src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 \r
  32 import javax.swing.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SeqPanel extends JPanel\r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     int startEdit = -1;\r
  51     int endEdit = -1;\r
  52     protected AlignViewport av;\r
  53 \r
  54     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  55     int seqEditOccurred = -1;\r
  56     ScrollThread scrollThread = null;\r
  57     boolean mouseDragging = false;\r
  58     boolean editingSeqs = false;\r
  59     boolean groupEditing = false;\r
  60 \r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  63     //////////////////////////////////////////\r
  64     int oldSeq = -1;\r
  65     boolean changeEndSeq = false;\r
  66     boolean changeStartSeq = false;\r
  67     boolean changeEndRes = false;\r
  68     boolean changeStartRes = false;\r
  69     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  70     boolean remove = false;\r
  71 \r
  72     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Creates a new SeqPanel object.\r
  76      *\r
  77      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  78      * @param p DOCUMENT ME!\r
  79      */\r
  80     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  81     {\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  84         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  85         this.av = avp;\r
  86         setBackground(Color.white);\r
  87 \r
  88         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  89         setLayout(new BorderLayout());\r
  90         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92         ap = p;\r
  93 \r
  94         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  95             {\r
  96                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  97                 {\r
  98                     doMouseMoved(evt);\r
  99                 }\r
 100 \r
 101                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 102                 {\r
 103                     if (editingSeqs)\r
 104                     {\r
 105                         doMouseDragged(evt);\r
 106                     }\r
 107                     else\r
 108                     {\r
 109                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 110                     }\r
 111                 }\r
 112             });\r
 113 \r
 114        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 115        {\r
 116          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 117          {\r
 118 \r
 119            if (mouseWheelPressed)\r
 120            {\r
 121              Font font = av.getFont();\r
 122              int fontSize = font.getSize();\r
 123              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 30)\r
 124                fontSize++;\r
 125              else if (fontSize > 1)\r
 126                fontSize--;\r
 127 \r
 128              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 129              ap.fontChanged();\r
 130            }\r
 131            else\r
 132            {\r
 133              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 134                ap.scrollUp(false);\r
 135              else\r
 136                ap.scrollUp(true);\r
 137            }\r
 138 \r
 139          }\r
 140        });\r
 141 \r
 142 \r
 143         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 144             {\r
 145                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 146                 {\r
 147                     mouseWheelPressed = false;\r
 148 \r
 149                     if (editingSeqs)\r
 150                     {\r
 151                         doMouseReleased(evt);\r
 152                     }\r
 153                     else\r
 154                     {\r
 155                         doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 156                     }\r
 157                 }\r
 158 \r
 159                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 160                 {\r
 161                   if( javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 162                   {\r
 163                     mouseWheelPressed = true;\r
 164                     return;\r
 165                   }\r
 166 \r
 167                     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 168                             evt.isControlDown())\r
 169                     {\r
 170                         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 171                         {\r
 172                             groupEditing = true;\r
 173                         }\r
 174 \r
 175                         editingSeqs = true;\r
 176                         doMousePressed(evt);\r
 177                     }\r
 178                     else\r
 179                     {\r
 180                         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 181                     }\r
 182                 }\r
 183 \r
 184                 public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 185                 {\r
 186                     doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 187                 }\r
 188 \r
 189                 public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 190                 {\r
 191                     doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 192                 }\r
 193             });\r
 194     }\r
 195 \r
 196     int findRes(MouseEvent evt)\r
 197    {\r
 198      int res = 0;\r
 199      int x = evt.getX();\r
 200 \r
 201     if (av.wrapAlignment)\r
 202     {\r
 203         int y = evt.getY();\r
 204         y -= (2 * av.charHeight);\r
 205         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 206 \r
 207         int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 208         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 209         int block = y/chunkHeight;\r
 210         block += av.getStartRes()/cwidth;\r
 211 \r
 212         res = block*cwidth   +   x / av.getCharWidth();\r
 213     }\r
 214     else\r
 215     {\r
 216         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 217     }\r
 218 \r
 219     return res;\r
 220 \r
 221    }\r
 222 \r
 223    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 224    {\r
 225      int seq = 0;\r
 226      int y = evt.getY();\r
 227 \r
 228      if (av.wrapAlignment)\r
 229      {\r
 230        y -= (2 * av.charHeight);\r
 231        int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 232        seq = ( (y % chunkHeight) / av.getCharHeight());\r
 233      }\r
 234      else\r
