src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import jalview.commands.EditCommand;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41   /** DOCUMENT ME!! */\r
  42   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44   /** DOCUMENT ME!! */\r
  45   public AlignmentPanel ap;\r
  46   protected int lastres;\r
  47   protected int startseq;\r
  48   protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50   ScrollThread scrollThread = null;\r
  51   boolean mouseDragging = false;\r
  52   boolean editingSeqs = false;\r
  53   boolean groupEditing = false;\r
  54 \r
  55   //////////////////////////////////////////\r
  56   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   int oldSeq = -1;\r
  59   boolean changeEndSeq = false;\r
  60   boolean changeStartSeq = false;\r
  61   boolean changeEndRes = false;\r
  62   boolean changeStartRes = false;\r
  63   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  64   boolean remove = false;\r
  65 \r
  66   Point lastMousePress;\r
  67   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  68   StringBuffer keyboardNo1;\r
  69   StringBuffer keyboardNo2;\r
  70 \r
  71   java.net.URL linkImageURL;\r
  72 \r
  73   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  74   String tmpString;\r
  75 \r
  76   EditCommand editCommand;\r
  77 \r
  78   /**\r
  79    * Creates a new SeqPanel object.\r
  80    *\r
  81    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  82    * @param p DOCUMENT ME!\r
  83    */\r
  84   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  85   {\r
  86     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  87     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  88     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  89     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  90     this.av = avp;\r
  91     setBackground(Color.white);\r
  92 \r
  93     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  94     setLayout(new BorderLayout());\r
  95     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  96 \r
  97     ap = p;\r
  98 \r
  99     if (!av.isDataset())\r
 100     {\r
 101       addMouseMotionListener(this);\r
 102       addMouseListener(this);\r
 103       addMouseWheelListener(this);\r
 104     }\r
 105   }\r
 106 \r
 107   int startWrapBlock = -1;\r
 108   int wrappedBlock = -1;\r
 109   int findRes(MouseEvent evt)\r
 110   {\r
 111     int res = 0;\r
 112     int x = evt.getX();\r
 113 \r
 114     if (av.wrapAlignment)\r
 115     {\r
 116 \r
 117       int hgap = av.charHeight;\r
 118       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 119         hgap += av.charHeight;\r
 120 \r
 121       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 122           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 123 \r
 124       int y = evt.getY();\r
 125       y -= hgap;\r
 126       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 127 \r
 128       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129       if (cwidth < 1)\r
 130         return 0;\r
 131 \r
 132       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 133       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 134 \r
 135       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 136 \r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if (av.hasHiddenColumns)\r
 144       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 145 \r
 146     return res;\r
 147 \r
 148   }\r
 149 \r
 150   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 151   {\r
 152     int seq = 0;\r
 153     int y = evt.getY();\r
 154 \r
 155     if (av.wrapAlignment)\r
 156     {\r
 157       int hgap = av.charHeight;\r
 158       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 159         hgap += av.charHeight;\r
 160 \r
 161       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 162           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 163 \r
 164       y -= hgap;\r
 165 \r
 166       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 167                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 172                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 173     }\r
 174 \r
 175     return seq;\r
 176   }\r
 177 \r
 178   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 179   {\r
 180     Vector tmp = new Vector();\r
 181     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 182     if (features != null)\r
 183     {\r
 184       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 185       {\r
 186         if (av.featuresDisplayed == null\r
 187             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 188           continue;\r
 189 \r
 190         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 191             (features[i].getEnd() >= res))\r
 192         {\r
 193           tmp.addElement(features[i]);\r
 194         }\r
 195       }\r
 196     }\r
 197 \r
 198     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 199     for(int i=0; i<tmp.size(); i++)\r
 200     {\r
 201       features[i] = (SequenceFeature)tmp.elementAt(i);\r
 202     }\r
 203 \r
 204     return features;\r
 205   }\r
 206 \r
 207    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 208    {\r
 209      Vector allFeatures = new Vector();\r
 210      int index = 0;\r
 211      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 212      {\r
 213        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 214        {\r
 215          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 216          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 217              sf.getEnd() >= res)\r
 218          {\r
 219            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 220            {\r
 221              allFeatures.addElement(sf);\r
 222            }\r
 223          }\r
 224          index++;\r
 225        }\r
 226      }\r
 227      return allFeatures;\r
 228   }\r
 229 \r
 230    void endEditing()\r
 231    {\r
 232      if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
 233      {\r
 234        ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 235        av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 236                              av.getAlignment().getSequences());\r
 237      }\r
 238 \r
 239      startseq = -1;\r
 240      lastres = -1;\r
 241      editingSeqs = false;\r
 242      groupEditing = false;\r
 243      keyboardNo1 = null;\r
 244      keyboardNo2 = null;\r
 245      editCommand = null;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     void setCursorRow()\r
 249     {\r
 250       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 251       scrollToVisible();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     void setCursorColumn()\r
 255     {\r
 256       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 257       scrollToVisible();\r
 258     }\r
 259 \r
 260     void setCursorRowAndColumn()\r
 261     {\r
 262       if(keyboardNo2==null)\r
 263       {\r
