src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  32 import jalview.datamodel.SearchResults;
  33 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  34 import jalview.datamodel.Sequence;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  40 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  41 import jalview.structure.SelectionListener;
  42 import jalview.structure.SelectionSource;
  43 import jalview.structure.SequenceListener;
  44 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  45 import jalview.structure.VamsasSource;
  46 import jalview.util.Comparison;
  47 import jalview.util.MappingUtils;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.Platform;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51
  52 import java.awt.BorderLayout;
  53 import java.awt.Color;
  54 import java.awt.Font;
  55 import java.awt.FontMetrics;
  56 import java.awt.Point;
  57 import java.awt.event.MouseEvent;
  58 import java.awt.event.MouseListener;
  59 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  60 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  61 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  62 import java.util.Collections;
  63 import java.util.List;
  64
  65 import javax.swing.JPanel;
  66 import javax.swing.SwingUtilities;
  67 import javax.swing.ToolTipManager;
  68
  69 /**
  70  * DOCUMENT ME!
  71  *
  72  * @author $author$
  73  * @version $Revision: 1.130 $
  74  */
  75 public class SeqPanel extends JPanel
  76         implements MouseListener, MouseMotionListener, MouseWheelListener,
  77         SequenceListener, SelectionListener
  78 {
  79   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 300;
  80
  81   public SeqCanvas seqCanvas;
  82
  83   public AlignmentPanel ap;
  84
  85   /*
  86    * last column position for mouseMoved event
  87    */
  88   private int lastMouseColumn;
  89
  90   /*
  91    * last sequence offset for mouseMoved event
  92    */
  93   private int lastMouseSeq;
  94
  95   protected int editLastRes;
  96
  97   protected int editStartSeq;
  98
  99   protected AlignViewport av;
 100
 101   ScrollThread scrollThread = null;
 102
 103   boolean mouseDragging = false;
 104
 105   boolean editingSeqs = false;
 106
 107   boolean groupEditing = false;
 108
 109   // ////////////////////////////////////////
 110   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 111   // ////////////////////////////////////////
 112   int oldSeq = -1;
 113
 114   boolean changeEndSeq = false;
 115
 116   boolean changeStartSeq = false;
 117
 118   boolean changeEndRes = false;
 119
 120   boolean changeStartRes = false;
 121
 122   SequenceGroup stretchGroup = null;
 123
 124   boolean remove = false;
 125
 126   Point lastMousePress;
 127
 128   boolean mouseWheelPressed = false;
 129
 130   StringBuffer keyboardNo1;
 131
 132   StringBuffer keyboardNo2;
 133
 134   java.net.URL linkImageURL;
 135
 136   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 137
 138   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 139
 140   String tmpString;
 141
 142   EditCommand editCommand;
 143
 144   StructureSelectionManager ssm;
 145
 146   SearchResultsI lastSearchResults;
 147
 148   /**
 149    * Creates a new SeqPanel object
 150    *
 151    * @param viewport
 152    * @param alignPanel
 153    */
 154   public SeqPanel(AlignViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
 155   {
 156     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 157     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 158     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 159     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 160     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 161     this.av = viewport;
 162     setBackground(Color.white);
 163
 164     seqCanvas = new SeqCanvas(alignPanel);
 165     setLayout(new BorderLayout());
 166     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 167
 168     this.ap = alignPanel;
 169
 170     if (!viewport.isDataset())
 171     {
 172       addMouseMotionListener(this);
 173       addMouseListener(this);
 174       addMouseWheelListener(this);
 175       ssm = viewport.getStructureSelectionManager();
 176       ssm.addStructureViewerListener(this);
 177       ssm.addSelectionListener(this);
 178     }
 179
 180     lastMouseColumn = -1;
 181     lastMouseSeq = -1;
 182   }
 183
 184   int startWrapBlock = -1;
 185
 186   int wrappedBlock = -1;
 187
 188   /**
 189    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 190    * the closest visible one
 191    *
 192    * @param evt
 193    * @return
 194    */
 195   int findColumn(MouseEvent evt)
 196   {
 197     int res = 0;
 198     int x = evt.getX();
 199
 200     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 201     if (av.getWrapAlignment())
 202     {
 203
 204       int hgap = av.getCharHeight();
 205       if (av.getScaleAboveWrapped())
 206       {
 207         hgap += av.getCharHeight();
 208       }
 209
 210       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 211               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 212
 213       int y = evt.getY();
 214       y = Math.max(0, y - hgap);
 215       x = Math.max(0, x - seqCanvas.getLabelWidthWest());
 216
 217       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 218       if (cwidth < 1)
 219       {
 220         return 0;
 221       }
 222
 223       wrappedBlock = y / cHeight;
 224       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 225       // allow for wrapped view scrolled right (possible from Overview)
 226       int startOffset = startRes % cwidth;
 227       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 228               + +Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 229     }
 230     else
 231     {
 232       if (x > seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth())
 233       {
 234         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 235         // right-hand gutter
 236         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 237       }
 238       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 239       if (res > av.getRanges().getEndRes())
 240       {
 241         // moused off right
 242         res = av.getRanges().getEndRes();
 243       }
 244     }
 245
 246     if (av.hasHiddenColumns())
 247     {
 248       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 249               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 250     }
 251
 252     return res;
 253
 254   }
 255
 256   int findSeq(MouseEvent evt)
 257   {
 258     int seq = 0;
 259     int y = evt.getY();
 260
 261     if (av.getWrapAlignment())
 262     {
 263       int hgap = av.getCharHeight();
 264       if (av.getScaleAboveWrapped())
 265       {
 266         hgap += av.getCharHeight();
 267       }
 268
 269       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 270               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 271
 272       y -= hgap;
 273
 274       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(),
 275               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 276     }
 277     else
 278     {
 279       seq = Math.min(
 280               (y / av.getCharHeight()) + av.getRanges().getStartSeq(),
 281               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 282     }
 283
 284     return seq;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 289    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 290    */
 291   void endEditing()
 292   {
 293     try
 294     {
 295       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 296       {
 297         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 298         av.firePropertyChange("alignment", null,
 299                 av.getAlignment().getSequences());
 300       }
 301     } finally
 302     {
 303       /*
 304        * Tidy up come what may...
