src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.Conservation;\r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    ap;\r
  16 \r
  17   protected int lastres;\r
  18   protected int startseq;\r
  19   int startEdit=-1;\r
  20   int endEdit=-1;\r
  21 \r
  22   protected AlignViewport av;\r
  23 \r
  24   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  25   int seqEditOccurred = -1;\r
  26 \r
  27   ScrollThread scrollThread = null;\r
  28   boolean mouseDragging = false;\r
  29 \r
  30   boolean editingSeqs = false;\r
  31   boolean groupEditing = false;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if( editingSeqs )\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(editingSeqs)\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72 \r
  73       }\r
  74       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if(av.getWrapAlignment())\r
  77          return;\r
  78         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  79         {\r
  80           if(evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  81             groupEditing = true;\r
  82 \r
  83           editingSeqs = true;\r
  84           doMousePressed(evt);\r
  85         }\r
  86         else\r
  87           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  88       }\r
  89       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  90       {\r
  91         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  92                 return;\r
  93               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  94 \r
  95       }\r
  96       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  97       {\r
  98         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
  99           return;\r
 100         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 101       }\r
 102 \r
 103     });\r
 104     repaint();\r
 105   }\r
 106 \r
 107 \r
 108   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 109 \r
 110     if(seqEditOccurred>-1)\r
 111       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 112 \r
 113     startseq = -1;\r
 114     lastres  = -1;\r
 115     seqEditOccurred = -1;\r
 116     editingSeqs  = false;\r
 117     groupEditing = false;\r
 118 \r
 119     ap.repaint();\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 123 \r
 124     ap.alignFrame.addHistoryItem( new HistoryItem(\r
 125         "Edit Sequence",av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 126 \r
 127     int seq;\r
 128     int res;\r
 129 \r
 130     int x = evt.getX();\r
 131     int y = evt.getY();\r
 132 \r
 133     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 134     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 135 \r
 136     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 137         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 138     {\r
 139       startseq = seq;\r
 140       lastres = res;\r
 141     }\r
 142     else\r
 143     {\r
 144       startseq = -1;\r
 145       lastres = -1;\r
 146     }\r
 147 \r
 148     startEdit = lastres;\r
 149     endEdit = lastres;\r
 150 \r
 151     return;\r
 152   }\r
 153 \r
 154   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 155   {\r
 156     int res=0, seq=0;\r
 157     int x = evt.getX();\r
 158     int y = evt.getY();\r
 159     if(av.wrapAlignment)\r
 160     {\r
 161       y -= 2*av.charHeight;\r
 162       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 163 \r
 164 \r
 165       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 166 \r
 167       y %= chunkHeight;\r
 168       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 169 \r
 170     }\r
 171     else\r
 172     {\r
 173       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 174       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 175     }\r
 176 \r
 177 \r
 178     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 179       return;\r
 180 \r
 181     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 182     if(res>sequence.getLength())\r
 183       return;\r
 184 \r
 185     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 186     String aa = "";\r
 187     if(obj!=null)\r
 188          aa = obj.toString();\r
 189 \r
 190     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 191     if(aa!="")\r
 192       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 193 \r
 194     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 195 \r
 196     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 197     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 198     {\r
 199       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 200       Enumeration e = features.elements();\r
 201       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 202 \r
 203 \r
 204       while (e.hasMoreElements())\r
 205       {\r
 206         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 207         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 208             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 209         {\r
 210           if(sbuffer.length()>0)\r
 211             sbuffer.append("; ");\r
 212           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 213           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 214             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 215         }\r
 216 \r
 217       }\r
 218 \r
 219       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 220       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 221     }\r
 222 \r
 223 \r
 224   }\r
 225 \r
 226   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 227 \r
 228     // If we're dragging we're editing\r
 229     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 230     if (res < 0)\r
 231       res = 0;\r
 232 \r
 233     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 234       return;\r
 235 \r
 236     boolean dragRight = true;\r
 237     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 238       dragRight = false;\r
 239 \r
 240 \r
 241     if (res != lastres)\r
 242     {\r
 243         // Group editing\r
 244         if (groupEditing)\r
 245         {\r
 246           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 247           if(sg==null)\r
 248           {\r
 249             lastres=-1;\r
 250             return;\r
 251           }\r
 252 \r
 253             // drag to right\r
 254             if(dragRight)\r
 255                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 256 \r
 257             // drag to left\r
 258             else\r
 259             {\r
 260                /// Are we able to delete?\r
 261                // ie are all columns blank?\r
 262                boolean deleteAllowed = false;\r
 263               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 264               {\r
