Show hide cols and rows
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.schemes.*;\r
24 \r
25 import java.awt.*;\r
26 import java.awt.event.*;\r
27 \r
28 import javax.swing.*;\r
29 \r
30 import java.util.Vector;\r
31 \r
32 \r
33 /**\r
34  * DOCUMENT ME!\r
35  *\r
36  * @author $author$\r
37  * @version $Revision$\r
38  */\r
39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
40     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
41 \r
42 {\r
43     /** DOCUMENT ME!! */\r
44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
45 \r
46     /** DOCUMENT ME!! */\r
47     public AlignmentPanel ap;\r
48     protected int lastres;\r
49     protected int startseq;\r
50     protected AlignViewport av;\r
51 \r
52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
53     boolean seqEditOccurred = false;\r
54     ScrollThread scrollThread = null;\r
55     boolean mouseDragging = false;\r
56     boolean editingSeqs = false;\r
57     boolean groupEditing = false;\r
58 \r
59     //////////////////////////////////////////\r
60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
61     //////////////////////////////////////////\r
62     int oldSeq = -1;\r
63     boolean changeEndSeq = false;\r
64     boolean changeStartSeq = false;\r
65     boolean changeEndRes = false;\r
66     boolean changeStartRes = false;\r
67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
68     boolean remove = false;\r
69 \r
70     Point lastMousePress;\r
71     boolean mouseWheelPressed = false;\r
72     StringBuffer keyboardNo1;\r
73     StringBuffer keyboardNo2;\r
74 \r
75     java.net.URL linkImageURL;\r
76 \r
77     /**\r
78      * Creates a new SeqPanel object.\r
79      *\r
80      * @param avp DOCUMENT ME!\r
81      * @param p DOCUMENT ME!\r
82      */\r
83     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
84     {\r
85         linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
87         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
88         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
89         this.av = avp;\r
90         setBackground(Color.white);\r
91 \r
92         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
93         setLayout(new BorderLayout());\r
94         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
95 \r
96         ap = p;\r
97 \r
98         if(!av.isDataset())\r
99         {\r
100           addMouseMotionListener(this);\r
101           addMouseListener(this);\r
102           addMouseWheelListener(this);\r
103         }\r
104     }\r
105 \r
106     int startWrapBlock=-1;\r
107     int wrappedBlock=-1;\r
108     int findRes(MouseEvent evt)\r
109    {\r
110      int res = 0;\r
111      int x = evt.getX();\r
112 \r
113     if (av.wrapAlignment)\r
114     {\r
115 \r
116       int hgap = av.charHeight;\r
117       if (av.scaleAboveWrapped)\r
118         hgap += av.charHeight;\r
119 \r
120       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
121           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
122 \r
123         int y = evt.getY();\r
124         y -= hgap;\r
125         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
126 \r
127 \r
128         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
129 \r
130         wrappedBlock = y / cHeight;\r
131         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
132 \r
133         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
134 \r
135     }\r
136     else\r
137     {\r
138         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
139     }\r
140 \r
141     if(av.hasHiddenColumns)\r
142           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
143 \r
144     return res;\r
145 \r
146    }\r
147 \r
148    int findSeq(MouseEvent evt)\r
149    {\r
150 \r
151      int seq = 0;\r
152      int y = evt.getY();\r
153 \r
154      if (av.wrapAlignment)\r
155      {\r
156        int hgap = av.charHeight;\r
157        if (av.scaleAboveWrapped)\r
158          hgap += av.charHeight;\r
159 \r
160        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
161            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
162 \r
163          y -= hgap;\r
164 \r
165        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
166      }\r
167      else\r
168      {\r
169        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
170      }\r
171 \r
172      return seq;\r
173    }\r
174 \r
175    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
176    {\r
177      Vector allFeatures = new Vector();\r
178      int index = 0;\r
179      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
180      {\r
181        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
182        {\r
183          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
184          if (sf.getBegin() <= res &&\r
185              sf.getEnd() >= res)\r
186          {\r
187            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
188            {\r
189              allFeatures.addElement(sf);\r
190            }\r
191          }\r
192          index++;\r
193        }\r
194      }\r
195      return allFeatures;\r
196   }\r
197 \r
198    void endEditing()\r
199    {\r
200      startseq = -1;\r
201      lastres = -1;\r
202      seqEditOccurred = false;\r
203      editingSeqs = false;\r
204      groupEditing = false;\r
205      keyboardNo1 = null;\r
206      keyboardNo2 = null;\r
207     }\r
208 \r
209     void setCursorRow()\r
210     {\r
211       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
212       scrollToVisible();\r
213     }\r
214 \r
215     void setCursorColumn()\r
216     {\r
217       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
218       scrollToVisible();\r
219     }\r
220 \r
221     void setCursorRowAndColumn()\r
222     {\r
223       if(keyboardNo2==null)\r
224       {\r
225         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
226       }\r
227       else\r
228       {\r
229         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
230         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
231         scrollToVisible();\r
232       }\r
233     }\r
234 \r
235     void setCursorPosition()\r
236     {\r
237       SequenceI sequence =\r
238           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
239 \r
240       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
