src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import jalview.commands.EditCommand;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41   /** DOCUMENT ME!! */\r
  42   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44   /** DOCUMENT ME!! */\r
  45   public AlignmentPanel ap;\r
  46   protected int lastres;\r
  47   protected int startseq;\r
  48   protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50   ScrollThread scrollThread = null;\r
  51   boolean mouseDragging = false;\r
  52   boolean editingSeqs = false;\r
  53   boolean groupEditing = false;\r
  54 \r
  55   //////////////////////////////////////////\r
  56   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   int oldSeq = -1;\r
  59   boolean changeEndSeq = false;\r
  60   boolean changeStartSeq = false;\r
  61   boolean changeEndRes = false;\r
  62   boolean changeStartRes = false;\r
  63   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  64   boolean remove = false;\r
  65 \r
  66   Point lastMousePress;\r
  67   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  68   StringBuffer keyboardNo1;\r
  69   StringBuffer keyboardNo2;\r
  70 \r
  71   java.net.URL linkImageURL;\r
  72 \r
  73   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  74   String tmpString;\r
  75 \r
  76   EditCommand editCommand;\r
  77 \r
  78   /**\r
  79    * Creates a new SeqPanel object.\r
  80    *\r
  81    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  82    * @param p DOCUMENT ME!\r
  83    */\r
  84   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  85   {\r
  86     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  87     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  88     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  89     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  90     this.av = avp;\r
  91     setBackground(Color.white);\r
  92 \r
  93     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  94     setLayout(new BorderLayout());\r
  95     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  96 \r
  97     ap = p;\r
  98 \r
  99     if (!av.isDataset())\r
 100     {\r
 101       addMouseMotionListener(this);\r
 102       addMouseListener(this);\r
 103       addMouseWheelListener(this);\r
 104     }\r
 105   }\r
 106 \r
 107   int startWrapBlock = -1;\r
 108   int wrappedBlock = -1;\r
 109   int findRes(MouseEvent evt)\r
 110   {\r
 111     int res = 0;\r
 112     int x = evt.getX();\r
 113 \r
 114     if (av.wrapAlignment)\r
 115     {\r
 116 \r
 117       int hgap = av.charHeight;\r
 118       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 119         hgap += av.charHeight;\r
 120 \r
 121       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 122           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 123 \r
 124       int y = evt.getY();\r
 125       y -= hgap;\r
 126       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 127 \r
 128       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129       if (cwidth < 1)\r
 130         return 0;\r
 131 \r
 132       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 133       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 134 \r
 135       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 136 \r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if (av.hasHiddenColumns)\r
 144       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 145 \r
 146     return res;\r
 147 \r
 148   }\r
 149 \r
 150   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 151   {\r
 152     int seq = 0;\r
 153     int y = evt.getY();\r
 154 \r
 155     if (av.wrapAlignment)\r
 156     {\r
 157       int hgap = av.charHeight;\r
 158       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 159         hgap += av.charHeight;\r
 160 \r
 161       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 162           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 163 \r
 164       y -= hgap;\r
 165 \r
 166       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 167                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 172                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 173     }\r
 174 \r
 175     return seq;\r
 176   }\r
 177 \r
 178   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 179   {\r
 180     Vector tmp = new Vector();\r
 181     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 182 \r
 183     if (features != null)\r
 184     {\r
 185       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 186       {\r
 187         if (av.featuresDisplayed == null\r
 188             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 189           continue;\r
 190 \r
 191         if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 192             (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 193         {\r
 194           tmp.addElement(features[i]);\r
 195         }\r
 196       }\r
 197     }\r
 198 \r
 199     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 200     for(int i=0; i<tmp.size(); i++)\r
 201     {\r
 202       features[i] = (SequenceFeature)tmp.elementAt(i);\r
 203     }\r
 204 \r
 205     return features;\r
 206   }\r
 207 \r
 208    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 209    {\r
 210      Vector allFeatures = new Vector();\r
 211      int index = 0;\r
 212      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 213      {\r
 214        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 215        {\r
 216          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 217          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 218              sf.getEnd() >= res)\r
 219          {\r
 220            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 221            {\r
 222              allFeatures.addElement(sf);\r
 223            }\r
 224          }\r
 225          index++;\r
 226        }\r
 227      }\r
 228      return allFeatures;\r
 229   }\r
 230 \r
 231    void endEditing()\r
 232    {\r
 233      if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
 234      {\r
 235        ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 236        av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 237                              av.getAlignment().getSequences());\r
 238      }\r
 239 \r
 240      startseq = -1;\r
 241      lastres = -1;\r
 242      editingSeqs = false;\r
 243      groupEditing = false;\r
 244      keyboardNo1 = null;\r
 245      keyboardNo2 = null;\r
 246      editCommand = null;\r
 247     }\r
 248 \r
 249     void setCursorRow()\r
 250     {\r
 251       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 252       scrollToVisible();\r
 253     }\r
 254 \r
 255     void setCursorColumn()\r
 256     {\r
 257       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 258       scrollToVisible();\r
