src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  51     boolean seqEditOccurred = false;\r
  52     ScrollThread scrollThread = null;\r
  53     boolean mouseDragging = false;\r
  54     boolean editingSeqs = false;\r
  55     boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57     //////////////////////////////////////////\r
  58     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     int oldSeq = -1;\r
  61     boolean changeEndSeq = false;\r
  62     boolean changeStartSeq = false;\r
  63     boolean changeEndRes = false;\r
  64     boolean changeStartRes = false;\r
  65     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66     boolean remove = false;\r
  67 \r
  68     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  69     StringBuffer keyboardNo1;\r
  70     StringBuffer keyboardNo2;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Creates a new SeqPanel object.\r
  74      *\r
  75      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  76      * @param p DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  79     {\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  83         this.av = avp;\r
  84         setBackground(Color.white);\r
  85 \r
  86         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  87         setLayout(new BorderLayout());\r
  88         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90         ap = p;\r
  91 \r
  92         if(!av.isDataset())\r
  93         {\r
  94           addMouseMotionListener(this);\r
  95           addMouseListener(this);\r
  96           addMouseWheelListener(this);\r
  97         }\r
  98     }\r
  99 \r
 100     int startWrapBlock=-1;\r
 101     int wrappedBlock=-1;\r
 102     int findRes(MouseEvent evt)\r
 103    {\r
 104      int res = 0;\r
 105      int x = evt.getX();\r
 106 \r
 107     if (av.wrapAlignment)\r
 108     {\r
 109 \r
 110       int hgap = av.charHeight;\r
 111       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 112         hgap += av.charHeight;\r
 113 \r
 114       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 115           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 116 \r
 117         int y = evt.getY();\r
 118         y -= hgap;\r
 119         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 120 \r
 121 \r
 122         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 123 \r
 124         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 125         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 126 \r
 127         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 128 \r
 129     }\r
 130     else\r
 131     {\r
 132         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 133     }\r
 134 \r
 135     if(av.hasHiddenColumns)\r
 136           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 137 \r
 138     return res;\r
 139 \r
 140    }\r
 141 \r
 142    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 143    {\r
 144 \r
 145      int seq = 0;\r
 146      int y = evt.getY();\r
 147 \r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        int hgap = av.charHeight;\r
 151        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 152          hgap += av.charHeight;\r
 153 \r
 154        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 155            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 156 \r
 157          y -= hgap;\r
 158 \r
 159        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 160      }\r
 161      else\r
 162      {\r
 163        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 164      }\r
 165 \r
 166      return seq;\r
 167    }\r
 168 \r
 169    void endEditing()\r
 170    {\r
 171      startseq = -1;\r
 172      lastres = -1;\r
 173      seqEditOccurred = false;\r
 174      editingSeqs = false;\r
 175      groupEditing = false;\r
 176      keyboardNo1 = null;\r
 177      keyboardNo2 = null;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     void setCursorRow()\r
 181     {\r
 182       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 183       scrollToVisible();\r
 184     }\r
 185 \r
 186     void setCursorColumn()\r
 187     {\r
 188       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 189       scrollToVisible();\r
 190     }\r
 191 \r
 192     void setCursorRowAndColumn()\r
 193     {\r
 194       if(keyboardNo2==null)\r
 195       {\r
 196         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 197       }\r
 198       else\r
 199       {\r
 200         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 201         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 202         scrollToVisible();\r
 203       }\r
 204     }\r
 205 \r
 206     void setCursorPosition()\r
 207     {\r
 208       SequenceI sequence =\r
 209           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 210 \r
 211       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 212           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 213           );\r
 214       scrollToVisible();\r
 215     }\r
 216 \r
 217     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 218     {\r
 219       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 220       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 221       scrollToVisible();\r
 222     }\r
 223 \r
 224     void scrollToVisible()\r
 225     {\r
 226       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 227         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 228       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 229         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 230 \r
 231       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 232         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 233       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 234         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 235 \r
 236 \r
 237       endEditing();\r
 238       if(av.wrapAlignment)\r
 239       {\r
 240         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 241       }\r
 242       else\r
 243       {\r
 244         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 245         {\r
 246           ap.scrollUp(true);\r
 247         }\r
 248         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 249         {\r
 250           ap.scrollUp(false);\r
 251         }\r
 252         if (!av.wrapAlignment)\r
 253         {\r
 254           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 255           {\r
 256             if (!ap.scrollRight(false))\r
 257               break;\r
 258           }\r
