src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   ScrollThread scrollThread = null;\r
  31   boolean mouseDragging = false;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72       }\r
  73       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if(av.getWrapAlignment())\r
  76          return;\r
  77         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  78           doMousePressed(evt);\r
  79         else\r
  80           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  81       }\r
  82       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  83       {\r
  84         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  85                   evt.isControlDown())\r
  86                 return;\r
  87               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  88 \r
  89       }\r
  90       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  93             evt.isControlDown())\r
  94           return;\r
  95         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  96       }\r
  97 \r
  98     });\r
  99     repaint();\r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 104 \r
 105     int x = evt.getX();\r
 106     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 107 \r
 108     endres = res;\r
 109 \r
 110     startseq = -1;\r
 111     startres = -1;\r
 112     lastres  = -1;\r
 113     if(seqEditOccurred>-1)\r
 114       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 115 \r
 116     seqEditOccurred = -1;\r
 117 \r
 118     ap.RefreshPanels();\r
 119     repaint();\r
 120 \r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 124     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 125     int seq;\r
 126     int res;\r
 127 \r
 128     int x = evt.getX();\r
 129     int y = evt.getY();\r
 130 \r
 131     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 132     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 133 \r
 134     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 135         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 136     {\r
 137       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 138       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 139       // in the alignment\r
 140 \r
 141       startseq = seq;\r
 142 \r
 143       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 144         padseq = 1;\r
 145       else\r
 146         padseq = 1;\r
 147 \r
 148       startres = res;\r
 149       lastres = res;\r
 150 \r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       startseq = -1;\r
 155       startres = -1;\r
 156       lastres = -1;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 163   {\r
 164     int res=0, seq=0;\r
 165     int x = evt.getX();\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167     if(av.wrapAlignment)\r
 168     {\r
 169       y -= 2*av.charHeight;\r
 170       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 171 \r
 172 \r
 173       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 174 \r
 175       y %= chunkHeight;\r
 176       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 177 \r
 178     }\r
 179     else\r
 180     {\r
 181       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 182       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 183     }\r
 184 \r
 185 \r
 186     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 187       return;\r
 188 \r
 189     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 190     if(res>sequence.getLength())\r
 191       return;\r
 192 \r
 193     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 194     String aa = "";\r
 195     if(obj!=null)\r
 196          aa = obj.toString();\r
 197 \r
 198     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 199     if(aa!="")\r
 200       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 201 \r
 202     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 203 \r
 204     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 205     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 206     {\r
 207       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 208       Enumeration e = features.elements();\r
 209       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 210 \r
 211 \r
 212       while (e.hasMoreElements())\r
 213       {\r
 214         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 215         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 216             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 217         {\r
 218           if(sbuffer.length()>0)\r
 219             sbuffer.append("; ");\r
 220           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 221           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 222             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 223         }\r
 224 \r
 225       }\r
 226 \r
 227       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 228       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 229     }\r
 230 \r
 231 \r
 232   }\r
 233 \r
 234   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 235     // If we're dragging we're editing\r
 236 \r
 237     if(lastres==-1)\r
 238       return;\r
 239 \r
 240     int x = evt.getX();\r
 241 \r
 242     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 243     if (res < 0)\r
 244       res = 0;\r
 245 \r
 246     if (res != lastres)\r
 247     {\r
 248         // Group editing\r
 249         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 250         {\r
 251           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 252           if(sg==null)\r
 253             av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 254           if (sg != null)\r
 255           {\r
 256             boolean deleteAllowed = false;\r
 257             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 258             {\r
 259               /// Are we able to delete?\r
 260               boolean allGaps = true;\r
 261               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 262               {\r
 263                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 264                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 265                 {\r