 305        */
 306       editStartSeq = -1;
 307       editLastRes = -1;
 308       editingSeqs = false;
 309       groupEditing = false;
 310       keyboardNo1 = null;
 311       keyboardNo2 = null;
 312       editCommand = null;
 313     }
 314   }
 315
 316   void setCursorRow()
 317   {
 318     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 319     scrollToVisible(true);
 320   }
 321
 322   void setCursorColumn()
 323   {
 324     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 325     scrollToVisible(true);
 326   }
 327
 328   void setCursorRowAndColumn()
 329   {
 330     if (keyboardNo2 == null)
 331     {
 332       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 333     }
 334     else
 335     {
 336       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 337       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 338       scrollToVisible(true);
 339     }
 340   }
 341
 342   void setCursorPosition()
 343   {
 344     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 345
 346     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 347     scrollToVisible(true);
 348   }
 349
 350   void moveCursor(int dx, int dy)
 351   {
 352     seqCanvas.cursorX += dx;
 353     seqCanvas.cursorY += dy;
 354
 355     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 356
 357     if (av.hasHiddenColumns() && !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 358     {
 359       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 360       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 361
 362       if (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 363       {
 364         int visx = hidden.absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX - dx);
 365         int[] region = hidden.getRegionWithEdgeAtRes(visx);
 366
 367         if (region != null) // just in case
 368         {
 369           if (dx == 1)
 370           {
 371             // moving right
 372             seqCanvas.cursorX = region[1] + 1;
 373           }
 374           else if (dx == -1)
 375           {
 376             // moving left
 377             seqCanvas.cursorX = region[0] - 1;
 378           }
 379         }
 380         seqCanvas.cursorX = (seqCanvas.cursorX < 0) ? 0 : seqCanvas.cursorX;
 381       }
 382
 383       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 384               || !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 385       {
 386         seqCanvas.cursorX = original;
 387       }
 388     }
 389
 390     scrollToVisible(false);
 391   }
 392
 393   /**
 394    * Scroll to make the cursor visible in the viewport.
 395    *
 396    * @param jump
 397    *          just jump to the location rather than scrolling
 398    */
 399   void scrollToVisible(boolean jump)
 400   {
 401     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 402     {
 403       seqCanvas.cursorX = 0;
 404     }
 405     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 406     {
 407       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 408     }
 409
 410     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 411     {
 412       seqCanvas.cursorY = 0;
 413     }
 414     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 415     {
 416       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 417     }
 418
 419     endEditing();
 420
 421     boolean repaintNeeded = true;
 422     if (jump)
 423     {
 424       // only need to repaint if the viewport did not move, as otherwise it will
 425       // get a repaint
 426       repaintNeeded = !av.getRanges().setViewportLocation(seqCanvas.cursorX,
 427               seqCanvas.cursorY);
 428     }
 429     else
 430     {
 431       if (av.getWrapAlignment())
 432       {
 433         // scrollToWrappedVisible expects x-value to have hidden cols subtracted
 434         int x = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 435                 .absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX);
 436         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(x);
 437       }
 438       else
 439       {
 440         av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX,
 441                 seqCanvas.cursorY);
 442       }
 443     }
 444
 445     if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 446     {
 447       setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 448             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 449     }
 450
 451     if (repaintNeeded)
 452     {
 453       seqCanvas.repaint();
 454     }
 455   }
 456
 457
 458   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 459   {
 460     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 461
 462     if (av.getSelectionGroup() != null)
 463     {
 464       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 465       // Find the top and bottom of this group
 466       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 467       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 468       {
 469         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 470         if (index > max)
 471         {
 472           max = index;
 473         }
 474         if (index < min)
 475         {
 476           min = index;
 477         }
 478       }
 479
 480       max++;
 481
 482       if (topLeft)
 483       {
 484         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 485         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 486         {
 487           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 488         }
 489
 490         min = seqCanvas.cursorY;
 491       }
 492       else
 493       {
 494         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 495         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 496         {
 497           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 498         }
 499
 500         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 501       }
 502
 503       if (min > max)
 504       {
 505         // Only the user can do this
 506         av.setSelectionGroup(null);
 507       }
 508       else
 509       {
 510         // Now add any sequences between min and max
 511         sg.getSequences(null).clear();
 512         for (int i = min; i < max; i++)
 513         {
 514           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 515         }
 516       }
 517     }
 518
 519     if (av.getSelectionGroup() == null)
 520     {
 521       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 522       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 523       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 524       sg.addSequence(sequence, false);
 525       av.setSelectionGroup(sg);
 526     }
 527
 528     ap.paintAlignment(false, false);
 529     av.sendSelection();
 530   }
 531
 532   void insertGapAtCursor(boolean group)
 533   {
 534     groupEditing = group;
 535     editStartSeq = seqCanvas.cursorY;
 536     editLastRes = seqCanvas.cursorX;
 537     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 538     endEditing();
 539   }
 540
 541   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 542   {
 543     groupEditing = group;
 544     editStartSeq = seqCanvas.cursorY;
 545     editLastRes = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 546     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 547     endEditing();
 548   }
 549
 550   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 551   {
 552     // TODO not called - delete?
 553     groupEditing = group;
 554     editStartSeq = seqCanvas.cursorY;
 555     editLastRes = seqCanvas.cursorX;
 556     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 557     endEditing();
 558   }
 559
 560   void numberPressed(char value)
 561   {
 562     if (keyboardNo1 == null)
 563     {
 564       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 565     }
 566
 567     if (keyboardNo2 != null)
 568     {
 569       keyboardNo2.append(value);
 570     }
 571     else
 572     {
 573       keyboardNo1.append(value);
 574     }
 575   }
 576
 577   int getKeyboardNo1()
 578   {
 579     try
 580     {
 581       if (keyboardNo1 != null)
 582       {
 583         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 584         keyboardNo1 = null;
 585         return value;
 586       }
 587     } catch (Exception x)
 588     {
 589     }
 590     keyboardNo1 = null;
 591     return 1;
 592   }
 593
 594   int getKeyboardNo2()
 595   {
 596     try
 597     {
 598       if (keyboardNo2 != null)
 599       {
 600         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 601         keyboardNo2 = null;
 602         return value;
 603       }
 604     } catch (Exception x)
 605     {
 606     }
 607     keyboardNo2 = null;
 608     return 1;
 609   }
 610
 611   /**
 612    * DOCUMENT ME!
 613    *
 614    * @param evt
 615    *          DOCUMENT ME!
 616    */
 617   @Override
 618   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 619   {
 620     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 621     mouseDragging = false;
 622     mouseWheelPressed = false;
 623
 624     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 625     {
 626       showPopupMenu(evt);
 627       evt.consume();
 628       return;
 629     }
 630
 631     if (!editingSeqs)
 632     {
 633       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 634       return;
 635     }
 636
 637     endEditing();
 638   }
 639
 640   /**
 641    * DOCUMENT ME!
 642    *
 643    * @param evt
 644    *          DOCUMENT ME!