241           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
242           );\r
243       scrollToVisible();\r
244     }\r
245 \r
246     void moveCursor(int dx, int dy)\r
247     {\r
248       seqCanvas.cursorX += dx;\r
249       seqCanvas.cursorY += dy;\r
250       scrollToVisible();\r
251     }\r
252 \r
253     void scrollToVisible()\r
254     {\r
255       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
256         seqCanvas.cursorX = 0;\r
257       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
258         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
259 \r
260       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
261         seqCanvas.cursorY = 0;\r
262       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
263         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
264 \r
265 \r
266       endEditing();\r
267       if(av.wrapAlignment)\r
268       {\r
269         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
270       }\r
271       else\r
272       {\r
273         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
274         {\r
275           ap.scrollUp(true);\r
276         }\r
277         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
278         {\r
279           ap.scrollUp(false);\r
280         }\r
281         if (!av.wrapAlignment)\r
282         {\r
283           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
284           {\r
285             if (!ap.scrollRight(false))\r
286               break;\r
287           }\r
288           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
289           {\r
290             if (!ap.scrollRight(true))\r
291               break;\r
292           }\r
293         }\r
294       }\r
295       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
296                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
297 \r
298       seqCanvas.repaint();\r
299     }\r
300 \r
301     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
302     {\r
303       SequenceI sequence =\r
304           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
305 \r
306       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
307       {\r
308         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
309         //Find the top and bottom of this group\r
310         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
311         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
312         {\r
313           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
314           if(index > max)\r
315             max = index;\r
316           if(index < min)\r
317             min = index;\r
318         }\r
319 \r
320         max ++;\r
321 \r
322         if(topLeft)\r
323         {\r
324           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
325           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
326             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
327 \r
328           min = seqCanvas.cursorY;\r
329         }\r
330         else\r
331         {\r
332           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
333           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
334             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
335 \r
336           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
337         }\r
338 \r
339         if(min>max)\r
340         {\r
341           // Only the user can do this\r
342           av.setSelectionGroup(null);\r
343         }\r
344         else\r
345         {\r
346           // Now add any sequences between min and max\r
347           sg.getSequences(false).clear();\r
348           for (int i = min; i < max; i++)\r
349           {\r
350             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
351           }\r
352         }\r
353       }\r
354 \r
355       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
356       {\r
357         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
358         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
359         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
360         sg.addSequence(sequence, false);\r
361         av.setSelectionGroup(sg);\r
362       }\r
363 \r
364 \r
365       ap.repaint();\r
366     }\r
367 \r
368     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
369     {\r
370       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
371                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
372       groupEditing = group;\r
373       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
374       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
375       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
376       editOccurred();\r
377     }\r
378 \r
379     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
380     {\r
381       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
382                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
383       groupEditing = group;\r
384       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
385       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
386       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
387       editOccurred();\r
388     }\r
389 \r
390     void numberPressed(char value)\r
391     {\r
392       if(keyboardNo1==null)\r
393         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
394 \r
395       if(keyboardNo2!=null)\r
396         keyboardNo2.append(value);\r
397       else\r
398         keyboardNo1.append(value);\r
399     }\r
400 \r
401     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
402     {\r
403       if(kb==null)\r
404         return 1;\r
405       else\r
406         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
407     }\r
408 \r
409 \r
410     /**\r
411      * DOCUMENT ME!\r
412      *\r
413      * @param evt DOCUMENT ME!\r
414      */\r
415     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
416     {\r
417       mouseDragging = false;\r
418       mouseWheelPressed = false;\r
419 \r
420       if (!editingSeqs)\r
421       {\r
422          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
423          return;\r
424       }\r
425 \r
426        editOccurred();\r
427 \r
428        ap.repaint();\r
429     }\r
430 \r
431 \r
432 \r
