src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  31 import jalview.datamodel.SearchResults;
  32 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  38 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  39 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  40 import jalview.structure.SelectionListener;
  41 import jalview.structure.SelectionSource;
  42 import jalview.structure.SequenceListener;
  43 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  44 import jalview.structure.VamsasSource;
  45 import jalview.util.Comparison;
  46 import jalview.util.MappingUtils;
  47 import jalview.util.MessageManager;
  48 import jalview.util.Platform;
  49 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  50
  51 import java.awt.BorderLayout;
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.awt.Font;
  54 import java.awt.FontMetrics;
  55 import java.awt.Point;
  56 import java.awt.event.MouseEvent;
  57 import java.awt.event.MouseListener;
  58 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  59 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  60 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  61 import java.util.ArrayList;
  62 import java.util.List;
  63
  64 import javax.swing.JPanel;
  65 import javax.swing.SwingUtilities;
  66 import javax.swing.ToolTipManager;
  67
  68 /**
  69  * DOCUMENT ME!
  70  *
  71  * @author $author$
  72  * @version $Revision: 1.130 $
  73  */
  74 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  75         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  76         SelectionListener
  77
  78 {
  79   /** DOCUMENT ME!! */
  80   public SeqCanvas seqCanvas;
  81
  82   /** DOCUMENT ME!! */
  83   public AlignmentPanel ap;
  84
  85   protected int lastres;
  86
  87   protected int startseq;
  88
  89   protected AlignViewport av;
  90
  91   ScrollThread scrollThread = null;
  92
  93   boolean mouseDragging = false;
  94
  95   boolean editingSeqs = false;
  96
  97   boolean groupEditing = false;
  98
  99   // ////////////////////////////////////////
 100   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 101   // ////////////////////////////////////////
 102   int oldSeq = -1;
 103
 104   boolean changeEndSeq = false;
 105
 106   boolean changeStartSeq = false;
 107
 108   boolean changeEndRes = false;
 109
 110   boolean changeStartRes = false;
 111
 112   SequenceGroup stretchGroup = null;
 113
 114   boolean remove = false;
 115
 116   Point lastMousePress;
 117
 118   boolean mouseWheelPressed = false;
 119
 120   StringBuffer keyboardNo1;
 121
 122   StringBuffer keyboardNo2;
 123
 124   java.net.URL linkImageURL;
 125
 126   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 127
 128   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 129
 130   String tmpString;
 131
 132   EditCommand editCommand;
 133
 134   StructureSelectionManager ssm;
 135
 136   SearchResultsI lastSearchResults;
 137
 138   /**
 139    * Creates a new SeqPanel object.
 140    *
 141    * @param avp
 142    *          DOCUMENT ME!
 143    * @param p
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    */
 146   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 147   {
 148     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 149     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 150     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 151     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 152     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 153     this.av = av;
 154     setBackground(Color.white);
 155
 156     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 157     setLayout(new BorderLayout());
 158     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 159
 160     this.ap = ap;
 161
 162     if (!av.isDataset())
 163     {
 164       addMouseMotionListener(this);
 165       addMouseListener(this);
 166       addMouseWheelListener(this);
 167       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 168       ssm.addStructureViewerListener(this);
 169       ssm.addSelectionListener(this);
 170     }
 171   }
 172
 173   int startWrapBlock = -1;
 174
 175   int wrappedBlock = -1;
 176
 177   /**
 178    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 179    * the closest visible one
 180    *
 181    * @param evt
 182    * @return
 183    */
 184   int findRes(MouseEvent evt)
 185   {
 186     int res = 0;
 187     int x = evt.getX();
 188
 189     if (av.getWrapAlignment())
 190     {
 191
 192       int hgap = av.getCharHeight();
 193       if (av.getScaleAboveWrapped())
 194       {
 195         hgap += av.getCharHeight();
 196       }
 197
 198       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 199               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 200
 201       int y = evt.getY();
 202       y -= hgap;
 203       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 204
 205       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 206       if (cwidth < 1)
 207       {
 208         return 0;
 209       }
 210
 211       wrappedBlock = y / cHeight;
 212       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 213
 214       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 215
 216     }
 217     else
 218     {
 219       if (x > seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth())
 220       {
 221         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 222         // right-hand gutter
 223         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 224       }
 225       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 226       if (res > av.getEndRes())
 227       {
 228         // moused off right
 229         res = av.getEndRes();
 230       }
 231     }
 232
 233     if (av.hasHiddenColumns())
 234     {
 235       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 236     }
 237
 238     return res;
 239
 240   }
 241
 242   int findSeq(MouseEvent evt)
 243   {
 244     int seq = 0;
 245     int y = evt.getY();
 246
 247     if (av.getWrapAlignment())
 248     {
 249       int hgap = av.getCharHeight();
 250       if (av.getScaleAboveWrapped())
 251       {
 252         hgap += av.getCharHeight();
 253       }
 254
 255       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 256               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 257
 258       y -= hgap;
 259
 260       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 261               .getHeight() - 1);
 262     }
 263     else
 264     {
 265       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 266               .getAlignment().getHeight() - 1);
 267     }
 268
 269     return seq;
 270   }
 271
 272   /**
 273    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 274    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 275    */
 276   void endEditing()
 277   {
 278     try
 279     {
 280       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 281       {
 282         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 283         av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 284                 .getSequences());
 285       }
 286     } finally
 287     {
 288       /*
 289        * Tidy up come what may...
