src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends JPanel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  14   public    AlignmentPanel    ap;\r
  15 \r
  16   protected int lastres;\r
  17   protected int startseq;\r
  18   int startEdit=-1;\r
  19   int endEdit=-1;\r
  20 \r
  21   protected AlignViewport av;\r
  22 \r
  23   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  24   int seqEditOccurred = -1;\r
  25 \r
  26   ScrollThread scrollThread = null;\r
  27   boolean mouseDragging = false;\r
  28 \r
  29   boolean editingSeqs = false;\r
  30   boolean groupEditing = false;\r
  31 \r
  32 \r
  33   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  34     this.av         = avp;\r
  35 \r
  36     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  37     setLayout(new BorderLayout());\r
  38     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  39 \r
  40     ap = p;\r
  41 \r
  42     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  43     {\r
  44       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  45       {\r
  46        if(av.getWrapAlignment())\r
  47          return;\r
  48         doMouseMoved(evt);    }\r
  49 \r
  50       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  51       {\r
  52         if(av.getWrapAlignment())\r
  53          return;\r
  54         if( editingSeqs )\r
  55           doMouseDragged(evt);\r
  56         else\r
  57           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  58       }\r
  59     });\r
  60 \r
  61     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  62     {\r
  63       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  64       {\r
  65         if(av.getWrapAlignment())\r
  66          return;\r
  67         if(editingSeqs)\r
  68           doMouseReleased(evt);\r
  69         else\r
  70           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  71 \r
  72       }\r
  73       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if(av.getWrapAlignment())\r
  76          return;\r
  77         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  78         {\r
  79           if(evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  80             groupEditing = true;\r
  81 \r
  82           editingSeqs = true;\r
  83           doMousePressed(evt);\r
  84         }\r
  85         else\r
  86           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  87       }\r
  88       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  89       {\r
  90         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  91                 return;\r
  92               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  93 \r
  94       }\r
  95       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  96       {\r
  97         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  98           return;\r
  99         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 100       }\r
 101 \r
 102     });\r
 103     repaint();\r
 104   }\r
 105 \r
 106 \r
 107   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 108 \r
 109     if(seqEditOccurred>-1)\r
 110       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 111 \r
 112     startseq = -1;\r
 113     lastres  = -1;\r
 114     seqEditOccurred = -1;\r
 115     editingSeqs  = false;\r
 116     groupEditing = false;\r
 117 \r
 118     ap.repaint();\r
 119   }\r
 120 \r
 121   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 122 \r
 123     ap.alignFrame.addHistoryItem( new HistoryItem(\r
 124         "Edit Sequence",av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 125 \r
 126     int seq;\r
 127     int res;\r
 128 \r
 129     int x = evt.getX();\r
 130     int y = evt.getY();\r
 131 \r
 132     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 133     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 134 \r
 135     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 136         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 137     {\r
 138       startseq = seq;\r
 139       lastres = res;\r
 140     }\r
 141     else\r
 142     {\r
 143       startseq = -1;\r
 144       lastres = -1;\r
 145     }\r
 146 \r
 147     startEdit = lastres;\r
 148     endEdit = lastres;\r
 149 \r
 150     return;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 154   {\r
 155     int res=0, seq=0;\r
 156     int x = evt.getX();\r
 157     int y = evt.getY();\r
 158     if(av.wrapAlignment)\r
 159     {\r
 160       y -= 2*av.charHeight;\r
 161       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 162 \r
 163 \r
 164       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 165 \r
 166       y %= chunkHeight;\r
 167       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 168 \r
 169     }\r
 170     else\r
 171     {\r
 172       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 173       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 174     }\r
 175 \r
 176 \r
 177     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 178       return;\r
 179 \r
 180     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 181     if(res>sequence.getLength())\r
 182       return;\r
 183 \r
 184     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 185     String aa = "";\r
 186     if(obj!=null)\r
 187          aa = obj.toString();\r
 188 \r
 189     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 190     if(aa!="")\r
 191       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 192 \r
 193     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 194 \r
 195     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 196     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 197     {\r
 198       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 199       Enumeration e = features.elements();\r
 200       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 201 \r
 202 \r
 203       while (e.hasMoreElements())\r
 204       {\r
 205         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 206         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 207             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 208         {\r
 209           if(sbuffer.length()>0)\r
 210             sbuffer.append("; ");\r
 211           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 212           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 213             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 214         }\r
 215 \r
 216       }\r
 217 \r
 218       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 219       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 220     }\r
 221 \r
 222 \r
 223   }\r
 224 \r
 225   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 226 \r
 227     // If we're dragging we're editing\r
 228     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 229     if (res < 0)\r
 230       res = 0;\r
 231 \r
