src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  51     boolean seqEditOccurred = false;\r
  52     ScrollThread scrollThread = null;\r
  53     boolean mouseDragging = false;\r
  54     boolean editingSeqs = false;\r
  55     boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57     //////////////////////////////////////////\r
  58     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     int oldSeq = -1;\r
  61     boolean changeEndSeq = false;\r
  62     boolean changeStartSeq = false;\r
  63     boolean changeEndRes = false;\r
  64     boolean changeStartRes = false;\r
  65     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66     boolean remove = false;\r
  67 \r
  68     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  69     StringBuffer keyboardNo1;\r
  70     StringBuffer keyboardNo2;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Creates a new SeqPanel object.\r
  74      *\r
  75      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  76      * @param p DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  79     {\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  83         this.av = avp;\r
  84         setBackground(Color.white);\r
  85 \r
  86         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  87         setLayout(new BorderLayout());\r
  88         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90         ap = p;\r
  91 \r
  92         if(!av.isDataset())\r
  93         {\r
  94           addMouseMotionListener(this);\r
  95           addMouseListener(this);\r
  96           addMouseWheelListener(this);\r
  97         }\r
  98     }\r
  99 \r
 100     int startWrapBlock=-1;\r
 101     int wrappedBlock=-1;\r
 102     int findRes(MouseEvent evt)\r
 103    {\r
 104      int res = 0;\r
 105      int x = evt.getX();\r
 106 \r
 107     if (av.wrapAlignment)\r
 108     {\r
 109 \r
 110       int hgap = av.charHeight;\r
 111       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 112         hgap += av.charHeight;\r
 113 \r
 114       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 115           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 116 \r
 117         int y = evt.getY();\r
 118         y -= hgap;\r
 119         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 120 \r
 121 \r
 122         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 123 \r
 124         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 125         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 126 \r
 127         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 128 \r
 129     }\r
 130     else\r
 131     {\r
 132         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 133     }\r
 134 \r
 135     if(av.hasHiddenColumns)\r
 136           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 137 \r
 138     return res;\r
 139 \r
 140    }\r
 141 \r
 142    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 143    {\r
 144 \r
 145      int seq = 0;\r
 146      int y = evt.getY();\r
 147 \r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        int hgap = av.charHeight;\r
 151        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 152          hgap += av.charHeight;\r
 153 \r
 154        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 155            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 156 \r
 157          y -= hgap;\r
 158 \r
 159        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 160      }\r
 161      else\r
 162      {\r
 163        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 164      }\r
 165 \r
 166      return seq;\r
 167    }\r
 168 \r
 169    void endEditing()\r
 170    {\r
 171      startseq = -1;\r
 172      lastres = -1;\r
 173      seqEditOccurred = false;\r
 174      editingSeqs = false;\r
 175      groupEditing = false;\r
 176      keyboardNo1 = null;\r
 177      keyboardNo2 = null;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     void setCursorRow()\r
 181     {\r
 182       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 183       scrollToVisible();\r
 184     }\r
 185 \r
 186     void setCursorColumn()\r
 187     {\r
 188       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 189       scrollToVisible();\r
 190     }\r
 191 \r
 192     void setCursorRowAndColumn()\r
 193     {\r
 194       if(keyboardNo2==null)\r
 195       {\r
 196         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 197       }\r
 198       else\r
 199       {\r
 200         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 201         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 202         scrollToVisible();\r
 203       }\r
 204     }\r
 205 \r
 206     void setCursorPosition()\r
 207     {\r
 208       SequenceI sequence =\r
 209           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 210 \r
 211       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 212           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 213           );\r
 214       scrollToVisible();\r
 215     }\r
 216 \r
 217     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 218     {\r
 219       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 220       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 221       scrollToVisible();\r
 222     }\r
 223 \r
 224     void scrollToVisible()\r
 225     {\r
 226       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 227         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 228       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 229         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 230 \r
 231       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 232         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 233       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 234         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 235 \r
 236 \r
 237       endEditing();\r
 238       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 239       {\r
 240         ap.scrollUp(true);\r
 241       }\r
 242       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 243       {\r
 244         ap.scrollUp(false);\r
 245       }\r
 246       while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 247       {\r
 248         if(!ap.scrollRight(false))\r
 249           break;\r
 250       }\r
 251       while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 252       {\r
 253         if(!ap.scrollRight(true))\r
 254           break;\r
 255       }\r
 256 \r
