src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.MappingUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  46
  47 import java.awt.BorderLayout;
  48 import java.awt.Color;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.FontMetrics;
  51 import java.awt.Point;
  52 import java.awt.event.MouseEvent;
  53 import java.awt.event.MouseListener;
  54 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  55 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  56 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  57 import java.util.List;
  58 import java.util.Vector;
  59
  60 import javax.swing.JOptionPane;
  61 import javax.swing.JPanel;
  62 import javax.swing.ToolTipManager;
  63
  64 /**
  65  * DOCUMENT ME!
  66  *
  67  * @author $author$
  68  * @version $Revision: 1.130 $
  69  */
  70 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  71         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  72         SelectionListener
  73
  74 {
  75   /** DOCUMENT ME!! */
  76   public SeqCanvas seqCanvas;
  77
  78   /** DOCUMENT ME!! */
  79   public AlignmentPanel ap;
  80
  81   protected int lastres;
  82
  83   protected int startseq;
  84
  85   protected AlignViewport av;
  86
  87   ScrollThread scrollThread = null;
  88
  89   boolean mouseDragging = false;
  90
  91   boolean editingSeqs = false;
  92
  93   boolean groupEditing = false;
  94
  95   // ////////////////////////////////////////
  96   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
  97   // ////////////////////////////////////////
  98   int oldSeq = -1;
  99
 100   boolean changeEndSeq = false;
 101
 102   boolean changeStartSeq = false;
 103
 104   boolean changeEndRes = false;
 105
 106   boolean changeStartRes = false;
 107
 108   SequenceGroup stretchGroup = null;
 109
 110   boolean remove = false;
 111
 112   Point lastMousePress;
 113
 114   boolean mouseWheelPressed = false;
 115
 116   StringBuffer keyboardNo1;
 117
 118   StringBuffer keyboardNo2;
 119
 120   java.net.URL linkImageURL;
 121
 122   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 123
 124   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 125
 126   String tmpString;
 127
 128   EditCommand editCommand;
 129
 130   StructureSelectionManager ssm;
 131
 132   SearchResults lastSearchResults;
 133
 134   /**
 135    * Creates a new SeqPanel object.
 136    *
 137    * @param avp
 138    *          DOCUMENT ME!
 139    * @param p
 140    *          DOCUMENT ME!
 141    */
 142   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 143   {
 144     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 145     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 146     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 147     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 148     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 149     this.av = av;
 150     setBackground(Color.white);
 151
 152     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 153     setLayout(new BorderLayout());
 154     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 155
 156     this.ap = ap;
 157
 158     if (!av.isDataset())
 159     {
 160       addMouseMotionListener(this);
 161       addMouseListener(this);
 162       addMouseWheelListener(this);
 163       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 164       ssm.addStructureViewerListener(this);
 165       ssm.addSelectionListener(this);
 166     }
 167   }
 168
 169   int startWrapBlock = -1;
 170
 171   int wrappedBlock = -1;
 172
 173   /**
 174    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 175    * the closest visible one
 176    *
 177    * @param evt
 178    * @return
 179    */
 180   int findRes(MouseEvent evt)
 181   {
 182     int res = 0;
 183     int x = evt.getX();
 184
 185     if (av.getWrapAlignment())
 186     {
 187
 188       int hgap = av.getCharHeight();
 189       if (av.getScaleAboveWrapped())
 190       {
 191         hgap += av.getCharHeight();
 192       }
 193
 194       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 195               + hgap
 196               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 197
 198       int y = evt.getY();
 199       y -= hgap;
 200       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 201
 202       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 203       if (cwidth < 1)
 204       {
 205         return 0;
 206       }
 207
 208       wrappedBlock = y / cHeight;
 209       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 210
 211       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 212
 213     }
 214     else
 215     {
 216       if (x > seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth())
 217       {
 218         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 219         // right-hand gutter
 220         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 221       }
 222       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 223       if (res > av.getEndRes())
 224       {
 225         // moused off right
 226         res = av.getEndRes();
 227       }
 228     }
 229
 230     if (av.hasHiddenColumns())
 231     {
 232       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 233     }
 234
 235     return res;
 236
 237   }
 238
 239   int findSeq(MouseEvent evt)
 240   {
 241     int seq = 0;
 242     int y = evt.getY();
 243
 244     if (av.getWrapAlignment())
 245     {
 246       int hgap = av.getCharHeight();
 247       if (av.getScaleAboveWrapped())
 248       {
 249         hgap += av.getCharHeight();
 250       }
 251
 252       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 253               + hgap
 254               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 255
 256       y -= hgap;
 257
 258       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 259               .getHeight() - 1);
 260     }
 261     else
 262     {
 263       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 264               .getAlignment().getHeight() - 1);
 265     }
 266
 267     return seq;
 268   }
 269
 270   /**
 271    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 272    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 273    */
 274   void endEditing()
 275   {
 276     try
 277     {
 278       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 279       {
 280         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 281         av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 282                 .getSequences());
 283       }
 284     } finally
 285     {
 286       /*
 287        * Tidy up come what may...
