src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel\r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     int startEdit = -1;\r
  49     int endEdit = -1;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     int seqEditOccurred = -1;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Creates a new SeqPanel object.\r
  74      *\r
  75      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  76      * @param p DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  79     {\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  83         this.av = avp;\r
  84         setBackground(Color.white);\r
  85 \r
  86         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  87         setLayout(new BorderLayout());\r
  88         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90         ap = p;\r
  91 \r
  92 \r
  93         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  94             {\r
  95                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  96                 {\r
  97                     doMouseMoved(evt);\r
  98                     if (editingSeqs)\r
  99                     {\r
 100                       // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 101                       // If control is down\r
 102                       if(!av.isDataset())\r
 103                         doMouseDragged(evt);\r
 104                     }\r
 105                 }\r
 106 \r
 107                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 108                 {\r
 109                     if (editingSeqs)\r
 110                     {\r
 111                       if(!av.isDataset())\r
 112                         doMouseDragged(evt);\r
 113                     }\r
 114                     else\r
 115                     {\r
 116                       if(!av.isDataset())\r
 117                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 118                     }\r
 119                 }\r
 120             });\r
 121 \r
 122        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 123        {\r
 124          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 125          {\r
 126 \r
 127            if (mouseWheelPressed)\r
 128            {\r
 129              Font font = av.getFont();\r
 130              int fontSize = font.getSize();\r
 131              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
 132                fontSize++;\r
 133              else if (fontSize > 1)\r
 134                fontSize--;\r
 135 \r
 136              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 137              ap.fontChanged();\r
 138            }\r
 139            else\r
 140            {\r
 141              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 142                ap.scrollUp(false);\r
 143              else\r
 144                ap.scrollUp(true);\r
 145            }\r
 146 \r
 147          }\r
 148        });\r
 149 \r
 150 \r
 151        if(!av.isDataset())\r
 152        {\r
 153          addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 154          {\r
 155            public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 156            {\r
 157              mouseWheelPressed = false;\r
 158 \r
 159              if (editingSeqs)\r
 160              {\r
 161                doMouseReleased(evt);\r
 162              }\r
 163              else\r
 164              {\r
 165                doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 166              }\r
 167            }\r
 168 \r
 169            public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 170            {\r
 171              if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 172              {\r
 173                mouseWheelPressed = true;\r
 174                return;\r
 175              }\r
 176 \r
 177              if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 178                  evt.isControlDown())\r
 179              {\r
 180                if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 181                {\r
 182                  groupEditing = true;\r
 183 \r
 184                }\r
 185 \r
 186                editingSeqs = true;\r
 187                doMousePressed(evt);\r
 188              }\r
 189              else\r
 190              {\r
 191                doMousePressedDefineMode(evt);\r
 192              }\r
 193            }\r
 194 \r
 195            public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 196            {\r
 197              if (editingSeqs)\r
 198              {\r
 199                return;\r
 200              }\r
 201 \r
 202              doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 203            }\r
 204 \r
 205            public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 206            {\r
 207              if (editingSeqs)\r
 208              {\r
 209                return;\r
 210              }\r
 211 \r
 212              doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 213            }\r
 214          });\r
 215        }\r
 216     }\r
 217 \r
 218     int startWrapBlock=-1;\r
 219     int wrappedBlock=-1;\r
 220     int findRes(MouseEvent evt)\r
 221    {\r
 222      int res = 0;\r
 223      int x = evt.getX();\r
 224 \r
 225     if (av.wrapAlignment)\r
 226     {\r
 227 \r
 228       int hgap = av.charHeight;\r
 229       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 230         hgap += av.charHeight;\r
 231 \r
 232       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 233           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 234 \r
 235         int y = evt.getY();\r
 236         y -= hgap;\r
 237         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 238 \r
 239 \r
 240         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 241 \r
 242         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 243         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 244 \r
 245         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 246 \r
 247     }\r
 248     else\r
 249     {\r
 250         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 251     }\r
 252 \r
 253     return res;\r
 254 \r
 255    }\r
 256 \r
 257    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 258    {\r
 259 \r
 260      int seq = 0;\r
 261      int y = evt.getY();\r