 645    */
 646   @Override
 647   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 648   {
 649     lastMousePress = evt.getPoint();
 650
 651     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 652     {
 653       mouseWheelPressed = true;
 654       return;
 655     }
 656
 657     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 658     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 659     {
 660       editingSeqs = true;
 661       if (isControlDown)
 662       {
 663         groupEditing = true;
 664       }
 665     }
 666     else
 667     {
 668       doMousePressedDefineMode(evt);
 669       return;
 670     }
 671
 672     int seq = findSeq(evt);
 673     int res = findColumn(evt);
 674
 675     if (seq < 0 || res < 0)
 676     {
 677       return;
 678     }
 679
 680     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 681             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 682     {
 683       editStartSeq = seq;
 684       editLastRes = res;
 685     }
 686     else
 687     {
 688       editStartSeq = -1;
 689       editLastRes = -1;
 690     }
 691
 692     return;
 693   }
 694
 695   String lastMessage;
 696
 697   @Override
 698   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 699   {
 700     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 701
 702     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 703     {
 704       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 705       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 706     }
 707     lastMessage = tmp;
 708   }
 709
 710   /**
 711    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 712    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 713    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 714    * the start of the highlighted region.
 715    */
 716   @Override
 717   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 718   {
 719     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 720     {
 721       return;
 722     }
 723     lastSearchResults = results;
 724
 725     boolean wasScrolled = false;
 726
 727     if (av.isFollowHighlight())
 728     {
 729       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 730       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 731       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 732       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 733       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 734       wasScrolled = ap.scrollToPosition(results, false);
 735       if (wasScrolled)
 736       {
 737         seqCanvas.revalidate();
 738       }
 739       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 740     }
 741
 742     boolean noFastPaint = wasScrolled && av.getWrapAlignment();
 743     if (seqCanvas.highlightSearchResults(results, noFastPaint))
 744     {
 745       setStatusMessage(results);
 746     }
 747   }
 748
 749   @Override
 750   public VamsasSource getVamsasSource()
 751   {
 752     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 753   }
 754
 755   @Override
 756   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 757   {
 758     System.out.println("update the seqPanel colours");
 759     // repaint();
 760   }
 761
 762   /**
 763    * Action on mouse movement is to update the status bar to show the current
 764    * sequence position, and (if features are shown) to show any features at the
 765    * position in a tooltip. Does nothing if the mouse move does not change
 766    * residue position.
 767    *
 768    * @param evt
 769    */
 770   @Override
 771   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 772   {
 773     if (editingSeqs)
 774     {
 775       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 776       // If control is down, other platforms will not.
 777       mouseDragged(evt);
 778     }
 779
 780     final int column = findColumn(evt);
 781     final int seq = findSeq(evt);
 782
 783     if (column < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 784     {
 785       lastMouseSeq = -1;
 786       return;
 787     }
 788     if (column == lastMouseColumn && seq == lastMouseSeq)
 789     {
 790       /*
 791        * just a pixel move without change of residue
 792        */
 793       return;
 794     }
 795     lastMouseColumn = column;
 796     lastMouseSeq = seq;
 797
 798     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 799
 800     if (column >= sequence.getLength())
 801     {
 802       return;
 803     }
 804
 805     /*
 806      * set status bar message, returning residue position in sequence
 807      */
 808     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 809     final int pos = setStatusMessage(sequence, column, seq);
 810     if (ssm != null && !isGapped)
 811     {
 812       mouseOverSequence(sequence, column, pos);
 813     }
 814
 815     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 816
 817     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 818     if (groups != null)
 819     {
 820       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 821       {
 822         if (groups[g].getStartRes() <= column
 823                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 824         {
 825           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 826                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 827           {
 828             tooltipText.append(groups[g].getName());
 829           }
 830
 831           if (groups[g].getDescription() != null)
 832           {
 833             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 834           }
 835         }
 836       }
 837     }
 838
 839     /*
 840      * add any features at the position to the tooltip; if over a gap, only
 841      * add features that straddle the gap (pos may be the residue before or
 842      * after the gap)
 843      */
 844     if (av.isShowSequenceFeatures())
 845     {
 846       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 847               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
 848       seqARep.appendFeatures(tooltipText, pos, features,
 849               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
 850     }
 851     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 852     {
 853       setToolTipText(null);
 854       lastTooltip = null;
 855     }
 856     else
 857     {
 858       if (tooltipText.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH) // constant
 859       {
 860         tooltipText.setLength(MAX_TOOLTIP_LENGTH);
 861         tooltipText.append("...");
 862       }
 863       String textString = tooltipText.toString();
 864       if (lastTooltip == null || !lastTooltip.equals(textString))
 865       {
 866         String formattedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 867                 textString);
 868         setToolTipText(formattedTooltipText);
 869         lastTooltip = textString;
 870       }
 871     }
 872   }
 873
 874   private Point lastp = null;
 875
 876   /*
 877    * (non-Javadoc)
 878    *
 879    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 880    */
 881   @Override
 882   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 883   {
 884     int x = event.getX(), w = getWidth();
 885     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 886     // close to edge
 887     Point p = lastp;
 888     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 889     {
 890       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6)
 891               ? new Point(event.getX() + wdth, event.getY() - 20)
 892               : null;
 893     }
 894     /*
 895      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 896      */
 897     return lastp = p;
 898   }
 899
 900   String lastTooltip;
 901
 902   /**
 903    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 904    * shading in overviews and structures to be recalculated. this could be
 905    * changed to a something more expressive that indicates what actually has
 906    * changed, so selective redraws can be applied (ie. only structures, only
 907    * overview, etc)
 908    */
 909   private boolean updateOverviewAndStructs = false; // TODO: refactor to avcontroller
 910
 911   /**
 912    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
 913    * alignment view, rather than a transient selection
 914    */
 915   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
 916   // avcontroller or viewModel
 917
 918   /**
 919    * Sets the status message in alignment panel, showing the sequence number
 920    * (index) and id, and residue and residue position if not at a gap, for the
 921    * given sequence and column position. Returns the residue position returned
 922    * by Sequence.findPosition. Note this may be for the nearest adjacent residue
 923    * if at a gapped position.
 924    *
 925    * @param sequence
 926    *          aligned sequence object
 927    * @param column
 928    *          alignment column
 929    * @param seqIndex
 930    *          index of sequence in alignment
 931    * @return sequence position of residue at column, or adjacent residue if at a
 932    *         gap
 933    */
 934   int setStatusMessage(SequenceI sequence, final int column, int seqIndex)
 935   {
 936     char sequenceChar = sequence.getCharAt(column);
 937     int pos = sequence.findPosition(column);
 938     setStatusMessage(sequence, seqIndex, sequenceChar, pos);
 939
 940     return pos;
 941   }
 942
 943   /**
 944    * Builds the status message for the current cursor location and writes it to
 945    * the status bar, for example
 946    *
 947    * <pre>
 948    * Sequence 3 ID: FER1_SOLLC
 949    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: THR (4)
 950    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: B (3)
 951    * Sequence 6 ID: O.niloticus.3 Nucleotide: Uracil (2)
 952    * </pre>
 953    *
 954    * @param sequence
 955    * @param seqIndex
 956    *          sequence position in the alignment (1..)