 288        */
 289       startseq = -1;
 290       lastres = -1;
 291       editingSeqs = false;
 292       groupEditing = false;
 293       keyboardNo1 = null;
 294       keyboardNo2 = null;
 295       editCommand = null;
 296     }
 297   }
 298
 299   void setCursorRow()
 300   {
 301     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 302     scrollToVisible();
 303   }
 304
 305   void setCursorColumn()
 306   {
 307     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 308     scrollToVisible();
 309   }
 310
 311   void setCursorRowAndColumn()
 312   {
 313     if (keyboardNo2 == null)
 314     {
 315       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 316     }
 317     else
 318     {
 319       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 320       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 321       scrollToVisible();
 322     }
 323   }
 324
 325   void setCursorPosition()
 326   {
 327     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 328
 329     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 330     scrollToVisible();
 331   }
 332
 333   void moveCursor(int dx, int dy)
 334   {
 335     seqCanvas.cursorX += dx;
 336     seqCanvas.cursorY += dy;
 337     if (av.hasHiddenColumns()
 338             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 339     {
 340       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 341       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 342
 343       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 344               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 345       {
 346         seqCanvas.cursorX += dx;
 347       }
 348
 349       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 350               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 351       {
 352         seqCanvas.cursorX = original;
 353       }
 354     }
 355
 356     scrollToVisible();
 357   }
 358
 359   void scrollToVisible()
 360   {
 361     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 362     {
 363       seqCanvas.cursorX = 0;
 364     }
 365     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 366     {
 367       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 368     }
 369
 370     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 371     {
 372       seqCanvas.cursorY = 0;
 373     }
 374     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 375     {
 376       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 377     }
 378
 379     endEditing();
 380     if (av.getWrapAlignment())
 381     {
 382       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 383     }
 384     else
 385     {
 386       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 387       {
 388         ap.scrollUp(true);
 389       }
 390       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 391       {
 392         ap.scrollUp(false);
 393       }
 394       if (!av.getWrapAlignment())
 395       {
 396         while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 397                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 398         {
 399           if (!ap.scrollRight(false))
 400           {
 401             break;
 402           }
 403         }
 404         while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 405                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 406         {
 407           if (!ap.scrollRight(true))
 408           {
 409             break;
 410           }
 411         }
 412       }
 413     }
 414     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 415             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 416
 417     seqCanvas.repaint();
 418   }
 419
 420   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 421   {
 422     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 423
 424     if (av.getSelectionGroup() != null)
 425     {
 426       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 427       // Find the top and bottom of this group
 428       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 429       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 430       {
 431         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 432         if (index > max)
 433         {
 434           max = index;
 435         }
 436         if (index < min)
 437         {
 438           min = index;
 439         }
 440       }
 441
 442       max++;
 443
 444       if (topLeft)
 445       {
 446         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 447         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 448         {
 449           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 450         }
 451
 452         min = seqCanvas.cursorY;
 453       }
 454       else
 455       {
 456         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 457         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 458         {
 459           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 460         }
 461
 462         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 463       }
 464
 465       if (min > max)
 466       {
 467         // Only the user can do this
 468         av.setSelectionGroup(null);
 469       }
 470       else
 471       {
 472         // Now add any sequences between min and max
 473         sg.getSequences(null).clear();
 474         for (int i = min; i < max; i++)
 475         {
 476           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 477         }
 478       }
 479     }
 480
 481     if (av.getSelectionGroup() == null)
 482     {
 483       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 484       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 485       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 486       sg.addSequence(sequence, false);
 487       av.setSelectionGroup(sg);
 488     }
 489
 490     ap.paintAlignment(false);
 491     av.sendSelection();
 492   }
 493
 494   void insertGapAtCursor(boolean group)
 495   {
 496     groupEditing = group;
 497     startseq = seqCanvas.cursorY;
 498     lastres = seqCanvas.cursorX;
 499     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 500     endEditing();
 501   }
 502
 503   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 504   {
 505     groupEditing = group;
 506     startseq = seqCanvas.cursorY;
 507     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 508     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 509     endEditing();
 510   }
 511
 512   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 513   {
 514     groupEditing = group;
 515     startseq = seqCanvas.cursorY;
 516     lastres = seqCanvas.cursorX;
 517     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 518     endEditing();
 519   }
 520
 521   void numberPressed(char value)
 522   {
 523     if (keyboardNo1 == null)
 524     {
 525       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 526     }
 527
 528     if (keyboardNo2 != null)
 529     {
 530       keyboardNo2.append(value);
 531     }
 532     else
 533     {
 534       keyboardNo1.append(value);
 535     }
 536   }
 537
 538   int getKeyboardNo1()
 539   {
 540     try
 541     {
 542       if (keyboardNo1 != null)
 543       {
 544         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 545         keyboardNo1 = null;
 546         return value;
 547       }
 548     } catch (Exception x)
 549     {
 550     }
 551     keyboardNo1 = null;
 552     return 1;
 553   }
 554
 555   int getKeyboardNo2()
 556   {
 557     try
 558     {
 559       if (keyboardNo2 != null)
 560       {
 561         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 562         keyboardNo2 = null;
 563         return value;
 564       }
 565     } catch (Exception x)
 566     {
 567     }
 568     keyboardNo2 = null;
 569     return 1;
 570   }
 571
 572   /**
 573    * DOCUMENT ME!
