src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import jalview.structure.*;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class SeqPanel\r
  39     extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43   /** DOCUMENT ME!! */\r
  44   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46   /** DOCUMENT ME!! */\r
  47   public AlignmentPanel ap;\r
  48   protected int lastres;\r
  49   protected int startseq;\r
  50   protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52   ScrollThread scrollThread = null;\r
  53   boolean mouseDragging = false;\r
  54   boolean editingSeqs = false;\r
  55   boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59   //////////////////////////////////////////\r
  60   int oldSeq = -1;\r
  61   boolean changeEndSeq = false;\r
  62   boolean changeStartSeq = false;\r
  63   boolean changeEndRes = false;\r
  64   boolean changeStartRes = false;\r
  65   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66   boolean remove = false;\r
  67 \r
  68   Point lastMousePress;\r
  69   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70   StringBuffer keyboardNo1;\r
  71   StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73   java.net.URL linkImageURL;\r
  74 \r
  75   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  76   String tmpString;\r
  77 \r
  78   EditCommand editCommand;\r
  79 \r
  80   StructureSelectionManager ssm;\r
  81 \r
  82 \r
  83   /**\r
  84    * Creates a new SeqPanel object.\r
  85    *\r
  86    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  87    * @param p DOCUMENT ME!\r
  88    */\r
  89   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  90   {\r
  91     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  92     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  93     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  94     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  95     this.av = av;\r
  96     setBackground(Color.white);\r
  97 \r
  98     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);\r
  99     setLayout(new BorderLayout());\r
 100     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
 101 \r
 102     this.ap = ap;\r
 103 \r
 104     if (!av.isDataset())\r
 105     {\r
 106       addMouseMotionListener(this);\r
 107       addMouseListener(this);\r
 108       addMouseWheelListener(this);\r
 109       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 110       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   int startWrapBlock = -1;\r
 115   int wrappedBlock = -1;\r
 116   int findRes(MouseEvent evt)\r
 117   {\r
 118     int res = 0;\r
 119     int x = evt.getX();\r
 120 \r
 121     if (av.wrapAlignment)\r
 122     {\r
 123 \r
 124       int hgap = av.charHeight;\r
 125       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 126       {\r
 127         hgap += av.charHeight;\r
 128       }\r
 129 \r
 130       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 131           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 132 \r
 133       int y = evt.getY();\r
 134       y -= hgap;\r
 135       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 136 \r
 137       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 138       if (cwidth < 1)\r
 139       {\r
 140         return 0;\r
 141       }\r
 142 \r
 143       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 144       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 145 \r
 146       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 147 \r
 148     }\r
 149     else\r
 150     {\r
 151       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (av.hasHiddenColumns)\r
 155     {\r
 156       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return res;\r
 160 \r
 161   }\r
 162 \r
 163   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 164   {\r
 165     int seq = 0;\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167 \r
 168     if (av.wrapAlignment)\r
 169     {\r
 170       int hgap = av.charHeight;\r
 171       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 172       {\r
 173         hgap += av.charHeight;\r
 174       }\r
 175 \r
 176       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 177           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 178 \r
 179       y -= hgap;\r
 180 \r
 181       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 182                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 183     }\r
 184     else\r
 185     {\r
 186       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 187                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     return seq;\r
 191   }\r
 192 \r
 193   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 194   {\r
 195     Vector tmp = new Vector();\r
 196     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 197     if (features != null)\r
 198     {\r
 199       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 200       {\r
 201         if (av.featuresDisplayed == null\r
 202             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 203         {\r
 204           continue;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         if (features[i].featureGroup != null\r
 208            && seqCanvas.fr.featureGroups!=null\r
 209             && seqCanvas.fr.featureGroups.containsKey(features[i].featureGroup)\r
 210             && !((Boolean)seqCanvas.fr.featureGroups.get(features[i].featureGroup)).booleanValue())\r
 211           continue;\r
 212 \r
 213 \r
 214         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 215             (features[i].getEnd() >= res))\r
 216         {\r
 217           tmp.addElement(features[i]);\r
 218         }\r
 219       }\r
 220     }\r
 221 \r
 222     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 223     tmp.copyInto(features);\r
 224 \r
 225     return features;\r
 226   }\r
 227 \r
 228 \r
 229   void endEditing()\r
 230   {\r
 231     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
 232     {\r
 233       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 234       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 235                             av.getAlignment().getSequences());\r
 236     }\r
 237 \r
 238     startseq = -1;\r
 239     lastres = -1;\r
 240     editingSeqs = false;\r
 241     groupEditing = false;\r
 242     keyboardNo1 = null;\r
 243     keyboardNo2 = null;\r
 244     editCommand = null;\r
 245   }\r
 246 \r
 247   void setCursorRow()\r
 248   {\r
 249     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
 250     scrollToVisible();\r
 251   }\r
 252 \r
 253   void setCursorColumn()\r
 254   {\r
 255     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 256     scrollToVisible();\r
 257   }\r
 258 \r
 259   void setCursorRowAndColumn()\r
 260   {\r
 261     if (keyboardNo2 == null)\r
