src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import jalview.structure.*;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class SeqPanel\r
  39     extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43   /** DOCUMENT ME!! */\r
  44   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46   /** DOCUMENT ME!! */\r
  47   public AlignmentPanel ap;\r
  48   protected int lastres;\r
  49   protected int startseq;\r
  50   protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52   ScrollThread scrollThread = null;\r
  53   boolean mouseDragging = false;\r
  54   boolean editingSeqs = false;\r
  55   boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59   //////////////////////////////////////////\r
  60   int oldSeq = -1;\r
  61   boolean changeEndSeq = false;\r
  62   boolean changeStartSeq = false;\r
  63   boolean changeEndRes = false;\r
  64   boolean changeStartRes = false;\r
  65   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66   boolean remove = false;\r
  67 \r
  68   Point lastMousePress;\r
  69   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70   StringBuffer keyboardNo1;\r
  71   StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73   java.net.URL linkImageURL;\r
  74 \r
  75   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  76   String tmpString;\r
  77 \r
  78   EditCommand editCommand;\r
  79 \r
  80   StructureSelectionManager ssm;\r
  81 \r
  82 \r
  83   /**\r
  84    * Creates a new SeqPanel object.\r
  85    *\r
  86    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  87    * @param p DOCUMENT ME!\r
  88    */\r
  89   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  90   {\r
  91     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  92     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  93     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  94     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  95     this.av = av;\r
  96     setBackground(Color.white);\r
  97 \r
  98     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);\r
  99     setLayout(new BorderLayout());\r
 100     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
 101 \r
 102     this.ap = ap;\r
 103 \r
 104     if (!av.isDataset())\r
 105     {\r
 106       addMouseMotionListener(this);\r
 107       addMouseListener(this);\r
 108       addMouseWheelListener(this);\r
 109       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 110       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   int startWrapBlock = -1;\r
 115   int wrappedBlock = -1;\r
 116   int findRes(MouseEvent evt)\r
 117   {\r
 118     int res = 0;\r
 119     int x = evt.getX();\r
 120 \r
 121     if (av.wrapAlignment)\r
 122     {\r
 123 \r
 124       int hgap = av.charHeight;\r
 125       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 126       {\r
 127         hgap += av.charHeight;\r
 128       }\r
 129 \r
 130       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 131           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 132 \r
 133       int y = evt.getY();\r
 134       y -= hgap;\r
 135       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 136 \r
 137       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 138       if (cwidth < 1)\r
 139       {\r
 140         return 0;\r
 141       }\r
 142 \r
 143       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 144       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 145 \r
 146       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 147 \r
 148     }\r
 149     else\r
 150     {\r
 151       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (av.hasHiddenColumns)\r
 155     {\r
 156       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return res;\r
 160 \r
 161   }\r
 162 \r
 163   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 164   {\r
 165     int seq = 0;\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167 \r
 168     if (av.wrapAlignment)\r
 169     {\r
 170       int hgap = av.charHeight;\r
 171       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 172       {\r
 173         hgap += av.charHeight;\r
 174       }\r
 175 \r
 176       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 177           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 178 \r
 179       y -= hgap;\r
 180 \r
 181       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 182                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 183     }\r
 184     else\r
 185     {\r
 186       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 187                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     return seq;\r
 191   }\r
 192 \r
 193   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 194   {\r
 195     Vector tmp = new Vector();\r
 196     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 197     if (features != null)\r
 198     {\r
 199       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 200       {\r
 201         if (av.featuresDisplayed == null\r
 202             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 203         {\r
 204           continue;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         if (features[i].featureGroup != null\r
 208            && seqCanvas.fr.featureGroups!=null\r
 209             && seqCanvas.fr.featureGroups.containsKey(features[i].featureGroup)\r
 210             && !((Boolean)seqCanvas.fr.featureGroups.get(features[i].featureGroup)).booleanValue())\r
 211           continue;\r
 212 \r
 213 \r
 214         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 215             (features[i].getEnd() >= res))\r
 216         {\r
 217           tmp.addElement(features[i]);\r
 218         }\r
 219       }\r
 220     }\r
 221 \r
 222     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 223     tmp.copyInto(features);\r
 224 \r
 225     return features;\r
 226   }\r
 227 \r
 228 \r
 229   void endEditing()\r
 230   {\r
 231     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
 232     {\r
 233       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 234       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 235                             av.getAlignment().getSequences());\r
 236     }\r
 237 \r
 238     startseq = -1;\r
 239     lastres = -1;\r
 240     editingSeqs = false;\r
 241     groupEditing = false;\r
 242     keyboardNo1 = null;\r
 243     keyboardNo2 = null;\r
 244     editCommand = null;\r
 245   }\r
 246 \r
 247   void setCursorRow()\r
 248   {\r
 249     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
 250     scrollToVisible();\r
 251   }\r
 252 \r
 253   void setCursorColumn()\r
 254   {\r
 255     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 256     scrollToVisible();\r
 257   }\r
 258 \r
 259   void setCursorRowAndColumn()\r