 957    * @param sequenceChar
 958    *          the character under the cursor
 959    * @param residuePos
 960    *          the sequence residue position (if not over a gap)
 961    */
 962   protected void setStatusMessage(SequenceI sequence, int seqIndex,
 963           char sequenceChar, int residuePos)
 964   {
 965     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 966
 967     /*
 968      * Sequence number (if known), and sequence name.
 969      */
 970     String seqno = seqIndex == -1 ? "" : " " + (seqIndex + 1);
 971     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
 972             .append(sequence.getName());
 973
 974     String residue = null;
 975
 976     /*
 977      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 978      */
 979     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequenceChar);
 980
 981     if (!isGapped)
 982     {
 983       boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 984       String displayChar = String.valueOf(sequenceChar);
 985       if (nucleotide)
 986       {
 987         residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 988       }
 989       else
 990       {
 991         residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 992                 : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
 993                         : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
 994       }
 995       text.append(" ").append(nucleotide ? "Nucleotide" : "Residue")
 996               .append(": ").append(residue == null ? displayChar : residue);
 997
 998       text.append(" (").append(Integer.toString(residuePos)).append(")");
 999     }
1000     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
1001   }
1002
1003   /**
1004    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
1005    * search results.
1006    *
1007    * @param results
1008    */
1009   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
1010   {
1011     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
1012     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
1013     if (sequenceIndex == -1)
1014     {
1015       return;
1016     }
1017     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
1018     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
1019     {
1020       SequenceI seq = m.getSequence();
1021       if (seq.getDatasetSequence() != null)
1022       {
1023         seq = seq.getDatasetSequence();
1024       }
1025
1026       if (seq == ds)
1027       {
1028         int start = m.getStart();
1029         setStatusMessage(seq, sequenceIndex, seq.getCharAt(start - 1),
1030                 start);
1031         return;
1032       }
1033     }
1034   }
1035
1036   /**
1037    * {@inheritDoc}
1038    */
1039   @Override
1040   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
1041   {
1042     if (mouseWheelPressed)
1043     {
1044       boolean inSplitFrame = ap.av.getCodingComplement() != null;
1045       boolean copyChanges = inSplitFrame && av.isProteinFontAsCdna();
1046
1047       int oldWidth = av.getCharWidth();
1048
1049       // Which is bigger, left-right or up-down?
1050       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math
1051               .abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))
1052       {
1053         /*
1054          * on drag up or down, decrement or increment font size
1055          */
1056         int fontSize = av.font.getSize();
1057         boolean fontChanged = false;
1058
1059         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
1060         {
1061           fontChanged = true;
1062           fontSize--;
1063         }
1064         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
1065         {
1066           fontChanged = true;
1067           fontSize++;
1068         }
1069
1070         if (fontSize < 1)
1071         {
1072           fontSize = 1;
1073         }
1074
1075         if (fontChanged)
1076         {
1077           Font newFont = new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(),
1078                   fontSize);
1079           av.setFont(newFont, true);
1080           av.setCharWidth(oldWidth);
1081           ap.fontChanged();
1082           if (copyChanges)
1083           {
1084             ap.av.getCodingComplement().setFont(newFont, true);
1085             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1086                     .getSplitViewContainer();
1087             splitFrame.adjustLayout();
1088             splitFrame.repaint();
1089           }
1090         }
1091       }
1092       else
1093       {
1094         /*
1095          * on drag left or right, decrement or increment character width
1096          */
1097         int newWidth = 0;
1098         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
1099         {
1100           newWidth = av.getCharWidth() - 1;
1101           av.setCharWidth(newWidth);
1102         }
1103         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
1104         {
1105           newWidth = av.getCharWidth() + 1;
1106           av.setCharWidth(newWidth);
1107         }
1108         if (newWidth > 0)
1109         {
1110           ap.paintAlignment(false, false);
1111           if (copyChanges)
1112           {
1113             /*
1114              * need to ensure newWidth is set on cdna, regardless of which
1115              * panel the mouse drag happened in; protein will compute its
1116              * character width as 1:1 or 3:1
1117              */
1118             av.getCodingComplement().setCharWidth(newWidth);
1119             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1120                     .getSplitViewContainer();
1121             splitFrame.adjustLayout();
1122             splitFrame.repaint();
1123           }
1124         }
1125       }
1126
1127       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1128       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1129
1130       lastMousePress = evt.getPoint();
1131
1132       return;
1133     }
1134
1135     if (!editingSeqs)
1136     {
1137       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1138       return;
1139     }
1140
1141     int res = findColumn(evt);
1142
1143     if (res < 0)
1144     {
1145       res = 0;
1146     }
1147
1148     if ((editLastRes == -1) || (editLastRes == res))
1149     {
1150       return;
1151     }
1152
1153     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < editLastRes))
1154     {
1155       // dragLeft, delete gap
1156       editSequence(false, false, res);
1157     }
1158     else
1159     {
1160       editSequence(true, false, res);
1161     }
1162
1163     mouseDragging = true;
1164     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1165     {
1166       scrollThread.setEvent(evt);
1167     }
1168   }
1169
1170   /**
1171    * Edits the sequence to insert or delete one or more gaps, in response to a
1172    * mouse drag or cursor mode command. The number of inserts/deletes may be
1173    * specified with the cursor command, or else depends on the mouse event
1174    * (normally one column, but potentially more for a fast mouse drag).
1175    * <p>
1176    * Delete gaps is limited to the number of gaps left of the cursor position
1177    * (mouse drag), or at or right of the cursor position (cursor mode).
1178    * <p>
1179    * In group editing mode (Ctrl or Cmd down), the edit acts on all sequences in
1180    * the current selection group.
1181    * <p>
1182    * In locked editing mode (with a selection group present), inserts/deletions
1183    * within the selection group are limited to its boundaries (and edits outside
1184    * the group stop at its border).
1185    *
1186    * @param insertGap
1187    *          true to insert gaps, false to delete gaps
1188    * @param editSeq
1189    *          (unused parameter)
1190    * @param startres
1191    *          the column at which to perform the action; the number of columns
1192    *          affected depends on <code>this.lastres</code> (cursor position)
1193    */
1194   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1195           final int startres)
1196   {
1197     int fixedLeft = -1;
1198     int fixedRight = -1;
1199     boolean fixedColumns = false;
1200     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1201
1202     final SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(editStartSeq);
1203
1204     // No group, but the sequence may represent a group
1205     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1206     {
1207       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1208       {
1209         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1210         groupEditing = true;
1211       }
1212     }
1213
1214     /*
1215      * make a name for the edit action, for
1216      * status bar message and Undo/Redo menu
1217      */
1218     String label = null;
1219     if (groupEditing)
1220     {
1221       label = MessageManager.getString("action.edit_group");
1222     }
1223     else
1224     {
1225       label = seq.getName();
1226       if (label.length() > 10)
1227       {
1228         label = label.substring(0, 10);
1229       }
1230       label = MessageManager.formatMessage("label.edit_params",
1231               new String[]
1232               { label });
1233     }
1234
1235     /*
1236      * initialise the edit command if there is not
1237      * already one being extended
1238      */
1239     if (editCommand == null)
1240     {
1241       editCommand = new EditCommand(label);
1242     }
1243
1244     // Are we editing within a selection group?