 262     {\r
 263       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 264     }\r
 265     else\r
 266     {\r
 267       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 268       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
 269       scrollToVisible();\r
 270     }\r
 271   }\r
 272 \r
 273   void setCursorPosition()\r
 274   {\r
 275     SequenceI sequence =\r
 276         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 277 \r
 278     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 279         getKeyboardNo1() - 1\r
 280         );\r
 281     scrollToVisible();\r
 282   }\r
 283 \r
 284   void moveCursor(int dx, int dy)\r
 285   {\r
 286     seqCanvas.cursorX += dx;\r
 287     seqCanvas.cursorY += dy;\r
 288     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 289     {\r
 290       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 291       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 292 \r
 293       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 294              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
 295              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
 296       {\r
 297         seqCanvas.cursorX += dx;\r
 298       }\r
 299 \r
 300       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
 301           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 302       {\r
 303         seqCanvas.cursorX = original;\r
 304       }\r
 305     }\r
 306 \r
 307     scrollToVisible();\r
 308   }\r
 309 \r
 310   void scrollToVisible()\r
 311   {\r
 312     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 313     {\r
 314       seqCanvas.cursorX = 0;\r
 315     }\r
 316     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 317     {\r
 318       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 319     }\r
 320 \r
 321     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 322     {\r
 323       seqCanvas.cursorY = 0;\r
 324     }\r
 325     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 326     {\r
 327       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     endEditing();\r
 331     if (av.wrapAlignment)\r
 332     {\r
 333       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 334     }\r
 335     else\r
 336     {\r
 337       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 338       {\r
 339         ap.scrollUp(true);\r
 340       }\r
 341       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 342       {\r
 343         ap.scrollUp(false);\r
 344       }\r
 345       if (!av.wrapAlignment)\r
 346       {\r
 347         while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 348         {\r
 349           if (!ap.scrollRight(false))\r
 350           {\r
 351             break;\r
 352           }\r
 353         }\r
 354         while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 355         {\r
 356           if (!ap.scrollRight(true))\r
 357           {\r
 358             break;\r
 359           }\r
 360         }\r
 361       }\r
 362     }\r
 363     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 364                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 365 \r
 366     seqCanvas.repaint();\r
 367   }\r
 368 \r
 369   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 370   {\r
 371     SequenceI sequence =\r
 372         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 373 \r
 374     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 375     {\r
 376       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 377       //Find the top and bottom of this group\r
 378       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 379       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 380       {\r
 381         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
 382         if (index > max)\r
 383         {\r
 384           max = index;\r
 385         }\r
 386         if (index < min)\r
 387         {\r
 388           min = index;\r
 389         }\r
 390       }\r
 391 \r
 392       max++;\r
 393 \r
 394       if (topLeft)\r
 395       {\r
 396         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 397         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
 398         {\r
 399           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 400         }\r
 401 \r
 402         min = seqCanvas.cursorY;\r
 403       }\r
 404       else\r
 405       {\r
 406         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 407         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
 408         {\r
 409           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 410         }\r
 411 \r
 412         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
 413       }\r
 414 \r
 415       if (min > max)\r
 416       {\r
 417         // Only the user can do this\r
 418         av.setSelectionGroup(null);\r
 419       }\r
 420       else\r
 421       {\r
 422         // Now add any sequences between min and max\r
 423         sg.getSequences(null).clear();\r
 424         for (int i = min; i < max; i++)\r
 425         {\r
 426           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 427         }\r
 428       }\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 432     {\r
 433       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 434       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 435       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 436       sg.addSequence(sequence, false);\r
 437       av.setSelectionGroup(sg);\r
 438     }\r
 439 \r
 440     ap.paintAlignment(false);\r
 441   }\r
 442 \r
 443   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 444   {\r
 445     groupEditing = group;\r
 446     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 447     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 448     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
 449     endEditing();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 453   {\r
 454     groupEditing = group;\r
 455     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 456     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
 457     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 458     endEditing();\r
 459   }\r
 460 \r
 461   void numberPressed(char value)\r
 462   {\r
 463     if (keyboardNo1 == null)\r
 464     {\r
 465       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 466     }\r
 467 \r
 468     if (keyboardNo2 != null)\r
 469     {\r
 470       keyboardNo2.append(value);\r
 471     }\r
 472     else\r
 473     {\r
 474       keyboardNo1.append(value);\r
 475     }\r
 476   }\r
 477 \r
 478   int getKeyboardNo1()\r
 479   {\r
 480     if (keyboardNo1 == null)\r
 481       return 1;\r
 482     else\r
 483     {\r
 484       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
