src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  51     boolean seqEditOccurred = false;\r
  52     ScrollThread scrollThread = null;\r
  53     boolean mouseDragging = false;\r
  54     boolean editingSeqs = false;\r
  55     boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57     //////////////////////////////////////////\r
  58     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     int oldSeq = -1;\r
  61     boolean changeEndSeq = false;\r
  62     boolean changeStartSeq = false;\r
  63     boolean changeEndRes = false;\r
  64     boolean changeStartRes = false;\r
  65     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66     boolean remove = false;\r
  67 \r
  68     Point lastMousePress;\r
  69     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70     StringBuffer keyboardNo1;\r
  71     StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Creates a new SeqPanel object.\r
  75      *\r
  76      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  77      * @param p DOCUMENT ME!\r
  78      */\r
  79     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  80     {\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  84         this.av = avp;\r
  85         setBackground(Color.white);\r
  86 \r
  87         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  88         setLayout(new BorderLayout());\r
  89         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  90 \r
  91         ap = p;\r
  92 \r
  93         if(!av.isDataset())\r
  94         {\r
  95           addMouseMotionListener(this);\r
  96           addMouseListener(this);\r
  97           addMouseWheelListener(this);\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     int startWrapBlock=-1;\r
 102     int wrappedBlock=-1;\r
 103     int findRes(MouseEvent evt)\r
 104    {\r
 105      int res = 0;\r
 106      int x = evt.getX();\r
 107 \r
 108     if (av.wrapAlignment)\r
 109     {\r
 110 \r
 111       int hgap = av.charHeight;\r
 112       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 113         hgap += av.charHeight;\r
 114 \r
 115       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 116           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 117 \r
 118         int y = evt.getY();\r
 119         y -= hgap;\r
 120         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 121 \r
 122 \r
 123         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 124 \r
 125         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 126         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 127 \r
 128         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 129 \r
 130     }\r
 131     else\r
 132     {\r
 133         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 134     }\r
 135 \r
 136     if(av.hasHiddenColumns)\r
 137           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 138 \r
 139     return res;\r
 140 \r
 141    }\r
 142 \r
 143    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 144    {\r
 145 \r
 146      int seq = 0;\r
 147      int y = evt.getY();\r
 148 \r
 149      if (av.wrapAlignment)\r
 150      {\r
 151        int hgap = av.charHeight;\r
 152        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 153          hgap += av.charHeight;\r
 154 \r
 155        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 156            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 157 \r
 158          y -= hgap;\r
 159 \r
 160        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 161      }\r
 162      else\r
 163      {\r
 164        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 165      }\r
 166 \r
 167      return seq;\r
 168    }\r
 169 \r
 170    void endEditing()\r
 171    {\r
 172      startseq = -1;\r
 173      lastres = -1;\r
 174      seqEditOccurred = false;\r
 175      editingSeqs = false;\r
 176      groupEditing = false;\r
 177      keyboardNo1 = null;\r
 178      keyboardNo2 = null;\r
 179     }\r
 180 \r
 181     void setCursorRow()\r
 182     {\r
 183       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 184       scrollToVisible();\r
 185     }\r
 186 \r
 187     void setCursorColumn()\r
 188     {\r
 189       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 190       scrollToVisible();\r
 191     }\r
 192 \r
 193     void setCursorRowAndColumn()\r
 194     {\r
 195       if(keyboardNo2==null)\r
 196       {\r
 197         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 198       }\r
 199       else\r
 200       {\r
 201         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 202         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 203         scrollToVisible();\r
 204       }\r
 205     }\r
 206 \r
 207     void setCursorPosition()\r
 208     {\r
 209       SequenceI sequence =\r
 210           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 211 \r
 212       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 213           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 214           );\r
 215       scrollToVisible();\r
 216     }\r
 217 \r
 218     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 219     {\r
 220       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 221       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 222       scrollToVisible();\r
 223     }\r
 224 \r
 225     void scrollToVisible()\r
 226     {\r
 227       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 228         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 229       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 230         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 231 \r
 232       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 233         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 234       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 235         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 236 \r
 237 \r
 238       endEditing();\r
 239       if(av.wrapAlignment)\r
 240       {\r
 241         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 242       }\r
 243       else\r
 244       {\r
 245         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 246         {\r
 247           ap.scrollUp(true);\r
 248         }\r
 249         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 250         {\r
 251           ap.scrollUp(false);\r
 252         }\r
 253         if (!av.wrapAlignment)\r
 254         {\r
 255           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 256           {\r
 257             if (!ap.scrollRight(false))\r
 258               break;\r
 259           }\r
 260           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 261           {\r
 262             if (!ap.scrollRight(true))\r
 263               break;\r
 264           }\r
 265         }\r
 266       }\r