 290        */
 291       startseq = -1;
 292       lastres = -1;
 293       editingSeqs = false;
 294       groupEditing = false;
 295       keyboardNo1 = null;
 296       keyboardNo2 = null;
 297       editCommand = null;
 298     }
 299   }
 300
 301   void setCursorRow()
 302   {
 303     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 304     scrollToVisible();
 305   }
 306
 307   void setCursorColumn()
 308   {
 309     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 310     scrollToVisible();
 311   }
 312
 313   void setCursorRowAndColumn()
 314   {
 315     if (keyboardNo2 == null)
 316     {
 317       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 318     }
 319     else
 320     {
 321       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 322       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 323       scrollToVisible();
 324     }
 325   }
 326
 327   void setCursorPosition()
 328   {
 329     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 330
 331     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 332     scrollToVisible();
 333   }
 334
 335   void moveCursor(int dx, int dy)
 336   {
 337     seqCanvas.cursorX += dx;
 338     seqCanvas.cursorY += dy;
 339     if (av.hasHiddenColumns()
 340             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 341     {
 342       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 343       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 344
 345       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 346               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 347       {
 348         seqCanvas.cursorX += dx;
 349       }
 350
 351       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 352               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 353       {
 354         seqCanvas.cursorX = original;
 355       }
 356     }
 357
 358     scrollToVisible();
 359   }
 360
 361   void scrollToVisible()
 362   {
 363     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 364     {
 365       seqCanvas.cursorX = 0;
 366     }
 367     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 368     {
 369       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 370     }
 371
 372     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 373     {
 374       seqCanvas.cursorY = 0;
 375     }
 376     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 377     {
 378       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 379     }
 380
 381     endEditing();
 382     if (av.getWrapAlignment())
 383     {
 384       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 385     }
 386     else
 387     {
 388       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 389       {
 390         ap.scrollUp(true);
 391       }
 392       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 393       {
 394         ap.scrollUp(false);
 395       }
 396       if (!av.getWrapAlignment())
 397       {
 398         while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 399                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 400         {
 401           if (!ap.scrollRight(false))
 402           {
 403             break;
 404           }
 405         }
 406         while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 407                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 408         {
 409           if (!ap.scrollRight(true))
 410           {
 411             break;
 412           }
 413         }
 414       }
 415     }
 416     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 417             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 418
 419     seqCanvas.repaint();
 420   }
 421
 422   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 423   {
 424     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 425
 426     if (av.getSelectionGroup() != null)
 427     {
 428       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 429       // Find the top and bottom of this group
 430       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 431       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 432       {
 433         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 434         if (index > max)
 435         {
 436           max = index;
 437         }
 438         if (index < min)
 439         {
 440           min = index;
 441         }
 442       }
 443
 444       max++;
 445
 446       if (topLeft)
 447       {
 448         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 449         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 450         {
 451           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 452         }
 453
 454         min = seqCanvas.cursorY;
 455       }
 456       else
 457       {
 458         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 459         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 460         {
 461           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 462         }
 463
 464         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 465       }
 466
 467       if (min > max)
 468       {
 469         // Only the user can do this
 470         av.setSelectionGroup(null);
 471       }
 472       else
 473       {
 474         // Now add any sequences between min and max
 475         sg.getSequences(null).clear();
 476         for (int i = min; i < max; i++)
 477         {
 478           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 479         }
 480       }
 481     }
 482
 483     if (av.getSelectionGroup() == null)
 484     {
 485       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 486       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 487       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 488       sg.addSequence(sequence, false);
 489       av.setSelectionGroup(sg);
 490     }
 491
 492     ap.paintAlignment(false);
 493     av.sendSelection();
 494   }
 495
 496   void insertGapAtCursor(boolean group)
 497   {
 498     groupEditing = group;
 499     startseq = seqCanvas.cursorY;
 500     lastres = seqCanvas.cursorX;
 501     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 502     endEditing();
 503   }
 504
 505   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 506   {
 507     groupEditing = group;
 508     startseq = seqCanvas.cursorY;
 509     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 510     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 511     endEditing();
 512   }
 513
 514   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 515   {
 516     // TODO not called - delete?
