src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   ScrollThread scrollThread = null;\r
  31   boolean mouseDragging = false;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72       }\r
  73       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if(av.getWrapAlignment())\r
  76          return;\r
  77         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  78           doMousePressed(evt);\r
  79         else\r
  80           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  81       }\r
  82       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  83       {\r
  84         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  85                   evt.isControlDown())\r
  86                 return;\r
  87               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  88 \r
  89       }\r
  90       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  93             evt.isControlDown())\r
  94           return;\r
  95         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  96       }\r
  97 \r
  98     });\r
  99     repaint();\r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 104 \r
 105     int x = evt.getX();\r
 106     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 107 \r
 108     endres = res;\r
 109 \r
 110     startseq = -1;\r
 111     startres = -1;\r
 112     lastres  = -1;\r
 113     if(seqEditOccurred>-1)\r
 114       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 115 \r
 116     seqEditOccurred = -1;\r
 117 \r
 118     ap.RefreshPanels();\r
 119     repaint();\r
 120 \r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 124     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 125     int seq;\r
 126     int res;\r
 127 \r
 128     int x = evt.getX();\r
 129     int y = evt.getY();\r
 130 \r
 131     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 132     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 133 \r
 134     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 135         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 136     {\r
 137       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 138       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 139       // in the alignment\r
 140 \r
 141       startseq = seq;\r
 142 \r
 143       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 144         padseq = 1;\r
 145       else\r
 146         padseq = 1;\r
 147 \r
 148       startres = res;\r
 149       lastres = res;\r
 150 \r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       startseq = -1;\r
 155       startres = -1;\r
 156       lastres = -1;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 163   {\r
 164     int res=0, seq=0;\r
 165     int x = evt.getX();\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167     if(av.wrapAlignment)\r
 168     {\r
 169       y -= 2*av.charHeight;\r
 170       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 171 \r
 172 \r
 173       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 174 \r
 175       y %= chunkHeight;\r
 176       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 177 \r
 178       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 179       //  startx += chunkWidth;\r
 180     }\r
 181     else\r
 182     {\r
 183       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 184       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 185     }\r
 186 \r
 187 \r
 188     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 189       return;\r
 190 \r
 191     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 192     if(res>sequence.getLength())\r
 193       return;\r
 194 \r
 195     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 196     String aa = "";\r
 197     if(obj!=null)\r
 198          aa = obj.toString();\r
 199 \r
 200     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 201     if(aa!="")\r
 202       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 203 \r
 204     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 205 \r
 206     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 207     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 208     {\r
 209       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 210       Enumeration e = features.elements();\r
 211       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 212 \r
 213 \r
 214       while (e.hasMoreElements())\r
 215       {\r
 216         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 217         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 218             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 219         {\r
 220           if(sbuffer.length()>0)\r
 221             sbuffer.append("; ");\r
 222           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 223           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 224             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 225         }\r
 226 \r
 227       }\r
 228 \r
 229       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 230       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 231     }\r
 232 \r
 233 \r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 237     // If we're dragging we're editing\r
 238 \r
 239     if(lastres==-1)\r
 240       return;\r
 241 \r
 242     int x = evt.getX();\r
 243 \r
 244     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 245     if (res < 0)\r
 246       res = 0;\r
 247 \r
 248     if (res != lastres)\r
 249     {\r
 250         // Group editing\r
 251         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 252         {\r
 253           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 254           if (sg != null)\r
 255           {\r
 256             boolean deleteAllowed = false;\r
 257             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 258             {\r
 259               /// Are we able to delete?\r
 260               boolean allGaps = true;\r
 261               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 262               {\r
 263                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 264                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 265                 {\r