 259           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 260           {\r
 261             if (!ap.scrollRight(true))\r
 262               break;\r
 263           }\r
 264         }\r
 265       }\r
 266       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 267                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 268 \r
 269       seqCanvas.repaint();\r
 270     }\r
 271 \r
 272     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 273     {\r
 274       SequenceI sequence =\r
 275           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 276 \r
 277       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 278       {\r
 279         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 280         //Find the top and bottom of this group\r
 281         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 282         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 283         {\r
 284           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 285           if(index > max)\r
 286             max = index;\r
 287           if(index < min)\r
 288             min = index;\r
 289         }\r
 290 \r
 291         max ++;\r
 292 \r
 293         if(topLeft)\r
 294         {\r
 295           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 296           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 297             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 298 \r
 299           min = seqCanvas.cursorY;\r
 300         }\r
 301         else\r
 302         {\r
 303           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 304           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 305             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 306 \r
 307           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 308         }\r
 309 \r
 310         if(min>max)\r
 311         {\r
 312           // Only the user can do this\r
 313           av.setSelectionGroup(null);\r
 314         }\r
 315         else\r
 316         {\r
 317           // Now add any sequences between min and max\r
 318           sg.sequences.clear();\r
 319           for (int i = min; i < max; i++)\r
 320           {\r
 321             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 322           }\r
 323         }\r
 324       }\r
 325 \r
 326       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 327       {\r
 328         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 329         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 330         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 331         sg.addSequence(sequence, false);\r
 332         av.setSelectionGroup(sg);\r
 333       }\r
 334 \r
 335 \r
 336       ap.repaint();\r
 337     }\r
 338 \r
 339     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 340     {\r
 341       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 342                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 343       groupEditing = group;\r
 344       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 345       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 346       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 347       editOccurred();\r
 348     }\r
 349 \r
 350     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 351     {\r
 352       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 353                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 354       groupEditing = group;\r
 355       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 356       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 357       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 358       editOccurred();\r
 359     }\r
 360 \r
 361     void numberPressed(char value)\r
 362     {\r
 363       if(keyboardNo1==null)\r
 364         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 365 \r
 366       if(keyboardNo2!=null)\r
 367         keyboardNo2.append(value);\r
 368       else\r
 369         keyboardNo1.append(value);\r
 370     }\r
 371 \r
 372     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 373     {\r
 374       if(kb==null)\r
 375         return 1;\r
 376       else\r
 377         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 378     }\r
 379 \r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * DOCUMENT ME!\r
 383      *\r
 384      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 385      */\r
 386     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 387     {\r
 388       mouseDragging = false;\r
 389       mouseWheelPressed = false;\r
 390 \r
 391       if (!editingSeqs)\r
 392       {\r
 393          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 394          return;\r
 395       }\r
 396 \r
 397        editOccurred();\r
 398 \r
 399        endEditing();\r
 400        ap.repaint();\r
 401     }\r
 402 \r
 403 \r
 404 \r
 405     /**\r
 406      * DOCUMENT ME!\r
 407      *\r
 408      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 409      */\r
 410     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 411     {\r
 412       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 413       {\r
 414         mouseWheelPressed = true;\r
 415         return;\r
 416       }\r
 417 \r
 418       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 419           evt.isControlDown())\r
 420       {\r
 421         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 422         {\r
 423           groupEditing = true;\r
 424         }\r
 425         editingSeqs = true;\r
 426       }\r
 427       else\r
 428       {\r
 429         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 430         return;\r
 431       }\r
 432 \r
 433 \r
 434 \r
 435       int seq = findSeq(evt);\r
 436       int res = findRes(evt);\r
 437 \r
 438       if(seq<0 || res<0)\r
 439         return;\r
 440 \r
 441       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 442                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 443 \r
 444         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 445                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 446         {\r
 447             startseq = seq;\r
 448             lastres = res;\r
 449         }\r
 450         else\r
 451         {\r
 452             startseq = -1;\r
 453             lastres = -1;\r
 454         }\r
 455 \r
 456         return;\r
 457     }\r
 458 \r
 459     /**\r
 460      * DOCUMENT ME!\r
 461      *\r
 462      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 463      */\r
 464     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 465     {\r