 517     groupEditing = group;
 518     startseq = seqCanvas.cursorY;
 519     lastres = seqCanvas.cursorX;
 520     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 521     endEditing();
 522   }
 523
 524   void numberPressed(char value)
 525   {
 526     if (keyboardNo1 == null)
 527     {
 528       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 529     }
 530
 531     if (keyboardNo2 != null)
 532     {
 533       keyboardNo2.append(value);
 534     }
 535     else
 536     {
 537       keyboardNo1.append(value);
 538     }
 539   }
 540
 541   int getKeyboardNo1()
 542   {
 543     try
 544     {
 545       if (keyboardNo1 != null)
 546       {
 547         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 548         keyboardNo1 = null;
 549         return value;
 550       }
 551     } catch (Exception x)
 552     {
 553     }
 554     keyboardNo1 = null;
 555     return 1;
 556   }
 557
 558   int getKeyboardNo2()
 559   {
 560     try
 561     {
 562       if (keyboardNo2 != null)
 563       {
 564         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 565         keyboardNo2 = null;
 566         return value;
 567       }
 568     } catch (Exception x)
 569     {
 570     }
 571     keyboardNo2 = null;
 572     return 1;
 573   }
 574
 575   /**
 576    * DOCUMENT ME!
 577    *
 578    * @param evt
 579    *          DOCUMENT ME!
 580    */
 581   @Override
 582   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 583   {
 584     mouseDragging = false;
 585     mouseWheelPressed = false;
 586
 587     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 588     {
 589       showPopupMenu(evt);
 590       evt.consume();
 591       return;
 592     }
 593
 594     if (!editingSeqs)
 595     {
 596       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 597       return;
 598     }
 599
 600     endEditing();
 601   }
 602
 603   /**
 604    * DOCUMENT ME!
 605    *
 606    * @param evt
 607    *          DOCUMENT ME!
 608    */
 609   @Override
 610   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 611   {
 612     lastMousePress = evt.getPoint();
 613
 614     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 615     {
 616       mouseWheelPressed = true;
 617       return;
 618     }
 619
 620     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 621     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 622     {
 623       editingSeqs = true;
 624       if (isControlDown)
 625       {
 626         groupEditing = true;
 627       }
 628     }
 629     else
 630     {
 631       doMousePressedDefineMode(evt);
 632       return;
 633     }
 634
 635     int seq = findSeq(evt);
 636     int res = findRes(evt);
 637
 638     if (seq < 0 || res < 0)
 639     {
 640       return;
 641     }
 642
 643     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 644             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 645     {
 646       startseq = seq;
 647       lastres = res;
 648     }
 649     else
 650     {
 651       startseq = -1;
 652       lastres = -1;
 653     }
 654
 655     return;
 656   }
 657
 658   String lastMessage;
 659
 660   @Override
 661   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 662   {
 663     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 664
 665     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 666     {
 667       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 668       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 669     }
 670     lastMessage = tmp;
 671   }
 672
 673   /**
 674    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 675    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 676    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 677    * the start of the highlighted region.
 678    */
 679   @Override
 680   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 681   {
 682     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 683     {
 684       return;
 685     }
 686     lastSearchResults = results;
 687
 688     if (av.isFollowHighlight())
 689     {
 690       /*
 691        * if scrollToPosition requires a scroll adjustment, this flag prevents
 692        * another scroll event being propagated back to the originator
 693        *
 694        * @see AlignmentPanel#adjustmentValueChanged
 695        */
 696       ap.setDontScrollComplement(true);
 697       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 698       {
 699         seqCanvas.revalidate();
 700       }
 701     }
 702     setStatusMessage(results);
 703     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 704   }
 705
 706   @Override
 707   public VamsasSource getVamsasSource()
 708   {
 709     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 710   }
 711
 712   @Override
 713   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 714   {
 715     System.out.println("update the seqPanel colours");
 716     // repaint();
 717   }
 718
 719   /**
 720    * DOCUMENT ME!
 721    *
 722    * @param evt
 723    *          DOCUMENT ME!
 724    */
 725   @Override
 726   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 727   {
 728     if (editingSeqs)
 729     {
 730       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 731       // If control is down, other platforms will not.
