src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import jalview.structure.*;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class SeqPanel\r
  39     extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43   /** DOCUMENT ME!! */\r
  44   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46   /** DOCUMENT ME!! */\r
  47   public AlignmentPanel ap;\r
  48   protected int lastres;\r
  49   protected int startseq;\r
  50   protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52   ScrollThread scrollThread = null;\r
  53   boolean mouseDragging = false;\r
  54   boolean editingSeqs = false;\r
  55   boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59   //////////////////////////////////////////\r
  60   int oldSeq = -1;\r
  61   boolean changeEndSeq = false;\r
  62   boolean changeStartSeq = false;\r
  63   boolean changeEndRes = false;\r
  64   boolean changeStartRes = false;\r
  65   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66   boolean remove = false;\r
  67 \r
  68   Point lastMousePress;\r
  69   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70   StringBuffer keyboardNo1;\r
  71   StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73   java.net.URL linkImageURL;\r
  74 \r
  75   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  76   String tmpString;\r
  77 \r
  78   EditCommand editCommand;\r
  79 \r
  80   StructureSelectionManager ssm;\r
  81 \r
  82 \r
  83   /**\r
  84    * Creates a new SeqPanel object.\r
  85    *\r
  86    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  87    * @param p DOCUMENT ME!\r
  88    */\r
  89   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  90   {\r
  91     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  92     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  93     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  94     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  95     this.av = av;\r
  96     setBackground(Color.white);\r
  97 \r
  98     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);\r
  99     setLayout(new BorderLayout());\r
 100     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
 101 \r
 102     this.ap = ap;\r
 103 \r
 104     if (!av.isDataset())\r
 105     {\r
 106       addMouseMotionListener(this);\r
 107       addMouseListener(this);\r
 108       addMouseWheelListener(this);\r
 109       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 110       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   int startWrapBlock = -1;\r
 115   int wrappedBlock = -1;\r
 116   int findRes(MouseEvent evt)\r
 117   {\r
 118     int res = 0;\r
 119     int x = evt.getX();\r
 120 \r
 121     if (av.wrapAlignment)\r
 122     {\r
 123 \r
 124       int hgap = av.charHeight;\r
 125       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 126       {\r
 127         hgap += av.charHeight;\r
 128       }\r
 129 \r
 130       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 131           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 132 \r
 133       int y = evt.getY();\r
 134       y -= hgap;\r
 135       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 136 \r
 137       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 138       if (cwidth < 1)\r
 139       {\r
 140         return 0;\r
 141       }\r
 142 \r
 143       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 144       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 145 \r
 146       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 147 \r
 148     }\r
 149     else\r
 150     {\r
 151       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (av.hasHiddenColumns)\r
 155     {\r
 156       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return res;\r
 160 \r
 161   }\r
 162 \r
 163   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 164   {\r
 165     int seq = 0;\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167 \r
 168     if (av.wrapAlignment)\r
 169     {\r
 170       int hgap = av.charHeight;\r
 171       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 172       {\r
 173         hgap += av.charHeight;\r
 174       }\r
 175 \r
 176       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 177           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 178 \r
 179       y -= hgap;\r
 180 \r
 181       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 182                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 183     }\r
 184     else\r
 185     {\r
 186       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 187                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     return seq;\r
 191   }\r
 192 \r
 193   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 194   {\r
 195     Vector tmp = new Vector();\r
 196     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 197     if (features != null)\r
 198     {\r
 199       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 200       {\r
 201         if (av.featuresDisplayed == null\r
 202             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 203         {\r
 204           continue;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         if (features[i].featureGroup != null\r
 208            && seqCanvas.fr.featureGroups!=null\r
 209             && seqCanvas.fr.featureGroups.containsKey(features[i].featureGroup)\r
 210             && !((Boolean)seqCanvas.fr.featureGroups.get(features[i].featureGroup)).booleanValue())\r
 211           continue;\r
 212 \r
 213 \r
 214         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 215             (features[i].getEnd() >= res))\r
 216         {\r
 217           tmp.addElement(features[i]);\r
 218         }\r
 219       }\r
 220     }\r
 221 \r
 222     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 223     tmp.copyInto(features);\r
 224 \r
 225     return features;\r
 226   }\r
 227 \r
 228 \r
 229   void endEditing()\r
 230   {\r
 231     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
 232     {\r
 233       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 234       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 235                             av.getAlignment().getSequences());\r
 236     }\r
 237 \r
 238     startseq = -1;\r
 239     lastres = -1;\r
 240     editingSeqs = false;\r
 241     groupEditing = false;\r
 242     keyboardNo1 = null;\r
 243     keyboardNo2 = null;\r
 244     editCommand = null;\r
 245   }\r
 246 \r
 247   void setCursorRow()\r
 248   {\r
 249     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
 250     scrollToVisible();\r
 251   }\r
 252 \r
 253   void setCursorColumn()\r
 254   {\r
 255     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 256     scrollToVisible();\r
 257   }\r
 258 \r
 259   void setCursorRowAndColumn()\r
 260   {\r