1245     boolean inSelectionGroup = sg != null
1246             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq);
1247     if (groupEditing || inSelectionGroup)
1248     {
1249       fixedColumns = true;
1250
1251       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1252       // but the sequence represents a group
1253       if (sg == null)
1254       {
1255         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1256         {
1257           endEditing();
1258           return;
1259         }
1260         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1261       }
1262
1263       fixedLeft = sg.getStartRes();
1264       fixedRight = sg.getEndRes();
1265
1266       if ((startres < fixedLeft && editLastRes >= fixedLeft)
1267               || (startres >= fixedLeft && editLastRes < fixedLeft)
1268               || (startres > fixedRight && editLastRes <= fixedRight)
1269               || (startres <= fixedRight && editLastRes > fixedRight))
1270       {
1271         endEditing();
1272         return;
1273       }
1274
1275       if (fixedLeft > startres)
1276       {
1277         fixedRight = fixedLeft - 1;
1278         fixedLeft = 0;
1279       }
1280       else if (fixedRight < startres)
1281       {
1282         fixedLeft = fixedRight;
1283         fixedRight = -1;
1284       }
1285     }
1286
1287     if (av.hasHiddenColumns())
1288     {
1289       fixedColumns = true;
1290       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1291               .getNextHiddenBoundary(true, startres);
1292       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1293               .getNextHiddenBoundary(false, startres);
1294
1295       if ((insertGap && startres > y1 && editLastRes < y1)
1296               || (!insertGap && startres < y2 && editLastRes > y2))
1297       {
1298         endEditing();
1299         return;
1300       }
1301
1302       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1303       // Selection spans a hidden region
1304       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1305       {
1306         if (startres >= y2)
1307         {
1308           fixedLeft = y2;
1309         }
1310         else
1311         {
1312           fixedRight = y2 - 1;
1313         }
1314       }
1315     }
1316
1317     boolean endEditing = doEditSequence(insertGap, editSeq, startres,
1318             fixedRight, fixedColumns, sg);
1319
1320     /*
1321      * report what actually happened (might be less than
1322      * what was requested), by inspecting the edit command added
1323      */
1324     String msg = getEditStatusMessage(editCommand);
1325     ap.alignFrame.statusBar.setText(msg == null ? " " : msg);
1326     if (endEditing)
1327     {
1328       endEditing();
1329     }
1330
1331     editLastRes = startres;
1332     seqCanvas.repaint();
1333   }
1334
1335   /**
1336    * A helper method that performs the requested editing to insert or delete
1337    * gaps (if possible). Answers true if the edit was successful, false if could
1338    * only be performed in part or not at all. Failure may occur in 'locked edit'
1339    * mode, when an insertion requires a matching gapped position (or column) to
1340    * delete, and deletion requires a gapped position (or column) to remove.
1341    *
1342    * @param insertGap
1343    * @param editSeq
1344    * @param startres
1345    * @param fixedRight
1346    * @param fixedColumns
1347    * @param sg
1348    * @return
1349    */
1350   protected boolean doEditSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1351           final int startres, int fixedRight, boolean fixedColumns,
1352           SequenceGroup sg)
1353   {
1354     final SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(editStartSeq);
1355     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq };
1356
1357     if (groupEditing)
1358     {
1359       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1360       int g, groupSize = vseqs.size();
1361       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1362       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1363       {
1364         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1365       }
1366
1367       // drag to right
1368       if (insertGap)
1369       {
1370         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1371         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1372         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1373                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1374         {
1375           sg.setEndRes(
1376                   av.getAlignment().getWidth() + startres - editLastRes);
1377           fixedRight = sg.getEndRes();
1378         }
1379
1380         // Is it valid with fixed columns??
1381         // Find the next gap before the end
1382         // of the visible region boundary
1383         boolean blank = false;
1384         for (; fixedRight > editLastRes; fixedRight--)
1385         {
1386           blank = true;
1387
1388           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1389           {
1390             for (int j = 0; j < startres - editLastRes; j++)
1391             {
1392               if (!Comparison
1393                       .isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1394               {
1395                 blank = false;
1396                 break;
1397               }
1398             }
1399           }
1400           if (blank)
1401           {
1402             break;
1403           }
1404         }
1405
1406         if (!blank)
1407         {
1408           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1409           {
1410             if ((av.hasHiddenColumns()
1411                     && startres < av.getAlignment().getHiddenColumns()
1412                             .getNextHiddenBoundary(false, startres)))
1413             {
1414               return true;
1415             }
1416
1417             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1418             if (av.hasHiddenRows())
1419             {
1420               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1421                       .getWidth();
1422               if (hwidth > alWidth)
1423               {
1424                 alWidth = hwidth;
1425               }
1426             }
1427             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1428             // contains all the sequences
1429             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - editLastRes);
1430             fixedRight = alWidth + startres - editLastRes;
1431           }
1432           else
1433           {
1434             return true;
1435           }
1436         }
1437       }
1438
1439       // drag to left
1440       else if (!insertGap)
1441       {
1442         // / Are we able to delete?
1443         // ie are all columns blank?
1444
1445         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1446         {
1447           for (int j = startres; j < editLastRes; j++)
1448           {
1449             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1450             {
1451               continue;
1452             }
1453
1454             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1455             {
1456               // Not a gap, block edit not valid
1457               return true;
1458             }
1459           }
1460         }
1461       }
1462
1463       if (insertGap)
1464       {
1465         // dragging to the right
1466         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1467         {
1468           for (int j = editLastRes; j < startres; j++)
1469           {
1470             insertGap(j, groupSeqs, fixedRight);
1471           }
1472         }
1473         else
1474         {
1475           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1476                   startres - editLastRes, false);
1477         }
1478       }
1479       else
1480       {
1481         // dragging to the left
1482         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1483         {
1484           for (int j = editLastRes; j > startres; j--)
1485           {
1486             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1487           }
1488         }
1489         else
1490         {
1491           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1492                   editLastRes - startres, false);
1493         }
1494       }
1495     }
1496     else
1497     {
1498       /*
1499        * editing a single sequence
1500        */
1501       if (insertGap)
1502       {
1503         // dragging to the right
1504         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1505         {
1506           for (int j = editLastRes; j < startres; j++)
1507           {
1508             if (!insertGap(j, seqs, fixedRight))
1509             {
1510               /*
1511                * e.g. cursor mode command asked for
1512                * more inserts than are possible
1513                */
1514               return true;
1515             }
1516           }
1517         }
1518         else
1519         {
1520           appendEdit(Action.INSERT_GAP, seqs, editLastRes,
1521                   startres - editLastRes, false);
1522         }
1523       }
1524       else
1525       {
1526         if (!editSeq)
1527         {
1528           // dragging to the left
1529           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1530           {
1531             for (int j = editLastRes; j > startres; j--)
1532             {
1533               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1534               {
1535                 return true;
1536               }
1537               deleteChar(startres, seqs, fixedRight);
1538             }
1539           }
1540           else
1541           {
1542             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1543             int max = 0;
1544             for (int m = startres; m < editLastRes; m++)
1545             {
1546               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1547               {
1548                 break;
1549               }
1550               max++;
1551             }
1552             if (max > 0)
1553             {
1554               appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startres, max, false);
1555             }
1556           }
1557         }
1558         else
1559         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1560           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1561           {
1562             for (int j = editLastRes; j < startres; j++)
1563             {
1564               insertGap(j, seqs, fixedRight);
1565             }
1566           }
1567           else
1568           {
1569             appendEdit(Action.INSERT_NUC, seqs, editLastRes,
1570                     startres - editLastRes, false);
1571           }
1572         }
1573       }
1574     }
1575
1576     return false;
1577   }
1578
1579   /**
1580    * Constructs an informative status bar message while dragging to insert or
1581    * delete gaps. Answers null if inserts and deletes cancel out.