 260   {\r
 261     if (keyboardNo2 == null)\r
 262     {\r
 263       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 264     }\r
 265     else\r
 266     {\r
 267       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 268       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
 269       scrollToVisible();\r
 270     }\r
 271   }\r
 272 \r
 273   void setCursorPosition()\r
 274   {\r
 275     SequenceI sequence =\r
 276         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 277 \r
 278     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 279         getKeyboardNo1() - 1\r
 280         );\r
 281     scrollToVisible();\r
 282   }\r
 283 \r
 284   void moveCursor(int dx, int dy)\r
 285   {\r
 286     seqCanvas.cursorX += dx;\r
 287     seqCanvas.cursorY += dy;\r
 288     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 289     {\r
 290       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 291       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 292 \r
 293       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 294              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
 295              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
 296       {\r
 297         seqCanvas.cursorX += dx;\r
 298       }\r
 299 \r
 300       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
 301           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 302       {\r
 303         seqCanvas.cursorX = original;\r
 304       }\r
 305     }\r
 306 \r
 307     scrollToVisible();\r
 308   }\r
 309 \r
 310   void scrollToVisible()\r
 311   {\r
 312     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 313     {\r
 314       seqCanvas.cursorX = 0;\r
 315     }\r
 316     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 317     {\r
 318       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 319     }\r
 320 \r
 321     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 322     {\r
 323       seqCanvas.cursorY = 0;\r
 324     }\r
 325     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 326     {\r
 327       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     endEditing();\r
 331     if (av.wrapAlignment)\r
 332     {\r
 333       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 334     }\r
 335     else\r
 336     {\r
 337       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 338       {\r
 339         ap.scrollUp(true);\r
 340       }\r
 341       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 342       {\r
 343         ap.scrollUp(false);\r
 344       }\r
 345       if (!av.wrapAlignment)\r
 346       {\r
 347         while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 348         {\r
 349           if (!ap.scrollRight(false))\r
 350           {\r
 351             break;\r
 352           }\r
 353         }\r
 354         while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 355         {\r
 356           if (!ap.scrollRight(true))\r
 357           {\r
 358             break;\r
 359           }\r
 360         }\r
 361       }\r
 362     }\r
 363     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 364                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 365 \r
 366     seqCanvas.repaint();\r
 367   }\r
 368 \r
 369   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 370   {\r
 371     SequenceI sequence =\r
 372         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 373 \r
 374     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 375     {\r
 376       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 377       //Find the top and bottom of this group\r
 378       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 379       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 380       {\r
 381         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
 382         if (index > max)\r
 383         {\r
 384           max = index;\r
 385         }\r
 386         if (index < min)\r
 387         {\r
 388           min = index;\r
 389         }\r
 390       }\r
 391 \r
 392       max++;\r
 393 \r
 394       if (topLeft)\r
 395       {\r
 396         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 397         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
 398         {\r
 399           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 400         }\r
 401 \r
 402         min = seqCanvas.cursorY;\r
 403       }\r
 404       else\r
 405       {\r
 406         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 407         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
 408         {\r
 409           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 410         }\r
 411 \r
 412         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
 413       }\r
 414 \r
 415       if (min > max)\r
 416       {\r
 417         // Only the user can do this\r
 418         av.setSelectionGroup(null);\r
 419       }\r
 420       else\r
 421       {\r
 422         // Now add any sequences between min and max\r
 423         sg.getSequences(null).clear();\r
 424         for (int i = min; i < max; i++)\r
 425         {\r
 426           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 427         }\r
 428       }\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 432     {\r
 433       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 434       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 435       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 436       sg.addSequence(sequence, false);\r
 437       av.setSelectionGroup(sg);\r
 438     }\r
 439 \r
 440     ap.paintAlignment(false);\r
 441   }\r
 442 \r
 443   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 444   {\r
 445     groupEditing = group;\r
 446     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 447     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 448     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
 449     endEditing();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 453   {\r
 454     groupEditing = group;\r
 455     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 456     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
 457     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 458     endEditing();\r
 459   }\r
 460 \r
 461   void numberPressed(char value)\r
 462   {\r
 463     if (keyboardNo1 == null)\r
 464     {\r
 465       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 466     }\r
 467 \r
 468     if (keyboardNo2 != null)\r
 469     {\r
 470       keyboardNo2.append(value);\r
 471     }\r
 472     else\r
 473     {\r
 474       keyboardNo1.append(value);\r
 475     }\r
 476   }\r
 477 \r
 478   int getKeyboardNo1()\r
 479   {\r
 480     if (keyboardNo1 == null)\r
 481       return 1;\r
 482     else\r
 483     {\r