 266                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 267                     {\r
 268                       res = j + 1;\r
 269                       allGaps = false;\r
 270                     }\r
 271                 }\r
 272 \r
 273                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 274                   deleteAllowed = true;\r
 275               }\r
 276             }\r
 277 \r
 278             // drag to right\r
 279             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 280                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 281 \r
 282             // drag to left\r
 283             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 284                      res < lastres)\r
 285                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 286 \r
 287 \r
 288 \r
 289 \r
 290             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 291             {\r
 292               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 293               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 294 \r
 295               // drag to right\r
 296               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 297                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 298                   insertChar(j, k);\r
 299 \r
 300               // drag to left\r
 301               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 302               {\r
 303                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 304                 {\r
 305                   deleteChar(j, k);\r
 306                   startres = res;\r
 307                 }\r
 308               }\r
 309             }\r
 310           }\r
 311         }\r
 312         else /////Editing a single sequence///////////\r
 313         {\r
 314           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 315           {\r
 316             // dragging to the right\r
 317             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 318               insertChar(j, startseq);\r
 319           }\r
 320           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 321           {\r
 322             // dragging to the left\r
 323             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 324             {\r
 325               deleteChar(j, startseq);\r
 326               startres = res;\r
 327             }\r
 328           }\r
 329 \r
 330         }\r
 331 \r
 332     }\r
 333 \r
 334     lastres = res;\r
 335     repaint();\r
 336   }\r
 337 \r
 338   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 339     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 340     repaint();\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public void insertChar(int j, int seq)\r
 344   {\r
 345     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 346     seqEditOccurred=seq;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 350   {\r
 351 \r
 352     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 353         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 354 \r
 355     av.alignment.getWidth();\r
 356     repaint();\r
 357     seqEditOccurred=seq;\r
 358   }\r
 359 \r
 360 \r
 361   void updateConservation(int i)\r
 362   {\r
 363     av.updateConservation();\r
 364     av.updateConsensus();\r
 365   }\r
 366 \r
 367 //////////////////////////////////////////\r
 368 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 369 //////////////////////////////////////////\r
 370   int oldSeq = -1;\r
 371   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 372   {\r
 373     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 374     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 375     oldSeq = seq;\r
 376 \r
 377     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 378 \r
 379     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 380       return;\r
 381 \r
 382     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 383 \r
 384     if(stretchGroup == null)\r
 385      {\r
 386        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 387        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 388          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 389        else\r
 390          stretchGroup = null;\r
 391      }\r
 392 \r
 393     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 394             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 395             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 396      {\r
 397        stretchGroup = null;\r
 398 \r
 399        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 400 \r
 401        if (allGroups != null)\r
 402          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 403            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 404                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 405            {\r
 406              stretchGroup = allGroups[i];\r
 407              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 408              break;\r
 409            }\r
 410      }\r
 411 \r
 412     if(stretchGroup==null)\r
 413     {\r
 414       // define a new group here\r
 415       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 416       sg.setStartRes(res);\r
 417       sg.setEndRes(res);\r
 418       sg.addSequence( sequence );\r
 419       av.setSelectionGroup( sg );\r
 420       stretchGroup = sg;\r
 421 \r
 422       if(av.getConservationSelected())\r
 423         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 424       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 425       {\r
 426         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 427         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 428         if (threshold > 0)\r
 429           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 430       }\r
 431 \r
 432     }\r
 433     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 434     {\r
 435         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 436         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 437 \r
