src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import jalview.commands.EditCommand;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41   /** DOCUMENT ME!! */\r
  42   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44   /** DOCUMENT ME!! */\r
  45   public AlignmentPanel ap;\r
  46   protected int lastres;\r
  47   protected int startseq;\r
  48   protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50   ScrollThread scrollThread = null;\r
  51   boolean mouseDragging = false;\r
  52   boolean editingSeqs = false;\r
  53   boolean groupEditing = false;\r
  54 \r
  55   //////////////////////////////////////////\r
  56   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   int oldSeq = -1;\r
  59   boolean changeEndSeq = false;\r
  60   boolean changeStartSeq = false;\r
  61   boolean changeEndRes = false;\r
  62   boolean changeStartRes = false;\r
  63   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  64   boolean remove = false;\r
  65 \r
  66   Point lastMousePress;\r
  67   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  68   StringBuffer keyboardNo1;\r
  69   StringBuffer keyboardNo2;\r
  70 \r
  71   java.net.URL linkImageURL;\r
  72 \r
  73   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  74   String tmpString;\r
  75 \r
  76   EditCommand editCommand;\r
  77 \r
  78   /**\r
  79    * Creates a new SeqPanel object.\r
  80    *\r
  81    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  82    * @param p DOCUMENT ME!\r
  83    */\r
  84   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  85   {\r
  86     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  87     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  88     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  89     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  90     this.av = avp;\r
  91     setBackground(Color.white);\r
  92 \r
  93     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  94     setLayout(new BorderLayout());\r
  95     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  96 \r
  97     ap = p;\r
  98 \r
  99     if (!av.isDataset())\r
 100     {\r
 101       addMouseMotionListener(this);\r
 102       addMouseListener(this);\r
 103       addMouseWheelListener(this);\r
 104     }\r
 105   }\r
 106 \r
 107   int startWrapBlock = -1;\r
 108   int wrappedBlock = -1;\r
 109   int findRes(MouseEvent evt)\r
 110   {\r
 111     int res = 0;\r
 112     int x = evt.getX();\r
 113 \r
 114     if (av.wrapAlignment)\r
 115     {\r
 116 \r
 117       int hgap = av.charHeight;\r
 118       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 119         hgap += av.charHeight;\r
 120 \r
 121       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 122           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 123 \r
 124       int y = evt.getY();\r
 125       y -= hgap;\r
 126       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 127 \r
 128       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129       if (cwidth < 1)\r
 130         return 0;\r
 131 \r
 132       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 133       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 134 \r
 135       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 136 \r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if (av.hasHiddenColumns)\r
 144       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 145 \r
 146     return res;\r
 147 \r
 148   }\r
 149 \r
 150   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 151   {\r
 152     int seq = 0;\r
 153     int y = evt.getY();\r
 154 \r
 155     if (av.wrapAlignment)\r
 156     {\r
 157       int hgap = av.charHeight;\r
 158       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 159         hgap += av.charHeight;\r
 160 \r
 161       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 162           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 163 \r
 164       y -= hgap;\r
 165 \r
 166       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 167                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 172                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 173     }\r
 174 \r
 175     return seq;\r
 176   }\r
 177 \r
 178   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 179   {\r
 180     Vector tmp = new Vector();\r
 181     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 182     if (features != null)\r
 183     {\r
 184       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 185       {\r
 186         if (av.featuresDisplayed == null\r
 187             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 188           continue;\r
 189 \r
 190         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 191             (features[i].getEnd() >= res))\r
 192         {\r
 193           tmp.addElement(features[i]);\r
 194         }\r
 195       }\r
 196     }\r
 197 \r
 198     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 199     for(int i=0; i<tmp.size(); i++)\r
 200     {\r
 201       features[i] = (SequenceFeature)tmp.elementAt(i);\r
 202     }\r
 203 \r
 204     return features;\r
 205   }\r
 206 \r
 207    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 208    {\r
 209      Vector allFeatures = new Vector();\r
 210      int index = 0;\r
 211      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 212      {\r
 213        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 214        {\r
 215          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 216          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 217              sf.getEnd() >= res)\r
 218          {\r
 219            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 220            {\r
 221              allFeatures.addElement(sf);\r
 222            }\r
 223          }\r
 224          index++;\r
 225        }\r
 226      }\r
 227      return allFeatures;\r
 228   }\r
 229 \r
 230    void endEditing()\r
 231    {\r
 232      if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
 233      {\r
 234        ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 235        av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 236                              av.getAlignment().getSequences());\r
 237      }\r
 238 \r
 239      startseq = -1;\r
 240      lastres = -1;\r
 241      editingSeqs = false;\r
 242      groupEditing = false;\r
 243      keyboardNo1 = null;\r
 244      keyboardNo2 = null;\r
 245      editCommand = null;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     void setCursorRow()\r
 249     {\r
 250       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 251       scrollToVisible();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     void setCursorColumn()\r
 255     {\r
 256       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 257       scrollToVisible();\r
 258     }\r
 259 \r
 260     void setCursorRowAndColumn()\r
 261     {\r
 262       if(keyboardNo2==null)\r
 263       {\r
 264         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 265       }\r