 466       if (editingSeqs)\r
 467       {\r
 468        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 469        // If control is down, other platforms will not.\r
 470        mouseDragged(evt);\r
 471       }\r
 472 \r
 473       int res = findRes(evt);\r
 474       int seq = findSeq(evt);\r
 475 \r
 476 \r
 477       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 478             return;\r
 479 \r
 480       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 481 \r
 482       if (res > sequence.getLength())\r
 483       {\r
 484         return;\r
 485       }\r
 486 \r
 487       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 488       {\r
 489         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 490       }\r
 491 \r
 492       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 493 \r
 494         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 495         if (av.showSequenceFeatures)\r
 496         {\r
 497             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 498             if(features!=null)\r
 499             {\r
 500               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 501 \r
 502               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 503               {\r
 504 \r
 505                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 506                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 507                 {\r
 508                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 509                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 510                   continue;\r
 511 \r
 512 \r
 513                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 514                   {\r
 515                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 516                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 517                     {\r
 518                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 519                         sbuffer.append("<br>");\r
 520                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 521                                      features[i].getEnd());\r
 522                     }\r
 523                   }\r
 524                   else\r
 525                   {\r
 526                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 527                       sbuffer.append("<br>");\r
 528                     if(features[i].featureGroup!=null)\r
 529                       sbuffer.append(features[i].featureGroup+";");\r
 530 \r
 531                     sbuffer.append(features[i].getType());\r
 532 \r
 533                     if (features[i].getDescription() != null\r
 534                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 535                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 536 \r
 537                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 538                     {\r
 539                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 540                     }\r
 541                   }\r
 542                 }\r
 543 \r
 544               }\r
 545 \r
 546               sbuffer.append("</html>");\r
 547               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 548                 setToolTipText("");\r
 549               else\r
 550                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 551             }\r
 552             else\r
 553               setToolTipText("");\r
 554         }\r
 555     }\r
 556 \r
 557     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 558     {\r
 559       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 560                                            sequence.getName());\r
 561 \r
 562       Object obj = null;\r
 563       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 564       {\r
 565         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 566                                                    "");\r
 567         if (obj != null)\r
 568           text.append(" Nucleotide: ");\r
 569       }\r
 570       else\r
 571       {\r
 572         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 573         if (obj != null)\r
 574           text.append("  Residue: ");\r
 575       }\r
 576 \r
 577       if (obj != null)\r
 578       {\r
 579 \r
 580         if (obj != "")\r
 581         {\r
 582           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 583                       ")");\r
 584         }\r
 585       }\r
 586       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 587 \r
 588     }\r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * DOCUMENT ME!\r
 592      *\r
 593      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 594      */\r
 595     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 596     {\r
 597       if (!editingSeqs)\r
 598       {\r
 599         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 600         return;\r
 601       }\r
 602 \r
 603         int res = findRes(evt);\r
 604 \r
 605         if (res < 0)\r
 606         {\r
 607             res = 0;\r
 608         }\r
 609 \r
 610         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 611         {\r
 612             return;\r
 613         }\r
 614 \r
 615         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 616         {\r
 617           // dragLeft, delete gap\r
 618           editSequence(false, res);\r
 619         }\r
 620         else\r
 621           editSequence(true, res);\r
 622 \r
 623         mouseDragging = true;\r
 624         if(scrollThread!=null)\r
 625           scrollThread.setEvent(evt);\r
 626 \r
 627     }\r
 628 \r
 629     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 630     {\r
 631       int fixedLeft = -1;\r
 632       int fixedRight = -1;\r
 633       boolean fixedColumns = false;\r
 634       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 635 \r
 636       if(groupEditing && sg==null)\r
 637         return;\r
 638 \r
 639         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 640         {\r
 641           //This needs to check all the sequences in a group edit,m\r
 642           // not just the startseq\r
 643           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 644           {\r
 645             groupEditing = true;\r
 646           }\r
 647         }\r
 648 \r
 649         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 650         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 651         if (groupEditing)\r
 652            message.append("Edit group:");\r
 653         else\r
 654             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 655 \r
