src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 \r
  32 import javax.swing.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SeqPanel extends JPanel\r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     int startEdit = -1;\r
  51     int endEdit = -1;\r
  52     protected AlignViewport av;\r
  53 \r
  54     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  55     int seqEditOccurred = -1;\r
  56     ScrollThread scrollThread = null;\r
  57     boolean mouseDragging = false;\r
  58     boolean editingSeqs = false;\r
  59     boolean groupEditing = false;\r
  60 \r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  63     //////////////////////////////////////////\r
  64     int oldSeq = -1;\r
  65     boolean changeEndSeq = false;\r
  66     boolean changeStartSeq = false;\r
  67     boolean changeEndRes = false;\r
  68     boolean changeStartRes = false;\r
  69     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  70     boolean remove = false;\r
  71 \r
  72     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Creates a new SeqPanel object.\r
  76      *\r
  77      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  78      * @param p DOCUMENT ME!\r
  79      */\r
  80     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  81     {\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  84         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  85         this.av = avp;\r
  86         setBackground(Color.white);\r
  87 \r
  88         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  89         setLayout(new BorderLayout());\r
  90         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92         ap = p;\r
  93 \r
  94         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  95             {\r
  96                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  97                 {\r
  98                     doMouseMoved(evt);\r
  99                 }\r
 100 \r
 101                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 102                 {\r
 103                     if (editingSeqs)\r
 104                     {\r
 105                         doMouseDragged(evt);\r
 106                     }\r
 107                     else\r
 108                     {\r
 109                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 110                     }\r
 111                 }\r
 112             });\r
 113 \r
 114        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 115        {\r
 116          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 117          {\r
 118 \r
 119            if (mouseWheelPressed)\r
 120            {\r
 121              Font font = av.getFont();\r
 122              int fontSize = font.getSize();\r
 123              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 30)\r
 124                fontSize++;\r
 125              else if (fontSize > 1)\r
 126                fontSize--;\r
 127 \r
 128              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 129              ap.fontChanged();\r
 130            }\r
 131            else\r
 132            {\r
 133              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 134                ap.scrollUp(false);\r
 135              else\r
 136                ap.scrollUp(true);\r
 137            }\r
 138 \r
 139          }\r
 140        });\r
 141 \r
 142 \r
 143         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 144             {\r
 145                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 146                 {\r
 147                     mouseWheelPressed = false;\r
 148 \r
 149                     if (editingSeqs)\r
 150                     {\r
 151                         doMouseReleased(evt);\r
 152                     }\r
 153                     else\r
 154                     {\r
 155                         doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 156                     }\r
 157                 }\r
 158 \r
 159                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 160                 {\r
 161                   if( javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 162                   {\r
 163                     mouseWheelPressed = true;\r
 164                     return;\r
 165                   }\r
 166 \r
 167                     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 168                             evt.isControlDown())\r
 169                     {\r
 170                         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 171                         {\r
 172                             groupEditing = true;\r
 173                         }\r
 174 \r
 175                         editingSeqs = true;\r
 176                         doMousePressed(evt);\r
 177                     }\r
 178                     else\r
 179                     {\r
 180                         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 181                     }\r
 182                 }\r
 183 \r
 184                 public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 185                 {\r
 186                   if (editingSeqs)\r
 187                   {\r
 188                     return;\r
 189                   }\r
 190 \r
 191                   doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 192                 }\r
 193 \r
 194                 public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 195                 {\r
 196                   if (editingSeqs)\r
 197                   {\r
 198                     return;\r
 199                   }\r
 200 \r
 201                     doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 202                 }\r
 203             });\r
 204     }\r
 205 \r
 206     int findRes(MouseEvent evt)\r
 207    {\r
 208      int res = 0;\r
 209      int x = evt.getX();\r
 210 \r
 211     if (av.wrapAlignment)\r
 212     {\r
 213         int y = evt.getY();\r
 214         y -= (2 * av.charHeight);\r
 215         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 216 \r
 217         int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 218         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 219         int block = y/chunkHeight;\r
 220         block += av.getStartRes()/cwidth;\r
 221 \r
 222         res = block*cwidth   +   x / av.getCharWidth();\r
 223     }\r
 224     else\r
 225     {\r
 226         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 227     }\r
 228 \r
 229     return res;\r
 230 \r
 231    }\r
 232 \r
 233    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 234    {\r
 235      int seq = 0;\r
 236      int y = evt.getY();\r
 237 \r
 238      if (av.wrapAlignment)\r
 239      {\r