 574    *
 575    * @param evt
 576    *          DOCUMENT ME!
 577    */
 578   @Override
 579   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 580   {
 581     mouseDragging = false;
 582     mouseWheelPressed = false;
 583
 584     if (!editingSeqs)
 585     {
 586       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 587       return;
 588     }
 589
 590     endEditing();
 591   }
 592
 593   /**
 594    * DOCUMENT ME!
 595    *
 596    * @param evt
 597    *          DOCUMENT ME!
 598    */
 599   @Override
 600   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 601   {
 602     lastMousePress = evt.getPoint();
 603
 604     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 605     {
 606       mouseWheelPressed = true;
 607       return;
 608     }
 609
 610     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 611     {
 612       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 613       {
 614         groupEditing = true;
 615       }
 616       editingSeqs = true;
 617     }
 618     else
 619     {
 620       doMousePressedDefineMode(evt);
 621       return;
 622     }
 623
 624     int seq = findSeq(evt);
 625     int res = findRes(evt);
 626
 627     if (seq < 0 || res < 0)
 628     {
 629       return;
 630     }
 631
 632     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 633             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 634     {
 635       startseq = seq;
 636       lastres = res;
 637     }
 638     else
 639     {
 640       startseq = -1;
 641       lastres = -1;
 642     }
 643
 644     return;
 645   }
 646
 647   String lastMessage;
 648
 649   @Override
 650   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 651   {
 652     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 653
 654     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 655     {
 656       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 657       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 658     }
 659     lastMessage = tmp;
 660   }
 661
 662   /**
 663    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 664    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 665    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 666    * the start of the highlighted region.
 667    */
 668   @Override
 669   public void highlightSequence(SearchResults results)
 670   {
 671     if (results == null || results.equals(lastSearchResults)) {
 672       return;
 673     }
 674     lastSearchResults = results;
 675
 676     if (av.isFollowHighlight())
 677     {
 678       /*
 679        * if scrollToPosition requires a scroll adjustment, this flag prevents
 680        * another scroll event being propagated back to the originator
 681        *
 682        * @see AlignmentPanel#adjustmentValueChanged
 683        */
 684       ap.setFollowingComplementScroll(true);
 685       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 686       {
 687         seqCanvas.revalidate();
 688       }
 689     }
 690     setStatusMessage(results);
 691     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 692   }
 693
 694   @Override
 695   public VamsasSource getVamsasSource()
 696   {
 697     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 698   }
 699   @Override
 700   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 701   {
 702     System.out.println("update the seqPanel colours");
 703     // repaint();
 704   }
 705
 706   /**
 707    * DOCUMENT ME!
 708    *
 709    * @param evt
 710    *          DOCUMENT ME!
 711    */
 712   @Override
 713   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 714   {
 715     if (editingSeqs)
 716     {
 717       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 718       // If control is down, other platforms will not.
