedImage(canvasWidth, canvasHeight,
 469                 BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 470       } catch (OutOfMemoryError er)
 471       {
 472         System.gc();
 473         System.err.println("Print image OutOfMemory Error.\n" + er);
 474         new OOMWarning("Creating wrapped alignment image for printing", er);
 475       }
 476       if (selectImage != null)
 477       {
 478         Graphics2D g2 = selectImage.createGraphics();
 479         setupSelectionGroup(g2, selectImage);
 480         drawWrappedSelection(g2, group, canvasWidth, canvasHeight,
 481                 startRes);
 482
 483         g2.setComposite(
 484                 AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 485         g.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 486         g2.dispose();
 487       }
 488     }
 489   }
 490
 491   /*
 492    * Make a local image by combining the cached image img
 493    * with any selection
 494    */
 495   private BufferedImage buildLocalImage(BufferedImage selectImage)
 496   {
 497     // clone the cached image
 498     BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
 499             img.getType());
 500     Graphics2D g2d = lcimg.createGraphics();
 501     g2d.drawImage(img, 0, 0, null);
 502
 503     // overlay selection group on lcimg
 504     if (selectImage != null)
 505     {
 506       g2d.setComposite(
 507               AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 508       g2d.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 509     }
 510     g2d.dispose();
 511
 512     return lcimg;
 513   }
 514
 515   /*
 516    * Set up a buffered image of the correct height and size for the sequence canvas
 517    */
 518   private BufferedImage setupImage()
 519   {
 520     BufferedImage lcimg = null;
 521
 522     int width = getWidth();
 523     int height = getHeight();
 524
 525     width -= (width % charWidth);
 526     height -= (height % charHeight);
 527
 528     if ((width < 1) || (height < 1))
 529     {
 530       return null;
 531     }
 532
 533     try
 534     {
 535       lcimg = new BufferedImage(width, height,
 536               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 537     } catch (OutOfMemoryError er)
 538     {
 539       System.gc();
 540       System.err.println(
 541               "Group image OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 542       new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 543
 544       return null;
 545     }
 546
 547     return lcimg;
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Returns the visible width of the canvas in residues, after allowing for
 552    * East or West scales (if shown)
 553    *
 554    * @param canvasWidth
 555    *          the width in pixels (possibly including scales)
 556    *
 557    * @return
 558    */
 559   public int getWrappedCanvasWidth(int canvasWidth)
 560   {
 561     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 562
 563     labelWidthEast = 0;
 564     labelWidthWest = 0;
 565
 566     if (av.getScaleRightWrapped())
 567     {
 568       labelWidthEast = getLabelWidth(fm);
 569     }
 570
 571     if (av.getScaleLeftWrapped())
 572     {
 573       labelWidthWest = labelWidthEast > 0 ? labelWidthEast
 574               : getLabelWidth(fm);
 575     }
 576
 577     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Returns a pixel width suitable for showing the largest sequence coordinate
 582    * (end position) in the alignment. Returns 2 plus the number of decimal
 583    * digits to be shown (3 for 1-10, 4 for 11-99 etc).
 584    *
 585    * @param fm
 586    * @return
 587    */
 588   protected int getLabelWidth(FontMetrics fm)
 589   {
 590     /*
 591      * find the biggest sequence end position we need to show
 592      * (note this is not necessarily the sequence length)
 593      */
 594     int maxWidth = 0;
 595     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 596     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 597     {
 598       maxWidth = Math.max(maxWidth, alignment.getSequenceAt(i).getEnd());
 599     }
 600
 601     int length = 2;
 602     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 603     {
 604       length++;
 605     }
 606
 607     return fm.stringWidth(ZEROS.substring(0, length));
 608   }
 609
 610   /**
 611    * DOCUMENT ME!
 612    *
 613    * @param g
 614    *          DOCUMENT ME!
 615    * @param canvasWidth
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    * @param canvasHeight
 618    *          DOCUMENT ME!
