Check hiddenSequence before placing in tmp
[jalview.git] / src / jalview / gui / SeqPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 import jalview.commands.EditCommand;\r
23 import jalview.schemes.*;\r
24 \r
25 import java.awt.*;\r
26 import java.awt.event.*;\r
27 import javax.swing.*;\r
28 import java.util.Vector;\r
29 \r
30 \r
31 /**\r
32  * DOCUMENT ME!\r
33  *\r
34  * @author $author$\r
35  * @version $Revision$\r
36  */\r
37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
39 \r
40 {\r
41   /** DOCUMENT ME!! */\r
42   public SeqCanvas seqCanvas;\r
43 \r
44   /** DOCUMENT ME!! */\r
45   public AlignmentPanel ap;\r
46   protected int lastres;\r
47   protected int startseq;\r
48   protected AlignViewport av;\r
49 \r
50   ScrollThread scrollThread = null;\r
51   boolean mouseDragging = false;\r
52   boolean editingSeqs = false;\r
53   boolean groupEditing = false;\r
54 \r
55   //////////////////////////////////////////\r
56   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
57   //////////////////////////////////////////\r
58   int oldSeq = -1;\r
59   boolean changeEndSeq = false;\r
60   boolean changeStartSeq = false;\r
61   boolean changeEndRes = false;\r
62   boolean changeStartRes = false;\r
63   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
64   boolean remove = false;\r
65 \r
66   Point lastMousePress;\r
67   boolean mouseWheelPressed = false;\r
68   StringBuffer keyboardNo1;\r
69   StringBuffer keyboardNo2;\r
70 \r
71   java.net.URL linkImageURL;\r
72 \r
73   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
74   String tmpString;\r
75 \r
76   EditCommand editCommand;\r
77 \r
78   /**\r
79    * Creates a new SeqPanel object.\r
80    *\r
81    * @param avp DOCUMENT ME!\r
82    * @param p DOCUMENT ME!\r
83    */\r
84   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
85   {\r
86     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
87     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
88     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
89     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
90     this.av = avp;\r
91     setBackground(Color.white);\r
92 \r
93     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
94     setLayout(new BorderLayout());\r
95     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
96 \r
97     ap = p;\r
98 \r
99     if (!av.isDataset())\r
100     {\r
101       addMouseMotionListener(this);\r
102       addMouseListener(this);\r
103       addMouseWheelListener(this);\r
104     }\r
105   }\r
106 \r
107   int startWrapBlock = -1;\r
108   int wrappedBlock = -1;\r
109   int findRes(MouseEvent evt)\r
110   {\r
111     int res = 0;\r
112     int x = evt.getX();\r
113 \r
114     if (av.wrapAlignment)\r
115     {\r
116 \r
117       int hgap = av.charHeight;\r
118       if (av.scaleAboveWrapped)\r
119         hgap += av.charHeight;\r
120 \r
121       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
122           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
123 \r
124       int y = evt.getY();\r
125       y -= hgap;\r
126       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
127 \r
128       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
129       if (cwidth < 1)\r
130         return 0;\r
131 \r
132       wrappedBlock = y / cHeight;\r
133       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
134 \r
135       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
136 \r
137     }\r
138     else\r
139     {\r
140       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
141     }\r
142 \r
143     if (av.hasHiddenColumns)\r
144       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
145 \r
146     return res;\r
147 \r
148   }\r
149 \r
150   int findSeq(MouseEvent evt)\r
151   {\r
152     int seq = 0;\r
153     int y = evt.getY();\r
154 \r
155     if (av.wrapAlignment)\r
156     {\r
157       int hgap = av.charHeight;\r
158       if (av.scaleAboveWrapped)\r
159         hgap += av.charHeight;\r
160 \r
161       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
162           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
163 \r
164       y -= hgap;\r
165 \r
166       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
167                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
168     }\r
169     else\r
170     {\r
171       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
172                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
173     }\r
174 \r
175     return seq;\r
176   }\r
177 \r
178   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
179   {\r
180     Vector tmp = new Vector();\r
181     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
182 \r
183     if (features != null)\r
184     {\r
185       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
186       {\r
187         if (av.featuresDisplayed == null\r
188             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
189           continue;\r
190 \r
191         if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
192             (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
193         {\r
194           tmp.addElement(features[i]);\r
195         }\r
196       }\r
197     }\r
198 \r
199     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
200     for(int i=0; i<tmp.size(); i++)\r
201     {\r
202       features[i] = (SequenceFeature)tmp.elementAt(i);\r
203     }\r
204 \r
205     return features;\r
206   }\r
207 \r
208    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
209    {\r
210      Vector allFeatures = new Vector();\r
211      int index = 0;\r
212      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
213      {\r
214        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
215        {\r
216          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
217          if (sf.getBegin() <= res &&\r
218              sf.getEnd() >= res)\r
219          {\r
220            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
221            {\r
222              allFeatures.addElement(sf);\r
223            }\r
224          }\r
225          index++;\r
226        }\r
227      }\r
228      return allFeatures;\r
229   }\r
230 \r
231    void endEditing()\r
232    {\r
233      if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
234      {\r
235        ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
236        av.firePropertyChange("alignment", null,\r
237                              av.getAlignment().getSequences());\r
238      }\r
239 \r
240      startseq = -1;\r
241      lastres = -1;\r
242      editingSeqs = false;\r
243      groupEditing = false;\r
244      keyboardNo1 = null;\r
245      keyboardNo2 = null;\r
246      editCommand = null;\r
247     }\r
248 \r
249     void setCursorRow()\r