1582    *
1583    * @param editCommand
1584    *          a command containing the list of individual edits
1585    * @return
1586    */
1587   protected static String getEditStatusMessage(EditCommand editCommand)
1588   {
1589     if (editCommand == null)
1590     {
1591       return null;
1592     }
1593
1594     /*
1595      * add any inserts, and subtract any deletes,
1596      * not counting those auto-inserted when doing a 'locked edit'
1597      * (so only counting edits 'under the cursor')
1598      */
1599     int count = 0;
1600     for (Edit cmd : editCommand.getEdits())
1601     {
1602       if (!cmd.isSystemGenerated())
1603       {
1604         count += cmd.getAction() == Action.INSERT_GAP ? cmd.getNumber()
1605                 : -cmd.getNumber();
1606       }
1607     }
1608
1609     if (count == 0)
1610     {
1611       /*
1612        * inserts and deletes cancel out
1613        */
1614       return null;
1615     }
1616
1617     String msgKey = count > 1 ? "label.insert_gaps"
1618             : (count == 1 ? "label.insert_gap"
1619                     : (count == -1 ? "label.delete_gap"
1620                             : "label.delete_gaps"));
1621     count = Math.abs(count);
1622
1623     return MessageManager.formatMessage(msgKey, String.valueOf(count));
1624   }
1625
1626   /**
1627    * Inserts one gap at column j, deleting the right-most gapped column up to
1628    * (and including) fixedColumn. Returns true if the edit is successful, false
1629    * if no blank column is available to allow the insertion to be balanced by a
1630    * deletion.
1631    *
1632    * @param j
1633    * @param seq
1634    * @param fixedColumn
1635    * @return
1636    */
1637   boolean insertGap(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1638   {
1639     int blankColumn = fixedColumn;
1640     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1641     {
1642       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1643       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1644
1645       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1646       {
1647         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1648         {
1649           // Theres a space, so break and insert the gap
1650           break;
1651         }
1652       }
1653
1654       if (blankColumn <= j)
1655       {
1656         blankColumn = fixedColumn;
1657         endEditing();
1658         return false;
1659       }
1660     }
1661
1662     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1, true);
1663
1664     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, false);
1665
1666     return true;
1667   }
1668
1669   /**
1670    * Helper method to add and perform one edit action
1671    *
1672    * @param action
1673    * @param seq
1674    * @param pos
1675    * @param count
1676    * @param systemGenerated
1677    *          true if the edit is a 'balancing' delete (or insert) to match a
1678    *          user's insert (or delete) in a locked editing region
1679    */
1680   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1681           int count, boolean systemGenerated)
1682   {
1683
1684     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1685             av.getAlignment().getGapCharacter());
1686     edit.setSystemGenerated(systemGenerated);
1687
1688     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1689   }
1690
1691   /**
1692    * Deletes the character at column j, and inserts a gap at fixedColumn, in
1693    * each of the given sequences. The caller should ensure that all sequences
1694    * are gapped in column j.
1695    *
1696    * @param j
1697    * @param seqs
1698    * @param fixedColumn
1699    */
1700   void deleteChar(int j, SequenceI[] seqs, int fixedColumn)
1701   {
1702     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, j, 1, false);
1703
1704     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seqs, fixedColumn, 1, true);
1705   }
1706
1707   /**
1708    * DOCUMENT ME!
1709    *
1710    * @param e
1711    *          DOCUMENT ME!
1712    */
1713   @Override
1714   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1715   {
1716     if (oldSeq < 0)
1717     {
1718       oldSeq = 0;
1719     }
1720
1721     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1722     {
1723       scrollThread.stopScrolling();
1724       scrollThread = null;
1725     }
1726   }
1727
1728   /**
1729    * DOCUMENT ME!
1730    *
1731    * @param e
1732    *          DOCUMENT ME!
1733    */
1734   @Override
1735   public void mouseExited(MouseEvent e)
1736   {
1737     if (av.getWrapAlignment())
1738     {
1739       return;
1740     }
1741
1742     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1743     {
1744       scrollThread = new ScrollThread();
1745     }
1746   }
1747
1748   /**
1749    * Handler for double-click on a position with one or more sequence features.
1750    * Opens the Amend Features dialog to allow feature details to be amended, or
1751    * the feature deleted.
1752    */
1753   @Override
1754   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1755   {
1756     SequenceGroup sg = null;
1757     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1758     if (evt.getClickCount() > 1)
1759     {
1760       sg = av.getSelectionGroup();
1761       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1762               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1763       {
1764         av.setSelectionGroup(null);
1765       }
1766
1767       int column = findColumn(evt);
1768
1769       /*
1770        * find features at the position (if not gapped), or straddling
1771        * the position (if at a gap)
1772        */
1773       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1774               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
1775
1776       if (!features.isEmpty())
1777       {
1778         /*
1779          * highlight the first feature at the position on the alignment
1780          */
1781         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1782         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1783                 .get(0).getEnd());
1784         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight, false);
1785
1786         /*
1787          * open the Amend Features dialog; clear highlighting afterwards,
1788          * whether changes were made or not
1789          */
1790         List<SequenceI> seqs = Collections.singletonList(sequence);
1791         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs, features, false,
1792                 ap);
1793         av.setSearchResults(null); // clear highlighting
1794         seqCanvas.repaint(); // draw new/amended features
1795       }
1796     }
1797   }
1798
1799   @Override
1800   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1801   {
1802     e.consume();
1803     double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
1804     if (wheelRotation > 0)
1805     {
1806       if (e.isShiftDown())
1807       {
1808         av.getRanges().scrollRight(true);
1809
1810       }
1811       else
1812       {
1813         av.getRanges().scrollUp(false);
1814       }
1815     }
1816     else if (wheelRotation < 0)
1817     {
1818       if (e.isShiftDown())
1819       {
1820         av.getRanges().scrollRight(false);
1821       }
1822       else
1823       {
1824         av.getRanges().scrollUp(true);
1825       }
1826     }
1827
1828     /*
1829      * update status bar and tooltip for new position
1830      * (need to synthesize a mouse movement to refresh tooltip)
1831      */
1832     mouseMoved(e);
1833     ToolTipManager.sharedInstance().mouseMoved(e);
1834   }
1835
1836   /**
1837    * DOCUMENT ME!