 484       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
 485       keyboardNo1 = null;\r
 486       return value;\r
 487     }\r
 488   }\r
 489 \r
 490   int getKeyboardNo2()\r
 491   {\r
 492     if (keyboardNo2 == null)\r
 493       return 1;\r
 494     else\r
 495     {\r
 496       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
 497       keyboardNo2 = null;\r
 498       return value;\r
 499     }\r
 500   }\r
 501 \r
 502   /**\r
 503    * DOCUMENT ME!\r
 504    *\r
 505    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 506    */\r
 507   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 508   {\r
 509     mouseDragging = false;\r
 510     mouseWheelPressed = false;\r
 511 \r
 512     if (!editingSeqs)\r
 513     {\r
 514       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 515       return;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     endEditing();\r
 519   }\r
 520 \r
 521   /**\r
 522    * DOCUMENT ME!\r
 523    *\r
 524    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 525    */\r
 526   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 527   {\r
 528     lastMousePress = evt.getPoint();\r
 529 \r
 530     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 531     {\r
 532       mouseWheelPressed = true;\r
 533       return;\r
 534     }\r
 535 \r
 536     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 537         evt.isControlDown())\r
 538     {\r
 539       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 540       {\r
 541         groupEditing = true;\r
 542       }\r
 543       editingSeqs = true;\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       doMousePressedDefineMode(evt);\r
 548       return;\r
 549     }\r
 550 \r
 551     int seq = findSeq(evt);\r
 552     int res = findRes(evt);\r
 553 \r
 554     if (seq < 0 || res < 0)\r
 555     {\r
 556       return;\r
 557     }\r
 558 \r
 559     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 560         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 561     {\r
 562       startseq = seq;\r
 563       lastres = res;\r
 564     }\r
 565     else\r
 566     {\r
 567       startseq = -1;\r
 568       lastres = -1;\r
 569     }\r
 570 \r
 571     return;\r
 572   }\r
 573 \r
 574   String lastMessage;\r
 575   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
 576   {\r
 577     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
 578     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
 579       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
 580 \r
 581     lastMessage = tmp;\r
 582   }\r
 583 \r
 584 \r
 585   public void highlightSequence(SearchResults results)\r
 586   {\r
 587       seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 588   }\r
 589 \r
 590   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
 591   {\r
 592     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
 593     //repaint();\r
 594   }\r
 595 \r
 596   /**\r
 597    * DOCUMENT ME!\r
 598    *\r
 599    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 600    */\r
 601   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 602   {\r
 603     if (editingSeqs)\r
 604     {\r
 605       // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 606       // If control is down, other platforms will not.\r
 607       mouseDragged(evt);\r
 608     }\r
 609 \r
 610     int res = findRes(evt);\r
 611     int seq = findSeq(evt);\r
 612 \r
 613     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 614     {\r
 615       return;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 619 \r
 620     if (res > sequence.getLength())\r
 621     {\r
 622       return;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     if (ssm != null)\r
 626       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 627 \r
 628     setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 629 \r
 630     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 631 \r
 632     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 633     if (groups != null)\r
 634     {\r
 635       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
 636       {\r
 637         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
 638         {\r
 639           if (tooltipText.length() > 6)\r
 640           {\r
 641             tooltipText.append("<br>");\r
 642           }\r
 643 \r
 644           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 645               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 646           {\r
 647             tooltipText.append(groups[g].getName());\r
 648           }\r
 649 \r
 650           if (groups[g].getDescription() != null)\r
 651           {\r
 652             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());\r
 653           }\r
 654         }\r
 655       }\r
 656     }\r
 657 \r
 658     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 659     if (av.showSequenceFeatures)\r
 660     {\r
 661       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 662           sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 663 \r
 664       if (features != null)\r
 665       {\r
 666         for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 667         {\r
 668           if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 669           {\r
 670             if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 671                 || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 672             {\r
 673               if (tooltipText.length() > 6)\r
 674               {\r
 675                 tooltipText.append("<br>");\r
 676               }\r
 677               tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() +\r
 678                                  ":" +\r
 679                                  features[i].getEnd());\r
 680               if (features[i].links != null)\r
 681               {\r
 682                 tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 683               }\r
 684             }\r
 685           }\r
 686           else\r
 687           {\r
 688             if (tooltipText.length() > 6)\r
 689             {\r
 690               tooltipText.append("<br>");\r
 691             }\r
 692 \r
 693             tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 694                                features[i].begin);\r
 695             if (features[i].begin != features[i].end)\r
 696             {\r
 697               tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 698             }\r
 699 \r
 700             if (features[i].getDescription() != null\r
 701                 && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 702             {\r
 703               tmpString = features[i].getDescription();\r
 704               int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 705               if (startTag > -1)\r
