src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   ScrollThread scrollThread = null;\r
  31   boolean mouseDragging = false;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72       }\r
  73       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if(av.getWrapAlignment())\r
  76          return;\r
  77         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  78           doMousePressed(evt);\r
  79         else\r
  80           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  81       }\r
  82       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  83       {\r
  84         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  85                   evt.isControlDown())\r
  86                 return;\r
  87               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  88 \r
  89       }\r
  90       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  93             evt.isControlDown())\r
  94           return;\r
  95         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  96       }\r
  97 \r
  98     });\r
  99     repaint();\r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 104 \r
 105     int x = evt.getX();\r
 106     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 107 \r
 108     endres = res;\r
 109 \r
 110     startseq = -1;\r
 111     startres = -1;\r
 112     lastres  = -1;\r
 113     if(seqEditOccurred>-1)\r
 114       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 115 \r
 116     seqEditOccurred = -1;\r
 117 \r
 118     ap.RefreshPanels();\r
 119     repaint();\r
 120 \r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 124     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 125     int seq;\r
 126     int res;\r
 127 \r
 128     int x = evt.getX();\r
 129     int y = evt.getY();\r
 130 \r
 131     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 132     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 133 \r
 134     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 135         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 136     {\r
 137       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 138       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 139       // in the alignment\r
 140 \r
 141       startseq = seq;\r
 142 \r
 143       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 144         padseq = 1;\r
 145       else\r
 146         padseq = 1;\r
 147 \r
 148       startres = res;\r
 149       lastres = res;\r
 150 \r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       startseq = -1;\r
 155       startres = -1;\r
 156       lastres = -1;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 163   {\r
 164     int res=0, seq=0;\r
 165     int x = evt.getX();\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167     if(av.wrapAlignment)\r
 168     {\r
 169       y -= 2*av.charHeight;\r
 170       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 171 \r
 172 \r
 173       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 174 \r
 175       y %= chunkHeight;\r
 176       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 177 \r
 178     }\r
 179     else\r
 180     {\r
 181       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 182       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 183     }\r
 184 \r
 185 \r
 186     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 187       return;\r
 188 \r
 189     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 190     if(res>sequence.getLength())\r
 191       return;\r
 192 \r
 193     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 194     String aa = "";\r
 195     if(obj!=null)\r
 196          aa = obj.toString();\r
 197 \r
 198     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 199     if(aa!="")\r
 200       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 201 \r
 202     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 203 \r
 204     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 205     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 206     {\r
 207       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 208       Enumeration e = features.elements();\r
 209       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 210 \r
 211 \r
 212       while (e.hasMoreElements())\r
 213       {\r
 214         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 215         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 216             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 217         {\r
 218           if(sbuffer.length()>0)\r
 219             sbuffer.append("; ");\r
 220           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 221           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 222             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 223         }\r
 224 \r
 225       }\r
 226 \r
 227       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 228       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 229     }\r
 230 \r
 231 \r
 232   }\r
 233 \r
 234   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 235     // If we're dragging we're editing\r
 236 \r
 237     if(lastres==-1)\r
 238       return;\r
 239 \r
 240     int x = evt.getX();\r
 241 \r
 242     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 243     if (res < 0)\r
 244       res = 0;\r
 245 \r
 246     if (res != lastres)\r
 247     {\r
 248         // Group editing\r
 249         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 250         {\r
 251           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 252           if(sg==null)\r
 253             av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 254           if (sg != null)\r
 255           {\r
 256             boolean deleteAllowed = false;\r
 257             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 258             {\r
 259               /// Are we able to delete?\r
 260               boolean allGaps = true;\r
 261               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 262               {\r