1838    *
1839    * @param evt
1840    *          DOCUMENT ME!
1841    */
1842   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1843   {
1844     final int res = findColumn(evt);
1845     final int seq = findSeq(evt);
1846     oldSeq = seq;
1847     updateOverviewAndStructs = false;
1848
1849     startWrapBlock = wrappedBlock;
1850
1851     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1852     {
1853       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1854               MessageManager.getString(
1855                       "label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1856               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1857               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1858       return;
1859     }
1860
1861     if (seq < 0 || res < 0)
1862     {
1863       return;
1864     }
1865
1866     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1867
1868     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1869     {
1870       return;
1871     }
1872
1873     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1874
1875     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1876     {
1877       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1878       if (stretchGroup != null)
1879       {
1880         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1881         // focus on
1882         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1883       }
1884     }
1885
1886     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1887     {
1888       showPopupMenu(evt);
1889       return;
1890     }
1891
1892     /*
1893      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1894      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1895      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1896      */
1897     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1898     {
1899       return;
1900     }
1901
1902     if (av.cursorMode)
1903     {
1904       seqCanvas.cursorX = findColumn(evt);
1905       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1906       seqCanvas.repaint();
1907       return;
1908     }
1909
1910     if (stretchGroup == null)
1911     {
1912       createStretchGroup(res, sequence);
1913     }
1914
1915     if (stretchGroup != null)
1916     {
1917       stretchGroup.addPropertyChangeListener(seqCanvas);
1918     }
1919
1920     seqCanvas.repaint();
1921   }
1922
1923   private void createStretchGroup(int res, SequenceI sequence)
1924   {
1925     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1926     // define a new group here
1927     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1928     sg.setStartRes(res);
1929     sg.setEndRes(res);
1930     sg.addSequence(sequence, false);
1931     av.setSelectionGroup(sg);
1932     stretchGroup = sg;
1933
1934     if (av.getConservationSelected())
1935     {
1936       SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1937               ap.getViewName());
1938     }
1939
1940     if (av.getAbovePIDThreshold())
1941     {
1942       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1943               ap.getViewName());
1944     }
1945     // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
1946     // or is there a threading issue here?
1947     if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1948     {
1949       // Edit end res position of selected group
1950       changeEndRes = true;
1951     }
1952     else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1953     {
1954       // Edit end res position of selected group
1955       changeStartRes = true;
1956     }
1957     stretchGroup.getWidth();
1958
1959   }
1960
1961   /**
1962    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
1963    *
1964    * @param evt
1965    * @param res
1966    * @param sequences
1967    */
1968   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
1969   {
1970     final int column = findColumn(evt);
1971     final int seq = findSeq(evt);
1972     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1973     List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
1974             .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
1975
1976     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, features);
1977     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1978   }
1979
1980   /**
1981    * Update the display after mouse up on a selection or group
1982    *
1983    * @param evt
1984    *          mouse released event details
1985    * @param afterDrag
1986    *          true if this event is happening after a mouse drag (rather than a
1987    *          mouse down)
1988    */
1989   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
1990   {
1991     if (stretchGroup == null)
1992     {
1993       return;
1994     }
1995
1996     stretchGroup.removePropertyChangeListener(seqCanvas);
1997
1998     // always do this - annotation has own state
1999     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
2000     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
2001     updateOverviewAndStructs |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
2002             && afterDrag;
2003     if (stretchGroup.cs != null)
2004     {
2005       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
2006               av.getHiddenRepSequences());
2007
2008       ResidueShaderI groupColourScheme = stretchGroup
2009               .getGroupColourScheme();
2010       String name = stretchGroup.getName();
2011       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
2012       {
2013         SliderPanel.setConservationSlider(ap, groupColourScheme, name);
2014       }
2015       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
2016       {
2017         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, groupColourScheme, name);
2018       }
2019     }
2020     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2021     // TODO: structure colours only need updating if stretchGroup used to or now
2022     // does contain sequences with structure views
2023     ap.paintAlignment(updateOverviewAndStructs, updateOverviewAndStructs);
2024     updateOverviewAndStructs = false;
2025     changeEndRes = false;
2026     changeStartRes = false;
2027     stretchGroup = null;
2028     av.sendSelection();
2029   }
2030
2031   /**
2032    * DOCUMENT ME!
2033    *
2034    * @param evt
2035    *          DOCUMENT ME!
2036    */
2037   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
2038   {
2039     int res = findColumn(evt);
2040     int y = findSeq(evt);
2041
2042     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
2043     {
2044       return;
2045     }
2046
2047     if (stretchGroup == null)
2048     {
2049       return;
2050     }
2051
2052     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
2053     {
2054       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
2055     }
2056
2057     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
2058     {
2059       // Edit end res position of selected group
2060       changeEndRes = true;
2061     }
2062     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
2063     {
2064       // Edit start res position of selected group
2065       changeStartRes = true;
2066     }
2067
2068     if (res < av.getRanges().getStartRes())
2069     {
2070       res = av.getRanges().getStartRes();
2071     }
2072
2073     if (changeEndRes)
2074     {
2075       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
2076       {
2077         stretchGroup.setEndRes(res);
2078         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2079       }
2080     }
2081     else if (changeStartRes)
2082     {
2083       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
2084       {
2085         stretchGroup.setStartRes(res);
2086         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2087       }
2088     }
2089
2090     int dragDirection = 0;
2091
2092     if (y > oldSeq)
2093     {
2094       dragDirection = 1;
2095     }
2096     else if (y < oldSeq)
2097     {
2098       dragDirection = -1;
2099     }
2100
2101     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
2102             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
2103     {
2104       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
2105       // selection is quite slow.