 706               {\r
 707                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 708               }\r
 709               int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 710               if (endTag > -1)\r
 711               {\r
 712                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 713               }\r
 714               endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 715               if (endTag > -1)\r
 716               {\r
 717                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 718               }\r
 719 \r
 720               if (startTag > -1)\r
 721               {\r
 722                 tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 723               }\r
 724               else\r
 725               {\r
 726                 if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 727                 {\r
 728                   //The description does not specify html is to\r
 729                   //be used, so we must remove < > symbols\r
 730                   tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 731                   tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 732 \r
 733                   tooltipText.append("; ");\r
 734                   tooltipText.append(tmpString);\r
 735 \r
 736                 }\r
 737                 else\r
 738                 {\r
 739                   tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 740                 }\r
 741               }\r
 742             }\r
 743             if (features[i].getValue("status") != null)\r
 744             {\r
 745               String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 746               if (status.length() > 0)\r
 747               {\r
 748                 tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 749               }\r
 750             }\r
 751 \r
 752             if (features[i].links != null)\r
 753             {\r
 754               tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 755             }\r
 756 \r
 757           }\r
 758         }\r
 759       }\r
 760     }\r
 761 \r
 762     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 763     {\r
 764       setToolTipText(null);\r
 765     }\r
 766     else\r
 767     {\r
 768       tooltipText.append("</html>");\r
 769       if (lastTooltip == null || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))\r
 770         setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 771 \r
 772       lastTooltip = tooltipText.toString();\r
 773     }\r
 774 \r
 775   }\r
 776   String lastTooltip;\r
 777 \r
 778   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 779   {\r
 780     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 781                                          sequence.getName());\r
 782 \r
 783     Object obj = null;\r
 784     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 785     {\r
 786       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 787                                                  "");\r
 788       if (obj != null)\r
 789       {\r
 790         text.append(" Nucleotide: ");\r
 791       }\r
 792     }\r
 793     else\r
 794     {\r
 795       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 796       if (obj != null)\r
 797       {\r
 798         text.append("  Residue: ");\r
 799       }\r
 800     }\r
 801 \r
 802     if (obj != null)\r
 803     {\r
 804 \r
 805       if (obj != "")\r
 806       {\r
 807         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 808                     ")");\r
 809       }\r
 810     }\r
 811     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 812 \r
 813   }\r
 814 \r
 815   /**\r
 816    * DOCUMENT ME!\r
 817    *\r
 818    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 819    */\r
 820   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 821   {\r
 822     if (mouseWheelPressed)\r
 823     {\r
 824       int oldWidth = av.charWidth;\r
 825 \r
 826       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 827       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 828           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 829       {\r
 830         int fontSize = av.font.getSize();\r
 831 \r
 832         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 833         {\r
 834           fontSize--;\r
 835         }\r
 836         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 837         {\r
 838           fontSize++;\r
 839         }\r
 840 \r
 841         if (fontSize < 1)\r
 842         {\r
 843           fontSize = 1;\r
 844         }\r
 845 \r
 846         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 847         av.charWidth = oldWidth;\r
 848         ap.fontChanged();\r
 849       }\r
 850       else\r
 851       {\r
 852         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 853         {\r
 854           av.charWidth--;\r
 855         }\r
 856         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 857         {\r
 858           av.charWidth++;\r
 859         }\r
 860 \r
 861         ap.paintAlignment(false);\r
 862       }\r
 863 \r
 864       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 865       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 866 \r
 867       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 868 \r
 869       return;\r
 870     }\r
 871 \r
 872     if (!editingSeqs)\r
 873     {\r
 874       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 875       return;\r
 876     }\r
 877 \r
 878     int res = findRes(evt);\r
 879 \r
 880     if (res < 0)\r
 881     {\r
 882       res = 0;\r
 883     }\r
 884 \r
 885     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 886     {\r
 887       return;\r
 888     }\r
 889 \r
 890     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 891     {\r
 892       // dragLeft, delete gap\r
 893       editSequence(false, res);\r
 894     }\r
 895     else\r
 896     {\r
 897       editSequence(true, res);\r
 898     }\r
 899 \r
 900     mouseDragging = true;\r
 901     if (scrollThread != null)\r
 902     {\r
 903       scrollThread.setEvent(evt);\r
 904     }\r
 905   }\r
 906 \r
 907 \r
 908 \r
 909   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 910   {\r
 911     int fixedLeft = -1;\r
 912     int fixedRight = -1;\r
 913     boolean fixedColumns = false;\r
 914     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 915 \r
 916     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 917 \r
 918     //No group, but the sequence may represent a group\r
 919     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 920     {\r
 921       if (av.hiddenRepSequences != null\r
 922           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 923       {\r
