src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import jalview.commands.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.schemes.*;
  31 import jalview.structure.*;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  40         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  41         SelectionListener
  42
  43 {
  44   /** DOCUMENT ME!! */
  45   public SeqCanvas seqCanvas;
  46
  47   /** DOCUMENT ME!! */
  48   public AlignmentPanel ap;
  49
  50   protected int lastres;
  51
  52   protected int startseq;
  53
  54   protected AlignViewport av;
  55
  56   ScrollThread scrollThread = null;
  57
  58   boolean mouseDragging = false;
  59
  60   boolean editingSeqs = false;
  61
  62   boolean groupEditing = false;
  63
  64   // ////////////////////////////////////////
  65   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
  66   // ////////////////////////////////////////
  67   int oldSeq = -1;
  68
  69   boolean changeEndSeq = false;
  70
  71   boolean changeStartSeq = false;
  72
  73   boolean changeEndRes = false;
  74
  75   boolean changeStartRes = false;
  76
  77   SequenceGroup stretchGroup = null;
  78
  79   boolean remove = false;
  80
  81   Point lastMousePress;
  82
  83   boolean mouseWheelPressed = false;
  84
  85   StringBuffer keyboardNo1;
  86
  87   StringBuffer keyboardNo2;
  88
  89   java.net.URL linkImageURL;
  90
  91   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");
  92
  93   String tmpString;
  94
  95   EditCommand editCommand;
  96
  97   StructureSelectionManager ssm;
  98
  99   /**
 100    * Creates a new SeqPanel object.
 101    *
 102    * @param avp
 103    *                DOCUMENT ME!
 104    * @param p
 105    *                DOCUMENT ME!
 106    */
 107   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 108   {
 109     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 110     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 111     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 112     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 113     this.av = av;
 114     setBackground(Color.white);
 115
 116     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 117     setLayout(new BorderLayout());
 118     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 119
 120     this.ap = ap;
 121
 122     if (!av.isDataset())
 123     {
 124       addMouseMotionListener(this);
 125       addMouseListener(this);
 126       addMouseWheelListener(this);
 127       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 128       ssm.addStructureViewerListener(this);
 129       ssm.addSelectionListener(this);
 130     }
 131   }
 132
 133   int startWrapBlock = -1;
 134
 135   int wrappedBlock = -1;
 136
 137   int findRes(MouseEvent evt)
 138   {
 139     int res = 0;
 140     int x = evt.getX();
 141
 142     if (av.wrapAlignment)
 143     {
 144
 145       int hgap = av.charHeight;
 146       if (av.scaleAboveWrapped)
 147       {
 148         hgap += av.charHeight;
 149       }
 150
 151       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 152               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 153
 154       int y = evt.getY();
 155       y -= hgap;
 156       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 157
 158       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 159       if (cwidth < 1)
 160       {
 161         return 0;
 162       }
 163
 164       wrappedBlock = y / cHeight;
 165       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 166
 167       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 168
 169     }
 170     else
 171     {
 172       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 173     }
 174
 175     if (av.hasHiddenColumns)
 176     {
 177       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 178     }
 179
 180     return res;
 181
 182   }
 183
 184   int findSeq(MouseEvent evt)
 185   {
 186     int seq = 0;
 187     int y = evt.getY();
 188
 189     if (av.wrapAlignment)
 190     {
 191       int hgap = av.charHeight;
 192       if (av.scaleAboveWrapped)
 193       {
 194         hgap += av.charHeight;
 195       }
 196
 197       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 198               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 199
 200       y -= hgap;
 201
 202       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.alignment
 203               .getHeight() - 1);
 204     }
 205     else
 206     {
 207       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),
 208               av.alignment.getHeight() - 1);
 209     }
 210
 211     return seq;
 212   }
 213
 214   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 215   {
 216     Vector tmp = new Vector();
 217     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 218     if (features != null)
 219     {
 220       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 221       {
 222         if (av.featuresDisplayed == null
 223                 || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))
 224         {
 225           continue;
 226         }
 227
 228         if (features[i].featureGroup != null
 229                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 230                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 231                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 232                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 233                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 234           continue;
 235
 236         if ((features[i].getBegin() <= res)
 237                 && (features[i].getEnd() >= res))
 238         {
 239           tmp.addElement(features[i]);
 240         }
 241       }
 242     }
 243
 244     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 245     tmp.copyInto(features);
 246
 247     return features;
 248   }
 249
 250   void endEditing()
 251   {
 252     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 253     {
 254       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 255       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 256               .getSequences());
 257     }
 258
 259     startseq = -1;
 260     lastres = -1;
 261     editingSeqs = false;
 262     groupEditing = false;
 263     keyboardNo1 = null;
 264     keyboardNo2 = null;
 265     editCommand = null;
 266   }
 267
 268   void setCursorRow()
 269   {
 270     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 271     scrollToVisible();
 272   }
 273
 274   void setCursorColumn()
 275   {
 276     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 277     scrollToVisible();
 278   }
 279
 280   void setCursorRowAndColumn()
 281   {
 282     if (keyboardNo2 == null)
 283     {