 259     }\r
 260 \r
 261     void setCursorRowAndColumn()\r
 262     {\r
 263       if(keyboardNo2==null)\r
 264       {\r
 265         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 266       }\r
 267       else\r
 268       {\r
 269         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 270         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 271         scrollToVisible();\r
 272       }\r
 273     }\r
 274 \r
 275     void setCursorPosition()\r
 276     {\r
 277       SequenceI sequence =\r
 278           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 279 \r
 280       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 281           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 282           );\r
 283       scrollToVisible();\r
 284     }\r
 285 \r
 286     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 287     {\r
 288       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 289       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 290       scrollToVisible();\r
 291     }\r
 292 \r
 293     void scrollToVisible()\r
 294     {\r
 295       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 296         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 297       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 298         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 299 \r
 300       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 301         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 302       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 303         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 304 \r
 305 \r
 306       endEditing();\r
 307       if(av.wrapAlignment)\r
 308       {\r
 309         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 310       }\r
 311       else\r
 312       {\r
 313         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 314         {\r
 315           ap.scrollUp(true);\r
 316         }\r
 317         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 318         {\r
 319           ap.scrollUp(false);\r
 320         }\r
 321         if (!av.wrapAlignment)\r
 322         {\r
 323           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 324           {\r
 325             if (!ap.scrollRight(false))\r
 326               break;\r
 327           }\r
 328           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 329           {\r
 330             if (!ap.scrollRight(true))\r
 331               break;\r
 332           }\r
 333         }\r
 334       }\r
 335       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 336                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 337 \r
 338       seqCanvas.repaint();\r
 339     }\r
 340 \r
 341     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 342     {\r
 343       SequenceI sequence =\r
 344           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 345 \r
 346       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 347       {\r
 348         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 349         //Find the top and bottom of this group\r
 350         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 351         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 352         {\r
 353           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 354           if(index > max)\r
 355             max = index;\r
 356           if(index < min)\r
 357             min = index;\r
 358         }\r
 359 \r
 360         max ++;\r
 361 \r
 362         if(topLeft)\r
 363         {\r
 364           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 365           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 366             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 367 \r
 368           min = seqCanvas.cursorY;\r
 369         }\r
 370         else\r
 371         {\r
 372           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 373           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 374             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 375 \r
 376           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 377         }\r
 378 \r
 379         if(min>max)\r
 380         {\r
 381           // Only the user can do this\r
 382           av.setSelectionGroup(null);\r
 383         }\r
 384         else\r
 385         {\r
 386           // Now add any sequences between min and max\r
 387           sg.getSequences(false).clear();\r
 388           for (int i = min; i < max; i++)\r
 389           {\r
 390             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 391           }\r
 392         }\r
 393       }\r
 394 \r
 395       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 396       {\r
 397         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 398         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 399         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 400         sg.addSequence(sequence, false);\r
 401         av.setSelectionGroup(sg);\r
 402       }\r
 403 \r
 404 \r
 405       ap.repaint();\r
 406     }\r
 407 \r
 408     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 409     {\r
 410       groupEditing = group;\r
 411       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 412       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 413       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 414       endEditing();\r
 415     }\r
 416 \r
 417     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 418     {\r
 419       groupEditing = group;\r
 420       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 421       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 422       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 423       endEditing();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     void numberPressed(char value)\r
 427     {\r
 428       if(keyboardNo1==null)\r
 429         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 430 \r
 431       if(keyboardNo2!=null)\r
 432         keyboardNo2.append(value);\r
 433       else\r
 434         keyboardNo1.append(value);\r
 435     }\r
 436 \r
 437     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 438     {\r
 439       if(kb==null)\r
 440         return 1;\r
 441       else\r
 442         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 443     }\r
 444 \r
 445 \r
 446     /**\r
 447      * DOCUMENT ME!\r
 448      *\r
 449      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 450      */\r
 451     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 452     {\r
 453       mouseDragging = false;\r
 454       mouseWheelPressed = false;\r
 455 \r
 456       if (!editingSeqs)\r
 457       {\r
 458          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 459          return;\r
 460       }\r
 461 \r