 924         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 925         groupEditing = true;\r
 926       }\r
 927     }\r
 928 \r
 929     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 930     if (groupEditing)\r
 931     {\r
 932       message.append("Edit group:");\r
 933       if (editCommand == null)\r
 934       {\r
 935         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 936       }\r
 937     }\r
 938     else\r
 939     {\r
 940       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 941       String label = seq.getName();\r
 942       if (label.length() > 10)\r
 943       {\r
 944         label = label.substring(0, 10);\r
 945       }\r
 946       if (editCommand == null)\r
 947       {\r
 948         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
 949       }\r
 950     }\r
 951 \r
 952     if (insertGap)\r
 953     {\r
 954       message.append(" insert ");\r
 955     }\r
 956     else\r
 957     {\r
 958       message.append(" delete ");\r
 959     }\r
 960 \r
 961     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
 962     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 963 \r
 964     //Are we editing within a selection group?\r
 965     if (groupEditing\r
 966         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 967     {\r
 968       fixedColumns = true;\r
 969 \r
 970       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 971       //but the sequence represents a group\r
 972       if (sg == null)\r
 973       {\r
 974         if (av.hiddenRepSequences == null\r
 975             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 976         {\r
 977           endEditing();\r
 978           return;\r
 979         }\r
 980         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 981       }\r
 982 \r
 983       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 984       fixedRight = sg.getEndRes();\r
 985 \r
 986       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 987           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 988           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
 989           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 990       {\r
 991         endEditing();\r
 992         return;\r
 993       }\r
 994 \r
 995       if (fixedLeft > startres)\r
 996       {\r
 997         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 998         fixedLeft = 0;\r
 999       }\r
1000       else if (fixedRight < startres)\r
1001       {\r
1002         fixedLeft = fixedRight;\r
1003         fixedRight = -1;\r
1004       }\r
1005     }\r
1006 \r
1007     if (av.hasHiddenColumns)\r
1008     {\r
1009       fixedColumns = true;\r
1010       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
1011       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
1012 \r
1013       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
1014           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
1015       {\r
1016         endEditing();\r
1017         return;\r
1018       }\r
1019 \r
1020       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
1021       //Selection spans a hidden region\r
1022       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
1023       {\r
1024         if (startres >= y2)\r
1025         {\r
1026           fixedLeft = y2;\r
1027         }\r
1028         else\r
1029         {\r
1030           fixedRight = y2 - 1;\r
1031         }\r
1032       }\r
1033     }\r
1034 \r
1035     if (groupEditing)\r
1036     {\r
1037       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
1038       int g, groupSize = vseqs.size();\r
1039       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
1040       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
1041       {\r
1042         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
1043       }\r
1044 \r
1045       // drag to right\r
1046       if (insertGap)\r
1047       {\r
1048         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
1049         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
1050         if (sg.getStartRes() == 0\r
1051             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1052             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1053             )\r
1054         {\r
1055           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1056           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1057         }\r
1058 \r
1059         // Is it valid with fixed columns??\r
1060         // Find the next gap before the end\r
1061         // of the visible region boundary\r
1062         boolean blank = false;\r
1063         for (fixedRight = fixedRight;\r
1064              fixedRight > lastres;\r
1065              fixedRight--)\r
1066         {\r
1067           blank = true;\r
1068 \r
1069           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1070           {\r
1071             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1072             {\r
1073               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1074                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1075               {\r
1076                 blank = false;\r
1077                 break;\r
1078               }\r
1079             }\r
1080           }\r
1081           if (blank)\r
1082           {\r
1083             break;\r
1084           }\r
1085         }\r
1086 \r
1087         if (!blank)\r
1088         {\r
1089           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1090           {\r
1091             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1092                   &&\r
1093                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1094             {\r
1095               endEditing();\r
1096               return;\r
1097             }\r
1098 \r
1099             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1100             if (av.hasHiddenRows)\r
1101             {\r
1102               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1103               if (hwidth > alWidth)\r
1104               {\r
1105                 alWidth = hwidth;\r
1106               }\r
1107             }\r
1108             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1109             //contains all the sequences\r
1110             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1111             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1112           }\r
1113           else\r
1114           {\r
1115             endEditing();\r
1116             return;\r
1117           }\r
1118         }\r
1119       }\r
1120 \r
1121       // drag to left\r
1122       else if (!insertGap)\r
1123       {\r
1124         /// Are we able to delete?\r
1125         // ie are all columns blank?\r
1126 \r
1127         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1128         {\r