 619    * @param startRes
 620    *          DOCUMENT ME!
 621    */
 622   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 623           int canvasHeight, int startRes)
 624   {
 625     updateViewport();
 626     AlignmentI al = av.getAlignment();
 627
 628     int labelWidth = 0;
 629     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
 630     {
 631       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 632       labelWidth = getLabelWidth(fm);
 633     }
 634
 635     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
 636     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
 637
 638     int hgap = charHeight;
 639     if (av.getScaleAboveWrapped())
 640     {
 641       hgap += charHeight;
 642     }
 643
 644     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 645     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 646
 647     av.setWrappedWidth(cWidth);
 648
 649     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 650
 651     int endx;
 652     int ypos = hgap;
 653     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 654
 655     if (av.hasHiddenColumns())
 656     {
 657       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 658               .findColumnPosition(maxwidth);
 659     }
 660
 661     int annotationHeight = getAnnotationHeight();
 662
 663     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 664     {
 665       endx = startRes + cWidth - 1;
 666
 667       if (endx > maxwidth)
 668       {
 669         endx = maxwidth;
 670       }
 671
 672       g.setFont(av.getFont());
 673       g.setColor(Color.black);
 674
 675       if (av.getScaleLeftWrapped())
 676       {
 677         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 678       }
 679
 680       if (av.getScaleRightWrapped())
 681       {
 682         g.translate(canvasWidth - labelWidthEast, 0);
 683         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 684         g.translate(-(canvasWidth - labelWidthEast), 0);
 685       }
 686
 687       g.translate(labelWidthWest, 0);
 688
 689       if (av.getScaleAboveWrapped())
 690       {
 691         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 692       }
 693
 694       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 695       {
 696         g.setColor(Color.blue);
 697         int res;
 698         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 699
 700         Iterator<Integer> it = hidden.getBoundedStartIterator(startRes,
 701                 endx + 1, true);
 702         while (it.hasNext())
 703         {
 704           res = it.next() - startRes;
 705           gg.fillPolygon(
 706                   new int[]
 707           { res * charWidth - charHeight / 4,
 708               res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 709                   new int[]
 710           { ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2),
 711               ypos - (charHeight / 2) + 8 }, 3);
 712         }
 713       }
 714
 715       // When printing we have an extra clipped region,
 716       // the Printable page which we need to account for here
 717       Shape clip = g.getClip();
 718
 719       if (clip == null)
 720       {
 721         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 722       }
 723       else
 724       {
 725         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 726                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 727       }
 728
 729       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 730
 731       if (av.isShowAnnotation())
 732       {
 733         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 734         if (annotations == null)
 735         {
 736           annotations = new AnnotationPanel(av);
 737         }
 738
 739         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1, startRes,
 740                 endx + 1);
 741         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 742       }
 743       g.setClip(clip);
 744       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 745
 746       ypos += cHeight + annotationHeight + hgap;
 747
 748       startRes += cWidth;
 749     }
 750   }
 751
 752   /*
 753    * Draw a selection group over a wrapped alignment
 754    */
 755   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
 756           int canvasWidth,
 757           int canvasHeight, int startRes)
 758   {
 759     // height gap above each panel
 760     int hgap = charHeight;
 761     if (av.getScaleAboveWrapped())
 762     {
 763       hgap += charHeight;
 764     }
 765
 766     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
 767             / charWidth;
 768     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 769
 770     int startx = startRes;
 771     int endx;
 772     int ypos = hgap; // vertical offset
 773     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 774
 775     if (av.hasHiddenColumns())
 776     {
 777       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 778               .findColumnPosition(maxwidth);
 779     }
 780
 781     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
 782     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
 783     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
 784     {
 785       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
 786       endx = startx + cWidth - 1;
 787
 788       if (endx > maxwidth)
 789       {
 790         endx = maxwidth;
 791       }
 792
 793       g.translate(labelWidthWest, 0);
 794
 795       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
 796               av.getAlignment().getHeight() - 1,
 797               ypos);
 798
 799       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 800
 801       // update vertical offset
 802       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 803
 804       // update horizontal offset
 805       startx += cWidth;
 806     }
 807   }
 808
 809   int getAnnotationHeight()
 810   {
 811     if (!av.isShowAnnotation())
 812     {
 813       return 0;
 814     }
 815
 816     if (annotations == null)
 817     {
 818       annotations = new AnnotationPanel(av);
 819     }
 820
 821     return annotations.adjustPanelHeight();
 822   }
 823
 824   /**
 825    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
 826    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
 827    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
 828    * marker.