 266       else\r
 267       {\r
 268         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 269         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 270         scrollToVisible();\r
 271       }\r
 272     }\r
 273 \r
 274     void setCursorPosition()\r
 275     {\r
 276       SequenceI sequence =\r
 277           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 278 \r
 279       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 280           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 281           );\r
 282       scrollToVisible();\r
 283     }\r
 284 \r
 285     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 286     {\r
 287       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 288       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 289       if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 290       {\r
 291         int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 292         int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 293 \r
 294         while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 295               && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 296               && seqCanvas.cursorX>0)\r
 297         {\r
 298           seqCanvas.cursorX += dx;\r
 299         }\r
 300 \r
 301         if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 302            || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 303         {\r
 304           seqCanvas.cursorX = original;\r
 305         }\r
 306       }\r
 307 \r
 308       scrollToVisible();\r
 309     }\r
 310 \r
 311     void scrollToVisible()\r
 312     {\r
 313       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 314         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 315       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 316         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 317 \r
 318       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 319         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 320       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 321         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 322 \r
 323 \r
 324       endEditing();\r
 325       if(av.wrapAlignment)\r
 326       {\r
 327         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 328       }\r
 329       else\r
 330       {\r
 331         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 332         {\r
 333           ap.scrollUp(true);\r
 334         }\r
 335         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 336         {\r
 337           ap.scrollUp(false);\r
 338         }\r
 339         if (!av.wrapAlignment)\r
 340         {\r
 341           while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 342           {\r
 343             if (!ap.scrollRight(false))\r
 344               break;\r
 345           }\r
 346           while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 347           {\r
 348             if (!ap.scrollRight(true))\r
 349               break;\r
 350           }\r
 351         }\r
 352       }\r
 353       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 354                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 355 \r
 356       seqCanvas.repaint();\r
 357     }\r
 358 \r
 359     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 360     {\r
 361       SequenceI sequence =\r
 362           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 363 \r
 364       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 365       {\r
 366         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 367         //Find the top and bottom of this group\r
 368         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 369         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 370         {\r
 371           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 372           if(index > max)\r
 373             max = index;\r
 374           if(index < min)\r
 375             min = index;\r
 376         }\r
 377 \r
 378         max ++;\r
 379 \r
 380         if(topLeft)\r
 381         {\r
 382           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 383           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 384             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 385 \r
 386           min = seqCanvas.cursorY;\r
 387         }\r
 388         else\r
 389         {\r
 390           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 391           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 392             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 393 \r
 394           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 395         }\r
 396 \r
 397         if(min>max)\r
 398         {\r
 399           // Only the user can do this\r
 400           av.setSelectionGroup(null);\r
 401         }\r
 402         else\r
 403         {\r
 404           // Now add any sequences between min and max\r
 405           sg.getSequences(null).clear();\r
 406           for (int i = min; i < max; i++)\r
 407           {\r
 408             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 409           }\r
 410         }\r
 411       }\r
 412 \r
 413       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 414       {\r
 415         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 416         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 417         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 418         sg.addSequence(sequence, false);\r
 419         av.setSelectionGroup(sg);\r
 420       }\r
 421 \r
 422 \r
 423       ap.repaint();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 427     {\r
 428       groupEditing = group;\r
 429       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 430       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 431       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 432       endEditing();\r
 433     }\r
 434 \r
 435     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 436     {\r
 437       groupEditing = group;\r
 438       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 439       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 440       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 441       endEditing();\r
 442     }\r
 443 \r
 444     void numberPressed(char value)\r
 445     {\r
 446       if(keyboardNo1==null)\r
 447         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 448 \r
 449       if(keyboardNo2!=null)\r
 450         keyboardNo2.append(value);\r
 451       else\r
 452         keyboardNo1.append(value);\r
 453     }\r
 454 \r
 455     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 456     {\r
 457       if(kb==null)\r
 458         return 1;\r
 459       else\r
 460         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 461     }\r
 462 \r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 468      */\r
 469     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 470     {\r
