src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel\r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     int startEdit = -1;\r
  49     int endEdit = -1;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     int seqEditOccurred = -1;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Creates a new SeqPanel object.\r
  74      *\r
  75      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  76      * @param p DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  79     {\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  83         this.av = avp;\r
  84         setBackground(Color.white);\r
  85 \r
  86         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  87         setLayout(new BorderLayout());\r
  88         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90         ap = p;\r
  91 \r
  92 \r
  93         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  94             {\r
  95                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  96                 {\r
  97                     doMouseMoved(evt);\r
  98                 }\r
  99 \r
 100                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 101                 {\r
 102                     if (editingSeqs)\r
 103                     {\r
 104                       if(!av.isDataset())\r
 105                         doMouseDragged(evt);\r
 106                     }\r
 107                     else\r
 108                     {\r
 109                       if(!av.isDataset())\r
 110                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 111                     }\r
 112                 }\r
 113             });\r
 114 \r
 115        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 116        {\r
 117          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 118          {\r
 119 \r
 120            if (mouseWheelPressed)\r
 121            {\r
 122              Font font = av.getFont();\r
 123              int fontSize = font.getSize();\r
 124              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
 125                fontSize++;\r
 126              else if (fontSize > 1)\r
 127                fontSize--;\r
 128 \r
 129              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 130              ap.fontChanged();\r
 131            }\r
 132            else\r
 133            {\r
 134              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 135                ap.scrollUp(false);\r
 136              else\r
 137                ap.scrollUp(true);\r
 138            }\r
 139 \r
 140          }\r
 141        });\r
 142 \r
 143 \r
 144        if(!av.isDataset())\r
 145        {\r
 146          addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 147          {\r
 148            public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 149            {\r
 150              mouseWheelPressed = false;\r
 151 \r
 152              if (editingSeqs)\r
 153              {\r
 154                doMouseReleased(evt);\r
 155              }\r
 156              else\r
 157              {\r
 158                doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 159              }\r
 160            }\r
 161 \r
 162            public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 163            {\r
 164              if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 165              {\r
 166                mouseWheelPressed = true;\r
 167                return;\r
 168              }\r
 169 \r
 170              if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 171                  evt.isControlDown())\r
 172              {\r
 173                if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 174                {\r
 175                  groupEditing = true;\r
 176                }\r
 177 \r
 178                editingSeqs = true;\r
 179                doMousePressed(evt);\r
 180              }\r
 181              else\r
 182              {\r
 183                doMousePressedDefineMode(evt);\r
 184              }\r
 185            }\r
 186 \r
 187            public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 188            {\r
 189              if (editingSeqs)\r
 190              {\r
 191                return;\r
 192              }\r
 193 \r
 194              doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 195            }\r
 196 \r
 197            public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 198            {\r
 199              if (editingSeqs)\r
 200              {\r
 201                return;\r
 202              }\r
 203 \r
 204              doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 205            }\r
 206          });\r
 207        }\r
 208     }\r
 209 \r
 210     int startWrapBlock=-1;\r
 211     int wrappedBlock=-1;\r
 212     int findRes(MouseEvent evt)\r
 213    {\r
 214      int res = 0;\r
 215      int x = evt.getX();\r
 216 \r
 217     if (av.wrapAlignment)\r
 218     {\r
 219 \r
 220       int hgap = av.charHeight;\r
 221       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 222         hgap += av.charHeight;\r
 223 \r
 224       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 225           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 226 \r
 227         int y = evt.getY();\r
 228         y -= hgap;\r
 229         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 230 \r
 231 \r
 232         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 233 \r
 234         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 235         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 236 \r
 237         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 238 \r
 239     }\r
 240     else\r
 241     {\r
 242         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 243     }\r
 244 \r
 245     return res;\r
 246 \r
 247    }\r
 248 \r
 249    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 250    {\r
 251 \r
 252      int seq = 0;\r
 253      int y = evt.getY();\r
 254 \r
 255      if (av.wrapAlignment)\r
 256      {\r
 257        int hgap = av.charHeight;\r