433     /**\r
434      * DOCUMENT ME!\r
435      *\r
436      * @param evt DOCUMENT ME!\r
437      */\r
438     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
439     {\r
440       lastMousePress = evt.getPoint();\r
441 \r
442       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
443       {\r
444         mouseWheelPressed = true;\r
445         return;\r
446       }\r
447 \r
448       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
449           evt.isControlDown())\r
450       {\r
451         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
452         {\r
453           groupEditing = true;\r
454         }\r
455         editingSeqs = true;\r
456       }\r
457       else\r
458       {\r
459         doMousePressedDefineMode(evt);\r
460         return;\r
461       }\r
462 \r
463 \r
464 \r
465       int seq = findSeq(evt);\r
466       int res = findRes(evt);\r
467 \r
468       if(seq<0 || res<0)\r
469         return;\r
470 \r
471       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
472                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
473 \r
474         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
475                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
476         {\r
477             startseq = seq;\r
478             lastres = res;\r
479         }\r
480         else\r
481         {\r
482             startseq = -1;\r
483             lastres = -1;\r
484         }\r
485 \r
486         return;\r
487     }\r
488 \r
489     /**\r
490      * DOCUMENT ME!\r
491      *\r
492      * @param evt DOCUMENT ME!\r
493      */\r
494     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
495     {\r
496       if (editingSeqs)\r
497       {\r
498        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
499        // If control is down, other platforms will not.\r
500        mouseDragged(evt);\r
501       }\r
502 \r
503       int res = findRes(evt);\r
504       int seq = findSeq(evt);\r
505 \r
506 \r
507       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
508             return;\r
509 \r
510       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
511 \r
512       if (res > sequence.getLength())\r
513       {\r
514         return;\r
515       }\r
516 \r
517       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
518       {\r
519         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
520       }\r
521 \r
522       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
523 \r
524         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
525         if (av.showSequenceFeatures)\r
526         {\r
527             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
528             if(features!=null)\r
529             {\r
530               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
531               StringBuffer seqSpecific =  new StringBuffer();\r
532 \r
533               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
534               {\r
535 \r
536                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
537                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
538                 {\r
539                   if(av.featuresDisplayed==null\r
540                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
541                   continue;\r
542 \r
543 \r
544                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
545                   {\r
546                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
547                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
548                     {\r
549                       if (sbuffer.length() > 6)\r
550                         sbuffer.append("<br>");\r
551                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
552                                      features[i].getEnd());\r
553                       if (features[i].links != null)\r
554                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
555                     }\r
556                   }\r
557                   else\r
558                   {\r
559                     if (sbuffer.length() > 6)\r
560                       sbuffer.append("<br>");\r
561 \r
562                     sbuffer.append(features[i].getType() + " " +\r
563                                    features[i].begin);\r
564                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
565                       sbuffer.append(" " + features[i].end);\r
566 \r
567                     if (features[i].getDescription() != null\r
568                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
569                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
570 \r
571                     if (features[i].getValue("status") != null)\r
572                     {\r
573                       sbuffer.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
574                     }\r
575                     if (features[i].links != null)\r
576                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
577 \r
578                   }\r
579                 }\r
580                 else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
581                 {\r
582                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
583                   //                   + features[i].getType()+" "\r
584                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
585 \r
586                 }\r
587               }\r
588 \r
589               if(seqSpecific.length()>0)\r
590                 seqSpecific.setLength(seqSpecific.length()-4);\r
591 \r
592               sbuffer.append(seqSpecific);\r
593               sbuffer.append("</html>");\r
594               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
595                 setToolTipText("");\r
596               else\r
597                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
598             }\r
599             else\r
600               setToolTipText("");\r
601         }\r
602     }\r
603 \r
604     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
605     {\r
606       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
607                                            sequence.getName());\r
608 \r
609       Object obj = null;\r
610       if (av.alignment.isNucleotide())\r