 257       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 258                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 259 \r
 260       seqCanvas.repaint();\r
 261     }\r
 262 \r
 263     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 264     {\r
 265       SequenceI sequence =\r
 266           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 267 \r
 268       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 269       {\r
 270         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 271         //Find the top and bottom of this group\r
 272         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 273         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 274         {\r
 275           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 276           if(index > max)\r
 277             max = index;\r
 278           if(index < min)\r
 279             min = index;\r
 280         }\r
 281 \r
 282         max ++;\r
 283 \r
 284         if(topLeft)\r
 285         {\r
 286           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 287           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 288             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 289 \r
 290           min = seqCanvas.cursorY;\r
 291         }\r
 292         else\r
 293         {\r
 294           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 295           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 296             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 297 \r
 298           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 299         }\r
 300 \r
 301         if(min>max)\r
 302         {\r
 303           // Only the user can do this\r
 304           av.setSelectionGroup(null);\r
 305         }\r
 306         else\r
 307         {\r
 308           // Now add any sequences between min and max\r
 309           sg.sequences.clear();\r
 310           for (int i = min; i < max; i++)\r
 311           {\r
 312             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 313           }\r
 314         }\r
 315       }\r
 316 \r
 317       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 318       {\r
 319         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 320         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 321         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 322         sg.addSequence(sequence, false);\r
 323         av.setSelectionGroup(sg);\r
 324       }\r
 325 \r
 326 \r
 327       ap.repaint();\r
 328     }\r
 329 \r
 330     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 331     {\r
 332       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 333                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 334       groupEditing = group;\r
 335       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 336       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 337       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 338       editOccurred();\r
 339     }\r
 340 \r
 341     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 342     {\r
 343       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 344                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 345       groupEditing = group;\r
 346       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 347       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 348       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 349       editOccurred();\r
 350     }\r
 351 \r
 352     void numberPressed(char value)\r
 353     {\r
 354       if(keyboardNo1==null)\r
 355         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 356 \r
 357       if(keyboardNo2!=null)\r
 358         keyboardNo2.append(value);\r
 359       else\r
 360         keyboardNo1.append(value);\r
 361     }\r
 362 \r
 363     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 364     {\r
 365       if(kb==null)\r
 366         return 1;\r
 367       else\r
 368         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 369     }\r
 370 \r
 371 \r
 372     /**\r
 373      * DOCUMENT ME!\r
 374      *\r
 375      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 376      */\r
 377     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 378     {\r
 379       mouseDragging = false;\r
 380       mouseWheelPressed = false;\r
 381 \r
 382       if (!editingSeqs)\r
 383       {\r
 384          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 385          return;\r
 386       }\r
 387 \r
 388        editOccurred();\r
 389 \r
 390        endEditing();\r
 391        ap.repaint();\r
 392     }\r
 393 \r
 394 \r
 395 \r
 396     /**\r
 397      * DOCUMENT ME!\r
 398      *\r
 399      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 400      */\r
 401     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 402     {\r
 403       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 404       {\r
 405         mouseWheelPressed = true;\r
 406         return;\r
 407       }\r
 408 \r
 409       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 410           evt.isControlDown())\r
 411       {\r
 412         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 413         {\r
 414           groupEditing = true;\r
 415         }\r
 416         editingSeqs = true;\r
 417       }\r
 418       else\r
 419       {\r
 420         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 421         return;\r
 422       }\r
 423 \r
 424 \r
 425 \r
 426       int seq = findSeq(evt);\r
 427       int res = findRes(evt);\r
 428 \r
 429       if(seq<0 || res<0)\r
 430         return;\r
 431 \r
 432       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 433                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 434 \r
 435         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 436                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 437         {\r
 438             startseq = seq;\r
 439             lastres = res;\r
 440         }\r
 441         else\r
 442         {\r
 443             startseq = -1;\r
 444             lastres = -1;\r
 445         }\r
 446 \r
 447         return;\r
 448     }\r
 449 \r
 450     /**\r
 451      * DOCUMENT ME!\r
 452      *\r
 453      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 454      */\r
 455     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 456     {\r
 457       if (editingSeqs)\r
 458       {\r
 459        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 460        // If control is down, other platforms will not.\r
 461        mouseDragged(evt);\r
 462       }\r
 463 \r