 262 \r
 263      if (av.wrapAlignment)\r
 264      {\r
 265        int hgap = av.charHeight;\r
 266        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 267          hgap += av.charHeight;\r
 268 \r
 269        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 270            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 271 \r
 272          y -= hgap;\r
 273 \r
 274        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 275      }\r
 276      else\r
 277      {\r
 278        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 279      }\r
 280 \r
 281      return seq;\r
 282    }\r
 283 \r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 291     {\r
 292         if (seqEditOccurred > -1)\r
 293         {\r
 294             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 295         }\r
 296 \r
 297         startseq = -1;\r
 298         lastres = -1;\r
 299         seqEditOccurred = -1;\r
 300         editingSeqs = false;\r
 301         groupEditing = false;\r
 302 \r
 303         ap.repaint();\r
 304     }\r
 305 \r
 306     /**\r
 307      * DOCUMENT ME!\r
 308      *\r
 309      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 310      */\r
 311     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 312     {\r
 313       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 314                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 315 \r
 316       int seq = findSeq(evt);\r
 317       int res = findRes(evt);\r
 318 \r
 319       if(seq<0 || res<0)\r
 320         return;\r
 321 \r
 322         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 323                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 324         {\r
 325             startseq = seq;\r
 326             lastres = res;\r
 327         }\r
 328         else\r
 329         {\r
 330             startseq = -1;\r
 331             lastres = -1;\r
 332         }\r
 333 \r
 334         startEdit = lastres;\r
 335         endEdit = lastres;\r
 336 \r
 337         return;\r
 338     }\r
 339 \r
 340     /**\r
 341      * DOCUMENT ME!\r
 342      *\r
 343      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 344      */\r
 345     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 346     {\r
 347       int res = findRes(evt);\r
 348       int seq = findSeq(evt);\r
 349 \r
 350       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 351             return;\r
 352 \r
 353       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 354 \r
 355       if (res > sequence.getLength())\r
 356       {\r
 357         return;\r
 358       }\r
 359 \r
 360       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 361       {\r
 362         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 363       }\r
 364 \r
 365 \r
 366         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 367                 sequence.getName());\r
 368 \r
 369         Object obj = null;\r
 370         if (av.alignment.isNucleotide())\r
 371         {\r
 372           obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 373               "");\r
 374           if(obj!=null)\r
 375             text.append(" Nucleotide: ");\r
 376         }\r
 377         else\r
 378         {\r
 379           obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 380           if(obj!=null)\r
 381             text.append("  Residue: ");\r
 382         }\r
 383 \r
 384         if (obj != null)\r
 385         {\r
 386 \r
 387           if (obj != "")\r
 388           {\r
 389             text.append( obj + " (" +\r
 390                         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 391           }\r
 392         }\r
 393 \r
 394         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 395 \r
 396         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 397         if (av.showSequenceFeatures)\r
 398         {\r
 399             Vector features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 400             if(features!=null)\r
 401             {\r
 402               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 403 \r
 404               for (int i = 0; i < features.size(); i++)\r
 405               {\r
 406                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) features.elementAt(i);\r
 407 \r
 408                 if ( (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 409                     (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 410                 {\r
 411                   if (sf.getType().equals("disulfide bond"))\r
 412                   {\r
 413                     if (sf.getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 414                         || sf.getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 415                     {\r
 416                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 417                         sbuffer.append("<br>");\r
 418                       sbuffer.append("disulfide bond " + sf.getBegin() + ":" +\r
 419                                      sf.getEnd());\r
 420                     }\r
 421                   }\r
 422                   else\r
 423                   {\r
 424                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 425                       sbuffer.append("<br>");\r
 426                     sbuffer.append(sf.getType());\r
 427                     if (sf.getDescription() != null)\r
 428                       sbuffer.append(" " + sf.getDescription());\r
 429 \r
 430                     if (sf.getStatus() != null)\r
 431                     {\r
 432                       sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 433                     }\r
 434                   }\r
 435                 }\r
 436 \r
 437               }\r
 438 \r
 439               sbuffer.append("</html>");\r
 440               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 441                 setToolTipText("");\r
 442               else\r
 443                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 444             }\r
 445             else\r
 446               setToolTipText("");\r
 447         }\r
 448     }\r
 449 \r
 450     /**\r
 451      * DOCUMENT ME!\r
 452      *\r
 453      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 454      */\r
 455     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 456     {\r
