src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends JPanel\r
  33 {\r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36   protected int lastres;\r
  37   protected int startseq;\r
  38   int startEdit = -1;\r
  39   int endEdit = -1;\r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   int seqEditOccurred = -1;\r
  44   ScrollThread scrollThread = null;\r
  45   boolean mouseDragging = false;\r
  46   boolean editingSeqs = false;\r
  47   boolean groupEditing = false;\r
  48 \r
  49   //////////////////////////////////////////\r
  50   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  51   //////////////////////////////////////////\r
  52   int oldSeq = -1;\r
  53   boolean changeEndSeq = false;\r
  54   boolean changeStartSeq = false;\r
  55   boolean changeEndRes = false;\r
  56   boolean changeStartRes = false;\r
  57   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  58   boolean remove = false;\r
  59 \r
  60   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  61   {\r
  62     this.av = avp;\r
  63 \r
  64     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  65     setLayout(new BorderLayout());\r
  66     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  67 \r
  68     ap = p;\r
  69 \r
  70     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  71     {\r
  72       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  73       {\r
  74         if (av.getWrapAlignment())\r
  75         {\r
  76           return;\r
  77         }\r
  78 \r
  79         doMouseMoved(evt);\r
  80       }\r
  81 \r
  82       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  83       {\r
  84         if (av.getWrapAlignment())\r
  85         {\r
  86           return;\r
  87         }\r
  88 \r
  89         if (editingSeqs)\r
  90         {\r
  91           doMouseDragged(evt);\r
  92         }\r
  93         else\r
  94         {\r
  95           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  96         }\r
  97       }\r
  98     });\r
  99 \r
 100     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 101     {\r
 102       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 103       {\r
 104         if (av.getWrapAlignment())\r
 105         {\r
 106           return;\r
 107         }\r
 108 \r
 109         if (editingSeqs)\r
 110         {\r
 111           doMouseReleased(evt);\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 116         }\r
 117       }\r
 118 \r
 119       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 120       {\r
 121         if (av.getWrapAlignment())\r
 122         {\r
 123           return;\r
 124         }\r
 125 \r
 126         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 127             evt.isControlDown())\r
 128         {\r
 129           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 130           {\r
 131             groupEditing = true;\r
 132           }\r
 133 \r
 134           editingSeqs = true;\r
 135           doMousePressed(evt);\r
 136         }\r
 137         else\r
 138         {\r
 139           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 140         }\r
 141       }\r
 142 \r
 143       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 144       {\r
 145         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 146         {\r
 147           return;\r
 148         }\r
 149 \r
 150         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 151       }\r
 152 \r
 153       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 154       {\r
 155         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 156         {\r
 157           return;\r
 158         }\r
 159 \r
 160         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 161       }\r
 162     });\r
 163     repaint();\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 167   {\r
 168     if (seqEditOccurred > -1)\r
 169     {\r
 170       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 171     }\r
 172 \r
 173     startseq = -1;\r
 174     lastres = -1;\r
 175     seqEditOccurred = -1;\r
 176     editingSeqs = false;\r
 177     groupEditing = false;\r
 178 \r
 179     ap.repaint();\r
 180   }\r
 181 \r
 182   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 183   {\r
 184     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 185                                                  av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 186 \r
 187     int seq;\r
 188     int res;\r
 189 \r
 190     int x = evt.getX();\r
 191     int y = evt.getY();\r
 192 \r
 193     res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 194     seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 195 \r
 196     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 197         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 198     {\r
 199       startseq = seq;\r
 200       lastres = res;\r
 201     }\r
 202     else\r
 203     {\r
 204       startseq = -1;\r
 205       lastres = -1;\r
 206     }\r
 207 \r
 208     startEdit = lastres;\r
 209     endEdit = lastres;\r
 210 \r
 211     return;\r
 212   }\r
 213 \r
 214   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 215   {\r
 216     int res = 0;\r
 217     int seq = 0;\r
 218     int x = evt.getX();\r
 219     int y = evt.getY();\r
 220 \r
 221     if (av.wrapAlignment)\r
 222     {\r
 223       y -= (2 * av.charHeight);\r
 224 \r
 225       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 226 \r
 227       res = (int) ( (y / chunkHeight) * (getWidth() / av.charWidth)) +\r
 228           (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 229 \r
 230       y %= chunkHeight;\r
 231       seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 232     }\r
 233     else\r
 234     {\r
 235       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 236       seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 237     }\r
 238 \r
 239     if (seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 240     {\r
 241       return;\r
 242     }\r
 243 \r
 244     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 245 \r
