src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.Vector;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     boolean seqEditOccurred = false;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     Point lastMousePress;\r
  71     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  72     StringBuffer keyboardNo1;\r
  73     StringBuffer keyboardNo2;\r
  74 \r
  75     java.net.URL linkImageURL;\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * Creates a new SeqPanel object.\r
  79      *\r
  80      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  81      * @param p DOCUMENT ME!\r
  82      */\r
  83     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  84     {\r
  85         linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  87         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  88         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  89         this.av = avp;\r
  90         setBackground(Color.white);\r
  91 \r
  92         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  93         setLayout(new BorderLayout());\r
  94         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         ap = p;\r
  97 \r
  98         if(!av.isDataset())\r
  99         {\r
 100           addMouseMotionListener(this);\r
 101           addMouseListener(this);\r
 102           addMouseWheelListener(this);\r
 103         }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     int startWrapBlock=-1;\r
 107     int wrappedBlock=-1;\r
 108     int findRes(MouseEvent evt)\r
 109    {\r
 110      int res = 0;\r
 111      int x = evt.getX();\r
 112 \r
 113     if (av.wrapAlignment)\r
 114     {\r
 115 \r
 116       int hgap = av.charHeight;\r
 117       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 118         hgap += av.charHeight;\r
 119 \r
 120       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 121           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 122 \r
 123         int y = evt.getY();\r
 124         y -= hgap;\r
 125         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 126 \r
 127 \r
 128         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129 \r
 130         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 131         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 132 \r
 133         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 134 \r
 135     }\r
 136     else\r
 137     {\r
 138         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 139     }\r
 140 \r
 141     if(av.hasHiddenColumns)\r
 142           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 143 \r
 144     return res;\r
 145 \r
 146    }\r
 147 \r
 148    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 149    {\r
 150 \r
 151      int seq = 0;\r
 152      int y = evt.getY();\r
 153 \r
 154      if (av.wrapAlignment)\r
 155      {\r
 156        int hgap = av.charHeight;\r
 157        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 158          hgap += av.charHeight;\r
 159 \r
 160        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 161            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 162 \r
 163          y -= hgap;\r
 164 \r
 165        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 166      }\r
 167      else\r
 168      {\r
 169        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 170      }\r
 171 \r
 172      return seq;\r
 173    }\r
 174 \r
 175    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 176    {\r
 177      Vector allFeatures = new Vector();\r
 178      int index = 0;\r
 179      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 180      {\r
 181        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 182        {\r
 183          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 184          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 185              sf.getEnd() >= res)\r
 186          {\r
 187            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 188            {\r
 189              allFeatures.addElement(sf);\r
 190            }\r
 191          }\r
 192          index++;\r
 193        }\r
 194      }\r
 195      return allFeatures;\r
 196   }\r
 197 \r
 198    void endEditing()\r
 199    {\r
 200      startseq = -1;\r
 201      lastres = -1;\r
 202      seqEditOccurred = false;\r
 203      editingSeqs = false;\r
 204      groupEditing = false;\r
 205      keyboardNo1 = null;\r
 206      keyboardNo2 = null;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     void setCursorRow()\r
 210     {\r
 211       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 212       scrollToVisible();\r
 213     }\r
 214 \r
 215     void setCursorColumn()\r
 216     {\r
 217       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 218       scrollToVisible();\r
 219     }\r
 220 \r
 221     void setCursorRowAndColumn()\r
 222     {\r
 223       if(keyboardNo2==null)\r
 224       {\r
 225         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 226       }\r
 227       else\r
 228       {\r
 229         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 230         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 231         scrollToVisible();\r
 232       }\r
 233     }\r
 234 \r
 235     void setCursorPosition()\r
 236     {\r
 237       SequenceI sequence =\r
 238           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 239 \r
 240       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 241           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 242           );\r
 243       scrollToVisible();\r
 244     }\r
 245 \r
 246     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 247     {\r
 248       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 249       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 250       scrollToVisible();\r
 251     }\r
 252 \r
 253     void scrollToVisible()\r
 254     {\r
 255       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 256         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 257       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 258         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 259 \r