 261     if (keyboardNo2 == null)\r
 262     {\r
 263       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 264     }\r
 265     else\r
 266     {\r
 267       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 268       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
 269       scrollToVisible();\r
 270     }\r
 271   }\r
 272 \r
 273   void setCursorPosition()\r
 274   {\r
 275     SequenceI sequence =\r
 276         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 277 \r
 278     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 279         getKeyboardNo1() - 1\r
 280         );\r
 281     scrollToVisible();\r
 282   }\r
 283 \r
 284   void moveCursor(int dx, int dy)\r
 285   {\r
 286     seqCanvas.cursorX += dx;\r
 287     seqCanvas.cursorY += dy;\r
 288     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 289     {\r
 290       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 291       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 292 \r
 293       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 294              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
 295              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
 296       {\r
 297         seqCanvas.cursorX += dx;\r
 298       }\r
 299 \r
 300       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
 301           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 302       {\r
 303         seqCanvas.cursorX = original;\r
 304       }\r
 305     }\r
 306 \r
 307     scrollToVisible();\r
 308   }\r
 309 \r
 310   void scrollToVisible()\r
 311   {\r
 312     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 313     {\r
 314       seqCanvas.cursorX = 0;\r
 315     }\r
 316     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 317     {\r
 318       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 319     }\r
 320 \r
 321     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 322     {\r
 323       seqCanvas.cursorY = 0;\r
 324     }\r
 325     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 326     {\r
 327       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     endEditing();\r
 331     if (av.wrapAlignment)\r
 332     {\r
 333       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 334     }\r
 335     else\r
 336     {\r
 337       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 338       {\r
 339         ap.scrollUp(true);\r
 340       }\r
 341       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 342       {\r
 343         ap.scrollUp(false);\r
 344       }\r
 345       if (!av.wrapAlignment)\r
 346       {\r
 347         while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 348         {\r
 349           if (!ap.scrollRight(false))\r
 350           {\r
 351             break;\r
 352           }\r
 353         }\r
 354         while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 355         {\r
 356           if (!ap.scrollRight(true))\r
 357           {\r
 358             break;\r
 359           }\r
 360         }\r
 361       }\r
 362     }\r
 363     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 364                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 365 \r
 366     seqCanvas.repaint();\r
 367   }\r
 368 \r
 369   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 370   {\r
 371     SequenceI sequence =\r
 372         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 373 \r
 374     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 375     {\r
 376       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 377       //Find the top and bottom of this group\r
 378       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 379       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 380       {\r
 381         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
 382         if (index > max)\r
 383         {\r
 384           max = index;\r
 385         }\r
 386         if (index < min)\r
 387         {\r
 388           min = index;\r
 389         }\r
 390       }\r
 391 \r
 392       max++;\r
 393 \r
 394       if (topLeft)\r
 395       {\r
 396         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 397         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
 398         {\r
 399           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 400         }\r
 401 \r
 402         min = seqCanvas.cursorY;\r
 403       }\r
 404       else\r
 405       {\r
 406         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 407         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
 408         {\r
 409           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 410         }\r
 411 \r
 412         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
 413       }\r
 414 \r
 415       if (min > max)\r
 416       {\r
 417         // Only the user can do this\r
 418         av.setSelectionGroup(null);\r
 419       }\r
 420       else\r
 421       {\r
 422         // Now add any sequences between min and max\r
 423         sg.getSequences(null).clear();\r
 424         for (int i = min; i < max; i++)\r
 425         {\r
 426           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 427         }\r
 428       }\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 432     {\r
 433       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 434       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 435       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 436       sg.addSequence(sequence, false);\r
 437       av.setSelectionGroup(sg);\r
 438     }\r
 439 \r
 440     ap.paintAlignment(false);\r
 441   }\r
 442 \r
 443   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 444   {\r
 445     groupEditing = group;\r
 446     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 447     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 448     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
 449     endEditing();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 453   {\r
 454     groupEditing = group;\r
 455     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 456     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
 457     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 458     endEditing();\r
 459   }\r
 460 \r
 461   void numberPressed(char value)\r
 462   {\r
 463     if (keyboardNo1 == null)\r
 464     {\r
 465       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 466     }\r
 467 \r
 468     if (keyboardNo2 != null)\r
 469     {\r
 470       keyboardNo2.append(value);\r
 471     }\r
 472     else\r
 473     {\r
 474       keyboardNo1.append(value);\r
 475     }\r
 476   }\r
 477 \r
 478   int getKeyboardNo1()\r
 479   {\r
 480     if (keyboardNo1 == null)\r
 481       return 1;\r
 482     else\r
 483     {\r
 484       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