 264         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 265       }\r
 266       else\r
 267       {\r
 268         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 269         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 270         scrollToVisible();\r
 271       }\r
 272     }\r
 273 \r
 274     void setCursorPosition()\r
 275     {\r
 276       SequenceI sequence =\r
 277           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 278 \r
 279       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 280           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 281           );\r
 282       scrollToVisible();\r
 283     }\r
 284 \r
 285     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 286     {\r
 287       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 288       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 289       if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 290       {\r
 291         int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 292         int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 293 \r
 294         while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 295               && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 296               && seqCanvas.cursorX>0)\r
 297         {\r
 298           seqCanvas.cursorX += dx;\r
 299         }\r
 300 \r
 301         if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 302            || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 303         {\r
 304           seqCanvas.cursorX = original;\r
 305         }\r
 306       }\r
 307 \r
 308       scrollToVisible();\r
 309     }\r
 310 \r
 311     void scrollToVisible()\r
 312     {\r
 313       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 314         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 315       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 316         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 317 \r
 318       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 319         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 320       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 321         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 322 \r
 323 \r
 324       endEditing();\r
 325       if(av.wrapAlignment)\r
 326       {\r
 327         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 328       }\r
 329       else\r
 330       {\r
 331         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 332         {\r
 333           ap.scrollUp(true);\r
 334         }\r
 335         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 336         {\r
 337           ap.scrollUp(false);\r
 338         }\r
 339         if (!av.wrapAlignment)\r
 340         {\r
 341           while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 342           {\r
 343             if (!ap.scrollRight(false))\r
 344               break;\r
 345           }\r
 346           while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 347           {\r
 348             if (!ap.scrollRight(true))\r
 349               break;\r
 350           }\r
 351         }\r
 352       }\r
 353       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 354                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 355 \r
 356       seqCanvas.repaint();\r
 357     }\r
 358 \r
 359     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 360     {\r
 361       SequenceI sequence =\r
 362           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 363 \r
 364       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 365       {\r
 366         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 367         //Find the top and bottom of this group\r
 368         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 369         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 370         {\r
 371           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 372           if(index > max)\r
 373             max = index;\r
 374           if(index < min)\r
 375             min = index;\r
 376         }\r
 377 \r
 378         max ++;\r
 379 \r
 380         if(topLeft)\r
 381         {\r
 382           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 383           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 384             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 385 \r
 386           min = seqCanvas.cursorY;\r
 387         }\r
 388         else\r
 389         {\r
 390           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 391           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 392             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 393 \r
 394           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 395         }\r
 396 \r
 397         if(min>max)\r
 398         {\r
 399           // Only the user can do this\r
 400           av.setSelectionGroup(null);\r
 401         }\r
 402         else\r
 403         {\r
 404           // Now add any sequences between min and max\r
 405           sg.getSequences(null).clear();\r
 406           for (int i = min; i < max; i++)\r
 407           {\r
 408             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 409           }\r
 410         }\r
 411       }\r
 412 \r
 413       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 414       {\r
 415         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 416         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 417         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 418         sg.addSequence(sequence, false);\r
 419         av.setSelectionGroup(sg);\r
 420       }\r
 421 \r
 422 \r
 423       ap.repaint();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 427     {\r
 428       groupEditing = group;\r
 429       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 430       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 431       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 432       endEditing();\r
 433     }\r
 434 \r
 435     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 436     {\r
 437       groupEditing = group;\r
 438       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 439       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 440       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 441       endEditing();\r
 442     }\r
 443 \r
 444     void numberPressed(char value)\r
 445     {\r
 446       if(keyboardNo1==null)\r
 447         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 448 \r
 449       if(keyboardNo2!=null)\r
 450         keyboardNo2.append(value);\r
 451       else\r
 452         keyboardNo1.append(value);\r
 453     }\r
 454 \r
 455     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 456     {\r
 457       if(kb==null)\r
 458         return 1;\r
 459       else\r
 460         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 461     }\r
 462 \r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 468      */\r