 464       int res = findRes(evt);\r
 465       int seq = findSeq(evt);\r
 466 \r
 467 \r
 468       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 469             return;\r
 470 \r
 471       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 472 \r
 473       if (res > sequence.getLength())\r
 474       {\r
 475         return;\r
 476       }\r
 477 \r
 478       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 479       {\r
 480         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 481       }\r
 482 \r
 483       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 484 \r
 485         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 486         if (av.showSequenceFeatures)\r
 487         {\r
 488             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 489             if(features!=null)\r
 490             {\r
 491               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 492 \r
 493               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 494               {\r
 495 \r
 496                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 497                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 498                 {\r
 499                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 500                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 501                   continue;\r
 502 \r
 503 \r
 504                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 505                   {\r
 506                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 507                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 508                     {\r
 509                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 510                         sbuffer.append("<br>");\r
 511                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 512                                      features[i].getEnd());\r
 513                     }\r
 514                   }\r
 515                   else\r
 516                   {\r
 517                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 518                       sbuffer.append("<br>");\r
 519                     if(features[i].featureGroup!=null)\r
 520                       sbuffer.append(features[i].featureGroup+";");\r
 521 \r
 522                     sbuffer.append(features[i].getType());\r
 523 \r
 524                     if (features[i].getDescription() != null\r
 525                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 526                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 527 \r
 528                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 529                     {\r
 530                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 531                     }\r
 532                   }\r
 533                 }\r
 534 \r
 535               }\r
 536 \r
 537               sbuffer.append("</html>");\r
 538               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 539                 setToolTipText("");\r
 540               else\r
 541                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 542             }\r
 543             else\r
 544               setToolTipText("");\r
 545         }\r
 546     }\r
 547 \r
 548     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 549     {\r
 550       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 551                                            sequence.getName());\r
 552 \r
 553       Object obj = null;\r
 554       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 555       {\r
 556         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 557                                                    "");\r
 558         if (obj != null)\r
 559           text.append(" Nucleotide: ");\r
 560       }\r
 561       else\r
 562       {\r
 563         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 564         if (obj != null)\r
 565           text.append("  Residue: ");\r
 566       }\r
 567 \r
 568       if (obj != null)\r
 569       {\r
 570 \r
 571         if (obj != "")\r
 572         {\r
 573           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 574                       ")");\r
 575         }\r
 576       }\r
 577       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 578 \r
 579     }\r
 580 \r
 581     /**\r
 582      * DOCUMENT ME!\r
 583      *\r
 584      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 585      */\r
 586     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 587     {\r
 588       if (!editingSeqs)\r
 589       {\r
 590         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 591         return;\r
 592       }\r
 593 \r
 594         int res = findRes(evt);\r
 595 \r
 596         if (res < 0)\r
 597         {\r
 598             res = 0;\r
 599         }\r
 600 \r
 601         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 602         {\r
 603             return;\r
 604         }\r
 605 \r
 606         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 607         {\r
 608           // dragLeft, delete gap\r
 609           editSequence(false, res);\r
 610         }\r
 611         else\r
 612           editSequence(true, res);\r
 613 \r
 614         mouseDragging = true;\r
 615         if(scrollThread!=null)\r
 616           scrollThread.setEvent(evt);\r
 617 \r
 618     }\r
 619 \r
 620     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 621     {\r
 622       int fixedLeft = -1;\r
 623       int fixedRight = -1;\r
 624       boolean fixedColumns = false;\r
 625       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 626 \r
 627       if(groupEditing && sg==null)\r
 628         return;\r
 629 \r
 630         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 631         {\r
 632           //This needs to check all the sequences in a group edit,m\r
 633           // not just the startseq\r
 634           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 635           {\r
 636             groupEditing = true;\r
 637           }\r
 638         }\r
 639 \r
 640         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 641         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 642         if (groupEditing)\r
 643            message.append("Edit group:");\r
 644         else\r
 645             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 646 \r
 647        if(insertGap)\r
 648          message.append(" insert ");\r
 649        else\r
 650          message.append(" delete ");\r
 651 \r
