src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.Vector;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     boolean seqEditOccurred = false;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     Point lastMousePress;\r
  71     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  72     StringBuffer keyboardNo1;\r
  73     StringBuffer keyboardNo2;\r
  74 \r
  75     java.net.URL linkImageURL;\r
  76 \r
  77     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  78     String tmpString;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * Creates a new SeqPanel object.\r
  82      *\r
  83      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  84      * @param p DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  87     {\r
  88         linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  89         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  90         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  91         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  92         this.av = avp;\r
  93         setBackground(Color.white);\r
  94 \r
  95         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  96         setLayout(new BorderLayout());\r
  97         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99         ap = p;\r
 100 \r
 101         if(!av.isDataset())\r
 102         {\r
 103           addMouseMotionListener(this);\r
 104           addMouseListener(this);\r
 105           addMouseWheelListener(this);\r
 106         }\r
 107     }\r
 108 \r
 109     int startWrapBlock=-1;\r
 110     int wrappedBlock=-1;\r
 111     int findRes(MouseEvent evt)\r
 112    {\r
 113      int res = 0;\r
 114      int x = evt.getX();\r
 115 \r
 116     if (av.wrapAlignment)\r
 117     {\r
 118 \r
 119       int hgap = av.charHeight;\r
 120       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 121         hgap += av.charHeight;\r
 122 \r
 123       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 124           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 125 \r
 126         int y = evt.getY();\r
 127         y -= hgap;\r
 128         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 129 \r
 130 \r
 131         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 132         if(cwidth<1)\r
 133           return 0;\r
 134 \r
 135         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 136         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 137 \r
 138         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 139 \r
 140     }\r
 141     else\r
 142     {\r
 143         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 144     }\r
 145 \r
 146     if(av.hasHiddenColumns)\r
 147           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 148 \r
 149     return res;\r
 150 \r
 151    }\r
 152 \r
 153    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 154    {\r
 155      int seq = 0;\r
 156      int y = evt.getY();\r
 157 \r
 158      if (av.wrapAlignment)\r
 159      {\r
 160        int hgap = av.charHeight;\r
 161        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 162          hgap += av.charHeight;\r
 163 \r
 164        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 165            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 166 \r
 167          y -= hgap;\r
 168 \r
 169        seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 170                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 171      }\r
 172      else\r
 173      {\r
 174        seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 175                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 176      }\r
 177 \r
 178      return seq;\r
 179    }\r
 180 \r
 181    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 182    {\r
 183      Vector allFeatures = new Vector();\r
 184      int index = 0;\r
 185      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 186      {\r
 187        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 188        {\r
 189          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 190          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 191              sf.getEnd() >= res)\r
 192          {\r
 193            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 194            {\r
 195              allFeatures.addElement(sf);\r
 196            }\r
 197          }\r
 198          index++;\r
 199        }\r
 200      }\r
 201      return allFeatures;\r
 202   }\r
 203 \r
 204    void endEditing()\r
 205    {\r
 206      startseq = -1;\r
 207      lastres = -1;\r
 208      seqEditOccurred = false;\r
 209      editingSeqs = false;\r
 210      groupEditing = false;\r
 211      keyboardNo1 = null;\r
 212      keyboardNo2 = null;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     void setCursorRow()\r
 216     {\r
 217       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 218       scrollToVisible();\r
 219     }\r
 220 \r
 221     void setCursorColumn()\r
 222     {\r
 223       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 224       scrollToVisible();\r
 225     }\r
 226 \r
 227     void setCursorRowAndColumn()\r
 228     {\r
 229       if(keyboardNo2==null)\r
 230       {\r
 231         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 232       }\r
 233       else\r
 234       {\r
 235         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 236         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 237         scrollToVisible();\r
 238       }\r
 239     }\r
 240 \r
 241     void setCursorPosition()\r
 242     {\r
 243       SequenceI sequence =\r
 244           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 245 \r
 246       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 247           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 248           );\r
 249       scrollToVisible();\r
 250     }\r
 251 \r
 252     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 253     {\r
 254       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 255       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 256       scrollToVisible();\r
 257     }\r
 258 \r
 259     void scrollToVisible()\r
 260     {\r
 261       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 262         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 263       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 264         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 265 \r