 829    *
 830    * @param g1
 831    *          Graphics object to draw with
 832    * @param startRes
 833    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 834    * @param endRes
 835    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 836    * @param startSeq
 837    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 838    * @param endSeq
 839    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 840    * @param yOffset
 841    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 842    */
 843   public void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 844           final int startSeq, final int endSeq, final int yOffset)
 845   {
 846     updateViewport();
 847     if (!av.hasHiddenColumns())
 848     {
 849       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
 850     }
 851     else
 852     {
 853       int screenY = 0;
 854       final int screenYMax = endRes - startRes;
 855       int blockStart = startRes;
 856       int blockEnd = endRes;
 857
 858       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 859       Iterator<int[]> regions = hidden.getBoundedVisRegionIterator(startRes,
 860               endRes);
 861       while (regions.hasNext())
 862       {
 863         int[] region = regions.next();
 864
 865         blockStart = region[0];
 866
 867         /*
 868          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 869          * the visible region, whichever comes first
 870          */
 871         blockEnd = Math.min(region[1], blockStart + screenYMax - screenY);
 872
 873         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 874
 875         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 876
 877         /*
 878          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 879          * triangle on top) if we reached it
 880          */
 881         if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == region[1])
 882         {
 883           g1.setColor(Color.blue);
 884
 885           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 886                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 887                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
 888         }
 889
 890         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 891         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 892
 893         if (screenY > screenYMax)
 894         {
 895           // already rendered last block
 896           return;
 897         }
 898       }
 899
 900       if (screenY <= screenYMax)
 901       {
 902         // remaining visible region to render
 903         blockEnd = blockStart + screenYMax - screenY;
 904         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 905         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 906
 907         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 908       }
 909     }
 910
 911   }
 912
 913   /**
 914    * Draws a region of the visible alignment
 915    *
 916    * @param g1
 917    * @param startRes
 918    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 919    * @param endRes
 920    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 921    * @param startSeq
 922    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 923    * @param endSeq
 924    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 925    * @param yOffset
 926    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 927    */
 928   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 929           int endSeq, int offset)
 930   {
 931     g.setFont(av.getFont());
 932     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 933
 934     SequenceI nextSeq;
 935
 936     // / First draw the sequences
 937     // ///////////////////////////
 938     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 939     {
 940       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 941       if (nextSeq == null)
 942       {
 943         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 944         // empty
 945         continue;
 946       }
 947       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 948               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 949
 950       if (av.isShowSequenceFeatures())
 951       {
 952         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
 953                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 954       }
 955
 956       /*
 957        * highlight search Results once sequence has been drawn
 958        */
 959       if (av.hasSearchResults())
 960       {
 961         SearchResultsI searchResults = av.getSearchResults();
 962         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq,
 963                 startRes, endRes);
 964         if (visibleResults != null)
 965         {
 966           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 967           {
 968             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 969                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 970                             * charWidth, offset
 971                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 972           }
 973         }
 974       }
 975
 976       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 977               && cursorX <= endRes)
 978       {