 246     if (res > sequence.getLength())\r
 247     {\r
 248       return;\r
 249     }\r
 250 \r
 251     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 252                                                   "");\r
 253     String aa = "";\r
 254 \r
 255     if (obj != null)\r
 256     {\r
 257       aa = obj.toString();\r
 258     }\r
 259 \r
 260     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 261                                          sequence.getName());\r
 262 \r
 263     if (aa != "")\r
 264     {\r
 265       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 266                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 267     }\r
 268 \r
 269     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 270 \r
 271     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 272     if (av.showSequenceFeatures)\r
 273     {\r
 274       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 275       Enumeration e = features.elements();\r
 276       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 277 \r
 278       while (e.hasMoreElements())\r
 279       {\r
 280         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 281 \r
 282         if ( (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 283             (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 284         {\r
 285           if (sbuffer.length() > 0)\r
 286           {\r
 287             sbuffer.append("; ");\r
 288           }\r
 289 \r
 290           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 291 \r
 292           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 293           {\r
 294             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 295           }\r
 296         }\r
 297       }\r
 298 \r
 299       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 300       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 301     }\r
 302   }\r
 303 \r
 304   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 305   {\r
 306     // If we're dragging we're editing\r
 307     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 308 \r
 309     if (res < 0)\r
 310     {\r
 311       res = 0;\r
 312     }\r
 313 \r
 314     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 315     {\r
 316       return;\r
 317     }\r
 318 \r
 319     boolean dragRight = true;\r
 320 \r
 321     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 322     {\r
 323       dragRight = false;\r
 324     }\r
 325 \r
 326     if (res != lastres)\r
 327     {\r
 328       // Group editing\r
 329       if (groupEditing)\r
 330       {\r
 331         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 332 \r
 333         if (sg == null)\r
 334         {\r
 335           lastres = -1;\r
 336 \r
 337           return;\r
 338         }\r
 339 \r
 340         // drag to right\r
 341         if (dragRight)\r
 342         {\r
 343           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 344         }\r
 345         // drag to left\r
 346         else\r
 347         {\r
 348           /// Are we able to delete?\r
 349           // ie are all columns blank?\r
 350           boolean deleteAllowed = false;\r
 351 \r
 352           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 353           {\r
 354             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 355 \r
 356             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 357             {\r
 358               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 359               {\r
 360                 continue;\r
 361               }\r
 362 \r
 363               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 364                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 365               {\r
 366                 // Not a gap, block edit not valid\r
 367                 res = j + 1;\r
 368                 deleteAllowed = false;\r
 369 \r
 370                 continue;\r
 371               }\r
 372 \r
 373               deleteAllowed = true;\r
 374             }\r
 375           }\r
 376 \r
 377           if (!deleteAllowed)\r
 378           {\r
 379             lastres = -1;\r
 380 \r
 381             return;\r
 382           }\r
 383 \r
 384           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 385         }\r
 386 \r
 387         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 388         {\r
 389           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 390           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 391 \r
 392           // drag to right\r
 393           if (dragRight)\r
 394           {\r
 395             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 396             {\r
 397               insertChar(j, k);\r
 398             }\r
 399           }\r
 400           // drag to left\r
 401           else\r
 402           {\r
 403             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 404             {\r
 405               if (s.getLength() > j)\r
 406               {\r
 407                 deleteChar(res, k);\r
 408               }\r
 409             }\r
 410           }\r
 411         }\r
 412       }\r
 413       else /////Editing a single sequence///////////\r
 414       {\r
 415         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 416         {\r
 417           // dragging to the right\r
 418           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 419           {\r
 420             insertChar(j, startseq);\r
 421           }\r
 422         }\r
 423         else if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 424                  (res < lastres))\r
 425         {\r
 426           // dragging to the left\r
 427           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 428           {\r
 429             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 430                 av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 431                 .getSequence().charAt(res)))\r
 432             {\r
 433               deleteChar(res, startseq);\r