 266       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 267         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 268       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 269         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 270 \r
 271 \r
 272       endEditing();\r
 273       if(av.wrapAlignment)\r
 274       {\r
 275         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 276       }\r
 277       else\r
 278       {\r
 279         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 280         {\r
 281           ap.scrollUp(true);\r
 282         }\r
 283         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 284         {\r
 285           ap.scrollUp(false);\r
 286         }\r
 287         if (!av.wrapAlignment)\r
 288         {\r
 289           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 290           {\r
 291             if (!ap.scrollRight(false))\r
 292               break;\r
 293           }\r
 294           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 295           {\r
 296             if (!ap.scrollRight(true))\r
 297               break;\r
 298           }\r
 299         }\r
 300       }\r
 301       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 302                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 303 \r
 304       seqCanvas.repaint();\r
 305     }\r
 306 \r
 307     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 308     {\r
 309       SequenceI sequence =\r
 310           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 311 \r
 312       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 313       {\r
 314         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 315         //Find the top and bottom of this group\r
 316         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 317         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 318         {\r
 319           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 320           if(index > max)\r
 321             max = index;\r
 322           if(index < min)\r
 323             min = index;\r
 324         }\r
 325 \r
 326         max ++;\r
 327 \r
 328         if(topLeft)\r
 329         {\r
 330           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 331           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 332             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 333 \r
 334           min = seqCanvas.cursorY;\r
 335         }\r
 336         else\r
 337         {\r
 338           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 339           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 340             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 341 \r
 342           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 343         }\r
 344 \r
 345         if(min>max)\r
 346         {\r
 347           // Only the user can do this\r
 348           av.setSelectionGroup(null);\r
 349         }\r
 350         else\r
 351         {\r
 352           // Now add any sequences between min and max\r
 353           sg.getSequences(false).clear();\r
 354           for (int i = min; i < max; i++)\r
 355           {\r
 356             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 357           }\r
 358         }\r
 359       }\r
 360 \r
 361       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 362       {\r
 363         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 364         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 365         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 366         sg.addSequence(sequence, false);\r
 367         av.setSelectionGroup(sg);\r
 368       }\r
 369 \r
 370 \r
 371       ap.repaint();\r
 372     }\r
 373 \r
 374     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 375     {\r
 376       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 377                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 378       groupEditing = group;\r
 379       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 380       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 381       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 382       editOccurred();\r
 383     }\r
 384 \r
 385     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 386     {\r
 387       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 388                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 389       groupEditing = group;\r
 390       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 391       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 392       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 393       editOccurred();\r
 394     }\r
 395 \r
 396     void numberPressed(char value)\r
 397     {\r
 398       if(keyboardNo1==null)\r
 399         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 400 \r
 401       if(keyboardNo2!=null)\r
 402         keyboardNo2.append(value);\r
 403       else\r
 404         keyboardNo1.append(value);\r
 405     }\r
 406 \r
 407     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 408     {\r
 409       if(kb==null)\r
 410         return 1;\r
 411       else\r
 412         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 413     }\r
 414 \r
 415 \r
 416     /**\r
 417      * DOCUMENT ME!\r
 418      *\r
 419      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 420      */\r
 421     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 422     {\r
 423       mouseDragging = false;\r
 424       mouseWheelPressed = false;\r
 425 \r
 426       if (!editingSeqs)\r
 427       {\r
 428          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 429          return;\r
 430       }\r
 431 \r
 432        editOccurred();\r
 433 \r
 434        ap.repaint();\r
 435     }\r
 436 \r
 437 \r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * DOCUMENT ME!\r
 441      *\r
 442      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 443      */\r
 444     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 445     {\r
 446       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 447 \r
 448       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 449       {\r
 450         mouseWheelPressed = true;\r
 451         return;\r
 452       }\r
 453 \r
 454       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 455           evt.isControlDown())\r
 456       {\r
 457         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 458         {\r
 459           groupEditing = true;\r
 460         }\r
 461         editingSeqs = true;\r
 462       }\r
 463       else\r
