src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    parent;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   public    boolean editFlag;\r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel p) {\r
  31     this.av         = av;\r
  32 \r
  33     seqCanvas  = new SeqCanvas(av);\r
  34     setLayout(new BorderLayout());\r
  35     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  36 \r
  37     parent = p;\r
  38 \r
  39     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  40     {\r
  41       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  42       {  doMouseMoved(evt);   }\r
  43       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  44       {      doMouseDragged(evt);  }\r
  45     });\r
  46 \r
  47     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  48     {\r
  49       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  50       {  doMouseReleased(evt);  }\r
  51       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  52       {  doMousePressed(evt);   }\r
  53 \r
  54     });\r
  55     repaint();\r
  56   }\r
  57 \r
  58 \r
  59   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  60 \r
  61     int x = evt.getX();\r
  62     int res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  63 \r
  64     endres = res;\r
  65 \r
  66       // This is to detect edits - we're at the end of an edit if mouse is up\r
  67     editFlag = false;\r
  68     startseq = -1;\r
  69     startres = -1;\r
  70     lastres  = -1;\r
  71     if(seqEditOccurred>-1)\r
  72       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  73 \r
  74     seqEditOccurred = -1;\r
  75 \r
  76     parent.RefreshPanels();\r
  77     repaint();\r
  78 \r
  79   }\r
  80 \r
  81   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  82   parent.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
  83     int seq;\r
  84     int res;\r
  85 \r
  86     int x = evt.getX();\r
  87     int y = evt.getY();\r
  88 \r
  89     res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  90     seq = (y)/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
  91 \r
  92     if (seq < av.getAlignment().getHeight() && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
  93     {\r
  94       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
  95       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
  96       // in the alignment\r
  97 \r
  98       startseq = seq;\r
  99 \r
 100       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight()-1)) {\r
 101         padseq = 1;\r
 102       } else {\r
 103         padseq = 1;\r
 104       }\r
 105 \r
 106       startres = res;\r
 107       lastres = res;\r
 108 \r
 109       } else {\r
 110       startseq = -1;\r
 111       startres = -1;\r
 112       lastres = -1;\r
 113     }\r
 114 \r
 115     return;\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 119   {\r
 120     int res=0, seq=0;\r
 121     int x = evt.getX();\r
 122     int y = evt.getY();\r
 123     if(av.wrapAlignment)\r
 124     {\r
 125       y -= 2*av.charHeight;\r
 126       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 127 \r
 128 \r
 129       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 130 \r
 131       System.out.println( ((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +" "+((x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes()) );\r
 132       y %= chunkHeight;\r
 133       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 134 \r
 135       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 136       //  startx += chunkWidth;\r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140       res = (int) (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 141       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 142     }\r
 143 \r
 144 \r
 145     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 146       return;\r
 147 \r
 148     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 149     String aa = "";\r
 150     if(obj!=null)\r
 151          aa = obj.toString();\r
 152 \r
 153     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 154     if(aa!="")\r
 155       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 156 \r
 157     parent.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 158 \r
 159   }\r
 160 \r
 161   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 162     // If we're dragging we're editing\r
 163     editFlag = true;\r
 164     int x = evt.getX();\r
 165 \r
 166     int res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 167     if (res < 0) {res = 0;}\r
 168 \r
 169     if (res  != lastres) {\r
 170       if (startseq != -1) {\r
 171 \r
 172         // Group editing\r
 173         if (av.getGroupEdit()) {\r
 174           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 175 \r
 176           if(sg!=null)\r
 177           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 178           {\r
 179             boolean flag = false;\r
 180             for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 181             {\r
 182               SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 183               for (int j=lastres-1; j >= res; j--)\r
 184               {\r
 185                 if (!flag)\r
 186                 {\r
 187                   if (s.getSequence().charAt(j)!=av.getAlignment().getGapCharacter() &&\r
 188                       s.getSequence().charAt(j)==' ')\r
 189                   {\r
 190                     res = j+1;\r
 191                     flag = true;\r
 192                   }\r
 193                 }\r
 194               }\r
 195             }\r
 196           }\r
 197 \r
 198           if(sg!=null)\r
 199           for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 200           {\r
 201             SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 202             boolean found = false;\r
 203             int sno = -1;\r
 204             for (int k = 0; k < av.getAlignment().getHeight(); k++)\r
 205             {\r
 206               if (av.getAlignment().getSequenceAt(k) == s)\r
 207               {\r
 208                 found = true;\r
 209                 sno = k;\r
 210                 break;\r
 211               }\r
 212             }\r
 213             if (found && sno != -1) {\r
 214               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 215               {\r
 216                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 217                   insertChar(j,sno);\r
 218 \r
 219                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 220                 if (index != -1)\r
 221                   drawChars(index,index+1,lastres);\r
 222 \r
 223 \r
 224               } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 225               {\r
 226                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 227                 {\r