 457         // If we're dragging we're editing\r
 458         int res = findRes(evt);\r
 459 \r
 460         if (res < 0)\r
 461         {\r
 462             res = 0;\r
 463         }\r
 464 \r
 465         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 466         {\r
 467             return;\r
 468         }\r
 469 \r
 470         boolean dragRight = true;\r
 471 \r
 472         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 473         {\r
 474             dragRight = false;\r
 475         }\r
 476 \r
 477         if (res != lastres)\r
 478         {\r
 479             // Group editing\r
 480             if (groupEditing)\r
 481             {\r
 482                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 483 \r
 484                 if (sg == null)\r
 485                 {\r
 486                     lastres = -1;\r
 487 \r
 488                     return;\r
 489                 }\r
 490 \r
 491                 // drag to right\r
 492                 if (dragRight)\r
 493                 {\r
 494                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 495                 }\r
 496 \r
 497                 // drag to left\r
 498                 else\r
 499                 {\r
 500                     /// Are we able to delete?\r
 501                     // ie are all columns blank?\r
 502                     boolean deleteAllowed = false;\r
 503 \r
 504                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 505                     {\r
 506                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 507 \r
 508                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 509                         {\r
 510                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 511                             {\r
 512                                 continue;\r
 513                             }\r
 514 \r
 515                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 516                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 517                             {\r
 518                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 519                                 res = j + 1;\r
 520                                 deleteAllowed = false;\r
 521 \r
 522                                 continue;\r
 523                             }\r
 524 \r
 525                             deleteAllowed = true;\r
 526                         }\r
 527                     }\r
 528 \r
 529                     if (!deleteAllowed)\r
 530                     {\r
 531                         lastres = -1;\r
 532 \r
 533                         return;\r
 534                     }\r
 535 \r
 536                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 537                 }\r
 538 \r
 539                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 540                 {\r
 541                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 542                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 543 \r
 544                     // drag to right\r
 545                     if (dragRight)\r
 546                     {\r
 547                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 548                         {\r
 549                             insertChar(j, k);\r
 550                         }\r
 551                     }\r
 552 \r
 553                     // drag to left\r
 554                     else\r
 555                     {\r
 556                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 557                         {\r
 558                             if (s.getLength() > j)\r
 559                             {\r
 560                                 deleteChar(res, k);\r
 561                             }\r
 562                         }\r
 563                     }\r
 564                 }\r
 565             }\r
 566             else /////Editing a single sequence///////////\r
 567             {\r
 568                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 569                 {\r
 570                     // dragging to the right\r
 571                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 572                     {\r
 573                         insertChar(j, startseq);\r
 574                     }\r
 575                 }\r
 576                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 577                         (res < lastres))\r
 578                 {\r
 579                     // dragging to the left\r
 580                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 581                     {\r
 582                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 583                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 584                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 585                         {\r
 586                             deleteChar(res, startseq);\r
 587                         }\r
 588                         else\r
 589                         {\r
 590                             break;\r
 591                         }\r
 592                     }\r
 593                 }\r
 594             }\r
 595         }\r
 596 \r
 597         endEdit = res;\r
 598         lastres = res;\r
 599         seqCanvas.repaint();\r
 600     }\r
 601 \r
 602     /**\r
 603      * DOCUMENT ME!\r
 604      *\r
 605      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 606      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 607      * @param start DOCUMENT ME!\r
 608      */\r
 609     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 610     {\r
 611         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 612             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 613         seqCanvas.repaint();\r
 614     }\r
 615 \r
 616     /**\r
 617      * DOCUMENT ME!\r
 618      *\r
 619      * @param j DOCUMENT ME!\r
 620      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 621      */\r
 622     public void insertChar(int j, int seq)\r
 623     {\r
 624         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 625         seqEditOccurred = seq;\r
 626     }\r
 627 \r
 628     /**\r
 629      * DOCUMENT ME!\r
 630      *\r
 631      * @param j DOCUMENT ME!\r
 632      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 633      */\r