 464       {\r
 465         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 466         return;\r
 467       }\r
 468 \r
 469 \r
 470 \r
 471       int seq = findSeq(evt);\r
 472       int res = findRes(evt);\r
 473 \r
 474       if(seq<0 || res<0)\r
 475         return;\r
 476 \r
 477       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 478                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 479 \r
 480         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 481                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 482         {\r
 483             startseq = seq;\r
 484             lastres = res;\r
 485         }\r
 486         else\r
 487         {\r
 488             startseq = -1;\r
 489             lastres = -1;\r
 490         }\r
 491 \r
 492         return;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     /**\r
 496      * DOCUMENT ME!\r
 497      *\r
 498      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 499      */\r
 500     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 501     {\r
 502       if (editingSeqs)\r
 503       {\r
 504        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 505        // If control is down, other platforms will not.\r
 506        mouseDragged(evt);\r
 507       }\r
 508 \r
 509       int res = findRes(evt);\r
 510       int seq = findSeq(evt);\r
 511 \r
 512 \r
 513       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 514             return;\r
 515 \r
 516       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 517 \r
 518       if (res > sequence.getLength())\r
 519       {\r
 520         return;\r
 521       }\r
 522 \r
 523       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 524       {\r
 525         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 526       }\r
 527 \r
 528       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 529 \r
 530         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 531         if (av.showSequenceFeatures)\r
 532         {\r
 533             tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 534 \r
 535             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 536             if(features!=null)\r
 537             {\r
 538               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 539               {\r
 540 \r
 541                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 542                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 543                 {\r
 544                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 545                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 546                   continue;\r
 547 \r
 548 \r
 549                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 550                   {\r
 551                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 552                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 553                     {\r
 554                       if (tooltipText.length() > 6)\r
 555                         tooltipText.append("<br>");\r
 556                       tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 557                                      features[i].getEnd());\r
 558                       if (features[i].links != null)\r
 559                       tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 560                     }\r
 561                   }\r
 562                   else\r
 563                   {\r
 564                     if (tooltipText.length() > 6)\r
 565                       tooltipText.append("<br>");\r
 566 \r
 567                     tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 568                                    features[i].begin);\r
 569                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
 570                       tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 571 \r
 572                     if (features[i].getDescription() != null\r
 573                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 574                     {\r
 575                       tmpString = features[i].getDescription();\r
 576                       int startTag=tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 577                       if(startTag>-1)\r
 578                       {\r
 579                         tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 580                       }\r
 581                       int endTag=tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 582                       if(endTag>-1)\r
 583                       {\r
 584                         tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 585                       }\r
 586                       endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 587                       if(endTag>-1)\r
 588                       {\r
 589                         tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 590                       }\r
 591 \r
 592                       if(startTag>-1)\r
 593                       {\r
 594                         tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 595                       }\r
 596                       else\r
 597                       {\r
 598                        if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 599                        {\r
 600                          //The description does not specify html is to\r
 601                          //be used, so we must remove < > symbols\r
 602                          tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 603                          tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 604 \r
 605                          tooltipText.append("; ");\r
 606                          tooltipText.append(tmpString);\r
 607 \r
 608                        }\r
 609                        else\r
 610                          tooltipText.append("; "+tmpString);\r
 611                       }\r
 612                     }\r
 613                     if (features[i].getValue("status") != null )\r
 614                     {\r
 615                       String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 616                       if(status.length()>0)\r
 617                         tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 618                     }\r
 619 \r
 620                     if (features[i].links != null)\r
 621                       tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 622 \r
 623                   }\r