1129           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1130           {\r
1131             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1132             {\r
1133               continue;\r
1134             }\r
1135 \r
1136             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1137                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1138             {\r
1139               // Not a gap, block edit not valid\r
1140               endEditing();\r
1141               return;\r
1142             }\r
1143           }\r
1144         }\r
1145       }\r
1146 \r
1147       if (insertGap)\r
1148       {\r
1149         // dragging to the right\r
1150         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1151         {\r
1152           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1153           {\r
1154             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1155           }\r
1156         }\r
1157         else\r
1158         {\r
1159           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1160                                  groupSeqs,\r
1161                                  startres, startres - lastres,\r
1162                                  av.alignment,\r
1163                                  true);\r
1164         }\r
1165       }\r
1166       else\r
1167       {\r
1168         // dragging to the left\r
1169         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1170         {\r
1171           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1172           {\r
1173             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1174           }\r
1175         }\r
1176         else\r
1177         {\r
1178           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1179                                  groupSeqs,\r
1180                                  startres, lastres - startres,\r
1181                                  av.alignment,\r
1182                                  true);\r
1183         }\r
1184 \r
1185       }\r
1186     }\r
1187     else /////Editing a single sequence///////////\r
1188     {\r
1189       if (insertGap)\r
1190       {\r
1191         // dragging to the right\r
1192         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1193         {\r
1194           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1195           {\r
1196             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1197                        {seq}, fixedRight);\r
1198           }\r
1199         }\r
1200         else\r
1201         {\r
1202           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1203                                  new SequenceI[]\r
1204                                  {seq},\r
1205                                  lastres, startres - lastres,\r
1206                                  av.alignment,\r
1207                                  true);\r
1208         }\r
1209       }\r
1210       else\r
1211       {\r
1212         // dragging to the left\r
1213         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1214         {\r
1215           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1216           {\r
1217             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1218             {\r
1219               endEditing();\r
1220               break;\r
1221             }\r
1222             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1223                        {seq}, fixedRight);\r
1224           }\r
1225         }\r
1226         else\r
1227         {\r
1228           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1229           int max = 0;\r
1230           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1231           {\r
1232             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1233             {\r
1234               break;\r
1235             }\r
1236             max++;\r
1237           }\r
1238 \r
1239           if (max > 0)\r
1240           {\r
1241             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1242                                    new SequenceI[]\r
1243                                    {seq},\r
1244                                    startres, max,\r
1245                                    av.alignment,\r
1246                                    true);\r
1247           }\r
1248         }\r
1249       }\r
1250     }\r
1251 \r
1252     lastres = startres;\r
1253     seqCanvas.repaint();\r
1254   }\r
1255 \r
1256   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1257   {\r
1258     int blankColumn = fixedColumn;\r
1259     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1260     {\r
1261       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1262       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1263 \r
1264       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1265       {\r
1266         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1267         {\r
1268           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1269           break;\r
1270         }\r
1271       }\r
1272 \r
1273       if (blankColumn <= j)\r
1274       {\r
1275         blankColumn = fixedColumn;\r
1276         endEditing();\r
1277         return;\r
1278       }\r
1279     }\r
1280 \r
1281     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1282                            seq,\r
1283                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1284 \r
1285     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1286                            seq,\r
1287                            j, 1, av.alignment,\r
1288                            true);\r
1289 \r
1290   }\r
1291 \r
1292   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1293   {\r
1294 \r
1295     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1296                            seq,\r
1297                            j, 1, av.alignment, true);\r
1298 \r
1299     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1300                            seq,\r
1301                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1302   }\r
1303 \r
1304   /**\r
1305    * DOCUMENT ME!\r
1306    *\r
1307    * @param e DOCUMENT ME!\r
1308    */\r
1309   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1310   {\r
1311     if (oldSeq < 0)\r
1312     {\r
1313       oldSeq = 0;\r
1314     }\r
1315 \r
1316     if (scrollThread != null)\r
1317     {\r
1318       scrollThread.running = false;\r
1319       scrollThread = null;\r
1320     }\r
1321   }\r
1322 \r
1323   /**\r
1324    * DOCUMENT ME!\r
1325    *\r
1326    * @param e DOCUMENT ME!\r
1327    */\r
1328   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1329   {\r
1330     if (av.getWrapAlignment())\r
1331     {\r
1332       return;\r
1333     }\r
1334 \r
1335     if (mouseDragging)\r