 485       keyboardNo1 = null;\r
 486       return value;\r
 487     }\r
 488   }\r
 489 \r
 490   int getKeyboardNo2()\r
 491   {\r
 492     if (keyboardNo2 == null)\r
 493       return 1;\r
 494     else\r
 495     {\r
 496       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
 497       keyboardNo2 = null;\r
 498       return value;\r
 499     }\r
 500   }\r
 501 \r
 502   /**\r
 503    * DOCUMENT ME!\r
 504    *\r
 505    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 506    */\r
 507   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 508   {\r
 509     mouseDragging = false;\r
 510     mouseWheelPressed = false;\r
 511 \r
 512     if (!editingSeqs)\r
 513     {\r
 514       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 515       return;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     endEditing();\r
 519   }\r
 520 \r
 521   /**\r
 522    * DOCUMENT ME!\r
 523    *\r
 524    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 525    */\r
 526   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 527   {\r
 528     lastMousePress = evt.getPoint();\r
 529 \r
 530     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 531     {\r
 532       mouseWheelPressed = true;\r
 533       return;\r
 534     }\r
 535 \r
 536     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 537         evt.isControlDown())\r
 538     {\r
 539       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 540       {\r
 541         groupEditing = true;\r
 542       }\r
 543       editingSeqs = true;\r
 544     }\r
 545     else\r
 546     {\r
 547       doMousePressedDefineMode(evt);\r
 548       return;\r
 549     }\r
 550 \r
 551     int seq = findSeq(evt);\r
 552     int res = findRes(evt);\r
 553 \r
 554     if (seq < 0 || res < 0)\r
 555     {\r
 556       return;\r
 557     }\r
 558 \r
 559     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 560         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 561     {\r
 562       startseq = seq;\r
 563       lastres = res;\r
 564     }\r
 565     else\r
 566     {\r
 567       startseq = -1;\r
 568       lastres = -1;\r
 569     }\r
 570 \r
 571     return;\r
 572   }\r
 573 \r
 574   String lastMessage;\r
 575   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
 576   {\r
 577     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
 578     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
 579       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
 580 \r
 581     lastMessage = tmp;\r
 582   }\r
 583 \r
 584 \r
 585   public void highlightSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq, int index)\r
 586   {\r
 587     if(av.alignment.findIndex(seq)>-1)\r
 588     {\r
 589       SearchResults highlight = new SearchResults();\r
 590       highlight.addResult(seq,index,index);\r
 591       seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
 592     }\r
 593   }\r
 594 \r
 595   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
 596   {\r
 597     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
 598     //repaint();\r
 599   }\r
 600 \r
 601   /**\r
 602    * DOCUMENT ME!\r
 603    *\r
 604    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 605    */\r
 606   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 607   {\r
 608     if (editingSeqs)\r
 609     {\r
 610       // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 611       // If control is down, other platforms will not.\r
 612       mouseDragged(evt);\r
 613     }\r
 614 \r
 615     int res = findRes(evt);\r
 616     int seq = findSeq(evt);\r
 617 \r
 618     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 619     {\r
 620       return;\r
 621     }\r
 622 \r
 623     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 624 \r
 625     if (res > sequence.getLength())\r
 626     {\r
 627       return;\r
 628     }\r
 629 \r
 630     if (ssm != null)\r
 631       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 632 \r
 633     setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 634 \r
 635     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 636 \r
 637     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 638     if (groups != null)\r
 639     {\r
 640       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
 641       {\r
 642         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
 643         {\r
 644           if (tooltipText.length() > 6)\r
 645           {\r
 646             tooltipText.append("<br>");\r
 647           }\r
 648 \r
 649           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 650               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 651           {\r
 652             tooltipText.append(groups[g].getName());\r
 653           }\r
 654 \r
 655           if (groups[g].getDescription() != null)\r
 656           {\r
 657             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());\r
 658           }\r
 659         }\r
 660       }\r
 661     }\r
 662 \r
 663     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 664     if (av.showSequenceFeatures)\r
 665     {\r
 666       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 667           sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 668 \r
 669       if (features != null)\r
 670       {\r
 671         for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 672         {\r
 673           if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 674           {\r
 675             if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 676                 || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 677             {\r
 678               if (tooltipText.length() > 6)\r
 679               {\r
 680                 tooltipText.append("<br>");\r
 681               }\r
 682               tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() +\r
 683                                  ":" +\r
 684                                  features[i].getEnd());\r
 685               if (features[i].links != null)\r
 686               {\r
 687                 tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 688               }\r
 689             }\r
 690           }\r
 691           else\r
 692           {\r
 693             if (tooltipText.length() > 6)\r
 694             {\r
 695               tooltipText.append("<br>");\r
 696             }\r
 697 \r
 698             tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 699                                features[i].begin);\r
 700             if (features[i].begin != features[i].end)\r
 701             {\r
 702               tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 703             }\r
 704 \r
 705             if (features[i].getDescription() != null\r
 706                 && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 707             {\r