 634     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 635     {\r
 636         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 637         seqEditOccurred = seq;\r
 638 \r
 639         av.alignment.getWidth();\r
 640         seqCanvas.repaint();\r
 641     }\r
 642 \r
 643     /**\r
 644      * DOCUMENT ME!\r
 645      *\r
 646      * @param i DOCUMENT ME!\r
 647      */\r
 648     void editOccurred(int i)\r
 649     {\r
 650       if (endEdit == startEdit)\r
 651       {\r
 652         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 653         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 654       }\r
 655 \r
 656       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 657 \r
 658     }\r
 659 \r
 660     /**\r
 661      * DOCUMENT ME!\r
 662      *\r
 663      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 664      */\r
 665     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 666     {\r
 667       int res = findRes(evt);\r
 668       int seq = findSeq(evt);\r
 669       oldSeq = seq;\r
 670 \r
 671       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 672 \r
 673       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
 674       {\r
 675           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 676               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
 677               "Wrapped view - no edit",\r
 678               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 679         return;\r
 680       }\r
 681 \r
 682       if(seq<0 || res<0)\r
 683             return;\r
 684 \r
 685 \r
 686         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 687 \r
 688         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 689         {\r
 690             return;\r
 691         }\r
 692 \r
 693         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 694 \r
 695         if (stretchGroup == null)\r
 696         {\r
 697             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 698 \r
 699             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 700                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 701             {\r
 702                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 703             }\r
 704             else\r
 705             {\r
 706                 stretchGroup = null;\r
 707             }\r
 708         }\r
 709         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 710                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 711                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 712         {\r
 713             stretchGroup = null;\r
 714 \r
 715             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 716 \r
 717             if (allGroups != null)\r
 718             {\r
 719                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 720                 {\r
 721                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 722                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 723                     {\r
 724                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 725                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 726 \r
 727                         break;\r
 728                     }\r
 729                 }\r
 730             }\r
 731         }\r
 732 \r
 733         if (stretchGroup == null)\r
 734         {\r
 735             // define a new group here\r
 736             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 737             sg.setStartRes(res);\r
 738             sg.setEndRes(res);\r
 739             sg.addSequence(sequence, false);\r
 740             av.setSelectionGroup(sg);\r
 741             stretchGroup = sg;\r
 742 \r
 743             if (av.getConservationSelected())\r
 744             {\r
 745                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 746                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 747             }\r
 748 \r
 749             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 750             {\r
 751                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 752                     "Background");\r
 753             }\r
 754         }\r
 755         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 756         {\r
 757             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 758             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 759 \r
 760             // edit the properties of existing group\r
 761         }\r
 762 \r
 763         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 764         {\r
 765             // Edit end res position of selected group\r
 766             changeEndRes = true;\r
 767         }\r
 768         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 769         {\r
 770             // Edit end res position of selected group\r
 771             changeStartRes = true;\r
 772         }\r
 773 \r
 774         stretchGroup.getWidth();\r
 775 \r
 776         seqCanvas.repaint();\r
 777     }\r
 778 \r
 779     /**\r
 780      * DOCUMENT ME!\r
 781      *\r
 782      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 783      */\r
 784     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 785     {\r
 786         if (mouseDragging)\r
 787         {\r
 788             stretchGroup.recalcConservation();\r
 789             mouseDragging = false;\r
 790         }\r
 791 \r
 792         if (stretchGroup == null)\r
 793         {\r
 794             return;\r
 795         }\r
 796 \r
 797         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 798         {\r
 799           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 800           {\r
 801             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 802                 sequences,\r
 803                 stretchGroup.getWidth());\r
 804           }\r
 805 \r
 806           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 807           {\r
 808             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 809                                               stretchGroup.getName());\r
 810           }\r
 811           else\r
 812           {\r
 813             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 814                                            stretchGroup.getName());\r