 462        endEditing();\r
 463 \r
 464        ap.repaint();\r
 465     }\r
 466 \r
 467 \r
 468 \r
 469     /**\r
 470      * DOCUMENT ME!\r
 471      *\r
 472      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 473      */\r
 474     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 475     {\r
 476       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 477 \r
 478       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 479       {\r
 480         mouseWheelPressed = true;\r
 481         return;\r
 482       }\r
 483 \r
 484       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 485           evt.isControlDown())\r
 486       {\r
 487         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 488         {\r
 489           groupEditing = true;\r
 490         }\r
 491         editingSeqs = true;\r
 492       }\r
 493       else\r
 494       {\r
 495         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 496         return;\r
 497       }\r
 498 \r
 499       int seq = findSeq(evt);\r
 500       int res = findRes(evt);\r
 501 \r
 502       if(seq<0 || res<0)\r
 503         return;\r
 504 \r
 505         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 506                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 507         {\r
 508             startseq = seq;\r
 509             lastres = res;\r
 510         }\r
 511         else\r
 512         {\r
 513             startseq = -1;\r
 514             lastres = -1;\r
 515         }\r
 516 \r
 517         return;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     /**\r
 521      * DOCUMENT ME!\r
 522      *\r
 523      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 524      */\r
 525     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 526     {\r
 527       if (editingSeqs)\r
 528       {\r
 529        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 530        // If control is down, other platforms will not.\r
 531        mouseDragged(evt);\r
 532       }\r
 533 \r
 534       int res = findRes(evt);\r
 535       int seq = findSeq(evt);\r
 536 \r
 537 \r
 538       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 539             return;\r
 540 \r
 541       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 542 \r
 543       if (res > sequence.getLength())\r
 544       {\r
 545         return;\r
 546       }\r
 547 \r
 548       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 549       {\r
 550         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 551       }\r
 552 \r
 553       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 554 \r
 555         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 556         if (av.showSequenceFeatures)\r
 557         {\r
 558             tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 559 \r
 560             SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 561                 sequence.getDatasetSequence(), res);\r
 562 \r
 563             if(features!=null)\r
 564             {\r
 565               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 566               {\r
 567                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 568                   {\r
 569                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 570                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 571                     {\r
 572                       if (tooltipText.length() > 6)\r
 573                         tooltipText.append("<br>");\r
 574                       tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 575                                      features[i].getEnd());\r
 576                       if (features[i].links != null)\r
 577                       tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 578                     }\r
 579                   }\r
 580                   else\r
 581                   {\r
 582                     if (tooltipText.length() > 6)\r
 583                       tooltipText.append("<br>");\r
 584 \r
 585                     tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 586                                    features[i].begin);\r
 587                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
 588                       tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 589 \r
 590                     if (features[i].getDescription() != null\r
 591                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 592                     {\r
 593                       tmpString = features[i].getDescription();\r
 594                       int startTag=tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 595                       if(startTag>-1)\r
 596                       {\r
 597                         tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 598                       }\r
 599                       int endTag=tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 600                       if(endTag>-1)\r
 601                       {\r
 602                         tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 603                       }\r
 604                       endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 605                       if(endTag>-1)\r
 606                       {\r
 607                         tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 608                       }\r
 609 \r
 610                       if(startTag>-1)\r
 611                       {\r
 612                         tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 613                       }\r
 614                       else\r
 615                       {\r
 616                        if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 617                        {\r
 618                          //The description does not specify html is to\r
 619                          //be used, so we must remove < > symbols\r
 620                          tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 621                          tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 622 \r
 623                          tooltipText.append("; ");\r
 624                          tooltipText.append(tmpString);\r
 625 \r
 626                        }\r
 627                        else\r
 628                          tooltipText.append("; "+tmpString);\r
 629                       }\r
 630                     }\r
 631                     if (features[i].getValue("status") != null )\r
 632                     {\r
 633                       String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 634                       if(status.length()>0)\r
 635                         tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 636                     }\r
 637 \r
 638                     if (features[i].links != null)\r