 284       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 285     }
 286     else
 287     {
 288       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 289       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 290       scrollToVisible();
 291     }
 292   }
 293
 294   void setCursorPosition()
 295   {
 296     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 297             seqCanvas.cursorY);
 298
 299     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1() - 1);
 300     scrollToVisible();
 301   }
 302
 303   void moveCursor(int dx, int dy)
 304   {
 305     seqCanvas.cursorX += dx;
 306     seqCanvas.cursorY += dy;
 307     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 308     {
 309       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 310       int maxWidth = av.alignment.getWidth();
 311
 312       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)
 313               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 314       {
 315         seqCanvas.cursorX += dx;
 316       }
 317
 318       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 319               || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 320       {
 321         seqCanvas.cursorX = original;
 322       }
 323     }
 324
 325     scrollToVisible();
 326   }
 327
 328   void scrollToVisible()
 329   {
 330     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 331     {
 332       seqCanvas.cursorX = 0;
 333     }
 334     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)
 335     {
 336       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;
 337     }
 338
 339     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 340     {
 341       seqCanvas.cursorY = 0;
 342     }
 343     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)
 344     {
 345       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;
 346     }
 347
 348     endEditing();
 349     if (av.wrapAlignment)
 350     {
 351       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 352     }
 353     else
 354     {
 355       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 356       {
 357         ap.scrollUp(true);
 358       }
 359       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 360       {
 361         ap.scrollUp(false);
 362       }
 363       if (!av.wrapAlignment)
 364       {
 365         while (seqCanvas.cursorX < av.colSel
 366                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 367         {
 368           if (!ap.scrollRight(false))
 369           {
 370             break;
 371           }
 372         }
 373         while (seqCanvas.cursorX > av.colSel
 374                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 375         {
 376           if (!ap.scrollRight(true))
 377           {
 378             break;
 379           }
 380         }
 381       }
 382     }
 383     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 384             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 385
 386     seqCanvas.repaint();
 387   }
 388
 389   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 390   {
 391     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 392             seqCanvas.cursorY);
 393
 394     if (av.getSelectionGroup() != null)
 395     {
 396       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;
 397       // Find the top and bottom of this group
 398       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;
 399       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 400       {
 401         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 402         if (index > max)
 403         {
 404           max = index;
 405         }
 406         if (index < min)
 407         {
 408           min = index;
 409         }
 410       }
 411
 412       max++;
 413
 414       if (topLeft)
 415       {
 416         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 417         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 418         {
 419           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 420         }
 421
 422         min = seqCanvas.cursorY;
 423       }
 424       else
 425       {
 426         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 427         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 428         {
 429           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 430         }
 431
 432         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 433       }
 434
 435       if (min > max)
 436       {
 437         // Only the user can do this
 438         av.setSelectionGroup(null);
 439       }
 440       else
 441       {
 442         // Now add any sequences between min and max
 443         sg.getSequences(null).clear();
 444         for (int i = min; i < max; i++)
 445         {
 446           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);
 447         }
 448       }
 449     }
 450
 451     if (av.getSelectionGroup() == null)
 452     {
 453       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 454       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 455       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 456       sg.addSequence(sequence, false);
 457       av.setSelectionGroup(sg);
 458     }
 459
 460     ap.paintAlignment(false);
 461     av.sendSelection();
 462   }
 463
 464   void insertGapAtCursor(boolean group)
 465   {
 466     groupEditing = group;
 467     startseq = seqCanvas.cursorY;
 468     lastres = seqCanvas.cursorX;
 469     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 470     endEditing();
 471   }
 472
 473   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 474   {
 475     groupEditing = group;
 476     startseq = seqCanvas.cursorY;
 477     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 478     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 479     endEditing();
 480   }
 481
 482   void numberPressed(char value)
 483   {
 484     if (keyboardNo1 == null)
 485     {
 486       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 487     }
 488
 489     if (keyboardNo2 != null)
 490     {
 491       keyboardNo2.append(value);
 492     }
 493     else
 494     {
 495       keyboardNo1.append(value);
 496     }
 497   }
 498
 499   int getKeyboardNo1()
 500   {
 501     if (keyboardNo1 == null)
 502       return 1;
 503     else
 504     {
 505       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 506       keyboardNo1 = null;
 507       return value;
 508     }
 509   }
 510
 511   int getKeyboardNo2()
 512   {
 513     if (keyboardNo2 == null)
 514       return 1;
 515     else
 516     {
 517       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 518       keyboardNo2 = null;
 519       return value;
 520     }
 521   }
 522
 523   /**
 524    * DOCUMENT ME!