 624                 }\r
 625                 else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
 626                 {\r
 627                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
 628                   //                   + features[i].getType()+" "\r
 629                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
 630 \r
 631                 }\r
 632               }\r
 633 \r
 634 \r
 635 \r
 636               if(tooltipText.length()==6) // <html></html>\r
 637               {\r
 638 \r
 639                 setToolTipText("");\r
 640               }\r
 641               else\r
 642               {\r
 643                 tooltipText.append("</html>");\r
 644                 setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 645               }\r
 646             }\r
 647             else\r
 648               setToolTipText("");\r
 649         }\r
 650     }\r
 651 \r
 652     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 653     {\r
 654       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 655                                            sequence.getName());\r
 656 \r
 657       Object obj = null;\r
 658       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 659       {\r
 660         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 661                                                    "");\r
 662         if (obj != null)\r
 663           text.append(" Nucleotide: ");\r
 664       }\r
 665       else\r
 666       {\r
 667         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 668         if (obj != null)\r
 669           text.append("  Residue: ");\r
 670       }\r
 671 \r
 672       if (obj != null)\r
 673       {\r
 674 \r
 675         if (obj != "")\r
 676         {\r
 677           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 678                       ")");\r
 679         }\r
 680       }\r
 681       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 682 \r
 683     }\r
 684 \r
 685     /**\r
 686      * DOCUMENT ME!\r
 687      *\r
 688      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 689      */\r
 690     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 691     {\r
 692       if (mouseWheelPressed)\r
 693       {\r
 694         int oldWidth = av.charWidth;\r
 695 \r
 696         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 697         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 698             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 699         {\r
 700           int fontSize = av.font.getSize();\r
 701 \r
 702           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 703           {\r
 704             fontSize--;\r
 705           }\r
 706           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 707           {\r
 708             fontSize++;\r
 709           }\r
 710 \r
 711           if(fontSize<1)\r
 712             fontSize = 1;\r
 713 \r
 714           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 715           av.charWidth = oldWidth;\r
 716           ap.fontChanged();\r
 717         }\r
 718         else\r
 719         {\r
 720           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 721           {\r
 722             av.charWidth--;\r
 723           }\r
 724           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 725           {\r
 726             av.charWidth++;\r
 727           }\r
 728 \r
 729           ap.repaint();\r
 730         }\r
 731 \r
 732         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 733         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 734 \r
 735         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 736 \r
 737         return;\r
 738       }\r
 739 \r
 740       if (!editingSeqs)\r
 741       {\r
 742         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 743         return;\r
 744       }\r
 745 \r
 746         int res = findRes(evt);\r
 747 \r
 748         if (res < 0)\r
 749         {\r
 750             res = 0;\r
 751         }\r
 752 \r
 753         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 754         {\r
 755             return;\r
 756         }\r
 757 \r
 758         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 759         {\r
 760           // dragLeft, delete gap\r
 761           editSequence(false, res);\r
 762         }\r
 763         else\r
 764           editSequence(true, res);\r
 765 \r
 766         mouseDragging = true;\r
 767         if(scrollThread!=null)\r
 768           scrollThread.setEvent(evt);\r
 769 \r
 770     }\r
 771 \r
 772     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 773     {\r
 774       int fixedLeft = -1;\r
 775       int fixedRight = -1;\r
 776       boolean fixedColumns = false;\r
 777       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 778 \r
 779 \r
 780         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 781         {\r
 782           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 783           {\r
 784             groupEditing = true;\r
 785           }\r
 786         }\r
 787 \r
 788         //No group, but the sequence may represent a group\r
 789         if (groupEditing\r
 790             && sg == null\r
 791             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 792         {\r
 793           groupEditing = false;\r
 794         }\r
 795 \r
 796         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 797         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 798         if (groupEditing)\r
 799            message.append("Edit group:");\r
 800         else\r
 801            message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 802 \r
 803        if(insertGap)\r
 804          message.append(" insert ");\r
 805        else\r
 806          message.append(" delete ");\r
 807 \r
 808        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 809        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 810 \r
 811 \r
 812         //Are we editing within a selection group?\r
 813         if (groupEditing\r
 814             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 815         {\r
 816           fixedColumns = true;\r
 817 \r
 818           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 819           //but the sequence represents a group\r
 820           if (sg == null)\r
 821           {\r
 822             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 823                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
 824             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 825           }\r