 267       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 268                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 269 \r
 270       seqCanvas.repaint();\r
 271     }\r
 272 \r
 273     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 274     {\r
 275       SequenceI sequence =\r
 276           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 277 \r
 278       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 279       {\r
 280         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 281         //Find the top and bottom of this group\r
 282         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 283         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 284         {\r
 285           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 286           if(index > max)\r
 287             max = index;\r
 288           if(index < min)\r
 289             min = index;\r
 290         }\r
 291 \r
 292         max ++;\r
 293 \r
 294         if(topLeft)\r
 295         {\r
 296           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 297           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 298             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 299 \r
 300           min = seqCanvas.cursorY;\r
 301         }\r
 302         else\r
 303         {\r
 304           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 305           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 306             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 307 \r
 308           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 309         }\r
 310 \r
 311         if(min>max)\r
 312         {\r
 313           // Only the user can do this\r
 314           av.setSelectionGroup(null);\r
 315         }\r
 316         else\r
 317         {\r
 318           // Now add any sequences between min and max\r
 319           sg.sequences.clear();\r
 320           for (int i = min; i < max; i++)\r
 321           {\r
 322             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 323           }\r
 324         }\r
 325       }\r
 326 \r
 327       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 328       {\r
 329         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 330         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 331         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 332         sg.addSequence(sequence, false);\r
 333         av.setSelectionGroup(sg);\r
 334       }\r
 335 \r
 336 \r
 337       ap.repaint();\r
 338     }\r
 339 \r
 340     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 341     {\r
 342       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 343                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 344       groupEditing = group;\r
 345       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 346       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 347       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 348       editOccurred();\r
 349     }\r
 350 \r
 351     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 352     {\r
 353       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 354                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 355       groupEditing = group;\r
 356       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 357       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 358       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 359       editOccurred();\r
 360     }\r
 361 \r
 362     void numberPressed(char value)\r
 363     {\r
 364       if(keyboardNo1==null)\r
 365         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 366 \r
 367       if(keyboardNo2!=null)\r
 368         keyboardNo2.append(value);\r
 369       else\r
 370         keyboardNo1.append(value);\r
 371     }\r
 372 \r
 373     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 374     {\r
 375       if(kb==null)\r
 376         return 1;\r
 377       else\r
 378         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 379     }\r
 380 \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * DOCUMENT ME!\r
 384      *\r
 385      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 386      */\r
 387     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 388     {\r
 389       mouseDragging = false;\r
 390       mouseWheelPressed = false;\r
 391 \r
 392       if (!editingSeqs)\r
 393       {\r
 394          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 395          return;\r
 396       }\r
 397 \r
 398        editOccurred();\r
 399 \r
 400        endEditing();\r
 401        ap.repaint();\r
 402     }\r
 403 \r
 404 \r
 405 \r
 406     /**\r
 407      * DOCUMENT ME!\r
 408      *\r
 409      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 410      */\r
 411     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 412     {\r
 413       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 414 \r
 415       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 416       {\r
 417         mouseWheelPressed = true;\r
 418         return;\r
 419       }\r
 420 \r
 421       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 422           evt.isControlDown())\r
 423       {\r
 424         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 425         {\r
 426           groupEditing = true;\r
 427         }\r
 428         editingSeqs = true;\r
 429       }\r
 430       else\r
 431       {\r
 432         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 433         return;\r
 434       }\r
 435 \r
 436 \r
 437 \r
 438       int seq = findSeq(evt);\r
 439       int res = findRes(evt);\r
 440 \r
 441       if(seq<0 || res<0)\r
 442         return;\r
 443 \r
 444       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 445                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 446 \r
 447         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 448                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 449         {\r
 450             startseq = seq;\r
 451             lastres = res;\r
 452         }\r
 453         else\r
 454         {\r
 455             startseq = -1;\r
 456             lastres = -1;\r
 457         }\r
 458 \r
 459         return;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * DOCUMENT ME!\r
 464      *\r
 465      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 466      */\r
 467     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 468     {\r
 469       if (editingSeqs)\r
 470       {\r
 471        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 472        // If control is down, other platforms will not.\r
 473        mouseDragged(evt);\r
 474       }\r
 475 \r
 476       int res = findRes(evt);\r
 477       int seq = findSeq(evt);\r