 434             }\r
 435             else\r
 436             {\r
 437               break;\r
 438             }\r
 439           }\r
 440         }\r
 441       }\r
 442     }\r
 443 \r
 444     endEdit = res;\r
 445     lastres = res;\r
 446     repaint();\r
 447   }\r
 448 \r
 449   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 450   {\r
 451     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 452                         seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 453     repaint();\r
 454   }\r
 455 \r
 456   public void insertChar(int j, int seq)\r
 457   {\r
 458     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 459     seqEditOccurred = seq;\r
 460   }\r
 461 \r
 462   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 463   {\r
 464     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 465     seqEditOccurred = seq;\r
 466 \r
 467     av.alignment.getWidth();\r
 468     repaint();\r
 469   }\r
 470 \r
 471   void editOccurred(int i)\r
 472   {\r
 473     if (endEdit == startEdit)\r
 474     {\r
 475       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 476       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 477     }\r
 478 \r
 479     av.updateConservation();\r
 480     av.updateConsensus();\r
 481 \r
 482     // Y O Y CLUSTALX\r
 483     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 484 \r
 485     if (cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 486     {\r
 487       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) cs;\r
 488 \r
 489       if (ccs.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 490       {\r
 491         Conservation c = new Conservation("All",\r
 492                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
 493                                           av.alignment.getSequences(), 0,\r
 494                                           av.alignment.getWidth() - 1);\r
 495         c.calculate();\r
 496         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 497 \r
 498         ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme) ccs.cs;\r
 499         cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 500                           av.alignment.getWidth());\r
 501         ccs = new ConservationColourScheme(c, cxs);\r
 502         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 503       }\r
 504     }\r
 505 \r
 506     if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 507     {\r
 508       ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 509                                                  av.alignment.getWidth());\r
 510       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 511     }\r
 512   }\r
 513 \r
 514   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 515   {\r
 516     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 517     int seq = (evt.getY() / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 518     oldSeq = seq;\r
 519 \r
 520     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 521 \r
 522     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 523     {\r
 524       return;\r
 525     }\r
 526 \r
 527     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 528 \r
 529     if (stretchGroup == null)\r
 530     {\r
 531       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 532 \r
 533       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 534           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 535       {\r
 536         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 537       }\r
 538       else\r
 539       {\r
 540         stretchGroup = null;\r
 541       }\r
 542     }\r
 543     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 544              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 545              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 546     {\r
 547       stretchGroup = null;\r
 548 \r
 549       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 550 \r
 551       if (allGroups != null)\r
 552       {\r
 553         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 554         {\r
 555           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 556               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 557           {\r
 558             stretchGroup = allGroups[i];\r
 559             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 560 \r
 561             break;\r
 562           }\r
 563         }\r
 564       }\r
 565     }\r
 566 \r
 567     if (stretchGroup == null)\r
 568     {\r
 569       // define a new group here\r
 570       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 571       sg.setStartRes(res);\r
 572       sg.setEndRes(res);\r
 573       sg.addSequence(sequence);\r
 574       av.setSelectionGroup(sg);\r
 575       stretchGroup = sg;\r
 576 \r
 577       if (av.getConservationSelected())\r
 578       {\r
 579         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 580                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
 581                                           "Background");\r
 582       }\r
 583 \r
 584       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 585       {\r
 586         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 587                                        "Background");\r
 588       }\r
 589     }\r
 590     else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 591     {\r
 592       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 593       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 594 \r
 595       // edit the properties of existing group\r
 596     }\r
 597 \r
 598     if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 599     {\r
 600       // Edit end res position of selected group\r
 601       changeEndRes = true;\r
 602     }\r
 603     else if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 604     {\r
 605       // Edit end res position of selected group\r
 606       changeStartRes = true;\r
 607     }\r
 608 \r
 609     stretchGroup.getWidth();\r
 610 \r
 611     repaint();\r
 612   }\r