 525    *
 526    * @param evt
 527    *                DOCUMENT ME!
 528    */
 529   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 530   {
 531     mouseDragging = false;
 532     mouseWheelPressed = false;
 533
 534     if (!editingSeqs)
 535     {
 536       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 537       return;
 538     }
 539
 540     endEditing();
 541   }
 542
 543   /**
 544    * DOCUMENT ME!
 545    *
 546    * @param evt
 547    *                DOCUMENT ME!
 548    */
 549   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 550   {
 551     lastMousePress = evt.getPoint();
 552
 553     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 554     {
 555       mouseWheelPressed = true;
 556       return;
 557     }
 558
 559     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 560     {
 561       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 562       {
 563         groupEditing = true;
 564       }
 565       editingSeqs = true;
 566     }
 567     else
 568     {
 569       doMousePressedDefineMode(evt);
 570       return;
 571     }
 572
 573     int seq = findSeq(evt);
 574     int res = findRes(evt);
 575
 576     if (seq < 0 || res < 0)
 577     {
 578       return;
 579     }
 580
 581     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 582             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 583     {
 584       startseq = seq;
 585       lastres = res;
 586     }
 587     else
 588     {
 589       startseq = -1;
 590       lastres = -1;
 591     }
 592
 593     return;
 594   }
 595
 596   String lastMessage;
 597
 598   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 599   {
 600     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 601
 602     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 603     {
 604       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 605       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos);
 606     }
 607     lastMessage = tmp;
 608   }
 609
 610   public void highlightSequence(SearchResults results)
 611   {
 612     if (av.followHighlight)
 613     {
 614       ap.scrollToPosition(results, false);
 615     }
 616     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 617   }
 618
 619   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 620   {
 621     System.out.println("update the seqPanel colours");
 622     // repaint();
 623   }
 624
 625   /**
 626    * DOCUMENT ME!
 627    *
 628    * @param evt
 629    *                DOCUMENT ME!
 630    */
 631   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 632   {
 633     if (editingSeqs)
 634     {
 635       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 636       // If control is down, other platforms will not.
 637       mouseDragged(evt);
 638     }
 639
 640     int res = findRes(evt);
 641     int seq = findSeq(evt);
 642     int pos;
 643     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 644     {
 645       return;
 646     }
 647
 648     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 649
 650     if (res >= sequence.getLength())
 651     {
 652       return;
 653     }
 654
 655     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 656     if (ssm != null && pos > -1)
 657       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 658
 659     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 660
 661     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);
 662     if (groups != null)
 663     {
 664       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 665       {
 666         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 667         {
 668           if (tooltipText.length() > 6)
 669           {
 670             tooltipText.append("<br>");
 671           }
 672
 673           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 674                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 675           {
 676             tooltipText.append(groups[g].getName());
 677           }
 678
 679           if (groups[g].getDescription() != null)
 680           {
 681             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 682           }
 683         }
 684       }
 685     }
 686
 687     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 688     if (av.showSequenceFeatures)
 689     {
 690       int rpos;
 691       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence
 692               .getDatasetSequence(), rpos = sequence.findPosition(res));
 693       appendFeatures(tooltipText, linkImageURL.toString(), rpos, features);
 694     }
 695     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
 696     {
 697       setToolTipText(null);
 698       lastTooltip = null;
 699     }
 700     else
 701     {
 702       tooltipText.append("</html>");
 703       if (lastTooltip == null
 704               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 705       {
 706         setToolTipText(tooltipText.toString());
 707         lastTooltip = tooltipText.toString();
 708       }
 709
 710     }
 711
 712   }
 713
 714   /* (non-Javadoc)
 715    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 716    */
 717   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 718   {
 719     int x=event.getX(),w=getWidth();
 720     int wdth = (w-x<200) ? -(w/2) : 5; // switch sides when tooltip is too close to edge
 721     Point p = (tooltipText!=null && tooltipText.length()>6) ?
 722             new Point(event.getX()+wdth, event.getY()-20) : null;
 723         /* TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 724        */
 725     return p;
 726   }
 727
 728   /**
 729    * appends the features at rpos to the given stringbuffer ready for display in
 730    * a tooltip
 731    *
 732    * @param tooltipText2
 733    * @param linkImageURL
 734    * @param rpos
 735    * @param features
 736    *                TODO refactor to Jalview 'utilities' somehow.
