src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    ap;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   protected AlignViewport av;\r
  25 \r
  26   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  27   int seqEditOccurred = -1;\r
  28 \r
  29   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  30     this.av         = avp;\r
  31 \r
  32     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  33     setLayout(new BorderLayout());\r
  34     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  35 \r
  36     ap = p;\r
  37 \r
  38     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  39     {\r
  40       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  41       {\r
  42        if(av.getWrapAlignment())\r
  43          return;\r
  44         doMouseMoved(evt);    }\r
  45 \r
  46       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  47       {\r
  48         if(av.getWrapAlignment())\r
  49          return;\r
  50         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  51           doMouseDragged(evt);\r
  52         else\r
  53           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  54       }\r
  55     });\r
  56 \r
  57     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  58     {\r
  59       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  60       {\r
  61         if(av.getWrapAlignment())\r
  62          return;\r
  63         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  64           doMouseReleased(evt);\r
  65         else\r
  66           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  67       }\r
  68       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  69       {\r
  70         if(av.getWrapAlignment())\r
  71          return;\r
  72         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  73           doMousePressed(evt);\r
  74         else\r
  75           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  76       }\r
  77 \r
  78     });\r
  79     repaint();\r
  80   }\r
  81 \r
  82 \r
  83   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  84 \r
  85     int x = evt.getX();\r
  86     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  87 \r
  88     endres = res;\r
  89 \r
  90     startseq = -1;\r
  91     startres = -1;\r
  92     lastres  = -1;\r
  93     if(seqEditOccurred>-1)\r
  94       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  95 \r
  96     seqEditOccurred = -1;\r
  97 \r
  98     ap.RefreshPanels();\r
  99     repaint();\r
 100 \r
 101   }\r
 102 \r
 103   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 104     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 105     int seq;\r
 106     int res;\r
 107 \r
 108     int x = evt.getX();\r
 109     int y = evt.getY();\r
 110 \r
 111     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 112     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 113 \r
 114     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 115         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 116     {\r
 117       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 118       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 119       // in the alignment\r
 120 \r
 121       startseq = seq;\r
 122 \r
 123       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 124         padseq = 1;\r
 125       else\r
 126         padseq = 1;\r
 127 \r
 128       startres = res;\r
 129       lastres = res;\r
 130 \r
 131     }\r
 132     else\r
 133     {\r
 134       startseq = -1;\r
 135       startres = -1;\r
 136       lastres = -1;\r
 137     }\r
 138 \r
 139     return;\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 143   {\r
 144     int res=0, seq=0;\r
 145     int x = evt.getX();\r
 146     int y = evt.getY();\r
 147     if(av.wrapAlignment)\r
 148     {\r
 149       y -= 2*av.charHeight;\r
 150       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 151 \r
 152 \r
 153       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 154 \r
 155       y %= chunkHeight;\r
 156       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 157 \r
 158       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 159       //  startx += chunkWidth;\r
 160     }\r
 161     else\r
 162     {\r
 163       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 164       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 165     }\r
 166 \r
 167 \r
 168     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 169       return;\r
 170 \r
 171     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 172     String aa = "";\r
 173     if(obj!=null)\r
 174          aa = obj.toString();\r
 175 \r
 176     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 177     if(aa!="")\r
 178       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 179 \r
 180     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 181 \r
 182   }\r
 183 \r
 184   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 185     // If we're dragging we're editing\r
 186 \r
 187     int x = evt.getX();\r
 188 \r
 189     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 190     if (res < 0)\r
 191       res = 0;\r
 192 \r
 193     if (res != lastres)\r
 194     {\r
 195         // Group editing\r
 196         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 197         {\r
 198           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 199           if (sg != null)\r
 200           {\r
 201             boolean deleteAllowed = false;\r
 202             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 203             {\r
 204               /// Are we able to delete?\r
 205               boolean allGaps = true;\r
 206               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 207               {\r
 208                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 209                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 210                 {\r
 211                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 212                     {\r
 213                       res = j + 1;\r
 214                       allGaps = false;\r
 215                     }\r
 216                 }\r
 217 \r
 218                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 219                   deleteAllowed = true;\r
 220               }\r
 221             }\r
 222 \r
 223             // drag to right\r
 224             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 225                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 226 \r
 227             // drag to left\r
 228             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 229                      res < lastres)\r
 230                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 231 \r
 232 \r
 233 \r
 234 \r
 235             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 236             {\r
 237               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 238               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 239 \r
 240               // drag to right\r
 241               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 242                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 243                   insertChar(j, k);\r
 244 \r
 245               // drag to left\r
 246               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 247               {\r
 248                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 249                 {\r
 250                   deleteChar(j, k);\r
 251                   startres = res;\r
 252                 }\r
 253               }\r
 254             }\r
 255           }\r
 256         }\r
 257         else /////Editing a single sequence///////////\r
 258         {\r
 259           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 260           {\r
 261             // dragging to the right\r
 262             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 263               insertChar(j, startseq);\r
 264           }\r
 265           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 266           {\r
 267             // dragging to the left\r
 268             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 269             {\r
 270               deleteChar(j, startseq);\r
 271               startres = res;\r
 272             }\r
 273           }\r
 274 \r
 275         }\r
 276 \r
 277     }\r
 278 \r
 279     lastres = res;\r
 280     repaint();\r
 281   }\r
 282 \r