 478 \r
 479 \r
 480       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 481             return;\r
 482 \r
 483       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 484 \r
 485       if (res > sequence.getLength())\r
 486       {\r
 487         return;\r
 488       }\r
 489 \r
 490       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 491       {\r
 492         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 493       }\r
 494 \r
 495       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 496 \r
 497         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 498         if (av.showSequenceFeatures)\r
 499         {\r
 500             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 501             if(features!=null)\r
 502             {\r
 503               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 504 \r
 505               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 506               {\r
 507 \r
 508                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 509                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 510                 {\r
 511                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 512                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 513                   continue;\r
 514 \r
 515 \r
 516                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 517                   {\r
 518                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 519                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 520                     {\r
 521                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 522                         sbuffer.append("<br>");\r
 523                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 524                                      features[i].getEnd());\r
 525                     }\r
 526                   }\r
 527                   else\r
 528                   {\r
 529                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 530                       sbuffer.append("<br>");\r
 531                     if(features[i].featureGroup!=null)\r
 532                       sbuffer.append(features[i].featureGroup+";");\r
 533 \r
 534                     sbuffer.append(features[i].getType());\r
 535 \r
 536                     if (features[i].getDescription() != null\r
 537                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 538                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 539 \r
 540                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 541                     {\r
 542                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 543                     }\r
 544                   }\r
 545                 }\r
 546 \r
 547               }\r
 548 \r
 549               sbuffer.append("</html>");\r
 550               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 551                 setToolTipText("");\r
 552               else\r
 553                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 554             }\r
 555             else\r
 556               setToolTipText("");\r
 557         }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 561     {\r
 562       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 563                                            sequence.getName());\r
 564 \r
 565       Object obj = null;\r
 566       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 567       {\r
 568         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 569                                                    "");\r
 570         if (obj != null)\r
 571           text.append(" Nucleotide: ");\r
 572       }\r
 573       else\r
 574       {\r
 575         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 576         if (obj != null)\r
 577           text.append("  Residue: ");\r
 578       }\r
 579 \r
 580       if (obj != null)\r
 581       {\r
 582 \r
 583         if (obj != "")\r
 584         {\r
 585           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 586                       ")");\r
 587         }\r
 588       }\r
 589       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 590 \r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      * DOCUMENT ME!\r
 595      *\r
 596      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 597      */\r
 598     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 599     {\r
 600       if (mouseWheelPressed)\r
 601       {\r
 602         int oldWidth = av.charWidth;\r
 603 \r
 604         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 605         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 606             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 607         {\r
 608           int fontSize = av.font.getSize();\r
 609 \r
 610           if (evt.getY() < lastMousePress.getY() && av.charHeight > 1)\r
 611           {\r
 612             fontSize--;\r
 613           }\r
 614           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 615           {\r
 616             fontSize++;\r
 617           }\r
 618 \r
 619           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 620           av.charWidth = oldWidth;\r
 621           ap.fontChanged();\r
 622 \r
 623         }\r
 624         else\r
 625         {\r
 626           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 627           {\r
 628             av.charWidth--;\r
 629           }\r
 630           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 631           {\r
 632             av.charWidth++;\r
 633           }\r
 634 \r
 635           ap.repaint();\r
 636         }\r
 637 \r
 638         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 639 \r
 640         return;\r
 641       }\r
 642 \r
 643       if (!editingSeqs)\r
 644       {\r
 645         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 646         return;\r
 647       }\r
 648 \r
 649         int res = findRes(evt);\r
 650 \r
 651         if (res < 0)\r
 652         {\r
 653             res = 0;\r
 654         }\r
 655 \r
 656         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 657         {\r
 658             return;\r
 659         }\r
 660 \r
 661         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 662         {\r
 663           // dragLeft, delete gap\r
 664           editSequence(false, res);\r
 665         }\r
 666         else\r
 667           editSequence(true, res);\r
 668 \r
 669         mouseDragging = true;\r
 670         if(scrollThread!=null)\r
 671           scrollThread.setEvent(evt);\r
 672 \r
 673     }\r
 674 \r
 675     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 676     {\r
 677       int fixedLeft = -1;\r
 678       int fixedRight = -1;\r
 679       boolean fixedColumns = false;\r