 469     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 470     {\r
 471       mouseDragging = false;\r
 472       mouseWheelPressed = false;\r
 473 \r
 474       if (!editingSeqs)\r
 475       {\r
 476          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 477          return;\r
 478       }\r
 479 \r
 480        endEditing();\r
 481 \r
 482        ap.repaint();\r
 483     }\r
 484 \r
 485 \r
 486 \r
 487     /**\r
 488      * DOCUMENT ME!\r
 489      *\r
 490      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 491      */\r
 492     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 493     {\r
 494       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 495 \r
 496       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 497       {\r
 498         mouseWheelPressed = true;\r
 499         return;\r
 500       }\r
 501 \r
 502       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 503           evt.isControlDown())\r
 504       {\r
 505         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 506         {\r
 507           groupEditing = true;\r
 508         }\r
 509         editingSeqs = true;\r
 510       }\r
 511       else\r
 512       {\r
 513         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 514         return;\r
 515       }\r
 516 \r
 517       int seq = findSeq(evt);\r
 518       int res = findRes(evt);\r
 519 \r
 520       if(seq<0 || res<0)\r
 521         return;\r
 522 \r
 523         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 524                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 525         {\r
 526             startseq = seq;\r
 527             lastres = res;\r
 528         }\r
 529         else\r
 530         {\r
 531             startseq = -1;\r
 532             lastres = -1;\r
 533         }\r
 534 \r
 535         return;\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 542      */\r
 543     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 544     {\r
 545       if (editingSeqs)\r
 546       {\r
 547        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 548        // If control is down, other platforms will not.\r
 549        mouseDragged(evt);\r
 550       }\r
 551 \r
 552       int res = findRes(evt);\r
 553       int seq = findSeq(evt);\r
 554 \r
 555 \r
 556       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 557             return;\r
 558 \r
 559       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 560 \r
 561       if (res > sequence.getLength())\r
 562       {\r
 563         return;\r
 564       }\r
 565 \r
 566       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 567       {\r
 568         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 569       }\r
 570 \r
 571       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 572 \r
 573 \r
 574 \r
 575       tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 576 \r
 577       SequenceGroup []  groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 578       if(groups!=null)\r
 579       {\r
 580         for(int g=0; g<groups.length; g++)\r
 581         {\r
 582           if(groups[g].getStartRes()<=res && groups[g].getEndRes()>=res)\r
 583           {\r
 584             tooltipText.append(groups[g].getName()+" ");\r
 585             if(groups[g].getDescription()!=null)\r
 586               tooltipText.append(groups[g].getDescription()+"<BR>");\r
 587           }\r
 588         }\r
 589       }\r
 590 \r
 591 \r
 592         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 593         if (av.showSequenceFeatures)\r
 594         {\r
 595           SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 596               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 597 \r
 598           if (features != null)\r
 599           {\r
 600             for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 601             {\r
 602               if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 603               {\r
 604                 if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 605                     || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 606                 {\r
 607                   if (tooltipText.length() > 6)\r
 608                     tooltipText.append("<br>");\r
 609                   tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 610                                      features[i].getEnd());\r
 611                   if (features[i].links != null)\r
 612                     tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 613                 }\r
 614               }\r
 615               else\r
 616               {\r
 617                 if (tooltipText.length() > 6)\r
 618                   tooltipText.append("<br>");\r
 619 \r
 620                 tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 621                                    features[i].begin);\r
 622                 if (features[i].begin != features[i].end)\r
 623                   tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 624 \r
 625                 if (features[i].getDescription() != null\r
 626                     && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 627                 {\r
 628                   tmpString = features[i].getDescription();\r
 629                   int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 630                   if (startTag > -1)\r
 631                   {\r
 632                     tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 633                   }\r
 634                   int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 635                   if (endTag > -1)\r
 636                   {\r
 637                     tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 638                   }\r
 639                   endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 640                   if (endTag > -1)\r
 641                   {\r
 642                     tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 643                   }\r
 644 \r
 645                   if (startTag > -1)\r
 646                   {\r
 647                     tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 648                   }\r
 649                   else\r
 650                   {\r
 651                     if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 652                     {\r
 653                       //The description does not specify html is to\r
 654                       //be used, so we must remove < > symbols\r
 655                       tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 656                       tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 657 \r
 658                       tooltipText.append("; ");\r
 659                       tooltipText.append(tmpString);\r
 660 \r
 661                     }\r
 662                     else\r
 663                       tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 664                   }\r
 665                 }\r