 260       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 261         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 262       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 263         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 264 \r
 265 \r
 266       endEditing();\r
 267       if(av.wrapAlignment)\r
 268       {\r
 269         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 270       }\r
 271       else\r
 272       {\r
 273         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 274         {\r
 275           ap.scrollUp(true);\r
 276         }\r
 277         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 278         {\r
 279           ap.scrollUp(false);\r
 280         }\r
 281         if (!av.wrapAlignment)\r
 282         {\r
 283           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 284           {\r
 285             if (!ap.scrollRight(false))\r
 286               break;\r
 287           }\r
 288           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 289           {\r
 290             if (!ap.scrollRight(true))\r
 291               break;\r
 292           }\r
 293         }\r
 294       }\r
 295       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 296                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 297 \r
 298       seqCanvas.repaint();\r
 299     }\r
 300 \r
 301     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 302     {\r
 303       SequenceI sequence =\r
 304           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 305 \r
 306       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 307       {\r
 308         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 309         //Find the top and bottom of this group\r
 310         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 311         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 312         {\r
 313           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 314           if(index > max)\r
 315             max = index;\r
 316           if(index < min)\r
 317             min = index;\r
 318         }\r
 319 \r
 320         max ++;\r
 321 \r
 322         if(topLeft)\r
 323         {\r
 324           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 325           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 326             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 327 \r
 328           min = seqCanvas.cursorY;\r
 329         }\r
 330         else\r
 331         {\r
 332           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 333           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 334             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 335 \r
 336           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 337         }\r
 338 \r
 339         if(min>max)\r
 340         {\r
 341           // Only the user can do this\r
 342           av.setSelectionGroup(null);\r
 343         }\r
 344         else\r
 345         {\r
 346           // Now add any sequences between min and max\r
 347           sg.getSequences(false).clear();\r
 348           for (int i = min; i < max; i++)\r
 349           {\r
 350             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 351           }\r
 352         }\r
 353       }\r
 354 \r
 355       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 356       {\r
 357         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 358         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 359         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 360         sg.addSequence(sequence, false);\r
 361         av.setSelectionGroup(sg);\r
 362       }\r
 363 \r
 364 \r
 365       ap.repaint();\r
 366     }\r
 367 \r
 368     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 369     {\r
 370       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 371                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 372       groupEditing = group;\r
 373       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 374       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 375       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 376       editOccurred();\r
 377     }\r
 378 \r
 379     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 380     {\r
 381       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 382                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 383       groupEditing = group;\r
 384       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 385       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 386       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 387       editOccurred();\r
 388     }\r
 389 \r
 390     void numberPressed(char value)\r
 391     {\r
 392       if(keyboardNo1==null)\r
 393         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 394 \r
 395       if(keyboardNo2!=null)\r
 396         keyboardNo2.append(value);\r
 397       else\r
 398         keyboardNo1.append(value);\r
 399     }\r
 400 \r
 401     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 402     {\r
 403       if(kb==null)\r
 404         return 1;\r
 405       else\r
 406         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 407     }\r
 408 \r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * DOCUMENT ME!\r
 412      *\r
 413      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 414      */\r
 415     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 416     {\r
 417       mouseDragging = false;\r
 418       mouseWheelPressed = false;\r
 419 \r
 420       if (!editingSeqs)\r
 421       {\r
 422          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 423          return;\r
 424       }\r
 425 \r
 426        editOccurred();\r
 427 \r
 428        ap.repaint();\r
 429     }\r
 430 \r
 431 \r
 432 \r
 433     /**\r
 434      * DOCUMENT ME!\r
 435      *\r
 436      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 437      */\r
 438     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 439     {\r
 440       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 441 \r
 442       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 443       {\r
 444         mouseWheelPressed = true;\r
 445         return;\r
 446       }\r
 447 \r
 448       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 449           evt.isControlDown())\r
 450       {\r