 283   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 284     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 285     repaint();\r
 286   }\r
 287 \r
 288   public void insertChar(int j, int seq)\r
 289   {\r
 290     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 291     seqEditOccurred=seq;\r
 292   }\r
 293 \r
 294   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 295   {\r
 296 \r
 297     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 298         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 299 \r
 300     av.alignment.getWidth();\r
 301     repaint();\r
 302     seqEditOccurred=seq;\r
 303   }\r
 304 \r
 305 \r
 306   void updateConservation(int i)\r
 307   {\r
 308   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 309     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 310     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 311       return;\r
 312 \r
 313     Conservation c = sg.getConservation();\r
 314 \r
 315     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 316                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 317                          al.getWidth());\r
 318     c.calculate();\r
 319     c.verdict(false, 100);\r
 320     sg.setConservation(c);\r
 321     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 322     ccs.conserve = c;*/\r
 323   }\r
 324 \r
 325 //////////////////////////////////////////\r
 326 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 327 //////////////////////////////////////////\r
 328   int oldSeq = -1;\r
 329   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 330   {\r
 331     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 332     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 333     oldSeq = seq;\r
 334 \r
 335     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 336 \r
 337     if(stretchGroup == null)\r
 338      {\r
 339        stretchGroup = av.alignment.findGroup( (Sequence) av.getAlignment().\r
 340                                              getSequenceAt(seq));\r
 341        av.setRubberbandGroup( stretchGroup );\r
 342      }\r
 343 \r
 344     else if(!stretchGroup.sequences.contains((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq))\r
 345             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 346             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 347      {\r
 348        stretchGroup = null;\r
 349 \r
 350        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( (Sequence) av.\r
 351            getAlignment().\r
 352            getSequenceAt(seq));\r
 353 \r
 354        if (allGroups != null)\r
 355          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 356            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 357                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 358            {\r
 359              stretchGroup = allGroups[i];\r
 360              av.setRubberbandGroup(stretchGroup);\r
 361              break;\r
 362            }\r
 363      }\r
 364 \r
 365     if(stretchGroup==null)\r
 366     {\r
 367       // define a new group here\r
 368       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 369       sg.setStartRes(res);\r
 370       sg.setEndRes(res);\r
 371       sg.addSequence( (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq) );\r
 372       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 373       stretchGroup = sg;\r
 374 \r
 375       if(av.getConservationSelected())\r
 376         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 377       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 378       {\r
 379         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 380         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 381         if (threshold > 0)\r
 382           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 383       }\r
 384 \r
 385     }\r
 386     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 387     {\r
 388         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 389         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 390 \r
 391     // edit the properties of existing group\r
 392     }\r
 393 \r
 394     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 395       // Edit end res position of selected group\r
 396       changeEndRes = true;\r
 397 \r
 398    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 399       // Edit end res position of selected group\r
 400       changeStartRes = true;\r
 401 \r
 402 \r
 403     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 404     repaint();\r
 405 \r
 406   }\r
 407 \r
 408   boolean changeEndSeq = false;\r
 409   boolean changeStartSeq = false;\r
 410   boolean changeEndRes = false;\r
 411   boolean changeStartRes = false;\r
 412   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 413 \r
 414   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 415   {\r
 416 \r
 417     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 418     {\r
 419       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 420       seqCanvas.paintFlag = true;\r
 421       repaint();\r
 422     }\r
 423 \r
 424     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 425     {\r
 426       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 427 \r
 428       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 429                                         ResidueProperties.propHash, 3, stretchGroup.sequences, 0,\r
 430                                         av.alignment.getWidth() );\r
 431 \r
 432        c.calculate();\r
 433        c.verdict(false, 100);\r
 434        ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 435 \r
 436        stretchGroup.cs = ccs;\r
 437 \r
 438 \r
 439        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 440 \r
 441        seqCanvas.paintFlag = true;\r
 442        repaint();\r
 443     }\r
 444     else\r
 445     {\r
 446       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 447       {\r
 448         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 449         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 450         if(threshold>0)\r
 451           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 452       }\r
 453 \r
 454     }\r
 455 \r
 456 \r
 457     changeEndRes = false;\r
 458     changeStartRes = false;\r
 459     stretchGroup = null;\r
 460   }\r
 461 \r
 462 \r
 463   boolean remove = false;\r
 464   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 465   {\r
 466     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 467     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 468 \r
 469 \r
 470     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 471       // Edit end res position of selected group\r
 472       changeEndRes = true;\r
 473 \r
 474     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 475       // Edit start res position of selected group\r
 476       changeStartRes = true;\r
 477 \r
 478 \r
 479     if(res<av.getStartRes())\r
 480       res = av.getStartRes();\r
 481     else if(res>av.getEndRes())\r
 482       res = av.getEndRes();\r
 483 \r
 484     if(changeEndRes)\r
 485     {\r
 486       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 487         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 488     }\r
 489     else if(changeStartRes)\r
 490     {\r
 491       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 492         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 493     }\r
 494 \r
 495 \r
 496     int dragDirection = 0;\r
 497     if (y > oldSeq)\r
 498       dragDirection = 1;\r
 499     else if (y < oldSeq)\r
 500       dragDirection = -1;\r
 501 \r
 502     while (y != oldSeq)\r
 503     {\r
 504       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 505       // selection is quite slow.\r
 506       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 507 \r
 508       oldSeq += dragDirection;\r
 509       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 510 \r
 511       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 512       {\r
 513         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 514         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 515       }\r
 516       else\r
 517       {\r
 518         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 519         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 520       }\r
 521     }\r
 522     oldSeq = y;\r
 523 \r
 524     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 525     repaint();\r
 526   }\r
 527 \r
 528 \r
 529 }\r
 530 \r
 531 \r
 532 \r
 533 \r