 708               tmpString = features[i].getDescription();\r
 709               int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 710               if (startTag > -1)\r
 711               {\r
 712                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 713               }\r
 714               int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 715               if (endTag > -1)\r
 716               {\r
 717                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 718               }\r
 719               endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 720               if (endTag > -1)\r
 721               {\r
 722                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 723               }\r
 724 \r
 725               if (startTag > -1)\r
 726               {\r
 727                 tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 728               }\r
 729               else\r
 730               {\r
 731                 if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 732                 {\r
 733                   //The description does not specify html is to\r
 734                   //be used, so we must remove < > symbols\r
 735                   tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 736                   tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 737 \r
 738                   tooltipText.append("; ");\r
 739                   tooltipText.append(tmpString);\r
 740 \r
 741                 }\r
 742                 else\r
 743                 {\r
 744                   tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 745                 }\r
 746               }\r
 747             }\r
 748             if (features[i].getValue("status") != null)\r
 749             {\r
 750               String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 751               if (status.length() > 0)\r
 752               {\r
 753                 tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 754               }\r
 755             }\r
 756 \r
 757             if (features[i].links != null)\r
 758             {\r
 759               tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 760             }\r
 761 \r
 762           }\r
 763         }\r
 764       }\r
 765     }\r
 766 \r
 767     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 768     {\r
 769       setToolTipText(null);\r
 770     }\r
 771     else\r
 772     {\r
 773       tooltipText.append("</html>");\r
 774       if (lastTooltip == null || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))\r
 775         setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 776 \r
 777       lastTooltip = tooltipText.toString();\r
 778     }\r
 779 \r
 780   }\r
 781   String lastTooltip;\r
 782 \r
 783   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 784   {\r
 785     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 786                                          sequence.getName());\r
 787 \r
 788     Object obj = null;\r
 789     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 790     {\r
 791       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 792                                                  "");\r
 793       if (obj != null)\r
 794       {\r
 795         text.append(" Nucleotide: ");\r
 796       }\r
 797     }\r
 798     else\r
 799     {\r
 800       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 801       if (obj != null)\r
 802       {\r
 803         text.append("  Residue: ");\r
 804       }\r
 805     }\r
 806 \r
 807     if (obj != null)\r
 808     {\r
 809 \r
 810       if (obj != "")\r
 811       {\r
 812         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 813                     ")");\r
 814       }\r
 815     }\r
 816     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 817 \r
 818   }\r
 819 \r
 820   /**\r
 821    * DOCUMENT ME!\r
 822    *\r
 823    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 824    */\r
 825   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 826   {\r
 827     if (mouseWheelPressed)\r
 828     {\r
 829       int oldWidth = av.charWidth;\r
 830 \r
 831       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 832       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 833           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 834       {\r
 835         int fontSize = av.font.getSize();\r
 836 \r
 837         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 838         {\r
 839           fontSize--;\r
 840         }\r
 841         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 842         {\r
 843           fontSize++;\r
 844         }\r
 845 \r
 846         if (fontSize < 1)\r
 847         {\r
 848           fontSize = 1;\r
 849         }\r
 850 \r
 851         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 852         av.charWidth = oldWidth;\r
 853         ap.fontChanged();\r
 854       }\r
 855       else\r
 856       {\r
 857         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 858         {\r
 859           av.charWidth--;\r
 860         }\r
 861         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 862         {\r
 863           av.charWidth++;\r
 864         }\r
 865 \r
 866         ap.paintAlignment(false);\r
 867       }\r
 868 \r
 869       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 870       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 871 \r
 872       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 873 \r
 874       return;\r
 875     }\r
 876 \r
 877     if (!editingSeqs)\r
 878     {\r
 879       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 880       return;\r
 881     }\r
 882 \r
 883     int res = findRes(evt);\r
 884 \r
 885     if (res < 0)\r
 886     {\r
 887       res = 0;\r
 888     }\r
 889 \r
 890     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 891     {\r
 892       return;\r
 893     }\r
 894 \r
 895     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 896     {\r
 897       // dragLeft, delete gap\r
 898       editSequence(false, res);\r
 899     }\r
 900     else\r
 901     {\r
 902       editSequence(true, res);\r
 903     }\r
 904 \r
 905     mouseDragging = true;\r
 906     if (scrollThread != null)\r
 907     {\r
 908       scrollThread.setEvent(evt);\r
 909     }\r
 910   }\r
 911 \r
 912 \r
 913 \r
 914   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 915   {\r
 916     int fixedLeft = -1;\r
 917     int fixedRight = -1;\r
 918     boolean fixedColumns = false;\r
 919     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 920 \r
 921     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 922 \r
 923     //No group, but the sequence may represent a group\r
 924     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 925     {\r