 815           }\r
 816         }\r
 817         changeEndRes = false;\r
 818         changeStartRes = false;\r
 819         stretchGroup = null;\r
 820         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 821     }\r
 822 \r
 823     /**\r
 824      * DOCUMENT ME!\r
 825      *\r
 826      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 827      */\r
 828     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 829     {\r
 830       int res = findRes(evt);\r
 831       int y = findSeq(evt);\r
 832 \r
 833       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 834         return;\r
 835 \r
 836       if (stretchGroup == null)\r
 837       {\r
 838             return;\r
 839         }\r
 840 \r
 841         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 842         {\r
 843             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 844         }\r
 845 \r
 846         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 847         {\r
 848             // Edit end res position of selected group\r
 849             changeEndRes = true;\r
 850         }\r
 851         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 852         {\r
 853             // Edit start res position of selected group\r
 854             changeStartRes = true;\r
 855         }\r
 856 \r
 857         if (res < av.getStartRes())\r
 858         {\r
 859             res = av.getStartRes();\r
 860         }\r
 861         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 862         {\r
 863             res = av.getEndRes();\r
 864         }\r
 865 \r
 866         if (changeEndRes)\r
 867         {\r
 868             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 869             {\r
 870                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 871             }\r
 872         }\r
 873         else if (changeStartRes)\r
 874         {\r
 875             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 876             {\r
 877                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 878             }\r
 879         }\r
 880 \r
 881         int dragDirection = 0;\r
 882 \r
 883         if (y > oldSeq)\r
 884         {\r
 885             dragDirection = 1;\r
 886         }\r
 887         else if (y < oldSeq)\r
 888         {\r
 889             dragDirection = -1;\r
 890         }\r
 891 \r
 892         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 893         {\r
 894             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 895             // selection is quite slow.\r
 896             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 897 \r
 898             oldSeq += dragDirection;\r
 899 \r
 900             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 901 \r
 902             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 903             {\r
 904                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 905             }\r
 906             else\r
 907             {\r
 908                 if (seq != null)\r
 909                 {\r
 910                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 911                 }\r
 912 \r
 913                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 914             }\r
 915         }\r
 916 \r
 917         oldSeq = y;\r
 918         mouseDragging = true;\r
 919 \r
 920         if (scrollThread != null)\r
 921         {\r
 922             scrollThread.setEvent(evt);\r
 923         }\r
 924 \r
 925         seqCanvas.repaint();\r
 926     }\r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * DOCUMENT ME!\r
 930      *\r
 931      * @param e DOCUMENT ME!\r
 932      */\r
 933     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 934     {\r
 935         if (scrollThread != null)\r
 936         {\r
 937             scrollThread.running = false;\r
 938         }\r
 939     }\r
 940 \r
 941     /**\r
 942      * DOCUMENT ME!\r
 943      *\r
 944      * @param e DOCUMENT ME!\r
 945      */\r
 946     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 947     {\r
 948         if (av.getWrapAlignment())\r
 949         {\r
 950             return;\r
 951         }\r
 952 \r
 953         if (mouseDragging)\r
 954         {\r
 955             scrollThread = new ScrollThread();\r
 956         }\r
 957     }\r
 958 \r
 959     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 960     class ScrollThread extends Thread\r
 961     {\r
 962         MouseEvent evt;\r
 963         boolean running = false;\r
 964 \r
 965         public ScrollThread()\r
 966         {\r
 967             start();\r
 968         }\r
 969 \r
 970         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 971         {\r
 972             evt = e;\r
 973         }\r
 974 \r
 975         public void stopScrolling()\r
 976         {\r
 977             running = false;\r
 978         }\r
 979 \r
 980         public void run()\r
 981         {\r
 982             running = true;\r
 983 \r
 984             while (running)\r
 985             {\r
 986                 if (evt != null)\r
 987                 {\r
 988                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 989                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 990                     {\r
 991                         running = ap.scrollUp(true);\r
 992                     }\r
 993 \r
 994                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 995                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 996                     {\r
 997                         running = ap.scrollUp(false);\r
 998                     }\r
 999 \r
1000                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1001                     {\r
1002                         running = ap.scrollRight(true);\r
1003                     }\r
1004                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1005                     {\r
1006                         running = ap.scrollRight(false);\r
1007                     }\r
1008                 }\r
1009 \r
1010                 try\r
1011                 {\r
1012                     Thread.sleep(20);\r
1013                 }\r
1014                 catch (Exception ex)\r
1015                 {\r
1016                 }\r
1017             }\r
1018         }\r
1019     }\r
1020 }\r