 471       mouseDragging = false;\r
 472       mouseWheelPressed = false;\r
 473 \r
 474       if (!editingSeqs)\r
 475       {\r
 476          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 477          return;\r
 478       }\r
 479 \r
 480        endEditing();\r
 481 \r
 482        ap.repaint();\r
 483     }\r
 484 \r
 485 \r
 486 \r
 487     /**\r
 488      * DOCUMENT ME!\r
 489      *\r
 490      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 491      */\r
 492     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 493     {\r
 494       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 495 \r
 496       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 497       {\r
 498         mouseWheelPressed = true;\r
 499         return;\r
 500       }\r
 501 \r
 502       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 503           evt.isControlDown())\r
 504       {\r
 505         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 506         {\r
 507           groupEditing = true;\r
 508         }\r
 509         editingSeqs = true;\r
 510       }\r
 511       else\r
 512       {\r
 513         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 514         return;\r
 515       }\r
 516 \r
 517       int seq = findSeq(evt);\r
 518       int res = findRes(evt);\r
 519 \r
 520       if(seq<0 || res<0)\r
 521         return;\r
 522 \r
 523         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 524                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 525         {\r
 526             startseq = seq;\r
 527             lastres = res;\r
 528         }\r
 529         else\r
 530         {\r
 531             startseq = -1;\r
 532             lastres = -1;\r
 533         }\r
 534 \r
 535         return;\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 542      */\r
 543     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 544     {\r
 545       if (editingSeqs)\r
 546       {\r
 547        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 548        // If control is down, other platforms will not.\r
 549        mouseDragged(evt);\r
 550       }\r
 551 \r
 552       int res = findRes(evt);\r
 553       int seq = findSeq(evt);\r
 554 \r
 555 \r
 556       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 557             return;\r
 558 \r
 559       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 560 \r
 561       if (res > sequence.getLength())\r
 562       {\r
 563         return;\r
 564       }\r
 565 \r
 566       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 567       {\r
 568         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 569       }\r
 570 \r
 571       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 572 \r
 573 \r
 574 \r
 575       tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 576 \r
 577       SequenceGroup []  groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 578       if(groups!=null)\r
 579       {\r
 580         for(int g=0; g<groups.length; g++)\r
 581         {\r
 582           if(groups[g].getStartRes()<=res && groups[g].getEndRes()>=res)\r
 583           {\r
 584             if (tooltipText.length() > 6)\r
 585                     tooltipText.append("<br>");\r
 586 \r
 587             if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 588                 !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 589               tooltipText.append(groups[g].getName());\r
 590 \r
 591             if(groups[g].getDescription()!=null)\r
 592               tooltipText.append(": "+groups[g].getDescription());\r
 593           }\r
 594         }\r
 595       }\r
 596 \r
 597 \r
 598         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 599         if (av.showSequenceFeatures)\r
 600         {\r
 601           SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 602               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 603 \r
 604           if (features != null)\r
 605           {\r
 606             for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 607             {\r
 608               if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 609               {\r
 610                 if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 611                     || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 612                 {\r
 613                   if (tooltipText.length() > 6)\r
 614                     tooltipText.append("<br>");\r
 615                   tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 616                                      features[i].getEnd());\r
 617                   if (features[i].links != null)\r
 618                     tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 619                 }\r
 620               }\r
 621               else\r
 622               {\r
 623                 if (tooltipText.length() > 6)\r
 624                   tooltipText.append("<br>");\r
 625 \r
 626                 tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 627                                    features[i].begin);\r
 628                 if (features[i].begin != features[i].end)\r
 629                   tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 630 \r
 631                 if (features[i].getDescription() != null\r
 632                     && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 633                 {\r
 634                   tmpString = features[i].getDescription();\r
 635                   int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 636                   if (startTag > -1)\r
 637                   {\r
 638                     tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 639                   }\r
 640                   int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 641                   if (endTag > -1)\r
 642                   {\r
 643                     tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 644                   }\r
 645                   endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 646                   if (endTag > -1)\r
 647                   {\r
 648                     tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 649                   }\r
 650 \r
 651                   if (startTag > -1)\r
 652                   {\r
 653                     tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 654                   }\r
 655                   else\r
 656                   {\r
 657                     if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 658                     {\r
 659                       //The description does not specify html is to\r
 660                       //be used, so we must remove < > symbols\r
 661                       tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 662                       tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 663 \r
 664                       tooltipText.append("; ");\r
 665                       tooltipText.append(tmpString);\r
 666 \r
 667                     }\r
 668                     else\r