 485       keyboardNo1 = null;\r
 486       return value;\r
 487     }\r
 488   }\r
 489 \r
 490   int getKeyboardNo2()\r
 491   {\r
 492     if (keyboardNo2 == null)\r
 493       return 1;\r
 494     else\r
 495     {\r
 496       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
 497       keyboardNo2 = null;\r
 498       return value;\r
 499     }\r
 500   }\r
 501 \r
 502   /**\r
 503    * DOCUMENT ME!\r
 504    *\r
 505    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 506    */\r
 507   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 508   {\r
 509     mouseDragging = false;\r
 510     mouseWheelPressed = false;\r
 511 \r
 512     if (!editingSeqs)\r
 513     {\r
 514       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 515       return;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     endEditing();\r
 519   }\r
 520 \r
 521   /**\r
 522    * DOCUMENT ME!\r
 523    *\r
 524    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 525    */\r
 526   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 527   {\r
 528     lastMousePress = evt.getPoint();\r
 529 \r
 530     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 531     {\r
 532       mouseWheelPressed = true;\r
 533       return;\r
 534     }\r
 535 \r
 536     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 537         evt.isControlDown())\r
 538     {\r
 539       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 540       {\r
 541         groupEditing = true;\r
 542       }\r
 543       editingSeqs = true;\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       doMousePressedDefineMode(evt);\r
 548       return;\r
 549     }\r
 550 \r
 551     int seq = findSeq(evt);\r
 552     int res = findRes(evt);\r
 553 \r
 554     if (seq < 0 || res < 0)\r
 555     {\r
 556       return;\r
 557     }\r
 558 \r
 559     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 560         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 561     {\r
 562       startseq = seq;\r
 563       lastres = res;\r
 564     }\r
 565     else\r
 566     {\r
 567       startseq = -1;\r
 568       lastres = -1;\r
 569     }\r
 570 \r
 571     return;\r
 572   }\r
 573 \r
 574   String lastMessage;\r
 575   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
 576   {\r
 577     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
 578     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
 579       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
 580 \r
 581     lastMessage = tmp;\r
 582   }\r
 583 \r
 584 \r
 585   public void highlightSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq, int index)\r
 586   {\r
 587     if(av.alignment.findIndex(seq)>-1)\r
 588     {\r
 589       SearchResults highlight = new SearchResults();\r
 590       highlight.addResult(seq,index,index);\r
 591       seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
 592     }\r
 593   }\r
 594 \r
 595   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
 596   {\r
 597     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
 598     //repaint();\r
 599   }\r
 600 \r
 601   /**\r
 602    * DOCUMENT ME!\r
 603    *\r
 604    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 605    */\r
 606   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 607   {\r
 608     if (editingSeqs)\r
 609     {\r
 610       // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 611       // If control is down, other platforms will not.\r
 612       mouseDragged(evt);\r
 613     }\r
 614 \r
 615     int res = findRes(evt);\r
 616     int seq = findSeq(evt);\r
 617 \r
 618     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 619     {\r
 620       return;\r
 621     }\r
 622 \r
 623     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 624 \r
 625     if (res > sequence.getLength())\r
 626     {\r
 627       return;\r
 628     }\r
 629 \r
 630     if (ssm != null)\r
 631       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 632 \r
 633     setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 634 \r
 635     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 636 \r
 637     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 638     if (groups != null)\r
 639     {\r
 640       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
 641       {\r
 642         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
 643         {\r
 644           if (tooltipText.length() > 6)\r
 645           {\r
 646             tooltipText.append("<br>");\r
 647           }\r
 648 \r
 649           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 650               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 651           {\r
 652             tooltipText.append(groups[g].getName());\r
 653           }\r
 654 \r
 655           if (groups[g].getDescription() != null)\r
 656           {\r
 657             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());\r
 658           }\r
 659         }\r
 660       }\r
 661     }\r
 662 \r
 663     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 664     if (av.showSequenceFeatures)\r
 665     {\r
 666       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 667           sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 668 \r
 669       if (features != null)\r
 670       {\r
 671         for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 672         {\r
 673           if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 674           {\r
 675             if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 676                 || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 677             {\r
 678               if (tooltipText.length() > 6)\r
 679               {\r
 680                 tooltipText.append("<br>");\r
 681               }\r
 682               tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() +\r
 683                                  ":" +\r
 684                                  features[i].getEnd());\r
 685               if (features[i].links != null)\r
 686               {\r
 687                 tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 688               }\r
 689             }\r
 690           }\r
 691           else\r
 692           {\r
 693             if (tooltipText.length() > 6)\r
 694             {\r
 695               tooltipText.append("<br>");\r
 696             }\r
 697 \r
 698             tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 699                                features[i].begin);\r
 700             if (features[i].begin != features[i].end)\r
 701             {\r
 702               tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 703             }\r
 704 \r
 705             if (features[i].getDescription() != null\r
 706                 && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 707             {\r