 719       mouseDragged(evt);
 720     }
 721
 722     int res = findRes(evt);
 723     int seq = findSeq(evt);
 724     int pos;
 725     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 726     {
 727       return;
 728     }
 729
 730     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 731
 732     if (res >= sequence.getLength())
 733     {
 734       return;
 735     }
 736
 737     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 738     if (ssm != null && pos > -1)
 739     {
 740       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 741     }
 742
 743     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 744
 745     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 746     if (groups != null)
 747     {
 748       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 749       {
 750         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 751         {
 752           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 753                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 754           {
 755             tooltipText.append(groups[g].getName());
 756           }
 757
 758           if (groups[g].getDescription() != null)
 759           {
 760             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 761           }
 762         }
 763       }
 764     }
 765
 766     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 767     if (av.isShowSequenceFeatures())
 768     {
 769       int rpos;
 770       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
 771               sequence.getDatasetSequence(),
 772               rpos = sequence.findPosition(res));
 773       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
 774               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
 775     }
 776     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
 777     {
 778       setToolTipText(null);
 779       lastTooltip = null;
 780     }
 781     else
 782     {
 783       if (lastTooltip == null
 784               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 785       {
 786         String formatedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 787                 tooltipText.toString());
 788         // String formatedTooltipText = tooltipText.toString();
 789         setToolTipText(formatedTooltipText);
 790         lastTooltip = tooltipText.toString();
 791       }
 792
 793     }
 794
 795   }
 796
 797   private Point lastp = null;
 798
 799   /*
 800    * (non-Javadoc)
 801    *
 802    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 803    */
 804   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 805   {
 806     int x = event.getX(), w = getWidth();
 807     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 808     // close to edge
 809     Point p = lastp;
 810     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 811     {
 812       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 813               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 814     }
 815     /*
 816      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 817      */
 818     return lastp = p;
 819   }
 820
 821   String lastTooltip;
 822
 823   /**
 824    * Set status message in alignment panel
 825    *
 826    * @param sequence
 827    *          aligned sequence object
 828    * @param res
 829    *          alignment column
 830    * @param seq
 831    *          index of sequence in alignment
 832    * @return position of res in sequence
 833    */
 834   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 835   {
 836     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 837
 838     /*
 839      * Sequence number (if known), and sequence name.
 840      */
 841     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 842     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 843
 844     String residue = null;
 845     /*
 846      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 847      */
 848     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 849     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 850     {
 851       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 852       if (residue != null)
 853       {
 854         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 855       }
 856     }
 857     else
 858     {
 859       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 860               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar);
 861       if (residue != null)
 862       {
 863         text.append(" Residue: ").append(residue);
 864       }
 865     }
 866
 867     int pos = -1;
 868     if (residue != null)
 869     {
 870       pos = sequence.findPosition(res);
 871       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 872     }
 873     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 874     return pos;
 875   }
 876
 877   /**
 878    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 879    * search results.
 880    *
 881    * @param results
 882    */
 883   private void setStatusMessage(SearchResults results)
 884   {
 885     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 886     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 887     if (sequenceIndex == -1)
 888     {
 889       return;
 890     }
 891     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 892     for (Match m : results.getResults())
 893     {
 894       SequenceI seq = m.getSequence();
 895
 896       if (seq == ds)
 897       {
 898         /*
 899          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 900          * index (base 0)
 901          */
 902         int start = m.getStart() - 1;
 903         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 904         return;
 905       }
 906     }
 907   }
 908
 909   /**
 910    * DOCUMENT ME!
 911    *
 912    * @param evt
 913    *          DOCUMENT ME!
 914    */
 915   @Override
 916   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 917   {
 918     if (mouseWheelPressed)
 919     {
 920       int oldWidth = av.getCharWidth();
 921
 922       // Which is bigger, left-right or up-down?
 923       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 924               .getX() - lastMousePress.getX()))
 925       {
 926         int fontSize = av.font.getSize();
 927
 928         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 929         {
 930           fontSize--;
 931         }
 932         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 933         {
 934           fontSize++;
 935         }
 936
 937         if (fontSize < 1)
 938         {
 939           fontSize = 1;
 940         }
 941
 942         av.setFont(
 943                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 944                 true);
 945         av.setCharWidth(oldWidth);
 946         ap.fontChanged();
 947       }
 948       else
 949       {
 950         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
 951         {
 952           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 953         }
 954         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 955         {
 956           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 957         }
 958
 959         ap.paintAlignment(false);
 960       }
 961
 962       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 963       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 964
 965       lastMousePress = evt.getPoint();
 966
 967       return;
 968     }
 969
 970     if (!editingSeqs)
 971     {
 972       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 973       return;
 974     }
 975
 976     int res = findRes(evt);
 977
 978     if (res < 0)
 979     {
 980       res = 0;
 981     }
 982
 983     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 984     {
 985       return;
 986     }
 987
 988     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 989     {
 990       // dragLeft, delete gap
 991       editSequence(false, false, res);
 992     }
 993     else
 994     {
 995       editSequence(true, false, res);
 996     }
 997
 998     mouseDragging = true;
 999     if (scrollThread != null)
1000     {
1001       scrollThread.setEvent(evt);
1002     }
1003   }
1004
1005   // TODO: Make it more clever than many booleans
1006   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1007           int startres)
1008   {
1009     int fixedLeft = -1;
1010     int fixedRight = -1;
1011     boolean fixedColumns = false;
1012     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1013
1014     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1015
1016     // No group, but the sequence may represent a group
1017     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1018     {
1019       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1020       {
1021         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1022         groupEditing = true;
1023       }
1024     }
1025
1026     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1027     if (groupEditing)
1028     {
1029       message.append("Edit group:");
1030       if (editCommand == null)
1031       {
1032         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
1033       }
1034     }
1035     else
1036     {
1037       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1038       String label = seq.getName();
1039       if (label.length() > 10)
1040       {
1041         label = label.substring(0, 10);
1042       }
1043       if (editCommand == null)
1044       {
1045         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
1046       }
1047     }
1048
1049     if (insertGap)
1050     {
1051       message.append(" insert ");
1052     }
1053     else
1054     {
1055       message.append(" delete ");
1056     }
1057
1058     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1059     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1060
1061     // Are we editing within a selection group?