1336     {\r
1337       scrollThread = new ScrollThread();\r
1338     }\r
1339   }\r
1340 \r
1341   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1342   {\r
1343     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));\r
1344     if (evt.getClickCount() > 1)\r
1345     {\r
1346       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1347           && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1348           - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1349       {\r
1350         av.setSelectionGroup(null);\r
1351       }\r
1352 \r
1353       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1354           sequence.getDatasetSequence(),\r
1355           sequence.findPosition(findRes(evt))\r
1356           );\r
1357 \r
1358       if (features != null && features.length > 0)\r
1359       {\r
1360         SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1361         highlight.addResult(sequence,\r
1362                             features[0].getBegin(),\r
1363                             features[0].getEnd());\r
1364         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1365       }\r
1366       if (features != null && features.length > 0)\r
1367       {\r
1368         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1369             new SequenceI[]\r
1370             {sequence}, features, false, ap);\r
1371 \r
1372         seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1373       }\r
1374     }\r
1375   }\r
1376 \r
1377   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1378   {\r
1379     e.consume();\r
1380       if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1381       {\r
1382         ap.scrollUp(false);\r
1383       }\r
1384       else\r
1385       {\r
1386         ap.scrollUp(true);\r
1387       }\r
1388   }\r
1389 \r
1390   /**\r
1391    * DOCUMENT ME!\r
1392    *\r
1393    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1394    */\r
1395   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1396   {\r
1397     int res = findRes(evt);\r
1398     int seq = findSeq(evt);\r
1399     oldSeq = seq;\r
1400 \r
1401     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1402 \r
1403     if (av.wrapAlignment && seq > av.alignment.getHeight())\r
1404     {\r
1405       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1406                                             "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1407                                             "Wrapped view - no edit",\r
1408                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1409       return;\r
1410     }\r
1411 \r
1412     if (seq < 0 || res < 0)\r
1413     {\r
1414       return;\r
1415     }\r
1416 \r
1417     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1418 \r
1419     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1420     {\r
1421       return;\r
1422     }\r
1423 \r
1424     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1425 \r
1426     if (stretchGroup == null)\r
1427     {\r
1428       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1429 \r
1430       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1431           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1432       {\r
1433         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1434       }\r
1435       else\r
1436       {\r
1437         stretchGroup = null;\r
1438       }\r
1439     }\r
1440     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1441              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1442              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1443     {\r
1444       stretchGroup = null;\r
1445 \r
1446       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1447 \r
1448       if (allGroups != null)\r
1449       {\r
1450         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1451         {\r
1452           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1453               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1454           {\r
1455             stretchGroup = allGroups[i];\r
1456             break;\r
1457           }\r
1458         }\r
1459       }\r
1460 \r
1461       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1462 \r
1463     }\r
1464 \r
1465     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1466     {\r
1467       SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1468                                                sequence.findPosition(res));\r
1469       Vector links = new Vector();\r
1470       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)\r
1471       {\r
1472         if (allFeatures[i].links != null)\r
1473         {\r
1474           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)\r
1475           {\r
1476             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));\r
1477           }\r
1478         }\r
1479       }\r
1480 \r
1481       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1482       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1483       return;\r
1484     }\r
1485 \r
1486     if (av.cursorMode)\r
1487     {\r
1488       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1489       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1490       seqCanvas.repaint();\r
1491       return;\r
1492     }\r
1493 \r
1494     if (stretchGroup == null)\r
1495     {\r
1496       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1497 \r
1498       // define a new group here\r
1499       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1500       sg.setStartRes(res);\r
1501       sg.setEndRes(res);\r
1502       sg.addSequence(sequence, false);\r
1503       av.setSelectionGroup(sg);\r
1504       stretchGroup = sg;\r
1505 \r
1506       if (av.getConservationSelected())\r
1507       {\r
1508         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1509                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
1510                                           "Background");\r
1511       }\r
1512 \r
1513       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1514       {\r
1515         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1516                                        "Background");\r
1517       }\r
1518       if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1519       {\r
1520         // Edit end res position of selected group\r
1521         changeEndRes = true;\r
1522       }\r
1523       else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1524                (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1525       {\r
1526         // Edit end res position of selected group\r
1527         changeStartRes = true;\r
1528       }\r
1529       stretchGroup.getWidth();\r
1530     }\r
1531 \r
1532     seqCanvas.repaint();\r
1533   }\r
1534 \r
1535   /**\r