 235      {\r
 236        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 237      }\r
 238 \r
 239      return seq;\r
 240    }\r
 241 \r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * DOCUMENT ME!\r
 245      *\r
 246      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 247      */\r
 248     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 249     {\r
 250         if (seqEditOccurred > -1)\r
 251         {\r
 252             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 253         }\r
 254 \r
 255         startseq = -1;\r
 256         lastres = -1;\r
 257         seqEditOccurred = -1;\r
 258         editingSeqs = false;\r
 259         groupEditing = false;\r
 260 \r
 261         ap.repaint();\r
 262     }\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * DOCUMENT ME!\r
 266      *\r
 267      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 268      */\r
 269     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 270     {\r
 271       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 272                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 273 \r
 274       int seq = findSeq(evt);\r
 275       int res = findRes(evt);\r
 276 \r
 277         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 278                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 279         {\r
 280             startseq = seq;\r
 281             lastres = res;\r
 282         }\r
 283         else\r
 284         {\r
 285             startseq = -1;\r
 286             lastres = -1;\r
 287         }\r
 288 \r
 289         startEdit = lastres;\r
 290         endEdit = lastres;\r
 291 \r
 292         return;\r
 293     }\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * DOCUMENT ME!\r
 297      *\r
 298      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 299      */\r
 300     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 301     {\r
 302       int res = findRes(evt);\r
 303       int seq = findSeq(evt);\r
 304 \r
 305       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 306             return;\r
 307 \r
 308       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 309 \r
 310       if (res > sequence.getLength())\r
 311       {\r
 312           return;\r
 313         }\r
 314 \r
 315         Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 316                 "");\r
 317         String aa = "";\r
 318 \r
 319         if (obj != null)\r
 320         {\r
 321             aa = obj.toString();\r
 322         }\r
 323 \r
 324         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 325                 sequence.getName());\r
 326 \r
 327         if (aa != "")\r
 328         {\r
 329             text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 330                 av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 331         }\r
 332 \r
 333         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 334 \r
 335         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 336         if (av.showSequenceFeatures)\r
 337         {\r
 338             Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 339             Enumeration e = features.elements();\r
 340             StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 341 \r
 342             while (e.hasMoreElements())\r
 343             {\r
 344                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 345 \r
 346                 if ((sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 347                         (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 348                 {\r
 349                     if (sbuffer.length() > 0)\r
 350                     {\r
 351                         sbuffer.append("; ");\r
 352                     }\r
 353 \r
 354                     sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 355 \r
 356                     if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 357                     {\r
 358                         sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 359                     }\r
 360                 }\r
 361             }\r
 362 \r
 363             this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 364         }\r
 365     }\r
 366 \r
 367     /**\r
 368      * DOCUMENT ME!\r
 369      *\r
 370      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 371      */\r
 372     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 373     {\r
 374         // If we're dragging we're editing\r
 375         int res = findRes(evt);\r
 376 \r
 377         if (res < 0)\r
 378         {\r
 379             res = 0;\r
 380         }\r
 381 \r
 382         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 383         {\r
 384             return;\r
 385         }\r
 386 \r
 387         boolean dragRight = true;\r
 388 \r
 389         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 390         {\r
 391             dragRight = false;\r
 392         }\r
 393 \r
 394         if (res != lastres)\r
 395         {\r
 396             // Group editing\r
 397             if (groupEditing)\r
 398             {\r
 399                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 400 \r
 401                 if (sg == null)\r
 402                 {\r
 403                     lastres = -1;\r
 404 \r
 405                     return;\r
 406                 }\r
 407 \r
 408                 // drag to right\r
 409                 if (dragRight)\r
 410                 {\r
 411                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 412                 }\r
 413 \r
 414                 // drag to left\r
 415                 else\r
 416                 {\r
 417                     /// Are we able to delete?\r
 418                     // ie are all columns blank?\r
 419                     boolean deleteAllowed = false;\r
 420 \r
 421                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 422                     {\r
 423                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 424 \r
 425                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 426                         {\r
 427                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 428                             {\r
 429                                 continue;\r
 430                             }\r
 431 \r
 432                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 433                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 434                             {\r
 435                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 436                                 res = j + 1;\r