 732       mouseDragged(evt);
 733     }
 734
 735     int res = findRes(evt);
 736     int seq = findSeq(evt);
 737     int pos;
 738     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 739     {
 740       return;
 741     }
 742
 743     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 744
 745     if (res >= sequence.getLength())
 746     {
 747       return;
 748     }
 749
 750     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 751     if (ssm != null && pos > -1)
 752     {
 753       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 754     }
 755
 756     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 757
 758     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 759     if (groups != null)
 760     {
 761       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 762       {
 763         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 764         {
 765           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 766                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 767           {
 768             tooltipText.append(groups[g].getName());
 769           }
 770
 771           if (groups[g].getDescription() != null)
 772           {
 773             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 774           }
 775         }
 776       }
 777     }
 778
 779     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 780     if (av.isShowSequenceFeatures())
 781     {
 782       int rpos;
 783       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 784               .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
 785                       rpos = sequence.findPosition(res));
 786       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
 787               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
 788     }
 789     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 790     {
 791       setToolTipText(null);
 792       lastTooltip = null;
 793     }
 794     else
 795     {
 796       if (lastTooltip == null
 797               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 798       {
 799         String formatedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 800                 tooltipText.toString());
 801         // String formatedTooltipText = tooltipText.toString();
 802         setToolTipText(formatedTooltipText);
 803         lastTooltip = tooltipText.toString();
 804       }
 805
 806     }
 807
 808   }
 809
 810   private Point lastp = null;
 811
 812   /*
 813    * (non-Javadoc)
 814    *
 815    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 816    */
 817   @Override
 818   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 819   {
 820     int x = event.getX(), w = getWidth();
 821     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 822     // close to edge
 823     Point p = lastp;
 824     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 825     {
 826       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 827               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 828     }
 829     /*
 830      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 831      */
 832     return lastp = p;
 833   }
 834
 835   String lastTooltip;
 836
 837   /**
 838    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 839    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 840    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 841    * redraws can be applied
 842    */
 843   private boolean needOverviewUpdate = false; // TODO: refactor to avcontroller
 844
 845   /**
 846    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
 847    * alignment view, rather than a transient selection
 848    */
 849   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
 850   // avcontroller or viewModel
 851
 852   /**
 853    * Set status message in alignment panel
 854    *
 855    * @param sequence
 856    *          aligned sequence object
 857    * @param res
 858    *          alignment column
 859    * @param seq
 860    *          index of sequence in alignment
 861    * @return position of res in sequence
 862    */
 863   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 864   {
 865     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 866
 867     /*
 868      * Sequence number (if known), and sequence name.
 869      */
 870     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 871     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
 872             .append(sequence.getName());
 873
 874     String residue = null;
 875     /*
 876      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 877      */
 878     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 879     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 880     {
 881       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 882       if (residue != null)
 883       {
 884         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 885       }
 886     }
 887     else
 888     {
 889       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 890               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 891               .get(displayChar));
 892       if (residue != null)
 893       {
 894         text.append(" Residue: ").append(residue);
 895       }
 896     }
 897
 898     int pos = -1;
 899     if (residue != null)
 900     {
 901       pos = sequence.findPosition(res);
 902       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 903     }
 904     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 905     return pos;
 906   }
 907
 908   /**
 909    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 910    * search results.
 911    *
 912    * @param results
 913    */
 914   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
 915   {
 916     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 917     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 918     if (sequenceIndex == -1)
 919     {
 920       return;
 921     }
 922     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 923     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 924     {
 925       SequenceI seq = m.getSequence();
 926       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 927       {
 928         seq = seq.getDatasetSequence();
 929       }
 930
 931       if (seq == ds)
 932       {
 933         /*
 934          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 935          * index (base 0)
 936          */
 937         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 938         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 939         return;
 940       }
 941     }
 942   }
 943
 944   /**
 945    * DOCUMENT ME!
 946    *
 947    * @param evt
 948    *          DOCUMENT ME!
 949    */
 950   @Override
 951   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 952   {
 953     if (mouseWheelPressed)
 954     {
 955       int oldWidth = av.getCharWidth();
 956
 957       // Which is bigger, left-right or up-down?
 958       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 959               .getX() - lastMousePress.getX()))
 960       {
 961         int fontSize = av.font.getSize();
 962
 963         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 964         {
 965           fontSize--;
 966         }
 967         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 968         {
 969           fontSize++;
 970         }
 971
 972         if (fontSize < 1)
 973         {
 974           fontSize = 1;
 975         }
 976
 977         av.setFont(
 978                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 979                 true);
 980         av.setCharWidth(oldWidth);
 981         ap.fontChanged();
 982       }
 983       else
 984       {
 985         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
 986         {
 987           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 988         }
 989         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 990         {
 991           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 992         }
 993
 994         ap.paintAlignment(false);
 995       }
 996
 997       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 998       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 999
1000       lastMousePress = evt.getPoint();
1001
1002       return;
1003     }
1004
1005     if (!editingSeqs)
1006     {
1007       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1008       return;
1009     }
1010
1011     int res = findRes(evt);
1012
1013     if (res < 0)
1014     {
1015       res = 0;
1016     }
1017
1018     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1019     {
1020       return;
1021     }
1022
1023     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1024     {
1025       // dragLeft, delete gap
1026       editSequence(false, false, res);
1027     }
1028     else
1029     {
1030       editSequence(true, false, res);
1031     }
1032
1033     mouseDragging = true;
1034     if (scrollThread != null)
1035     {
1036       scrollThread.setEvent(evt);
1037     }
1038   }
1039
1040   // TODO: Make it more clever than many booleans
1041   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1042           int startres)
1043   {
1044     int fixedLeft = -1;
1045     int fixedRight = -1;
1046     boolean fixedColumns = false;
1047     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1048
1049     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1050
1051     // No group, but the sequence may represent a group
1052     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1053     {
1054       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1055       {
1056         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1057         groupEditing = true;
1058       }
1059     }
1060
1061     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1062     if (groupEditing)
1063     {
1064       message.append("Edit group:");
1065       if (editCommand == null)
1066       {
1067         editCommand = new EditCommand(
1068                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1069       }
1070     }
1071     else
1072     {
1073       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1074       String label = seq.getName();
1075       if (label.length() > 10)
1076       {
1077         label = label.substring(0, 10);
1078       }
1079       if (editCommand == null)
1080       {
1081         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1082                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1083       }
1084     }
1085
1086     if (insertGap)
1087     {
1088       message.append(" insert ");
1089     }
1090     else
1091     {
1092       message.append(" delete ");
1093     }
1094
1095     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1096     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1097
1098     // Are we editing within a selection group?