 639                       tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 640 \r
 641                   }\r
 642 \r
 643                // else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
 644                 {\r
 645                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
 646                   //                   + features[i].getType()+" "\r
 647                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
 648 \r
 649                 }\r
 650               }\r
 651 \r
 652 \r
 653               if(tooltipText.length()==6) // <html></html>\r
 654               {\r
 655 \r
 656                 setToolTipText("");\r
 657               }\r
 658               else\r
 659               {\r
 660                 tooltipText.append("</html>");\r
 661                 setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 662               }\r
 663             }\r
 664             else\r
 665               setToolTipText("");\r
 666         }\r
 667     }\r
 668 \r
 669     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 670     {\r
 671       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 672                                            sequence.getName());\r
 673 \r
 674       Object obj = null;\r
 675       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 676       {\r
 677         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 678                                                    "");\r
 679         if (obj != null)\r
 680           text.append(" Nucleotide: ");\r
 681       }\r
 682       else\r
 683       {\r
 684         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 685         if (obj != null)\r
 686           text.append("  Residue: ");\r
 687       }\r
 688 \r
 689       if (obj != null)\r
 690       {\r
 691 \r
 692         if (obj != "")\r
 693         {\r
 694           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 695                       ")");\r
 696         }\r
 697       }\r
 698       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 699 \r
 700     }\r
 701 \r
 702     /**\r
 703      * DOCUMENT ME!\r
 704      *\r
 705      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 706      */\r
 707     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 708     {\r
 709       if (mouseWheelPressed)\r
 710       {\r
 711         int oldWidth = av.charWidth;\r
 712 \r
 713         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 714         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 715             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 716         {\r
 717           int fontSize = av.font.getSize();\r
 718 \r
 719           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 720           {\r
 721             fontSize--;\r
 722           }\r
 723           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 724           {\r
 725             fontSize++;\r
 726           }\r
 727 \r
 728           if(fontSize<1)\r
 729             fontSize = 1;\r
 730 \r
 731           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 732           av.charWidth = oldWidth;\r
 733           ap.fontChanged();\r
 734         }\r
 735         else\r
 736         {\r
 737           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 738           {\r
 739             av.charWidth--;\r
 740           }\r
 741           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 742           {\r
 743             av.charWidth++;\r
 744           }\r
 745 \r
 746           ap.repaint();\r
 747         }\r
 748 \r
 749         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 750         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 751 \r
 752         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 753 \r
 754         return;\r
 755       }\r
 756 \r
 757       if (!editingSeqs)\r
 758       {\r
 759         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 760         return;\r
 761       }\r
 762 \r
 763         int res = findRes(evt);\r
 764 \r
 765         if (res < 0)\r
 766         {\r
 767             res = 0;\r
 768         }\r
 769 \r
 770         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 771         {\r
 772             return;\r
 773         }\r
 774 \r
 775         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 776         {\r
 777           // dragLeft, delete gap\r
 778           editSequence(false, res);\r
 779         }\r
 780         else\r
 781           editSequence(true, res);\r
 782 \r
 783         mouseDragging = true;\r
 784         if(scrollThread!=null)\r
 785           scrollThread.setEvent(evt);\r
 786 \r
 787     }\r
 788 \r
 789     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 790     {\r
 791       int fixedLeft = -1;\r
 792       int fixedRight = -1;\r
 793       boolean fixedColumns = false;\r
 794       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 795 \r
 796 \r
 797         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 798         {\r
 799           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 800           {\r
 801             groupEditing = true;\r
 802           }\r
 803         }\r
 804 \r
 805         //No group, but the sequence may represent a group\r
 806         if (groupEditing\r
 807             && sg == null\r
 808             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 809         {\r
 810           groupEditing = false;\r
 811         }\r
 812 \r
 813         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 814         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 815         if (groupEditing)\r
 816         {\r
 817           message.append("Edit group:");\r
 818           if (editCommand == null)\r
 819             editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 820         }\r
 821         else\r
 822          {\r
 823            message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 824            String label = seq.getName();\r
 825            if(label.length()>10)\r
 826              label = label.substring(0,10);\r
 827            if(editCommand==null)\r
 828              editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 829          }\r
 830 \r
 831        if(insertGap)\r
 832          message.append(" insert ");\r
 833        else\r
 834          message.append(" delete ");\r
 835 \r
 836        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 837        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 838 \r
 839 \r
 840         //Are we editing within a selection group?\r
 841         if (groupEditing\r
 842             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 843         {\r
 844           fixedColumns = true;\r
 845 \r
 846           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 847           //but the sequence represents a group\r
 848           if (sg == null)\r