 656        if(insertGap)\r
 657          message.append(" insert ");\r
 658        else\r
 659          message.append(" delete ");\r
 660 \r
 661        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 662        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 663 \r
 664 \r
 665         //Are we editing within a selection group?\r
 666         if (groupEditing\r
 667             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 668         {\r
 669           fixedColumns = true;\r
 670 \r
 671           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 672           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 673 \r
 674           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 675               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 676               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 677               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 678           {\r
 679             endEditing();\r
 680             return;\r
 681           }\r
 682 \r
 683           if (fixedLeft > startres)\r
 684           {\r
 685             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 686             fixedLeft = 0;\r
 687           }\r
 688           else if (fixedRight < startres)\r
 689           {\r
 690             fixedLeft = fixedRight;\r
 691             fixedRight = -1;\r
 692           }\r
 693         }\r
 694 \r
 695 \r
 696 \r
 697         if(av.hasHiddenColumns)\r
 698         {\r
 699           fixedColumns = true;\r
 700           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 701           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 702 \r
 703           if(    ( insertGap && startres>y1 && lastres<y1)\r
 704               || (!insertGap && startres<y2 && lastres>y2) )\r
 705           {\r
 706             endEditing();\r
 707             return;\r
 708           }\r
 709 \r
 710           if(fixedRight<y2 && fixedRight==-1 && y2!=startres)\r
 711             fixedRight = y2 -1;\r
 712           if(y1>fixedLeft && fixedLeft==-1)\r
 713             fixedLeft = y1;\r
 714         }\r
 715 \r
 716         if (groupEditing)\r
 717         {\r
 718 \r
 719           /*if (av.hasHiddenRows)\r
 720           {\r
 721             //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 722             if (sg == null)\r
 723             {\r
 724               sg = new SequenceGroup();\r
 725               sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 726             }\r
 727 \r
 728             SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 729 \r
 730             //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 731             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 732             {\r
 733               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 734               tmp.addSequence(seq, false);\r
 735               if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 736               {\r
 737                 for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 738                   tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 739                                   false);\r
 740               }\r
 741             }\r
 742 \r
 743             sg = tmp;\r
 744           }*/\r
 745           // int blankColumn = -1;\r
 746 \r
 747 \r
 748           // drag to right\r
 749           if (insertGap)\r
 750           {\r
 751               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 752               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 753               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 754               {\r
 755                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 756                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 757               }\r
 758 \r
 759             // Is it valid with fixed columns??\r
 760             // Find the next gap before the end\r
 761             // of the visible region boundary\r
 762             boolean blank = false;\r
 763             for (fixedRight = fixedRight;\r
 764                  fixedRight > lastres;\r
 765                  fixedRight--)\r
 766             {\r
 767               blank = true;\r
 768               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 769               {\r
 770                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 771                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 772                 {\r
 773                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 774                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 775                   {\r
 776                     blank = false;\r
 777                     break;\r
 778                   }\r
 779                 }\r
 780               }\r
 781               if (blank)\r
 782                 break;\r
 783             }\r
 784 \r
 785             if (!blank)\r
 786             {\r
 787               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 788               {\r
 789                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 790                 //contains all the sequences\r
 791                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 792                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 793               }\r
 794               else\r
 795               {\r
 796                 endEditing();\r
 797                 return;\r
 798               }\r
 799             }\r
 800           }\r
 801 \r
 802 \r
 803           // drag to left\r
 804           else if(!insertGap)\r
 805           {\r
 806             /// Are we able to delete?\r
 807             // ie are all columns blank?\r
 808 \r
 809             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 810             {\r
 811               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 812 \r
 813               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 814               {\r
 815                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 816                 {\r
 817                   continue;\r
 818                 }\r
 819 \r
 820                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 821                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 822                 {\r
 823                   // Not a gap, block edit not valid\r
 824                   endEditing();\r
 825                   return;\r
 826                 }\r
 827               }\r
 828             }\r
 829           }\r
 830 \r
 831 \r
