Merge branch 'patch/JAL-4345_pae_epas1_doubleclick' into develop
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqCanvas.java.broken
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.gui;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
24 import jalview.datamodel.SearchResults;
25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
26 import jalview.datamodel.SequenceI;
27
28 import java.awt.BasicStroke;
29 import java.awt.BorderLayout;
30 import java.awt.Color;
31 import java.awt.FontMetrics;
32 import java.awt.Graphics;
33 import java.awt.Graphics2D;
34 import java.awt.RenderingHints;
35 import java.awt.Shape;
36 import java.awt.image.BufferedImage;
37 import java.util.List;
38
39 import javax.swing.JComponent;
40
41 /**
42  * DOCUMENT ME!
43  * 
44  * @author $author$
45  * @version $Revision$
46  */
47 public class SeqCanvas extends JComponent
48 {
49   final FeatureRenderer fr;
50
51   final SequenceRenderer sr;
52
53   BufferedImage img;
54
55   Graphics2D gg;
56
57   int imgWidth;
58
59   int imgHeight;
60
61   AlignViewport av;
62
63   SearchResults searchResults = null;
64
65   boolean fastPaint = false;
66
67   int LABEL_WEST;
68
69   int LABEL_EAST;
70
71   int cursorX = 0;
72
73   int cursorY = 0;
74
75   /**
76    * Creates a new SeqCanvas object.
77    * 
78    * @param av
79    *          DOCUMENT ME!
80    */
81   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
82   {
83     this.av = ap.av;
84     updateViewport();
85     fr = new FeatureRenderer(ap);
86     sr = new SequenceRenderer(av);
87     setLayout(new BorderLayout());
88     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
89     setBackground(Color.white);
90   }
91
92   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
93   {
94     return sr;
95   }
96
97   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
98   {
99     return fr;
100   }
101
102   int charHeight = 0, charWidth = 0;
103
104   private void updateViewport()
105   {
106     charHeight = av.getCharHeight();
107     charWidth = av.getCharWidth();
108   }
109
110   /**
111    * DOCUMENT ME!
112    * 
113    * @param g
114    *          DOCUMENT ME!
115    * @param startx
116    *          DOCUMENT ME!
117    * @param endx
118    *          DOCUMENT ME!
119    * @param ypos
120    *          DOCUMENT ME!
121    */
122   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
123   {
124     updateViewport();
125     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
126
127     g.setColor(Color.black);
128     // NORTH SCALE
129     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
130     {
131       int value = i;
132       if (av.hasHiddenColumns())
133       {
134         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
135       }
136
137       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * charWidth,
138               ypos - (charHeight / 2));
139
140       g.drawLine(((i - startx - 1) * charWidth) + (charWidth / 2),
141               (ypos + 2) - (charHeight / 2), ((i - startx - 1) * charWidth)
142                       + (charWidth / 2), ypos - 2);
143     }
144   }
145
146   /**
147    * DOCUMENT ME!
148    * 
149    * @param g
150    *          DOCUMENT ME!
151    * @param startx
152    *          DOCUMENT ME!
153    * @param endx
154    *          DOCUMENT ME!
155    * @param ypos
156    *          DOCUMENT ME!
157    */
158   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
159   {
160     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
161     ypos += charHeight;
162
163     if (av.hasHiddenColumns())
164     {
165       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
166       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
167     }
168
169     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
170     if (av.hasHiddenColumns())
171     {
172       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
173     }
174
175     // WEST SCALE
176     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
177     {
178       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
179       int index = startx;
180       int value = -1;
181
182       while (index < endx)
183       {
184         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
185         {
186           index++;
187
188           continue;
189         }
190
191         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
192
193         break;
194       }
195
196       if (value != -1)
197       {
198         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
199                 - charWidth / 2;
200         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
201                 - (charHeight / 5));
202       }
203     }
204   }
205
206   /**
207    * DOCUMENT ME!
208    * 
209    * @param g
210    *          DOCUMENT ME!
211    * @param startx
212    *          DOCUMENT ME!
213    * @param endx
214    *          DOCUMENT ME!
215    * @param ypos
216    *          DOCUMENT ME!