 232     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 233       return;\r
 234 \r
 235     boolean dragRight = true;\r
 236     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 237       dragRight = false;\r
 238 \r
 239 \r
 240     if (res != lastres)\r
 241     {\r
 242         // Group editing\r
 243         if (groupEditing)\r
 244         {\r
 245           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 246           if(sg==null)\r
 247           {\r
 248             lastres=-1;\r
 249             return;\r
 250           }\r
 251 \r
 252             // drag to right\r
 253             if(dragRight)\r
 254                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 255 \r
 256             // drag to left\r
 257             else\r
 258             {\r
 259                /// Are we able to delete?\r
 260                // ie are all columns blank?\r
 261                boolean deleteAllowed = false;\r
 262               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 263               {\r
 264                 SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 265                 for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 266                 {\r
 267                   if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 268                     continue;\r
 269 \r
 270                   if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 271                   {\r
 272                     // Not a gap, block edit not valid\r
 273                     res=j+1;\r
 274                     deleteAllowed = false;\r
 275                     continue;\r
 276                   }\r
 277                   deleteAllowed = true;\r
 278                 }\r
 279               }\r
 280 \r
 281               if(!deleteAllowed)\r
 282               {\r
 283                 lastres = -1;\r
 284                 return;\r
 285               }\r
 286 \r
 287               sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 288             }\r
 289 \r
 290 \r
 291             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 292             {\r
 293               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 294               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 295 \r
 296               // drag to right\r
 297               if (dragRight)\r
 298                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 299                   insertChar(j, k);\r
 300 \r
 301               // drag to left\r
 302               else\r
 303               {\r
 304                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 305                 {\r
 306                   if(s.getLength()>j)\r
 307                     deleteChar(res, k);\r
 308                 }\r
 309               }\r
 310             }\r
 311         }\r
 312         else /////Editing a single sequence///////////\r
 313         {\r
 314           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 315           {\r
 316             // dragging to the right\r
 317             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 318               insertChar(j, startseq);\r
 319           }\r
 320           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 321           {\r
 322             // dragging to the left\r
 323             for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 324             {\r
 325               if( jalview.util.Comparison.isGap(\r
 326                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 327 \r
 328               deleteChar(res, startseq);\r
 329               else\r
 330               {\r
 331 \r
 332                 break;\r
 333               }\r
 334             }\r
 335           }\r
 336 \r
 337         }\r
 338     }\r
 339 \r
 340     endEdit = res;\r
 341     lastres = res;\r
 342     repaint();\r
 343   }\r
 344 \r
 345   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 346     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 347     repaint();\r
 348   }\r
 349 \r
 350   public void insertChar(int j, int seq)\r
 351   {\r
 352     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 353     seqEditOccurred=seq;\r
 354   }\r
 355 \r
 356   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 357   {\r
 358     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 359     seqEditOccurred=seq;\r
 360 \r
 361     av.alignment.getWidth();\r
 362     repaint();\r
 363   }\r
 364 \r
 365 \r
 366   void editOccurred(int i)\r
 367   {\r
 368     if(endEdit==startEdit)\r
 369     {\r
 370       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 371       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 372     }\r
 373 \r
 374     av.updateConservation();\r
 375     av.updateConsensus();\r
 376 \r
 377     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 378     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 379       cs = ( (ConservationColourScheme) cs).cs;\r
 380 \r
 381     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 382       cs = new ClustalxColourScheme(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 383 \r
 384     ap.alignFrame.changeColour(cs);\r
 385 \r
 386   }\r
 387 \r
 388 //////////////////////////////////////////\r
 389 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 390 //////////////////////////////////////////\r
 391   int oldSeq = -1;\r
 392   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 393   {\r
 394     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 395     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 396     oldSeq = seq;\r
 397 \r
 398     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 399 \r
 400     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 401       return;\r
 402 \r
 403     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 404 \r
 405     if(stretchGroup == null)\r
 406      {\r
 407        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 408        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 409          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 410        else\r
 411          stretchGroup = null;\r
 412      }\r
 413 \r
 414     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 415             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 416             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 417      {\r
 418        stretchGroup = null;\r
 419 \r
 420        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 421 \r
 422        if (allGroups != null)\r
 423          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 424            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 425                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 426            {\r
 427              stretchGroup = allGroups[i];\r
 428              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 429              break;\r
 430            }\r
 431      }\r
 432 \r
 433     if(stretchGroup==null)\r