 266                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 267                     {\r
 268                       res = j + 1;\r
 269                       allGaps = false;\r
 270                     }\r
 271                 }\r
 272 \r
 273                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 274                   deleteAllowed = true;\r
 275               }\r
 276             }\r
 277 \r
 278             // drag to right\r
 279             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 280                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 281 \r
 282             // drag to left\r
 283             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 284                      res < lastres)\r
 285                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 286 \r
 287 \r
 288 \r
 289 \r
 290             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 291             {\r
 292               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 293               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 294 \r
 295               // drag to right\r
 296               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 297                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 298                   insertChar(j, k);\r
 299 \r
 300               // drag to left\r
 301               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 302               {\r
 303                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 304                 {\r
 305                   deleteChar(j, k);\r
 306                   startres = res;\r
 307                 }\r
 308               }\r
 309             }\r
 310           }\r
 311         }\r
 312         else /////Editing a single sequence///////////\r
 313         {\r
 314           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 315           {\r
 316             // dragging to the right\r
 317             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 318               insertChar(j, startseq);\r
 319           }\r
 320           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 321           {\r
 322             // dragging to the left\r
 323             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 324             {\r
 325               deleteChar(j, startseq);\r
 326               startres = res;\r
 327             }\r
 328           }\r
 329 \r
 330         }\r
 331 \r
 332     }\r
 333 \r
 334     lastres = res;\r
 335     repaint();\r
 336   }\r
 337 \r
 338   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 339     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 340     repaint();\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public void insertChar(int j, int seq)\r
 344   {\r
 345     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 346     seqEditOccurred=seq;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 350   {\r
 351 \r
 352     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 353         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 354 \r
 355     av.alignment.getWidth();\r
 356     repaint();\r
 357     seqEditOccurred=seq;\r
 358   }\r
 359 \r
 360 \r
 361   void updateConservation(int i)\r
 362   {\r
 363   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 364     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 365     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 366       return;\r
 367 \r
 368     Conservation c = sg.getConservation();\r
 369 \r
 370     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 371                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 372                          al.getWidth());\r
 373     c.calculate();\r
 374     c.verdict(false, 100);\r
 375     sg.setConservation(c);\r
 376     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 377     ccs.conserve = c;*/\r
 378   }\r
 379 \r
 380 //////////////////////////////////////////\r
 381 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 382 //////////////////////////////////////////\r
 383   int oldSeq = -1;\r
 384   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 385   {\r
 386     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 387     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 388     oldSeq = seq;\r
 389 \r
 390     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 391 \r
 392     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 393       return;\r
 394 \r
 395     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 396 \r
 397     if(stretchGroup == null)\r
 398      {\r
 399        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 400        av.setSelectionGroup( stretchGroup );\r
 401      }\r
 402 \r
 403     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 404             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 405             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 406      {\r
 407        stretchGroup = null;\r
 408 \r
 409        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 410 \r
 411        if (allGroups != null)\r
 412          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 413            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 414                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 415            {\r
 416              stretchGroup = allGroups[i];\r
 417              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 418              break;\r
 419            }\r
 420      }\r
 421 \r
 422     if(stretchGroup==null)\r
 423     {\r
 424       // define a new group here\r
 425       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 426       sg.setStartRes(res);\r
 427       sg.setEndRes(res);\r
 428       sg.addSequence( sequence );\r
 429       av.setSelectionGroup( sg );\r
 430       stretchGroup = sg;\r
 431 \r
 432       if(av.getConservationSelected())\r
 433         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 434       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 435       {\r