 979         seqRdr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 980                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 981       }
 982     }
 983
 984     if (av.getSelectionGroup() != null
 985             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 986     {
 987       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 988     }
 989
 990   }
 991
 992   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 993           int startSeq, int endSeq, int offset)
 994   {
 995     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 996     //
 997     // ///////////////////////////////////
 998     // Now outline any areas if necessary
 999     // ///////////////////////////////////
1000
1001     SequenceGroup group = null;
1002     int groupIndex = -1;
1003
1004     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1005     {
1006       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
1007       groupIndex = 0;
1008     }
1009
1010     if (group != null)
1011     {
1012       g.setStroke(new BasicStroke());
1013       g.setColor(group.getOutlineColour());
1014
1015       do
1016       {
1017         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
1018                 endSeq, offset);
1019
1020         groupIndex++;
1021
1022         g.setStroke(new BasicStroke());
1023
1024         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
1025         {
1026           break;
1027         }
1028
1029         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
1030
1031       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1032
1033     }
1034
1035   }
1036
1037
1038   /*
1039    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1040    */
1041   private BufferedImage drawSelectionGroup(int startRes, int endRes,
1042           int startSeq, int endSeq)
1043   {
1044     // get a new image of the correct size
1045     BufferedImage selectionImage = setupImage();
1046
1047     if (selectionImage == null)
1048     {
1049       return null;
1050     }
1051
1052     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
1053     if (group == null)
1054     {
1055       // nothing to draw
1056       return null;
1057     }
1058
1059     // set up drawing colour
1060     Graphics2D g = (Graphics2D) selectionImage.getGraphics();
1061
1062     setupSelectionGroup(g, selectionImage);
1063
1064     if (!av.getWrapAlignment())
1065     {
1066       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1067               0);
1068     }
1069     else
1070     {
1071       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1072               av.getRanges().getStartRes());
1073     }
1074
1075     g.dispose();
1076     return selectionImage;
1077   }
1078
1079   /*
1080    * Set up graphics for selection group
1081    */
1082   private void setupSelectionGroup(Graphics2D g,
1083           BufferedImage selectionImage)
1084   {
1085     // set background to transparent
1086     g.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.CLEAR, 0.0f));
1087     g.fillRect(0, 0, selectionImage.getWidth(), selectionImage.getHeight());
1088
1089     // set up foreground to draw red dashed line
1090     g.setComposite(AlphaComposite.Src);
1091     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1092             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1093     { 5f, 3f }, 0f));
1094     g.setColor(Color.RED);
1095   }
1096
1097   /*
1098    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1099    * @param g graphics object to draw with
1100    * @param group selection group
1101    * @param startRes start residue of area to draw
1102    * @param endRes end residue of area to draw
1103    * @param startSeq start sequence of area to draw
1104    * @param endSeq end sequence of area to draw
1105    * @param offset vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1106    */
1107   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1108           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1109   {
1110     if (!av.hasHiddenColumns())
1111     {
1112       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1113               offset);
1114     }
1115     else
1116     {
1117       // package into blocks of visible columns
1118       int screenY = 0;
1119       int blockStart = startRes;
1120       int blockEnd = endRes;
1121
1122       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
1123       Iterator<int[]> regions = hidden.getBoundedVisRegionIterator(startRes,
1124               endRes);
1125       while (regions.hasNext())
1126       {
1127         int[] region = regions.next();
1128
1129         blockStart = region[0];
1130         blockEnd = region[1];
1131
1132         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1133         drawPartialGroupOutline(g, group,
1134                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1135
1136         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1137         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1138
1139         if (screenY > (endRes - startRes))
1140         {
1141           // already rendered last block
1142           break;
1143         }
1144       }
1145
1146       if (screenY <= (endRes - startRes))
1147       {
1148         // remaining visible region to render
1149         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