611       {\r
612         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
613                                                    "");\r
614         if (obj != null)\r
615           text.append(" Nucleotide: ");\r
616       }\r
617       else\r
618       {\r
619         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
620         if (obj != null)\r
621           text.append("  Residue: ");\r
622       }\r
623 \r
624       if (obj != null)\r
625       {\r
626 \r
627         if (obj != "")\r
628         {\r
629           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
630                       ")");\r
631         }\r
632       }\r
633       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
634 \r
635     }\r
636 \r
637     /**\r
638      * DOCUMENT ME!\r
639      *\r
640      * @param evt DOCUMENT ME!\r
641      */\r
642     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
643     {\r
644       if (mouseWheelPressed)\r
645       {\r
646         int oldWidth = av.charWidth;\r
647 \r
648         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
649         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
650             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
651         {\r
652           int fontSize = av.font.getSize();\r
653 \r
654           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
655           {\r
656             fontSize--;\r
657           }\r
658           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
659           {\r
660             fontSize++;\r
661           }\r
662 \r
663           if(fontSize<1)\r
664             fontSize = 1;\r
665 \r
666           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
667           av.charWidth = oldWidth;\r
668           ap.fontChanged();\r
669         }\r
670         else\r
671         {\r
672           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
673           {\r
674             av.charWidth--;\r
675           }\r
676           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
677           {\r
678             av.charWidth++;\r
679           }\r
680 \r
681           ap.repaint();\r
682         }\r
683 \r
684         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
685         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
686 \r
687         lastMousePress = evt.getPoint();\r
688 \r
689         return;\r
690       }\r
691 \r
692       if (!editingSeqs)\r
693       {\r
694         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
695         return;\r
696       }\r
697 \r
698         int res = findRes(evt);\r
699 \r
700         if (res < 0)\r
701         {\r
702             res = 0;\r
703         }\r
704 \r
705         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
706         {\r
707             return;\r
708         }\r
709 \r
710         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
711         {\r
712           // dragLeft, delete gap\r
713           editSequence(false, res);\r
714         }\r
715         else\r
716           editSequence(true, res);\r
717 \r
718         mouseDragging = true;\r
719         if(scrollThread!=null)\r
720           scrollThread.setEvent(evt);\r
721 \r
722     }\r
723 \r
724     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
725     {\r
726       int fixedLeft = -1;\r
727       int fixedRight = -1;\r
728       boolean fixedColumns = false;\r
729       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
730 \r
731 \r
732         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
733         {\r
734           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
735           {\r
736             groupEditing = true;\r
737           }\r
738         }\r
739 \r
740         //No group, but the sequence may represent a group\r
741         if (groupEditing\r
742             && sg == null\r
743             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
744         {\r
745           groupEditing = false;\r
746         }\r
747 \r
748         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
749         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
750         if (groupEditing)\r
751            message.append("Edit group:");\r
752         else\r
753            message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
754 \r
755        if(insertGap)\r
756          message.append(" insert ");\r
757        else\r
758          message.append(" delete ");\r
759 \r
760        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
761        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
762 \r
763 \r
764         //Are we editing within a selection group?\r
765         if (groupEditing\r
766             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
767         {\r
768           fixedColumns = true;\r
769 \r
770           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
771           //but the sequence represents a group\r
772           if (sg == null)\r
773           {\r
774             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
775                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
776             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
777           }\r
778 \r
779           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
780           fixedRight = sg.getEndRes();\r
781 \r
782           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
783               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
784               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
785               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
786           {\r
787             endEditing();\r
788             return;\r
789           }\r
790 \r
791           if (fixedLeft > startres)\r
792           {\r
793             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
794             fixedLeft = 0;\r
795           }\r
796           else if (fixedRight < startres)\r
797           {\r
798             fixedLeft = fixedRight;\r
799             fixedRight = -1;\r
800           }\r
801         }\r
802 \r
803 \r
804         if(av.hasHiddenColumns )\r
805         {\r
806             fixedColumns = true;\r
807             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
808             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