 263                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 264                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 265                 {\r
 266                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 267                     {\r
 268                       res = j + 1;\r
 269                       allGaps = false;\r
 270                     }\r
 271                 }\r
 272 \r
 273                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 274                   deleteAllowed = true;\r
 275               }\r
 276             }\r
 277 \r
 278             // drag to right\r
 279             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 280                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 281 \r
 282             // drag to left\r
 283             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 284                      res < lastres)\r
 285                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 286 \r
 287 \r
 288 \r
 289 \r
 290             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 291             {\r
 292               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 293               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 294 \r
 295               // drag to right\r
 296               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 297                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 298                   insertChar(j, k);\r
 299 \r
 300               // drag to left\r
 301               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 302               {\r
 303                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 304                 {\r
 305                   deleteChar(j, k);\r
 306                   startres = res;\r
 307                 }\r
 308               }\r
 309             }\r
 310           }\r
 311         }\r
 312         else /////Editing a single sequence///////////\r
 313         {\r
 314           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 315           {\r
 316             // dragging to the right\r
 317             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 318               insertChar(j, startseq);\r
 319           }\r
 320           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 321           {\r
 322             // dragging to the left\r
 323             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 324             {\r
 325               deleteChar(j, startseq);\r
 326               startres = res;\r
 327             }\r
 328           }\r
 329 \r
 330         }\r
 331 \r
 332     }\r
 333 \r
 334     lastres = res;\r
 335     repaint();\r
 336   }\r
 337 \r
 338   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 339     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 340     repaint();\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public void insertChar(int j, int seq)\r
 344   {\r
 345     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 346     seqEditOccurred=seq;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 350   {\r
 351 \r
 352     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 353         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 354 \r
 355     av.alignment.getWidth();\r
 356     repaint();\r
 357     seqEditOccurred=seq;\r
 358   }\r
 359 \r
 360 \r
 361   void updateConservation(int i)\r
 362   {\r
 363     av.updateConservation();\r
 364     av.updateConsensus();\r
 365   }\r
 366 \r
 367 //////////////////////////////////////////\r
 368 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 369 //////////////////////////////////////////\r
 370   int oldSeq = -1;\r
 371   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 372   {\r
 373     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 374     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 375     oldSeq = seq;\r
 376 \r
 377     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 378 \r
 379     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 380       return;\r
 381 \r
 382     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 383 \r
 384     if(stretchGroup == null)\r
 385      {\r
 386        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 387        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 388          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 389        else\r
 390          stretchGroup = null;\r
 391      }\r
 392 \r
 393     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 394             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 395             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 396      {\r
 397        stretchGroup = null;\r
 398 \r
 399        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 400 \r
 401        if (allGroups != null)\r
 402          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 403            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 404                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 405            {\r
 406              stretchGroup = allGroups[i];\r
 407              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 408              break;\r
 409            }\r
 410      }\r
 411 \r
 412     if(stretchGroup==null)\r
 413     {\r
 414       // define a new group here\r
 415       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 416       sg.setStartRes(res);\r
 417       sg.setEndRes(res);\r
 418       sg.addSequence( sequence );\r
 419       av.setSelectionGroup( sg );\r
 420       stretchGroup = sg;\r
 421 \r
 422       if(av.getConservationSelected())\r
 423         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 424       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 425         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 426 \r
 427     }\r
 428     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 429     {\r
 430         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 431         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 432 \r