 926       if (av.hiddenRepSequences != null\r
 927           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 928       {\r
 929         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 930         groupEditing = true;\r
 931       }\r
 932     }\r
 933 \r
 934     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 935     if (groupEditing)\r
 936     {\r
 937       message.append("Edit group:");\r
 938       if (editCommand == null)\r
 939       {\r
 940         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 941       }\r
 942     }\r
 943     else\r
 944     {\r
 945       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 946       String label = seq.getName();\r
 947       if (label.length() > 10)\r
 948       {\r
 949         label = label.substring(0, 10);\r
 950       }\r
 951       if (editCommand == null)\r
 952       {\r
 953         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
 954       }\r
 955     }\r
 956 \r
 957     if (insertGap)\r
 958     {\r
 959       message.append(" insert ");\r
 960     }\r
 961     else\r
 962     {\r
 963       message.append(" delete ");\r
 964     }\r
 965 \r
 966     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
 967     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 968 \r
 969     //Are we editing within a selection group?\r
 970     if (groupEditing\r
 971         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 972     {\r
 973       fixedColumns = true;\r
 974 \r
 975       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 976       //but the sequence represents a group\r
 977       if (sg == null)\r
 978       {\r
 979         if (av.hiddenRepSequences == null\r
 980             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 981         {\r
 982           endEditing();\r
 983           return;\r
 984         }\r
 985         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 986       }\r
 987 \r
 988       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 989       fixedRight = sg.getEndRes();\r
 990 \r
 991       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 992           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 993           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
 994           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 995       {\r
 996         endEditing();\r
 997         return;\r
 998       }\r
 999 \r
1000       if (fixedLeft > startres)\r
1001       {\r
1002         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
1003         fixedLeft = 0;\r
1004       }\r
1005       else if (fixedRight < startres)\r
1006       {\r
1007         fixedLeft = fixedRight;\r
1008         fixedRight = -1;\r
1009       }\r
1010     }\r
1011 \r
1012     if (av.hasHiddenColumns)\r
1013     {\r
1014       fixedColumns = true;\r
1015       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
1016       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
1017 \r
1018       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
1019           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
1020       {\r
1021         endEditing();\r
1022         return;\r
1023       }\r
1024 \r
1025       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
1026       //Selection spans a hidden region\r
1027       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
1028       {\r
1029         if (startres >= y2)\r
1030         {\r
1031           fixedLeft = y2;\r
1032         }\r
1033         else\r
1034         {\r
1035           fixedRight = y2 - 1;\r
1036         }\r
1037       }\r
1038     }\r
1039 \r
1040     if (groupEditing)\r
1041     {\r
1042       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
1043       int g, groupSize = vseqs.size();\r
1044       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
1045       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
1046       {\r
1047         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
1048       }\r
1049 \r
1050       // drag to right\r
1051       if (insertGap)\r
1052       {\r
1053         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
1054         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
1055         if (sg.getStartRes() == 0\r
1056             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1057             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1058             )\r
1059         {\r
1060           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1061           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1062         }\r
1063 \r
1064         // Is it valid with fixed columns??\r
1065         // Find the next gap before the end\r
1066         // of the visible region boundary\r
1067         boolean blank = false;\r
1068         for (fixedRight = fixedRight;\r
1069              fixedRight > lastres;\r
1070              fixedRight--)\r
1071         {\r
1072           blank = true;\r
1073 \r
1074           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1075           {\r
1076             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1077             {\r
1078               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1079                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1080               {\r
1081                 blank = false;\r
1082                 break;\r
1083               }\r
1084             }\r
1085           }\r
1086           if (blank)\r
1087           {\r
1088             break;\r
1089           }\r
1090         }\r
1091 \r
1092         if (!blank)\r
1093         {\r
1094           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1095           {\r
1096             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1097                   &&\r
1098                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1099             {\r
1100               endEditing();\r
1101               return;\r
1102             }\r
1103 \r
1104             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1105             if (av.hasHiddenRows)\r
1106             {\r
1107               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1108               if (hwidth > alWidth)\r
1109               {\r
1110                 alWidth = hwidth;\r
1111               }\r
1112             }\r
1113             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1114             //contains all the sequences\r
1115             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1116             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1117           }\r
1118           else\r
1119           {\r
1120             endEditing();\r
1121             return;\r
1122           }\r
1123         }\r
1124       }\r
1125 \r
1126       // drag to left\r
1127       else if (!insertGap)\r
1128       {\r
1129         /// Are we able to delete?\r