 826 \r
 827           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 828           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 829 \r
 830           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 831               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 832               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 833               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 834           {\r
 835             endEditing();\r
 836             return;\r
 837           }\r
 838 \r
 839           if (fixedLeft > startres)\r
 840           {\r
 841             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 842             fixedLeft = 0;\r
 843           }\r
 844           else if (fixedRight < startres)\r
 845           {\r
 846             fixedLeft = fixedRight;\r
 847             fixedRight = -1;\r
 848           }\r
 849         }\r
 850 \r
 851 \r
 852         if(av.hasHiddenColumns )\r
 853         {\r
 854             fixedColumns = true;\r
 855             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 856             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 857 \r
 858             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 859                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 860             {\r
 861               endEditing();\r
 862               return;\r
 863             }\r
 864 \r
 865             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 866             //Selection spans a hidden region\r
 867             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 868             {\r
 869               if(startres>=y2)\r
 870               {\r
 871                 fixedLeft = y2;\r
 872               }\r
 873               else\r
 874               {\r
 875                fixedRight = y2 - 1;\r
 876              }\r
 877             }\r
 878         }\r
 879 \r
 880 \r
 881         if (groupEditing)\r
 882         {\r
 883           Vector vseqs = sg.getSequences(true);\r
 884           int g, groupSize = vseqs.size();\r
 885           SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 886           for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 887             groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 888 \r
 889           // drag to right\r
 890           if (insertGap)\r
 891           {\r
 892               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 893               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 894               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 895                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 896                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 897                  )\r
 898               {\r
 899                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 900                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 901               }\r
 902 \r
 903             // Is it valid with fixed columns??\r
 904             // Find the next gap before the end\r
 905             // of the visible region boundary\r
 906             boolean blank = false;\r
 907             for (fixedRight = fixedRight;\r
 908                  fixedRight > lastres;\r
 909                  fixedRight--)\r
 910             {\r
 911               blank = true;\r
 912 \r
 913               for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 914               {\r
 915                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 916                 {\r
 917                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 918                       groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 919                   {\r
 920                     blank = false;\r
 921                     break;\r
 922                   }\r
 923                 }\r
 924               }\r
 925               if (blank)\r
 926                 break;\r
 927             }\r
 928 \r
 929             if (!blank)\r
 930             {\r
 931               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 932               {\r
 933                 if((av.hasHiddenColumns\r
 934                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 935                 {\r
 936                   endEditing();\r
 937                   return;\r
 938                 }\r
 939 \r
 940                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 941                 if(av.hasHiddenRows)\r
 942                 {\r
 943                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 944                   if(hwidth>alWidth)\r
 945                     alWidth = hwidth;\r
 946                 }\r
 947                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 948                 //contains all the sequences\r
 949                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 950                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 951               }\r
 952               else\r
 953               {\r
 954                 endEditing();\r
 955                 return;\r
 956               }\r
 957             }\r
 958           }\r
 959 \r
 960 \r
 961           // drag to left\r
 962           else if(!insertGap)\r
 963           {\r
 964             /// Are we able to delete?\r
 965             // ie are all columns blank?\r
 966 \r
 967             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 968             {\r
 969               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 970               {\r
 971                 if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 972                 {\r
 973                   continue;\r
 974                 }\r
 975 \r
 976                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 977                     groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 978                 {\r
 979                   // Not a gap, block edit not valid\r
 980                   endEditing();\r
 981                   return;\r
 982                 }\r
 983               }\r
 984             }\r
 985           }\r
 986 \r
 987 \r
 988           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 989           {\r
 990             if (insertGap)\r
 991             {\r
 992               // dragging to the right\r
 993               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 994               {\r
 995                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 996                 {\r