 438     // edit the properties of existing group\r
 439     }\r
 440 \r
 441     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 442       // Edit end res position of selected group\r
 443       changeEndRes = true;\r
 444 \r
 445    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 446       // Edit end res position of selected group\r
 447       changeStartRes = true;\r
 448 \r
 449 \r
 450     repaint();\r
 451 \r
 452   }\r
 453 \r
 454   boolean changeEndSeq = false;\r
 455   boolean changeStartSeq = false;\r
 456   boolean changeEndRes = false;\r
 457   boolean changeStartRes = false;\r
 458   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 459 \r
 460   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 461   {\r
 462     mouseDragging = false;\r
 463 \r
 464     if(stretchGroup==null)\r
 465       return;\r
 466 \r
 467     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 468     {\r
 469       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 470       repaint();\r
 471     }\r
 472 \r
 473     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 474     {\r
 475       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 476 \r
 477 \r
 478        stretchGroup.cs = ccs;\r
 479 \r
 480 \r
 481        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 482 \r
 483        repaint();\r
 484     }\r
 485     else\r
 486     {\r
 487       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 488       {\r
 489         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 490         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 491         if(threshold>0)\r
 492           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 493       }\r
 494 \r
 495     }\r
 496 \r
 497 \r
 498     changeEndRes = false;\r
 499     changeStartRes = false;\r
 500     stretchGroup = null;\r
 501     ap.idPanel.repaint();\r
 502   }\r
 503 \r
 504 \r
 505   boolean remove = false;\r
 506   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 507   {\r
 508     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 509     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 510 \r
 511     if(stretchGroup==null)\r
 512       return;\r
 513 \r
 514     if(res>av.alignment.getWidth()-2)\r
 515       res = av.alignment.getWidth()-2;\r
 516 \r
 517 \r
 518     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 519       // Edit end res position of selected group\r
 520       changeEndRes = true;\r
 521 \r
 522     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 523       // Edit start res position of selected group\r
 524       changeStartRes = true;\r
 525 \r
 526 \r
 527     if(res<av.getStartRes())\r
 528       res = av.getStartRes();\r
 529     else if(res>av.getEndRes())\r
 530       res = av.getEndRes();\r
 531 \r
 532     if(changeEndRes)\r
 533     {\r
 534       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 535         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 536     }\r
 537     else if(changeStartRes)\r
 538     {\r
 539       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 540         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 541     }\r
 542 \r
 543     int dragDirection = 0;\r
 544     if (y > oldSeq)\r
 545       dragDirection = 1;\r
 546     else if (y < oldSeq)\r
 547       dragDirection = -1;\r
 548 \r
 549     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 550     {\r
 551       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 552       // selection is quite slow.\r
 553       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 554 \r
 555       oldSeq += dragDirection;\r
 556       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 557 \r
 558       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 559       {\r
 560         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 561         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 562       }\r
 563       else\r
 564       {\r
 565        if(seq!=null)\r
 566         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 567         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 568       }\r
 569     }\r
 570     oldSeq = y;\r
 571     mouseDragging = true;\r
 572     if(scrollThread!=null)\r
 573       scrollThread.setEvent(evt);\r
 574 \r
 575     repaint();\r
 576   }\r
 577 \r
 578   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 579   {\r
 580     if (scrollThread != null)\r
 581       scrollThread.running = false;\r
 582   }\r
 583 \r
 584   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 585   {\r
 586     if (av.getWrapAlignment())\r
 587       return;\r
 588 \r
 589     if(mouseDragging)\r
 590       scrollThread = new ScrollThread();\r
 591 \r
 592   }\r
 593   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 594   class ScrollThread extends Thread\r
 595   {\r
 596     MouseEvent evt;\r
 597     boolean running = false;\r
 598     public ScrollThread()\r
 599     {\r
 600       start();\r
 601     }\r
 602 \r
 603     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 604     {\r
 605       evt = e;\r
 606     }\r
 607 \r
 608     public void stopScrolling()\r
 609     {\r
 610       running = false;\r
 611     }\r
 612 \r
 613     public void run()\r
 614     {\r
 615       running = true;\r
 616       while (running)\r
 617       {\r
 618         if(evt!=null)\r
 619         {\r
 620 \r
 621           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 622             running = ap.scrollUp(true);\r
 623 \r
 624           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 625               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 626             running = ap.scrollUp(false);\r
 627 \r
 628           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 629             running = ap.scrollRight(true);\r
 630 \r
 631           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 632             running = ap.scrollRight(false);\r
 633         }\r
 634 \r
 635         try\r
 636         {\r
 637           Thread.sleep(75);\r
 638         }\r
 639         catch (Exception ex)\r
 640         {}\r
 641       }\r
 642     }\r
 643 }\r
 644 \r
 645 \r
 646 \r
 647 }\r
 648 \r
 649 \r
 650 \r
 651 \r