 666                 if (features[i].getValue("status") != null)\r
 667                 {\r
 668                   String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 669                   if (status.length() > 0)\r
 670                     tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 671                 }\r
 672 \r
 673                 if (features[i].links != null)\r
 674                   tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 675 \r
 676               }\r
 677             }\r
 678           }\r
 679         }\r
 680         if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 681         {\r
 682           setToolTipText(null);\r
 683         }\r
 684         else\r
 685         {\r
 686           tooltipText.append("</html>");\r
 687           setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 688         }\r
 689        // else\r
 690         //  setToolTipText(null);\r
 691     }\r
 692 \r
 693     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 694     {\r
 695       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 696                                            sequence.getName());\r
 697 \r
 698       Object obj = null;\r
 699       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 700       {\r
 701         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 702                                                    "");\r
 703         if (obj != null)\r
 704           text.append(" Nucleotide: ");\r
 705       }\r
 706       else\r
 707       {\r
 708         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 709         if (obj != null)\r
 710           text.append("  Residue: ");\r
 711       }\r
 712 \r
 713       if (obj != null)\r
 714       {\r
 715 \r
 716         if (obj != "")\r
 717         {\r
 718           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 719                       ")");\r
 720         }\r
 721       }\r
 722       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 723 \r
 724     }\r
 725 \r
 726     /**\r
 727      * DOCUMENT ME!\r
 728      *\r
 729      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 730      */\r
 731     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 732     {\r
 733       if (mouseWheelPressed)\r
 734       {\r
 735         int oldWidth = av.charWidth;\r
 736 \r
 737         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 738         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 739             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 740         {\r
 741           int fontSize = av.font.getSize();\r
 742 \r
 743           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 744           {\r
 745             fontSize--;\r
 746           }\r
 747           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 748           {\r
 749             fontSize++;\r
 750           }\r
 751 \r
 752           if(fontSize<1)\r
 753             fontSize = 1;\r
 754 \r
 755           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 756           av.charWidth = oldWidth;\r
 757           ap.fontChanged();\r
 758         }\r
 759         else\r
 760         {\r
 761           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 762           {\r
 763             av.charWidth--;\r
 764           }\r
 765           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 766           {\r
 767             av.charWidth++;\r
 768           }\r
 769 \r
 770           ap.repaint();\r
 771         }\r
 772 \r
 773         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 774         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 775 \r
 776         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 777 \r
 778         return;\r
 779       }\r
 780 \r
 781       if (!editingSeqs)\r
 782       {\r
 783         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 784         return;\r
 785       }\r
 786 \r
 787         int res = findRes(evt);\r
 788 \r
 789         if (res < 0)\r
 790         {\r
 791             res = 0;\r
 792         }\r
 793 \r
 794         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 795         {\r
 796             return;\r
 797         }\r
 798 \r
 799         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 800         {\r
 801           // dragLeft, delete gap\r
 802           editSequence(false, res);\r
 803         }\r
 804         else\r
 805           editSequence(true, res);\r
 806 \r
 807         mouseDragging = true;\r
 808         if(scrollThread!=null)\r
 809           scrollThread.setEvent(evt);\r
 810 \r
 811     }\r
 812 \r
 813     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 814     {\r
 815       int fixedLeft = -1;\r
 816       int fixedRight = -1;\r
 817       boolean fixedColumns = false;\r
 818       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 819 \r
 820       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 821 \r
 822       //No group, but the sequence may represent a group\r
 823         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 824         {\r
 825           if (av.hiddenRepSequences!=null\r
 826               && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 827           {\r
 828             sg = (SequenceGroup)av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 829             groupEditing = true;\r
 830           }\r
 831         }\r
 832 \r
 833 \r
 834         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 835         if (groupEditing)\r
 836         {\r
 837           message.append("Edit group:");\r
 838           if (editCommand == null)\r
 839             editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 840         }\r
 841         else\r
 842          {\r
 843            message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 844            String label = seq.getName();\r
 845            if(label.length()>10)\r
 846              label = label.substring(0,10);\r
 847            if(editCommand==null)\r
 848              editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 849          }\r
 850 \r
 851        if(insertGap)\r
 852          message.append(" insert ");\r
 853        else\r
 854          message.append(" delete ");\r
 855 \r
 856        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 857        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 858 \r
 859 \r
 860         //Are we editing within a selection group?\r
 861         if (groupEditing\r
 862             || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 863         {\r
 864           fixedColumns = true;\r
 865 \r
 866           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 867           //but the sequence represents a group\r
 868           if (sg == null)\r
 869           {\r
 870             sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 871           }\r
 872 \r
 873           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 874           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 875 \r