 997                   insertChar(j, groupSeqs[g], fixedRight);\r
 998                 }\r
 999                 else\r
1000                   insertChar(j, groupSeqs[g]);\r
1001               }\r
1002             }\r
1003             else\r
1004             {\r
1005               // dragging to the left\r
1006               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1007               {\r
1008                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1009                 {\r
1010                   deleteChar(startres, groupSeqs[g], fixedRight);\r
1011                 }\r
1012                 else\r
1013                 {\r
1014                   deleteChar(startres, groupSeqs[g]);\r
1015                 }\r
1016               }\r
1017             }\r
1018           }\r
1019         }\r
1020         else /////Editing a single sequence///////////\r
1021         {\r
1022           if (insertGap)\r
1023           {\r
1024             // dragging to the right\r
1025             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1026             {\r
1027               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1028               {\r
1029                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
1030               }\r
1031               else\r
1032                 insertChar(j, seq);\r
1033             }\r
1034           }\r
1035           else\r
1036           {\r
1037             // dragging to the left\r
1038             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1039             {\r
1040               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1041               {\r
1042                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
1043               }\r
1044               else\r
1045               {\r
1046                 deleteChar(startres, seq);\r
1047               }\r
1048             }\r
1049           }\r
1050         }\r
1051 \r
1052         lastres = startres;\r
1053         seqCanvas.repaint();\r
1054     }\r
1055 \r
1056 \r
1057     /**\r
1058      * DOCUMENT ME!\r
1059      *\r
1060      * @param j DOCUMENT ME!\r
1061      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1062      */\r
1063     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
1064     {\r
1065         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1066         seqEditOccurred = true;\r
1067     }\r
1068 \r
1069     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1070     {\r
1071       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1072       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1073       int blankColumn = fixedColumn;\r
1074       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1075       {\r
1076         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1077         {\r
1078           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1079           break;\r
1080         }\r
1081       }\r
1082 \r
1083       if (blankColumn <= j)\r
1084       {\r
1085         blankColumn = fixedColumn;\r
1086         endEditing();\r
1087         return;\r
1088       }\r
1089 \r
1090       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1091       {\r
1092         //Just Checking\r
1093         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1094         return;\r
1095       }\r
1096 \r
1097       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1098       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1099       seqEditOccurred = true;\r
1100     }\r
1101 \r
1102     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1103     {\r
1104       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1105       {\r
1106         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1107             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1108         return;\r
1109       }\r
1110 \r
1111       seq.deleteCharAt(j);\r
1112       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1113       seqEditOccurred = true;\r
1114     }\r
1115 \r
1116     /**\r
1117      * DOCUMENT ME!\r
1118      *\r
1119      * @param j DOCUMENT ME!\r
1120      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1121      */\r
1122     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1123     {\r
1124       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1125       {\r
1126         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1127             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1128         return;\r
1129       }\r
1130 \r
1131         seq.deleteCharAt(j);\r
1132         seqEditOccurred = true;\r
1133         seqCanvas.repaint();\r
1134     }\r
1135     /**\r
1136      * DOCUMENT ME!\r
1137      *\r
1138      * @param e DOCUMENT ME!\r
1139      */\r
1140     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1141     {\r
1142         if(oldSeq < 0)\r
1143           oldSeq = 0;\r
1144 \r
1145         if (scrollThread != null)\r
1146         {\r
1147             scrollThread.running = false;\r
1148             scrollThread = null;\r
1149         }\r
1150     }\r
1151 \r
1152     /**\r
1153      * DOCUMENT ME!\r
1154      *\r
1155      * @param e DOCUMENT ME!\r
1156      */\r
1157     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1158     {\r
1159         if (av.getWrapAlignment())\r
1160         {\r
1161             return;\r
1162         }\r
1163 \r
1164         if (mouseDragging)\r
1165         {\r
1166             scrollThread = new ScrollThread();\r
1167         }\r
1168     }\r
1169 \r
1170     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1171     {}\r
1172 \r
1173     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1174     {\r
1175       e.consume();\r
1176      /* if (mouseWheelPressed)\r
1177       {\r
1178         Font font = av.getFont();\r
1179         int fontSize = font.getSize();\r
1180         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1181           fontSize++;\r
1182         else if (fontSize > 1)\r
1183           fontSize--;\r
1184 \r
1185 \r
1186 \r
1187         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1188 \r
1189         ap.fontChanged();\r
1190       }\r
1191       else*/\r
1192       {\r
1193         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1194           ap.scrollUp(false);\r
1195         else\r
1196           ap.scrollUp(true);\r
1197       }\r
1198 \r
1199     }\r
1200 \r
1201 \r
1202 \r
1203     /**\r
1204      * DOCUMENT ME!\r
1205      *\r
1206      * @param i DOCUMENT ME!\r
1207      */\r
1208     void editOccurred()\r
1209     {\r