217    */
218   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
219   {
220     ypos += charHeight;
221
222     if (av.hasHiddenColumns())
223     {
224       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
225     }
226
227     SequenceI seq;
228     // EAST SCALE
229     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
230     {
231       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
232       int index = endx;
233       int value = -1;
234
235       while (index > startx)
236       {
237         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
238         {
239           index--;
240
241           continue;
242         }
243
244         value = seq.findPosition(index);
245
246         break;
247       }
248
249       if (value != -1)
250       {
251         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
252                 - (charHeight / 5));
253       }
254     }
255   }
256
257   boolean fastpainting = false;
258
259   /**
260    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
261    * slider adjustment
262    * 
263    * @param horizontal
264    *          shift along
265    * @param vertical
266    *          shift up or down in repaint
267    */
268   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
269   {
270     if (fastpainting || gg == null)
271     {
272       return;
273     }
274     fastpainting = true;
275     fastPaint = true;
276     updateViewport();
277     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
278             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
279
280     int sr = av.startRes;
281     int er = av.endRes;
282     int ss = av.startSeq;
283     int es = av.endSeq;
284     int transX = 0;
285     int transY = 0;
286
287     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
288     {
289       er++;
290       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
291       sr = er - horizontal;
292     }
293     else if (horizontal < 0)
294     {
295       er = sr - horizontal - 1;
296     }
297     else if (vertical > 0) // scroll down
298     {
299       ss = es - vertical;
300
301       if (ss < av.startSeq)
302       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
303         ss = av.startSeq;
304       }
305       else
306       {
307         transY = imgHeight - (vertical * charHeight);
308       }
309     }
310     else if (vertical < 0)
311     {
312       es = ss - vertical;
313
314       if (es > av.endSeq)
315       {
316         es = av.endSeq;
317       }
318     }
319
320     gg.translate(transX, transY);
321     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
322     gg.translate(-transX, -transY);
323
324     repaint();
325     fastpainting = false;
326   }
327
328   /**
329    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
330    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
331    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
332    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
333    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
334    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
335    */
336
337   // Set this to false to force a full panel paint
338   @Override
339   public void paintComponent(Graphics g)
340   {
341     updateViewport();
342     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
343     // img and call later.
344     super.paintComponent(g);
345
346     if (lcimg != null
347             && (fastPaint
348                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
349                     .getClipBounds().height)))
350     {
351       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
352       fastPaint = false;
353       return;
354     }
355
356     // this draws the whole of the alignment
357     imgWidth = getWidth();
358     imgHeight = getHeight();
359
360     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
361     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
362
363     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
364     {
365       return;
366     }
367
368     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
369             || imgHeight != lcimg.getHeight())
370     {
371       try
372       {
373         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
374                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
375         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
376         gg.setFont(av.getFont());
377       } catch (OutOfMemoryError er)
378       {
379         System.gc();
380         jalview.bin.Console.errPrintln("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
381         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
382
383         return;
384       }
385     }
386
387     if (av.antiAlias)
388     {
389       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
390               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
391     }
392
393     gg.setColor(Color.white);
394     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
395
396     if (av.getWrapAlignment())
397     {
398       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
399     }
400     else
401     {
402       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
403     }
404
405     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
406
407   }
408
409   /**
410    * DOCUMENT ME!
411    * 
412    * @param cwidth
413    *          DOCUMENT ME!
414    * 
415    * @return DOCUMENT ME!
416    */
417   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
418   {
419     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
420
421     LABEL_EAST = 0;
422     LABEL_WEST = 0;
423
424     if (av.getScaleRightWrapped())
425     {
426       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
427     }
428
429     if (av.getScaleLeftWrapped())
430     {
431       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
432     }
433
434     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
435   }
436
437   /**
438    * Generates a string of zeroes.
439    * 
440    * @return String
441    */
442   String getMask()
443   {
444     String mask = "00";
445     int maxWidth = 0;
446     int tmp;
447     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
448     {
449       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
450       if (tmp > maxWidth)
451       {
452         maxWidth = tmp;
453       }
454     }
455
456     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
457     {
458       mask += "0";
459     }
460     return mask;
461   }
462
463   /**
464    * DOCUMENT ME!
465    * 
466    * @param g
467    *          DOCUMENT ME!
468    * @param canvasWidth
469    *          DOCUMENT ME!
470    * @param canvasHeight
471    *          DOCUMENT ME!
472    * @param startRes
473    *          DOCUMENT ME!