 437                                 deleteAllowed = false;\r
 438 \r
 439                                 continue;\r
 440                             }\r
 441 \r
 442                             deleteAllowed = true;\r
 443                         }\r
 444                     }\r
 445 \r
 446                     if (!deleteAllowed)\r
 447                     {\r
 448                         lastres = -1;\r
 449 \r
 450                         return;\r
 451                     }\r
 452 \r
 453                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 454                 }\r
 455 \r
 456                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 457                 {\r
 458                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 459                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 460 \r
 461                     // drag to right\r
 462                     if (dragRight)\r
 463                     {\r
 464                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 465                         {\r
 466                             insertChar(j, k);\r
 467                         }\r
 468                     }\r
 469 \r
 470                     // drag to left\r
 471                     else\r
 472                     {\r
 473                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 474                         {\r
 475                             if (s.getLength() > j)\r
 476                             {\r
 477                                 deleteChar(res, k);\r
 478                             }\r
 479                         }\r
 480                     }\r
 481                 }\r
 482             }\r
 483             else /////Editing a single sequence///////////\r
 484             {\r
 485                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 486                 {\r
 487                     // dragging to the right\r
 488                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 489                     {\r
 490                         insertChar(j, startseq);\r
 491                     }\r
 492                 }\r
 493                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 494                         (res < lastres))\r
 495                 {\r
 496                     // dragging to the left\r
 497                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 498                     {\r
 499                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 500                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 501                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 502                         {\r
 503                             deleteChar(res, startseq);\r
 504                         }\r
 505                         else\r
 506                         {\r
 507                             break;\r
 508                         }\r
 509                     }\r
 510                 }\r
 511             }\r
 512         }\r
 513 \r
 514         endEdit = res;\r
 515         lastres = res;\r
 516         seqCanvas.repaint();\r
 517     }\r
 518 \r
 519     /**\r
 520      * DOCUMENT ME!\r
 521      *\r
 522      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 523      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 524      * @param start DOCUMENT ME!\r
 525      */\r
 526     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 527     {\r
 528         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 529             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 530         seqCanvas.repaint();\r
 531     }\r
 532 \r
 533     /**\r
 534      * DOCUMENT ME!\r
 535      *\r
 536      * @param j DOCUMENT ME!\r
 537      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 538      */\r
 539     public void insertChar(int j, int seq)\r
 540     {\r
 541         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 542         seqEditOccurred = seq;\r
 543     }\r
 544 \r
 545     /**\r
 546      * DOCUMENT ME!\r
 547      *\r
 548      * @param j DOCUMENT ME!\r
 549      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 550      */\r
 551     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 552     {\r
 553         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 554         seqEditOccurred = seq;\r
 555 \r
 556         av.alignment.getWidth();\r
 557         seqCanvas.repaint();\r
 558     }\r
 559 \r
 560     /**\r
 561      * DOCUMENT ME!\r
 562      *\r
 563      * @param i DOCUMENT ME!\r
 564      */\r
 565     void editOccurred(int i)\r
 566     {\r
 567       if (endEdit == startEdit)\r
 568       {\r
 569         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 570         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 571       }\r
 572 \r
 573       av.updateConservation();\r
 574       av.updateConsensus();\r
 575 \r
 576       //Does the edit affect any groups?\r
 577       //////////////////////////////\r
 578       Vector groupsToUpdate = new Vector();\r
 579       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 580 \r
 581       int s, g, gSize = av.alignment.getGroups().size();\r
 582       if (sg != null)\r
 583       {\r
 584         groupsToUpdate.addElement(av.getSelectionGroup());\r
 585         int sSize = sg.getSize();\r
 586         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 587         {\r
 588           SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 589 \r
 590           for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 591           {\r
 592             SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().\r
 593                 elementAt(\r
 594                     g);\r
 595             if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 596             {\r
 597               if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 598                 groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 599               continue;\r
 600             }\r
 601           }\r
 602         }\r
 603       }\r
 604       else\r
 605       {\r
 606         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 607         for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 608         {\r
 609           SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(\r
 610               g);\r
 611           if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 612           {\r
 613             if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 614               groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 615             continue;\r
 616           }\r
 617         }\r