 876           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 877               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 878               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 879               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 880           {\r
 881             endEditing();\r
 882             return;\r
 883           }\r
 884 \r
 885           if (fixedLeft > startres)\r
 886           {\r
 887             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 888             fixedLeft = 0;\r
 889           }\r
 890           else if (fixedRight < startres)\r
 891           {\r
 892             fixedLeft = fixedRight;\r
 893             fixedRight = -1;\r
 894           }\r
 895         }\r
 896 \r
 897 \r
 898         if(av.hasHiddenColumns )\r
 899         {\r
 900             fixedColumns = true;\r
 901             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 902             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 903 \r
 904             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 905                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 906             {\r
 907               endEditing();\r
 908               return;\r
 909             }\r
 910 \r
 911             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 912             //Selection spans a hidden region\r
 913             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 914             {\r
 915               if(startres>=y2)\r
 916               {\r
 917                 fixedLeft = y2;\r
 918               }\r
 919               else\r
 920               {\r
 921                fixedRight = y2 - 1;\r
 922              }\r
 923             }\r
 924         }\r
 925 \r
 926 \r
 927         if (groupEditing)\r
 928         {\r
 929           Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
 930           int g, groupSize = vseqs.size();\r
 931           SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 932           for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 933             groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 934 \r
 935           // drag to right\r
 936           if (insertGap)\r
 937           {\r
 938               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 939               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 940               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 941                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 942                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 943                  )\r
 944               {\r
 945                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 946                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 947               }\r
 948 \r
 949             // Is it valid with fixed columns??\r
 950             // Find the next gap before the end\r
 951             // of the visible region boundary\r
 952             boolean blank = false;\r
 953             for (fixedRight = fixedRight;\r
 954                  fixedRight > lastres;\r
 955                  fixedRight--)\r
 956             {\r
 957               blank = true;\r
 958 \r
 959               for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 960               {\r
 961                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 962                 {\r
 963                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 964                       groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 965                   {\r
 966                     blank = false;\r
 967                     break;\r
 968                   }\r
 969                 }\r
 970               }\r
 971               if (blank)\r
 972                 break;\r
 973             }\r
 974 \r
 975             if (!blank)\r
 976             {\r
 977               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight()  )\r
 978               {\r
 979                 if((av.hasHiddenColumns\r
 980                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 981                 {\r
 982                   endEditing();\r
 983                   return;\r
 984                 }\r
 985 \r
 986                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 987                 if(av.hasHiddenRows)\r
 988                 {\r
 989                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 990                   if(hwidth>alWidth)\r
 991                     alWidth = hwidth;\r
 992                 }\r
 993                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 994                 //contains all the sequences\r
 995                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 996                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 997               }\r
 998               else\r
 999               {\r
1000                 endEditing();\r
1001                 return;\r
1002               }\r
1003             }\r
1004           }\r
1005 \r
1006 \r
1007           // drag to left\r
1008           else if(!insertGap)\r
1009           {\r
1010             /// Are we able to delete?\r
1011             // ie are all columns blank?\r
1012 \r
1013             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1014             {\r
1015               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1016               {\r
1017                 if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1018                 {\r
1019                   continue;\r
1020                 }\r
1021 \r
1022                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1023                     groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1024                 {\r
1025                   // Not a gap, block edit not valid\r
1026                   endEditing();\r
1027                   return;\r
1028                 }\r
1029               }\r
1030             }\r
1031           }\r
1032 \r
1033             if (insertGap)\r
1034             {\r
1035               // dragging to the right\r
1036               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1037               {\r
1038                 for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1039                 {\r
1040                     insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1041                 }\r
1042               }\r
1043               else\r
1044               {\r
1045                 editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1046                                        groupSeqs,\r
1047                                        startres, startres-lastres,\r
1048                                        av.alignment,\r
1049                                        true);\r
1050               }\r
1051             }\r
1052             else\r
1053             {\r
1054               // dragging to the left\r
1055               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1056               {\r