 680       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 681 \r
 682       if(groupEditing && sg==null)\r
 683         return;\r
 684 \r
 685         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 686         {\r
 687           //This needs to check all the sequences in a group edit,m\r
 688           // not just the startseq\r
 689           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 690           {\r
 691             groupEditing = true;\r
 692           }\r
 693         }\r
 694 \r
 695         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 696         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 697         if (groupEditing)\r
 698            message.append("Edit group:");\r
 699         else\r
 700             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 701 \r
 702        if(insertGap)\r
 703          message.append(" insert ");\r
 704        else\r
 705          message.append(" delete ");\r
 706 \r
 707        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 708        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 709 \r
 710 \r
 711         //Are we editing within a selection group?\r
 712         if (groupEditing\r
 713             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 714         {\r
 715           fixedColumns = true;\r
 716 \r
 717           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 718           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 719 \r
 720           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 721               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 722               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 723               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 724           {\r
 725             endEditing();\r
 726             return;\r
 727           }\r
 728 \r
 729           if (fixedLeft > startres)\r
 730           {\r
 731             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 732             fixedLeft = 0;\r
 733           }\r
 734           else if (fixedRight < startres)\r
 735           {\r
 736             fixedLeft = fixedRight;\r
 737             fixedRight = -1;\r
 738           }\r
 739         }\r
 740 \r
 741 \r
 742 \r
 743         if(av.hasHiddenColumns)\r
 744         {\r
 745           fixedColumns = true;\r
 746           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 747           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 748 \r
 749           if(    ( insertGap && startres>y1 && lastres<y1)\r
 750               || (!insertGap && startres<y2 && lastres>y2) )\r
 751           {\r
 752             endEditing();\r
 753             return;\r
 754           }\r
 755 \r
 756           if(fixedRight<y2 && fixedRight==-1 && y2!=startres)\r
 757             fixedRight = y2 -1;\r
 758           if(y1>fixedLeft && fixedLeft==-1)\r
 759             fixedLeft = y1;\r
 760         }\r
 761 \r
 762         if (groupEditing)\r
 763         {\r
 764 \r
 765           /*if (av.hasHiddenRows)\r
 766           {\r
 767             //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 768             if (sg == null)\r
 769             {\r
 770               sg = new SequenceGroup();\r
 771               sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 772             }\r
 773 \r
 774             SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 775 \r
 776             //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 777             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 778             {\r
 779               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 780               tmp.addSequence(seq, false);\r
 781               if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 782               {\r
 783                 for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 784                   tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 785                                   false);\r
 786               }\r
 787             }\r
 788 \r
 789             sg = tmp;\r
 790           }*/\r
 791           // int blankColumn = -1;\r
 792 \r
 793 \r
 794           // drag to right\r
 795           if (insertGap)\r
 796           {\r
 797               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 798               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 799               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 800               {\r
 801                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 802                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 803               }\r
 804 \r
 805             // Is it valid with fixed columns??\r
 806             // Find the next gap before the end\r
 807             // of the visible region boundary\r
 808             boolean blank = false;\r
 809             for (fixedRight = fixedRight;\r
 810                  fixedRight > lastres;\r
 811                  fixedRight--)\r
 812             {\r
 813               blank = true;\r
 814               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 815               {\r
 816                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 817                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 818                 {\r
 819                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 820                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 821                   {\r
 822                     blank = false;\r
 823                     break;\r
 824                   }\r
 825                 }\r
 826               }\r
 827               if (blank)\r
 828                 break;\r
 829             }\r
 830 \r
 831             if (!blank)\r
 832             {\r
 833               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 834               {\r
 835                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 836                 //contains all the sequences\r
 837                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 838                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 839               }\r
 840               else\r
 841               {\r
 842                 endEditing();\r
 843                 return;\r
 844               }\r
 845             }\r
 846           }\r
 847 \r
 848 \r
 849           // drag to left\r
 850           else if(!insertGap)\r
 851           {\r
 852             /// Are we able to delete?\r
 853             // ie are all columns blank?\r
 854 \r
 855             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 856             {\r
 857               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 858 \r
 859               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 860               {\r