1130         // ie are all columns blank?\r
1131 \r
1132         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1133         {\r
1134           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1135           {\r
1136             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1137             {\r
1138               continue;\r
1139             }\r
1140 \r
1141             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1142                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1143             {\r
1144               // Not a gap, block edit not valid\r
1145               endEditing();\r
1146               return;\r
1147             }\r
1148           }\r
1149         }\r
1150       }\r
1151 \r
1152       if (insertGap)\r
1153       {\r
1154         // dragging to the right\r
1155         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1156         {\r
1157           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1158           {\r
1159             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1160           }\r
1161         }\r
1162         else\r
1163         {\r
1164           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1165                                  groupSeqs,\r
1166                                  startres, startres - lastres,\r
1167                                  av.alignment,\r
1168                                  true);\r
1169         }\r
1170       }\r
1171       else\r
1172       {\r
1173         // dragging to the left\r
1174         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1175         {\r
1176           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1177           {\r
1178             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1179           }\r
1180         }\r
1181         else\r
1182         {\r
1183           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1184                                  groupSeqs,\r
1185                                  startres, lastres - startres,\r
1186                                  av.alignment,\r
1187                                  true);\r
1188         }\r
1189 \r
1190       }\r
1191     }\r
1192     else /////Editing a single sequence///////////\r
1193     {\r
1194       if (insertGap)\r
1195       {\r
1196         // dragging to the right\r
1197         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1198         {\r
1199           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1200           {\r
1201             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1202                        {seq}, fixedRight);\r
1203           }\r
1204         }\r
1205         else\r
1206         {\r
1207           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1208                                  new SequenceI[]\r
1209                                  {seq},\r
1210                                  lastres, startres - lastres,\r
1211                                  av.alignment,\r
1212                                  true);\r
1213         }\r
1214       }\r
1215       else\r
1216       {\r
1217         // dragging to the left\r
1218         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1219         {\r
1220           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1221           {\r
1222             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1223             {\r
1224               endEditing();\r
1225               break;\r
1226             }\r
1227             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1228                        {seq}, fixedRight);\r
1229           }\r
1230         }\r
1231         else\r
1232         {\r
1233           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1234           int max = 0;\r
1235           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1236           {\r
1237             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1238             {\r
1239               break;\r
1240             }\r
1241             max++;\r
1242           }\r
1243 \r
1244           if (max > 0)\r
1245           {\r
1246             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1247                                    new SequenceI[]\r
1248                                    {seq},\r
1249                                    startres, max,\r
1250                                    av.alignment,\r
1251                                    true);\r
1252           }\r
1253         }\r
1254       }\r
1255     }\r
1256 \r
1257     lastres = startres;\r
1258     seqCanvas.repaint();\r
1259   }\r
1260 \r
1261   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1262   {\r
1263     int blankColumn = fixedColumn;\r
1264     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1265     {\r
1266       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1267       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1268 \r
1269       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1270       {\r
1271         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1272         {\r
1273           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1274           break;\r
1275         }\r
1276       }\r
1277 \r
1278       if (blankColumn <= j)\r
1279       {\r
1280         blankColumn = fixedColumn;\r
1281         endEditing();\r
1282         return;\r
1283       }\r
1284     }\r
1285 \r
1286     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1287                            seq,\r
1288                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1289 \r
1290     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1291                            seq,\r
1292                            j, 1, av.alignment,\r
1293                            true);\r
1294 \r
1295   }\r
1296 \r
1297   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1298   {\r
1299 \r
1300     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1301                            seq,\r
1302                            j, 1, av.alignment, true);\r
1303 \r
1304     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1305                            seq,\r
1306                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1307   }\r
1308 \r
1309   /**\r
1310    * DOCUMENT ME!\r
1311    *\r
1312    * @param e DOCUMENT ME!\r
1313    */\r
1314   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1315   {\r
1316     if (oldSeq < 0)\r
1317     {\r
1318       oldSeq = 0;\r
1319     }\r
1320 \r
1321     if (scrollThread != null)\r
1322     {\r
1323       scrollThread.running = false;\r
1324       scrollThread = null;\r
1325     }\r
1326   }\r
1327 \r
1328   /**\r
1329    * DOCUMENT ME!\r
1330    *\r
1331    * @param e DOCUMENT ME!\r
1332    */\r
1333   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1334   {\r
1335     if (av.getWrapAlignment())\r
1336     {\r
1337       return;\r