474    */
475   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
476           int canvasHeight, int startRes)
477   {
478     updateViewport();
479     AlignmentI al = av.getAlignment();
480
481     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
482
483     if (av.getScaleRightWrapped())
484     {
485       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
486     }
487
488     if (av.getScaleLeftWrapped())
489     {
490       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
491     }
492
493     int hgap = charHeight;
494     if (av.getScaleAboveWrapped())
495     {
496       hgap += charHeight;
497     }
498
499     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
500     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
501
502     av.setWrappedWidth(cWidth);
503
504     av.endRes = av.startRes + cWidth;
505
506     int endx;
507     int ypos = hgap;
508     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
509
510     if (av.hasHiddenColumns())
511     {
512       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
513     }
514
515     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
516     {
517       endx = startRes + cWidth - 1;
518
519       if (endx > maxwidth)
520       {
521         endx = maxwidth;
522       }
523
524       g.setFont(av.getFont());
525       g.setColor(Color.black);
526
527       if (av.getScaleLeftWrapped())
528       {
529         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
530       }
531
532       if (av.getScaleRightWrapped())
533       {
534         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
535         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
536         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
537       }
538
539       g.translate(LABEL_WEST, 0);
540
541       if (av.getScaleAboveWrapped())
542       {
543         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
544       }
545
546       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
547       {
548         g.setColor(Color.blue);
549         int res;
550         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
551                 .size(); i++)
552         {
553           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
554                   - startRes;
555
556           if (res < 0 || res > endx - startRes)
557           {
558             continue;
559           }
560
561           gg.fillPolygon(
562                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
563                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
564                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
565                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
566                   3);
567
568         }
569       }
570
571       // When printing we have an extra clipped region,
572       // the Printable page which we need to account for here
573       Shape clip = g.getClip();
574
575       if (clip == null)
576       {
577         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
578       }
579       else
580       {
581         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
582                 (int) clip.getBounds().getHeight());
583       }
584
585       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
586
587       if (av.isShowAnnotation())
588       {
589         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
590         if (annotations == null)
591         {
592           annotations = new AnnotationPanel(av);
593         }
594
595         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
596                 startRes, endx + 1);
597         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
598       }
599       g.setClip(clip);
600       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
601
602       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
603
604       startRes += cWidth;
605     }
606   }
607
608   AnnotationPanel annotations;
609
610   int getAnnotationHeight()
611   {
612     if (!av.isShowAnnotation())
613     {
614       return 0;
615     }
616
617     if (annotations == null)
618     {
619       annotations = new AnnotationPanel(av);
620     }
621
622     return annotations.adjustPanelHeight();
623   }
624
625   /**
626    * DOCUMENT ME!
627    * 
628    * @param g1
629    *          DOCUMENT ME!
630    * @param startRes
631    *          DOCUMENT ME!
632    * @param endRes
633    *          DOCUMENT ME!
634    * @param startSeq
635    *          DOCUMENT ME!
636    * @param endSeq
637    *          DOCUMENT ME!
638    * @param offset
639    *          DOCUMENT ME!
640    */
641   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
642           int startSeq, int endSeq, int offset)
643   {
644     updateViewport();
645     if (!av.hasHiddenColumns())
646     {
647       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
648     }
649     else
650     {
651       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
652
653       int screenY = 0;
654       int blockStart = startRes;
655       int blockEnd = endRes;
656       int newY = 0, clip;
657       for (int[] region : regions)
658       {
659         int hideStart = region[0];
660         int hideEnd = region[1];
661
662         if (hideStart < blockStart)
663         {
664           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
665           continue;
666         }
667         blockEnd = hideStart - 1;
668
669         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
670
671         // find end of this visible block
672         newY += blockEnd - blockStart + 1;
673
674         clip = newY - (endRes - startRes);
675         if (clip > 0)
676         {
677           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
678         }
679         // TODO: JAL-1722 - does this block need clipping ?
680         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
681         // TODO: JAL-1722 - is this hidden marker visible ?