 652        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 653        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 654 \r
 655 \r
 656         //Are we editing within a selection group?\r
 657         if (groupEditing\r
 658             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 659         {\r
 660           fixedColumns = true;\r
 661 \r
 662           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 663           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 664 \r
 665           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 666               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 667               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 668               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 669           {\r
 670             endEditing();\r
 671             return;\r
 672           }\r
 673 \r
 674           if (fixedLeft > startres)\r
 675           {\r
 676             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 677             fixedLeft = 0;\r
 678           }\r
 679           else if (fixedRight < startres)\r
 680           {\r
 681             fixedLeft = fixedRight;\r
 682             fixedRight = -1;\r
 683           }\r
 684         }\r
 685 \r
 686 \r
 687 \r
 688         if(av.hasHiddenColumns)\r
 689         {\r
 690           fixedColumns = true;\r
 691           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 692           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 693 \r
 694           if(    ( insertGap && startres>y1 && lastres<y1)\r
 695               || (!insertGap && startres<y2 && lastres>y2) )\r
 696           {\r
 697             endEditing();\r
 698             return;\r
 699           }\r
 700 \r
 701           if(fixedRight<y2 && fixedRight==-1 && y2!=startres)\r
 702             fixedRight = y2 -1;\r
 703           if(y1>fixedLeft && fixedLeft==-1)\r
 704             fixedLeft = y1;\r
 705         }\r
 706 \r
 707         if (groupEditing)\r
 708         {\r
 709 \r
 710           /*if (av.hasHiddenRows)\r
 711           {\r
 712             //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 713             if (sg == null)\r
 714             {\r
 715               sg = new SequenceGroup();\r
 716               sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 717             }\r
 718 \r
 719             SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 720 \r
 721             //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 722             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 723             {\r
 724               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 725               tmp.addSequence(seq, false);\r
 726               if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 727               {\r
 728                 for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 729                   tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 730                                   false);\r
 731               }\r
 732             }\r
 733 \r
 734             sg = tmp;\r
 735           }*/\r
 736           // int blankColumn = -1;\r
 737 \r
 738 \r
 739           // drag to right\r
 740           if (insertGap)\r
 741           {\r
 742               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 743               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 744               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 745               {\r
 746                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 747                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 748               }\r
 749 \r
 750             // Is it valid with fixed columns??\r
 751             // Find the next gap before the end\r
 752             // of the visible region boundary\r
 753             boolean blank = false;\r
 754             for (fixedRight = fixedRight;\r
 755                  fixedRight > lastres;\r
 756                  fixedRight--)\r
 757             {\r
 758               blank = true;\r
 759               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 760               {\r
 761                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 762                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 763                 {\r
 764                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 765                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 766                   {\r
 767                     blank = false;\r
 768                     break;\r
 769                   }\r
 770                 }\r
 771               }\r
 772               if (blank)\r
 773                 break;\r
 774             }\r
 775 \r
 776             if (!blank)\r
 777             {\r
 778               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 779               {\r
 780                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 781                 //contains all the sequences\r
 782                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+1+startres-lastres);\r
 783                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 784               }\r
 785               else\r
 786               {\r
 787                 endEditing();\r
 788                 return;\r
 789               }\r
 790             }\r
 791           }\r
 792 \r
 793 \r
 794           // drag to left\r
 795           else if(!insertGap)\r
 796           {\r
 797             /// Are we able to delete?\r
 798             // ie are all columns blank?\r
 799 \r
 800             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 801             {\r
 802               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 803 \r
 804               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 805               {\r
 806                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 807                 {\r
 808                   continue;\r
 809                 }\r
 810 \r
 811                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 812                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 813                 {\r
 814                   // Not a gap, block edit not valid\r
 815                   endEditing();\r
 816                   return;\r
 817                 }\r
 818               }\r
 819             }\r
 820           }\r
 821 \r
 822 \r
 823           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 824           {\r
 825             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 826 \r