1338     }\r
1339 \r
1340     if (mouseDragging)\r
1341     {\r
1342       scrollThread = new ScrollThread();\r
1343     }\r
1344   }\r
1345 \r
1346   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1347   {\r
1348     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));\r
1349     if (evt.getClickCount() > 1)\r
1350     {\r
1351       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1352           && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1353           - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1354       {\r
1355         av.setSelectionGroup(null);\r
1356       }\r
1357 \r
1358       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1359           sequence.getDatasetSequence(),\r
1360           sequence.findPosition(findRes(evt))\r
1361           );\r
1362 \r
1363       if (features != null && features.length > 0)\r
1364       {\r
1365         SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1366         highlight.addResult(sequence,\r
1367                             features[0].getBegin(),\r
1368                             features[0].getEnd());\r
1369         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1370       }\r
1371       if (features != null && features.length > 0)\r
1372       {\r
1373         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1374             new SequenceI[]\r
1375             {sequence}, features, false, ap);\r
1376 \r
1377         seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1378       }\r
1379     }\r
1380   }\r
1381 \r
1382   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1383   {\r
1384     e.consume();\r
1385       if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1386       {\r
1387         ap.scrollUp(false);\r
1388       }\r
1389       else\r
1390       {\r
1391         ap.scrollUp(true);\r
1392       }\r
1393   }\r
1394 \r
1395   /**\r
1396    * DOCUMENT ME!\r
1397    *\r
1398    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1399    */\r
1400   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1401   {\r
1402     int res = findRes(evt);\r
1403     int seq = findSeq(evt);\r
1404     oldSeq = seq;\r
1405 \r
1406     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1407 \r
1408     if (av.wrapAlignment && seq > av.alignment.getHeight())\r
1409     {\r
1410       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1411                                             "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1412                                             "Wrapped view - no edit",\r
1413                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1414       return;\r
1415     }\r
1416 \r
1417     if (seq < 0 || res < 0)\r
1418     {\r
1419       return;\r
1420     }\r
1421 \r
1422     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1423 \r
1424     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1425     {\r
1426       return;\r
1427     }\r
1428 \r
1429     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1430 \r
1431     if (stretchGroup == null)\r
1432     {\r
1433       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1434 \r
1435       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1436           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1437       {\r
1438         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1439       }\r
1440       else\r
1441       {\r
1442         stretchGroup = null;\r
1443       }\r
1444     }\r
1445     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1446              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1447              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1448     {\r
1449       stretchGroup = null;\r
1450 \r
1451       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1452 \r
1453       if (allGroups != null)\r
1454       {\r
1455         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1456         {\r
1457           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1458               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1459           {\r
1460             stretchGroup = allGroups[i];\r
1461             break;\r
1462           }\r
1463         }\r
1464       }\r
1465 \r
1466       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1467 \r
1468     }\r
1469 \r
1470     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1471     {\r
1472       SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1473                                                sequence.findPosition(res));\r
1474       Vector links = new Vector();\r
1475       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)\r
1476       {\r
1477         if (allFeatures[i].links != null)\r
1478         {\r
1479           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)\r
1480           {\r
1481             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));\r
1482           }\r
1483         }\r
1484       }\r
1485 \r
1486       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1487       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1488       return;\r
1489     }\r
1490 \r
1491     if (av.cursorMode)\r
1492     {\r
1493       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1494       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1495       seqCanvas.repaint();\r
1496       return;\r
1497     }\r
1498 \r
1499     if (stretchGroup == null)\r
1500     {\r
1501       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1502 \r
1503       // define a new group here\r
1504       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1505       sg.setStartRes(res);\r
1506       sg.setEndRes(res);\r
1507       sg.addSequence(sequence, false);\r
1508       av.setSelectionGroup(sg);\r
1509       stretchGroup = sg;\r
1510 \r
1511       if (av.getConservationSelected())\r
1512       {\r
1513         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1514                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
1515                                           "Background");\r
1516       }\r
1517 \r
1518       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1519       {\r
1520         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1521                                        "Background");\r
1522       }\r
1523       if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1524       {\r
1525         // Edit end res position of selected group\r
1526         changeEndRes = true;\r
1527       }\r
1528       else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1529                (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1530       {\r
1531         // Edit end res position of selected group\r
1532         changeStartRes = true;\r
1533       }\r
1534       stretchGroup.getWidth();\r
1535     }\r
1536 \r
1537     seqCanvas.repaint();\r
1538   }\r