 240        y -= (2 * av.charHeight);\r
 241        int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 242        seq = ( (y % chunkHeight) / av.getCharHeight());\r
 243      }\r
 244      else\r
 245      {\r
 246        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 247      }\r
 248 \r
 249      return seq;\r
 250    }\r
 251 \r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * DOCUMENT ME!\r
 255      *\r
 256      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 257      */\r
 258     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 259     {\r
 260         if (seqEditOccurred > -1)\r
 261         {\r
 262             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 263         }\r
 264 \r
 265         startseq = -1;\r
 266         lastres = -1;\r
 267         seqEditOccurred = -1;\r
 268         editingSeqs = false;\r
 269         groupEditing = false;\r
 270 \r
 271         ap.repaint();\r
 272     }\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * DOCUMENT ME!\r
 276      *\r
 277      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 278      */\r
 279     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 280     {\r
 281       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 282                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 283 \r
 284       int seq = findSeq(evt);\r
 285       int res = findRes(evt);\r
 286 \r
 287       if(seq<0 || res<0)\r
 288         return;\r
 289 \r
 290         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 291                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 292         {\r
 293             startseq = seq;\r
 294             lastres = res;\r
 295         }\r
 296         else\r
 297         {\r
 298             startseq = -1;\r
 299             lastres = -1;\r
 300         }\r
 301 \r
 302         startEdit = lastres;\r
 303         endEdit = lastres;\r
 304 \r
 305         return;\r
 306     }\r
 307 \r
 308     /**\r
 309      * DOCUMENT ME!\r
 310      *\r
 311      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 312      */\r
 313     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 314     {\r
 315       int res = findRes(evt);\r
 316       int seq = findSeq(evt);\r
 317 \r
 318       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 319             return;\r
 320 \r
 321       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 322 \r
 323       if (res > sequence.getLength())\r
 324       {\r
 325           return;\r
 326         }\r
 327 \r
 328         Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 329                 "");\r
 330         String aa = "";\r
 331 \r
 332         if (obj != null)\r
 333         {\r
 334             aa = obj.toString();\r
 335         }\r
 336 \r
 337         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 338                 sequence.getName());\r
 339 \r
 340         if (aa != "")\r
 341         {\r
 342             text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 343                 av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 344         }\r
 345 \r
 346         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 347 \r
 348         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 349         if (av.showSequenceFeatures)\r
 350         {\r
 351             Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 352             Enumeration e = features.elements();\r
 353             StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 354 \r
 355             while (e.hasMoreElements())\r
 356             {\r
 357                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 358 \r
 359                 if ((sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 360                         (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 361                 {\r
 362                     if (sbuffer.length() > 0)\r
 363                     {\r
 364                         sbuffer.append("; ");\r
 365                     }\r
 366 \r
 367                     sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 368 \r
 369                     if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 370                     {\r
 371                         sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 372                     }\r
 373                 }\r
 374             }\r
 375 \r
 376             this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 377         }\r
 378     }\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * DOCUMENT ME!\r
 382      *\r
 383      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 384      */\r
 385     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 386     {\r
 387         // If we're dragging we're editing\r
 388         int res = findRes(evt);\r
 389 \r
 390         if (res < 0)\r
 391         {\r
 392             res = 0;\r
 393         }\r
 394 \r
 395         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 396         {\r
 397             return;\r
 398         }\r
 399 \r
 400         boolean dragRight = true;\r
 401 \r
 402         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 403         {\r
 404             dragRight = false;\r
 405         }\r
 406 \r
 407         if (res != lastres)\r
 408         {\r
 409             // Group editing\r
 410             if (groupEditing)\r
 411             {\r
 412                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 413 \r
 414                 if (sg == null)\r
 415                 {\r
 416                     lastres = -1;\r
 417 \r
 418                     return;\r
 419                 }\r
 420 \r
 421                 // drag to right\r
 422                 if (dragRight)\r
 423                 {\r
 424                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 425                 }\r
 426 \r
 427                 // drag to left\r
 428                 else\r
 429                 {\r
 430                     /// Are we able to delete?\r
 431                     // ie are all columns blank?\r
 432                     boolean deleteAllowed = false;\r
 433 \r
 434                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 435                     {\r
 436                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 437 \r
 438                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 439                         {\r
 440                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 441                             {\r
 442                                 continue;\r
 443                             }\r
 444 \r
 445                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 446                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 447                             {\r