 861                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 862                 {\r
 863                   continue;\r
 864                 }\r
 865 \r
 866                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 867                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 868                 {\r
 869                   // Not a gap, block edit not valid\r
 870                   endEditing();\r
 871                   return;\r
 872                 }\r
 873               }\r
 874             }\r
 875           }\r
 876 \r
 877 \r
 878           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 879           {\r
 880             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 881 \r
 882             if (insertGap)\r
 883             {\r
 884               // dragging to the right\r
 885               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 886               {\r
 887                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 888                 {\r
 889                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 890                 }\r
 891                 else\r
 892                   insertChar(j, seq);\r
 893               }\r
 894             }\r
 895             else\r
 896             {\r
 897               // dragging to the left\r
 898               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 899               {\r
 900                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 901                 {\r
 902                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 903                 }\r
 904                 else\r
 905                 {\r
 906                   deleteChar(startres, seq);\r
 907                 }\r
 908               }\r
 909             }\r
 910           }\r
 911         }\r
 912         else /////Editing a single sequence///////////\r
 913         {\r
 914           if (insertGap)\r
 915           {\r
 916             // dragging to the right\r
 917             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 918             {\r
 919               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 920               {\r
 921                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 922                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 923                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 924                 {\r
 925                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 926                   //extend the selection group\r
 927                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 928                   fixedColumns = false;\r
 929                   insertChar(j, seq);\r
 930                 }\r
 931                 else\r
 932                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 933               }\r
 934               else\r
 935                 insertChar(j, seq);\r
 936             }\r
 937           }\r
 938           else\r
 939           {\r
 940             // dragging to the left\r
 941             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 942             {\r
 943               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 944               {\r
 945                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 946               }\r
 947               else\r
 948               {\r
 949                 deleteChar(startres, seq);\r
 950               }\r
 951             }\r
 952           }\r
 953         }\r
 954 \r
 955         lastres = startres;\r
 956         seqCanvas.repaint();\r
 957     }\r
 958 \r
 959 \r
 960     /**\r
 961      * DOCUMENT ME!\r
 962      *\r
 963      * @param j DOCUMENT ME!\r
 964      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 965      */\r
 966     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 967     {\r
 968         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 969         seqEditOccurred = true;\r
 970     }\r
 971 \r
 972     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 973     {\r
 974       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 975       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 976       int blankColumn = fixedColumn;\r
 977       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 978       {\r
 979         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 980         {\r
 981           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 982           break;\r
 983         }\r
 984       }\r
 985 \r
 986       if (blankColumn <= j)\r
 987       {\r
 988         endEditing();\r
 989         return;\r
 990       }\r
 991 \r
 992       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 993       {\r
 994         //Just Checking\r
 995         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 996         return;\r
 997       }\r
 998 \r
 999       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1000       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1001       seqEditOccurred = true;\r
1002     }\r
1003 \r
1004     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1005     {\r
1006       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1007       {\r
1008         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1009             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1010         return;\r
1011       }\r
1012 \r
1013       seq.deleteCharAt(j);\r
1014       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1015       seqEditOccurred = true;\r
1016     }\r
1017 \r
1018     /**\r
1019      * DOCUMENT ME!\r
1020      *\r
1021      * @param j DOCUMENT ME!\r
1022      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1023      */\r
1024     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1025     {\r
1026       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1027       {\r
1028         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1029             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1030         return;\r
1031       }\r
1032 \r
1033         seq.deleteCharAt(j);\r
1034         seqEditOccurred = true;\r
1035         seqCanvas.repaint();\r
1036     }\r
1037     /**\r
1038      * DOCUMENT ME!\r
1039      *\r
1040      * @param e DOCUMENT ME!\r
1041      */\r
1042     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1043     {\r
1044         if(oldSeq < 0)\r
1045           oldSeq = 0;\r
1046 \r
1047         if (scrollThread != null)\r
1048         {\r
1049             scrollThread.running = false;\r
1050             scrollThread = null;\r
1051         }\r
1052     }\r
1053 \r
1054     /**\r
1055      * DOCUMENT ME!\r
1056      *\r
1057      * @param e DOCUMENT ME!\r
1058      */\r
1059     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1060     {\r
1061         if (av.getWrapAlignment())\r