1539 \r
1540   /**\r
1541    * DOCUMENT ME!\r
1542    *\r
1543    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1544    */\r
1545   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1546   {\r
1547     if (stretchGroup == null)\r
1548     {\r
1549       return;\r
1550     }\r
1551 \r
1552     if (stretchGroup.cs != null)\r
1553     {\r
1554       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1555       {\r
1556         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1557             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1558             stretchGroup.getWidth());\r
1559       }\r
1560 \r
1561       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1562           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1563           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1564           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1565       {\r
1566         stretchGroup.recalcConservation();\r
1567       }\r
1568 \r
1569       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1570       {\r
1571         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1572                                           stretchGroup.getName());\r
1573       }\r
1574       else\r
1575       {\r
1576         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1577                                        stretchGroup.getName());\r
1578       }\r
1579       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1580       ap.paintAlignment(true);\r
1581     }\r
1582 \r
1583     changeEndRes = false;\r
1584     changeStartRes = false;\r
1585     stretchGroup = null;\r
1586 \r
1587   }\r
1588 \r
1589   /**\r
1590    * DOCUMENT ME!\r
1591    *\r
1592    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1593    */\r
1594   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1595   {\r
1596     int res = findRes(evt);\r
1597     int y = findSeq(evt);\r
1598 \r
1599     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1600     {\r
1601       return;\r
1602     }\r
1603 \r
1604     if (stretchGroup == null)\r
1605     {\r
1606       return;\r
1607     }\r
1608 \r
1609     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1610     {\r
1611       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1612     }\r
1613 \r
1614     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1615     {\r
1616       // Edit end res position of selected group\r
1617       changeEndRes = true;\r
1618     }\r
1619     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1620     {\r
1621       // Edit start res position of selected group\r
1622       changeStartRes = true;\r
1623     }\r
1624 \r
1625     if (res < av.getStartRes())\r
1626     {\r
1627       res = av.getStartRes();\r
1628     }\r
1629 \r
1630     if (changeEndRes)\r
1631     {\r
1632       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1633       {\r
1634         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1635       }\r
1636     }\r
1637     else if (changeStartRes)\r
1638     {\r
1639       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1640       {\r
1641         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1642       }\r
1643     }\r
1644 \r
1645     int dragDirection = 0;\r
1646 \r
1647     if (y > oldSeq)\r
1648     {\r
1649       dragDirection = 1;\r
1650     }\r
1651     else if (y < oldSeq)\r
1652     {\r
1653       dragDirection = -1;\r
1654     }\r
1655 \r
1656     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1657     {\r
1658       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1659       // selection is quite slow.\r
1660       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1661 \r
1662       oldSeq += dragDirection;\r
1663 \r
1664       if (oldSeq < 0)\r
1665       {\r
1666         break;\r
1667       }\r
1668 \r
1669       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1670 \r
1671       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1672       {\r
1673         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1674       }\r
1675       else\r
1676       {\r
1677         if (seq != null)\r
1678         {\r
1679           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1680         }\r
1681 \r
1682         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1683       }\r
1684     }\r
1685 \r
1686     if (oldSeq < 0)\r
1687     {\r
1688       oldSeq = -1;\r
1689     }\r
1690 \r
1691     mouseDragging = true;\r
1692 \r
1693     if (scrollThread != null)\r
1694     {\r
1695       scrollThread.setEvent(evt);\r
1696     }\r
1697 \r
1698     seqCanvas.repaint();\r
1699   }\r
1700 \r
1701   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1702   {\r
1703     if (evt == null)\r
1704     {\r
1705       if (scrollThread != null)\r
1706       {\r
1707         scrollThread.running = false;\r
1708         scrollThread = null;\r
1709       }\r
1710       mouseDragging = false;\r
1711     }\r
1712     else\r
1713     {\r
1714       if (scrollThread == null)\r
1715       {\r
1716         scrollThread = new ScrollThread();\r
1717       }\r
1718 \r
1719       mouseDragging = true;\r
1720       scrollThread.setEvent(evt);\r
1721     }\r
1722 \r
1723   }\r
1724 \r
1725   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1726   class ScrollThread\r
1727       extends Thread\r
1728   {\r
1729     MouseEvent evt;\r
1730     boolean running = false;\r
1731 \r
1732     public ScrollThread()\r
1733     {\r
1734       start();\r
1735     }\r
1736 \r
1737     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1738     {\r
1739       evt = e;\r
1740     }\r
1741 \r
1742     public void stopScrolling()\r
1743     {\r
1744       running = false;\r
1745     }\r
1746 \r
1747     public void run()\r
1748     {\r
1749       running = true;\r
1750 \r
1751       while (running)\r
1752       {\r
1753         if (evt != null)\r
1754         {\r
1755           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1756               (av.getStartSeq() > 0))\r
1757           {\r
1758             running = ap.scrollUp(true);\r
1759           }\r
1760 \r
1761           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1762               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1763           {\r
1764             running = ap.scrollUp(false);\r
1765           }\r
1766 \r
1767           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1768           {\r
1769             running = ap.scrollRight(false);\r
1770           }\r
1771           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1772           {\r
1773             running = ap.scrollRight(true);\r
1774           }\r
1775         }\r
1776 \r
1777         try\r
1778         {\r
1779           Thread.sleep(20);\r
1780         }\r
1781         catch (Exception ex)\r
1782         {\r
1783         }\r
1784       }\r
1785     }\r
1786   }\r
1787 }\r