1099     if (groupEditing
1100             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1101                     .contains(seq)))
1102     {
1103       fixedColumns = true;
1104
1105       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1106       // but the sequence represents a group
1107       if (sg == null)
1108       {
1109         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1110         {
1111           endEditing();
1112           return;
1113         }
1114         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1115       }
1116
1117       fixedLeft = sg.getStartRes();
1118       fixedRight = sg.getEndRes();
1119
1120       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1121               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1122               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1123               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1124       {
1125         endEditing();
1126         return;
1127       }
1128
1129       if (fixedLeft > startres)
1130       {
1131         fixedRight = fixedLeft - 1;
1132         fixedLeft = 0;
1133       }
1134       else if (fixedRight < startres)
1135       {
1136         fixedLeft = fixedRight;
1137         fixedRight = -1;
1138       }
1139     }
1140
1141     if (av.hasHiddenColumns())
1142     {
1143       fixedColumns = true;
1144       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1145       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1146
1147       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1148               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1149       {
1150         endEditing();
1151         return;
1152       }
1153
1154       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1155       // Selection spans a hidden region
1156       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1157       {
1158         if (startres >= y2)
1159         {
1160           fixedLeft = y2;
1161         }
1162         else
1163         {
1164           fixedRight = y2 - 1;
1165         }
1166       }
1167     }
1168
1169     if (groupEditing)
1170     {
1171       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1172       int g, groupSize = vseqs.size();
1173       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1174       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1175       {
1176         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1177       }
1178
1179       // drag to right
1180       if (insertGap)
1181       {
1182         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1183         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1184         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1185                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1186         {
1187           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1188           fixedRight = sg.getEndRes();
1189         }
1190
1191         // Is it valid with fixed columns??
1192         // Find the next gap before the end
1193         // of the visible region boundary
1194         boolean blank = false;
1195         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1196         {
1197           blank = true;
1198
1199           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1200           {
1201             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1202             {
1203               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1204               {
1205                 blank = false;
1206                 break;
1207               }
1208             }
1209           }
1210           if (blank)
1211           {
1212             break;
1213           }
1214         }
1215
1216         if (!blank)
1217         {
1218           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1219           {
1220             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1221                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1222             {
1223               endEditing();
1224               return;
1225             }
1226
1227             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1228             if (av.hasHiddenRows())
1229             {
1230               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1231                       .getWidth();
1232               if (hwidth > alWidth)
1233               {
1234                 alWidth = hwidth;
1235               }
1236             }
1237             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1238             // contains all the sequences
1239             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1240             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1241           }
1242           else
1243           {
1244             endEditing();
1245             return;
1246           }
1247         }
1248       }
1249
1250       // drag to left
1251       else if (!insertGap)
1252       {
1253         // / Are we able to delete?
1254         // ie are all columns blank?