250     {\r
251       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
252       scrollToVisible();\r
253     }\r
254 \r
255     void setCursorColumn()\r
256     {\r
257       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
258       scrollToVisible();\r
259     }\r
260 \r
261     void setCursorRowAndColumn()\r
262     {\r
263       if(keyboardNo2==null)\r
264       {\r
265         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
266       }\r
267       else\r
268       {\r
269         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
270         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
271         scrollToVisible();\r
272       }\r
273     }\r
274 \r
275     void setCursorPosition()\r
276     {\r
277       SequenceI sequence =\r
278           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
279 \r
280       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
281           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
282           );\r
283       scrollToVisible();\r
284     }\r
285 \r
286     void moveCursor(int dx, int dy)\r
287     {\r
288       seqCanvas.cursorX += dx;\r
289       seqCanvas.cursorY += dy;\r
290       scrollToVisible();\r
291     }\r
292 \r
293     void scrollToVisible()\r
294     {\r
295       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
296         seqCanvas.cursorX = 0;\r
297       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
298         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
299 \r
300       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
301         seqCanvas.cursorY = 0;\r
302       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
303         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
304 \r
305 \r
306       endEditing();\r
307       if(av.wrapAlignment)\r
308       {\r
309         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
310       }\r
311       else\r
312       {\r
313         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
314         {\r
315           ap.scrollUp(true);\r
316         }\r
317         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
318         {\r
319           ap.scrollUp(false);\r
320         }\r
321         if (!av.wrapAlignment)\r
322         {\r
323           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
324           {\r
325             if (!ap.scrollRight(false))\r
326               break;\r
327           }\r
328           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
329           {\r
330             if (!ap.scrollRight(true))\r
331               break;\r
332           }\r
333         }\r
334       }\r
335       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
336                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
337 \r
338       seqCanvas.repaint();\r
339     }\r
340 \r
341     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
342     {\r
343       SequenceI sequence =\r
344           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
345 \r
346       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
347       {\r
348         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
349         //Find the top and bottom of this group\r
350         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
351         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
352         {\r
353           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
354           if(index > max)\r
355             max = index;\r
356           if(index < min)\r
357             min = index;\r
358         }\r
359 \r
360         max ++;\r
361 \r
362         if(topLeft)\r
363         {\r
364           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
365           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
366             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
367 \r
368           min = seqCanvas.cursorY;\r
369         }\r
370         else\r
371         {\r
372           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
373           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
374             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
375 \r
376           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
377         }\r
378 \r
379         if(min>max)\r
380         {\r
381           // Only the user can do this\r
382           av.setSelectionGroup(null);\r
383         }\r
384         else\r
385         {\r
386           // Now add any sequences between min and max\r
387           sg.getSequences(false).clear();\r
388           for (int i = min; i < max; i++)\r
389           {\r
390             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
391           }\r
392         }\r
393       }\r
394 \r
395       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
396       {\r
397         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
398         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
399         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
400         sg.addSequence(sequence, false);\r
401         av.setSelectionGroup(sg);\r
402       }\r
403 \r
404 \r
405       ap.repaint();\r
406     }\r
407 \r
408     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
409     {\r
410       groupEditing = group;\r
411       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
412       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
413       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
414       endEditing();\r
415     }\r
416 \r
417     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
418     {\r
419       groupEditing = group;\r
420       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
421       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
422       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
423       endEditing();\r
424     }\r
425 \r
426     void numberPressed(char value)\r
427     {\r
428       if(keyboardNo1==null)\r
429         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
430 \r
431       if(keyboardNo2!=null)\r
432         keyboardNo2.append(value);\r
433       else\r
434         keyboardNo1.append(value);\r
435     }\r
436 \r
437     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
438     {\r
439       if(kb==null)\r
440         return 1;\r
441       else\r
442         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
443     }\r
444 \r
445 \r
446     /**\r
447      * DOCUMENT ME!\r
448      *\r
449      * @param evt DOCUMENT ME!\r
450      */\r
451     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
452     {\r
453       mouseDragging = false;\r
454       mouseWheelPressed = false;\r
455 \r
456       if (!editingSeqs)\r
457       {\r
458          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