 613 \r
 614   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 615   {\r
 616     mouseDragging = false;\r
 617 \r
 618     if (stretchGroup == null)\r
 619     {\r
 620       return;\r
 621     }\r
 622 \r
 623     if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 624     {\r
 625       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences,\r
 626                                                  av.alignment.getWidth());\r
 627       repaint();\r
 628     }\r
 629     else if (stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 630     {\r
 631       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 632       stretchGroup.cs = ccs;\r
 633       SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 634                                         stretchGroup.getName());\r
 635 \r
 636       repaint();\r
 637     }\r
 638     else\r
 639     {\r
 640       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 641                                      stretchGroup.getName());\r
 642     }\r
 643 \r
 644     changeEndRes = false;\r
 645     changeStartRes = false;\r
 646     stretchGroup = null;\r
 647     ap.idPanel.repaint();\r
 648   }\r
 649 \r
 650   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 651   {\r
 652     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 653     int y = (evt.getY() / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 654 \r
 655     if (stretchGroup == null)\r
 656     {\r
 657       return;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 661     {\r
 662       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 663     }\r
 664 \r
 665     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 666     {\r
 667       // Edit end res position of selected group\r
 668       changeEndRes = true;\r
 669     }\r
 670     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 671     {\r
 672       // Edit start res position of selected group\r
 673       changeStartRes = true;\r
 674     }\r
 675 \r
 676     if (res < av.getStartRes())\r
 677     {\r
 678       res = av.getStartRes();\r
 679     }\r
 680     else if (res > av.getEndRes())\r
 681     {\r
 682       res = av.getEndRes();\r
 683     }\r
 684 \r
 685     if (changeEndRes)\r
 686     {\r
 687       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 688       {\r
 689         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 690       }\r
 691     }\r
 692     else if (changeStartRes)\r
 693     {\r
 694       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 695       {\r
 696         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 697       }\r
 698     }\r
 699 \r
 700     int dragDirection = 0;\r
 701 \r
 702     if (y > oldSeq)\r
 703     {\r
 704       dragDirection = 1;\r
 705     }\r
 706     else if (y < oldSeq)\r
 707     {\r
 708       dragDirection = -1;\r
 709     }\r
 710 \r
 711     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 712     {\r
 713       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 714       // selection is quite slow.\r
 715       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 716 \r
 717       oldSeq += dragDirection;\r
 718 \r
 719       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 720 \r
 721       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 722       {\r
 723         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 724         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 725       }\r
 726       else\r
 727       {\r
 728         if (seq != null)\r
 729         {\r
 730           stretchGroup.addSequence(seq);\r
 731         }\r
 732 \r
 733         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 734       }\r
 735     }\r
 736 \r
 737     oldSeq = y;\r
 738     mouseDragging = true;\r
 739 \r
 740     if (scrollThread != null)\r
 741     {\r
 742       scrollThread.setEvent(evt);\r
 743     }\r
 744 \r
 745     repaint();\r
 746   }\r
 747 \r
 748   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 749   {\r
 750     if (scrollThread != null)\r
 751     {\r
 752       scrollThread.running = false;\r
 753     }\r
 754   }\r
 755 \r
 756   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 757   {\r
 758     if (av.getWrapAlignment())\r
 759     {\r
 760       return;\r
 761     }\r
 762 \r
 763     if (mouseDragging)\r
 764     {\r
 765       scrollThread = new ScrollThread();\r
 766     }\r
 767   }\r
 768 \r
 769   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 770   class ScrollThread\r
 771       extends Thread\r
 772   {\r
 773     MouseEvent evt;\r
 774     boolean running = false;\r
 775 \r
 776     public ScrollThread()\r
 777     {\r
 778       start();\r
 779     }\r
 780 \r
 781     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 782     {\r
 783       evt = e;\r
 784     }\r
 785 \r
 786     public void stopScrolling()\r
 787     {\r
 788       running = false;\r
 789     }\r
 790 \r
 791     public void run()\r
 792     {\r
 793       running = true;\r
 794 \r
 795       while (running)\r
 796       {\r
 797         if (evt != null)\r
 798         {\r
 799           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 800               (av.getStartSeq() > 0))\r
 801           {\r
 802             running = ap.scrollUp(true);\r
 803           }\r
 804 \r
 805           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 806               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 807           {\r
 808             running = ap.scrollUp(false);\r
 809           }\r
 810 \r
 811           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 812           {\r
 813             running = ap.scrollRight(true);\r
 814           }\r
 815           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 816           {\r
 817             running = ap.scrollRight(false);\r
 818           }\r
 819         }\r
 820 \r
 821         try\r
 822         {\r
 823           Thread.sleep(75);\r
 824         }\r
 825         catch (Exception ex)\r
 826         {\r
 827         }\r
 828       }\r
 829     }\r
 830   }\r
 831 }\r