 849           {\r
 850             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 851                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
 852             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 853           }\r
 854 \r
 855           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 856           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 857 \r
 858           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 859               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 860               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 861               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 862           {\r
 863             endEditing();\r
 864             return;\r
 865           }\r
 866 \r
 867           if (fixedLeft > startres)\r
 868           {\r
 869             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 870             fixedLeft = 0;\r
 871           }\r
 872           else if (fixedRight < startres)\r
 873           {\r
 874             fixedLeft = fixedRight;\r
 875             fixedRight = -1;\r
 876           }\r
 877         }\r
 878 \r
 879 \r
 880         if(av.hasHiddenColumns )\r
 881         {\r
 882             fixedColumns = true;\r
 883             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 884             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 885 \r
 886             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 887                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 888             {\r
 889               endEditing();\r
 890               return;\r
 891             }\r
 892 \r
 893             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 894             //Selection spans a hidden region\r
 895             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 896             {\r
 897               if(startres>=y2)\r
 898               {\r
 899                 fixedLeft = y2;\r
 900               }\r
 901               else\r
 902               {\r
 903                fixedRight = y2 - 1;\r
 904              }\r
 905             }\r
 906         }\r
 907 \r
 908 \r
 909         if (groupEditing)\r
 910         {\r
 911           Vector vseqs = sg.getSequences(true);\r
 912           int g, groupSize = vseqs.size();\r
 913           SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 914           for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 915             groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 916 \r
 917           // drag to right\r
 918           if (insertGap)\r
 919           {\r
 920               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 921               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 922               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 923                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 924                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 925                  )\r
 926               {\r
 927                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 928                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 929               }\r
 930 \r
 931             // Is it valid with fixed columns??\r
 932             // Find the next gap before the end\r
 933             // of the visible region boundary\r
 934             boolean blank = false;\r
 935             for (fixedRight = fixedRight;\r
 936                  fixedRight > lastres;\r
 937                  fixedRight--)\r
 938             {\r
 939               blank = true;\r
 940 \r
 941               for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 942               {\r
 943                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 944                 {\r
 945                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 946                       groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 947                   {\r
 948                     blank = false;\r
 949                     break;\r
 950                   }\r
 951                 }\r
 952               }\r
 953               if (blank)\r
 954                 break;\r
 955             }\r
 956 \r
 957             if (!blank)\r
 958             {\r
 959               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 960               {\r
 961                 if((av.hasHiddenColumns\r
 962                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 963                 {\r
 964                   endEditing();\r
 965                   return;\r
 966                 }\r
 967 \r
 968                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 969                 if(av.hasHiddenRows)\r
 970                 {\r
 971                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 972                   if(hwidth>alWidth)\r
 973                     alWidth = hwidth;\r
 974                 }\r
 975                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 976                 //contains all the sequences\r
 977                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 978                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 979               }\r
 980               else\r
 981               {\r
 982                 endEditing();\r
 983                 return;\r
 984               }\r
 985             }\r
 986           }\r
 987 \r
 988 \r
 989           // drag to left\r
 990           else if(!insertGap)\r
 991           {\r
 992             /// Are we able to delete?\r
 993             // ie are all columns blank?\r
 994 \r
 995             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 996             {\r
 997               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 998               {\r
 999                 if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1000                 {\r
1001                   continue;\r
1002                 }\r
1003 \r
1004                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1005                     groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1006                 {\r
1007                   // Not a gap, block edit not valid\r
1008                   endEditing();\r
1009                   return;\r
1010                 }\r
1011               }\r
1012             }\r
1013           }\r
1014 \r
1015             if (insertGap)\r
1016             {\r
1017               // dragging to the right\r
1018               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1019               {\r
1020                 for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1021                 {\r
1022                     insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1023                 }\r
1024               }\r
1025               else\r