459          return;\r
460       }\r
461 \r
462        endEditing();\r
463 \r
464        ap.repaint();\r
465     }\r
466 \r
467 \r
468 \r
469     /**\r
470      * DOCUMENT ME!\r
471      *\r
472      * @param evt DOCUMENT ME!\r
473      */\r
474     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
475     {\r
476       lastMousePress = evt.getPoint();\r
477 \r
478       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
479       {\r
480         mouseWheelPressed = true;\r
481         return;\r
482       }\r
483 \r
484       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
485           evt.isControlDown())\r
486       {\r
487         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
488         {\r
489           groupEditing = true;\r
490         }\r
491         editingSeqs = true;\r
492       }\r
493       else\r
494       {\r
495         doMousePressedDefineMode(evt);\r
496         return;\r
497       }\r
498 \r
499       int seq = findSeq(evt);\r
500       int res = findRes(evt);\r
501 \r
502       if(seq<0 || res<0)\r
503         return;\r
504 \r
505         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
506                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
507         {\r
508             startseq = seq;\r
509             lastres = res;\r
510         }\r
511         else\r
512         {\r
513             startseq = -1;\r
514             lastres = -1;\r
515         }\r
516 \r
517         return;\r
518     }\r
519 \r
520     /**\r
521      * DOCUMENT ME!\r
522      *\r
523      * @param evt DOCUMENT ME!\r
524      */\r
525     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
526     {\r
527       if (editingSeqs)\r
528       {\r
529        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
530        // If control is down, other platforms will not.\r
531        mouseDragged(evt);\r
532       }\r
533 \r
534       int res = findRes(evt);\r
535       int seq = findSeq(evt);\r
536 \r
537 \r
538       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
539             return;\r
540 \r
541       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
542 \r
543       if (res > sequence.getLength())\r
544       {\r
545         return;\r
546       }\r
547 \r
548       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
549       {\r
550         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
551       }\r
552 \r
553       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
554 \r
555         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
556         if (av.showSequenceFeatures)\r
557         {\r
558             tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
559 \r
560             SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
561                 sequence.getDatasetSequence(), res);\r
562 \r
563             if(features!=null)\r
564             {\r
565               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
566               {\r
567                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
568                   {\r
569                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
570                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
571                     {\r
572                       if (tooltipText.length() > 6)\r
573                         tooltipText.append("<br>");\r
574                       tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
575                                      features[i].getEnd());\r
576                       if (features[i].links != null)\r
577                       tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
578                     }\r
579                   }\r
580                   else\r
581                   {\r
582                     if (tooltipText.length() > 6)\r
583                       tooltipText.append("<br>");\r
584 \r
585                     tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
586                                    features[i].begin);\r
587                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
588                       tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
589 \r
590                     if (features[i].getDescription() != null\r
591                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
592                     {\r
593                       tmpString = features[i].getDescription();\r
594                       int startTag=tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
595                       if(startTag>-1)\r
596                       {\r
597                         tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
598                       }\r
599                       int endTag=tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
600                       if(endTag>-1)\r
601                       {\r
602                         tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
603                       }\r
604                       endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
605                       if(endTag>-1)\r
606                       {\r
607                         tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
608                       }\r
609 \r
610                       if(startTag>-1)\r
611                       {\r
612                         tooltipText.append("; " + tmpString);\r
613                       }\r
614                       else\r
615                       {\r
616                        if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
617                        {\r
618                          //The description does not specify html is to\r
619                          //be used, so we must remove < > symbols\r
620                          tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
621                          tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
622 \r
623                          tooltipText.append("; ");\r
624                          tooltipText.append(tmpString);\r
625 \r
626                        }\r
627                        else\r
628                          tooltipText.append("; "+tmpString);\r
629                       }\r
630                     }\r
631                     if (features[i].getValue("status") != null )\r
632                     {\r
633                       String status = features[i].getValue("status").toString();\r
634                       if(status.length()>0)\r
635                         tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
636                     }\r
637 \r
638                     if (features[i].links != null)\r
639                       tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
640 \r
641                   }\r
642 \r