 669                       tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 670                   }\r
 671                 }\r
 672                 if (features[i].getValue("status") != null)\r
 673                 {\r
 674                   String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 675                   if (status.length() > 0)\r
 676                     tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 677                 }\r
 678 \r
 679                 if (features[i].links != null)\r
 680                   tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 681 \r
 682               }\r
 683             }\r
 684           }\r
 685         }\r
 686 \r
 687         if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 688         {\r
 689           setToolTipText(null);\r
 690         }\r
 691         else\r
 692         {\r
 693           tooltipText.append("</html>");\r
 694           setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 695         }\r
 696        // else\r
 697         //  setToolTipText(null);\r
 698     }\r
 699 \r
 700     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 701     {\r
 702       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 703                                            sequence.getName());\r
 704 \r
 705       Object obj = null;\r
 706       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 707       {\r
 708         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 709                                                    "");\r
 710         if (obj != null)\r
 711           text.append(" Nucleotide: ");\r
 712       }\r
 713       else\r
 714       {\r
 715         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 716         if (obj != null)\r
 717           text.append("  Residue: ");\r
 718       }\r
 719 \r
 720       if (obj != null)\r
 721       {\r
 722 \r
 723         if (obj != "")\r
 724         {\r
 725           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 726                       ")");\r
 727         }\r
 728       }\r
 729       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 730 \r
 731     }\r
 732 \r
 733     /**\r
 734      * DOCUMENT ME!\r
 735      *\r
 736      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 737      */\r
 738     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 739     {\r
 740       if (mouseWheelPressed)\r
 741       {\r
 742         int oldWidth = av.charWidth;\r
 743 \r
 744         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 745         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 746             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 747         {\r
 748           int fontSize = av.font.getSize();\r
 749 \r
 750           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 751           {\r
 752             fontSize--;\r
 753           }\r
 754           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 755           {\r
 756             fontSize++;\r
 757           }\r
 758 \r
 759           if(fontSize<1)\r
 760             fontSize = 1;\r
 761 \r
 762           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 763           av.charWidth = oldWidth;\r
 764           ap.fontChanged();\r
 765         }\r
 766         else\r
 767         {\r
 768           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 769           {\r
 770             av.charWidth--;\r
 771           }\r
 772           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 773           {\r
 774             av.charWidth++;\r
 775           }\r
 776 \r
 777           ap.repaint();\r
 778         }\r
 779 \r
 780         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 781         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 782 \r
 783         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 784 \r
 785         return;\r
 786       }\r
 787 \r
 788       if (!editingSeqs)\r
 789       {\r
 790         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 791         return;\r
 792       }\r
 793 \r
 794         int res = findRes(evt);\r
 795 \r
 796         if (res < 0)\r
 797         {\r
 798             res = 0;\r
 799         }\r
 800 \r
 801         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 802         {\r
 803             return;\r
 804         }\r
 805 \r
 806         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 807         {\r
 808           // dragLeft, delete gap\r
 809           editSequence(false, res);\r
 810         }\r
 811         else\r
 812           editSequence(true, res);\r
 813 \r
 814         mouseDragging = true;\r
 815         if(scrollThread!=null)\r
 816           scrollThread.setEvent(evt);\r
 817 \r
 818     }\r
 819 \r
 820     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 821     {\r
 822       int fixedLeft = -1;\r
 823       int fixedRight = -1;\r
 824       boolean fixedColumns = false;\r
 825       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 826 \r
 827       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 828 \r
 829       //No group, but the sequence may represent a group\r
 830         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 831         {\r
 832           if (av.hiddenRepSequences!=null\r
 833               && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 834           {\r
 835             sg = (SequenceGroup)av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 836             groupEditing = true;\r
 837           }\r
 838         }\r
 839 \r
 840 \r
 841         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 842         if (groupEditing)\r
 843         {\r
 844           message.append("Edit group:");\r
 845           if (editCommand == null)\r
 846             editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 847         }\r
 848         else\r
 849          {\r
 850            message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 851            String label = seq.getName();\r
 852            if(label.length()>10)\r
 853              label = label.substring(0,10);\r
 854            if(editCommand==null)\r
 855              editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 856          }\r
 857 \r
 858        if(insertGap)\r
 859          message.append(" insert ");\r
 860        else\r
 861          message.append(" delete ");\r
 862 \r
 863        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 864        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 865 \r
 866 \r
 867         //Are we editing within a selection group?\r
 868         if (groupEditing\r
 869             || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 870         {\r
 871           fixedColumns = true;\r
 872 \r
 873           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 874           //but the sequence represents a group\r
 875           if (sg == null)\r
 876           {\r
 877             sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 878           }\r
 879 \r