1062     if (groupEditing
1063             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1064                     .contains(seq)))
1065     {
1066       fixedColumns = true;
1067
1068       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1069       // but the sequence represents a group
1070       if (sg == null)
1071       {
1072         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1073         {
1074           endEditing();
1075           return;
1076         }
1077         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1078       }
1079
1080       fixedLeft = sg.getStartRes();
1081       fixedRight = sg.getEndRes();
1082
1083       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1084               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1085               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1086               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1087       {
1088         endEditing();
1089         return;
1090       }
1091
1092       if (fixedLeft > startres)
1093       {
1094         fixedRight = fixedLeft - 1;
1095         fixedLeft = 0;
1096       }
1097       else if (fixedRight < startres)
1098       {
1099         fixedLeft = fixedRight;
1100         fixedRight = -1;
1101       }
1102     }
1103
1104     if (av.hasHiddenColumns())
1105     {
1106       fixedColumns = true;
1107       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1108       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1109
1110       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1111               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1112       {
1113         endEditing();
1114         return;
1115       }
1116
1117       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1118       // Selection spans a hidden region
1119       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1120       {
1121         if (startres >= y2)
1122         {
1123           fixedLeft = y2;
1124         }
1125         else
1126         {
1127           fixedRight = y2 - 1;
1128         }
1129       }
1130     }
1131
1132     if (groupEditing)
1133     {
1134       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1135       int g, groupSize = vseqs.size();
1136       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1137       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1138       {
1139         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1140       }
1141
1142       // drag to right
1143       if (insertGap)
1144       {
1145         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1146         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1147         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1148                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1149         {
1150           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1151           fixedRight = sg.getEndRes();
1152         }
1153
1154         // Is it valid with fixed columns??
1155         // Find the next gap before the end
1156         // of the visible region boundary
1157         boolean blank = false;
1158         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1159         {
1160           blank = true;
1161
1162           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1163           {
1164             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1165             {
1166               if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g]
1167                       .getCharAt(fixedRight - j)))
1168               {
1169                 blank = false;
1170                 break;
1171               }
1172             }
1173           }
1174           if (blank)
1175           {
1176             break;
1177           }
1178         }
1179
1180         if (!blank)
1181         {
1182           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1183           {
1184             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1185                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1186             {
1187               endEditing();
1188               return;
1189             }
1190
1191             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1192             if (av.hasHiddenRows())
1193             {
1194               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1195                       .getWidth();
1196               if (hwidth > alWidth)
1197               {
1198                 alWidth = hwidth;
1199               }
1200             }
1201             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1202             // contains all the sequences
1203             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1204             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1205           }
1206           else
1207           {
1208             endEditing();
1209             return;
1210           }
1211         }
1212       }
1213
1214       // drag to left
1215       else if (!insertGap)
1216       {
1217         // / Are we able to delete?
1218         // ie are all columns blank?