643                // else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
644                 {\r
645                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
646                   //                   + features[i].getType()+" "\r
647                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
648 \r
649                 }\r
650               }\r
651 \r
652 \r
653               if(tooltipText.length()==6) // <html></html>\r
654               {\r
655 \r
656                 setToolTipText("");\r
657               }\r
658               else\r
659               {\r
660                 tooltipText.append("</html>");\r
661                 setToolTipText(tooltipText.toString());\r
662               }\r
663             }\r
664             else\r
665               setToolTipText("");\r
666         }\r
667     }\r
668 \r
669     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
670     {\r
671       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
672                                            sequence.getName());\r
673 \r
674       Object obj = null;\r
675       if (av.alignment.isNucleotide())\r
676       {\r
677         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
678                                                    "");\r
679         if (obj != null)\r
680           text.append(" Nucleotide: ");\r
681       }\r
682       else\r
683       {\r
684         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
685         if (obj != null)\r
686           text.append("  Residue: ");\r
687       }\r
688 \r
689       if (obj != null)\r
690       {\r
691 \r
692         if (obj != "")\r
693         {\r
694           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
695                       ")");\r
696         }\r
697       }\r
698       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
699 \r
700     }\r
701 \r
702     /**\r
703      * DOCUMENT ME!\r
704      *\r
705      * @param evt DOCUMENT ME!\r
706      */\r
707     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
708     {\r
709       if (mouseWheelPressed)\r
710       {\r
711         int oldWidth = av.charWidth;\r
712 \r
713         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
714         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
715             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
716         {\r
717           int fontSize = av.font.getSize();\r
718 \r
719           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
720           {\r
721             fontSize--;\r
722           }\r
723           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
724           {\r
725             fontSize++;\r
726           }\r
727 \r
728           if(fontSize<1)\r
729             fontSize = 1;\r
730 \r
731           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
732           av.charWidth = oldWidth;\r
733           ap.fontChanged();\r
734         }\r
735         else\r
736         {\r
737           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
738           {\r
739             av.charWidth--;\r
740           }\r
741           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
742           {\r
743             av.charWidth++;\r
744           }\r
745 \r
746           ap.repaint();\r
747         }\r
748 \r
749         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
750         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
751 \r
752         lastMousePress = evt.getPoint();\r
753 \r
754         return;\r
755       }\r
756 \r
757       if (!editingSeqs)\r
758       {\r
759         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
760         return;\r
761       }\r
762 \r
763         int res = findRes(evt);\r
764 \r
765         if (res < 0)\r
766         {\r
767             res = 0;\r
768         }\r
769 \r
770         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
771         {\r
772             return;\r
773         }\r
774 \r
775         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
776         {\r
777           // dragLeft, delete gap\r
778           editSequence(false, res);\r
779         }\r
780         else\r
781           editSequence(true, res);\r
782 \r
783         mouseDragging = true;\r
784         if(scrollThread!=null)\r
785           scrollThread.setEvent(evt);\r
786 \r
787     }\r
788 \r
789     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
790     {\r
791       int fixedLeft = -1;\r
792       int fixedRight = -1;\r
793       boolean fixedColumns = false;\r
794       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
795 \r
796 \r
797         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
798         {\r
799           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
800           {\r
801             groupEditing = true;\r
802           }\r
803         }\r
804 \r
805         //No group, but the sequence may represent a group\r
806         if (groupEditing\r
807             && sg == null\r
808             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
809         {\r
810           groupEditing = false;\r
811         }\r
812 \r
813         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
814         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
815         if (groupEditing)\r
816         {\r
817           message.append("Edit group:");\r
818           if (editCommand == null)\r
819             editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
820         }\r
821         else\r
822          {\r
823            message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
824            String label = seq.getName();\r
825            if(label.length()>10)\r
826              label = label.substring(0,10);\r
827            if(editCommand==null)\r
828              editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
829          }\r
830 \r
831        if(insertGap)\r
832          message.append(" insert ");\r
833        else\r
834          message.append(" delete ");\r
835 \r
836        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
837        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
838 \r
839 \r
840         //Are we editing within a selection group?\r
841         if (groupEditing\r
842             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
843         {\r
844           fixedColumns = true;\r
845 \r
846           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
847           //but the sequence represents a group\r
848           if (sg == null)\r
849           {\r
850             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
851                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
852             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
853           }\r
854 \r