 827             if (insertGap)\r
 828             {\r
 829               // dragging to the right\r
 830               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 831               {\r
 832                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 833                 {\r
 834                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 835                 }\r
 836                 else\r
 837                   insertChar(j, seq);\r
 838               }\r
 839             }\r
 840             else\r
 841             {\r
 842               // dragging to the left\r
 843               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 844               {\r
 845                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 846                 {\r
 847                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 848                 }\r
 849                 else\r
 850                 {\r
 851                   deleteChar(startres, seq);\r
 852                 }\r
 853               }\r
 854             }\r
 855           }\r
 856         }\r
 857         else /////Editing a single sequence///////////\r
 858         {\r
 859           if (insertGap)\r
 860           {\r
 861             // dragging to the right\r
 862             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 863             {\r
 864               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 865               {\r
 866                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 867                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 868                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 869                 {\r
 870                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 871                   //extend the selection group\r
 872                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 873                   fixedColumns = false;\r
 874                   insertChar(j, seq);\r
 875                 }\r
 876                 else\r
 877                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 878               }\r
 879               else\r
 880                 insertChar(j, seq);\r
 881             }\r
 882           }\r
 883           else\r
 884           {\r
 885             // dragging to the left\r
 886             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 887             {\r
 888               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 889               {\r
 890                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 891               }\r
 892               else\r
 893               {\r
 894                 deleteChar(startres, seq);\r
 895               }\r
 896             }\r
 897           }\r
 898         }\r
 899 \r
 900         lastres = startres;\r
 901         seqCanvas.repaint();\r
 902     }\r
 903 \r
 904 \r
 905     /**\r
 906      * DOCUMENT ME!\r
 907      *\r
 908      * @param j DOCUMENT ME!\r
 909      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 910      */\r
 911     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 912     {\r
 913         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 914         seqEditOccurred = true;\r
 915     }\r
 916 \r
 917     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 918     {\r
 919       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 920       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 921       int blankColumn = fixedColumn;\r
 922       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 923       {\r
 924         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 925         {\r
 926           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 927           break;\r
 928         }\r
 929       }\r
 930 \r
 931       if (blankColumn <= j)\r
 932       {\r
 933         endEditing();\r
 934         return;\r
 935       }\r
 936 \r
 937       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 938       {\r
 939         //Just Checking\r
 940         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 941         return;\r
 942       }\r
 943 \r
 944       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 945       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 946       seqEditOccurred = true;\r
 947     }\r
 948 \r
 949     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 950     {\r
 951       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 952       {\r
 953         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 954             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 955         return;\r
 956       }\r
 957 \r
 958       seq.deleteCharAt(j);\r
 959       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 960       seqEditOccurred = true;\r
 961     }\r
 962 \r
 963     /**\r
 964      * DOCUMENT ME!\r
 965      *\r
 966      * @param j DOCUMENT ME!\r
 967      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 968      */\r
 969     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 970     {\r
 971       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 972       {\r
 973         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 974             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 975         return;\r
 976       }\r
 977 \r
 978         seq.deleteCharAt(j);\r
 979         seqEditOccurred = true;\r
 980         seqCanvas.repaint();\r
 981     }\r
 982     /**\r
 983      * DOCUMENT ME!\r
 984      *\r
 985      * @param e DOCUMENT ME!\r
 986      */\r
 987     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 988     {\r
 989         if(oldSeq < 0)\r
 990           oldSeq = 0;\r
 991 \r
 992         if (scrollThread != null)\r
 993         {\r
 994             scrollThread.running = false;\r
 995             scrollThread = null;\r
 996         }\r
 997     }\r
 998 \r
 999     /**\r
1000      * DOCUMENT ME!\r
1001      *\r
1002      * @param e DOCUMENT ME!\r
1003      */\r
1004     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1005     {\r
1006         if (av.getWrapAlignment())\r
1007         {\r
1008             return;\r
1009         }\r
1010 \r
1011         if (mouseDragging)\r
1012         {\r
1013             scrollThread = new ScrollThread();\r
1014         }\r
1015     }\r
1016 \r
1017     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1018     {}\r
1019 \r
1020     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1021     {\r
1022       e.consume();\r
1023       if (mouseWheelPressed)\r
1024       {\r