1255
1256         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1257         {
1258           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1259           {
1260             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1261             {
1262               continue;
1263             }
1264
1265             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1266             {
1267               // Not a gap, block edit not valid
1268               endEditing();
1269               return;
1270             }
1271           }
1272         }
1273       }
1274
1275       if (insertGap)
1276       {
1277         // dragging to the right
1278         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1279         {
1280           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1281           {
1282             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1283           }
1284         }
1285         else
1286         {
1287           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres
1288                   - lastres);
1289         }
1290       }
1291       else
1292       {
1293         // dragging to the left
1294         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1295         {
1296           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1297           {
1298             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1299           }
1300         }
1301         else
1302         {
1303           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, lastres
1304                   - startres);
1305         }
1306
1307       }
1308     }
1309     else
1310     // ///Editing a single sequence///////////
1311     {
1312       if (insertGap)
1313       {
1314         // dragging to the right
1315         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1316         {
1317           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1318           {
1319             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1320           }
1321         }
1322         else
1323         {
1324           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1325                   startres - lastres);
1326         }
1327       }
1328       else
1329       {
1330         if (!editSeq)
1331         {
1332           // dragging to the left
1333           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1334           {
1335             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1336             {
1337               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1338               {
1339                 endEditing();
1340                 break;
1341               }
1342               deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1343             }
1344           }
1345           else
1346           {
1347             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1348             int max = 0;
1349             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1350             {
1351               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1352               {
1353                 break;
1354               }
1355               max++;
1356             }
1357
1358             if (max > 0)
1359             {
1360               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[] { seq },
1361                       startres, max);
1362             }
1363           }
1364         }
1365         else
1366         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1367           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1368           {
1369             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1370             {
1371               insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1372             }
1373           }
1374           else
1375           {
1376             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1377                     startres - lastres);
1378           }
1379         }
1380       }
1381     }
1382
1383     lastres = startres;
1384     seqCanvas.repaint();
1385   }
1386
1387   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1388   {
1389     int blankColumn = fixedColumn;
1390     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1391     {
1392       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1393       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1394
1395       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1396       {
1397         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1398         {
1399           // Theres a space, so break and insert the gap
1400           break;
1401         }
1402       }
1403
1404       if (blankColumn <= j)
1405       {
1406         blankColumn = fixedColumn;
1407         endEditing();
1408         return;
1409       }
1410     }
1411
1412     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1413
1414     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1415
1416   }
1417
1418   /**
1419    * Helper method to add and perform one edit action.
1420    *
1421    * @param action
1422    * @param seq
1423    * @param pos
1424    * @param count
1425    */
1426   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1427           int count)
1428   {
1429
1430     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1431             av.getAlignment().getGapCharacter());
1432
1433     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1434   }
1435
1436   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1437   {
1438
1439     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1440
1441     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1442   }
1443
1444   /**
1445    * DOCUMENT ME!
1446    *
1447    * @param e
1448    *          DOCUMENT ME!
1449    */
1450   @Override
1451   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1452   {
1453     if (oldSeq < 0)
1454     {
1455       oldSeq = 0;
1456     }
1457
1458     if (scrollThread != null)
1459     {
1460       scrollThread.running = false;
1461       scrollThread = null;
1462     }
1463   }
1464
1465   /**
1466    * DOCUMENT ME!
1467    *
1468    * @param e
1469    *          DOCUMENT ME!
1470    */
1471   @Override
1472   public void mouseExited(MouseEvent e)
1473   {
1474     if (av.getWrapAlignment())
1475     {
1476       return;
1477     }
1478
1479     if (mouseDragging)
1480     {
1481       scrollThread = new ScrollThread();
1482     }
1483   }
1484
1485   @Override
1486   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1487   {
1488     SequenceGroup sg = null;
1489     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1490     if (evt.getClickCount() > 1)
1491     {
1492       sg = av.getSelectionGroup();
1493       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1494               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1495       {
1496         av.setSelectionGroup(null);
1497       }
1498
1499       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1500               .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
1501                       sequence.findPosition(findRes(evt)));
1502
1503       if (features != null && features.size() > 0)
1504       {
1505         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1506         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1507                 .get(0).getEnd());
1508         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1509       }
1510       if (features != null && features.size() > 0)
1511       {
1512         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
1513                 new SequenceI[] { sequence },
1514                 features.toArray(new SequenceFeature[features.size()]),
1515                 false, ap);
1516
1517         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1518       }
1519     }
1520   }
1521
1522   @Override
1523   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1524   {
1525     e.consume();
1526     if (e.getWheelRotation() > 0)
1527     {
1528       if (e.isShiftDown())
1529       {
1530         ap.scrollRight(true);
1531
1532       }
1533       else
1534       {
1535         ap.scrollUp(false);
1536       }
1537     }
1538     else
1539     {
1540       if (e.isShiftDown())
1541       {
1542         ap.scrollRight(false);
1543       }
1544       else
1545       {
1546         ap.scrollUp(true);
1547       }
1548     }
1549     // TODO Update tooltip for new position.
1550   }
1551
1552   /**
1553    * DOCUMENT ME!
1554    *
1555    * @param evt
1556    *          DOCUMENT ME!