1026               {\r
1027                 editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1028                                        groupSeqs,\r
1029                                        startres, startres-lastres,\r
1030                                        av.getGapCharacter(),\r
1031                                        true);\r
1032               }\r
1033             }\r
1034             else\r
1035             {\r
1036               // dragging to the left\r
1037               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1038               {\r
1039                 for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1040                 {\r
1041                   deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1042                 }\r
1043               }\r
1044               else\r
1045                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1046                                        groupSeqs,\r
1047                                        startres, lastres - startres,\r
1048                                        av.getGapCharacter(),\r
1049                                        true);\r
1050 \r
1051             }\r
1052         }\r
1053         else /////Editing a single sequence///////////\r
1054         {\r
1055           if (insertGap)\r
1056           {\r
1057             // dragging to the right\r
1058             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1059             {\r
1060               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1061               {\r
1062                 insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1063               }\r
1064             }\r
1065             else\r
1066             {\r
1067               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1068                                      new SequenceI[]\r
1069                                      {seq},\r
1070                                      lastres, startres-lastres,\r
1071                                      av.getGapCharacter(),\r
1072                                      true);\r
1073             }\r
1074           }\r
1075           else\r
1076           {\r
1077             // dragging to the left\r
1078             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1079             {\r
1080               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1081               {\r
1082                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1083                 {\r
1084                   endEditing();\r
1085                   break;\r
1086                 }\r
1087                 deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1088               }\r
1089             }\r
1090             else\r
1091             {\r
1092               //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1093               int max=0;\r
1094               for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1095               {\r
1096                 if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1097                   break;\r
1098                 max++;\r
1099               }\r
1100 \r
1101               if (max>0)\r
1102               {\r
1103                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1104                                        new SequenceI[]\r
1105                                        {seq},\r
1106                                        startres, max,\r
1107                                        av.getGapCharacter(),\r
1108                                        true);\r
1109               }\r
1110             }\r
1111           }\r
1112         }\r
1113 \r
1114         lastres = startres;\r
1115         seqCanvas.repaint();\r
1116     }\r
1117 \r
1118 \r
1119 \r
1120     void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1121     {\r
1122       int blankColumn = fixedColumn;\r
1123       for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1124       {\r
1125         //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1126         //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1127 \r
1128         for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1129         {\r
1130           if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1131           {\r
1132             //Theres a space, so break and insert the gap\r
1133             break;\r
1134           }\r
1135         }\r
1136 \r
1137         if (blankColumn <= j)\r
1138         {\r
1139           blankColumn = fixedColumn;\r
1140           endEditing();\r
1141           return;\r
1142         }\r
1143       }\r
1144 \r
1145       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1146                              seq,\r
1147                              blankColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1148 \r
1149       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1150                              seq,\r
1151                              j, 1, av.getGapCharacter(),\r
1152                              true);\r
1153 \r
1154     }\r
1155 \r
1156     void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1157     {\r
1158 \r
1159       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1160                              seq,\r
1161                              j, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1162 \r
1163       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1164                              seq,\r
1165                              fixedColumn, 1, av.getGapCharacter(), true);\r
1166     }\r
1167 \r
1168     /**\r
1169      * DOCUMENT ME!\r
1170      *\r
1171      * @param e DOCUMENT ME!\r
1172      */\r
1173     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1174     {\r
1175         if(oldSeq < 0)\r
1176           oldSeq = 0;\r
1177 \r
1178         if (scrollThread != null)\r
1179         {\r
1180             scrollThread.running = false;\r
1181             scrollThread = null;\r
1182         }\r
1183     }\r
1184 \r
1185     /**\r
1186      * DOCUMENT ME!\r
1187      *\r
1188      * @param e DOCUMENT ME!\r
1189      */\r
1190     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1191     {\r
1192         if (av.getWrapAlignment())\r
1193         {\r
1194             return;\r
1195         }\r
1196 \r
1197         if (mouseDragging)\r
1198         {\r
1199             scrollThread = new ScrollThread();\r
1200         }\r
1201     }\r
1202 \r
1203     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1204     {\r
1205       if(evt.getClickCount()>1)\r
1206       {\r
1207 \r
1208         SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1209             av.alignment.getSequenceAt( findSeq(evt) ).getDatasetSequence(),\r
1210             findRes(evt)\r
1211             );\r
1212         for(int f=0; f<features.length; f++)\r
1213           System.out.println("SELECT: "+features[f].getType()+" "\r