 832           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 833           {\r
 834             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 835 \r
 836             if (insertGap)\r
 837             {\r
 838               // dragging to the right\r
 839               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 840               {\r
 841                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 842                 {\r
 843                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 844                 }\r
 845                 else\r
 846                   insertChar(j, seq);\r
 847               }\r
 848             }\r
 849             else\r
 850             {\r
 851               // dragging to the left\r
 852               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 853               {\r
 854                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 855                 {\r
 856                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 857                 }\r
 858                 else\r
 859                 {\r
 860                   deleteChar(startres, seq);\r
 861                 }\r
 862               }\r
 863             }\r
 864           }\r
 865         }\r
 866         else /////Editing a single sequence///////////\r
 867         {\r
 868           if (insertGap)\r
 869           {\r
 870             // dragging to the right\r
 871             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 872             {\r
 873               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 874               {\r
 875                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 876                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 877                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 878                 {\r
 879                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 880                   //extend the selection group\r
 881                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 882                   fixedColumns = false;\r
 883                   insertChar(j, seq);\r
 884                 }\r
 885                 else\r
 886                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 887               }\r
 888               else\r
 889                 insertChar(j, seq);\r
 890             }\r
 891           }\r
 892           else\r
 893           {\r
 894             // dragging to the left\r
 895             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 896             {\r
 897               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 898               {\r
 899                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 900               }\r
 901               else\r
 902               {\r
 903                 deleteChar(startres, seq);\r
 904               }\r
 905             }\r
 906           }\r
 907         }\r
 908 \r
 909         lastres = startres;\r
 910         seqCanvas.repaint();\r
 911     }\r
 912 \r
 913 \r
 914     /**\r
 915      * DOCUMENT ME!\r
 916      *\r
 917      * @param j DOCUMENT ME!\r
 918      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 919      */\r
 920     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 921     {\r
 922         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 923         seqEditOccurred = true;\r
 924     }\r
 925 \r
 926     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 927     {\r
 928       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 929       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 930       int blankColumn = fixedColumn;\r
 931       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 932       {\r
 933         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 934         {\r
 935           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 936           break;\r
 937         }\r
 938       }\r
 939 \r
 940       if (blankColumn <= j)\r
 941       {\r
 942         endEditing();\r
 943         return;\r
 944       }\r
 945 \r
 946       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 947       {\r
 948         //Just Checking\r
 949         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 950         return;\r
 951       }\r
 952 \r
 953       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 954       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 955       seqEditOccurred = true;\r
 956     }\r
 957 \r
 958     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 959     {\r
 960       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 961       {\r
 962         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 963             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 964         return;\r
 965       }\r
 966 \r
 967       seq.deleteCharAt(j);\r
 968       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 969       seqEditOccurred = true;\r
 970     }\r
 971 \r
 972     /**\r
 973      * DOCUMENT ME!\r
 974      *\r
 975      * @param j DOCUMENT ME!\r
 976      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 977      */\r
 978     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 979     {\r
 980       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 981       {\r
 982         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 983             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 984         return;\r
 985       }\r
 986 \r
 987         seq.deleteCharAt(j);\r
 988         seqEditOccurred = true;\r
 989         seqCanvas.repaint();\r
 990     }\r
 991     /**\r
 992      * DOCUMENT ME!\r
 993      *\r
 994      * @param e DOCUMENT ME!\r
 995      */\r
 996     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 997     {\r
 998         if(oldSeq < 0)\r
 999           oldSeq = 0;\r
1000 \r
1001         if (scrollThread != null)\r
1002         {\r
1003             scrollThread.running = false;\r
1004             scrollThread = null;\r
1005         }\r
1006     }\r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * DOCUMENT ME!\r
1010      *\r
1011      * @param e DOCUMENT ME!\r
1012      */\r
1013     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1014     {\r
1015         if (av.getWrapAlignment())\r
1016         {\r
1017             return;\r
1018         }\r
1019 \r
1020         if (mouseDragging)\r
1021         {\r
1022             scrollThread = new ScrollThread();\r
1023         }\r
1024     }\r
1025 \r
1026     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1027     {}\r
1028 \r
1029     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1030     {\r