 258        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 259          hgap += av.charHeight;\r
 260 \r
 261        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 262            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 263 \r
 264          y -= hgap;\r
 265 \r
 266        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 267      }\r
 268      else\r
 269      {\r
 270        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 271      }\r
 272 \r
 273      return seq;\r
 274    }\r
 275 \r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * DOCUMENT ME!\r
 279      *\r
 280      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 281      */\r
 282     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 283     {\r
 284         if (seqEditOccurred > -1)\r
 285         {\r
 286             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 287         }\r
 288 \r
 289         startseq = -1;\r
 290         lastres = -1;\r
 291         seqEditOccurred = -1;\r
 292         editingSeqs = false;\r
 293         groupEditing = false;\r
 294 \r
 295         ap.repaint();\r
 296     }\r
 297 \r
 298     /**\r
 299      * DOCUMENT ME!\r
 300      *\r
 301      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 302      */\r
 303     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 304     {\r
 305       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 306                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 307 \r
 308       int seq = findSeq(evt);\r
 309       int res = findRes(evt);\r
 310 \r
 311       if(seq<0 || res<0)\r
 312         return;\r
 313 \r
 314         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 315                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 316         {\r
 317             startseq = seq;\r
 318             lastres = res;\r
 319         }\r
 320         else\r
 321         {\r
 322             startseq = -1;\r
 323             lastres = -1;\r
 324         }\r
 325 \r
 326         startEdit = lastres;\r
 327         endEdit = lastres;\r
 328 \r
 329         return;\r
 330     }\r
 331 \r
 332     /**\r
 333      * DOCUMENT ME!\r
 334      *\r
 335      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 336      */\r
 337     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 338     {\r
 339       int res = findRes(evt);\r
 340       int seq = findSeq(evt);\r
 341 \r
 342       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 343             return;\r
 344 \r
 345       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 346 \r
 347       if (res > sequence.getLength())\r
 348       {\r
 349         return;\r
 350       }\r
 351 \r
 352         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 353                 sequence.getName());\r
 354 \r
 355         Object obj = null;\r
 356         if (av.alignment.isNucleotide())\r
 357         {\r
 358           obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 359               "");\r
 360           if(obj!=null)\r
 361             text.append(" Nucleotide: ");\r
 362         }\r
 363         else\r
 364         {\r
 365           obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 366           if(obj!=null)\r
 367             text.append("  Residue: ");\r
 368         }\r
 369 \r
 370         if (obj != null)\r
 371         {\r
 372 \r
 373           if (obj != "")\r
 374           {\r
 375             text.append( obj + " (" +\r
 376                         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 377           }\r
 378         }\r
 379 \r
 380         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 381 \r
 382         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 383         if (av.showSequenceFeatures)\r
 384         {\r
 385             Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 386             if(features!=null)\r
 387             {\r
 388               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 389 \r
 390               for (int i = 0; i < features.size(); i++)\r
 391               {\r
 392                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) features.elementAt(i);\r
 393 \r
 394                 if ( (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 395                     (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 396                 {\r
 397                   if (sbuffer.length() > 6)\r
 398                     sbuffer.append("<br>");\r
 399 \r
 400                   sbuffer.append(sf.getType());\r
 401                   if (sf.getDescription() != null)\r
 402                     sbuffer.append(" " + sf.getDescription());\r
 403 \r
 404                   if (sf.getStatus() != null)\r
 405                   {\r
 406                     sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 407                   }\r
 408                 }\r
 409 \r
 410               }\r
 411 \r
 412               sbuffer.append("</html>");\r
 413               if(sbuffer.equals("<html></html>"))\r
 414                 setToolTipText("");\r
 415               else\r
 416                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 417             }\r
 418         }\r
 419     }\r
 420 \r
 421     /**\r
 422      * DOCUMENT ME!\r
 423      *\r
 424      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 425      */\r
 426     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 427     {\r
 428         // If we're dragging we're editing\r
 429         int res = findRes(evt);\r
 430 \r
 431         if (res < 0)\r
 432         {\r
 433             res = 0;\r
 434         }\r
 435 \r
 436         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 437         {\r
 438             return;\r
 439         }\r
 440 \r
 441         boolean dragRight = true;\r
 442 \r
 443         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 444         {\r
 445             dragRight = false;\r
 446         }\r
 447 \r
 448         if (res != lastres)\r
 449         {\r
 450             // Group editing\r
 451             if (groupEditing)\r
 452             {\r