 451         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 452         {\r
 453           groupEditing = true;\r
 454         }\r
 455         editingSeqs = true;\r
 456       }\r
 457       else\r
 458       {\r
 459         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 460         return;\r
 461       }\r
 462 \r
 463 \r
 464 \r
 465       int seq = findSeq(evt);\r
 466       int res = findRes(evt);\r
 467 \r
 468       if(seq<0 || res<0)\r
 469         return;\r
 470 \r
 471       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 472                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 473 \r
 474         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 475                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 476         {\r
 477             startseq = seq;\r
 478             lastres = res;\r
 479         }\r
 480         else\r
 481         {\r
 482             startseq = -1;\r
 483             lastres = -1;\r
 484         }\r
 485 \r
 486         return;\r
 487     }\r
 488 \r
 489     /**\r
 490      * DOCUMENT ME!\r
 491      *\r
 492      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 493      */\r
 494     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 495     {\r
 496       if (editingSeqs)\r
 497       {\r
 498        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 499        // If control is down, other platforms will not.\r
 500        mouseDragged(evt);\r
 501       }\r
 502 \r
 503       int res = findRes(evt);\r
 504       int seq = findSeq(evt);\r
 505 \r
 506 \r
 507       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 508             return;\r
 509 \r
 510       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 511 \r
 512       if (res > sequence.getLength())\r
 513       {\r
 514         return;\r
 515       }\r
 516 \r
 517       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 518       {\r
 519         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 520       }\r
 521 \r
 522       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 523 \r
 524         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 525         if (av.showSequenceFeatures)\r
 526         {\r
 527             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 528             if(features!=null)\r
 529             {\r
 530               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 531               StringBuffer seqSpecific =  new StringBuffer();\r
 532 \r
 533               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 534               {\r
 535 \r
 536                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 537                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 538                 {\r
 539                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 540                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 541                   continue;\r
 542 \r
 543 \r
 544                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 545                   {\r
 546                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 547                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 548                     {\r
 549                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 550                         sbuffer.append("<br>");\r
 551                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 552                                      features[i].getEnd());\r
 553                       if (features[i].links != null)\r
 554                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 555                     }\r
 556                   }\r
 557                   else\r
 558                   {\r
 559                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 560                       sbuffer.append("<br>");\r
 561 \r
 562                     sbuffer.append(features[i].getType() + " " +\r
 563                                    features[i].begin);\r
 564                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
 565                       sbuffer.append(" " + features[i].end);\r
 566 \r
 567                     if (features[i].getDescription() != null\r
 568                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 569                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 570 \r
 571                     if (features[i].getValue("status") != null)\r
 572                     {\r
 573                       sbuffer.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 574                     }\r
 575                     if (features[i].links != null)\r
 576                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 577 \r
 578                   }\r
 579                 }\r
 580                 else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
 581                 {\r
 582                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
 583                   //                   + features[i].getType()+" "\r
 584                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
 585 \r
 586                 }\r
 587               }\r
 588 \r
 589               if(seqSpecific.length()>0)\r
 590                 seqSpecific.setLength(seqSpecific.length()-4);\r
 591 \r
 592               sbuffer.append(seqSpecific);\r
 593               sbuffer.append("</html>");\r
 594               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 595                 setToolTipText("");\r
 596               else\r
 597                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 598             }\r
 599             else\r
 600               setToolTipText("");\r
 601         }\r
 602     }\r
 603 \r
 604     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 605     {\r
 606       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 607                                            sequence.getName());\r
 608 \r
 609       Object obj = null;\r
 610       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 611       {\r
 612         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 613                                                    "");\r
 614         if (obj != null)\r
 615           text.append(" Nucleotide: ");\r
 616       }\r
 617       else\r
 618       {\r