1031       e.consume();\r
1032       if (mouseWheelPressed)\r
1033       {\r
1034         Font font = av.getFont();\r
1035         int fontSize = font.getSize();\r
1036         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1037           fontSize++;\r
1038         else if (fontSize > 1)\r
1039           fontSize--;\r
1040 \r
1041         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1042         ap.fontChanged();\r
1043       }\r
1044       else\r
1045       {\r
1046         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1047           ap.scrollUp(false);\r
1048         else\r
1049           ap.scrollUp(true);\r
1050       }\r
1051 \r
1052     }\r
1053 \r
1054 \r
1055 \r
1056     /**\r
1057      * DOCUMENT ME!\r
1058      *\r
1059      * @param i DOCUMENT ME!\r
1060      */\r
1061     void editOccurred()\r
1062     {\r
1063       if (!seqEditOccurred)\r
1064       {\r
1065         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1066         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1067       }\r
1068 \r
1069       endEditing();\r
1070 \r
1071       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1072 \r
1073     }\r
1074 \r
1075     /**\r
1076      * DOCUMENT ME!\r
1077      *\r
1078      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1079      */\r
1080     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1081     {\r
1082       int res = findRes(evt);\r
1083       int seq = findSeq(evt);\r
1084       oldSeq = seq;\r
1085 \r
1086       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1087 \r
1088       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1089       {\r
1090           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1091               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1092               "Wrapped view - no edit",\r
1093               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1094         return;\r
1095       }\r
1096 \r
1097       if(seq<0 || res<0)\r
1098             return;\r
1099 \r
1100         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1101 \r
1102         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1103         {\r
1104             return;\r
1105         }\r
1106 \r
1107         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1108 \r
1109         if (stretchGroup == null)\r
1110         {\r
1111             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1112 \r
1113             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1114                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1115             {\r
1116                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1117             }\r
1118             else\r
1119             {\r
1120                 stretchGroup = null;\r
1121             }\r
1122         }\r
1123         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
1124                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1125                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1126         {\r
1127             stretchGroup = null;\r
1128 \r
1129             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1130 \r
1131             if (allGroups != null)\r
1132             {\r
1133                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1134                 {\r
1135                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1136                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1137                     {\r
1138                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1139                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1140 \r
1141                         break;\r
1142                     }\r
1143                 }\r
1144             }\r
1145         }\r
1146 \r
1147         if (av.cursorMode)\r
1148         {\r
1149           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1150           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1151           seqCanvas.repaint();\r
1152           return;\r
1153         }\r
1154 \r
1155 \r
1156         if (stretchGroup == null)\r
1157         {\r
1158             // define a new group here\r
1159             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1160             sg.setStartRes(res);\r
1161             sg.setEndRes(res);\r
1162             sg.addSequence(sequence, false);\r
1163             av.setSelectionGroup(sg);\r
1164             stretchGroup = sg;\r
1165 \r
1166             if (av.getConservationSelected())\r
1167             {\r
1168                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1169                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
1170             }\r
1171 \r
1172             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1173             {\r
1174                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1175                     "Background");\r
1176             }\r
1177         }\r
1178         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1179         {\r
1180             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
1181             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1182 \r
1183             // edit the properties of existing group\r
1184         }\r
1185 \r
1186         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1187         {\r
1188             // Edit end res position of selected group\r
1189             changeEndRes = true;\r
1190         }\r
1191         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1192         {\r
1193             // Edit end res position of selected group\r
1194             changeStartRes = true;\r
1195         }\r
1196 \r
1197         stretchGroup.getWidth();\r
1198 \r
1199         seqCanvas.repaint();\r
1200     }\r
1201 \r
1202     /**\r
1203      * DOCUMENT ME!\r
1204      *\r
1205      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1206      */\r
1207     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1208     {\r
1209         if (stretchGroup == null)\r
1210         {\r
1211             return;\r
1212         }\r
1213 \r
1214 \r
1215         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1216         {\r
1217           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1218           {\r
1219             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1220                 sequences,\r
1221                 stretchGroup.getWidth());\r
1222           }\r
1223 \r
1224           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1225           {\r