 453                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 454 \r
 455                 if (sg == null)\r
 456                 {\r
 457                     lastres = -1;\r
 458 \r
 459                     return;\r
 460                 }\r
 461 \r
 462                 // drag to right\r
 463                 if (dragRight)\r
 464                 {\r
 465                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 466                 }\r
 467 \r
 468                 // drag to left\r
 469                 else\r
 470                 {\r
 471                     /// Are we able to delete?\r
 472                     // ie are all columns blank?\r
 473                     boolean deleteAllowed = false;\r
 474 \r
 475                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 476                     {\r
 477                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 478 \r
 479                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 480                         {\r
 481                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 482                             {\r
 483                                 continue;\r
 484                             }\r
 485 \r
 486                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 487                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 488                             {\r
 489                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 490                                 res = j + 1;\r
 491                                 deleteAllowed = false;\r
 492 \r
 493                                 continue;\r
 494                             }\r
 495 \r
 496                             deleteAllowed = true;\r
 497                         }\r
 498                     }\r
 499 \r
 500                     if (!deleteAllowed)\r
 501                     {\r
 502                         lastres = -1;\r
 503 \r
 504                         return;\r
 505                     }\r
 506 \r
 507                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 508                 }\r
 509 \r
 510                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 511                 {\r
 512                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 513                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 514 \r
 515                     // drag to right\r
 516                     if (dragRight)\r
 517                     {\r
 518                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 519                         {\r
 520                             insertChar(j, k);\r
 521                         }\r
 522                     }\r
 523 \r
 524                     // drag to left\r
 525                     else\r
 526                     {\r
 527                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 528                         {\r
 529                             if (s.getLength() > j)\r
 530                             {\r
 531                                 deleteChar(res, k);\r
 532                             }\r
 533                         }\r
 534                     }\r
 535                 }\r
 536             }\r
 537             else /////Editing a single sequence///////////\r
 538             {\r
 539                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 540                 {\r
 541                     // dragging to the right\r
 542                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 543                     {\r
 544                         insertChar(j, startseq);\r
 545                     }\r
 546                 }\r
 547                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 548                         (res < lastres))\r
 549                 {\r
 550                     // dragging to the left\r
 551                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 552                     {\r
 553                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 554                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 555                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 556                         {\r
 557                             deleteChar(res, startseq);\r
 558                         }\r
 559                         else\r
 560                         {\r
 561                             break;\r
 562                         }\r
 563                     }\r
 564                 }\r
 565             }\r
 566         }\r
 567 \r
 568         endEdit = res;\r
 569         lastres = res;\r
 570         seqCanvas.repaint();\r
 571     }\r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * DOCUMENT ME!\r
 575      *\r
 576      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 577      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 578      * @param start DOCUMENT ME!\r
 579      */\r
 580     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 581     {\r
 582         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 583             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 584         seqCanvas.repaint();\r
 585     }\r
 586 \r
 587     /**\r
 588      * DOCUMENT ME!\r
 589      *\r
 590      * @param j DOCUMENT ME!\r
 591      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 592      */\r
 593     public void insertChar(int j, int seq)\r
 594     {\r
 595         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 596         seqEditOccurred = seq;\r
 597     }\r
 598 \r
 599     /**\r
 600      * DOCUMENT ME!\r
 601      *\r
 602      * @param j DOCUMENT ME!\r
 603      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 604      */\r
 605     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 606     {\r
 607         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 608         seqEditOccurred = seq;\r
 609 \r
 610         av.alignment.getWidth();\r
 611         seqCanvas.repaint();\r
 612     }\r
 613 \r
 614     /**\r
 615      * DOCUMENT ME!\r
 616      *\r
 617      * @param i DOCUMENT ME!\r
 618      */\r
 619     void editOccurred(int i)\r