 448                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 449                                 res = j + 1;\r
 450                                 deleteAllowed = false;\r
 451 \r
 452                                 continue;\r
 453                             }\r
 454 \r
 455                             deleteAllowed = true;\r
 456                         }\r
 457                     }\r
 458 \r
 459                     if (!deleteAllowed)\r
 460                     {\r
 461                         lastres = -1;\r
 462 \r
 463                         return;\r
 464                     }\r
 465 \r
 466                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 467                 }\r
 468 \r
 469                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 470                 {\r
 471                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 472                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 473 \r
 474                     // drag to right\r
 475                     if (dragRight)\r
 476                     {\r
 477                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 478                         {\r
 479                             insertChar(j, k);\r
 480                         }\r
 481                     }\r
 482 \r
 483                     // drag to left\r
 484                     else\r
 485                     {\r
 486                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 487                         {\r
 488                             if (s.getLength() > j)\r
 489                             {\r
 490                                 deleteChar(res, k);\r
 491                             }\r
 492                         }\r
 493                     }\r
 494                 }\r
 495             }\r
 496             else /////Editing a single sequence///////////\r
 497             {\r
 498                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 499                 {\r
 500                     // dragging to the right\r
 501                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 502                     {\r
 503                         insertChar(j, startseq);\r
 504                     }\r
 505                 }\r
 506                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 507                         (res < lastres))\r
 508                 {\r
 509                     // dragging to the left\r
 510                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 511                     {\r
 512                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 513                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 514                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 515                         {\r
 516                             deleteChar(res, startseq);\r
 517                         }\r
 518                         else\r
 519                         {\r
 520                             break;\r
 521                         }\r
 522                     }\r
 523                 }\r
 524             }\r
 525         }\r
 526 \r
 527         endEdit = res;\r
 528         lastres = res;\r
 529         seqCanvas.repaint();\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * DOCUMENT ME!\r
 534      *\r
 535      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 536      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 537      * @param start DOCUMENT ME!\r
 538      */\r
 539     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 540     {\r
 541         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 542             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 543         seqCanvas.repaint();\r
 544     }\r
 545 \r
 546     /**\r
 547      * DOCUMENT ME!\r
 548      *\r
 549      * @param j DOCUMENT ME!\r
 550      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 551      */\r
 552     public void insertChar(int j, int seq)\r
 553     {\r
 554         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 555         seqEditOccurred = seq;\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      * DOCUMENT ME!\r
 560      *\r
 561      * @param j DOCUMENT ME!\r
 562      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 563      */\r
 564     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 565     {\r
 566         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 567         seqEditOccurred = seq;\r
 568 \r
 569         av.alignment.getWidth();\r
 570         seqCanvas.repaint();\r
 571     }\r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * DOCUMENT ME!\r
 575      *\r
 576      * @param i DOCUMENT ME!\r
 577      */\r
 578     void editOccurred(int i)\r
 579     {\r
 580       if (endEdit == startEdit)\r
 581       {\r
 582         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 583         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 584       }\r
 585 \r
 586       av.updateConservation();\r
 587       av.updateConsensus();\r
 588 \r
 589       //Does the edit affect any groups?\r
 590       //////////////////////////////\r
 591       Vector groupsToUpdate = new Vector();\r
 592       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 593 \r
 594       int s, g, gSize = av.alignment.getGroups().size();\r
 595       if (sg != null)\r
 596       {\r
 597         groupsToUpdate.addElement(av.getSelectionGroup());\r
 598         int sSize = sg.getSize();\r
 599         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 600         {\r
 601           SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 602 \r
 603           for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 604           {\r
 605             SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().\r
 606                 elementAt(\r
 607                     g);\r
 608             if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 609             {\r
 610               if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 611                 groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 612               continue;\r
 613             }\r
 614           }\r
 615         }\r
 616       }\r
 617       else\r
 618       {\r
 619         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 620         for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 621         {\r
 622           SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(\r
 623               g);\r
 624           if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 625           {\r
 626             if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 627               groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 628             continue;\r