 737    */
 738   public static void appendFeatures(StringBuffer tooltipText2,
 739           String linkImageURL, int rpos, SequenceFeature[] features)
 740   {
 741     String tmpString;
 742     if (features != null)
 743     {
 744       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 745       {
 746         if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))
 747         {
 748           if (features[i].getBegin() == rpos
 749                   || features[i].getEnd() == rpos)
 750           {
 751             if (tooltipText2.length() > 6)
 752             {
 753               tooltipText2.append("<br>");
 754             }
 755             tooltipText2.append("disulfide bond " + features[i].getBegin()
 756                     + ":" + features[i].getEnd());
 757             if (features[i].links != null)
 758             {
 759               tooltipText2.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");
 760             }
 761           }
 762         }
 763         else
 764         {
 765           if (tooltipText2.length() > 6)
 766           {
 767             tooltipText2.append("<br>");
 768           }
 769           // TODO: remove this hack to display link only features
 770           boolean linkOnly = features[i].getValue("linkonly") != null;
 771           if (!linkOnly)
 772           {
 773             tooltipText2.append(features[i].getType() + " ");
 774             if (rpos != 0)
 775             {
 776               // we are marking a positional feature
 777               tooltipText2.append(features[i].begin);
 778             }
 779             if (features[i].begin != features[i].end)
 780             {
 781               tooltipText2.append(" " + features[i].end);
 782             }
 783
 784             if (features[i].getDescription() != null
 785                     && !features[i].description.equals(features[i]
 786                             .getType()))
 787             {
 788               tmpString = features[i].getDescription();
 789               int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");
 790               if (startTag > -1)
 791               {
 792                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);
 793               }
 794               int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");
 795               if (endTag > -1)
 796               {
 797                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);
 798               }
 799               endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");
 800               if (endTag > -1)
 801               {
 802                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);
 803               }
 804
 805               if (startTag > -1)
 806               {
 807                 tooltipText2.append("; " + tmpString);
 808               }
 809               else
 810               {
 811                 if (tmpString.indexOf("<") > -1
 812                         || tmpString.indexOf(">") > -1)
 813                 {
 814                   // The description does not specify html is to
 815                   // be used, so we must remove < > symbols
 816                   tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");
 817                   tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");
 818
 819                   tooltipText2.append("; ");
 820                   tooltipText2.append(tmpString);
 821
 822                 }
 823                 else
 824                 {
 825                   tooltipText2.append("; " + tmpString);
 826                 }
 827               }
 828             }
 829             // TODO: check min/max range for this feature type to decide if
 830             // score should be shown
 831             if (features[i].getScore() != Float.NaN)
 832             {
 833               tooltipText2.append(" Score=" + features[i].getScore());
 834             }
 835             if (features[i].getValue("status") != null)
 836             {
 837               String status = features[i].getValue("status").toString();
 838               if (status.length() > 0)
 839               {
 840                 tooltipText2.append("; (" + features[i].getValue("status")
 841                         + ")");
 842               }
 843             }
 844           }
 845           if (features[i].links != null)
 846           {
 847             tooltipText2.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");
 848           }
 849
 850         }
 851       }
 852     }
 853   }
 854
 855   String lastTooltip;
 856
 857   /**
 858    * Set status message in alignment panel
 859    *
 860    * @param sequence
 861    *                aligned sequence object
 862    * @param res
 863    *                alignment column
 864    * @param seq
 865    *                index of sequence in alignment
 866    * @return position of res in sequence
 867    */
 868   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 869   {
 870     int pos = -1;
 871     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 872             + sequence.getName());
 873
 874     Object obj = null;
 875     if (av.alignment.isNucleotide())
 876     {
 877       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 878               + "");
 879       if (obj != null)
 880       {
 881         text.append(" Nucleotide: ");
 882       }
 883     }
 884     else
 885     {
 886       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 887       if (obj != null)
 888       {
 889         text.append("  Residue: ");
 890       }
 891     }
 892
 893     if (obj != null)
 894     {
 895       pos = sequence.findPosition(res);
 896       if (obj != "")
 897       {
 898         text.append(obj + " (" + pos + ")");
 899       }
 900     }
 901     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 902     return pos;
 903   }
 904
 905   /**
 906    * DOCUMENT ME!
 907    *
 908    * @param evt
 909    *                DOCUMENT ME!
 910    */
 911   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 912   {
 913     if (mouseWheelPressed)
 914     {
 915       int oldWidth = av.charWidth;
 916
 917       // Which is bigger, left-right or up-down?