 620     {\r
 621       if (endEdit == startEdit)\r
 622       {\r
 623         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 624         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 625       }\r
 626 \r
 627       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 628 \r
 629     }\r
 630 \r
 631     /**\r
 632      * DOCUMENT ME!\r
 633      *\r
 634      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 635      */\r
 636     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 637     {\r
 638       int res = findRes(evt);\r
 639       int seq = findSeq(evt);\r
 640       oldSeq = seq;\r
 641 \r
 642       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 643 \r
 644       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
 645       {\r
 646           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 647               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
 648               "Wrapped view - no edit",\r
 649               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 650         return;\r
 651       }\r
 652 \r
 653       if(seq<0 || res<0)\r
 654             return;\r
 655 \r
 656 \r
 657         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 658 \r
 659         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 660         {\r
 661             return;\r
 662         }\r
 663 \r
 664         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 665 \r
 666         if (stretchGroup == null)\r
 667         {\r
 668             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 669 \r
 670             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 671                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 672             {\r
 673                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 674             }\r
 675             else\r
 676             {\r
 677                 stretchGroup = null;\r
 678             }\r
 679         }\r
 680         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 681                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 682                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 683         {\r
 684             stretchGroup = null;\r
 685 \r
 686             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 687 \r
 688             if (allGroups != null)\r
 689             {\r
 690                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 691                 {\r
 692                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 693                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 694                     {\r
 695                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 696                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 697 \r
 698                         break;\r
 699                     }\r
 700                 }\r
 701             }\r
 702         }\r
 703 \r
 704         if (stretchGroup == null)\r
 705         {\r
 706             // define a new group here\r
 707             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 708             sg.setStartRes(res);\r
 709             sg.setEndRes(res);\r
 710             sg.addSequence(sequence, false);\r
 711             av.setSelectionGroup(sg);\r
 712             stretchGroup = sg;\r
 713 \r
 714             if (av.getConservationSelected())\r
 715             {\r
 716                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 717                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 718             }\r
 719 \r
 720             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 721             {\r
 722                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 723                     "Background");\r
 724             }\r
 725         }\r
 726         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 727         {\r
 728             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 729             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 730 \r
 731             // edit the properties of existing group\r
 732         }\r
 733 \r
 734         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 735         {\r
 736             // Edit end res position of selected group\r
 737             changeEndRes = true;\r
 738         }\r
 739         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 740         {\r
 741             // Edit end res position of selected group\r
 742             changeStartRes = true;\r
 743         }\r
 744 \r
 745         stretchGroup.getWidth();\r
 746 \r
 747         seqCanvas.repaint();\r
 748     }\r
 749 \r
 750     /**\r
 751      * DOCUMENT ME!\r
 752      *\r
 753      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 754      */\r
 755     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 756     {\r
 757         if (mouseDragging)\r
 758         {\r
 759             stretchGroup.recalcConservation();\r
 760             mouseDragging = false;\r
 761         }\r
 762 \r
 763         if (stretchGroup == null)\r
 764         {\r
 765             return;\r
 766         }\r
 767 \r
 768         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 769         {\r
 770           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 771           {\r
 772             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 773                 sequences,\r
 774                 stretchGroup.getWidth());\r
 775           }\r
 776 \r
 777           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 778           {\r
 779             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 780                                               stretchGroup.getName());\r
 781           }\r
 782           else\r
 783           {\r
 784             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 785                                            stretchGroup.getName());\r
 786           }\r
 787         }\r
 788         changeEndRes = false;\r
 789         changeStartRes = false;\r
 790         stretchGroup = null;\r
 791         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 792     }\r