 880           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 881           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 882 \r
 883           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 884               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 885               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 886               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 887           {\r
 888             endEditing();\r
 889             return;\r
 890           }\r
 891 \r
 892           if (fixedLeft > startres)\r
 893           {\r
 894             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 895             fixedLeft = 0;\r
 896           }\r
 897           else if (fixedRight < startres)\r
 898           {\r
 899             fixedLeft = fixedRight;\r
 900             fixedRight = -1;\r
 901           }\r
 902         }\r
 903 \r
 904 \r
 905         if(av.hasHiddenColumns )\r
 906         {\r
 907             fixedColumns = true;\r
 908             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 909             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 910 \r
 911             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 912                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 913             {\r
 914               endEditing();\r
 915               return;\r
 916             }\r
 917 \r
 918             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 919             //Selection spans a hidden region\r
 920             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 921             {\r
 922               if(startres>=y2)\r
 923               {\r
 924                 fixedLeft = y2;\r
 925               }\r
 926               else\r
 927               {\r
 928                fixedRight = y2 - 1;\r
 929              }\r
 930             }\r
 931         }\r
 932 \r
 933 \r
 934         if (groupEditing)\r
 935         {\r
 936           Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
 937           int g, groupSize = vseqs.size();\r
 938           SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 939           for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 940             groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 941 \r
 942           // drag to right\r
 943           if (insertGap)\r
 944           {\r
 945               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 946               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 947               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 948                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 949                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 950                  )\r
 951               {\r
 952                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 953                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 954               }\r
 955 \r
 956             // Is it valid with fixed columns??\r
 957             // Find the next gap before the end\r
 958             // of the visible region boundary\r
 959             boolean blank = false;\r
 960             for (fixedRight = fixedRight;\r
 961                  fixedRight > lastres;\r
 962                  fixedRight--)\r
 963             {\r
 964               blank = true;\r
 965 \r
 966               for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 967               {\r
 968                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 969                 {\r
 970                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 971                       groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 972                   {\r
 973                     blank = false;\r
 974                     break;\r
 975                   }\r
 976                 }\r
 977               }\r
 978               if (blank)\r
 979                 break;\r
 980             }\r
 981 \r
 982             if (!blank)\r
 983             {\r
 984               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight()  )\r
 985               {\r
 986                 if((av.hasHiddenColumns\r
 987                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 988                 {\r
 989                   endEditing();\r
 990                   return;\r
 991                 }\r
 992 \r
 993                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 994                 if(av.hasHiddenRows)\r
 995                 {\r
 996                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 997                   if(hwidth>alWidth)\r
 998                     alWidth = hwidth;\r
 999                 }\r
1000                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1001                 //contains all the sequences\r
1002                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
1003                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
1004               }\r
1005               else\r
1006               {\r
1007                 endEditing();\r
1008                 return;\r
1009               }\r
1010             }\r
1011           }\r
1012 \r
1013 \r
1014           // drag to left\r
1015           else if(!insertGap)\r
1016           {\r
1017             /// Are we able to delete?\r
1018             // ie are all columns blank?\r
1019 \r
1020             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1021             {\r
1022               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1023               {\r
1024                 if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1025                 {\r
1026                   continue;\r
1027                 }\r
1028 \r
1029                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1030                     groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1031                 {\r
1032                   // Not a gap, block edit not valid\r
1033                   endEditing();\r
1034                   return;\r
1035                 }\r
1036               }\r
1037             }\r
1038           }\r
1039 \r
1040             if (insertGap)\r
1041             {\r
1042               // dragging to the right\r
1043               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1044               {\r
1045                 for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1046                 {\r
1047                     insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1048                 }\r
1049               }\r
1050               else\r
1051               {\r
1052                 editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1053                                        groupSeqs,\r
1054                                        startres, startres-lastres,\r
1055                                        av.alignment,\r
1056                                        true);\r
1057               }\r
1058             }\r
1059             else\r
1060             {\r
1061               // dragging to the left\r