 265                 SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 266                 for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 267                 {\r
 268                   if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 269                     continue;\r
 270 \r
 271                   if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 272                   {\r
 273                     // Not a gap, block edit not valid\r
 274                     res=j+1;\r
 275                     deleteAllowed = false;\r
 276                     continue;\r
 277                   }\r
 278                   deleteAllowed = true;\r
 279                 }\r
 280               }\r
 281 \r
 282               if(!deleteAllowed)\r
 283               {\r
 284                 lastres = -1;\r
 285                 return;\r
 286               }\r
 287 \r
 288               sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 289             }\r
 290 \r
 291 \r
 292             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 293             {\r
 294               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 295               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 296 \r
 297               // drag to right\r
 298               if (dragRight)\r
 299                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 300                   insertChar(j, k);\r
 301 \r
 302               // drag to left\r
 303               else\r
 304               {\r
 305                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 306                 {\r
 307                   if(s.getLength()>j)\r
 308                     deleteChar(res, k);\r
 309                 }\r
 310               }\r
 311             }\r
 312         }\r
 313         else /////Editing a single sequence///////////\r
 314         {\r
 315           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 316           {\r
 317             // dragging to the right\r
 318             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 319               insertChar(j, startseq);\r
 320           }\r
 321           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 322           {\r
 323             // dragging to the left\r
 324             for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 325             {\r
 326               if( jalview.util.Comparison.isGap(\r
 327                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 328 \r
 329               deleteChar(res, startseq);\r
 330               else\r
 331               {\r
 332 \r
 333                 break;\r
 334               }\r
 335             }\r
 336           }\r
 337 \r
 338         }\r
 339     }\r
 340 \r
 341     endEdit = res;\r
 342     lastres = res;\r
 343     repaint();\r
 344   }\r
 345 \r
 346   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 347     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 348     repaint();\r
 349   }\r
 350 \r
 351   public void insertChar(int j, int seq)\r
 352   {\r
 353     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 354     seqEditOccurred=seq;\r
 355   }\r
 356 \r
 357   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 358   {\r
 359     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 360     seqEditOccurred=seq;\r
 361 \r
 362     av.alignment.getWidth();\r
 363     repaint();\r
 364   }\r
 365 \r
 366 \r
 367   void editOccurred(int i)\r
 368   {\r
 369     if(endEdit==startEdit)\r
 370     {\r
 371       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 372       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 373     }\r
 374 \r
 375     av.updateConservation();\r
 376     av.updateConsensus();\r
 377 \r
 378     // Y O Y CLUSTALX\r
 379     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 380     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 381     {\r
 382       ConservationColourScheme ccs =  (ConservationColourScheme) cs;\r
 383       if(ccs.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 384      {\r
 385         Conservation c = new Conservation("All",\r
 386                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
 387                                           av.alignment.getSequences(), 0,\r
 388                                           av.alignment.getWidth() - 1);\r
 389         c.calculate();\r
 390         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 391 \r
 392         ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme)ccs.cs;\r
 393         cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),  av.alignment.getWidth());\r
 394         ccs = new ConservationColourScheme(c, cxs);\r
 395         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 396      }\r
 397     }\r
 398 \r
 399     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 400     {\r
 401       ((ClustalxColourScheme)cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 402                                     av.alignment.getWidth());\r
 403       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 404     }\r
 405 \r
 406   }\r
 407 \r
 408 //////////////////////////////////////////\r
 409 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 410 //////////////////////////////////////////\r
 411   int oldSeq = -1;\r
 412   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 413   {\r
 414     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 415     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 416     oldSeq = seq;\r
 417 \r
 418     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 419 \r
 420     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 421       return;\r
 422 \r
 423     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 424 \r
 425     if(stretchGroup == null)\r
 426      {\r
 427        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 428        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 429          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 430        else\r
 431          stretchGroup = null;\r
 432      }\r
 433 \r
 434     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 435             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 436             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 437      {\r
 438        stretchGroup = null;\r
 439 \r
 440        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 441 \r
 442        if (allGroups != null)\r
 443          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 444            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 445                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 446            {\r
 447              stretchGroup = allGroups[i];\r
 448              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 449              break;\r
 450            }\r