809 \r
810             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
811                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
812             {\r
813               endEditing();\r
814               return;\r
815             }\r
816 \r
817             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
818             //Selection spans a hidden region\r
819             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
820             {\r
821               if(startres>=y2)\r
822               {\r
823                 fixedLeft = y2;\r
824               }\r
825               else\r
826               {\r
827                fixedRight = y2 - 1;\r
828              }\r
829             }\r
830         }\r
831 \r
832 \r
833         if (groupEditing)\r
834         {\r
835           // drag to right\r
836           if (insertGap)\r
837           {\r
838               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
839               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
840               if(   sg.getStartRes() == 0\r
841                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
842                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
843                  )\r
844               {\r
845                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
846                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
847               }\r
848 \r
849             // Is it valid with fixed columns??\r
850             // Find the next gap before the end\r
851             // of the visible region boundary\r
852             boolean blank = false;\r
853             for (fixedRight = fixedRight;\r
854                  fixedRight > lastres;\r
855                  fixedRight--)\r
856             {\r
857               blank = true;\r
858               for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
859               {\r
860                 seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
861                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
862                 {\r
863                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
864                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
865                   {\r
866                     blank = false;\r
867                     break;\r
868                   }\r
869                 }\r
870               }\r
871               if (blank)\r
872                 break;\r
873             }\r
874 \r
875             if (!blank)\r
876             {\r
877               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
878               {\r
879                 if((av.hasHiddenColumns\r
880                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
881                 {\r
882                   endEditing();\r
883                   return;\r
884                 }\r
885 \r
886                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
887                 //contains all the sequences\r
888                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
889                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
890               }\r
891               else\r
892               {\r
893                 endEditing();\r
894                 return;\r
895               }\r
896             }\r
897           }\r
898 \r
899 \r
900           // drag to left\r
901           else if(!insertGap)\r
902           {\r
903             /// Are we able to delete?\r
904             // ie are all columns blank?\r
905 \r
906             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
907             {\r
908               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
909 \r
910               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
911               {\r
912                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
913                 {\r
914                   continue;\r
915                 }\r
916 \r
917                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
918                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
919                 {\r
920                   // Not a gap, block edit not valid\r
921                   endEditing();\r
922                   return;\r
923                 }\r
924               }\r
925             }\r
926           }\r
927 \r
928 \r
929           for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
930           {\r
931             seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
932 \r
933             if (insertGap)\r
934             {\r
935               // dragging to the right\r
936               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
937               {\r
938                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
939                 {\r
940                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
941                 }\r
942                 else\r
943                   insertChar(j, seq);\r
944               }\r
945             }\r
946             else\r
947             {\r
948               // dragging to the left\r
949               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
950               {\r
951                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
952                 {\r
953                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
954                 }\r
955                 else\r
956                 {\r
957                   deleteChar(startres, seq);\r
958                 }\r
959               }\r
960             }\r
961           }\r
962         }\r
963         else /////Editing a single sequence///////////\r
964         {\r
965           if (insertGap)\r
966           {\r
967             // dragging to the right\r
968             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
969             {\r
970               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
971               {\r
972                 /*if (sg!=null &&\r
973                     sg.getStartRes() == 0\r
974                     && sg.getEndRes()  == fixedRight\r
975                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
976                 {\r
977                   System.out.println("still here");\r