1219
1220         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1221         {
1222           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1223           {
1224             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1225             {
1226               continue;
1227             }
1228
1229             if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1230             {
1231               // Not a gap, block edit not valid
1232               endEditing();
1233               return;
1234             }
1235           }
1236         }
1237       }
1238
1239       if (insertGap)
1240       {
1241         // dragging to the right
1242         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1243         {
1244           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1245           {
1246             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1247           }
1248         }
1249         else
1250         {
1251           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres
1252                   - lastres);
1253         }
1254       }
1255       else
1256       {
1257         // dragging to the left
1258         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1259         {
1260           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1261           {
1262             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1263           }
1264         }
1265         else
1266         {
1267           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, lastres
1268                   - startres);
1269         }
1270
1271       }
1272     }
1273     else
1274     // ///Editing a single sequence///////////
1275     {
1276       if (insertGap)
1277       {
1278         // dragging to the right
1279         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1280         {
1281           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1282           {
1283             insertChar(j, new SequenceI[]
1284             { seq }, fixedRight);
1285           }
1286         }
1287         else
1288         {
1289           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1290           { seq }, lastres, startres - lastres);
1291         }
1292       }
1293       else
1294       {
1295         if (!editSeq)
1296         {
1297           // dragging to the left
1298           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1299           {
1300             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1301             {
1302               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1303               {
1304                 endEditing();
1305                 break;
1306               }
1307               deleteChar(startres, new SequenceI[]
1308               { seq }, fixedRight);
1309             }
1310           }
1311           else
1312           {
1313             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1314             int max = 0;
1315             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1316             {
1317               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1318               {
1319                 break;
1320               }
1321               max++;
1322             }
1323
1324             if (max > 0)
1325             {
1326               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1327               { seq }, startres, max);
1328             }
1329           }
1330         }
1331         else
1332         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1333           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1334           {
1335             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1336             {
1337               insertChar(j, new SequenceI[]
1338               { seq }, fixedRight);
1339             }
1340           }
1341           else
1342           {
1343             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[]
1344             { seq }, lastres, startres - lastres);
1345           }
1346         }
1347       }
1348     }
1349
1350     lastres = startres;
1351     seqCanvas.repaint();
1352   }
1353
1354   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1355   {
1356     int blankColumn = fixedColumn;
1357     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1358     {
1359       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1360       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1361
1362       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1363       {
1364         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1365         {
1366           // Theres a space, so break and insert the gap
1367           break;
1368         }
1369       }
1370
1371       if (blankColumn <= j)
1372       {
1373         blankColumn = fixedColumn;
1374         endEditing();
1375         return;
1376       }
1377     }
1378
1379     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1380
1381     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1382
1383   }
1384
1385   /**
1386    * Helper method to add and perform one edit action.
1387    *
1388    * @param action
1389    * @param seq
1390    * @param pos
1391    * @param count
1392    */
1393   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1394           int count)
1395   {
1396
1397     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1398             av.getAlignment().getGapCharacter());
1399
1400     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(),
1401             true, null);
1402   }
1403
1404   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1405   {
1406
1407     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1408
1409     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1410   }
1411
1412   /**
1413    * DOCUMENT ME!
1414    *
1415    * @param e
1416    *          DOCUMENT ME!
1417    */
1418   @Override
1419   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1420   {
1421     if (oldSeq < 0)
1422     {
1423       oldSeq = 0;
1424     }
1425
1426     if (scrollThread != null)
1427     {
1428       scrollThread.running = false;
1429       scrollThread = null;
1430     }
1431   }
1432
1433   /**
1434    * DOCUMENT ME!
1435    *
1436    * @param e
1437    *          DOCUMENT ME!
1438    */
1439   @Override
1440   public void mouseExited(MouseEvent e)
1441   {
1442     if (av.getWrapAlignment())
1443     {
1444       return;
1445     }
1446
1447     if (mouseDragging)
1448     {
1449       scrollThread = new ScrollThread();
1450     }
1451   }
1452
1453   @Override
1454   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1455   {
1456     SequenceGroup sg = null;
1457     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1458     if (evt.getClickCount() > 1)
1459     {
1460       sg = av.getSelectionGroup();
1461       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1462               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1463       {
1464         av.setSelectionGroup(null);
1465       }
1466
1467       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
1468               sequence.getDatasetSequence(),
1469               sequence.findPosition(findRes(evt)));
1470
1471       if (features != null && features.size()> 0)
1472       {
1473         SearchResults highlight = new SearchResults();
1474         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(),
1475                 features.get(0).getEnd());
1476         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1477       }
1478       if (features != null && features.size()> 0)
1479       {
1480         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
1481         { sequence }, features.toArray(new SequenceFeature[features.size()]), false, ap);
1482
1483         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1484       }
1485     }
1486   }
1487
1488   @Override
1489   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1490   {
1491     e.consume();
1492     if (e.getWheelRotation() > 0)
1493     {
1494       if (e.isShiftDown())
1495       {
1496         ap.scrollRight(true);
1497
1498       }
1499       else
1500       {
1501         ap.scrollUp(false);
1502       }
1503     }
1504     else
1505     {
1506       if (e.isShiftDown())
1507       {
1508         ap.scrollRight(false);
1509       }
1510       else
1511       {
1512         ap.scrollUp(true);
1513       }
1514     }
1515     // TODO Update tooltip for new position.
1516   }
1517
1518   /**
1519    * DOCUMENT ME!
1520    *
1521    * @param evt
1522    *          DOCUMENT ME!