 451      }\r
 452 \r
 453     if(stretchGroup==null)\r
 454     {\r
 455       // define a new group here\r
 456       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 457       sg.setStartRes(res);\r
 458       sg.setEndRes(res);\r
 459       sg.addSequence( sequence );\r
 460       av.setSelectionGroup( sg );\r
 461       stretchGroup = sg;\r
 462 \r
 463       if(av.getConservationSelected())\r
 464         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 465       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 466         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 467 \r
 468     }\r
 469     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 470     {\r
 471         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 472         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 473 \r
 474     // edit the properties of existing group\r
 475     }\r
 476 \r
 477     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 478       // Edit end res position of selected group\r
 479       changeEndRes = true;\r
 480 \r
 481    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 482       // Edit end res position of selected group\r
 483       changeStartRes = true;\r
 484 \r
 485     stretchGroup.getWidth();\r
 486 \r
 487     repaint();\r
 488 \r
 489   }\r
 490 \r
 491   boolean changeEndSeq = false;\r
 492   boolean changeStartSeq = false;\r
 493   boolean changeEndRes = false;\r
 494   boolean changeStartRes = false;\r
 495   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 496 \r
 497   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 498   {\r
 499     mouseDragging = false;\r
 500 \r
 501     if(stretchGroup==null)\r
 502       return;\r
 503 \r
 504     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 505     {\r
 506       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 507       repaint();\r
 508     }\r
 509 \r
 510     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 511     {\r
 512        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 513        stretchGroup.cs = ccs;\r
 514        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 515 \r
 516        repaint();\r
 517     }\r
 518     else\r
 519         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 520 \r
 521 \r
 522     changeEndRes = false;\r
 523     changeStartRes = false;\r
 524     stretchGroup = null;\r
 525     ap.idPanel.repaint();\r
 526   }\r
 527 \r
 528 \r
 529   boolean remove = false;\r
 530   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 531   {\r
 532     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 533     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 534 \r
 535     if(stretchGroup==null)\r
 536       return;\r
 537 \r
 538     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 539       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 540 \r
 541 \r
 542     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 543       // Edit end res position of selected group\r
 544       changeEndRes = true;\r
 545 \r
 546     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 547       // Edit start res position of selected group\r
 548       changeStartRes = true;\r
 549 \r
 550 \r
 551     if(res<av.getStartRes())\r
 552       res = av.getStartRes();\r
 553     else if(res>av.getEndRes())\r
 554       res = av.getEndRes();\r
 555 \r
 556     if(changeEndRes)\r
 557     {\r
 558       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 559         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 560     }\r
 561     else if(changeStartRes)\r
 562     {\r
 563       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 564         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 565     }\r
 566 \r
 567     int dragDirection = 0;\r
 568     if (y > oldSeq)\r
 569       dragDirection = 1;\r
 570     else if (y < oldSeq)\r
 571       dragDirection = -1;\r
 572 \r
 573     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 574     {\r
 575       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 576       // selection is quite slow.\r
 577       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 578 \r
 579       oldSeq += dragDirection;\r
 580       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 581 \r
 582       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 583       {\r
 584         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 585         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 586       }\r
 587       else\r
 588       {\r
 589        if(seq!=null)\r
 590         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 591         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 592       }\r
 593     }\r
 594     oldSeq = y;\r
 595     mouseDragging = true;\r
 596     if(scrollThread!=null)\r
 597       scrollThread.setEvent(evt);\r
 598 \r
 599     repaint();\r
 600   }\r
 601 \r
 602   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 603   {\r
 604     if (scrollThread != null)\r
 605       scrollThread.running = false;\r
 606   }\r
 607 \r
 608   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 609   {\r
 610     if (av.getWrapAlignment())\r
 611       return;\r
 612 \r
 613     if(mouseDragging)\r
 614       scrollThread = new ScrollThread();\r
 615 \r
 616   }\r
 617   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 618   class ScrollThread extends Thread\r
 619   {\r
 620     MouseEvent evt;\r
 621     boolean running = false;\r
 622     public ScrollThread()\r
 623     {\r
 624       start();\r
 625     }\r
 626 \r
 627     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 628     {\r
 629       evt = e;\r
 630     }\r
 631 \r
 632     public void stopScrolling()\r
 633     {\r
 634       running = false;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     public void run()\r
 638     {\r
 639       running = true;\r
 640       while (running)\r
 641       {\r
 642         if(evt!=null)\r
 643         {\r
 644 \r
 645           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 646             running = ap.scrollUp(true);\r
 647 \r
 648           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 649               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 650             running = ap.scrollUp(false);\r
 651 \r
 652           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 653             running = ap.scrollRight(true);\r
 654 \r
 655           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 656             running = ap.scrollRight(false);\r
 657         }\r
 658 \r
 659         try\r
 660         {\r
 661           Thread.sleep(75);\r
 662         }\r
 663         catch (Exception ex)\r
 664         {}\r
 665       }\r
 666     }\r
 667 }\r
 668 \r
 669 \r
 670 \r
 671 }\r
 672 \r
 673 \r
 674 \r
 675 \r