 619         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 620         if (obj != null)\r
 621           text.append("  Residue: ");\r
 622       }\r
 623 \r
 624       if (obj != null)\r
 625       {\r
 626 \r
 627         if (obj != "")\r
 628         {\r
 629           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 630                       ")");\r
 631         }\r
 632       }\r
 633       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 634 \r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * DOCUMENT ME!\r
 639      *\r
 640      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 641      */\r
 642     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 643     {\r
 644       if (mouseWheelPressed)\r
 645       {\r
 646         int oldWidth = av.charWidth;\r
 647 \r
 648         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 649         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 650             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 651         {\r
 652           int fontSize = av.font.getSize();\r
 653 \r
 654           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 655           {\r
 656             fontSize--;\r
 657           }\r
 658           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 659           {\r
 660             fontSize++;\r
 661           }\r
 662 \r
 663           if(fontSize<1)\r
 664             fontSize = 1;\r
 665 \r
 666           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 667           av.charWidth = oldWidth;\r
 668           ap.fontChanged();\r
 669         }\r
 670         else\r
 671         {\r
 672           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 673           {\r
 674             av.charWidth--;\r
 675           }\r
 676           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 677           {\r
 678             av.charWidth++;\r
 679           }\r
 680 \r
 681           ap.repaint();\r
 682         }\r
 683 \r
 684         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 685         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 686 \r
 687         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 688 \r
 689         return;\r
 690       }\r
 691 \r
 692       if (!editingSeqs)\r
 693       {\r
 694         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 695         return;\r
 696       }\r
 697 \r
 698         int res = findRes(evt);\r
 699 \r
 700         if (res < 0)\r
 701         {\r
 702             res = 0;\r
 703         }\r
 704 \r
 705         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 706         {\r
 707             return;\r
 708         }\r
 709 \r
 710         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 711         {\r
 712           // dragLeft, delete gap\r
 713           editSequence(false, res);\r
 714         }\r
 715         else\r
 716           editSequence(true, res);\r
 717 \r
 718         mouseDragging = true;\r
 719         if(scrollThread!=null)\r
 720           scrollThread.setEvent(evt);\r
 721 \r
 722     }\r
 723 \r
 724     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 725     {\r
 726       int fixedLeft = -1;\r
 727       int fixedRight = -1;\r
 728       boolean fixedColumns = false;\r
 729       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 730 \r
 731 \r
 732         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 733         {\r
 734           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 735           {\r
 736             groupEditing = true;\r
 737           }\r
 738         }\r
 739 \r
 740         //No group, but the sequence may represent a group\r
 741         if (groupEditing\r
 742             && sg == null\r
 743             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 744         {\r
 745           groupEditing = false;\r
 746         }\r
 747 \r
 748         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 749         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 750         if (groupEditing)\r
 751            message.append("Edit group:");\r
 752         else\r
 753            message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 754 \r
 755        if(insertGap)\r
 756          message.append(" insert ");\r
 757        else\r
 758          message.append(" delete ");\r
 759 \r
 760        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 761        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 762 \r
 763 \r
 764         //Are we editing within a selection group?\r
 765         if (groupEditing\r
 766             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 767         {\r
 768           fixedColumns = true;\r
 769 \r
 770           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 771           //but the sequence represents a group\r
 772           if (sg == null)\r
 773           {\r
 774             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 775                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
 776             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 777           }\r
 778 \r
 779           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 780           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 781 \r
 782           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 783               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 784               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 785               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 786           {\r
 787             endEditing();\r
 788             return;\r
 789           }\r
 790 \r
 791           if (fixedLeft > startres)\r
 792           {\r
 793             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 794             fixedLeft = 0;\r
 795           }\r
 796           else if (fixedRight < startres)\r
 797           {\r
 798             fixedLeft = fixedRight;\r
 799             fixedRight = -1;\r
 800           }\r
 801         }\r
 802 \r
 803 \r
 804         if(av.hasHiddenColumns )\r
 805         {\r
 806             fixedColumns = true;\r
 807             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 808             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 809 \r