2106       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2107
2108       oldSeq += dragDirection;
2109
2110       if (oldSeq < 0)
2111       {
2112         break;
2113       }
2114
2115       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2116
2117       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
2118       {
2119         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
2120         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2121       }
2122       else
2123       {
2124         if (seq != null)
2125         {
2126           stretchGroup.addSequence(seq, false);
2127         }
2128
2129         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
2130         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2131       }
2132     }
2133
2134     if (oldSeq < 0)
2135     {
2136       oldSeq = -1;
2137     }
2138
2139     mouseDragging = true;
2140
2141     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2142     {
2143       scrollThread.setEvent(evt);
2144     }
2145
2146     /*
2147      * construct a status message showing the range of the selection
2148      */
2149     StringBuilder status = new StringBuilder(64);
2150     List<SequenceI> seqs = stretchGroup.getSequences();
2151     String name = seqs.get(0).getName();
2152     if (name.length() > 20)
2153     {
2154       name = name.substring(0, 20);
2155     }
2156     status.append(name).append(" - ");
2157     name = seqs.get(seqs.size() - 1).getName();
2158     if (name.length() > 20)
2159     {
2160       name = name.substring(0, 20);
2161     }
2162     status.append(name).append(" ");
2163     int startRes = stretchGroup.getStartRes();
2164     status.append(" cols ").append(String.valueOf(startRes + 1))
2165             .append("-");
2166     int endRes = stretchGroup.getEndRes();
2167     status.append(String.valueOf(endRes + 1));
2168     status.append(" (").append(String.valueOf(seqs.size())).append(" x ")
2169             .append(String.valueOf(endRes - startRes + 1)).append(")");
2170     ap.alignFrame.setStatus(status.toString());
2171   }
2172
2173   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
2174   {
2175     if (evt == null)
2176     {
2177       if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2178       {
2179         scrollThread.stopScrolling();
2180         scrollThread = null;
2181       }
2182       mouseDragging = false;
2183     }
2184     else
2185     {
2186       if (scrollThread == null)
2187       {
2188         scrollThread = new ScrollThread();
2189       }
2190
2191       mouseDragging = true;
2192       scrollThread.setEvent(evt);
2193     }
2194
2195   }
2196
2197   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
2198   class ScrollThread extends Thread
2199   {
2200     MouseEvent evt;
2201
2202     private volatile boolean threadRunning = true;
2203
2204     public ScrollThread()
2205     {
2206       start();
2207     }
2208
2209     public void setEvent(MouseEvent e)
2210     {
2211       evt = e;
2212     }
2213
2214     public void stopScrolling()
2215     {
2216       threadRunning = false;
2217     }
2218
2219     public boolean isRunning()
2220     {
2221       return threadRunning;
2222     }
2223
2224     @Override
2225     public void run()
2226     {
2227       while (threadRunning)
2228       {
2229         if (evt != null)
2230         {
2231           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0)
2232                   && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
2233           {
2234             av.getRanges().scrollUp(true);
2235           }
2236
2237           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) && (av
2238                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
2239           {
2240             av.getRanges().scrollUp(false);
2241           }
2242
2243           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
2244           {
2245             av.getRanges().scrollRight(false);
2246           }
2247           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
2248           {
2249             av.getRanges().scrollRight(true);
2250           }
2251         }
2252
2253         try
2254         {
2255           Thread.sleep(20);
2256         } catch (Exception ex)
2257         {
2258         }
2259       }
2260     }
2261   }
2262
2263   /**
2264    * modify current selection according to a received message.
2265    */
2266   @Override
2267   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
2268           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
2269   {
2270     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
2271     // handles selection messages...
2272     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
2273     // shared between viewports.
2274     boolean iSentTheSelection = (av == source
2275             || (source instanceof AlignViewport
2276                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
2277                             .equals(av.getSequenceSetId())));
2278
2279     if (iSentTheSelection)
2280     {
2281       // respond to our own event by updating dependent dialogs
2282       if (ap.getCalculationDialog() != null)
2283       {
2284         ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2285       }
2286
2287       return;
2288     }
2289
2290     // process further ?
2291     if (!av.followSelection)
2292     {
2293       return;
2294     }
2295
2296     /*
2297      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
2298      */
2299     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
2300     {
2301       return;
2302     }
2303
2304     /*
2305      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
2306      * complement.
2307      */
2308     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
2309     {
2310       return;
2311     }
2312
2313     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
2314     // suspect)
2315     /*
2316      * only copy colsel if there is a real intersection between
2317      * sequence selection and this panel's alignment
2318      */
2319     boolean repaint = false;
2320     boolean copycolsel = false;
2321
2322     SequenceGroup sgroup = null;
2323     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
2324     {
2325       if (av.getAlignment() == null)
2326       {
2327         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
2328                 + " ViewId=" + av.getViewId()
2329                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
2330         return;
2331       }
2332       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
2333               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
2334       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
2335       {
2336         copycolsel = true;
2337       }
2338     }
2339     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2340     {
2341       av.setSelectionGroup(sgroup);
2342     }
2343     else
2344     {
2345       av.setSelectionGroup(null);
2346     }
2347     av.isSelectionGroupChanged(true);
2348     repaint = true;
2349
2350     if (copycolsel)
2351     {
2352       // the current selection is unset or from a previous message
2353       // so import the new colsel.
2354       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2355       {
2356         if (av.getColumnSelection() != null)
2357         {
2358           av.getColumnSelection().clear();
2359           repaint = true;
2360         }
2361       }
2362       else
2363       {
2364         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2365         if (av.getColumnSelection() == null)
2366         {
2367           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2368         }
2369         else
2370         {
2371           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
2372                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
2373         }
2374       }
2375       av.isColSelChanged(true);
2376       repaint = true;
2377     }
2378
2379     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
2380             && (av.getAlignment().getHiddenColumns() == null))
2381     {
2382       System.err.println("Bad things");
2383     }
2384     if (repaint) // always true!
2385     {
2386       // probably finessing with multiple redraws here
2387       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2388       // ap.paintAlignment(false);
2389     }
2390
2391     // lastly, update dependent dialogs
2392     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2393     {
2394       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2395     }
2396
2397   }
2398
2399   /**
2400    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2401    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2402    * returns false.
2403    *
2404    * @param seqsel
2405    * @param colsel
2406    * @param source
2407    */
2408   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2409           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
2410           SelectionSource source)
2411   {
2412     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2413     {
2414       return false;
2415     }
2416     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2417     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2418             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2419     {
2420       return false;
2421     }
2422
2423     /*
2424      * Map sequence selection
2425      */
2426     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2427     av.setSelectionGroup(sg);
2428     av.isSelectionGroupChanged(true);
2429
2430     /*
2431      * Map column selection
2432      */
2433     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2434     // av);
2435     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
2436     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
2437     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
2438     av.setColumnSelection(cs);
2439     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
2440
2441     // lastly, update any dependent dialogs
2442     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2443     {
2444       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2445     }
2446
2447     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2448
2449     return true;
2450   }
2451
2452   /**
2453    *
2454    * @return null or last search results handled by this panel
2455    */
2456   public SearchResultsI getLastSearchResults()
2457   {
2458     return lastSearchResults;
2459   }
2460 }