 708               tmpString = features[i].getDescription();\r
 709               int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 710               if (startTag > -1)\r
 711               {\r
 712                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 713               }\r
 714               int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 715               if (endTag > -1)\r
 716               {\r
 717                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 718               }\r
 719               endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 720               if (endTag > -1)\r
 721               {\r
 722                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 723               }\r
 724 \r
 725               if (startTag > -1)\r
 726               {\r
 727                 tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 728               }\r
 729               else\r
 730               {\r
 731                 if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 732                 {\r
 733                   //The description does not specify html is to\r
 734                   //be used, so we must remove < > symbols\r
 735                   tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 736                   tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 737 \r
 738                   tooltipText.append("; ");\r
 739                   tooltipText.append(tmpString);\r
 740 \r
 741                 }\r
 742                 else\r
 743                 {\r
 744                   tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 745                 }\r
 746               }\r
 747             }\r
 748             if (features[i].getValue("status") != null)\r
 749             {\r
 750               String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 751               if (status.length() > 0)\r
 752               {\r
 753                 tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 754               }\r
 755             }\r
 756 \r
 757             if (features[i].links != null)\r
 758             {\r
 759               tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 760             }\r
 761 \r
 762           }\r
 763         }\r
 764       }\r
 765     }\r
 766 \r
 767     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 768     {\r
 769       setToolTipText(null);\r
 770     }\r
 771     else\r
 772     {\r
 773       tooltipText.append("</html>");\r
 774       setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 775     }\r
 776     // else\r
 777     //  setToolTipText(null);\r
 778   }\r
 779 \r
 780   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 781   {\r
 782     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 783                                          sequence.getName());\r
 784 \r
 785     Object obj = null;\r
 786     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 787     {\r
 788       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 789                                                  "");\r
 790       if (obj != null)\r
 791       {\r
 792         text.append(" Nucleotide: ");\r
 793       }\r
 794     }\r
 795     else\r
 796     {\r
 797       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 798       if (obj != null)\r
 799       {\r
 800         text.append("  Residue: ");\r
 801       }\r
 802     }\r
 803 \r
 804     if (obj != null)\r
 805     {\r
 806 \r
 807       if (obj != "")\r
 808       {\r
 809         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 810                     ")");\r
 811       }\r
 812     }\r
 813     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 814 \r
 815   }\r
 816 \r
 817   /**\r
 818    * DOCUMENT ME!\r
 819    *\r
 820    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 821    */\r
 822   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 823   {\r
 824     if (mouseWheelPressed)\r
 825     {\r
 826       int oldWidth = av.charWidth;\r
 827 \r
 828       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 829       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 830           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 831       {\r
 832         int fontSize = av.font.getSize();\r
 833 \r
 834         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 835         {\r
 836           fontSize--;\r
 837         }\r
 838         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 839         {\r
 840           fontSize++;\r
 841         }\r
 842 \r
 843         if (fontSize < 1)\r
 844         {\r
 845           fontSize = 1;\r
 846         }\r
 847 \r
 848         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 849         av.charWidth = oldWidth;\r
 850         ap.fontChanged();\r
 851       }\r
 852       else\r
 853       {\r
 854         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 855         {\r
 856           av.charWidth--;\r
 857         }\r
 858         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 859         {\r
 860           av.charWidth++;\r
 861         }\r
 862 \r
 863         ap.paintAlignment(false);\r
 864       }\r
 865 \r
 866       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 867       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 868 \r
 869       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 870 \r
 871       return;\r
 872     }\r
 873 \r
 874     if (!editingSeqs)\r
 875     {\r
 876       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 877       return;\r
 878     }\r
 879 \r
 880     int res = findRes(evt);\r
 881 \r
 882     if (res < 0)\r
 883     {\r
 884       res = 0;\r
 885     }\r
 886 \r
 887     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 888     {\r
 889       return;\r
 890     }\r
 891 \r
 892     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 893     {\r
 894       // dragLeft, delete gap\r
 895       editSequence(false, res);\r
 896     }\r
 897     else\r
 898     {\r
 899       editSequence(true, res);\r
 900     }\r
 901 \r
 902     mouseDragging = true;\r
 903     if (scrollThread != null)\r
 904     {\r
 905       scrollThread.setEvent(evt);\r
 906     }\r
 907   }\r
 908 \r
 909 \r
 910 \r
 911   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 912   {\r
 913     int fixedLeft = -1;\r
 914     int fixedRight = -1;\r
 915     boolean fixedColumns = false;\r
 916     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 917 \r
 918     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 919 \r
 920     //No group, but the sequence may represent a group\r
 921     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 922     {\r
 923       if (av.hiddenRepSequences != null\r