1150         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1151         drawPartialGroupOutline(g, group,
1152                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1153
1154         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1155       }
1156     }
1157   }
1158
1159   /*
1160    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1161    */
1162   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1163           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1164           int verticalOffset)
1165   {
1166     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1167
1168     int oldY = -1;
1169     int i = 0;
1170     boolean inGroup = false;
1171     int top = -1;
1172     int bottom = -1;
1173
1174     int sx = -1;
1175     int sy = -1;
1176     int xwidth = -1;
1177
1178     for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1179     {
1180       // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1181       sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1182
1183       // width of group in pixels
1184       xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth)
1185               - 1;
1186
1187       sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1188
1189       if (sx + xwidth < 0 || sx > visWidth)
1190       {
1191         continue;
1192       }
1193
1194       if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1195               && group.getSequences(null)
1196                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1197       {
1198         if ((bottom == -1) && !group.getSequences(null)
1199                 .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1200         {
1201           bottom = sy + charHeight;
1202         }
1203
1204         if (!inGroup)
1205         {
1206           if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
1207                   .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1208           {
1209             top = sy;
1210           }
1211
1212           oldY = sy;
1213           inGroup = true;
1214         }
1215       }
1216       else
1217       {
1218         if (inGroup)
1219         {
1220           // if start position is visible, draw vertical line to left of
1221           // group
1222           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1223           {
1224             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1225           }
1226
1227           // if end position is visible, draw vertical line to right of
1228           // group
1229           if (sx + xwidth < visWidth)
1230           {
1231             g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1232           }
1233
1234           if (sx < 0)
1235           {
1236             xwidth += sx;
1237             sx = 0;
1238           }
1239
1240           // don't let width extend beyond current block, or group extent
1241           // fixes JAL-2672
1242           if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1243           {
1244             xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth - sx;
1245           }
1246
1247           // draw horizontal line at top of group
1248           if (top != -1)
1249           {
1250             g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1251             top = -1;
1252           }
1253
1254           // draw horizontal line at bottom of group
1255           if (bottom != -1)
1256           {
1257             g.drawLine(sx, bottom, sx + xwidth, bottom);
1258             bottom = -1;
1259           }
1260
1261           inGroup = false;
1262         }
1263       }
1264     }
1265
1266     if (inGroup)
1267     {
1268       sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1269       if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1270       {
1271         g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1272       }
1273
1274       if (sx + xwidth < visWidth)
1275       {
1276         g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1277       }
1278
1279       if (sx < 0)
1280       {
1281         xwidth += sx;
1282         sx = 0;
1283       }
1284
1285       if (sx + xwidth > visWidth)
1286       {
1287         xwidth = visWidth;
1288       }
1289       else if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1290       {
1291         xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1292       }
1293
1294       if (top != -1)
1295       {
1296         g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1297         top = -1;
1298       }
1299
1300       if (bottom != -1)
1301       {
1302         g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + xwidth, bottom - 1);
1303         bottom = -1;
1304       }
1305
1306       inGroup = false;
1307     }
1308   }
1309
1310   /**
1311    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1312    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1313    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1314    * set to match), else false.
1315    * <p>
1316    * Currently fastPaint is not implemented for wrapped alignments. If a wrapped
1317    * alignment had to be scrolled to show the highlighted region, then it should
1318    * be fully redrawn, otherwise a fast paint can be performed. This argument
1319    * could be removed if fast paint of scrolled wrapped alignment is coded in
1320    * future (JAL-2609).