1214       +features[f].getBegin()+" "+features[f].getEnd());\r
1215 \r
1216       }\r
1217     }\r
1218 \r
1219     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1220     {\r
1221       e.consume();\r
1222      /* if (mouseWheelPressed)\r
1223       {\r
1224         Font font = av.getFont();\r
1225         int fontSize = font.getSize();\r
1226         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1227           fontSize++;\r
1228         else if (fontSize > 1)\r
1229           fontSize--;\r
1230 \r
1231 \r
1232 \r
1233         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1234 \r
1235         ap.fontChanged();\r
1236       }\r
1237       else*/\r
1238       {\r
1239         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1240           ap.scrollUp(false);\r
1241         else\r
1242           ap.scrollUp(true);\r
1243       }\r
1244 \r
1245     }\r
1246 \r
1247 \r
1248     /**\r
1249      * DOCUMENT ME!\r
1250      *\r
1251      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1252      */\r
1253     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1254     {\r
1255       int res = findRes(evt);\r
1256       int seq = findSeq(evt);\r
1257       oldSeq = seq;\r
1258 \r
1259       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1260 \r
1261       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1262       {\r
1263           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1264               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1265               "Wrapped view - no edit",\r
1266               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1267           return;\r
1268       }\r
1269 \r
1270       if(seq<0 || res<0)\r
1271             return;\r
1272 \r
1273         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1274 \r
1275         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1276         {\r
1277             return;\r
1278         }\r
1279 \r
1280         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1281 \r
1282         if (stretchGroup == null)\r
1283         {\r
1284             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1285 \r
1286             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1287                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1288             {\r
1289                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1290             }\r
1291             else\r
1292             {\r
1293                 stretchGroup = null;\r
1294             }\r
1295         }\r
1296         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1297                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1298                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1299         {\r
1300             stretchGroup = null;\r
1301 \r
1302             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1303 \r
1304             if (allGroups != null)\r
1305             {\r
1306                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1307                 {\r
1308                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1309                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1310                     {\r
1311                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1312                         break;\r
1313                     }\r
1314                 }\r
1315             }\r
1316 \r
1317             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1318 \r
1319         }\r
1320 \r
1321 \r
1322         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1323         {\r
1324           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1325                                                   sequence.findPosition(res));\r
1326           Vector links = new Vector();\r
1327             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1328             {\r
1329               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1330               if (sf.links != null)\r
1331               {\r
1332                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1333                 {\r
1334                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1335                 }\r
1336               }\r
1337             }\r
1338 \r
1339             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1340             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1341             return;\r
1342         }\r
1343 \r
1344         if (av.cursorMode)\r
1345         {\r
1346           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1347           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1348           seqCanvas.repaint();\r
1349           return;\r
1350         }\r
1351 \r
1352         if (stretchGroup == null)\r
1353         {\r
1354           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1355 \r
1356           // define a new group here\r
1357           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1358           sg.setStartRes(res);\r
1359           sg.setEndRes(res);\r
1360           sg.addSequence(sequence, false);\r
1361           av.setSelectionGroup(sg);\r
1362           stretchGroup = sg;\r
1363 \r
1364           if (av.getConservationSelected())\r
1365           {\r
1366             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1367                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1368                                               "Background");\r
1369           }\r
1370 \r
1371           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1372           {\r
1373             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1374                                            "Background");\r
1375           }\r
1376           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1377           {\r
1378             // Edit end res position of selected group\r
1379             changeEndRes = true;\r
1380           }\r
1381           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1382                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1383           {\r
1384             // Edit end res position of selected group\r
1385             changeStartRes = true;\r
1386           }\r
1387           stretchGroup.getWidth();\r
1388         }\r
1389 \r
1390         seqCanvas.repaint();\r
1391     }\r
1392 \r
1393     /**\r
1394      * DOCUMENT ME!\r
1395      *\r
1396      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1397      */\r
1398     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1399     {\r
1400         if (stretchGroup == null)\r
1401         {\r
1402             return;\r
1403         }\r
1404 \r
1405 \r
1406         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1407         {\r
1408           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1409           {\r