978                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
979                   //extend the selection group\r
980                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
981                   fixedColumns = false;\r
982                   insertChar(j, seq);\r
983                 }\r
984                 else*/\r
985                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
986               }\r
987               else\r
988                 insertChar(j, seq);\r
989             }\r
990           }\r
991           else\r
992           {\r
993             // dragging to the left\r
994             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
995             {\r
996               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
997               {\r
998                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
999               }\r
1000               else\r
1001               {\r
1002                 deleteChar(startres, seq);\r
1003               }\r
1004             }\r
1005           }\r
1006         }\r
1007 \r
1008         lastres = startres;\r
1009         seqCanvas.repaint();\r
1010     }\r
1011 \r
1012 \r
1013     /**\r
1014      * DOCUMENT ME!\r
1015      *\r
1016      * @param j DOCUMENT ME!\r
1017      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1018      */\r
1019     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
1020     {\r
1021         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1022         seqEditOccurred = true;\r
1023     }\r
1024 \r
1025     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1026     {\r
1027       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1028       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1029       int blankColumn = fixedColumn;\r
1030       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1031       {\r
1032         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1033         {\r
1034           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1035           break;\r
1036         }\r
1037       }\r
1038 \r
1039       if (blankColumn <= j)\r
1040       {\r
1041         endEditing();\r
1042         return;\r
1043       }\r
1044 \r
1045       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1046       {\r
1047         //Just Checking\r
1048         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1049         return;\r
1050       }\r
1051 \r
1052       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1053       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1054       seqEditOccurred = true;\r
1055     }\r
1056 \r
1057     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1058     {\r
1059       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1060       {\r
1061         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1062             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1063         return;\r
1064       }\r
1065 \r
1066       seq.deleteCharAt(j);\r
1067       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1068       seqEditOccurred = true;\r
1069     }\r
1070 \r
1071     /**\r
1072      * DOCUMENT ME!\r
1073      *\r
1074      * @param j DOCUMENT ME!\r
1075      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1076      */\r
1077     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1078     {\r
1079       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1080       {\r
1081         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1082             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1083         return;\r
1084       }\r
1085 \r
1086         seq.deleteCharAt(j);\r
1087         seqEditOccurred = true;\r
1088         seqCanvas.repaint();\r
1089     }\r
1090     /**\r
1091      * DOCUMENT ME!\r
1092      *\r
1093      * @param e DOCUMENT ME!\r
1094      */\r
1095     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1096     {\r
1097         if(oldSeq < 0)\r
1098           oldSeq = 0;\r
1099 \r
1100         if (scrollThread != null)\r
1101         {\r
1102             scrollThread.running = false;\r
1103             scrollThread = null;\r
1104         }\r
1105     }\r
1106 \r
1107     /**\r
1108      * DOCUMENT ME!\r
1109      *\r
1110      * @param e DOCUMENT ME!\r
1111      */\r
1112     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1113     {\r
1114         if (av.getWrapAlignment())\r
1115         {\r
1116             return;\r
1117         }\r
1118 \r
1119         if (mouseDragging)\r
1120         {\r
1121             scrollThread = new ScrollThread();\r
1122         }\r
1123     }\r
1124 \r
1125     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1126     {}\r
1127 \r
1128     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1129     {\r
1130       e.consume();\r
1131      /* if (mouseWheelPressed)\r
1132       {\r
1133         Font font = av.getFont();\r
1134         int fontSize = font.getSize();\r
1135         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1136           fontSize++;\r
1137         else if (fontSize > 1)\r
1138           fontSize--;\r
1139 \r
1140 \r
1141 \r
1142         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1143 \r
1144         ap.fontChanged();\r
1145       }\r
1146       else*/\r
1147       {\r
1148         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1149           ap.scrollUp(false);\r
1150         else\r
1151           ap.scrollUp(true);\r
1152       }\r
1153 \r
1154     }\r
1155 \r
1156 \r
1157 \r
1158     /**\r
1159      * DOCUMENT ME!\r
1160      *\r
1161      * @param i DOCUMENT ME!\r
1162      */\r
1163     void editOccurred()\r
1164     {\r
1165       if (!seqEditOccurred)\r
1166       {\r
1167         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1168         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1169       }\r
1170 \r
1171       endEditing();\r
1172 \r
1173       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1174 \r
1175     }\r
1176 \r
1177     /**\r
1178      * DOCUMENT ME!\r
1179      *\r
1180      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1181      */\r
1182     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1183     {\r
1184       int res = findRes(evt);\r
1185       int seq = findSeq(evt);\r
1186       oldSeq = seq;\r
1187 \r
1188       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1189 \r