1321    *
1322    * @param results
1323    * @param noFastPaint
1324    * @return
1325    */
1326   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results,
1327           boolean noFastPaint)
1328   {
1329     if (fastpainting)
1330     {
1331       return false;
1332     }
1333     boolean wrapped = av.getWrapAlignment();
1334
1335     try
1336     {
1337       fastPaint = !noFastPaint;
1338       fastpainting = fastPaint;
1339
1340       updateViewport();
1341
1342       /*
1343        * to avoid redrawing the whole visible region, we instead
1344        * redraw just the minimal regions to remove previous highlights
1345        * and add new ones
1346        */
1347       SearchResultsI previous = av.getSearchResults();
1348       av.setSearchResults(results);
1349       boolean redrawn = false;
1350       boolean drawn = false;
1351       if (wrapped)
1352       {
1353         redrawn = drawMappedPositionsWrapped(previous);
1354         drawn = drawMappedPositionsWrapped(results);
1355         redrawn |= drawn;
1356       }
1357       else
1358       {
1359         redrawn = drawMappedPositions(previous);
1360         drawn = drawMappedPositions(results);
1361         redrawn |= drawn;
1362       }
1363
1364       /*
1365        * if highlights were either removed or added, repaint
1366        */
1367       if (redrawn)
1368       {
1369         repaint();
1370       }
1371
1372       /*
1373        * return true only if highlights were added
1374        */
1375       return drawn;
1376
1377     } finally
1378     {
1379       fastpainting = false;
1380     }
1381   }
1382
1383   /**
1384    * Redraws the minimal rectangle in the visible region (if any) that includes
1385    * mapped positions of the given search results. Whether or not positions are
1386    * highlighted depends on the SearchResults set on the Viewport. This allows
1387    * this method to be called to either clear or set highlighting. Answers true
1388    * if any positions were drawn (in which case a repaint is still required),
1389    * else false.
1390    *
1391    * @param results
1392    * @return
1393    */
1394   protected boolean drawMappedPositions(SearchResultsI results)
1395   {
1396     if (results == null)
1397     {
1398       return false;
1399     }
1400
1401     /*
1402      * calculate the minimal rectangle to redraw that
1403      * includes both new and existing search results
1404      */
1405     int firstSeq = Integer.MAX_VALUE;
1406     int lastSeq = -1;
1407     int firstCol = Integer.MAX_VALUE;
1408     int lastCol = -1;
1409     boolean matchFound = false;
1410
1411     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1412     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1413     int lastVisibleColumn = ranges.getEndRes();
1414     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1415     if (av.hasHiddenColumns())
1416     {
1417       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1418               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1419       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1420               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1421     }
1422
1423     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1424             .getEndSeq(); seqNo++)
1425     {
1426       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1427
1428       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1429               lastVisibleColumn);
1430       if (visibleResults != null)
1431       {
1432         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1433         {
1434           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1435           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1436           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1437                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1438           {
1439             /*
1440              * found a search results match in the visible region -
1441              * remember the first and last sequence matched, and the first
1442              * and last visible columns in the matched positions
1443              */
1444             matchFound = true;
1445             firstSeq = Math.min(firstSeq, seqNo);
1446             lastSeq = Math.max(lastSeq, seqNo);
1447             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1448                     firstVisibleColumn);
1449             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1450                     lastVisibleColumn);
1451             firstCol = Math.min(firstCol, firstMatchedColumn);
1452             lastCol = Math.max(lastCol, lastMatchedColumn);
1453           }
1454         }
1455       }
1456     }
1457
1458     if (matchFound)
1459     {
1460       if (av.hasHiddenColumns())
1461       {
1462         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
1463                 .findColumnPosition(firstCol);
1464         lastCol = alignment.getHiddenColumns().findColumnPosition(lastCol);
1465       }
1466       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
1467       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1468       gg.translate(transX, transY);
1469       drawPanel(gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
1470       gg.translate(-transX, -transY);
1471     }
1472
1473     return matchFound;
1474   }
1475
1476   @Override
1477   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1478   {
1479     String eventName = evt.getPropertyName();
1480
1481     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1482     {
1483       fastPaint = true;
1484       repaint();
1485     }
1486     else if (av.getWrapAlignment())
1487     {
1488       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1489       {
1490         repaint();
1491       }
1492     }
1493     else
1494     {
1495       int scrollX = 0;
1496       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1497       {
1498         // Make sure we're not trying to draw a panel
1499         // larger than the visible window
1500         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1501         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1502         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1503         if (scrollX > range)
1504         {
1505           scrollX = range;
1506         }
1507         else if (scrollX < -range)
1508         {
1509           scrollX = -range;
1510         }
1511       }
1512
1513       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1514       // both start and end points, but resize only changes end values.