 618       }\r
 619 \r
 620       gSize = groupsToUpdate.size();\r
 621       for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 622       {\r
 623         ( (SequenceGroup) groupsToUpdate.elementAt(g)).recalcConservation();\r
 624       }\r
 625       ////End of updating groups\r
 626       //////////////////////////////////////////\r
 627 \r
 628         // Y O Y CLUSTALX\r
 629         ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 630         if(cs!=null)\r
 631         {\r
 632           if (cs.conservationApplied())\r
 633           {\r
 634             Conservation c = new Conservation("All",\r
 635                                               ResidueProperties.propHash, 3,\r
 636                                               av.alignment.getSequences(),\r
 637                                               0, av.alignment.getWidth() - 1);\r
 638             c.calculate();\r
 639             c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 640 \r
 641             if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 642             {\r
 643               ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme) cs;\r
 644               cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 645                                 av.alignment.getWidth());\r
 646               cs.setConservation(c);\r
 647               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 648             }\r
 649             else\r
 650             {\r
 651               cs.setConservation(c);\r
 652               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 653             }\r
 654 \r
 655           }\r
 656 \r
 657           if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 658           {\r
 659             ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 660                                                        av.alignment.getWidth());\r
 661             av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 662           }\r
 663         }\r
 664     }\r
 665 \r
 666     /**\r
 667      * DOCUMENT ME!\r
 668      *\r
 669      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 670      */\r
 671     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 672     {\r
 673       int res = findRes(evt);\r
 674       int seq = findSeq(evt);\r
 675       oldSeq = seq;\r
 676 \r
 677         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 678 \r
 679         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 680         {\r
 681             return;\r
 682         }\r
 683 \r
 684         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 685 \r
 686         if (stretchGroup == null)\r
 687         {\r
 688             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 689 \r
 690             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 691                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 692             {\r
 693                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 694             }\r
 695             else\r
 696             {\r
 697                 stretchGroup = null;\r
 698             }\r
 699         }\r
 700         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 701                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 702                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 703         {\r
 704             stretchGroup = null;\r
 705 \r
 706             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 707 \r
 708             if (allGroups != null)\r
 709             {\r
 710                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 711                 {\r
 712                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 713                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 714                     {\r
 715                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 716                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 717 \r
 718                         break;\r
 719                     }\r
 720                 }\r
 721             }\r
 722         }\r
 723 \r
 724         if (stretchGroup == null)\r
 725         {\r
 726             // define a new group here\r
 727             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 728             sg.setStartRes(res);\r
 729             sg.setEndRes(res);\r
 730             sg.addSequence(sequence, false);\r
 731             av.setSelectionGroup(sg);\r
 732             stretchGroup = sg;\r
 733 \r
 734             if (av.getConservationSelected())\r
 735             {\r
 736                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 737                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 738             }\r
 739 \r
 740             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 741             {\r
 742                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 743                     "Background");\r
 744             }\r
 745         }\r
 746         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 747         {\r
 748             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 749             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 750 \r
 751             // edit the properties of existing group\r
 752         }\r
 753 \r
 754         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 755         {\r
 756             // Edit end res position of selected group\r
 757             changeEndRes = true;\r
 758         }\r
 759         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 760         {\r
 761             // Edit end res position of selected group\r
 762             changeStartRes = true;\r
 763         }\r
 764 \r
 765         stretchGroup.getWidth();\r
 766 \r
 767         seqCanvas.repaint();\r
 768     }\r
 769 \r
 770     /**\r
 771      * DOCUMENT ME!\r
 772      *\r
 773      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 774      */\r
 775     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 776     {\r
 777         if (mouseDragging)\r
 778         {\r
 779             stretchGroup.recalcConservation();\r
 780             mouseDragging = false;\r
 781         }\r
 782 \r
 783         if (stretchGroup == null)\r
 784         {\r
 785             return;\r
 786         }\r
 787 \r
 788         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 789         {\r
 790           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 791           {\r
 792             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 793                 sequences,\r
 794                 stretchGroup.getWidth());\r
 795           }\r