1057                 for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1058                 {\r
1059                   deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1060                 }\r
1061               }\r
1062               else\r
1063                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1064                                        groupSeqs,\r
1065                                        startres, lastres - startres,\r
1066                                        av.alignment,\r
1067                                        true);\r
1068 \r
1069             }\r
1070         }\r
1071         else /////Editing a single sequence///////////\r
1072         {\r
1073           if (insertGap)\r
1074           {\r
1075             // dragging to the right\r
1076             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1077             {\r
1078               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1079               {\r
1080                 insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1081               }\r
1082             }\r
1083             else\r
1084             {\r
1085               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1086                                      new SequenceI[]\r
1087                                      {seq},\r
1088                                      lastres, startres-lastres,\r
1089                                      av.alignment,\r
1090                                      true);\r
1091             }\r
1092           }\r
1093           else\r
1094           {\r
1095             // dragging to the left\r
1096             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1097             {\r
1098               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1099               {\r
1100                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1101                 {\r
1102                   endEditing();\r
1103                   break;\r
1104                 }\r
1105                 deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1106               }\r
1107             }\r
1108             else\r
1109             {\r
1110               //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1111               int max=0;\r
1112               for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1113               {\r
1114                 if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1115                   break;\r
1116                 max++;\r
1117               }\r
1118 \r
1119               if (max>0)\r
1120               {\r
1121                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1122                                        new SequenceI[]\r
1123                                        {seq},\r
1124                                        startres, max,\r
1125                                        av.alignment,\r
1126                                        true);\r
1127               }\r
1128             }\r
1129           }\r
1130         }\r
1131 \r
1132         lastres = startres;\r
1133         seqCanvas.repaint();\r
1134     }\r
1135 \r
1136 \r
1137 \r
1138     void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1139     {\r
1140       int blankColumn = fixedColumn;\r
1141       for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1142       {\r
1143         //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1144         //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1145 \r
1146         for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1147         {\r
1148           if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1149           {\r
1150             //Theres a space, so break and insert the gap\r
1151             break;\r
1152           }\r
1153         }\r
1154 \r
1155         if (blankColumn <= j)\r
1156         {\r
1157           blankColumn = fixedColumn;\r
1158           endEditing();\r
1159           return;\r
1160         }\r
1161       }\r
1162 \r
1163       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1164                              seq,\r
1165                              blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1166 \r
1167       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1168                              seq,\r
1169                              j, 1, av.alignment,\r
1170                              true);\r
1171 \r
1172     }\r
1173 \r
1174     void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1175     {\r
1176 \r
1177       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1178                              seq,\r
1179                              j, 1, av.alignment, true);\r
1180 \r
1181       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1182                              seq,\r
1183                              fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1184     }\r
1185 \r
1186     /**\r
1187      * DOCUMENT ME!\r
1188      *\r
1189      * @param e DOCUMENT ME!\r
1190      */\r
1191     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1192     {\r
1193         if(oldSeq < 0)\r
1194           oldSeq = 0;\r
1195 \r
1196         if (scrollThread != null)\r
1197         {\r
1198             scrollThread.running = false;\r
1199             scrollThread = null;\r
1200         }\r
1201     }\r
1202 \r
1203     /**\r
1204      * DOCUMENT ME!\r
1205      *\r
1206      * @param e DOCUMENT ME!\r
1207      */\r
1208     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1209     {\r
1210         if (av.getWrapAlignment())\r
1211         {\r
1212             return;\r
1213         }\r
1214 \r
1215         if (mouseDragging)\r
1216         {\r
1217             scrollThread = new ScrollThread();\r
1218         }\r
1219     }\r
1220 \r
1221     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1222     {\r
1223       SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt( findSeq(evt) );\r
1224       if(evt.getClickCount()>1)\r
1225       {\r
1226         if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1227             && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1228             - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1229           av.setSelectionGroup(null);\r
1230 \r
1231         SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1232             sequence.getDatasetSequence(),\r
1233             sequence.findPosition( findRes(evt) )\r
1234             );\r
1235 \r
1236         if(features!=null && features.length>0)\r
1237         {\r
1238           SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1239           highlight.addResult(sequence,\r
1240                               features[0].getBegin(),\r
1241                               features[0].getEnd());\r
1242           seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1243         }\r
1244         if(features!=null && features.length>0)\r
1245         {\r
1246           seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1247               new SequenceI[]\r