1557    */
1558   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1559   {
1560     final int res = findRes(evt);
1561     final int seq = findSeq(evt);
1562     oldSeq = seq;
1563     needOverviewUpdate = false;
1564
1565     startWrapBlock = wrappedBlock;
1566
1567     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1568     {
1569       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1570               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1571               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1572               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1573       return;
1574     }
1575
1576     if (seq < 0 || res < 0)
1577     {
1578       return;
1579     }
1580
1581     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1582
1583     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1584     {
1585       return;
1586     }
1587
1588     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1589
1590     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1591     {
1592       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1593       if (stretchGroup != null)
1594       {
1595         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1596         // focus on
1597         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1598       }
1599     }
1600
1601     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1602     {
1603       showPopupMenu(evt);
1604       return;
1605     }
1606
1607     /*
1608      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1609      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1610      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1611      */
1612     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1613     {
1614       return;
1615     }
1616
1617     if (av.cursorMode)
1618     {
1619       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1620       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1621       seqCanvas.repaint();
1622       return;
1623     }
1624
1625     if (stretchGroup == null)
1626     {
1627       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1628
1629       // define a new group here
1630       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1631       sg.setStartRes(res);
1632       sg.setEndRes(res);
1633       sg.addSequence(sequence, false);
1634       av.setSelectionGroup(sg);
1635       stretchGroup = sg;
1636
1637       if (av.getConservationSelected())
1638       {
1639         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1640                 ap.getViewName());
1641       }
1642
1643       if (av.getAbovePIDThreshold())
1644       {
1645         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1646                 ap.getViewName());
1647       }
1648       // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
1649       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1650       {
1651         // Edit end res position of selected group
1652         changeEndRes = true;
1653       }
1654       else if ((stretchGroup != null)
1655               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1656       {
1657         // Edit end res position of selected group
1658         changeStartRes = true;
1659       }
1660       stretchGroup.getWidth();
1661     }
1662
1663     seqCanvas.repaint();
1664   }
1665
1666   /**
1667    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
1668    *
1669    * @param evt
1670    * @param res
1671    * @param sequences
1672    */
1673   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
1674   {
1675     final int res = findRes(evt);
1676     final int seq = findSeq(evt);
1677     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1678     List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer()
1679             .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
1680                     sequence.findPosition(res));
1681     List<String> links = new ArrayList<String>();
1682     for (SequenceFeature sf : allFeatures)
1683     {
1684       if (sf.links != null)
1685       {
1686         for (String link : sf.links)
1687         {
1688           links.add(link);
1689         }
1690       }
1691     }
1692
1693     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, links);
1694     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1695   }
1696
1697   /**
1698    * DOCUMENT ME!
1699    *
1700    * @param evt
1701    *          DOCUMENT ME!
1702    */
1703   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1704   {
1705     if (stretchGroup == null)
1706     {
1707       return;
1708     }
1709     // always do this - annotation has own state
1710     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1711     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1712     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup();
1713     if (stretchGroup.cs != null)
1714     {
1715       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1716               av.getHiddenRepSequences());
1717
1718       ResidueShaderI groupColourScheme = stretchGroup.getGroupColourScheme();
1719       String name = stretchGroup.getName();
1720       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1721       {
1722         SliderPanel.setConservationSlider(ap, groupColourScheme, name);
1723       }
1724       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1725       {
1726         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, groupColourScheme, name);
1727       }
1728     }
1729     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1730     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1731     needOverviewUpdate = false;
1732     changeEndRes = false;
1733     changeStartRes = false;
1734     stretchGroup = null;
1735     av.sendSelection();
1736   }
1737
1738   /**
1739    * DOCUMENT ME!
1740    *
1741    * @param evt
1742    *          DOCUMENT ME!
1743    */
1744   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1745   {
1746     int res = findRes(evt);
1747     int y = findSeq(evt);
1748
1749     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1750     {
1751       return;
1752     }
1753
1754     if (stretchGroup == null)
1755     {
1756       return;
1757     }
1758
1759     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1760     {
1761       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1762     }
1763
1764     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1765     {
1766       // Edit end res position of selected group
1767       changeEndRes = true;
1768     }
1769     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1770     {
1771       // Edit start res position of selected group
1772       changeStartRes = true;
1773     }
1774
1775     if (res < av.getStartRes())
1776     {
1777       res = av.getStartRes();
1778     }
1779
1780     if (changeEndRes)
1781     {
1782       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1783       {
1784         stretchGroup.setEndRes(res);
1785         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1786       }
1787     }
1788     else if (changeStartRes)
1789     {
1790       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1791       {
1792         stretchGroup.setStartRes(res);
1793         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1794       }
1795     }
1796
1797     int dragDirection = 0;
1798
1799     if (y > oldSeq)
1800     {
1801       dragDirection = 1;
1802     }
1803     else if (y < oldSeq)
1804     {
1805       dragDirection = -1;
1806     }
1807
1808     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1809             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1810     {
1811       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1812       // selection is quite slow.