 796 \r
 797           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 798           {\r
 799             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 800                                               stretchGroup.getName());\r
 801           }\r
 802           else\r
 803           {\r
 804             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 805                                            stretchGroup.getName());\r
 806           }\r
 807         }\r
 808         changeEndRes = false;\r
 809         changeStartRes = false;\r
 810         stretchGroup = null;\r
 811         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 812     }\r
 813 \r
 814     /**\r
 815      * DOCUMENT ME!\r
 816      *\r
 817      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 818      */\r
 819     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 820     {\r
 821       int res = findRes(evt);\r
 822       int y = findSeq(evt);\r
 823 \r
 824       if (stretchGroup == null)\r
 825       {\r
 826             return;\r
 827         }\r
 828 \r
 829         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 830         {\r
 831             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 832         }\r
 833 \r
 834         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 835         {\r
 836             // Edit end res position of selected group\r
 837             changeEndRes = true;\r
 838         }\r
 839         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 840         {\r
 841             // Edit start res position of selected group\r
 842             changeStartRes = true;\r
 843         }\r
 844 \r
 845         if (res < av.getStartRes())\r
 846         {\r
 847             res = av.getStartRes();\r
 848         }\r
 849         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 850         {\r
 851             res = av.getEndRes();\r
 852         }\r
 853 \r
 854         if (changeEndRes)\r
 855         {\r
 856             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 857             {\r
 858                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 859             }\r
 860         }\r
 861         else if (changeStartRes)\r
 862         {\r
 863             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 864             {\r
 865                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 866             }\r
 867         }\r
 868 \r
 869         int dragDirection = 0;\r
 870 \r
 871         if (y > oldSeq)\r
 872         {\r
 873             dragDirection = 1;\r
 874         }\r
 875         else if (y < oldSeq)\r
 876         {\r
 877             dragDirection = -1;\r
 878         }\r
 879 \r
 880         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 881         {\r
 882             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 883             // selection is quite slow.\r
 884             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 885 \r
 886             oldSeq += dragDirection;\r
 887 \r
 888             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 889 \r
 890             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 891             {\r
 892                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 893             }\r
 894             else\r
 895             {\r
 896                 if (seq != null)\r
 897                 {\r
 898                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 899                 }\r
 900 \r
 901                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 902             }\r
 903         }\r
 904 \r
 905         oldSeq = y;\r
 906         mouseDragging = true;\r
 907 \r
 908         if (scrollThread != null)\r
 909         {\r
 910             scrollThread.setEvent(evt);\r
 911         }\r
 912 \r
 913         seqCanvas.repaint();\r
 914     }\r
 915 \r
 916     /**\r
 917      * DOCUMENT ME!\r
 918      *\r
 919      * @param e DOCUMENT ME!\r
 920      */\r
 921     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 922     {\r
 923         if (scrollThread != null)\r
 924         {\r
 925             scrollThread.running = false;\r
 926         }\r
 927     }\r
 928 \r
 929     /**\r
 930      * DOCUMENT ME!\r
 931      *\r
 932      * @param e DOCUMENT ME!\r
 933      */\r
 934     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 935     {\r
 936         if (av.getWrapAlignment())\r
 937         {\r
 938             return;\r
 939         }\r
 940 \r
 941         if (mouseDragging)\r
 942         {\r
 943             scrollThread = new ScrollThread();\r
 944         }\r
 945     }\r
 946 \r
 947     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 948     class ScrollThread extends Thread\r
 949     {\r
 950         MouseEvent evt;\r
 951         boolean running = false;\r
 952 \r
 953         public ScrollThread()\r
 954         {\r
 955             start();\r
 956         }\r
 957 \r
 958         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 959         {\r
 960             evt = e;\r
 961         }\r
 962 \r
 963         public void stopScrolling()\r
 964         {\r
 965             running = false;\r
 966         }\r
 967 \r
 968         public void run()\r
 969         {\r
 970             running = true;\r
 971 \r
 972             while (running)\r
 973             {\r
 974                 if (evt != null)\r
 975                 {\r
 976                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 977                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 978                     {\r
 979                         running = ap.scrollUp(true);\r
 980                     }\r
 981 \r
 982                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 983                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 984                     {\r
 985                         running = ap.scrollUp(false);\r
 986                     }\r
 987 \r
 988                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 989                     {\r
 990                         running = ap.scrollRight(true);\r
 991                     }\r
 992                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 993                     {\r
 994                         running = ap.scrollRight(false);\r
 995                     }\r
 996                 }\r
 997 \r
 998                 try\r
 999                 {\r
1000                     Thread.sleep(75);\r
1001                 }\r
1002                 catch (Exception ex)\r
1003                 {\r
1004                 }\r
1005             }\r
1006         }\r
1007     }\r
1008 }\r