 629           }\r
 630         }\r
 631       }\r
 632 \r
 633       gSize = groupsToUpdate.size();\r
 634       for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 635       {\r
 636         ( (SequenceGroup) groupsToUpdate.elementAt(g)).recalcConservation();\r
 637       }\r
 638       ////End of updating groups\r
 639       //////////////////////////////////////////\r
 640 \r
 641         // Y O Y CLUSTALX\r
 642         ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 643         if(cs!=null)\r
 644         {\r
 645           if (cs.conservationApplied())\r
 646           {\r
 647             Conservation c = new Conservation("All",\r
 648                                               ResidueProperties.propHash, 3,\r
 649                                               av.alignment.getSequences(),\r
 650                                               0, av.alignment.getWidth() - 1);\r
 651             c.calculate();\r
 652             c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 653 \r
 654             if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 655             {\r
 656               ((ClustalxColourScheme)cs).\r
 657                   resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 658                                 av.alignment.getWidth());\r
 659 \r
 660               cs.setConservation(c);\r
 661               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 662             }\r
 663             else\r
 664             {\r
 665               cs.setConservation(c);\r
 666               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 667             }\r
 668 \r
 669           }\r
 670 \r
 671           if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 672           {\r
 673             ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 674                                                        av.alignment.getWidth());\r
 675             av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 676           }\r
 677         }\r
 678     }\r
 679 \r
 680     /**\r
 681      * DOCUMENT ME!\r
 682      *\r
 683      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 684      */\r
 685     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 686     {\r
 687       int res = findRes(evt);\r
 688       int seq = findSeq(evt);\r
 689       oldSeq = seq;\r
 690 \r
 691       if(seq<0 || res<0)\r
 692         return;\r
 693 \r
 694         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 695 \r
 696         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 697         {\r
 698             return;\r
 699         }\r
 700 \r
 701         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 702 \r
 703         if (stretchGroup == null)\r
 704         {\r
 705             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 706 \r
 707             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 708                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 709             {\r
 710                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 711             }\r
 712             else\r
 713             {\r
 714                 stretchGroup = null;\r
 715             }\r
 716         }\r
 717         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 718                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 719                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 720         {\r
 721             stretchGroup = null;\r
 722 \r
 723             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 724 \r
 725             if (allGroups != null)\r
 726             {\r
 727                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 728                 {\r
 729                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 730                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 731                     {\r
 732                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 733                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 734 \r
 735                         break;\r
 736                     }\r
 737                 }\r
 738             }\r
 739         }\r
 740 \r
 741         if (stretchGroup == null)\r
 742         {\r
 743             // define a new group here\r
 744             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 745             sg.setStartRes(res);\r
 746             sg.setEndRes(res);\r
 747             sg.addSequence(sequence, false);\r
 748             av.setSelectionGroup(sg);\r
 749             stretchGroup = sg;\r
 750 \r
 751             if (av.getConservationSelected())\r
 752             {\r
 753                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 754                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 755             }\r
 756 \r
 757             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 758             {\r
 759                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 760                     "Background");\r
 761             }\r
 762         }\r
 763         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 764         {\r
 765             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 766             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 767 \r
 768             // edit the properties of existing group\r
 769         }\r
 770 \r
 771         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 772         {\r
 773             // Edit end res position of selected group\r
 774             changeEndRes = true;\r
 775         }\r
 776         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 777         {\r
 778             // Edit end res position of selected group\r
 779             changeStartRes = true;\r
 780         }\r
 781 \r
 782         stretchGroup.getWidth();\r
 783 \r
 784         seqCanvas.repaint();\r
 785     }\r
 786 \r
 787     /**\r
 788      * DOCUMENT ME!\r
 789      *\r
 790      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 791      */\r
 792     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 793     {\r
 794         if (mouseDragging)\r
 795         {\r
 796             stretchGroup.recalcConservation();\r
 797             mouseDragging = false;\r
 798         }\r
 799 \r
 800         if (stretchGroup == null)\r
 801         {\r
 802             return;\r
 803         }\r
 804 \r
 805         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 806         {\r
 807           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 808           {\r
 809             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 810                 sequences,\r