1813       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1814
1815       oldSeq += dragDirection;
1816
1817       if (oldSeq < 0)
1818       {
1819         break;
1820       }
1821
1822       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1823
1824       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1825       {
1826         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1827         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1828       }
1829       else
1830       {
1831         if (seq != null)
1832         {
1833           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1834         }
1835
1836         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1837         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1838       }
1839     }
1840
1841     if (oldSeq < 0)
1842     {
1843       oldSeq = -1;
1844     }
1845
1846     mouseDragging = true;
1847
1848     if (scrollThread != null)
1849     {
1850       scrollThread.setEvent(evt);
1851     }
1852
1853     seqCanvas.repaint();
1854   }
1855
1856   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1857   {
1858     if (evt == null)
1859     {
1860       if (scrollThread != null)
1861       {
1862         scrollThread.running = false;
1863         scrollThread = null;
1864       }
1865       mouseDragging = false;
1866     }
1867     else
1868     {
1869       if (scrollThread == null)
1870       {
1871         scrollThread = new ScrollThread();
1872       }
1873
1874       mouseDragging = true;
1875       scrollThread.setEvent(evt);
1876     }
1877
1878   }
1879
1880   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1881   class ScrollThread extends Thread
1882   {
1883     MouseEvent evt;
1884
1885     boolean running = false;
1886
1887     public ScrollThread()
1888     {
1889       start();
1890     }
1891
1892     public void setEvent(MouseEvent e)
1893     {
1894       evt = e;
1895     }
1896
1897     public void stopScrolling()
1898     {
1899       running = false;
1900     }
1901
1902     @Override
1903     public void run()
1904     {
1905       running = true;
1906
1907       while (running)
1908       {
1909         if (evt != null)
1910         {
1911           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1912           {
1913             running = ap.scrollUp(true);
1914           }
1915
1916           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1917                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
1918           {
1919             running = ap.scrollUp(false);
1920           }
1921
1922           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1923           {
1924             running = ap.scrollRight(false);
1925           }
1926           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1927           {
1928             running = ap.scrollRight(true);
1929           }
1930         }
1931
1932         try
1933         {
1934           Thread.sleep(20);
1935         } catch (Exception ex)
1936         {
1937         }
1938       }
1939     }
1940   }
1941
1942   /**
1943    * modify current selection according to a received message.
1944    */
1945   @Override
1946   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1947           SelectionSource source)
1948   {
1949     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1950     // handles selection messages...
1951     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1952     // shared between viewports.
1953     boolean iSentTheSelection = (av == source || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1954             .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())));
1955     if (iSentTheSelection || !av.followSelection)
1956     {
1957       return;
1958     }
1959
1960     /*
1961      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
1962      */
1963     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
1964     {
1965       return;
1966     }
1967
1968     /*
1969      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1970      * complement.
1971      */
1972     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1973     {
1974       return;
1975     }
1976
1977     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1978     // suspect)
1979     /*
1980      * only copy colsel if there is a real intersection between
1981      * sequence selection and this panel's alignment
1982      */
1983     boolean repaint = false;
1984     boolean copycolsel = false;
1985
1986     SequenceGroup sgroup = null;
1987     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1988     {
1989       if (av.getAlignment() == null)
1990       {
1991         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
1992                 + " ViewId=" + av.getViewId()
1993                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
1994         return;
1995       }
1996       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1997               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1998       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1999       {
2000         copycolsel = true;
2001       }
2002     }
2003     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2004     {
2005       av.setSelectionGroup(sgroup);
2006     }
2007     else
2008     {
2009       av.setSelectionGroup(null);
2010     }
2011     av.isSelectionGroupChanged(true);
2012     repaint = true;
2013
2014     if (copycolsel)
2015     {
2016       // the current selection is unset or from a previous message
2017       // so import the new colsel.
2018       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2019       {
2020         if (av.getColumnSelection() != null)
2021         {
2022           av.getColumnSelection().clear();
2023           repaint = true;
2024         }
2025       }
2026       else
2027       {
2028         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2029         if (av.getColumnSelection() == null)
2030         {
2031           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2032         }
2033         else
2034         {
2035           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
2036         }
2037       }
2038       av.isColSelChanged(true);
2039       repaint = true;
2040     }
2041
2042     if (copycolsel
2043             && av.hasHiddenColumns()
2044             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
2045                     .getHiddenColumns() == null))
2046     {
2047       System.err.println("Bad things");
2048     }
2049     if (repaint) // always true!
2050     {
2051       // probably finessing with multiple redraws here
2052       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2053       // ap.paintAlignment(false);
2054     }
2055   }
2056
2057   /**
2058    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2059    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2060    * returns false.
2061    *
2062    * @param seqsel
2063    * @param colsel
2064    * @param source
2065    */
2066   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2067           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
2068   {
2069     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2070     {
2071       return false;
2072     }
2073     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2074     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2075             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2076     {
2077       return false;
2078     }
2079
2080     /*
2081      * Map sequence selection
2082      */
2083     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2084     av.setSelectionGroup(sg);
2085     av.isSelectionGroupChanged(true);
2086
2087     /*
2088      * Map column selection
2089      */
2090     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2091             av);
2092     av.setColumnSelection(cs);
2093
2094     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2095
2096     return true;
2097   }
2098 }