 228                   deleteChar(j,res,sno);\r
 229                   startres = res;\r
 230                 }\r
 231                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 232                 if (index != -1)\r
 233                   drawChars(index,index+1,res);\r
 234 \r
 235               }\r
 236             }\r
 237 \r
 238           }\r
 239           lastres = res;\r
 240         } else {\r
 241 \r
 242 \r
 243           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres) {\r
 244             // dragging to the right\r
 245             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 246               insertChar(j,startseq);\r
 247 \r
 248             drawChars(startseq,startseq+1,lastres);\r
 249 \r
 250           } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 251           {\r
 252 \r
 253             // dragging to the left\r
 254             for (int j = res; j < lastres; j++) {\r
 255               deleteChar(j,res,startseq);\r
 256               startres = res;\r
 257             }\r
 258             drawChars(startseq,startseq+1,res);\r
 259           }\r
 260         }\r
 261       }\r
 262       lastres = res;\r
 263     }\r
 264 \r
 265     repaint();\r
 266     return;\r
 267   }\r
 268 \r
 269   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 270     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 271     repaint();\r
 272   }\r
 273 \r
 274   public void insertChar(int j, int seq)\r
 275   {\r
 276     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 277     seqEditOccurred=seq;\r
 278   }\r
 279 \r
 280   public void deleteChar(int j, int res, int seq)\r
 281   {\r
 282 \r
 283     if (av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='.' ||\r
 284         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='-' ||\r
 285         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)==' ' )\r
 286     {\r
 287         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 288     }\r
 289 \r
 290     av.getAlignment().getWidth();\r
 291     repaint();\r
 292     seqEditOccurred=seq;\r
 293   }\r
 294 \r
 295 \r
 296   void updateConservation(int i)\r
 297   {\r
 298     Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 299     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 300     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 301       return;\r
 302 \r
 303     Conservation c = sg.getConservation();\r
 304 \r
 305     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 306                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 307                          al.getWidth());\r
 308     c.calculate();\r
 309     c.verdict(false, 100);\r
 310     sg.setConservation(c);\r
 311     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 312     ccs.conserve = c;\r
 313   }\r
 314 \r
 315 \r
 316   public void setColourScheme(ColourSchemeI cs, boolean showConservation)\r
 317   {\r
 318     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 319     if (av.getSelection().size() == 0)\r
 320     {\r
 321       seqCanvas.cs = cs;\r
 322       for (int i = 0; i < av.alignment.getGroups().size();i++)\r
 323       {\r
 324         SequenceGroup sg = (SequenceGroup)av.alignment.getGroups().elementAt(i);\r
 325         sg.cs = cs;\r
 326         if(!showConservation\r
 327             && !(sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
 328             && sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 329          {\r
 330            // remove ConservationColouring from existing Conservation group\r
 331            ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 332            sg.cs = ccs.cs;\r
 333          }\r
 334          else if(showConservation && !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 335          {\r
 336            // add ConservationColouring to new group\r
 337            Conservation c = sg.getConservation();\r
 338            Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 339            c = new Conservation("All", al.cons,\r
 340                                 ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 341                                 al.getWidth() );\r
 342            c.calculate();\r
 343            c.verdict(false, 100);\r
 344            sg.setConservation(c);\r
 345            sg.cs = new ConservationColourScheme(sg);\r
 346          }\r
 347       }\r
 348     }\r
 349     else\r
 350     {\r
 351       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup((Sequence)av.sel.sequenceAt(0));\r
 352 \r
 353       if( isNewSelection(sg) )\r
 354       {\r
 355         sg = av.getAlignment().addGroup();\r
 356         for (int i=0; i < av.getSelection().size(); i++)\r
 357         {\r
 358           av.alignment.removeFromGroup(av.alignment.findGroup( (Sequence) av.\r
 359               sel.sequenceAt(i)),\r
 360                                        (Sequence) av.sel.sequenceAt(i));\r
 361           av.alignment.addToGroup(sg, (Sequence) av.sel.sequenceAt(i));\r
 362         }\r
 363       }\r
 364 \r
 365 \r
 366       sg.cs = cs;\r
 367 \r
 368       // Selection is made, we only want to change the conservationColour for selected group\r
 369       if(  showConservation\r
 370            && !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 371            && !(sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme))\r
 372       {\r
 373         Conservation c = sg.getConservation();\r
 374         Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 375 \r
 376         c = new Conservation("All", al.cons,\r
 377                              ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 378                              al.getWidth() );\r
 379         c.calculate();\r
 380         c.verdict(false, 100);\r
 381         sg.setConservation(c);\r
 382         sg.cs = new ConservationColourScheme(sg);\r
 383     }\r
 384     else  if( !showConservation && sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 385     {\r
 386       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 387       sg.cs = ccs.cs;\r
 388     }\r
 389    }\r
 390    repaint();\r
 391   }\r
 392 \r
 393   boolean isNewSelection(SequenceGroup sg)\r
 394   {\r
 395     if(sg.getSize()!=av.getSelection().size())\r
 396       return true;\r
 397 \r
 398     for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 399      if( !av.getSelection().contains( sg.getSequenceAt(i) ))\r
 400        return true;\r
 401 \r
 402     return false;\r
 403   }\r
 404 \r
 405 \r
 406   public ColourSchemeI getColourScheme()\r
 407   {\r
 408     if(av.getSelection().size()>0)\r
 409        return av.alignment.findGroup((Sequence)av.sel.sequenceAt(0)).cs;\r
 410     else\r
 411       return seqCanvas.cs;\r
 412   }\r
 413 }\r
 414 \r
 415 \r
 416 \r
 417 \r