1210       if (!seqEditOccurred)\r
1211       {\r
1212         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1213         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1214       }\r
1215 \r
1216       endEditing();\r
1217 \r
1218       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1219 \r
1220     }\r
1221 \r
1222     /**\r
1223      * DOCUMENT ME!\r
1224      *\r
1225      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1226      */\r
1227     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1228     {\r
1229       int res = findRes(evt);\r
1230       int seq = findSeq(evt);\r
1231       oldSeq = seq;\r
1232 \r
1233       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1234 \r
1235       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1236       {\r
1237           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1238               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1239               "Wrapped view - no edit",\r
1240               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1241           return;\r
1242       }\r
1243 \r
1244       if(seq<0 || res<0)\r
1245             return;\r
1246 \r
1247         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1248 \r
1249         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1250         {\r
1251             return;\r
1252         }\r
1253 \r
1254         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1255 \r
1256         if (stretchGroup == null)\r
1257         {\r
1258             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1259 \r
1260             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1261                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1262             {\r
1263                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1264             }\r
1265             else\r
1266             {\r
1267                 stretchGroup = null;\r
1268             }\r
1269         }\r
1270         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1271                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1272                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1273         {\r
1274             stretchGroup = null;\r
1275 \r
1276             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1277 \r
1278             if (allGroups != null)\r
1279             {\r
1280                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1281                 {\r
1282                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1283                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1284                     {\r
1285                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1286                         break;\r
1287                     }\r
1288                 }\r
1289             }\r
1290 \r
1291             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1292 \r
1293         }\r
1294 \r
1295 \r
1296         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1297         {\r
1298           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1299                                                   sequence.findPosition(res));\r
1300           Vector links = new Vector();\r
1301             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1302             {\r
1303               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1304               if (sf.links != null)\r
1305               {\r
1306                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1307                 {\r
1308                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1309                 }\r
1310               }\r
1311             }\r
1312 \r
1313             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1314             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1315             return;\r
1316         }\r
1317 \r
1318         if (av.cursorMode)\r
1319         {\r
1320           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1321           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1322           seqCanvas.repaint();\r
1323           return;\r
1324         }\r
1325 \r
1326         if (stretchGroup == null)\r
1327         {\r
1328           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1329 \r
1330           // define a new group here\r
1331           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1332           sg.setStartRes(res);\r
1333           sg.setEndRes(res);\r
1334           sg.addSequence(sequence, false);\r
1335           av.setSelectionGroup(sg);\r
1336           stretchGroup = sg;\r
1337 \r
1338           if (av.getConservationSelected())\r
1339           {\r
1340             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1341                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1342                                               "Background");\r
1343           }\r
1344 \r
1345           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1346           {\r
1347             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1348                                            "Background");\r
1349           }\r
1350           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1351           {\r
1352             // Edit end res position of selected group\r
1353             changeEndRes = true;\r
1354           }\r
1355           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1356                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1357           {\r
1358             // Edit end res position of selected group\r
1359             changeStartRes = true;\r
1360           }\r
1361           stretchGroup.getWidth();\r
1362         }\r
1363 \r
1364         seqCanvas.repaint();\r
1365     }\r
1366 \r
1367     /**\r
1368      * DOCUMENT ME!\r
1369      *\r
1370      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1371      */\r
1372     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1373     {\r
1374         if (stretchGroup == null)\r
1375         {\r
1376             return;\r
1377         }\r
1378 \r
1379 \r
1380         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1381         {\r
1382           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1383           {\r
1384             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1385                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1386                 stretchGroup.getWidth());\r
1387           }\r
1388 \r
1389           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1390           {\r