1248               {sequence}, features, false, ap);\r
1249 \r
1250           seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1251         }\r
1252       }\r
1253     }\r
1254 \r
1255     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1256     {\r
1257       e.consume();\r
1258      /* if (mouseWheelPressed)\r
1259       {\r
1260         Font font = av.getFont();\r
1261         int fontSize = font.getSize();\r
1262         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1263           fontSize++;\r
1264         else if (fontSize > 1)\r
1265           fontSize--;\r
1266 \r
1267 \r
1268 \r
1269         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1270 \r
1271         ap.fontChanged();\r
1272       }\r
1273       else*/\r
1274       {\r
1275         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1276           ap.scrollUp(false);\r
1277         else\r
1278           ap.scrollUp(true);\r
1279       }\r
1280 \r
1281     }\r
1282 \r
1283 \r
1284     /**\r
1285      * DOCUMENT ME!\r
1286      *\r
1287      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1288      */\r
1289     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1290     {\r
1291       int res = findRes(evt);\r
1292       int seq = findSeq(evt);\r
1293       oldSeq = seq;\r
1294 \r
1295       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1296 \r
1297       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1298       {\r
1299           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1300               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1301               "Wrapped view - no edit",\r
1302               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1303           return;\r
1304       }\r
1305 \r
1306       if(seq<0 || res<0)\r
1307             return;\r
1308 \r
1309         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1310 \r
1311         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1312         {\r
1313             return;\r
1314         }\r
1315 \r
1316         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1317 \r
1318         if (stretchGroup == null)\r
1319         {\r
1320             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1321 \r
1322             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1323                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1324             {\r
1325                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1326             }\r
1327             else\r
1328             {\r
1329                 stretchGroup = null;\r
1330             }\r
1331         }\r
1332         else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1333                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1334                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1335         {\r
1336             stretchGroup = null;\r
1337 \r
1338             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1339 \r
1340             if (allGroups != null)\r
1341             {\r
1342                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1343                 {\r
1344                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1345                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1346                     {\r
1347                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1348                         break;\r
1349                     }\r
1350                 }\r
1351             }\r
1352 \r
1353             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1354 \r
1355         }\r
1356 \r
1357 \r
1358         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1359         {\r
1360           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1361                                                   sequence.findPosition(res));\r
1362           Vector links = new Vector();\r
1363             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1364             {\r
1365               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1366               if (sf.links != null)\r
1367               {\r
1368                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1369                 {\r
1370                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1371                 }\r
1372               }\r
1373             }\r
1374 \r
1375             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1376             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1377             return;\r
1378         }\r
1379 \r
1380         if (av.cursorMode)\r
1381         {\r
1382           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1383           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1384           seqCanvas.repaint();\r
1385           return;\r
1386         }\r
1387 \r
1388         if (stretchGroup == null)\r
1389         {\r
1390           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1391 \r
1392           // define a new group here\r
1393           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1394           sg.setStartRes(res);\r
1395           sg.setEndRes(res);\r
1396           sg.addSequence(sequence, false);\r
1397           av.setSelectionGroup(sg);\r
1398           stretchGroup = sg;\r
1399 \r
1400           if (av.getConservationSelected())\r
1401           {\r
1402             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1403                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1404                                               "Background");\r
1405           }\r
1406 \r
1407           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1408           {\r
1409             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1410                                            "Background");\r
1411           }\r
1412           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1413           {\r
1414             // Edit end res position of selected group\r
1415             changeEndRes = true;\r
1416           }\r
1417           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1418                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1419           {\r
1420             // Edit end res position of selected group\r
1421             changeStartRes = true;\r
1422           }\r
1423           stretchGroup.getWidth();\r
1424         }\r
1425 \r
1426         seqCanvas.repaint();\r
1427     }\r
1428 \r
1429     /**\r
1430      * DOCUMENT ME!\r
1431      *\r
1432      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1433      */\r
1434     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1435     {\r
1436         if (stretchGroup == null)\r
1437         {\r
1438             return;\r
1439         }\r
1440 \r
1441 \r
1442         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1443         {\r
1444           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1445           {\r