 810             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 811                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 812             {\r
 813               endEditing();\r
 814               return;\r
 815             }\r
 816 \r
 817             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 818             //Selection spans a hidden region\r
 819             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 820             {\r
 821               if(startres>=y2)\r
 822               {\r
 823                 fixedLeft = y2;\r
 824               }\r
 825               else\r
 826               {\r
 827                fixedRight = y2 - 1;\r
 828              }\r
 829             }\r
 830         }\r
 831 \r
 832 \r
 833         if (groupEditing)\r
 834         {\r
 835           // drag to right\r
 836           if (insertGap)\r
 837           {\r
 838               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 839               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 840               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 841                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 842                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 843                  )\r
 844               {\r
 845                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 846                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 847               }\r
 848 \r
 849             // Is it valid with fixed columns??\r
 850             // Find the next gap before the end\r
 851             // of the visible region boundary\r
 852             boolean blank = false;\r
 853             for (fixedRight = fixedRight;\r
 854                  fixedRight > lastres;\r
 855                  fixedRight--)\r
 856             {\r
 857               blank = true;\r
 858               for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 859               {\r
 860                 seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 861                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 862                 {\r
 863                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 864                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 865                   {\r
 866                     blank = false;\r
 867                     break;\r
 868                   }\r
 869                 }\r
 870               }\r
 871               if (blank)\r
 872                 break;\r
 873             }\r
 874 \r
 875             if (!blank)\r
 876             {\r
 877               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 878               {\r
 879                 if((av.hasHiddenColumns\r
 880                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 881                 {\r
 882                   endEditing();\r
 883                   return;\r
 884                 }\r
 885 \r
 886                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 887                 //contains all the sequences\r
 888                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 889                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 890               }\r
 891               else\r
 892               {\r
 893                 endEditing();\r
 894                 return;\r
 895               }\r
 896             }\r
 897           }\r
 898 \r
 899 \r
 900           // drag to left\r
 901           else if(!insertGap)\r
 902           {\r
 903             /// Are we able to delete?\r
 904             // ie are all columns blank?\r
 905 \r
 906             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 907             {\r
 908               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 909 \r
 910               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 911               {\r
 912                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 913                 {\r
 914                   continue;\r
 915                 }\r
 916 \r
 917                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 918                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 919                 {\r
 920                   // Not a gap, block edit not valid\r
 921                   endEditing();\r
 922                   return;\r
 923                 }\r
 924               }\r
 925             }\r
 926           }\r
 927 \r
 928 \r
 929           for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 930           {\r
 931             seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 932 \r
 933             if (insertGap)\r
 934             {\r
 935               // dragging to the right\r
 936               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 937               {\r
 938                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 939                 {\r
 940                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 941                 }\r
 942                 else\r
 943                   insertChar(j, seq);\r
 944               }\r
 945             }\r
 946             else\r
 947             {\r
 948               // dragging to the left\r
 949               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 950               {\r
 951                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 952                 {\r
 953                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 954                 }\r
 955                 else\r
 956                 {\r
 957                   deleteChar(startres, seq);\r
 958                 }\r
 959               }\r
 960             }\r
 961           }\r
 962         }\r
 963         else /////Editing a single sequence///////////\r
 964         {\r
 965           if (insertGap)\r
 966           {\r
 967             // dragging to the right\r
 968             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 969             {\r
 970               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 971               {\r
 972                 /*if (sg!=null &&\r
 973                     sg.getStartRes() == 0\r
 974                     && sg.getEndRes()  == fixedRight\r
 975                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 976                 {\r
 977                   System.out.println("still here");\r