855           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
856           fixedRight = sg.getEndRes();\r
857 \r
858           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
859               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
860               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
861               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
862           {\r
863             endEditing();\r
864             return;\r
865           }\r
866 \r
867           if (fixedLeft > startres)\r
868           {\r
869             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
870             fixedLeft = 0;\r
871           }\r
872           else if (fixedRight < startres)\r
873           {\r
874             fixedLeft = fixedRight;\r
875             fixedRight = -1;\r
876           }\r
877         }\r
878 \r
879 \r
880         if(av.hasHiddenColumns )\r
881         {\r
882             fixedColumns = true;\r
883             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
884             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
885 \r
886             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
887                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
888             {\r
889               endEditing();\r
890               return;\r
891             }\r
892 \r
893             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
894             //Selection spans a hidden region\r
895             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
896             {\r
897               if(startres>=y2)\r
898               {\r
899                 fixedLeft = y2;\r
900               }\r
901               else\r
902               {\r
903                fixedRight = y2 - 1;\r
904              }\r
905             }\r
906         }\r
907 \r
908 \r
909         if (groupEditing)\r
910         {\r
911           Vector vseqs = sg.getSequences(true);\r
912           int g, groupSize = vseqs.size();\r
913           SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
914           for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
915             groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
916 \r
917           // drag to right\r
918           if (insertGap)\r
919           {\r
920               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
921               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
922               if(   sg.getStartRes() == 0\r
923                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
924                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
925                  )\r
926               {\r
927                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
928                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
929               }\r
930 \r
931             // Is it valid with fixed columns??\r
932             // Find the next gap before the end\r
933             // of the visible region boundary\r
934             boolean blank = false;\r
935             for (fixedRight = fixedRight;\r
936                  fixedRight > lastres;\r
937                  fixedRight--)\r
938             {\r
939               blank = true;\r
940 \r
941               for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
942               {\r
943                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
944                 {\r
945                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
946                       groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
947                   {\r
948                     blank = false;\r
949                     break;\r
950                   }\r
951                 }\r
952               }\r
953               if (blank)\r
954                 break;\r
955             }\r
956 \r
957             if (!blank)\r
958             {\r
959               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
960               {\r
961                 if((av.hasHiddenColumns\r
962                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
963                 {\r
964                   endEditing();\r
965                   return;\r
966                 }\r
967 \r
968                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
969                 if(av.hasHiddenRows)\r
970                 {\r
971                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
972                   if(hwidth>alWidth)\r
973                     alWidth = hwidth;\r
974                 }\r
975                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
976                 //contains all the sequences\r
977                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
978                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
979               }\r
980               else\r
981               {\r
982                 endEditing();\r
983                 return;\r
984               }\r
985             }\r
986           }\r
987 \r
988 \r
989           // drag to left\r
990           else if(!insertGap)\r
991           {\r
992             /// Are we able to delete?\r
993             // ie are all columns blank?\r
994 \r
995             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
996             {\r
997               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
998               {\r
999                 if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1000                 {\r
1001                   continue;\r
1002                 }\r
1003 \r
1004                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1005                     groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1006                 {\r
1007                   // Not a gap, block edit not valid\r
1008                   endEditing();\r
1009                   return;\r
1010                 }\r
1011               }\r
1012             }\r
1013           }\r
1014 \r
1015             if (insertGap)\r
1016             {\r
1017               // dragging to the right\r
1018               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1019               {\r
1020                 for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1021                 {\r
1022                     insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1023                 }\r
1024               }\r
1025               else\r
1026               {\r
1027                 editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1028                                        groupSeqs,\r
1029                                        startres, startres-lastres,\r
1030                                        av.getGapCharacter(),\r