 918       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 919               .getX()
 920               - lastMousePress.getX()))
 921       {
 922         int fontSize = av.font.getSize();
 923
 924         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 925         {
 926           fontSize--;
 927         }
 928         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 929         {
 930           fontSize++;
 931         }
 932
 933         if (fontSize < 1)
 934         {
 935           fontSize = 1;
 936         }
 937
 938         av
 939                 .setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(),
 940                         fontSize));
 941         av.charWidth = oldWidth;
 942         ap.fontChanged();
 943       }
 944       else
 945       {
 946         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)
 947         {
 948           av.charWidth--;
 949         }
 950         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 951         {
 952           av.charWidth++;
 953         }
 954
 955         ap.paintAlignment(false);
 956       }
 957
 958       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 959       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 960
 961       lastMousePress = evt.getPoint();
 962
 963       return;
 964     }
 965
 966     if (!editingSeqs)
 967     {
 968       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 969       return;
 970     }
 971
 972     int res = findRes(evt);
 973
 974     if (res < 0)
 975     {
 976       res = 0;
 977     }
 978
 979     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 980     {
 981       return;
 982     }
 983
 984     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 985     {
 986       // dragLeft, delete gap
 987       editSequence(false, res);
 988     }
 989     else
 990     {
 991       editSequence(true, res);
 992     }
 993
 994     mouseDragging = true;
 995     if (scrollThread != null)
 996     {
 997       scrollThread.setEvent(evt);
 998     }
 999   }
1000
1001   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1002   {
1003     int fixedLeft = -1;
1004     int fixedRight = -1;
1005     boolean fixedColumns = false;
1006     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1007
1008     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);
1009
1010     // No group, but the sequence may represent a group
1011     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)
1012     {
1013       if (av.hiddenRepSequences != null
1014               && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))
1015       {
1016         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);
1017         groupEditing = true;
1018       }
1019     }
1020
1021     StringBuffer message = new StringBuffer();
1022     if (groupEditing)
1023     {
1024       message.append("Edit group:");
1025       if (editCommand == null)
1026       {
1027         editCommand = new EditCommand("Edit Group");
1028       }
1029     }
1030     else
1031     {
1032       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1033       String label = seq.getName();
1034       if (label.length() > 10)
1035       {
1036         label = label.substring(0, 10);
1037       }
1038       if (editCommand == null)
1039       {
1040         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);
1041       }
1042     }
1043
1044     if (insertGap)
1045     {
1046       message.append(" insert ");
1047     }
1048     else
1049     {
1050       message.append(" delete ");
1051     }
1052
1053     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1054     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1055
1056     // Are we editing within a selection group?
1057     if (groupEditing
1058             || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences)
1059                     .contains(seq)))
1060     {
1061       fixedColumns = true;
1062
1063       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1064       // but the sequence represents a group
1065       if (sg == null)
1066       {
1067         if (av.hiddenRepSequences == null
1068                 || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))
1069         {
1070           endEditing();
1071           return;
1072         }
1073         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);
1074       }
1075
1076       fixedLeft = sg.getStartRes();
1077       fixedRight = sg.getEndRes();
1078
1079       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1080               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1081               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1082               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1083       {
1084         endEditing();
1085         return;
1086       }
1087
1088       if (fixedLeft > startres)
1089       {
1090         fixedRight = fixedLeft - 1;
1091         fixedLeft = 0;
1092       }
1093       else if (fixedRight < startres)
1094       {
1095         fixedLeft = fixedRight;
1096         fixedRight = -1;
1097       }
1098     }
1099
1100     if (av.hasHiddenColumns)
1101     {
1102       fixedColumns = true;
1103       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1104       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1105
1106       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1107               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1108       {
1109         endEditing();
1110         return;
1111       }
1112
1113       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1114       // Selection spans a hidden region
1115       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1116       {
1117         if (startres >= y2)
1118         {
1119           fixedLeft = y2;
1120         }
1121         else
1122         {
1123           fixedRight = y2 - 1;
1124         }
1125       }
1126     }
1127
1128     if (groupEditing)
1129     {
1130       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);
1131       int g, groupSize = vseqs.size();
1132       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1133       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1134       {
1135         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);
1136       }
1137
1138       // drag to right
1139       if (insertGap)
1140       {
1141         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1142         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1143         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1144                 && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1)
1145         {
1146           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);
1147           fixedRight = sg.getEndRes();
1148         }
1149
1150         // Is it valid with fixed columns??