 924           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 925       {\r
 926         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 927         groupEditing = true;\r
 928       }\r
 929     }\r
 930 \r
 931     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 932     if (groupEditing)\r
 933     {\r
 934       message.append("Edit group:");\r
 935       if (editCommand == null)\r
 936       {\r
 937         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 938       }\r
 939     }\r
 940     else\r
 941     {\r
 942       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 943       String label = seq.getName();\r
 944       if (label.length() > 10)\r
 945       {\r
 946         label = label.substring(0, 10);\r
 947       }\r
 948       if (editCommand == null)\r
 949       {\r
 950         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
 951       }\r
 952     }\r
 953 \r
 954     if (insertGap)\r
 955     {\r
 956       message.append(" insert ");\r
 957     }\r
 958     else\r
 959     {\r
 960       message.append(" delete ");\r
 961     }\r
 962 \r
 963     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
 964     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 965 \r
 966     //Are we editing within a selection group?\r
 967     if (groupEditing\r
 968         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 969     {\r
 970       fixedColumns = true;\r
 971 \r
 972       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 973       //but the sequence represents a group\r
 974       if (sg == null)\r
 975       {\r
 976         if (av.hiddenRepSequences == null\r
 977             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 978         {\r
 979           endEditing();\r
 980           return;\r
 981         }\r
 982         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 983       }\r
 984 \r
 985       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 986       fixedRight = sg.getEndRes();\r
 987 \r
 988       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 989           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 990           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
 991           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 992       {\r
 993         endEditing();\r
 994         return;\r
 995       }\r
 996 \r
 997       if (fixedLeft > startres)\r
 998       {\r
 999         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
1000         fixedLeft = 0;\r
1001       }\r
1002       else if (fixedRight < startres)\r
1003       {\r
1004         fixedLeft = fixedRight;\r
1005         fixedRight = -1;\r
1006       }\r
1007     }\r
1008 \r
1009     if (av.hasHiddenColumns)\r
1010     {\r
1011       fixedColumns = true;\r
1012       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
1013       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
1014 \r
1015       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
1016           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
1017       {\r
1018         endEditing();\r
1019         return;\r
1020       }\r
1021 \r
1022       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
1023       //Selection spans a hidden region\r
1024       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
1025       {\r
1026         if (startres >= y2)\r
1027         {\r
1028           fixedLeft = y2;\r
1029         }\r
1030         else\r
1031         {\r
1032           fixedRight = y2 - 1;\r
1033         }\r
1034       }\r
1035     }\r
1036 \r
1037     if (groupEditing)\r
1038     {\r
1039       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
1040       int g, groupSize = vseqs.size();\r
1041       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
1042       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
1043       {\r
1044         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
1045       }\r
1046 \r
1047       // drag to right\r
1048       if (insertGap)\r
1049       {\r
1050         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
1051         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
1052         if (sg.getStartRes() == 0\r
1053             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1054             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1055             )\r
1056         {\r
1057           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1058           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1059         }\r
1060 \r
1061         // Is it valid with fixed columns??\r
1062         // Find the next gap before the end\r
1063         // of the visible region boundary\r
1064         boolean blank = false;\r
1065         for (fixedRight = fixedRight;\r
1066              fixedRight > lastres;\r
1067              fixedRight--)\r
1068         {\r
1069           blank = true;\r
1070 \r
1071           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1072           {\r
1073             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1074             {\r
1075               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1076                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1077               {\r
1078                 blank = false;\r
1079                 break;\r
1080               }\r
1081             }\r
1082           }\r
1083           if (blank)\r
1084           {\r
1085             break;\r
1086           }\r
1087         }\r
1088 \r
1089         if (!blank)\r
1090         {\r
1091           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1092           {\r
1093             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1094                   &&\r
1095                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1096             {\r
1097               endEditing();\r
1098               return;\r
1099             }\r
1100 \r
1101             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1102             if (av.hasHiddenRows)\r
1103             {\r
1104               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1105               if (hwidth > alWidth)\r
1106               {\r
1107                 alWidth = hwidth;\r
1108               }\r
1109             }\r
1110             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1111             //contains all the sequences\r
1112             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1113             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1114           }\r
1115           else\r
1116           {\r
1117             endEditing();\r
1118             return;\r
1119           }\r
1120         }\r
1121       }\r
1122 \r
1123       // drag to left\r
1124       else if (!insertGap)\r
1125       {\r
1126         /// Are we able to delete?\r
1127         // ie are all columns blank?\r
1128 \r