1031                                        true);\r
1032               }\r
1033             }\r
1034             else\r
1035             {\r
1036               // dragging to the left\r
1037               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1038               {\r
1039                 for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1040                 {\r
1041                   deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1042                 }\r
1043               }\r
1044               else\r
1045                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1046                                        groupSeqs,\r
1047                                        startres, lastres - startres,\r
1048                                        av.getGapCharacter(),\r
1049                                        true);\r
1050 \r
1051             }\r
1052         }\r
1053         else /////Editing a single sequence///////////\r
1054         {\r
1055           if (insertGap)\r
1056           {\r
1057             // dragging to the right\r
1058             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1059             {\r
1060               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1061               {\r
1062                 insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1063               }\r
1064             }\r
1065             else\r
1066             {\r
1067               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1068                                      new SequenceI[]\r
1069                                      {seq},\r
1070                                      lastres, startres-lastres,\r
1071                                      av.getGapCharacter(),\r
1072                                      true);\r
1073             }\r
1074           }\r
1075           else\r
1076           {\r
1077             // dragging to the left\r
1078             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1079             {\r
1080               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1081               {\r
1082                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1083                 {\r
1084                   endEditing();\r
1085                   break;\r
1086                 }\r
1087                 deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1088               }\r
1089             }\r
1090             else\r
1091             {\r
1092               //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1093               int max=0;\r
1094               for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1095               {\r
1096                 if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1097                   break;\r
1098                 max++;\r
1099               }\r
1100 \r
1101               if (max>0)\r
1102               {\r
1103                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1104                                        new SequenceI[]\r
1105                                        {seq},\r
1106                                        startres, max,\r
1107                                        av.getGapCharacter(),\r
1108                                        true);\r
1109               }\r
1110             }\r
1111           }\r
1112         }\r
1113 \r
1114         lastres = startres;\r
1115         seqCanvas.repaint();\r
1116     }\r
1117 \r
1118 \r
1119 \r
1120     void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1121     {\r
1122       int blankColumn = fixedColumn;\r
1123       for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1124       {\r
1125         //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1126         //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1127 \r
1128         for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1129         {\r
1130           if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1131           {\r
1132             //Theres a space, so break and insert the gap\r
1133             break;\r
1134           }\r
1135         }\r
1136 \r
1137         if (blankColumn <= j)\r
1138         {\r
1139           blankColumn = fixedColumn;\r
1140           endEditing();\r
1141           return;\r
1142         }\r
1143       }\r
1144 \r
1145       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1146                              seq,\r
1147                              blankColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1148 \r
1149       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1150                              seq,\r
1151                              j, 1, av.getGapCharacter(),\r
1152                              true);\r
1153 \r
1154     }\r
1155 \r
1156     void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1157     {\r
1158 \r
1159       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1160                              seq,\r
1161                              j, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1162 \r
1163       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1164                              seq,\r
1165                              fixedColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1166     }\r
1167 \r
1168     /**\r
1169      * DOCUMENT ME!\r
1170      *\r
1171      * @param e DOCUMENT ME!\r
1172      */\r
1173     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1174     {\r
1175         if(oldSeq < 0)\r
1176           oldSeq = 0;\r
1177 \r
1178         if (scrollThread != null)\r
1179         {\r
1180             scrollThread.running = false;\r
1181             scrollThread = null;\r
1182         }\r
1183     }\r
1184 \r
1185     /**\r
1186      * DOCUMENT ME!\r
1187      *\r
1188      * @param e DOCUMENT ME!\r
1189      */\r
1190     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1191     {\r
1192         if (av.getWrapAlignment())\r
1193         {\r
1194             return;\r
1195         }\r
1196 \r
1197         if (mouseDragging)\r
1198         {\r
1199             scrollThread = new ScrollThread();\r
1200         }\r
1201     }\r
1202 \r
1203     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1204     {\r
1205       if(evt.getClickCount()>1)\r
1206       {\r
1207 \r
1208         SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1209             av.alignment.getSequenceAt( findSeq(evt) ).getDatasetSequence(),\r
1210             findRes(evt)\r
1211             );\r
1212         for(int f=0; f<features.length; f++)\r
1213           System.out.println("SELECT: "+features[f].getType()+" "\r
1214       +features[f].getBegin()+" "+features[f].getEnd());\r
1215 \r
1216       }\r
1217     }\r
1218 \r
1219     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1220     {\r