1151         // Find the next gap before the end
1152         // of the visible region boundary
1153         boolean blank = false;
1154         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1155         {
1156           blank = true;
1157
1158           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1159           {
1160             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1161             {
1162               if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g]
1163                       .getCharAt(fixedRight - j)))
1164               {
1165                 blank = false;
1166                 break;
1167               }
1168             }
1169           }
1170           if (blank)
1171           {
1172             break;
1173           }
1174         }
1175
1176         if (!blank)
1177         {
1178           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())
1179           {
1180             if ((av.hasHiddenColumns && startres < av.getColumnSelection()
1181                     .getHiddenBoundaryRight(startres)))
1182             {
1183               endEditing();
1184               return;
1185             }
1186
1187             int alWidth = av.alignment.getWidth();
1188             if (av.hasHiddenRows)
1189             {
1190               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();
1191               if (hwidth > alWidth)
1192               {
1193                 alWidth = hwidth;
1194               }
1195             }
1196             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1197             // contains all the sequences
1198             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1199             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1200           }
1201           else
1202           {
1203             endEditing();
1204             return;
1205           }
1206         }
1207       }
1208
1209       // drag to left
1210       else if (!insertGap)
1211       {
1212         // / Are we able to delete?
1213         // ie are all columns blank?
1214
1215         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1216         {
1217           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1218           {
1219             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1220             {
1221               continue;
1222             }
1223
1224             if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1225             {
1226               // Not a gap, block edit not valid
1227               endEditing();
1228               return;
1229             }
1230           }
1231         }
1232       }
1233
1234       if (insertGap)
1235       {
1236         // dragging to the right
1237         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1238         {
1239           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1240           {
1241             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1242           }
1243         }
1244         else
1245         {
1246           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, groupSeqs,
1247                   startres, startres - lastres, av.alignment, true);
1248         }
1249       }
1250       else
1251       {
1252         // dragging to the left
1253         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1254         {
1255           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1256           {
1257             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1258           }
1259         }
1260         else
1261         {
1262           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, groupSeqs,
1263                   startres, lastres - startres, av.alignment, true);
1264         }
1265
1266       }
1267     }
1268     else
1269     // ///Editing a single sequence///////////
1270     {
1271       if (insertGap)
1272       {
1273         // dragging to the right
1274         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1275         {
1276           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1277           {
1278             insertChar(j, new SequenceI[]
1279             { seq }, fixedRight);
1280           }
1281         }
1282         else
1283         {
1284           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1285           { seq }, lastres, startres - lastres, av.alignment, true);
1286         }
1287       }
1288       else
1289       {
1290         // dragging to the left
1291         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1292         {
1293           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1294           {
1295             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1296             {
1297               endEditing();
1298               break;
1299             }
1300             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1301             { seq }, fixedRight);
1302           }
1303         }
1304         else
1305         {
1306           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1307           int max = 0;
1308           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1309           {
1310             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1311             {
1312               break;
1313             }
1314             max++;
1315           }
1316
1317           if (max > 0)
1318           {
1319             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1320             { seq }, startres, max, av.alignment, true);
1321           }
1322         }
1323       }
1324     }
1325
1326     lastres = startres;
1327     seqCanvas.repaint();
1328   }
1329
1330   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1331   {
1332     int blankColumn = fixedColumn;
1333     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1334     {
1335       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1336       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1337
1338       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1339       {
1340         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1341         {
1342           // Theres a space, so break and insert the gap
1343           break;
1344         }
1345       }
1346
1347       if (blankColumn <= j)
1348       {
1349         blankColumn = fixedColumn;
1350         endEditing();
1351         return;
1352       }
1353     }
1354
1355     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1356             av.alignment, true);
1357
1358     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.alignment,
1359             true);
1360
1361   }
1362
1363   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1364   {
1365
1366     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.alignment,
1367             true);
1368
1369     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1370             av.alignment, true);
1371   }
1372
1373   /**
1374    * DOCUMENT ME!
1375    *
1376    * @param e
1377    *                DOCUMENT ME!
1378    */
1379   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1380   {
1381     if (oldSeq < 0)
1382     {
1383       oldSeq = 0;
1384     }
1385
1386     if (scrollThread != null)
1387     {
1388       scrollThread.running = false;
1389       scrollThread = null;
1390     }
1391   }
1392
1393   /**
1394    * DOCUMENT ME!
1395    *
1396    * @param e
1397    *                DOCUMENT ME!
1398    */
1399   public void mouseExited(MouseEvent e)
1400   {
1401     if (av.getWrapAlignment())
1402     {
1403       return;
1404     }
1405
1406     if (mouseDragging)
1407     {
1408       scrollThread = new ScrollThread();
1409     }
1410   }
1411
1412   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1413   {
1414     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));
1415     if (evt.getClickCount() > 1)
1416     {
1417       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1
1418               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
1419                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
1420       {
1421         av.setSelectionGroup(null);
1422       }
1423
1424       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence
1425               .getDatasetSequence(), sequence.findPosition(findRes(evt)));
1426
1427       if (features != null && features.length > 0)
1428       {
1429         SearchResults highlight = new SearchResults();
1430         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(), features[0]
1431                 .getEnd());
1432         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1433       }
1434       if (features != null && features.length > 0)
1435       {
1436         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
1437         { sequence }, features, false, ap);
1438
1439         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1440       }
1441     }
1442   }
1443
1444   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1445   {
1446     e.consume();
1447     if (e.getWheelRotation() > 0)
1448     {
1449       ap.scrollUp(false);
1450     }
1451     else
1452     {
1453       ap.scrollUp(true);
1454     }
1455   }
1456
1457   /**
1458    * DOCUMENT ME!