1515       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1516       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1517       // vertical start value.
1518       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1519       {
1520         // scroll - startres and endres both change
1521         fastPaint(scrollX, 0);
1522       }
1523       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1524       {
1525         // scroll
1526         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1527       }
1528     }
1529   }
1530
1531   /**
1532    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
1533    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
1534    * set on the Viewport, not the <code>results</code> argument. This allows
1535    * this method to be called either to clear highlights (passing the previous
1536    * search results), or to draw new highlights.
1537    *
1538    * @param results
1539    * @return
1540    */
1541   protected boolean drawMappedPositionsWrapped(SearchResultsI results)
1542   {
1543     if (results == null)
1544     {
1545       return false;
1546     }
1547
1548     boolean matchFound = false;
1549
1550     int wrappedWidth = av.getWrappedWidth();
1551     int wrappedHeight = getRepeatHeightWrapped();
1552
1553     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1554     int canvasHeight = getHeight();
1555     int repeats = canvasHeight / wrappedHeight;
1556     if (canvasHeight / wrappedHeight > 0)
1557     {
1558       repeats++;
1559     }
1560
1561     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1562     int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes() + repeats
1563             * ranges.getViewportWidth() - 1;
1564
1565     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1566     if (av.hasHiddenColumns())
1567     {
1568       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1569               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1570       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1571               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1572     }
1573
1574     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1575
1576     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1577             .getEndSeq(); seqNo++)
1578     {
1579       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1580
1581       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1582               lastVisibleColumn);
1583       if (visibleResults != null)
1584       {
1585         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1586         {
1587           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1588           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1589           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1590                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1591           {
1592             /*
1593              * found a search results match in the visible region
1594              */
1595             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1596                     firstVisibleColumn);
1597             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1598                     lastVisibleColumn);
1599
1600             /*
1601              * draw each mapped position separately (as contiguous positions may
1602              * wrap across lines)
1603              */
1604             for (int mappedPos = firstMatchedColumn; mappedPos <= lastMatchedColumn; mappedPos++)
1605             {
1606               int displayColumn = mappedPos;
1607               if (av.hasHiddenColumns())
1608               {
1609                 displayColumn = alignment.getHiddenColumns()
1610                         .findColumnPosition(displayColumn);
1611               }
1612
1613               /*
1614                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
1615                */
1616               int transX = labelWidthWest
1617                       + ((displayColumn - ranges.getStartRes()) % wrappedWidth)
1618                       * av.getCharWidth();
1619
1620               /*
1621                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
1622                */
1623               int transY = gapHeight;
1624               transY += (displayColumn - ranges.getStartRes())
1625                       / wrappedWidth * wrappedHeight;
1626               transY += (seqNo - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1627
1628               /*
1629                * yOffset is from graphics origin to start of visible region
1630                */
1631               int yOffset = 0;// (displayColumn / wrappedWidth) * wrappedHeight;
1632               if (transY < getHeight())
1633               {
1634                 matchFound = true;
1635                 gg.translate(transX, transY);
1636                 drawPanel(gg, displayColumn, displayColumn, seqNo, seqNo,
1637                         yOffset);
1638                 gg.translate(-transX, -transY);
1639               }
1640             }
1641           }
1642         }
1643       }
1644     }
1645
1646     return matchFound;
1647   }
1648
1649   /**
1650    * Answers the height in pixels of a repeating section of the wrapped
1651    * alignment, including space above, scale above if shown, sequences, and
1652    * annotation panel if shown
1653    *
1654    * @return
1655    */
1656   protected int getRepeatHeightWrapped()
1657   {
1658     // gap (and maybe scale) above
1659     int repeatHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1660
1661     // add sequences
1662     repeatHeight += av.getRanges().getViewportHeight() * charHeight;
1663
1664     // add annotations panel height if shown
1665     repeatHeight += getAnnotationHeight();
1666
1667     return repeatHeight;
1668   }
1669 }