1221       e.consume();\r
1222      /* if (mouseWheelPressed)\r
1223       {\r
1224         Font font = av.getFont();\r
1225         int fontSize = font.getSize();\r
1226         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1227           fontSize++;\r
1228         else if (fontSize > 1)\r
1229           fontSize--;\r
1230 \r
1231 \r
1232 \r
1233         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1234 \r
1235         ap.fontChanged();\r
1236       }\r
1237       else*/\r
1238       {\r
1239         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1240           ap.scrollUp(false);\r
1241         else\r
1242           ap.scrollUp(true);\r
1243       }\r
1244 \r
1245     }\r
1246 \r
1247 \r
1248     /**\r
1249      * DOCUMENT ME!\r
1250      *\r
1251      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1252      */\r
1253     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1254     {\r
1255       int res = findRes(evt);\r
1256       int seq = findSeq(evt);\r
1257       oldSeq = seq;\r
1258 \r
1259       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1260 \r
1261       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1262       {\r
1263           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1264               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1265               "Wrapped view - no edit",\r
1266               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1267           return;\r
1268       }\r
1269 \r
1270       if(seq<0 || res<0)\r
1271             return;\r
1272 \r
1273         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1274 \r
1275         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1276         {\r
1277             return;\r
1278         }\r
1279 \r
1280         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1281 \r
1282         if (stretchGroup == null)\r
1283         {\r
1284             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1285 \r
1286             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1287                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1288             {\r
1289                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1290             }\r
1291             else\r
1292             {\r
1293                 stretchGroup = null;\r
1294             }\r
1295         }\r
1296         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1297                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1298                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1299         {\r
1300             stretchGroup = null;\r
1301 \r
1302             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1303 \r
1304             if (allGroups != null)\r
1305             {\r
1306                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1307                 {\r
1308                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1309                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1310                     {\r
1311                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1312                         break;\r
1313                     }\r
1314                 }\r
1315             }\r
1316 \r
1317             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1318 \r
1319         }\r
1320 \r
1321 \r
1322         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1323         {\r
1324           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1325                                                   sequence.findPosition(res));\r
1326           Vector links = new Vector();\r
1327             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1328             {\r
1329               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1330               if (sf.links != null)\r
1331               {\r
1332                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1333                 {\r
1334                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1335                 }\r
1336               }\r
1337             }\r
1338 \r
1339             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1340             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1341             return;\r
1342         }\r
1343 \r
1344         if (av.cursorMode)\r
1345         {\r
1346           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1347           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1348           seqCanvas.repaint();\r
1349           return;\r
1350         }\r
1351 \r
1352         if (stretchGroup == null)\r
1353         {\r
1354           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1355 \r
1356           // define a new group here\r
1357           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1358           sg.setStartRes(res);\r
1359           sg.setEndRes(res);\r
1360           sg.addSequence(sequence, false);\r
1361           av.setSelectionGroup(sg);\r
1362           stretchGroup = sg;\r
1363 \r
1364           if (av.getConservationSelected())\r
1365           {\r
1366             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1367                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1368                                               "Background");\r
1369           }\r
1370 \r
1371           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1372           {\r
1373             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1374                                            "Background");\r
1375           }\r
1376           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1377           {\r
1378             // Edit end res position of selected group\r
1379             changeEndRes = true;\r
1380           }\r
1381           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1382                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1383           {\r
1384             // Edit end res position of selected group\r
1385             changeStartRes = true;\r
1386           }\r
1387           stretchGroup.getWidth();\r
1388         }\r
1389 \r
1390         seqCanvas.repaint();\r
1391     }\r
1392 \r
1393     /**\r
1394      * DOCUMENT ME!\r
1395      *\r
1396      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1397      */\r
1398     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1399     {\r
1400         if (stretchGroup == null)\r
1401         {\r
1402             return;\r
1403         }\r
1404 \r
1405 \r
1406         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1407         {\r
1408           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1409           {\r