1129         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1130         {\r
1131           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1132           {\r
1133             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1134             {\r
1135               continue;\r
1136             }\r
1137 \r
1138             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1139                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1140             {\r
1141               // Not a gap, block edit not valid\r
1142               endEditing();\r
1143               return;\r
1144             }\r
1145           }\r
1146         }\r
1147       }\r
1148 \r
1149       if (insertGap)\r
1150       {\r
1151         // dragging to the right\r
1152         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1153         {\r
1154           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1155           {\r
1156             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1157           }\r
1158         }\r
1159         else\r
1160         {\r
1161           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1162                                  groupSeqs,\r
1163                                  startres, startres - lastres,\r
1164                                  av.alignment,\r
1165                                  true);\r
1166         }\r
1167       }\r
1168       else\r
1169       {\r
1170         // dragging to the left\r
1171         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1172         {\r
1173           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1174           {\r
1175             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1176           }\r
1177         }\r
1178         else\r
1179         {\r
1180           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1181                                  groupSeqs,\r
1182                                  startres, lastres - startres,\r
1183                                  av.alignment,\r
1184                                  true);\r
1185         }\r
1186 \r
1187       }\r
1188     }\r
1189     else /////Editing a single sequence///////////\r
1190     {\r
1191       if (insertGap)\r
1192       {\r
1193         // dragging to the right\r
1194         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1195         {\r
1196           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1197           {\r
1198             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1199                        {seq}, fixedRight);\r
1200           }\r
1201         }\r
1202         else\r
1203         {\r
1204           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1205                                  new SequenceI[]\r
1206                                  {seq},\r
1207                                  lastres, startres - lastres,\r
1208                                  av.alignment,\r
1209                                  true);\r
1210         }\r
1211       }\r
1212       else\r
1213       {\r
1214         // dragging to the left\r
1215         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1216         {\r
1217           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1218           {\r
1219             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1220             {\r
1221               endEditing();\r
1222               break;\r
1223             }\r
1224             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1225                        {seq}, fixedRight);\r
1226           }\r
1227         }\r
1228         else\r
1229         {\r
1230           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1231           int max = 0;\r
1232           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1233           {\r
1234             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1235             {\r
1236               break;\r
1237             }\r
1238             max++;\r
1239           }\r
1240 \r
1241           if (max > 0)\r
1242           {\r
1243             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1244                                    new SequenceI[]\r
1245                                    {seq},\r
1246                                    startres, max,\r
1247                                    av.alignment,\r
1248                                    true);\r
1249           }\r
1250         }\r
1251       }\r
1252     }\r
1253 \r
1254     lastres = startres;\r
1255     seqCanvas.repaint();\r
1256   }\r
1257 \r
1258   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1259   {\r
1260     int blankColumn = fixedColumn;\r
1261     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1262     {\r
1263       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1264       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1265 \r
1266       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1267       {\r
1268         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1269         {\r
1270           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1271           break;\r
1272         }\r
1273       }\r
1274 \r
1275       if (blankColumn <= j)\r
1276       {\r
1277         blankColumn = fixedColumn;\r
1278         endEditing();\r
1279         return;\r
1280       }\r
1281     }\r
1282 \r
1283     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1284                            seq,\r
1285                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1286 \r
1287     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1288                            seq,\r
1289                            j, 1, av.alignment,\r
1290                            true);\r
1291 \r
1292   }\r
1293 \r
1294   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1295   {\r
1296 \r
1297     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1298                            seq,\r
1299                            j, 1, av.alignment, true);\r
1300 \r
1301     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1302                            seq,\r
1303                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1304   }\r
1305 \r
1306   /**\r
1307    * DOCUMENT ME!\r
1308    *\r
1309    * @param e DOCUMENT ME!\r
1310    */\r
1311   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1312   {\r
1313     if (oldSeq < 0)\r
1314     {\r
1315       oldSeq = 0;\r
1316     }\r
1317 \r
1318     if (scrollThread != null)\r
1319     {\r
1320       scrollThread.running = false;\r
1321       scrollThread = null;\r
1322     }\r
1323   }\r
1324 \r
1325   /**\r
1326    * DOCUMENT ME!\r
1327    *\r
1328    * @param e DOCUMENT ME!\r
1329    */\r
1330   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1331   {\r
1332     if (av.getWrapAlignment())\r
1333     {\r
1334       return;\r
1335     }\r
1336 \r