 793 \r
 794     /**\r
 795      * DOCUMENT ME!\r
 796      *\r
 797      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 798      */\r
 799     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 800     {\r
 801       int res = findRes(evt);\r
 802       int y = findSeq(evt);\r
 803 \r
 804       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 805         return;\r
 806 \r
 807       if (stretchGroup == null)\r
 808       {\r
 809             return;\r
 810         }\r
 811 \r
 812         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 813         {\r
 814             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 815         }\r
 816 \r
 817         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 818         {\r
 819             // Edit end res position of selected group\r
 820             changeEndRes = true;\r
 821         }\r
 822         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 823         {\r
 824             // Edit start res position of selected group\r
 825             changeStartRes = true;\r
 826         }\r
 827 \r
 828         if (res < av.getStartRes())\r
 829         {\r
 830             res = av.getStartRes();\r
 831         }\r
 832         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 833         {\r
 834             res = av.getEndRes();\r
 835         }\r
 836 \r
 837         if (changeEndRes)\r
 838         {\r
 839             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 840             {\r
 841                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 842             }\r
 843         }\r
 844         else if (changeStartRes)\r
 845         {\r
 846             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 847             {\r
 848                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 849             }\r
 850         }\r
 851 \r
 852         int dragDirection = 0;\r
 853 \r
 854         if (y > oldSeq)\r
 855         {\r
 856             dragDirection = 1;\r
 857         }\r
 858         else if (y < oldSeq)\r
 859         {\r
 860             dragDirection = -1;\r
 861         }\r
 862 \r
 863         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 864         {\r
 865             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 866             // selection is quite slow.\r
 867             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 868 \r
 869             oldSeq += dragDirection;\r
 870 \r
 871             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 872 \r
 873             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 874             {\r
 875                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 876             }\r
 877             else\r
 878             {\r
 879                 if (seq != null)\r
 880                 {\r
 881                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 882                 }\r
 883 \r
 884                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 885             }\r
 886         }\r
 887 \r
 888         oldSeq = y;\r
 889         mouseDragging = true;\r
 890 \r
 891         if (scrollThread != null)\r
 892         {\r
 893             scrollThread.setEvent(evt);\r
 894         }\r
 895 \r
 896         seqCanvas.repaint();\r
 897     }\r
 898 \r
 899     /**\r
 900      * DOCUMENT ME!\r
 901      *\r
 902      * @param e DOCUMENT ME!\r
 903      */\r
 904     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 905     {\r
 906         if (scrollThread != null)\r
 907         {\r
 908             scrollThread.running = false;\r
 909         }\r
 910     }\r
 911 \r
 912     /**\r
 913      * DOCUMENT ME!\r
 914      *\r
 915      * @param e DOCUMENT ME!\r
 916      */\r
 917     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 918     {\r
 919         if (av.getWrapAlignment())\r
 920         {\r
 921             return;\r
 922         }\r
 923 \r
 924         if (mouseDragging)\r
 925         {\r
 926             scrollThread = new ScrollThread();\r
 927         }\r
 928     }\r
 929 \r
 930     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 931     class ScrollThread extends Thread\r
 932     {\r
 933         MouseEvent evt;\r
 934         boolean running = false;\r
 935 \r
 936         public ScrollThread()\r
 937         {\r
 938             start();\r
 939         }\r
 940 \r
 941         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 942         {\r
 943             evt = e;\r
 944         }\r
 945 \r
 946         public void stopScrolling()\r
 947         {\r
 948             running = false;\r
 949         }\r
 950 \r
 951         public void run()\r
 952         {\r
 953             running = true;\r
 954 \r
 955             while (running)\r
 956             {\r
 957                 if (evt != null)\r
 958                 {\r
 959                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 960                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 961                     {\r
 962                         running = ap.scrollUp(true);\r
 963                     }\r
 964 \r
 965                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 966                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 967                     {\r
 968                         running = ap.scrollUp(false);\r
 969                     }\r
 970 \r
 971                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 972                     {\r
 973                         running = ap.scrollRight(true);\r
 974                     }\r
 975                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 976                     {\r
 977                         running = ap.scrollRight(false);\r
 978                     }\r
 979                 }\r
 980 \r
 981                 try\r
 982                 {\r
 983                     Thread.sleep(75);\r
 984                 }\r
 985                 catch (Exception ex)\r
 986                 {\r
 987                 }\r
 988             }\r
 989         }\r
 990     }\r
 991 }\r