1062               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1063               {\r
1064                 for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1065                 {\r
1066                   deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1067                 }\r
1068               }\r
1069               else\r
1070                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1071                                        groupSeqs,\r
1072                                        startres, lastres - startres,\r
1073                                        av.alignment,\r
1074                                        true);\r
1075 \r
1076             }\r
1077         }\r
1078         else /////Editing a single sequence///////////\r
1079         {\r
1080           if (insertGap)\r
1081           {\r
1082             // dragging to the right\r
1083             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1084             {\r
1085               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1086               {\r
1087                 insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1088               }\r
1089             }\r
1090             else\r
1091             {\r
1092               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1093                                      new SequenceI[]\r
1094                                      {seq},\r
1095                                      lastres, startres-lastres,\r
1096                                      av.alignment,\r
1097                                      true);\r
1098             }\r
1099           }\r
1100           else\r
1101           {\r
1102             // dragging to the left\r
1103             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1104             {\r
1105               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1106               {\r
1107                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1108                 {\r
1109                   endEditing();\r
1110                   break;\r
1111                 }\r
1112                 deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1113               }\r
1114             }\r
1115             else\r
1116             {\r
1117               //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1118               int max=0;\r
1119               for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1120               {\r
1121                 if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1122                   break;\r
1123                 max++;\r
1124               }\r
1125 \r
1126               if (max>0)\r
1127               {\r
1128                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1129                                        new SequenceI[]\r
1130                                        {seq},\r
1131                                        startres, max,\r
1132                                        av.alignment,\r
1133                                        true);\r
1134               }\r
1135             }\r
1136           }\r
1137         }\r
1138 \r
1139         lastres = startres;\r
1140         seqCanvas.repaint();\r
1141     }\r
1142 \r
1143 \r
1144 \r
1145     void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1146     {\r
1147       int blankColumn = fixedColumn;\r
1148       for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1149       {\r
1150         //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1151         //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1152 \r
1153         for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1154         {\r
1155           if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1156           {\r
1157             //Theres a space, so break and insert the gap\r
1158             break;\r
1159           }\r
1160         }\r
1161 \r
1162         if (blankColumn <= j)\r
1163         {\r
1164           blankColumn = fixedColumn;\r
1165           endEditing();\r
1166           return;\r
1167         }\r
1168       }\r
1169 \r
1170       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1171                              seq,\r
1172                              blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1173 \r
1174       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1175                              seq,\r
1176                              j, 1, av.alignment,\r
1177                              true);\r
1178 \r
1179     }\r
1180 \r
1181     void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1182     {\r
1183 \r
1184       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1185                              seq,\r
1186                              j, 1, av.alignment, true);\r
1187 \r
1188       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1189                              seq,\r
1190                              fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1191     }\r
1192 \r
1193     /**\r
1194      * DOCUMENT ME!\r
1195      *\r
1196      * @param e DOCUMENT ME!\r
1197      */\r
1198     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1199     {\r
1200         if(oldSeq < 0)\r
1201           oldSeq = 0;\r
1202 \r
1203         if (scrollThread != null)\r
1204         {\r
1205             scrollThread.running = false;\r
1206             scrollThread = null;\r
1207         }\r
1208     }\r
1209 \r
1210     /**\r
1211      * DOCUMENT ME!\r
1212      *\r
1213      * @param e DOCUMENT ME!\r
1214      */\r
1215     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1216     {\r
1217         if (av.getWrapAlignment())\r
1218         {\r
1219             return;\r
1220         }\r
1221 \r
1222         if (mouseDragging)\r
1223         {\r
1224             scrollThread = new ScrollThread();\r
1225         }\r
1226     }\r
1227 \r
1228     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1229     {\r
1230       SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt( findSeq(evt) );\r
1231       if(evt.getClickCount()>1)\r
1232       {\r
1233         if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1234             && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1235             - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1236           av.setSelectionGroup(null);\r
1237 \r
1238         SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1239             sequence.getDatasetSequence(),\r
1240             sequence.findPosition( findRes(evt) )\r
1241             );\r
1242 \r
1243         if(features!=null && features.length>0)\r
1244         {\r
1245           SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1246           highlight.addResult(sequence,\r
1247                               features[0].getBegin(),\r
1248                               features[0].getEnd());\r
1249           seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1250         }\r
1251         if(features!=null && features.length>0)\r
1252         {\r