1523    */
1524   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1525   {
1526     int res = findRes(evt);
1527     int seq = findSeq(evt);
1528     oldSeq = seq;
1529
1530     startWrapBlock = wrappedBlock;
1531
1532     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1533     {
1534       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1535               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1536               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1537               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1538       return;
1539     }
1540
1541     if (seq < 0 || res < 0)
1542     {
1543       return;
1544     }
1545
1546     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1547
1548     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1549     {
1550       return;
1551     }
1552
1553     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1554
1555     if (stretchGroup == null)
1556     {
1557       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1558
1559       if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes())
1560               && (res < stretchGroup.getEndRes()))
1561       {
1562         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1563       }
1564       else
1565       {
1566         stretchGroup = null;
1567       }
1568     }
1569     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1570             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1571             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1572     {
1573       stretchGroup = null;
1574
1575       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1576
1577       if (allGroups != null)
1578       {
1579         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1580         {
1581           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1582                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1583           {
1584             stretchGroup = allGroups[i];
1585             break;
1586           }
1587         }
1588       }
1589
1590       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1591
1592     }
1593
1594     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
1595     {
1596       List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
1597               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));
1598       Vector links = new Vector();
1599       for (SequenceFeature sf:allFeatures)
1600       {
1601         if (sf.links != null)
1602         {
1603           for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)
1604           {
1605             links.addElement(sf.links.elementAt(j));
1606           }
1607         }
1608       }
1609
1610       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);
1611       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1612       return;
1613     }
1614
1615     if (av.cursorMode)
1616     {
1617       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1618       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1619       seqCanvas.repaint();
1620       return;
1621     }
1622
1623     if (stretchGroup == null)
1624     {
1625       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1626
1627       // define a new group here
1628       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1629       sg.setStartRes(res);
1630       sg.setEndRes(res);
1631       sg.addSequence(sequence, false);
1632       av.setSelectionGroup(sg);
1633
1634       stretchGroup = sg;
1635
1636       if (av.getConservationSelected())
1637       {
1638         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1639                 "Background");
1640       }
1641
1642       if (av.getAbovePIDThreshold())
1643       {
1644         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1645                 "Background");
1646       }
1647       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1648       {
1649         // Edit end res position of selected group
1650         changeEndRes = true;
1651       }
1652       else if ((stretchGroup != null)
1653               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1654       {
1655         // Edit end res position of selected group
1656         changeStartRes = true;
1657       }
1658       stretchGroup.getWidth();
1659     }
1660
1661     seqCanvas.repaint();
1662   }
1663
1664   /**
1665    * DOCUMENT ME!
1666    *
1667    * @param evt
1668    *          DOCUMENT ME!
1669    */
1670   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1671   {
1672     if (stretchGroup == null)
1673     {
1674       return;
1675     }
1676
1677     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1678                                        // state
1679     if (stretchGroup.cs != null)
1680     {
1681       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1682               av.getHiddenRepSequences());
1683
1684       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1685       {
1686         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1687                 stretchGroup.getName());
1688       }
1689       else
1690       {
1691         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1692                 stretchGroup.getName());
1693       }
1694     }
1695     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1696     ap.paintAlignment(true);
1697
1698     changeEndRes = false;
1699     changeStartRes = false;
1700     stretchGroup = null;
1701     av.sendSelection();
1702   }
1703
1704   /**
1705    * DOCUMENT ME!
1706    *
1707    * @param evt
1708    *          DOCUMENT ME!
1709    */
1710   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1711   {
1712     int res = findRes(evt);
1713     int y = findSeq(evt);
1714
1715     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1716     {
1717       return;
1718     }
1719
1720     if (stretchGroup == null)
1721     {
1722       return;
1723     }
1724
1725     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1726     {
1727       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1728     }
1729
1730     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1731     {
1732       // Edit end res position of selected group
1733       changeEndRes = true;
1734     }
1735     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1736     {
1737       // Edit start res position of selected group
1738       changeStartRes = true;
1739     }
1740
1741     if (res < av.getStartRes())
1742     {
1743       res = av.getStartRes();
1744     }
1745
1746     if (changeEndRes)
1747     {
1748       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1749       {
1750         stretchGroup.setEndRes(res);
1751       }
1752     }
1753     else if (changeStartRes)
1754     {
1755       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1756       {
1757         stretchGroup.setStartRes(res);
1758       }
1759     }
1760
1761     int dragDirection = 0;
1762
1763     if (y > oldSeq)
1764     {
1765       dragDirection = 1;
1766     }
1767     else if (y < oldSeq)
1768     {
1769       dragDirection = -1;
1770     }
1771
1772     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1773             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1774     {
1775       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1776       // selection is quite slow.