1459    *
1460    * @param evt
1461    *                DOCUMENT ME!
1462    */
1463   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1464   {
1465     int res = findRes(evt);
1466     int seq = findSeq(evt);
1467     oldSeq = seq;
1468
1469     startWrapBlock = wrappedBlock;
1470
1471     if (av.wrapAlignment && seq > av.alignment.getHeight())
1472     {
1473       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1474               "Cannot edit annotations in wrapped view.",
1475               "Wrapped view - no edit", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1476       return;
1477     }
1478
1479     if (seq < 0 || res < 0)
1480     {
1481       return;
1482     }
1483
1484     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1485
1486     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1487     {
1488       return;
1489     }
1490
1491     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1492
1493     if (stretchGroup == null)
1494     {
1495       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);
1496
1497       if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes())
1498               && (res < stretchGroup.getEndRes()))
1499       {
1500         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1501       }
1502       else
1503       {
1504         stretchGroup = null;
1505       }
1506     }
1507     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1508             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1509             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1510     {
1511       stretchGroup = null;
1512
1513       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);
1514
1515       if (allGroups != null)
1516       {
1517         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1518         {
1519           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1520                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1521           {
1522             stretchGroup = allGroups[i];
1523             break;
1524           }
1525         }
1526       }
1527
1528       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1529
1530     }
1531
1532     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
1533     {
1534       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence
1535               .getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));
1536       Vector links = new Vector();
1537       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1538       {
1539         if (allFeatures[i].links != null)
1540         {
1541           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1542           {
1543             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1544           }
1545         }
1546       }
1547
1548       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);
1549       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1550       return;
1551     }
1552
1553     if (av.cursorMode)
1554     {
1555       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1556       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1557       seqCanvas.repaint();
1558       return;
1559     }
1560
1561     if (stretchGroup == null)
1562     {
1563       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1564
1565       // define a new group here
1566       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1567       sg.setStartRes(res);
1568       sg.setEndRes(res);
1569       sg.addSequence(sequence, false);
1570       av.setSelectionGroup(sg);
1571
1572       stretchGroup = sg;
1573
1574       if (av.getConservationSelected())
1575       {
1576         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1577                 "Background");
1578       }
1579
1580       if (av.getAbovePIDThreshold())
1581       {
1582         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1583                 "Background");
1584       }
1585       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1586       {
1587         // Edit end res position of selected group
1588         changeEndRes = true;
1589       }
1590       else if ((stretchGroup != null)
1591               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1592       {
1593         // Edit end res position of selected group
1594         changeStartRes = true;
1595       }
1596       stretchGroup.getWidth();
1597     }
1598
1599     seqCanvas.repaint();
1600   }
1601
1602   /**
1603    * DOCUMENT ME!
1604    *
1605    * @param evt
1606    *                DOCUMENT ME!
1607    */
1608   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1609   {
1610     if (stretchGroup == null)
1611     {
1612       return;
1613     }
1614
1615     if (stretchGroup.cs != null)
1616     {
1617       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)
1618       {
1619         ((ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup
1620                 .getSequences(av.hiddenRepSequences), stretchGroup
1621                 .getWidth());
1622       }
1623
1624       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme
1625               || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme
1626               || stretchGroup.cs.conservationApplied()
1627               || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1628       {
1629         stretchGroup.recalcConservation();
1630       }
1631
1632       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1633       {
1634         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup
1635                 .getName());
1636       }
1637       else
1638       {
1639         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup
1640                 .getName());
1641       }
1642       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1643       ap.paintAlignment(true);
1644     }
1645
1646     changeEndRes = false;
1647     changeStartRes = false;
1648     stretchGroup = null;
1649     av.sendSelection();
1650   }
1651
1652   /**
1653    * DOCUMENT ME!
1654    *
1655    * @param evt
1656    *                DOCUMENT ME!