1226             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1227                                               stretchGroup.getName());\r
1228             stretchGroup.recalcConservation();\r
1229           }\r
1230           else\r
1231           {\r
1232             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1233                                            stretchGroup.getName());\r
1234           }\r
1235         }\r
1236         changeEndRes = false;\r
1237         changeStartRes = false;\r
1238         stretchGroup = null;\r
1239         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1240     }\r
1241 \r
1242     /**\r
1243      * DOCUMENT ME!\r
1244      *\r
1245      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1246      */\r
1247     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1248     {\r
1249       int res = findRes(evt);\r
1250       int y = findSeq(evt);\r
1251 \r
1252       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1253         return;\r
1254 \r
1255        if (stretchGroup == null)\r
1256        {\r
1257             return;\r
1258        }\r
1259 \r
1260 \r
1261         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1262         {\r
1263           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1264         }\r
1265         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1266         {\r
1267           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1268         }\r
1269 \r
1270         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1271         {\r
1272             // Edit end res position of selected group\r
1273             changeEndRes = true;\r
1274         }\r
1275         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1276         {\r
1277             // Edit start res position of selected group\r
1278             changeStartRes = true;\r
1279         }\r
1280 \r
1281         if (res < av.getStartRes())\r
1282         {\r
1283             res = av.getStartRes();\r
1284         }\r
1285 \r
1286         if (changeEndRes)\r
1287         {\r
1288             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1289             {\r
1290                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1291             }\r
1292         }\r
1293         else if (changeStartRes)\r
1294         {\r
1295             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1296             {\r
1297                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1298             }\r
1299         }\r
1300 \r
1301         int dragDirection = 0;\r
1302 \r
1303         if (y > oldSeq)\r
1304         {\r
1305             dragDirection = 1;\r
1306         }\r
1307         else if (y < oldSeq)\r
1308         {\r
1309             dragDirection = -1;\r
1310         }\r
1311 \r
1312 \r
1313         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1314         {\r
1315             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1316             // selection is quite slow.\r
1317             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1318 \r
1319             oldSeq += dragDirection;\r
1320 \r
1321             if(oldSeq<0)\r
1322               break;\r
1323 \r
1324             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1325 \r
1326             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1327             {\r
1328                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1329             }\r
1330             else\r
1331             {\r
1332                 if (seq != null)\r
1333                 {\r
1334                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1335                 }\r
1336 \r
1337                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1338             }\r
1339         }\r
1340 \r
1341         if(oldSeq < 0)\r
1342           oldSeq = -1;\r
1343 \r
1344         mouseDragging = true;\r
1345 \r
1346         if (scrollThread != null)\r
1347         {\r
1348             scrollThread.setEvent(evt);\r
1349         }\r
1350 \r
1351         seqCanvas.repaint();\r
1352     }\r
1353 \r
1354     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1355     {\r
1356       if(evt==null)\r
1357       {\r
1358         if(scrollThread!=null)\r
1359         {\r
1360           scrollThread.running = false;\r
1361           scrollThread = null;\r
1362         }\r
1363         mouseDragging = false;\r
1364       }\r
1365       else\r
1366       {\r
1367         if (scrollThread == null)\r
1368           scrollThread = new ScrollThread();\r
1369 \r
1370         mouseDragging = true;\r
1371         scrollThread.setEvent(evt);\r
1372       }\r
1373 \r
1374     }\r
1375 \r
1376 \r
1377     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1378     class ScrollThread extends Thread\r
1379     {\r
1380         MouseEvent evt;\r
1381         boolean running = false;\r
1382 \r
1383         public ScrollThread()\r
1384         {\r
1385             start();\r
1386         }\r
1387 \r
1388         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1389         {\r
1390             evt = e;\r
1391         }\r
1392 \r
1393         public void stopScrolling()\r
1394         {\r
1395             running = false;\r
1396         }\r
1397 \r
1398         public void run()\r
1399         {\r
1400             running = true;\r
1401 \r
1402             while (running)\r
1403             {\r
1404                 if (evt != null)\r
1405                 {\r
1406                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1407                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1408                     {\r
1409                         running = ap.scrollUp(true);\r
1410                     }\r
1411 \r
1412                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1413                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1414                     {\r
1415                         running = ap.scrollUp(false);\r
1416                     }\r
1417 \r
1418                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1419                     {\r
1420                         running = ap.scrollRight(false);\r
1421                     }\r
1422                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1423                     {\r
1424                         running = ap.scrollRight(true);\r
1425                     }\r
1426                 }\r
1427 \r
1428                 try\r
1429                 {\r
1430                     Thread.sleep(20);\r
1431                 }\r
1432                 catch (Exception ex)\r
1433                 {\r
1434                 }\r
1435             }\r
1436         }\r
1437     }\r
1438 }\r