1410             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1411                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1412                 stretchGroup.getWidth());\r
1413           }\r
1414 \r
1415           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1416           {\r
1417             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1418                                               stretchGroup.getName());\r
1419             stretchGroup.recalcConservation();\r
1420           }\r
1421           else\r
1422           {\r
1423             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1424                                            stretchGroup.getName());\r
1425           }\r
1426         }\r
1427         changeEndRes = false;\r
1428         changeStartRes = false;\r
1429         stretchGroup = null;\r
1430 \r
1431         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1432     }\r
1433 \r
1434     /**\r
1435      * DOCUMENT ME!\r
1436      *\r
1437      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1438      */\r
1439     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1440     {\r
1441       int res = findRes(evt);\r
1442       int y = findSeq(evt);\r
1443 \r
1444       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1445         return;\r
1446 \r
1447        if (stretchGroup == null)\r
1448        {\r
1449             return;\r
1450        }\r
1451 \r
1452         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1453         {\r
1454           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1455         }\r
1456 \r
1457         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1458         {\r
1459             // Edit end res position of selected group\r
1460             changeEndRes = true;\r
1461         }\r
1462         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1463         {\r
1464             // Edit start res position of selected group\r
1465             changeStartRes = true;\r
1466         }\r
1467 \r
1468         if (res < av.getStartRes())\r
1469         {\r
1470             res = av.getStartRes();\r
1471         }\r
1472 \r
1473         if (changeEndRes)\r
1474         {\r
1475             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1476             {\r
1477                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1478             }\r
1479         }\r
1480         else if (changeStartRes)\r
1481         {\r
1482             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1483             {\r
1484                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1485             }\r
1486         }\r
1487 \r
1488         int dragDirection = 0;\r
1489 \r
1490         if (y > oldSeq)\r
1491         {\r
1492             dragDirection = 1;\r
1493         }\r
1494         else if (y < oldSeq)\r
1495         {\r
1496             dragDirection = -1;\r
1497         }\r
1498 \r
1499 \r
1500         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1501         {\r
1502             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1503             // selection is quite slow.\r
1504             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1505 \r
1506             oldSeq += dragDirection;\r
1507 \r
1508             if(oldSeq<0)\r
1509               break;\r
1510 \r
1511             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1512 \r
1513             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1514             {\r
1515                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1516             }\r
1517             else\r
1518             {\r
1519                 if (seq != null)\r
1520                 {\r
1521                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1522                 }\r
1523 \r
1524                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1525             }\r
1526         }\r
1527 \r
1528         if(oldSeq < 0)\r
1529           oldSeq = -1;\r
1530 \r
1531         mouseDragging = true;\r
1532 \r
1533         if (scrollThread != null)\r
1534         {\r
1535             scrollThread.setEvent(evt);\r
1536         }\r
1537 \r
1538         seqCanvas.repaint();\r
1539     }\r
1540 \r
1541     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1542     {\r
1543       if(evt==null)\r
1544       {\r
1545         if(scrollThread!=null)\r
1546         {\r
1547           scrollThread.running = false;\r
1548           scrollThread = null;\r
1549         }\r
1550         mouseDragging = false;\r
1551       }\r
1552       else\r
1553       {\r
1554         if (scrollThread == null)\r
1555           scrollThread = new ScrollThread();\r
1556 \r
1557         mouseDragging = true;\r
1558         scrollThread.setEvent(evt);\r
1559       }\r
1560 \r
1561     }\r
1562 \r
1563 \r
1564     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1565     class ScrollThread extends Thread\r
1566     {\r
1567         MouseEvent evt;\r
1568         boolean running = false;\r
1569 \r
1570         public ScrollThread()\r
1571         {\r
1572             start();\r
1573         }\r
1574 \r
1575         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1576         {\r
1577             evt = e;\r
1578         }\r
1579 \r
1580         public void stopScrolling()\r
1581         {\r
1582             running = false;\r
1583         }\r
1584 \r
1585         public void run()\r
1586         {\r
1587             running = true;\r
1588 \r
1589             while (running)\r
1590             {\r
1591                 if (evt != null)\r
1592                 {\r
1593                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1594                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1595                     {\r
1596                         running = ap.scrollUp(true);\r
1597                     }\r
1598 \r
1599                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1600                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1601                     {\r
1602                         running = ap.scrollUp(false);\r
1603                     }\r
1604 \r
1605                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1606                     {\r
1607                         running = ap.scrollRight(false);\r
1608                     }\r
1609                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1610                     {\r
1611                         running = ap.scrollRight(true);\r
1612                     }\r
1613                 }\r
1614 \r
1615                 try\r
1616                 {\r
1617                     Thread.sleep(20);\r
1618                 }\r
1619                 catch (Exception ex)\r
1620                 {\r
1621                 }\r
1622             }\r
1623         }\r
1624     }\r
1625 }\r