1657    */
1658   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1659   {
1660     int res = findRes(evt);
1661     int y = findSeq(evt);
1662
1663     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1664     {
1665       return;
1666     }
1667
1668     if (stretchGroup == null)
1669     {
1670       return;
1671     }
1672
1673     if (res >= av.alignment.getWidth())
1674     {
1675       res = av.alignment.getWidth() - 1;
1676     }
1677
1678     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1679     {
1680       // Edit end res position of selected group
1681       changeEndRes = true;
1682     }
1683     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1684     {
1685       // Edit start res position of selected group
1686       changeStartRes = true;
1687     }
1688
1689     if (res < av.getStartRes())
1690     {
1691       res = av.getStartRes();
1692     }
1693
1694     if (changeEndRes)
1695     {
1696       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1697       {
1698         stretchGroup.setEndRes(res);
1699       }
1700     }
1701     else if (changeStartRes)
1702     {
1703       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1704       {
1705         stretchGroup.setStartRes(res);
1706       }
1707     }
1708
1709     int dragDirection = 0;
1710
1711     if (y > oldSeq)
1712     {
1713       dragDirection = 1;
1714     }
1715     else if (y < oldSeq)
1716     {
1717       dragDirection = -1;
1718     }
1719
1720     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))
1721     {
1722       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1723       // selection is quite slow.
1724       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1725
1726       oldSeq += dragDirection;
1727
1728       if (oldSeq < 0)
1729       {
1730         break;
1731       }
1732
1733       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1734
1735       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1736       {
1737         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1738       }
1739       else
1740       {
1741         if (seq != null)
1742         {
1743           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1744         }
1745
1746         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1747       }
1748     }
1749
1750     if (oldSeq < 0)
1751     {
1752       oldSeq = -1;
1753     }
1754
1755     mouseDragging = true;
1756
1757     if (scrollThread != null)
1758     {
1759       scrollThread.setEvent(evt);
1760     }
1761
1762     seqCanvas.repaint();
1763   }
1764
1765   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1766   {
1767     if (evt == null)
1768     {
1769       if (scrollThread != null)
1770       {
1771         scrollThread.running = false;
1772         scrollThread = null;
1773       }
1774       mouseDragging = false;
1775     }
1776     else
1777     {
1778       if (scrollThread == null)
1779       {
1780         scrollThread = new ScrollThread();
1781       }
1782
1783       mouseDragging = true;
1784       scrollThread.setEvent(evt);
1785     }
1786
1787   }
1788
1789   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1790   class ScrollThread extends Thread
1791   {
1792     MouseEvent evt;
1793
1794     boolean running = false;
1795
1796     public ScrollThread()
1797     {
1798       start();
1799     }
1800
1801     public void setEvent(MouseEvent e)
1802     {
1803       evt = e;
1804     }
1805
1806     public void stopScrolling()
1807     {
1808       running = false;
1809     }
1810
1811     public void run()
1812     {
1813       running = true;
1814
1815       while (running)
1816       {
1817         if (evt != null)
1818         {
1819           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1820           {
1821             running = ap.scrollUp(true);
1822           }
1823
1824           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1825                   && (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))
1826           {
1827             running = ap.scrollUp(false);
1828           }
1829
1830           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1831           {
1832             running = ap.scrollRight(false);
1833           }
1834           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1835           {
1836             running = ap.scrollRight(true);
1837           }
1838         }
1839
1840         try
1841         {
1842           Thread.sleep(20);
1843         } catch (Exception ex)
1844         {
1845         }
1846       }
1847     }
1848   }
1849
1850   /**
1851    * modify current selection according to a received message.
1852    */
1853   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1854           SelectionSource source)
1855   {
1856     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1857     // handles selection messages...
1858     if (av == source)
1859     {
1860       return;
1861     }
1862     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1863     // suspect)
1864     boolean repaint = false;
1865     if (av.followSelection)
1866     {
1867       if (av.selectionGroup == null || !av.isSelectionGroupChanged())
1868       {
1869         SequenceGroup sgroup = (seqsel != null) ? seqsel.intersect(
1870                 av.alignment, (av.hasHiddenRows) ? av.hiddenRepSequences
1871                         : null) : null;
1872         if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1873         {
1874           av.setSelectionGroup(sgroup);
1875         }
1876         else
1877         {
1878           av.setSelectionGroup(null);
1879         }
1880         repaint = av.isSelectionGroupChanged();
1881       }
1882       if (av.colSel == null || !av.isColSelChanged())
1883       {
1884         // Check to see if the current selection is from a previous message
1885         if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1886         {
1887           av.colSel.clear();
1888         }
1889         else
1890         {
1891           av.colSel = new ColumnSelection(colsel);
1892         }
1893         repaint |= av.isColSelChanged();
1894       }
1895     }
1896     if (repaint)
1897     {
1898       // probably finessing with multiple redraws here
1899       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1900       // ap.paintAlignment(false);
1901     }
1902   }
1903 }