1410             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1411                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1412                 stretchGroup.getWidth());\r
1413           }\r
1414 \r
1415           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1416           {\r
1417             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1418                                               stretchGroup.getName());\r
1419             stretchGroup.recalcConservation();\r
1420           }\r
1421           else\r
1422           {\r
1423             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1424                                            stretchGroup.getName());\r
1425           }\r
1426         }\r
1427         changeEndRes = false;\r
1428         changeStartRes = false;\r
1429         stretchGroup = null;\r
1430 \r
1431         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1432     }\r
1433 \r
1434     /**\r
1435      * DOCUMENT ME!\r
1436      *\r
1437      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1438      */\r
1439     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1440     {\r
1441       int res = findRes(evt);\r
1442       int y = findSeq(evt);\r
1443 \r
1444       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1445         return;\r
1446 \r
1447        if (stretchGroup == null)\r
1448        {\r
1449             return;\r
1450        }\r
1451 \r
1452         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1453         {\r
1454           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1455         }\r
1456 \r
1457         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1458         {\r
1459             // Edit end res position of selected group\r
1460             changeEndRes = true;\r
1461         }\r
1462         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1463         {\r
1464             // Edit start res position of selected group\r
1465             changeStartRes = true;\r
1466         }\r
1467 \r
1468         if (res < av.getStartRes())\r
1469         {\r
1470             res = av.getStartRes();\r
1471         }\r
1472 \r
1473         if (changeEndRes)\r
1474         {\r
1475             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1476             {\r
1477                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1478             }\r
1479         }\r
1480         else if (changeStartRes)\r
1481         {\r
1482             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1483             {\r
1484                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1485             }\r
1486         }\r
1487 \r
1488         int dragDirection = 0;\r
1489 \r
1490         if (y > oldSeq)\r
1491         {\r
1492             dragDirection = 1;\r
1493         }\r
1494         else if (y < oldSeq)\r
1495         {\r
1496             dragDirection = -1;\r
1497         }\r
1498 \r
1499 \r
1500         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1501         {\r
1502             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1503             // selection is quite slow.\r
1504             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1505 \r
1506             oldSeq += dragDirection;\r
1507 \r
1508             if(oldSeq<0)\r
1509               break;\r
1510 \r
1511             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1512 \r
1513             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1514             {\r
1515                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1516             }\r
1517             else\r
1518             {\r
1519                 if (seq != null)\r
1520                 {\r
1521                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1522                 }\r
1523 \r
1524                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1525             }\r
1526         }\r
1527 \r
1528         if(oldSeq < 0)\r
1529           oldSeq = -1;\r
1530 \r
1531         mouseDragging = true;\r
1532 \r
1533         if (scrollThread != null)\r
1534         {\r
1535             scrollThread.setEvent(evt);\r
1536         }\r
1537 \r
1538         seqCanvas.repaint();\r
1539     }\r
1540 \r
1541     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1542     {\r
1543       if(evt==null)\r
1544       {\r
1545         if(scrollThread!=null)\r
1546         {\r
1547           scrollThread.running = false;\r
1548           scrollThread = null;\r
1549         }\r
1550         mouseDragging = false;\r
1551       }\r
1552       else\r
1553       {\r
1554         if (scrollThread == null)\r
1555           scrollThread = new ScrollThread();\r
1556 \r
1557         mouseDragging = true;\r
1558         scrollThread.setEvent(evt);\r
1559       }\r
1560 \r
1561     }\r
1562 \r
1563 \r
1564     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1565     class ScrollThread extends Thread\r
1566     {\r
1567         MouseEvent evt;\r
1568         boolean running = false;\r
1569 \r
1570         public ScrollThread()\r
1571         {\r
1572             start();\r
1573         }\r
1574 \r
1575         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1576         {\r
1577             evt = e;\r
1578         }\r
1579 \r
1580         public void stopScrolling()\r
1581         {\r
1582             running = false;\r
1583         }\r
1584 \r
1585         public void run()\r
1586         {\r
1587             running = true;\r
1588 \r
1589             while (running)\r
1590             {\r
1591                 if (evt != null)\r
1592                 {\r
1593                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1594                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1595                     {\r
1596                         running = ap.scrollUp(true);\r
1597                     }\r
1598 \r
1599                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1600                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1601                     {\r
1602                         running = ap.scrollUp(false);\r
1603                     }\r
1604 \r
1605                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1606                     {\r
1607                         running = ap.scrollRight(false);\r
1608                     }\r
1609                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1610                     {\r
1611                         running = ap.scrollRight(true);\r
1612                     }\r
1613                 }\r
1614 \r
1615                 try\r
1616                 {\r
1617                     Thread.sleep(20);\r
1618                 }\r
1619                 catch (Exception ex)\r
1620                 {\r
1621                 }\r
1622             }\r
1623         }\r
1624     }\r
1625 }\r