1337     if (mouseDragging)\r
1338     {\r
1339       scrollThread = new ScrollThread();\r
1340     }\r
1341   }\r
1342 \r
1343   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1344   {\r
1345     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));\r
1346     if (evt.getClickCount() > 1)\r
1347     {\r
1348       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1349           && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1350           - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1351       {\r
1352         av.setSelectionGroup(null);\r
1353       }\r
1354 \r
1355       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1356           sequence.getDatasetSequence(),\r
1357           sequence.findPosition(findRes(evt))\r
1358           );\r
1359 \r
1360       if (features != null && features.length > 0)\r
1361       {\r
1362         SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1363         highlight.addResult(sequence,\r
1364                             features[0].getBegin(),\r
1365                             features[0].getEnd());\r
1366         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1367       }\r
1368       if (features != null && features.length > 0)\r
1369       {\r
1370         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1371             new SequenceI[]\r
1372             {sequence}, features, false, ap);\r
1373 \r
1374         seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1375       }\r
1376     }\r
1377   }\r
1378 \r
1379   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1380   {\r
1381     e.consume();\r
1382       if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1383       {\r
1384         ap.scrollUp(false);\r
1385       }\r
1386       else\r
1387       {\r
1388         ap.scrollUp(true);\r
1389       }\r
1390   }\r
1391 \r
1392   /**\r
1393    * DOCUMENT ME!\r
1394    *\r
1395    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1396    */\r
1397   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1398   {\r
1399     int res = findRes(evt);\r
1400     int seq = findSeq(evt);\r
1401     oldSeq = seq;\r
1402 \r
1403     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1404 \r
1405     if (av.wrapAlignment && seq > av.alignment.getHeight())\r
1406     {\r
1407       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1408                                             "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1409                                             "Wrapped view - no edit",\r
1410                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1411       return;\r
1412     }\r
1413 \r
1414     if (seq < 0 || res < 0)\r
1415     {\r
1416       return;\r
1417     }\r
1418 \r
1419     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1420 \r
1421     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1422     {\r
1423       return;\r
1424     }\r
1425 \r
1426     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1427 \r
1428     if (stretchGroup == null)\r
1429     {\r
1430       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1431 \r
1432       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1433           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1434       {\r
1435         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1436       }\r
1437       else\r
1438       {\r
1439         stretchGroup = null;\r
1440       }\r
1441     }\r
1442     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1443              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1444              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1445     {\r
1446       stretchGroup = null;\r
1447 \r
1448       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1449 \r
1450       if (allGroups != null)\r
1451       {\r
1452         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1453         {\r
1454           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1455               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1456           {\r
1457             stretchGroup = allGroups[i];\r
1458             break;\r
1459           }\r
1460         }\r
1461       }\r
1462 \r
1463       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1464 \r
1465     }\r
1466 \r
1467     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1468     {\r
1469       SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1470                                                sequence.findPosition(res));\r
1471       Vector links = new Vector();\r
1472       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)\r
1473       {\r
1474         if (allFeatures[i].links != null)\r
1475         {\r
1476           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)\r
1477           {\r
1478             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));\r
1479           }\r
1480         }\r
1481       }\r
1482 \r
1483       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1484       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1485       return;\r
1486     }\r
1487 \r
1488     if (av.cursorMode)\r
1489     {\r
1490       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1491       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1492       seqCanvas.repaint();\r
1493       return;\r
1494     }\r
1495 \r
1496     if (stretchGroup == null)\r
1497     {\r
1498       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1499 \r
1500       // define a new group here\r
1501       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1502       sg.setStartRes(res);\r
1503       sg.setEndRes(res);\r
1504       sg.addSequence(sequence, false);\r
1505       av.setSelectionGroup(sg);\r
1506       stretchGroup = sg;\r
1507 \r
1508       if (av.getConservationSelected())\r
1509       {\r
1510         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1511                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
1512                                           "Background");\r
1513       }\r
1514 \r
1515       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1516       {\r
1517         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1518                                        "Background");\r
1519       }\r
1520       if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1521       {\r
1522         // Edit end res position of selected group\r
1523         changeEndRes = true;\r
1524       }\r
1525       else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1526                (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1527       {\r
1528         // Edit end res position of selected group\r
1529         changeStartRes = true;\r
1530       }\r
1531       stretchGroup.getWidth();\r
1532     }\r
1533 \r
1534     seqCanvas.repaint();\r
1535   }\r
1536 \r
1537   /**\r