1777       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1778
1779       oldSeq += dragDirection;
1780
1781       if (oldSeq < 0)
1782       {
1783         break;
1784       }
1785
1786       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1787
1788       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1789       {
1790         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1791       }
1792       else
1793       {
1794         if (seq != null)
1795         {
1796           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1797         }
1798
1799         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1800       }
1801     }
1802
1803     if (oldSeq < 0)
1804     {
1805       oldSeq = -1;
1806     }
1807
1808     mouseDragging = true;
1809
1810     if (scrollThread != null)
1811     {
1812       scrollThread.setEvent(evt);
1813     }
1814
1815     seqCanvas.repaint();
1816   }
1817
1818   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1819   {
1820     if (evt == null)
1821     {
1822       if (scrollThread != null)
1823       {
1824         scrollThread.running = false;
1825         scrollThread = null;
1826       }
1827       mouseDragging = false;
1828     }
1829     else
1830     {
1831       if (scrollThread == null)
1832       {
1833         scrollThread = new ScrollThread();
1834       }
1835
1836       mouseDragging = true;
1837       scrollThread.setEvent(evt);
1838     }
1839
1840   }
1841
1842   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1843   class ScrollThread extends Thread
1844   {
1845     MouseEvent evt;
1846
1847     boolean running = false;
1848
1849     public ScrollThread()
1850     {
1851       start();
1852     }
1853
1854     public void setEvent(MouseEvent e)
1855     {
1856       evt = e;
1857     }
1858
1859     public void stopScrolling()
1860     {
1861       running = false;
1862     }
1863
1864     @Override
1865     public void run()
1866     {
1867       running = true;
1868
1869       while (running)
1870       {
1871         if (evt != null)
1872         {
1873           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1874           {
1875             running = ap.scrollUp(true);
1876           }
1877
1878           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1879                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
1880           {
1881             running = ap.scrollUp(false);
1882           }
1883
1884           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1885           {
1886             running = ap.scrollRight(false);
1887           }
1888           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1889           {
1890             running = ap.scrollRight(true);
1891           }
1892         }
1893
1894         try
1895         {
1896           Thread.sleep(20);
1897         } catch (Exception ex)
1898         {
1899         }
1900       }
1901     }
1902   }
1903
1904   /**
1905    * modify current selection according to a received message.
1906    */
1907   @Override
1908   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1909           SelectionSource source)
1910   {
1911     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1912     // handles selection messages...
1913     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1914     // shared between viewports.
1915     boolean iSentTheSelection = (av == source
1916             || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1917             .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())));
1918     if (iSentTheSelection || !av.followSelection)
1919     {
1920       return;
1921     }
1922
1923     /*
1924      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
1925      */
1926     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
1927     {
1928       return;
1929     }
1930
1931     /*
1932      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1933      * complement.
1934      */
1935     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1936     {
1937       return;
1938     }
1939
1940     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1941     // suspect)
1942     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1943     // sequence selection
1944     boolean repaint = false;
1945     boolean copycolsel = true;
1946
1947     SequenceGroup sgroup = null;
1948     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1949     {
1950       if (av.getAlignment() == null)
1951       {
1952         jalview.bin.Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId="
1953                 + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1954                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
1955         return;
1956       }
1957       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1958               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1959       if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1960               || (colsel == null || colsel.size() == 0))
1961       {
1962         // don't copy columns if the region didn't intersect.
1963         copycolsel = false;
1964       }
1965     }
1966     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1967     {
1968       av.setSelectionGroup(sgroup);
1969     }
1970     else
1971     {
1972       av.setSelectionGroup(null);
1973     }
1974     av.isSelectionGroupChanged(true);
1975     repaint = true;
1976
1977     if (copycolsel)
1978     {
1979       // the current selection is unset or from a previous message
1980       // so import the new colsel.
1981       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1982       {
1983         if (av.getColumnSelection() != null)
1984         {
1985           av.getColumnSelection().clear();
1986           repaint = true;
1987         }
1988       }
1989       else
1990       {
1991         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1992         if (av.getColumnSelection() == null)
1993         {
1994           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1995         }
1996         else
1997         {
1998           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1999         }
2000       }
2001       av.isColSelChanged(true);
2002       repaint = true;
2003     }
2004
2005     if (copycolsel
2006             && av.hasHiddenColumns()
2007             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
2008                     .getHiddenColumns() == null))
2009     {
2010       System.err.println("Bad things");
2011     }
2012     if (repaint) // always true!
2013     {
2014       // probably finessing with multiple redraws here
2015       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2016       // ap.paintAlignment(false);
2017     }
2018   }
2019
2020   /**
2021    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2022    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2023    * returns false.
2024    *
2025    * @param seqsel
2026    * @param colsel
2027    * @param source
2028    */
2029   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2030           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
2031   {
2032     if (!(source instanceof AlignViewportI)) {
2033       return false;
2034     }
2035     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2036     if (sourceAv.getCodingComplement() != av && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2037     {
2038       return false;
2039     }
2040
2041     /*
2042      * Map sequence selection
2043      */
2044     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2045     av.setSelectionGroup(sg);
2046     av.isSelectionGroupChanged(true);
2047
2048     /*
2049      * Map column selection
2050      */
2051     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2052             av);
2053     av.setColumnSelection(cs);
2054     av.isColSelChanged(true);
2055
2056     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2057
2058     return true;
2059   }
2060 }