1253           seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1254               new SequenceI[]\r
1255               {sequence}, features, false, ap);\r
1256 \r
1257           seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1258         }\r
1259       }\r
1260     }\r
1261 \r
1262     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1263     {\r
1264       e.consume();\r
1265      /* if (mouseWheelPressed)\r
1266       {\r
1267         Font font = av.getFont();\r
1268         int fontSize = font.getSize();\r
1269         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1270           fontSize++;\r
1271         else if (fontSize > 1)\r
1272           fontSize--;\r
1273 \r
1274 \r
1275 \r
1276         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1277 \r
1278         ap.fontChanged();\r
1279       }\r
1280       else*/\r
1281       {\r
1282         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1283           ap.scrollUp(false);\r
1284         else\r
1285           ap.scrollUp(true);\r
1286       }\r
1287 \r
1288     }\r
1289 \r
1290 \r
1291     /**\r
1292      * DOCUMENT ME!\r
1293      *\r
1294      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1295      */\r
1296     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1297     {\r
1298       int res = findRes(evt);\r
1299       int seq = findSeq(evt);\r
1300       oldSeq = seq;\r
1301 \r
1302       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1303 \r
1304       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1305       {\r
1306           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1307               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1308               "Wrapped view - no edit",\r
1309               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1310           return;\r
1311       }\r
1312 \r
1313       if(seq<0 || res<0)\r
1314             return;\r
1315 \r
1316         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1317 \r
1318         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1319         {\r
1320             return;\r
1321         }\r
1322 \r
1323         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1324 \r
1325         if (stretchGroup == null)\r
1326         {\r
1327             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1328 \r
1329             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1330                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1331             {\r
1332                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1333             }\r
1334             else\r
1335             {\r
1336                 stretchGroup = null;\r
1337             }\r
1338         }\r
1339         else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1340                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1341                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1342         {\r
1343             stretchGroup = null;\r
1344 \r
1345             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1346 \r
1347             if (allGroups != null)\r
1348             {\r
1349                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1350                 {\r
1351                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1352                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1353                     {\r
1354                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1355                         break;\r
1356                     }\r
1357                 }\r
1358             }\r
1359 \r
1360             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1361 \r
1362         }\r
1363 \r
1364 \r
1365         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1366         {\r
1367           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1368                                                   sequence.findPosition(res));\r
1369           Vector links = new Vector();\r
1370             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1371             {\r
1372               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1373               if (sf.links != null)\r
1374               {\r
1375                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1376                 {\r
1377                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1378                 }\r
1379               }\r
1380             }\r
1381 \r
1382             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1383             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1384             return;\r
1385         }\r
1386 \r
1387         if (av.cursorMode)\r
1388         {\r
1389           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1390           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1391           seqCanvas.repaint();\r
1392           return;\r
1393         }\r
1394 \r
1395         if (stretchGroup == null)\r
1396         {\r
1397           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1398 \r
1399           // define a new group here\r
1400           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1401           sg.setStartRes(res);\r
1402           sg.setEndRes(res);\r
1403           sg.addSequence(sequence, false);\r
1404           av.setSelectionGroup(sg);\r
1405           stretchGroup = sg;\r
1406 \r
1407           if (av.getConservationSelected())\r
1408           {\r
1409             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1410                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1411                                               "Background");\r
1412           }\r
1413 \r
1414           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1415           {\r
1416             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1417                                            "Background");\r
1418           }\r
1419           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1420           {\r
1421             // Edit end res position of selected group\r
1422             changeEndRes = true;\r
1423           }\r
1424           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1425                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1426           {\r
1427             // Edit end res position of selected group\r
1428             changeStartRes = true;\r
1429           }\r
1430           stretchGroup.getWidth();\r
1431         }\r
1432 \r
1433         seqCanvas.repaint();\r
1434     }\r
1435 \r
1436     /**\r
1437      * DOCUMENT ME!\r
1438      *\r
1439      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1440      */\r
1441     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1442     {\r
1443         if (stretchGroup == null)\r
1444         {\r
1445             return;\r
1446         }\r
1447 \r
1448 \r
1449         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1450         {\r
1451           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1452           {\r