1025         Font font = av.getFont();\r
1026         int fontSize = font.getSize();\r
1027         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1028           fontSize++;\r
1029         else if (fontSize > 1)\r
1030           fontSize--;\r
1031 \r
1032         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1033         ap.fontChanged();\r
1034       }\r
1035       else\r
1036       {\r
1037         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1038           ap.scrollUp(false);\r
1039         else\r
1040           ap.scrollUp(true);\r
1041       }\r
1042 \r
1043     }\r
1044 \r
1045 \r
1046 \r
1047     /**\r
1048      * DOCUMENT ME!\r
1049      *\r
1050      * @param i DOCUMENT ME!\r
1051      */\r
1052     void editOccurred()\r
1053     {\r
1054       if (!seqEditOccurred)\r
1055       {\r
1056         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1057         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1058       }\r
1059 \r
1060       endEditing();\r
1061 \r
1062       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1063 \r
1064     }\r
1065 \r
1066     /**\r
1067      * DOCUMENT ME!\r
1068      *\r
1069      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1070      */\r
1071     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1072     {\r
1073       int res = findRes(evt);\r
1074       int seq = findSeq(evt);\r
1075       oldSeq = seq;\r
1076 \r
1077       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1078 \r
1079       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1080       {\r
1081           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1082               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1083               "Wrapped view - no edit",\r
1084               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1085         return;\r
1086       }\r
1087 \r
1088       if(seq<0 || res<0)\r
1089             return;\r
1090 \r
1091         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1092 \r
1093         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1094         {\r
1095             return;\r
1096         }\r
1097 \r
1098         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1099 \r
1100         if (stretchGroup == null)\r
1101         {\r
1102             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1103 \r
1104             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1105                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1106             {\r
1107                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1108             }\r
1109             else\r
1110             {\r
1111                 stretchGroup = null;\r
1112             }\r
1113         }\r
1114         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
1115                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1116                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1117         {\r
1118             stretchGroup = null;\r
1119 \r
1120             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1121 \r
1122             if (allGroups != null)\r
1123             {\r
1124                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1125                 {\r
1126                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1127                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1128                     {\r
1129                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1130                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1131 \r
1132                         break;\r
1133                     }\r
1134                 }\r
1135             }\r
1136         }\r
1137 \r
1138         if (av.cursorMode)\r
1139         {\r
1140           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1141           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1142           seqCanvas.repaint();\r
1143           return;\r
1144         }\r
1145 \r
1146 \r
1147         if (stretchGroup == null)\r
1148         {\r
1149             // define a new group here\r
1150             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1151             sg.setStartRes(res);\r
1152             sg.setEndRes(res);\r
1153             sg.addSequence(sequence, false);\r
1154             av.setSelectionGroup(sg);\r
1155             stretchGroup = sg;\r
1156 \r
1157             if (av.getConservationSelected())\r
1158             {\r
1159                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1160                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
1161             }\r
1162 \r
1163             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1164             {\r
1165                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1166                     "Background");\r
1167             }\r
1168         }\r
1169         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1170         {\r
1171             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
1172             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1173 \r
1174             // edit the properties of existing group\r
1175         }\r
1176 \r
1177         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1178         {\r
1179             // Edit end res position of selected group\r
1180             changeEndRes = true;\r
1181         }\r
1182         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1183         {\r
1184             // Edit end res position of selected group\r
1185             changeStartRes = true;\r
1186         }\r
1187 \r
1188         stretchGroup.getWidth();\r
1189 \r
1190         seqCanvas.repaint();\r
1191     }\r
1192 \r
1193     /**\r
1194      * DOCUMENT ME!\r
1195      *\r
1196      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1197      */\r
1198     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1199     {\r
1200         if (stretchGroup == null)\r
1201         {\r
1202             return;\r
1203         }\r
1204 \r
1205 \r
1206         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1207         {\r
1208           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1209           {\r
1210             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1211                 sequences,\r
1212                 stretchGroup.getWidth());\r
1213           }\r
1214 \r
1215           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1216           {\r
1217             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1218                                               stretchGroup.getName());\r