1391             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1392                                               stretchGroup.getName());\r
1393             stretchGroup.recalcConservation();\r
1394           }\r
1395           else\r
1396           {\r
1397             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1398                                            stretchGroup.getName());\r
1399           }\r
1400         }\r
1401         changeEndRes = false;\r
1402         changeStartRes = false;\r
1403         stretchGroup = null;\r
1404 \r
1405         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1406     }\r
1407 \r
1408     /**\r
1409      * DOCUMENT ME!\r
1410      *\r
1411      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1412      */\r
1413     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1414     {\r
1415       int res = findRes(evt);\r
1416       int y = findSeq(evt);\r
1417 \r
1418       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1419         return;\r
1420 \r
1421        if (stretchGroup == null)\r
1422        {\r
1423             return;\r
1424        }\r
1425 \r
1426         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1427         {\r
1428           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1429         }\r
1430 \r
1431         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1432         {\r
1433             // Edit end res position of selected group\r
1434             changeEndRes = true;\r
1435         }\r
1436         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1437         {\r
1438             // Edit start res position of selected group\r
1439             changeStartRes = true;\r
1440         }\r
1441 \r
1442         if (res < av.getStartRes())\r
1443         {\r
1444             res = av.getStartRes();\r
1445         }\r
1446 \r
1447         if (changeEndRes)\r
1448         {\r
1449             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1450             {\r
1451                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1452             }\r
1453         }\r
1454         else if (changeStartRes)\r
1455         {\r
1456             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1457             {\r
1458                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1459             }\r
1460         }\r
1461 \r
1462         int dragDirection = 0;\r
1463 \r
1464         if (y > oldSeq)\r
1465         {\r
1466             dragDirection = 1;\r
1467         }\r
1468         else if (y < oldSeq)\r
1469         {\r
1470             dragDirection = -1;\r
1471         }\r
1472 \r
1473 \r
1474         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1475         {\r
1476             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1477             // selection is quite slow.\r
1478             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1479 \r
1480             oldSeq += dragDirection;\r
1481 \r
1482             if(oldSeq<0)\r
1483               break;\r
1484 \r
1485             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1486 \r
1487             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1488             {\r
1489                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1490             }\r
1491             else\r
1492             {\r
1493                 if (seq != null)\r
1494                 {\r
1495                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1496                 }\r
1497 \r
1498                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1499             }\r
1500         }\r
1501 \r
1502         if(oldSeq < 0)\r
1503           oldSeq = -1;\r
1504 \r
1505         mouseDragging = true;\r
1506 \r
1507         if (scrollThread != null)\r
1508         {\r
1509             scrollThread.setEvent(evt);\r
1510         }\r
1511 \r
1512         seqCanvas.repaint();\r
1513     }\r
1514 \r
1515     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1516     {\r
1517       if(evt==null)\r
1518       {\r
1519         if(scrollThread!=null)\r
1520         {\r
1521           scrollThread.running = false;\r
1522           scrollThread = null;\r
1523         }\r
1524         mouseDragging = false;\r
1525       }\r
1526       else\r
1527       {\r
1528         if (scrollThread == null)\r
1529           scrollThread = new ScrollThread();\r
1530 \r
1531         mouseDragging = true;\r
1532         scrollThread.setEvent(evt);\r
1533       }\r
1534 \r
1535     }\r
1536 \r
1537 \r
1538     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1539     class ScrollThread extends Thread\r
1540     {\r
1541         MouseEvent evt;\r
1542         boolean running = false;\r
1543 \r
1544         public ScrollThread()\r
1545         {\r
1546             start();\r
1547         }\r
1548 \r
1549         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1550         {\r
1551             evt = e;\r
1552         }\r
1553 \r
1554         public void stopScrolling()\r
1555         {\r
1556             running = false;\r
1557         }\r
1558 \r
1559         public void run()\r
1560         {\r
1561             running = true;\r
1562 \r
1563             while (running)\r
1564             {\r
1565                 if (evt != null)\r
1566                 {\r
1567                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1568                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1569                     {\r
1570                         running = ap.scrollUp(true);\r
1571                     }\r
1572 \r
1573                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1574                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1575                     {\r
1576                         running = ap.scrollUp(false);\r
1577                     }\r
1578 \r
1579                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1580                     {\r
1581                         running = ap.scrollRight(false);\r
1582                     }\r
1583                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1584                     {\r
1585                         running = ap.scrollRight(true);\r
1586                     }\r
1587                 }\r
1588 \r
1589                 try\r
1590                 {\r
1591                     Thread.sleep(20);\r
1592                 }\r
1593                 catch (Exception ex)\r
1594                 {\r
1595                 }\r
1596             }\r
1597         }\r
1598     }\r
1599 }\r