1453             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1454                 stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1455                 stretchGroup.getWidth());\r
1456           }\r
1457 \r
1458           if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1459               || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1460               || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1461               || stretchGroup.cs.getThreshold()>0)\r
1462             stretchGroup.recalcConservation();\r
1463 \r
1464           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1465           {\r
1466             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1467                                               stretchGroup.getName());\r
1468           }\r
1469           else\r
1470           {\r
1471             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1472                                            stretchGroup.getName());\r
1473           }\r
1474         }\r
1475         changeEndRes = false;\r
1476         changeStartRes = false;\r
1477         stretchGroup = null;\r
1478 \r
1479         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1480     }\r
1481 \r
1482     /**\r
1483      * DOCUMENT ME!\r
1484      *\r
1485      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1486      */\r
1487     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1488     {\r
1489       int res = findRes(evt);\r
1490       int y = findSeq(evt);\r
1491 \r
1492       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1493         return;\r
1494 \r
1495        if (stretchGroup == null)\r
1496        {\r
1497             return;\r
1498        }\r
1499 \r
1500         if(res>= av.alignment.getWidth())\r
1501         {\r
1502           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1503         }\r
1504 \r
1505         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1506         {\r
1507             // Edit end res position of selected group\r
1508             changeEndRes = true;\r
1509         }\r
1510         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1511         {\r
1512             // Edit start res position of selected group\r
1513             changeStartRes = true;\r
1514         }\r
1515 \r
1516         if (res < av.getStartRes())\r
1517         {\r
1518             res = av.getStartRes();\r
1519         }\r
1520 \r
1521         if (changeEndRes)\r
1522         {\r
1523             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1524             {\r
1525                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1526             }\r
1527         }\r
1528         else if (changeStartRes)\r
1529         {\r
1530             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1531             {\r
1532                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1533             }\r
1534         }\r
1535 \r
1536         int dragDirection = 0;\r
1537 \r
1538         if (y > oldSeq)\r
1539         {\r
1540             dragDirection = 1;\r
1541         }\r
1542         else if (y < oldSeq)\r
1543         {\r
1544             dragDirection = -1;\r
1545         }\r
1546 \r
1547 \r
1548         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1549         {\r
1550             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1551             // selection is quite slow.\r
1552             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1553 \r
1554             oldSeq += dragDirection;\r
1555 \r
1556             if(oldSeq<0)\r
1557               break;\r
1558 \r
1559             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1560 \r
1561             if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1562             {\r
1563                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1564             }\r
1565             else\r
1566             {\r
1567                 if (seq != null)\r
1568                 {\r
1569                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1570                 }\r
1571 \r
1572                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1573             }\r
1574         }\r
1575 \r
1576         if(oldSeq < 0)\r
1577           oldSeq = -1;\r
1578 \r
1579         mouseDragging = true;\r
1580 \r
1581         if (scrollThread != null)\r
1582         {\r
1583             scrollThread.setEvent(evt);\r
1584         }\r
1585 \r
1586         seqCanvas.repaint();\r
1587     }\r
1588 \r
1589     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1590     {\r
1591       if(evt==null)\r
1592       {\r
1593         if(scrollThread!=null)\r
1594         {\r
1595           scrollThread.running = false;\r
1596           scrollThread = null;\r
1597         }\r
1598         mouseDragging = false;\r
1599       }\r
1600       else\r
1601       {\r
1602         if (scrollThread == null)\r
1603           scrollThread = new ScrollThread();\r
1604 \r
1605         mouseDragging = true;\r
1606         scrollThread.setEvent(evt);\r
1607       }\r
1608 \r
1609     }\r
1610 \r
1611 \r
1612     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1613     class ScrollThread extends Thread\r
1614     {\r
1615         MouseEvent evt;\r
1616         boolean running = false;\r
1617 \r
1618         public ScrollThread()\r
1619         {\r
1620             start();\r
1621         }\r
1622 \r
1623         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1624         {\r
1625             evt = e;\r
1626         }\r
1627 \r
1628         public void stopScrolling()\r
1629         {\r
1630             running = false;\r
1631         }\r
1632 \r
1633         public void run()\r
1634         {\r
1635             running = true;\r
1636 \r
1637             while (running)\r
1638             {\r
1639                 if (evt != null)\r
1640                 {\r
1641                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1642                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1643                     {\r
1644                         running = ap.scrollUp(true);\r
1645                     }\r
1646 \r
1647                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1648                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1649                     {\r
1650                         running = ap.scrollUp(false);\r
1651                     }\r
1652 \r
1653                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1654                     {\r
1655                         running = ap.scrollRight(false);\r
1656                     }\r
1657                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1658                     {\r
1659                         running = ap.scrollRight(true);\r
1660                     }\r
1661                 }\r
1662 \r
1663                 try\r
1664                 {\r
1665                     Thread.sleep(20);\r
1666                 }\r
1667                 catch (Exception ex)\r
1668                 {\r
1669                 }\r
1670             }\r
1671         }\r
1672     }\r
1673 }\r