 811                 stretchGroup.getWidth());\r
 812           }\r
 813 \r
 814           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 815           {\r
 816             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 817                                               stretchGroup.getName());\r
 818           }\r
 819           else\r
 820           {\r
 821             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 822                                            stretchGroup.getName());\r
 823           }\r
 824         }\r
 825         changeEndRes = false;\r
 826         changeStartRes = false;\r
 827         stretchGroup = null;\r
 828         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 829     }\r
 830 \r
 831     /**\r
 832      * DOCUMENT ME!\r
 833      *\r
 834      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 835      */\r
 836     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 837     {\r
 838       int res = findRes(evt);\r
 839       int y = findSeq(evt);\r
 840 \r
 841       if (stretchGroup == null)\r
 842       {\r
 843             return;\r
 844         }\r
 845 \r
 846         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 847         {\r
 848             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 849         }\r
 850 \r
 851         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 852         {\r
 853             // Edit end res position of selected group\r
 854             changeEndRes = true;\r
 855         }\r
 856         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 857         {\r
 858             // Edit start res position of selected group\r
 859             changeStartRes = true;\r
 860         }\r
 861 \r
 862         if (res < av.getStartRes())\r
 863         {\r
 864             res = av.getStartRes();\r
 865         }\r
 866         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 867         {\r
 868             res = av.getEndRes();\r
 869         }\r
 870 \r
 871         if (changeEndRes)\r
 872         {\r
 873             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 874             {\r
 875                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 876             }\r
 877         }\r
 878         else if (changeStartRes)\r
 879         {\r
 880             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 881             {\r
 882                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 883             }\r
 884         }\r
 885 \r
 886         int dragDirection = 0;\r
 887 \r
 888         if (y > oldSeq)\r
 889         {\r
 890             dragDirection = 1;\r
 891         }\r
 892         else if (y < oldSeq)\r
 893         {\r
 894             dragDirection = -1;\r
 895         }\r
 896 \r
 897         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 898         {\r
 899             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 900             // selection is quite slow.\r
 901             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 902 \r
 903             oldSeq += dragDirection;\r
 904 \r
 905             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 906 \r
 907             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 908             {\r
 909                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 910             }\r
 911             else\r
 912             {\r
 913                 if (seq != null)\r
 914                 {\r
 915                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 916                 }\r
 917 \r
 918                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 919             }\r
 920         }\r
 921 \r
 922         oldSeq = y;\r
 923         mouseDragging = true;\r
 924 \r
 925         if (scrollThread != null)\r
 926         {\r
 927             scrollThread.setEvent(evt);\r
 928         }\r
 929 \r
 930         seqCanvas.repaint();\r
 931     }\r
 932 \r
 933     /**\r
 934      * DOCUMENT ME!\r
 935      *\r
 936      * @param e DOCUMENT ME!\r
 937      */\r
 938     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 939     {\r
 940         if (scrollThread != null)\r
 941         {\r
 942             scrollThread.running = false;\r
 943         }\r
 944     }\r
 945 \r
 946     /**\r
 947      * DOCUMENT ME!\r
 948      *\r
 949      * @param e DOCUMENT ME!\r
 950      */\r
 951     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 952     {\r
 953         if (av.getWrapAlignment())\r
 954         {\r
 955             return;\r
 956         }\r
 957 \r
 958         if (mouseDragging)\r
 959         {\r
 960             scrollThread = new ScrollThread();\r
 961         }\r
 962     }\r
 963 \r
 964     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 965     class ScrollThread extends Thread\r
 966     {\r
 967         MouseEvent evt;\r
 968         boolean running = false;\r
 969 \r
 970         public ScrollThread()\r
 971         {\r
 972             start();\r
 973         }\r
 974 \r
 975         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 976         {\r
 977             evt = e;\r
 978         }\r
 979 \r
 980         public void stopScrolling()\r
 981         {\r
 982             running = false;\r
 983         }\r
 984 \r
 985         public void run()\r
 986         {\r
 987             running = true;\r
 988 \r
 989             while (running)\r
 990             {\r
 991                 if (evt != null)\r
 992                 {\r
 993                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 994                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 995                     {\r
 996                         running = ap.scrollUp(true);\r
 997                     }\r
 998 \r
 999                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1000                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1001                     {\r
1002                         running = ap.scrollUp(false);\r
1003                     }\r
1004 \r
1005                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1006                     {\r
1007                         running = ap.scrollRight(true);\r
1008                     }\r
1009                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1010                     {\r
1011                         running = ap.scrollRight(false);\r
1012                     }\r
1013                 }\r
1014 \r
1015                 try\r
1016                 {\r
1017                     Thread.sleep(75);\r
1018                 }\r
1019                 catch (Exception ex)\r
1020                 {\r
1021                 }\r
1022             }\r
1023         }\r
1024     }\r
1025 }\r