 978                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 979                   //extend the selection group\r
 980                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 981                   fixedColumns = false;\r
 982                   insertChar(j, seq);\r
 983                 }\r
 984                 else*/\r
 985                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 986               }\r
 987               else\r
 988                 insertChar(j, seq);\r
 989             }\r
 990           }\r
 991           else\r
 992           {\r
 993             // dragging to the left\r
 994             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 995             {\r
 996               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 997               {\r
 998                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 999               }\r
1000               else\r
1001               {\r
1002                 deleteChar(startres, seq);\r
1003               }\r
1004             }\r
1005           }\r
1006         }\r
1007 \r
1008         lastres = startres;\r
1009         seqCanvas.repaint();\r
1010     }\r
1011 \r
1012 \r
1013     /**\r
1014      * DOCUMENT ME!\r
1015      *\r
1016      * @param j DOCUMENT ME!\r
1017      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1018      */\r
1019     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
1020     {\r
1021         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1022         seqEditOccurred = true;\r
1023     }\r
1024 \r
1025     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1026     {\r
1027       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1028       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1029       int blankColumn = fixedColumn;\r
1030       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1031       {\r
1032         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1033         {\r
1034           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1035           break;\r
1036         }\r
1037       }\r
1038 \r
1039       if (blankColumn <= j)\r
1040       {\r
1041         endEditing();\r
1042         return;\r
1043       }\r
1044 \r
1045       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1046       {\r
1047         //Just Checking\r
1048         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1049         return;\r
1050       }\r
1051 \r
1052       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1053       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1054       seqEditOccurred = true;\r
1055     }\r
1056 \r
1057     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1058     {\r
1059       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1060       {\r
1061         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1062             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1063         return;\r
1064       }\r
1065 \r
1066       seq.deleteCharAt(j);\r
1067       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1068       seqEditOccurred = true;\r
1069     }\r
1070 \r
1071     /**\r
1072      * DOCUMENT ME!\r
1073      *\r
1074      * @param j DOCUMENT ME!\r
1075      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1076      */\r
1077     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1078     {\r
1079       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1080       {\r
1081         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1082             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1083         return;\r
1084       }\r
1085 \r
1086         seq.deleteCharAt(j);\r
1087         seqEditOccurred = true;\r
1088         seqCanvas.repaint();\r
1089     }\r
1090     /**\r
1091      * DOCUMENT ME!\r
1092      *\r
1093      * @param e DOCUMENT ME!\r
1094      */\r
1095     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1096     {\r
1097         if(oldSeq < 0)\r
1098           oldSeq = 0;\r
1099 \r
1100         if (scrollThread != null)\r
1101         {\r
1102             scrollThread.running = false;\r
1103             scrollThread = null;\r
1104         }\r
1105     }\r
1106 \r
1107     /**\r
1108      * DOCUMENT ME!\r
1109      *\r
1110      * @param e DOCUMENT ME!\r
1111      */\r
1112     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1113     {\r
1114         if (av.getWrapAlignment())\r
1115         {\r
1116             return;\r
1117         }\r
1118 \r
1119         if (mouseDragging)\r
1120         {\r
1121             scrollThread = new ScrollThread();\r
1122         }\r
1123     }\r
1124 \r
1125     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1126     {}\r
1127 \r
1128     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1129     {\r
1130       e.consume();\r
1131      /* if (mouseWheelPressed)\r
1132       {\r
1133         Font font = av.getFont();\r
1134         int fontSize = font.getSize();\r
1135         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1136           fontSize++;\r
1137         else if (fontSize > 1)\r
1138           fontSize--;\r
1139 \r
1140 \r
1141 \r
1142         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1143 \r
1144         ap.fontChanged();\r
1145       }\r
1146       else*/\r
1147       {\r
1148         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1149           ap.scrollUp(false);\r
1150         else\r
1151           ap.scrollUp(true);\r
1152       }\r
1153 \r
1154     }\r
1155 \r
1156 \r
1157 \r
1158     /**\r
1159      * DOCUMENT ME!\r
1160      *\r
1161      * @param i DOCUMENT ME!\r
1162      */\r
1163     void editOccurred()\r
1164     {\r
1165       if (!seqEditOccurred)\r
1166       {\r
1167         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1168         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1169       }\r
1170 \r
1171       endEditing();\r
1172 \r
1173       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1174 \r
1175     }\r
1176 \r
1177     /**\r
1178      * DOCUMENT ME!\r
1179      *\r
1180      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1181      */\r
1182     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1183     {\r
1184       int res = findRes(evt);\r
1185       int seq = findSeq(evt);\r
1186       oldSeq = seq;\r