1446             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1447                 stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1448                 stretchGroup.getWidth());\r
1449           }\r
1450 \r
1451           if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1452               || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1453               || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1454               || stretchGroup.cs.getThreshold()>0)\r
1455             stretchGroup.recalcConservation();\r
1456 \r
1457           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1458           {\r
1459             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1460                                               stretchGroup.getName());\r
1461           }\r
1462           else\r
1463           {\r
1464             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1465                                            stretchGroup.getName());\r
1466           }\r
1467         }\r
1468         changeEndRes = false;\r
1469         changeStartRes = false;\r
1470         stretchGroup = null;\r
1471 \r
1472         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1473     }\r
1474 \r
1475     /**\r
1476      * DOCUMENT ME!\r
1477      *\r
1478      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1479      */\r
1480     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1481     {\r
1482       int res = findRes(evt);\r
1483       int y = findSeq(evt);\r
1484 \r
1485       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1486         return;\r
1487 \r
1488        if (stretchGroup == null)\r
1489        {\r
1490             return;\r
1491        }\r
1492 \r
1493         if(res>= av.alignment.getWidth())\r
1494         {\r
1495           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1496         }\r
1497 \r
1498         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1499         {\r
1500             // Edit end res position of selected group\r
1501             changeEndRes = true;\r
1502         }\r
1503         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1504         {\r
1505             // Edit start res position of selected group\r
1506             changeStartRes = true;\r
1507         }\r
1508 \r
1509         if (res < av.getStartRes())\r
1510         {\r
1511             res = av.getStartRes();\r
1512         }\r
1513 \r
1514         if (changeEndRes)\r
1515         {\r
1516             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1517             {\r
1518                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1519             }\r
1520         }\r
1521         else if (changeStartRes)\r
1522         {\r
1523             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1524             {\r
1525                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1526             }\r
1527         }\r
1528 \r
1529         int dragDirection = 0;\r
1530 \r
1531         if (y > oldSeq)\r
1532         {\r
1533             dragDirection = 1;\r
1534         }\r
1535         else if (y < oldSeq)\r
1536         {\r
1537             dragDirection = -1;\r
1538         }\r
1539 \r
1540 \r
1541         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1542         {\r
1543             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1544             // selection is quite slow.\r
1545             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1546 \r
1547             oldSeq += dragDirection;\r
1548 \r
1549             if(oldSeq<0)\r
1550               break;\r
1551 \r
1552             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1553 \r
1554             if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1555             {\r
1556                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1557             }\r
1558             else\r
1559             {\r
1560                 if (seq != null)\r
1561                 {\r
1562                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1563                 }\r
1564 \r
1565                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1566             }\r
1567         }\r
1568 \r
1569         if(oldSeq < 0)\r
1570           oldSeq = -1;\r
1571 \r
1572         mouseDragging = true;\r
1573 \r
1574         if (scrollThread != null)\r
1575         {\r
1576             scrollThread.setEvent(evt);\r
1577         }\r
1578 \r
1579         seqCanvas.repaint();\r
1580     }\r
1581 \r
1582     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1583     {\r
1584       if(evt==null)\r
1585       {\r
1586         if(scrollThread!=null)\r
1587         {\r
1588           scrollThread.running = false;\r
1589           scrollThread = null;\r
1590         }\r
1591         mouseDragging = false;\r
1592       }\r
1593       else\r
1594       {\r
1595         if (scrollThread == null)\r
1596           scrollThread = new ScrollThread();\r
1597 \r
1598         mouseDragging = true;\r
1599         scrollThread.setEvent(evt);\r
1600       }\r
1601 \r
1602     }\r
1603 \r
1604 \r
1605     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1606     class ScrollThread extends Thread\r
1607     {\r
1608         MouseEvent evt;\r
1609         boolean running = false;\r
1610 \r
1611         public ScrollThread()\r
1612         {\r
1613             start();\r
1614         }\r
1615 \r
1616         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1617         {\r
1618             evt = e;\r
1619         }\r
1620 \r
1621         public void stopScrolling()\r
1622         {\r
1623             running = false;\r
1624         }\r
1625 \r
1626         public void run()\r
1627         {\r
1628             running = true;\r
1629 \r
1630             while (running)\r
1631             {\r
1632                 if (evt != null)\r
1633                 {\r
1634                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1635                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1636                     {\r
1637                         running = ap.scrollUp(true);\r
1638                     }\r
1639 \r
1640                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1641                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1642                     {\r
1643                         running = ap.scrollUp(false);\r
1644                     }\r
1645 \r
1646                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1647                     {\r
1648                         running = ap.scrollRight(false);\r
1649                     }\r
1650                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1651                     {\r
1652                         running = ap.scrollRight(true);\r
1653                     }\r
1654                 }\r
1655 \r
1656                 try\r
1657                 {\r
1658                     Thread.sleep(20);\r
1659                 }\r
1660                 catch (Exception ex)\r
1661                 {\r
1662                 }\r
1663             }\r
1664         }\r
1665     }\r
1666 }\r