1536    * DOCUMENT ME!\r
1537    *\r
1538    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1539    */\r
1540   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1541   {\r
1542     if (stretchGroup == null)\r
1543     {\r
1544       return;\r
1545     }\r
1546 \r
1547     if (stretchGroup.cs != null)\r
1548     {\r
1549       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1550       {\r
1551         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1552             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1553             stretchGroup.getWidth());\r
1554       }\r
1555 \r
1556       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1557           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1558           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1559           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1560       {\r
1561         stretchGroup.recalcConservation();\r
1562       }\r
1563 \r
1564       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1565       {\r
1566         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1567                                           stretchGroup.getName());\r
1568       }\r
1569       else\r
1570       {\r
1571         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1572                                        stretchGroup.getName());\r
1573       }\r
1574       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1575       ap.paintAlignment(true);\r
1576     }\r
1577 \r
1578     changeEndRes = false;\r
1579     changeStartRes = false;\r
1580     stretchGroup = null;\r
1581 \r
1582   }\r
1583 \r
1584   /**\r
1585    * DOCUMENT ME!\r
1586    *\r
1587    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1588    */\r
1589   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1590   {\r
1591     int res = findRes(evt);\r
1592     int y = findSeq(evt);\r
1593 \r
1594     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1595     {\r
1596       return;\r
1597     }\r
1598 \r
1599     if (stretchGroup == null)\r
1600     {\r
1601       return;\r
1602     }\r
1603 \r
1604     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1605     {\r
1606       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1607     }\r
1608 \r
1609     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1610     {\r
1611       // Edit end res position of selected group\r
1612       changeEndRes = true;\r
1613     }\r
1614     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1615     {\r
1616       // Edit start res position of selected group\r
1617       changeStartRes = true;\r
1618     }\r
1619 \r
1620     if (res < av.getStartRes())\r
1621     {\r
1622       res = av.getStartRes();\r
1623     }\r
1624 \r
1625     if (changeEndRes)\r
1626     {\r
1627       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1628       {\r
1629         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1630       }\r
1631     }\r
1632     else if (changeStartRes)\r
1633     {\r
1634       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1635       {\r
1636         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1637       }\r
1638     }\r
1639 \r
1640     int dragDirection = 0;\r
1641 \r
1642     if (y > oldSeq)\r
1643     {\r
1644       dragDirection = 1;\r
1645     }\r
1646     else if (y < oldSeq)\r
1647     {\r
1648       dragDirection = -1;\r
1649     }\r
1650 \r
1651     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1652     {\r
1653       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1654       // selection is quite slow.\r
1655       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1656 \r
1657       oldSeq += dragDirection;\r
1658 \r
1659       if (oldSeq < 0)\r
1660       {\r
1661         break;\r
1662       }\r
1663 \r
1664       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1665 \r
1666       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1667       {\r
1668         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1669       }\r
1670       else\r
1671       {\r
1672         if (seq != null)\r
1673         {\r
1674           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1675         }\r
1676 \r
1677         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1678       }\r
1679     }\r
1680 \r
1681     if (oldSeq < 0)\r
1682     {\r
1683       oldSeq = -1;\r
1684     }\r
1685 \r
1686     mouseDragging = true;\r
1687 \r
1688     if (scrollThread != null)\r
1689     {\r
1690       scrollThread.setEvent(evt);\r
1691     }\r
1692 \r
1693     seqCanvas.repaint();\r
1694   }\r
1695 \r
1696   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1697   {\r
1698     if (evt == null)\r
1699     {\r
1700       if (scrollThread != null)\r
1701       {\r
1702         scrollThread.running = false;\r
1703         scrollThread = null;\r
1704       }\r
1705       mouseDragging = false;\r
1706     }\r
1707     else\r
1708     {\r
1709       if (scrollThread == null)\r
1710       {\r
1711         scrollThread = new ScrollThread();\r
1712       }\r
1713 \r
1714       mouseDragging = true;\r
1715       scrollThread.setEvent(evt);\r
1716     }\r
1717 \r
1718   }\r
1719 \r
1720   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1721   class ScrollThread\r
1722       extends Thread\r
1723   {\r
1724     MouseEvent evt;\r
1725     boolean running = false;\r
1726 \r
1727     public ScrollThread()\r
1728     {\r
1729       start();\r
1730     }\r
1731 \r
1732     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1733     {\r
1734       evt = e;\r
1735     }\r
1736 \r
1737     public void stopScrolling()\r
1738     {\r
1739       running = false;\r
1740     }\r
1741 \r
1742     public void run()\r
1743     {\r
1744       running = true;\r
1745 \r
1746       while (running)\r
1747       {\r
1748         if (evt != null)\r
1749         {\r
1750           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1751               (av.getStartSeq() > 0))\r
1752           {\r
1753             running = ap.scrollUp(true);\r
1754           }\r
1755 \r
1756           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1757               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1758           {\r
1759             running = ap.scrollUp(false);\r
1760           }\r
1761 \r
1762           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1763           {\r
1764             running = ap.scrollRight(false);\r
1765           }\r
1766           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1767           {\r
1768             running = ap.scrollRight(true);\r
1769           }\r
1770         }\r
1771 \r
1772         try\r
1773         {\r
1774           Thread.sleep(20);\r
1775         }\r
1776         catch (Exception ex)\r
1777         {\r
1778         }\r
1779       }\r
1780     }\r
1781   }\r
1782 }\r