src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    parent;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   protected AlignViewport av;\r
  25 \r
  26   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  27   int seqEditOccurred = -1;\r
  28 \r
  29   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  30     this.av         = avp;\r
  31 \r
  32     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  33     setLayout(new BorderLayout());\r
  34     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  35 \r
  36     parent = p;\r
  37 \r
  38     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  39     {\r
  40       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  41       {   doMouseMoved(evt);    }\r
  42 \r
  43       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  44       {\r
  45         if(evt.isShiftDown() || evt.isControlDown())\r
  46           doMouseDragged(evt);\r
  47         else\r
  48           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  49       }\r
  50     });\r
  51 \r
  52     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  53     {\r
  54       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  55       {\r
  56         if(evt.isShiftDown() || evt.isControlDown())\r
  57           doMouseReleased(evt);\r
  58         else\r
  59           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  60       }\r
  61       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  62       {\r
  63         if(evt.isShiftDown() || evt.isControlDown())\r
  64           doMousePressed(evt);\r
  65         else\r
  66           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  67       }\r
  68 \r
  69     });\r
  70     repaint();\r
  71   }\r
  72 \r
  73 \r
  74   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  75 \r
  76     int x = evt.getX();\r
  77     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  78 \r
  79     endres = res;\r
  80 \r
  81     startseq = -1;\r
  82     startres = -1;\r
  83     lastres  = -1;\r
  84     if(seqEditOccurred>-1)\r
  85       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  86 \r
  87     seqEditOccurred = -1;\r
  88 \r
  89     parent.RefreshPanels();\r
  90     repaint();\r
  91 \r
  92   }\r
  93 \r
  94   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  95     parent.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
  96     int seq;\r
  97     int res;\r
  98 \r
  99     int x = evt.getX();\r
 100     int y = evt.getY();\r
 101 \r
 102     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 103     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 104 \r
 105     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 106         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 107     {\r
 108       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 109       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 110       // in the alignment\r
 111 \r
 112       startseq = seq;\r
 113 \r
 114       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 115         padseq = 1;\r
 116       else\r
 117         padseq = 1;\r
 118 \r
 119       startres = res;\r
 120       lastres = res;\r
 121 \r
 122     }\r
 123     else\r
 124     {\r
 125       startseq = -1;\r
 126       startres = -1;\r
 127       lastres = -1;\r
 128     }\r
 129 \r
 130     return;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 134   {\r
 135     int res=0, seq=0;\r
 136     int x = evt.getX();\r
 137     int y = evt.getY();\r
 138     if(av.wrapAlignment)\r
 139     {\r
 140       y -= 2*av.charHeight;\r
 141       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 142 \r
 143 \r
 144       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 145 \r
 146       y %= chunkHeight;\r
 147       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 148 \r
 149       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 150       //  startx += chunkWidth;\r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 155       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 156     }\r
 157 \r
 158 \r
 159     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 160       return;\r
 161 \r
 162     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 163     String aa = "";\r
 164     if(obj!=null)\r
 165          aa = obj.toString();\r
 166 \r
 167     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 168     if(aa!="")\r
 169       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 170 \r
 171     parent.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 172 \r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 176     // If we're dragging we're editing\r
 177 \r
 178     int x = evt.getX();\r
 179 \r
 180     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 181     if (res < 0)\r
 182       res = 0;\r
 183 \r
 184     if (res != lastres)\r
 185     {\r
 186         // Group editing\r
 187         if (evt.isControlDown())\r
 188         {\r
 189           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 190           if (sg != null)\r
 191           {\r
 192             boolean deleteAllowed = false;\r
 193             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 194             {\r
 195               /// Are we able to delete?\r
 196               boolean allGaps = true;\r
 197               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 198               {\r
 199                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 200                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 201                 {\r
 202                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 203                     {\r
 204                       res = j + 1;\r
 205                       allGaps = false;\r
 206                     }\r
 207                 }\r
 208 \r
 209                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 210                   deleteAllowed = true;\r
 211 \r
 212               }\r
 213             }\r
 214 \r
 215 \r
 216             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 217             {\r
 218               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 219               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 220 \r
 221               // drag to right\r
 222               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 223                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 224                   insertChar(j, k);\r
 225 \r
 226               // drag to left\r
 227               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 228               {\r
 229                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 230                 {\r
 231                   deleteChar(j, k);\r
 232                   startres = res;\r
 233                 }\r
 234               }\r
 235             }\r
 236           }\r