1190       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1191       {\r
1192           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1193               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1194               "Wrapped view - no edit",\r
1195               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1196           return;\r
1197       }\r
1198 \r
1199       if(seq<0 || res<0)\r
1200             return;\r
1201 \r
1202         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1203 \r
1204         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1205         {\r
1206             return;\r
1207         }\r
1208 \r
1209         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1210 \r
1211         if (stretchGroup == null)\r
1212         {\r
1213             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1214 \r
1215             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1216                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1217             {\r
1218                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1219             }\r
1220             else\r
1221             {\r
1222                 stretchGroup = null;\r
1223             }\r
1224         }\r
1225         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1226                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1227                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1228         {\r
1229             stretchGroup = null;\r
1230 \r
1231             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1232 \r
1233             if (allGroups != null)\r
1234             {\r
1235                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1236                 {\r
1237                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1238                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1239                     {\r
1240                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1241                         break;\r
1242                     }\r
1243                 }\r
1244             }\r
1245 \r
1246             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1247 \r
1248         }\r
1249 \r
1250         if (av.cursorMode)\r
1251         {\r
1252           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1253           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1254           seqCanvas.repaint();\r
1255           return;\r
1256         }\r
1257 \r
1258 \r
1259         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1260         {\r
1261           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1262                                                   sequence.findPosition(res));\r
1263           Vector links = new Vector();\r
1264             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1265             {\r
1266               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1267               if (sf.links != null)\r
1268               {\r
1269                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1270                 {\r
1271                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1272                 }\r
1273               }\r
1274             }\r
1275 \r
1276             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1277             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1278 \r
1279         }\r
1280         else if (stretchGroup == null)\r
1281         {\r
1282           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1283 \r
1284           // define a new group here\r
1285           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1286           sg.setStartRes(res);\r
1287           sg.setEndRes(res);\r
1288           sg.addSequence(sequence, false);\r
1289           av.setSelectionGroup(sg);\r
1290           stretchGroup = sg;\r
1291 \r
1292           if (av.getConservationSelected())\r
1293           {\r
1294             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1295                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1296                                               "Background");\r
1297           }\r
1298 \r
1299           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1300           {\r
1301             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1302                                            "Background");\r
1303           }\r
1304           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1305           {\r
1306             // Edit end res position of selected group\r
1307             changeEndRes = true;\r
1308           }\r
1309           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1310                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1311           {\r
1312             // Edit end res position of selected group\r
1313             changeStartRes = true;\r
1314           }\r
1315           stretchGroup.getWidth();\r
1316         }\r
1317 \r
1318         seqCanvas.repaint();\r
1319     }\r
1320 \r
1321     /**\r
1322      * DOCUMENT ME!\r
1323      *\r
1324      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1325      */\r
1326     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1327     {\r
1328         if (stretchGroup == null)\r
1329         {\r
1330             return;\r
1331         }\r
1332 \r
1333 \r
1334         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1335         {\r
1336           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1337           {\r
1338             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1339                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1340                 stretchGroup.getWidth());\r
1341           }\r
1342 \r
1343           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1344           {\r
1345             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1346                                               stretchGroup.getName());\r
1347             stretchGroup.recalcConservation();\r
1348           }\r
1349           else\r
1350           {\r
1351             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1352                                            stretchGroup.getName());\r