1062         {\r
1063             return;\r
1064         }\r
1065 \r
1066         if (mouseDragging)\r
1067         {\r
1068             scrollThread = new ScrollThread();\r
1069         }\r
1070     }\r
1071 \r
1072     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1073     {}\r
1074 \r
1075     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1076     {\r
1077       e.consume();\r
1078      /* if (mouseWheelPressed)\r
1079       {\r
1080         Font font = av.getFont();\r
1081         int fontSize = font.getSize();\r
1082         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1083           fontSize++;\r
1084         else if (fontSize > 1)\r
1085           fontSize--;\r
1086 \r
1087 \r
1088 \r
1089         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1090 \r
1091         ap.fontChanged();\r
1092       }\r
1093       else*/\r
1094       {\r
1095         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1096           ap.scrollUp(false);\r
1097         else\r
1098           ap.scrollUp(true);\r
1099       }\r
1100 \r
1101     }\r
1102 \r
1103 \r
1104 \r
1105     /**\r
1106      * DOCUMENT ME!\r
1107      *\r
1108      * @param i DOCUMENT ME!\r
1109      */\r
1110     void editOccurred()\r
1111     {\r
1112       if (!seqEditOccurred)\r
1113       {\r
1114         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1115         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1116       }\r
1117 \r
1118       endEditing();\r
1119 \r
1120       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1121 \r
1122     }\r
1123 \r
1124     /**\r
1125      * DOCUMENT ME!\r
1126      *\r
1127      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1128      */\r
1129     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1130     {\r
1131       int res = findRes(evt);\r
1132       int seq = findSeq(evt);\r
1133       oldSeq = seq;\r
1134 \r
1135       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1136 \r
1137       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1138       {\r
1139           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1140               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1141               "Wrapped view - no edit",\r
1142               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1143         return;\r
1144       }\r
1145 \r
1146       if(seq<0 || res<0)\r
1147             return;\r
1148 \r
1149         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1150 \r
1151         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1152         {\r
1153             return;\r
1154         }\r
1155 \r
1156         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1157 \r
1158         if (stretchGroup == null)\r
1159         {\r
1160             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1161 \r
1162             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1163                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1164             {\r
1165                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1166             }\r
1167             else\r
1168             {\r
1169                 stretchGroup = null;\r
1170             }\r
1171         }\r
1172         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
1173                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1174                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1175         {\r
1176             stretchGroup = null;\r
1177 \r
1178             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1179 \r
1180             if (allGroups != null)\r
1181             {\r
1182                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1183                 {\r
1184                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1185                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1186                     {\r
1187                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1188                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1189 \r
1190                         break;\r
1191                     }\r
1192                 }\r
1193             }\r
1194         }\r
1195 \r
1196         if (av.cursorMode)\r
1197         {\r
1198           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1199           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1200           seqCanvas.repaint();\r
1201           return;\r
1202         }\r
1203 \r
1204 \r
1205         if (stretchGroup == null)\r
1206         {\r
1207             // define a new group here\r
1208             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1209             sg.setStartRes(res);\r
1210             sg.setEndRes(res);\r
1211             sg.addSequence(sequence, false);\r
1212             av.setSelectionGroup(sg);\r
1213             stretchGroup = sg;\r
1214 \r
1215             if (av.getConservationSelected())\r
1216             {\r
1217                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1218                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
1219             }\r
1220 \r
1221             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1222             {\r
1223                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1224                     "Background");\r
1225             }\r
1226         }\r
1227         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1228         {\r
1229             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
1230             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1231 \r
1232             // edit the properties of existing group\r
1233         }\r
1234 \r
1235         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1236         {\r
1237             // Edit end res position of selected group\r
1238             changeEndRes = true;\r
1239         }\r
1240         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1241         {\r
1242             // Edit end res position of selected group\r
1243             changeStartRes = true;\r
1244         }\r
1245 \r
1246         stretchGroup.getWidth();\r
1247 \r
1248         seqCanvas.repaint();\r
1249     }\r
1250 \r
1251     /**\r
1252      * DOCUMENT ME!\r
1253      *\r
1254      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1255      */\r
1256     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1257     {\r
1258         if (stretchGroup == null)\r
1259         {\r
1260             return;\r
1261         }\r
1262 \r
1263 \r
1264         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1265         {\r
1266           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1267           {\r
1268             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1269                 sequences,\r
1270                 stretchGroup.getWidth());\r