1219             stretchGroup.recalcConservation();\r
1220           }\r
1221           else\r
1222           {\r
1223             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1224                                            stretchGroup.getName());\r
1225           }\r
1226         }\r
1227         changeEndRes = false;\r
1228         changeStartRes = false;\r
1229         stretchGroup = null;\r
1230         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1231     }\r
1232 \r
1233     /**\r
1234      * DOCUMENT ME!\r
1235      *\r
1236      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1237      */\r
1238     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1239     {\r
1240       int res = findRes(evt);\r
1241       int y = findSeq(evt);\r
1242 \r
1243       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1244         return;\r
1245 \r
1246        if (stretchGroup == null)\r
1247        {\r
1248             return;\r
1249        }\r
1250 \r
1251 \r
1252         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1253         {\r
1254           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1255         }\r
1256         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1257         {\r
1258           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1259         }\r
1260 \r
1261         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1262         {\r
1263             // Edit end res position of selected group\r
1264             changeEndRes = true;\r
1265         }\r
1266         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1267         {\r
1268             // Edit start res position of selected group\r
1269             changeStartRes = true;\r
1270         }\r
1271 \r
1272         if (res < av.getStartRes())\r
1273         {\r
1274             res = av.getStartRes();\r
1275         }\r
1276 \r
1277         if (changeEndRes)\r
1278         {\r
1279             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1280             {\r
1281                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1282             }\r
1283         }\r
1284         else if (changeStartRes)\r
1285         {\r
1286             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1287             {\r
1288                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1289             }\r
1290         }\r
1291 \r
1292         int dragDirection = 0;\r
1293 \r
1294         if (y > oldSeq)\r
1295         {\r
1296             dragDirection = 1;\r
1297         }\r
1298         else if (y < oldSeq)\r
1299         {\r
1300             dragDirection = -1;\r
1301         }\r
1302 \r
1303 \r
1304         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1305         {\r
1306             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1307             // selection is quite slow.\r
1308             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1309 \r
1310             oldSeq += dragDirection;\r
1311 \r
1312             if(oldSeq<0)\r
1313               break;\r
1314 \r
1315             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1316 \r
1317             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1318             {\r
1319                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1320             }\r
1321             else\r
1322             {\r
1323                 if (seq != null)\r
1324                 {\r
1325                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1326                 }\r
1327 \r
1328                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1329             }\r
1330         }\r
1331 \r
1332         if(oldSeq < 0)\r
1333           oldSeq = -1;\r
1334 \r
1335         mouseDragging = true;\r
1336 \r
1337         if (scrollThread != null)\r
1338         {\r
1339             scrollThread.setEvent(evt);\r
1340         }\r
1341 \r
1342         seqCanvas.repaint();\r
1343     }\r
1344 \r
1345     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1346     {\r
1347       if(evt==null)\r
1348       {\r
1349         if(scrollThread!=null)\r
1350         {\r
1351           scrollThread.running = false;\r
1352           scrollThread = null;\r
1353         }\r
1354         mouseDragging = false;\r
1355       }\r
1356       else\r
1357       {\r
1358         if (scrollThread == null)\r
1359           scrollThread = new ScrollThread();\r
1360 \r
1361         mouseDragging = true;\r
1362         scrollThread.setEvent(evt);\r
1363       }\r
1364 \r
1365     }\r
1366 \r
1367 \r
1368     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1369     class ScrollThread extends Thread\r
1370     {\r
1371         MouseEvent evt;\r
1372         boolean running = false;\r
1373 \r
1374         public ScrollThread()\r
1375         {\r
1376             start();\r
1377         }\r
1378 \r
1379         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1380         {\r
1381             evt = e;\r
1382         }\r
1383 \r
1384         public void stopScrolling()\r
1385         {\r
1386             running = false;\r
1387         }\r
1388 \r
1389         public void run()\r
1390         {\r
1391             running = true;\r
1392 \r
1393             while (running)\r
1394             {\r
1395                 if (evt != null)\r
1396                 {\r
1397                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1398                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1399                     {\r
1400                         running = ap.scrollUp(true);\r
1401                     }\r
1402 \r
1403                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1404                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1405                     {\r
1406                         running = ap.scrollUp(false);\r
1407                     }\r
1408 \r
1409                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1410                     {\r
1411                         running = ap.scrollRight(false);\r
1412                     }\r
1413                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1414                     {\r
1415                         running = ap.scrollRight(true);\r
1416                     }\r
1417                 }\r
1418 \r
1419                 try\r
1420                 {\r
1421                     Thread.sleep(20);\r
1422                 }\r
1423                 catch (Exception ex)\r
1424                 {\r
1425                 }\r
1426             }\r
1427         }\r
1428     }\r
1429 }\r