 434     {\r
 435       // define a new group here\r
 436       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 437       sg.setStartRes(res);\r
 438       sg.setEndRes(res);\r
 439       sg.addSequence( sequence );\r
 440       av.setSelectionGroup( sg );\r
 441       stretchGroup = sg;\r
 442 \r
 443       if(av.getConservationSelected())\r
 444         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 445       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 446         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 447 \r
 448     }\r
 449     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 450     {\r
 451         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 452         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 453 \r
 454     // edit the properties of existing group\r
 455     }\r
 456 \r
 457     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 458       // Edit end res position of selected group\r
 459       changeEndRes = true;\r
 460 \r
 461    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 462       // Edit end res position of selected group\r
 463       changeStartRes = true;\r
 464 \r
 465     stretchGroup.getWidth();\r
 466 \r
 467     repaint();\r
 468 \r
 469   }\r
 470 \r
 471   boolean changeEndSeq = false;\r
 472   boolean changeStartSeq = false;\r
 473   boolean changeEndRes = false;\r
 474   boolean changeStartRes = false;\r
 475   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 476 \r
 477   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 478   {\r
 479     mouseDragging = false;\r
 480 \r
 481     if(stretchGroup==null)\r
 482       return;\r
 483 \r
 484     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 485     {\r
 486       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 487       repaint();\r
 488     }\r
 489 \r
 490     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 491     {\r
 492        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 493        stretchGroup.cs = ccs;\r
 494        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 495 \r
 496        repaint();\r
 497     }\r
 498     else\r
 499     {\r
 500       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 501       {\r
 502         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 503         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 504       }\r
 505 \r
 506     }\r
 507 \r
 508 \r
 509     changeEndRes = false;\r
 510     changeStartRes = false;\r
 511     stretchGroup = null;\r
 512     ap.idPanel.repaint();\r
 513   }\r
 514 \r
 515 \r
 516   boolean remove = false;\r
 517   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 518   {\r
 519     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 520     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 521 \r
 522     if(stretchGroup==null)\r
 523       return;\r
 524 \r
 525     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 526       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 527 \r
 528 \r
 529     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 530       // Edit end res position of selected group\r
 531       changeEndRes = true;\r
 532 \r
 533     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 534       // Edit start res position of selected group\r
 535       changeStartRes = true;\r
 536 \r
 537 \r
 538     if(res<av.getStartRes())\r
 539       res = av.getStartRes();\r
 540     else if(res>av.getEndRes())\r
 541       res = av.getEndRes();\r
 542 \r
 543     if(changeEndRes)\r
 544     {\r
 545       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 546         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 547     }\r
 548     else if(changeStartRes)\r
 549     {\r
 550       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 551         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 552     }\r
 553 \r
 554     int dragDirection = 0;\r
 555     if (y > oldSeq)\r
 556       dragDirection = 1;\r
 557     else if (y < oldSeq)\r
 558       dragDirection = -1;\r
 559 \r
 560     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 561     {\r
 562       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 563       // selection is quite slow.\r
 564       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 565 \r
 566       oldSeq += dragDirection;\r
 567       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 568 \r
 569       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 570       {\r
 571         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 572         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 573       }\r
 574       else\r
 575       {\r
 576        if(seq!=null)\r
 577         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 578         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 579       }\r
 580     }\r
 581     oldSeq = y;\r
 582     mouseDragging = true;\r
 583     if(scrollThread!=null)\r
 584       scrollThread.setEvent(evt);\r
 585 \r
 586     repaint();\r
 587   }\r
 588 \r
 589   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 590   {\r
 591     if (scrollThread != null)\r
 592       scrollThread.running = false;\r
 593   }\r
 594 \r
 595   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 596   {\r
 597     if (av.getWrapAlignment())\r
 598       return;\r
 599 \r
 600     if(mouseDragging)\r
 601       scrollThread = new ScrollThread();\r
 602 \r
 603   }\r
 604   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 605   class ScrollThread extends Thread\r
 606   {\r
 607     MouseEvent evt;\r
 608     boolean running = false;\r
 609     public ScrollThread()\r
 610     {\r
 611       start();\r
 612     }\r
 613 \r
 614     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 615     {\r
 616       evt = e;\r
 617     }\r
 618 \r
 619     public void stopScrolling()\r
 620     {\r
 621       running = false;\r
 622     }\r
 623 \r
 624     public void run()\r
 625     {\r
 626       running = true;\r
 627       while (running)\r
 628       {\r
 629         if(evt!=null)\r
 630         {\r
 631 \r
 632           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 633             running = ap.scrollUp(true);\r
 634 \r
 635           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 636               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 637             running = ap.scrollUp(false);\r
 638 \r
 639           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 640             running = ap.scrollRight(true);\r
 641 \r
 642           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 643             running = ap.scrollRight(false);\r
 644         }\r
 645 \r
 646         try\r
 647         {\r
 648           Thread.sleep(75);\r
 649         }\r
 650         catch (Exception ex)\r
 651         {}\r
 652       }\r
 653     }\r
 654 }\r
 655 \r
 656 \r
 657 \r
 658 }\r
 659 \r
 660 \r
 661 \r
 662 \r