682         if (clip < -1 && av.getShowHiddenMarkers())
683         {
684           g1.setColor(Color.blue);
685
686           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
687                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
688                   (endSeq - startSeq) * charHeight + offset);
689         }
690
691         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
692
693         screenY = newY;
694         blockStart = hideEnd + 1;
695
696         if (clip > 0)
697         {
698           // already rendered last block
699           return;
700         }
701       }
702
703       if (screenY <= (endRes - startRes))
704       {
705         // remaining visible region to render
706         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
707         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
708         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
709
710         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
711       }
712     }
713   }
714
715   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
716   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
717   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
718           int endSeq, int offset)
719   {
720     g.setFont(av.getFont());
721     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
722
723     SequenceI nextSeq;
724
725     // / First draw the sequences
726     // ///////////////////////////
727     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
728     {
729       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
730       if (nextSeq == null)
731       {
732         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
733         // empty
734         continue;
735       }
736       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
737               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
738
739       if (av.isShowSequenceFeatures())
740       {
741         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
742                 + ((i - startSeq) * charHeight));
743       }
744
745       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
746       // ////////////////////////////////////////////////////////
747       if (searchResults != null)
748       {
749         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
750                 endRes);
751         if (visibleResults != null)
752         {
753           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
754           {
755             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
756                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
757                             * charWidth, offset
758                             + ((i - startSeq) * charHeight));
759           }
760         }
761       }
762
763       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
764               && cursorX <= endRes)
765       {
766         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
767                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
768       }
769     }
770
771     if (av.getSelectionGroup() != null
772             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
773     {
774       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
775     }
776
777   }
778
779   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
780           int startSeq, int endSeq, int offset)
781   {
782     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
783     //
784     // ///////////////////////////////////
785     // Now outline any areas if necessary
786     // ///////////////////////////////////
787     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
788
789     int sx = -1;
790     int sy = -1;
791     int ex = -1;
792     int groupIndex = -1;
793     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
794
795     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
796     {
797       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
798       groupIndex = 0;
799     }
800
801     if (group != null)
802     {
803       do
804       {
805         int oldY = -1;
806         int i = 0;
807         boolean inGroup = false;
808         int top = -1;
809         int bottom = -1;
810
811         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
812         {
813           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
814           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
815           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
816
817           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
818           {
819             continue;
820           }
821
822           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
823                   && group.getSequences(null).contains(
824                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
825           {
826             if ((bottom == -1)
827                     && !group.getSequences(null).contains(
828                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
829             {
830               bottom = sy + charHeight;
831             }
832
833             if (!inGroup)
834             {
835               if (((top == -1) && (i == 0))
836                       || !group.getSequences(null).contains(
837                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
838               {
839                 top = sy;
840               }
841
842               oldY = sy;
843               inGroup = true;
844
845               if (group == av.getSelectionGroup())
846               {
847                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
848                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
849                         0f));
850                 g.setColor(Color.RED);
851               }
852               else
853               {
854                 g.setStroke(new BasicStroke());
855                 g.setColor(group.getOutlineColour());
856               }
857             }
858           }
859           else
860           {
861             if (inGroup)
862             {
863               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
864               {
865                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
866               }
867
868               if (sx + ex < visWidth)
869               {
870                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
871               }
872
873               if (sx < 0)
874               {
875                 ex += sx;
876                 sx = 0;
877               }
878
879               if (sx + ex > visWidth)
880               {
881                 ex = visWidth;
882               }
883
884               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
885               {
886                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
887               }
888
889               if (top != -1)
890               {
891                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
892                 top = -1;
893               }
894
895               if (bottom != -1)
896               {
897                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
898                 bottom = -1;
899               }
900
901               inGroup = false;
902             }
903           }
904         }
905
906         if (inGroup)
907         {
908           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
909           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
910           {
911             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
912           }
913
914           if (sx + ex < visWidth)
915           {
916             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
917           }
918
919           if (sx < 0)
920           {
921             ex += sx;
922             sx = 0;
923           }
924
925           if (sx + ex > visWidth)
926           {
927             ex = visWidth;
928           }
929           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
930           {
931             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
932           }
933
934           if (top != -1)
935           {
936             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
937             top = -1;
938           }
939
940           if (bottom != -1)
941           {
942             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
943             bottom = -1;
944           }
945
946           inGroup = false;
947         }
948
949         groupIndex++;
950
951         g.setStroke(new BasicStroke());
952
953         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
954         {
955           break;
956         }
957
958         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
959
960       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
961
962     }
963
964   }
965
966   /**
967    * DOCUMENT ME!
968    * 
969    * @param results
970    *          DOCUMENT ME!
971    */
972   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
973   {
974     img = null;
975
976     searchResults = results;
977
978     repaint();
979   }
980 }