1271           }\r
1272 \r
1273           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1274           {\r
1275             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1276                                               stretchGroup.getName());\r
1277             stretchGroup.recalcConservation();\r
1278           }\r
1279           else\r
1280           {\r
1281             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1282                                            stretchGroup.getName());\r
1283           }\r
1284         }\r
1285         changeEndRes = false;\r
1286         changeStartRes = false;\r
1287         stretchGroup = null;\r
1288         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1289     }\r
1290 \r
1291     /**\r
1292      * DOCUMENT ME!\r
1293      *\r
1294      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1295      */\r
1296     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1297     {\r
1298       int res = findRes(evt);\r
1299       int y = findSeq(evt);\r
1300 \r
1301       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1302         return;\r
1303 \r
1304        if (stretchGroup == null)\r
1305        {\r
1306             return;\r
1307        }\r
1308 \r
1309 \r
1310         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1311         {\r
1312           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1313         }\r
1314         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1315         {\r
1316           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1317         }\r
1318 \r
1319         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1320         {\r
1321             // Edit end res position of selected group\r
1322             changeEndRes = true;\r
1323         }\r
1324         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1325         {\r
1326             // Edit start res position of selected group\r
1327             changeStartRes = true;\r
1328         }\r
1329 \r
1330         if (res < av.getStartRes())\r
1331         {\r
1332             res = av.getStartRes();\r
1333         }\r
1334 \r
1335         if (changeEndRes)\r
1336         {\r
1337             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1338             {\r
1339                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1340             }\r
1341         }\r
1342         else if (changeStartRes)\r
1343         {\r
1344             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1345             {\r
1346                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1347             }\r
1348         }\r
1349 \r
1350         int dragDirection = 0;\r
1351 \r
1352         if (y > oldSeq)\r
1353         {\r
1354             dragDirection = 1;\r
1355         }\r
1356         else if (y < oldSeq)\r
1357         {\r
1358             dragDirection = -1;\r
1359         }\r
1360 \r
1361 \r
1362         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1363         {\r
1364             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1365             // selection is quite slow.\r
1366             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1367 \r
1368             oldSeq += dragDirection;\r
1369 \r
1370             if(oldSeq<0)\r
1371               break;\r
1372 \r
1373             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1374 \r
1375             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1376             {\r
1377                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1378             }\r
1379             else\r
1380             {\r
1381                 if (seq != null)\r
1382                 {\r
1383                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1384                 }\r
1385 \r
1386                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1387             }\r
1388         }\r
1389 \r
1390         if(oldSeq < 0)\r
1391           oldSeq = -1;\r
1392 \r
1393         mouseDragging = true;\r
1394 \r
1395         if (scrollThread != null)\r
1396         {\r
1397             scrollThread.setEvent(evt);\r
1398         }\r
1399 \r
1400         seqCanvas.repaint();\r
1401     }\r
1402 \r
1403     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1404     {\r
1405       if(evt==null)\r
1406       {\r
1407         if(scrollThread!=null)\r
1408         {\r
1409           scrollThread.running = false;\r
1410           scrollThread = null;\r
1411         }\r
1412         mouseDragging = false;\r
1413       }\r
1414       else\r
1415       {\r
1416         if (scrollThread == null)\r
1417           scrollThread = new ScrollThread();\r
1418 \r
1419         mouseDragging = true;\r
1420         scrollThread.setEvent(evt);\r
1421       }\r
1422 \r
1423     }\r
1424 \r
1425 \r
1426     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1427     class ScrollThread extends Thread\r
1428     {\r
1429         MouseEvent evt;\r
1430         boolean running = false;\r
1431 \r
1432         public ScrollThread()\r
1433         {\r
1434             start();\r
1435         }\r
1436 \r
1437         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1438         {\r
1439             evt = e;\r
1440         }\r
1441 \r
1442         public void stopScrolling()\r
1443         {\r
1444             running = false;\r
1445         }\r
1446 \r
1447         public void run()\r
1448         {\r
1449             running = true;\r
1450 \r
1451             while (running)\r
1452             {\r
1453                 if (evt != null)\r
1454                 {\r
1455                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1456                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1457                     {\r
1458                         running = ap.scrollUp(true);\r
1459                     }\r
1460 \r
1461                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1462                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1463                     {\r
1464                         running = ap.scrollUp(false);\r
1465                     }\r
1466 \r
1467                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1468                     {\r
1469                         running = ap.scrollRight(false);\r
1470                     }\r
1471                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1472                     {\r
1473                         running = ap.scrollRight(true);\r
1474                     }\r
1475                 }\r
1476 \r
1477                 try\r
1478                 {\r
1479                     Thread.sleep(20);\r
1480                 }\r
1481                 catch (Exception ex)\r
1482                 {\r
1483                 }\r
1484             }\r
1485         }\r
1486     }\r
1487 }\r