1538    * DOCUMENT ME!\r
1539    *\r
1540    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1541    */\r
1542   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1543   {\r
1544     if (stretchGroup == null)\r
1545     {\r
1546       return;\r
1547     }\r
1548 \r
1549     if (stretchGroup.cs != null)\r
1550     {\r
1551       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1552       {\r
1553         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1554             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1555             stretchGroup.getWidth());\r
1556       }\r
1557 \r
1558       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1559           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1560           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1561           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1562       {\r
1563         stretchGroup.recalcConservation();\r
1564       }\r
1565 \r
1566       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1567       {\r
1568         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1569                                           stretchGroup.getName());\r
1570       }\r
1571       else\r
1572       {\r
1573         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1574                                        stretchGroup.getName());\r
1575       }\r
1576       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1577       ap.paintAlignment(true);\r
1578     }\r
1579 \r
1580     changeEndRes = false;\r
1581     changeStartRes = false;\r
1582     stretchGroup = null;\r
1583 \r
1584   }\r
1585 \r
1586   /**\r
1587    * DOCUMENT ME!\r
1588    *\r
1589    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1590    */\r
1591   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1592   {\r
1593     int res = findRes(evt);\r
1594     int y = findSeq(evt);\r
1595 \r
1596     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1597     {\r
1598       return;\r
1599     }\r
1600 \r
1601     if (stretchGroup == null)\r
1602     {\r
1603       return;\r
1604     }\r
1605 \r
1606     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1607     {\r
1608       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1609     }\r
1610 \r
1611     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1612     {\r
1613       // Edit end res position of selected group\r
1614       changeEndRes = true;\r
1615     }\r
1616     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1617     {\r
1618       // Edit start res position of selected group\r
1619       changeStartRes = true;\r
1620     }\r
1621 \r
1622     if (res < av.getStartRes())\r
1623     {\r
1624       res = av.getStartRes();\r
1625     }\r
1626 \r
1627     if (changeEndRes)\r
1628     {\r
1629       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1630       {\r
1631         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1632       }\r
1633     }\r
1634     else if (changeStartRes)\r
1635     {\r
1636       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1637       {\r
1638         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1639       }\r
1640     }\r
1641 \r
1642     int dragDirection = 0;\r
1643 \r
1644     if (y > oldSeq)\r
1645     {\r
1646       dragDirection = 1;\r
1647     }\r
1648     else if (y < oldSeq)\r
1649     {\r
1650       dragDirection = -1;\r
1651     }\r
1652 \r
1653     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1654     {\r
1655       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1656       // selection is quite slow.\r
1657       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1658 \r
1659       oldSeq += dragDirection;\r
1660 \r
1661       if (oldSeq < 0)\r
1662       {\r
1663         break;\r
1664       }\r
1665 \r
1666       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1667 \r
1668       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1669       {\r
1670         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1671       }\r
1672       else\r
1673       {\r
1674         if (seq != null)\r
1675         {\r
1676           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1677         }\r
1678 \r
1679         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1680       }\r
1681     }\r
1682 \r
1683     if (oldSeq < 0)\r
1684     {\r
1685       oldSeq = -1;\r
1686     }\r
1687 \r
1688     mouseDragging = true;\r
1689 \r
1690     if (scrollThread != null)\r
1691     {\r
1692       scrollThread.setEvent(evt);\r
1693     }\r
1694 \r
1695     seqCanvas.repaint();\r
1696   }\r
1697 \r
1698   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1699   {\r
1700     if (evt == null)\r
1701     {\r
1702       if (scrollThread != null)\r
1703       {\r
1704         scrollThread.running = false;\r
1705         scrollThread = null;\r
1706       }\r
1707       mouseDragging = false;\r
1708     }\r
1709     else\r
1710     {\r
1711       if (scrollThread == null)\r
1712       {\r
1713         scrollThread = new ScrollThread();\r
1714       }\r
1715 \r
1716       mouseDragging = true;\r
1717       scrollThread.setEvent(evt);\r
1718     }\r
1719 \r
1720   }\r
1721 \r
1722   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1723   class ScrollThread\r
1724       extends Thread\r
1725   {\r
1726     MouseEvent evt;\r
1727     boolean running = false;\r
1728 \r
1729     public ScrollThread()\r
1730     {\r
1731       start();\r
1732     }\r
1733 \r
1734     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1735     {\r
1736       evt = e;\r
1737     }\r
1738 \r
1739     public void stopScrolling()\r
1740     {\r
1741       running = false;\r
1742     }\r
1743 \r
1744     public void run()\r
1745     {\r
1746       running = true;\r
1747 \r
1748       while (running)\r
1749       {\r
1750         if (evt != null)\r
1751         {\r
1752           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1753               (av.getStartSeq() > 0))\r
1754           {\r
1755             running = ap.scrollUp(true);\r
1756           }\r
1757 \r
1758           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1759               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1760           {\r
1761             running = ap.scrollUp(false);\r
1762           }\r
1763 \r
1764           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1765           {\r
1766             running = ap.scrollRight(false);\r
1767           }\r
1768           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1769           {\r
1770             running = ap.scrollRight(true);\r
1771           }\r
1772         }\r
1773 \r
1774         try\r
1775         {\r
1776           Thread.sleep(20);\r
1777         }\r
1778         catch (Exception ex)\r
1779         {\r
1780         }\r
1781       }\r
1782     }\r
1783   }\r
1784 }\r