1187 \r
1188       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1189 \r
1190       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1191       {\r
1192           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1193               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1194               "Wrapped view - no edit",\r
1195               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1196           return;\r
1197       }\r
1198 \r
1199       if(seq<0 || res<0)\r
1200             return;\r
1201 \r
1202         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1203 \r
1204         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1205         {\r
1206             return;\r
1207         }\r
1208 \r
1209         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1210 \r
1211         if (stretchGroup == null)\r
1212         {\r
1213             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1214 \r
1215             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1216                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1217             {\r
1218                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1219             }\r
1220             else\r
1221             {\r
1222                 stretchGroup = null;\r
1223             }\r
1224         }\r
1225         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1226                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1227                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1228         {\r
1229             stretchGroup = null;\r
1230 \r
1231             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1232 \r
1233             if (allGroups != null)\r
1234             {\r
1235                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1236                 {\r
1237                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1238                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1239                     {\r
1240                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1241                         break;\r
1242                     }\r
1243                 }\r
1244             }\r
1245 \r
1246             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1247 \r
1248         }\r
1249 \r
1250         if (av.cursorMode)\r
1251         {\r
1252           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1253           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1254           seqCanvas.repaint();\r
1255           return;\r
1256         }\r
1257 \r
1258 \r
1259         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1260         {\r
1261           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1262                                                   sequence.findPosition(res));\r
1263           Vector links = new Vector();\r
1264             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1265             {\r
1266               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1267               if (sf.links != null)\r
1268               {\r
1269                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1270                 {\r
1271                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1272                 }\r
1273               }\r
1274             }\r
1275 \r
1276             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1277             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1278 \r
1279         }\r
1280         else if (stretchGroup == null)\r
1281         {\r
1282           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1283 \r
1284           // define a new group here\r
1285           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1286           sg.setStartRes(res);\r
1287           sg.setEndRes(res);\r
1288           sg.addSequence(sequence, false);\r
1289           av.setSelectionGroup(sg);\r
1290           stretchGroup = sg;\r
1291 \r
1292           if (av.getConservationSelected())\r
1293           {\r
1294             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1295                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1296                                               "Background");\r
1297           }\r
1298 \r
1299           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1300           {\r
1301             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1302                                            "Background");\r
1303           }\r
1304           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1305           {\r
1306             // Edit end res position of selected group\r
1307             changeEndRes = true;\r
1308           }\r
1309           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1310                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1311           {\r
1312             // Edit end res position of selected group\r
1313             changeStartRes = true;\r
1314           }\r
1315           stretchGroup.getWidth();\r
1316         }\r
1317 \r
1318         seqCanvas.repaint();\r
1319     }\r
1320 \r
1321     /**\r
1322      * DOCUMENT ME!\r
1323      *\r
1324      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1325      */\r
1326     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1327     {\r
1328         if (stretchGroup == null)\r
1329         {\r
1330             return;\r
1331         }\r
1332 \r
1333 \r
1334         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1335         {\r
1336           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1337           {\r
1338             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1339                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1340                 stretchGroup.getWidth());\r
1341           }\r
1342 \r
1343           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1344           {\r
1345             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1346                                               stretchGroup.getName());\r
1347             stretchGroup.recalcConservation();\r
1348           }\r
1349           else\r
1350           {\r
1351             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1352                                            stretchGroup.getName());\r