1353           }\r
1354         }\r
1355         changeEndRes = false;\r
1356         changeStartRes = false;\r
1357         stretchGroup = null;\r
1358         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1359     }\r
1360 \r
1361     /**\r
1362      * DOCUMENT ME!\r
1363      *\r
1364      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1365      */\r
1366     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1367     {\r
1368       int res = findRes(evt);\r
1369       int y = findSeq(evt);\r
1370 \r
1371       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1372         return;\r
1373 \r
1374        if (stretchGroup == null)\r
1375        {\r
1376             return;\r
1377        }\r
1378 \r
1379 \r
1380         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1381         {\r
1382           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1383         }\r
1384         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1385         {\r
1386           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1387         }\r
1388 \r
1389         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1390         {\r
1391             // Edit end res position of selected group\r
1392             changeEndRes = true;\r
1393         }\r
1394         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1395         {\r
1396             // Edit start res position of selected group\r
1397             changeStartRes = true;\r
1398         }\r
1399 \r
1400         if (res < av.getStartRes())\r
1401         {\r
1402             res = av.getStartRes();\r
1403         }\r
1404 \r
1405         if (changeEndRes)\r
1406         {\r
1407             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1408             {\r
1409                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1410             }\r
1411         }\r
1412         else if (changeStartRes)\r
1413         {\r
1414             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1415             {\r
1416                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1417             }\r
1418         }\r
1419 \r
1420         int dragDirection = 0;\r
1421 \r
1422         if (y > oldSeq)\r
1423         {\r
1424             dragDirection = 1;\r
1425         }\r
1426         else if (y < oldSeq)\r
1427         {\r
1428             dragDirection = -1;\r
1429         }\r
1430 \r
1431 \r
1432         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1433         {\r
1434             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1435             // selection is quite slow.\r
1436             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1437 \r
1438             oldSeq += dragDirection;\r
1439 \r
1440             if(oldSeq<0)\r
1441               break;\r
1442 \r
1443             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1444 \r
1445             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1446             {\r
1447                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1448             }\r
1449             else\r
1450             {\r
1451                 if (seq != null)\r
1452                 {\r
1453                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1454                 }\r
1455 \r
1456                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1457             }\r
1458         }\r
1459 \r
1460         if(oldSeq < 0)\r
1461           oldSeq = -1;\r
1462 \r
1463         mouseDragging = true;\r
1464 \r
1465         if (scrollThread != null)\r
1466         {\r
1467             scrollThread.setEvent(evt);\r
1468         }\r
1469 \r
1470         seqCanvas.repaint();\r
1471     }\r
1472 \r
1473     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1474     {\r
1475       if(evt==null)\r
1476       {\r
1477         if(scrollThread!=null)\r
1478         {\r
1479           scrollThread.running = false;\r
1480           scrollThread = null;\r
1481         }\r
1482         mouseDragging = false;\r
1483       }\r
1484       else\r
1485       {\r
1486         if (scrollThread == null)\r
1487           scrollThread = new ScrollThread();\r
1488 \r
1489         mouseDragging = true;\r
1490         scrollThread.setEvent(evt);\r
1491       }\r
1492 \r
1493     }\r
1494 \r
1495 \r
1496     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1497     class ScrollThread extends Thread\r
1498     {\r
1499         MouseEvent evt;\r
1500         boolean running = false;\r
1501 \r
1502         public ScrollThread()\r
1503         {\r
1504             start();\r
1505         }\r
1506 \r
1507         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1508         {\r
1509             evt = e;\r
1510         }\r
1511 \r
1512         public void stopScrolling()\r
1513         {\r
1514             running = false;\r
1515         }\r
1516 \r
1517         public void run()\r
1518         {\r
1519             running = true;\r
1520 \r
1521             while (running)\r
1522             {\r
1523                 if (evt != null)\r
1524                 {\r
1525                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1526                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1527                     {\r
1528                         running = ap.scrollUp(true);\r
1529                     }\r
1530 \r
1531                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1532                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1533                     {\r
1534                         running = ap.scrollUp(false);\r
1535                     }\r
1536 \r
1537                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1538                     {\r
1539                         running = ap.scrollRight(false);\r
1540                     }\r
1541                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1542                     {\r
1543                         running = ap.scrollRight(true);\r
1544                     }\r
1545                 }\r
1546 \r
1547                 try\r
1548                 {\r
1549                     Thread.sleep(20);\r
1550                 }\r
1551                 catch (Exception ex)\r
1552                 {\r
1553                 }\r
1554             }\r
1555         }\r
1556     }\r
1557 }\r