 433     // edit the properties of existing group\r
 434     }\r
 435 \r
 436     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 437       // Edit end res position of selected group\r
 438       changeEndRes = true;\r
 439 \r
 440    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 441       // Edit end res position of selected group\r
 442       changeStartRes = true;\r
 443 \r
 444 \r
 445     repaint();\r
 446 \r
 447   }\r
 448 \r
 449   boolean changeEndSeq = false;\r
 450   boolean changeStartSeq = false;\r
 451   boolean changeEndRes = false;\r
 452   boolean changeStartRes = false;\r
 453   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 454 \r
 455   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 456   {\r
 457     mouseDragging = false;\r
 458 \r
 459     if(stretchGroup==null)\r
 460       return;\r
 461 \r
 462     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 463     {\r
 464       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 465       repaint();\r
 466     }\r
 467 \r
 468     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 469     {\r
 470        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 471        stretchGroup.cs = ccs;\r
 472        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 473 \r
 474        repaint();\r
 475     }\r
 476     else\r
 477     {\r
 478       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 479       {\r
 480         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 481         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 482       }\r
 483 \r
 484     }\r
 485 \r
 486 \r
 487     changeEndRes = false;\r
 488     changeStartRes = false;\r
 489     stretchGroup = null;\r
 490     ap.idPanel.repaint();\r
 491   }\r
 492 \r
 493 \r
 494   boolean remove = false;\r
 495   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 496   {\r
 497     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 498     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 499 \r
 500     if(stretchGroup==null)\r
 501       return;\r
 502 \r
 503     if(res>av.alignment.getWidth()-2)\r
 504       res = av.alignment.getWidth()-2;\r
 505 \r
 506 \r
 507     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 508       // Edit end res position of selected group\r
 509       changeEndRes = true;\r
 510 \r
 511     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 512       // Edit start res position of selected group\r
 513       changeStartRes = true;\r
 514 \r
 515 \r
 516     if(res<av.getStartRes())\r
 517       res = av.getStartRes();\r
 518     else if(res>av.getEndRes())\r
 519       res = av.getEndRes();\r
 520 \r
 521     if(changeEndRes)\r
 522     {\r
 523       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 524         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 525     }\r
 526     else if(changeStartRes)\r
 527     {\r
 528       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 529         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 530     }\r
 531 \r
 532     int dragDirection = 0;\r
 533     if (y > oldSeq)\r
 534       dragDirection = 1;\r
 535     else if (y < oldSeq)\r
 536       dragDirection = -1;\r
 537 \r
 538     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 539     {\r
 540       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 541       // selection is quite slow.\r
 542       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 543 \r
 544       oldSeq += dragDirection;\r
 545       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 546 \r
 547       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 548       {\r
 549         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 550         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 551       }\r
 552       else\r
 553       {\r
 554        if(seq!=null)\r
 555         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 556         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 557       }\r
 558     }\r
 559     oldSeq = y;\r
 560     mouseDragging = true;\r
 561     if(scrollThread!=null)\r
 562       scrollThread.setEvent(evt);\r
 563 \r
 564     repaint();\r
 565   }\r
 566 \r
 567   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 568   {\r
 569     if (scrollThread != null)\r
 570       scrollThread.running = false;\r
 571   }\r
 572 \r
 573   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 574   {\r
 575     if (av.getWrapAlignment())\r
 576       return;\r
 577 \r
 578     if(mouseDragging)\r
 579       scrollThread = new ScrollThread();\r
 580 \r
 581   }\r
 582   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 583   class ScrollThread extends Thread\r
 584   {\r
 585     MouseEvent evt;\r
 586     boolean running = false;\r
 587     public ScrollThread()\r
 588     {\r
 589       start();\r
 590     }\r
 591 \r
 592     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 593     {\r
 594       evt = e;\r
 595     }\r
 596 \r
 597     public void stopScrolling()\r
 598     {\r
 599       running = false;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     public void run()\r
 603     {\r
 604       running = true;\r
 605       while (running)\r
 606       {\r
 607         if(evt!=null)\r
 608         {\r
 609 \r
 610           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 611             running = ap.scrollUp(true);\r
 612 \r
 613           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 614               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 615             running = ap.scrollUp(false);\r
 616 \r
 617           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 618             running = ap.scrollRight(true);\r
 619 \r
 620           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 621             running = ap.scrollRight(false);\r
 622         }\r
 623 \r
 624         try\r
 625         {\r
 626           Thread.sleep(75);\r
 627         }\r
 628         catch (Exception ex)\r
 629         {}\r
 630       }\r
 631     }\r
 632 }\r
 633 \r
 634 \r
 635 \r
 636 }\r
 637 \r
 638 \r
 639 \r
 640 \r