1353           }\r
1354         }\r
1355         changeEndRes = false;\r
1356         changeStartRes = false;\r
1357         stretchGroup = null;\r
1358         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1359     }\r
1360 \r
1361     /**\r
1362      * DOCUMENT ME!\r
1363      *\r
1364      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1365      */\r
1366     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1367     {\r
1368       int res = findRes(evt);\r
1369       int y = findSeq(evt);\r
1370 \r
1371       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1372         return;\r
1373 \r
1374        if (stretchGroup == null)\r
1375        {\r
1376             return;\r
1377        }\r
1378 \r
1379 \r
1380         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1381         {\r
1382           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1383         }\r
1384         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1385         {\r
1386           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1387         }\r
1388 \r
1389         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1390         {\r
1391             // Edit end res position of selected group\r
1392             changeEndRes = true;\r
1393         }\r
1394         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1395         {\r
1396             // Edit start res position of selected group\r
1397             changeStartRes = true;\r
1398         }\r
1399 \r
1400         if (res < av.getStartRes())\r
1401         {\r
1402             res = av.getStartRes();\r
1403         }\r
1404 \r
1405         if (changeEndRes)\r
1406         {\r
1407             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1408             {\r
1409                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1410             }\r
1411         }\r
1412         else if (changeStartRes)\r
1413         {\r
1414             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1415             {\r
1416                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1417             }\r
1418         }\r
1419 \r
1420         int dragDirection = 0;\r
1421 \r
1422         if (y > oldSeq)\r
1423         {\r
1424             dragDirection = 1;\r
1425         }\r
1426         else if (y < oldSeq)\r
1427         {\r
1428             dragDirection = -1;\r
1429         }\r
1430 \r
1431 \r
1432         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1433         {\r
1434             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1435             // selection is quite slow.\r
1436             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1437 \r
1438             oldSeq += dragDirection;\r
1439 \r
1440             if(oldSeq<0)\r
1441               break;\r
1442 \r
1443             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1444 \r
1445             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1446             {\r
1447                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1448             }\r
1449             else\r
1450             {\r
1451                 if (seq != null)\r
1452                 {\r
1453                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1454                 }\r
1455 \r
1456                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1457             }\r
1458         }\r
1459 \r
1460         if(oldSeq < 0)\r
1461           oldSeq = -1;\r
1462 \r
1463         mouseDragging = true;\r
1464 \r
1465         if (scrollThread != null)\r
1466         {\r
1467             scrollThread.setEvent(evt);\r
1468         }\r
1469 \r
1470         seqCanvas.repaint();\r
1471     }\r
1472 \r
1473     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1474     {\r
1475       if(evt==null)\r
1476       {\r
1477         if(scrollThread!=null)\r
1478         {\r
1479           scrollThread.running = false;\r
1480           scrollThread = null;\r
1481         }\r
1482         mouseDragging = false;\r
1483       }\r
1484       else\r
1485       {\r
1486         if (scrollThread == null)\r
1487           scrollThread = new ScrollThread();\r
1488 \r
1489         mouseDragging = true;\r
1490         scrollThread.setEvent(evt);\r
1491       }\r
1492 \r
1493     }\r
1494 \r
1495 \r
1496     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1497     class ScrollThread extends Thread\r
1498     {\r
1499         MouseEvent evt;\r
1500         boolean running = false;\r
1501 \r
1502         public ScrollThread()\r
1503         {\r
1504             start();\r
1505         }\r
1506 \r
1507         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1508         {\r
1509             evt = e;\r
1510         }\r
1511 \r
1512         public void stopScrolling()\r
1513         {\r
1514             running = false;\r
1515         }\r
1516 \r
1517         public void run()\r
1518         {\r
1519             running = true;\r
1520 \r
1521             while (running)\r
1522             {\r
1523                 if (evt != null)\r
1524                 {\r
1525                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1526                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1527                     {\r
1528                         running = ap.scrollUp(true);\r
1529                     }\r
1530 \r
1531                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1532                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1533                     {\r
1534                         running = ap.scrollUp(false);\r
1535                     }\r
1536 \r
1537                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1538                     {\r
1539                         running = ap.scrollRight(false);\r
1540                     }\r
1541                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1542                     {\r
1543                         running = ap.scrollRight(true);\r
1544                     }\r
1545                 }\r
1546 \r
1547                 try\r
1548                 {\r
1549                     Thread.sleep(20);\r
1550                 }\r
1551                 catch (Exception ex)\r
1552                 {\r
1553                 }\r
1554             }\r
1555         }\r
1556     }\r
1557 }\r