 237         }\r
 238         else /////Editing a single sequence///////////\r
 239         {\r
 240           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 241           {\r
 242             // dragging to the right\r
 243             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 244               insertChar(j, startseq);\r
 245           }\r
 246           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 247           {\r
 248             // dragging to the left\r
 249             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 250             {\r
 251               deleteChar(j, startseq);\r
 252               startres = res;\r
 253             }\r
 254           }\r
 255 \r
 256         }\r
 257 \r
 258     }\r
 259 \r
 260     lastres = res;\r
 261     repaint();\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 265     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 266     repaint();\r
 267   }\r
 268 \r
 269   public void insertChar(int j, int seq)\r
 270   {\r
 271     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 272     seqEditOccurred=seq;\r
 273   }\r
 274 \r
 275   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 276   {\r
 277 \r
 278     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 279         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 280 \r
 281     av.alignment.getWidth();\r
 282     repaint();\r
 283     seqEditOccurred=seq;\r
 284   }\r
 285 \r
 286 \r
 287   void updateConservation(int i)\r
 288   {\r
 289   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 290     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 291     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 292       return;\r
 293 \r
 294     Conservation c = sg.getConservation();\r
 295 \r
 296     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 297                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 298                          al.getWidth());\r
 299     c.calculate();\r
 300     c.verdict(false, 100);\r
 301     sg.setConservation(c);\r
 302     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 303     ccs.conserve = c;*/\r
 304   }\r
 305 \r
 306 //////////////////////////////////////////\r
 307 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 308 //////////////////////////////////////////\r
 309   int oldSeq = -1;\r
 310   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 311   {\r
 312     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 313     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 314     oldSeq = seq;\r
 315 \r
 316     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 317 \r
 318     if(stretchGroup == null)\r
 319         stretchGroup = av.alignment.findGroup((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 320 \r
 321     else if(!stretchGroup.sequences.contains((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq))\r
 322             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 323             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 324      {\r
 325        stretchGroup = null;\r
 326      }\r
 327 \r
 328     if(stretchGroup==null)\r
 329     {\r
 330       // define a new group here\r
 331       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 332       sg.setStartRes(res);\r
 333       sg.setEndRes(res);\r
 334       sg.addSequence( (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq) );\r
 335       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 336       stretchGroup = sg;\r
 337     }\r
 338     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 339     {\r
 340         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( parent , null);\r
 341         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 342 \r
 343     // edit the properties of existing group\r
 344     }\r
 345 \r
 346     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 347       // Edit end res position of selected group\r
 348       changeEndRes = true;\r
 349 \r
 350    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 351       // Edit end res position of selected group\r
 352       changeStartRes = true;\r
 353 \r
 354 \r
 355     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 356     repaint();\r
 357 \r
 358 \r
 359   }\r
 360 \r
 361   boolean changeEndSeq = false;\r
 362   boolean changeStartSeq = false;\r
 363   boolean changeEndRes = false;\r
 364   boolean changeStartRes = false;\r
 365   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 366 \r
 367   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 368   {\r
 369     changeEndRes = false;\r
 370     changeStartRes = false;\r
 371     stretchGroup = null;\r
 372   }\r
 373 \r
 374 \r
 375   boolean remove = false;\r
 376   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 377   {\r
 378     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 379     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 380 \r
 381 \r
 382     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 383       // Edit end res position of selected group\r
 384       changeEndRes = true;\r
 385 \r
 386     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 387       // Edit end res position of selected group\r
 388       changeStartRes = true;\r
 389 \r
 390 \r
 391     if(res<av.getStartRes())\r
 392       res = av.getStartRes();\r
 393     else if(res>av.getEndRes())\r
 394       res = av.getEndRes();\r
 395 \r
 396     if(changeEndRes)\r
 397     {\r
 398       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 399         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 400     }\r
 401     else if(changeStartRes)\r
 402     {\r
 403       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 404         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 405     }\r
 406 \r
 407 \r
 408     int dragDirection = 0;\r
 409     if (y > oldSeq)\r
 410       dragDirection = 1;\r
 411     else if (y < oldSeq)\r
 412       dragDirection = -1;\r
 413 \r
 414     while (y != oldSeq)\r
 415     {\r
 416       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 417       // selection is quite slow.\r
 418       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 419 \r
 420       oldSeq += dragDirection;\r
 421       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 422 \r
 423       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 424       {\r
 425         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 426         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 427       }\r
 428       else\r
 429       {\r
 430         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 431         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 432       }\r
 433     }\r
 434     oldSeq = y;\r
 435 \r
 436     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 437     repaint();\r
 438   }\r
 439 \r
 440 \r
 441 }\r
 442 \r
 443 \r
 444 \r
 445 \r