 436         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 437         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 438         if (threshold > 0)\r
 439           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 440       }\r
 441 \r
 442     }\r
 443     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 444     {\r
 445         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 446         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 447 \r
 448     // edit the properties of existing group\r
 449     }\r
 450 \r
 451     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 452       // Edit end res position of selected group\r
 453       changeEndRes = true;\r
 454 \r
 455    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 456       // Edit end res position of selected group\r
 457       changeStartRes = true;\r
 458 \r
 459 \r
 460     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 461     repaint();\r
 462 \r
 463   }\r
 464 \r
 465   boolean changeEndSeq = false;\r
 466   boolean changeStartSeq = false;\r
 467   boolean changeEndRes = false;\r
 468   boolean changeStartRes = false;\r
 469   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 470 \r
 471   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 472   {\r
 473     mouseDragging = false;\r
 474 \r
 475     if(stretchGroup==null)\r
 476       return;\r
 477 \r
 478     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 479     {\r
 480       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 481       seqCanvas.paintFlag = true;\r
 482       repaint();\r
 483     }\r
 484 \r
 485     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 486     {\r
 487       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 488 \r
 489       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 490                                         ResidueProperties.propHash, 3, stretchGroup.sequences, 0,\r
 491                                         av.alignment.getWidth() );\r
 492 \r
 493        c.calculate();\r
 494        c.verdict(false, 100);\r
 495        ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 496 \r
 497        stretchGroup.cs = ccs;\r
 498 \r
 499 \r
 500        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 501 \r
 502        seqCanvas.paintFlag = true;\r
 503        repaint();\r
 504     }\r
 505     else\r
 506     {\r
 507       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 508       {\r
 509         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 510         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 511         if(threshold>0)\r
 512           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 513       }\r
 514 \r
 515     }\r
 516 \r
 517 \r
 518     changeEndRes = false;\r
 519     changeStartRes = false;\r
 520     stretchGroup = null;\r
 521     ap.idPanel.repaint();\r
 522   }\r
 523 \r
 524 \r
 525   boolean remove = false;\r
 526   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 527   {\r
 528     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 529     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 530 \r
 531     if(stretchGroup==null)\r
 532       return;\r
 533 \r
 534     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 535       // Edit end res position of selected group\r
 536       changeEndRes = true;\r
 537 \r
 538     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 539       // Edit start res position of selected group\r
 540       changeStartRes = true;\r
 541 \r
 542 \r
 543     if(res<av.getStartRes())\r
 544       res = av.getStartRes();\r
 545     else if(res>av.getEndRes())\r
 546       res = av.getEndRes();\r
 547 \r
 548     if(changeEndRes)\r
 549     {\r
 550       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 551         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 552     }\r
 553     else if(changeStartRes)\r
 554     {\r
 555       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 556         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 557     }\r
 558 \r
 559     int dragDirection = 0;\r
 560     if (y > oldSeq)\r
 561       dragDirection = 1;\r
 562     else if (y < oldSeq)\r
 563       dragDirection = -1;\r
 564 \r
 565     while (y != oldSeq && oldSeq>0)\r
 566     {\r
 567       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 568       // selection is quite slow.\r
 569       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 570 \r
 571       oldSeq += dragDirection;\r
 572       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 573 \r
 574       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 575       {\r
 576         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 577         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 578       }\r
 579       else\r
 580       {\r
 581         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 582         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 583       }\r
 584     }\r
 585     oldSeq = y;\r
 586     mouseDragging = true;\r
 587     if(scrollThread!=null)\r
 588       scrollThread.setEvent(evt);\r
 589 \r
 590     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 591     repaint();\r
 592   }\r
 593 \r
 594   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 595   {\r
 596     if (scrollThread != null)\r
 597       scrollThread.running = false;\r
 598   }\r
 599 \r
 600   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 601   {\r
 602     if (av.getWrapAlignment())\r
 603       return;\r
 604 \r
 605     if(mouseDragging)\r
 606       scrollThread = new ScrollThread();\r
 607 \r
 608   }\r
 609   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 610   class ScrollThread extends Thread\r
 611   {\r
 612     MouseEvent evt;\r
 613     boolean running = false;\r
 614     public ScrollThread()\r
 615     {\r
 616       start();\r
 617     }\r
 618 \r
 619     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 620     {\r
 621       evt = e;\r
 622     }\r
 623 \r
 624     public void stopScrolling()\r
 625     {\r
 626       running = false;\r
 627     }\r
 628 \r
 629     public void run()\r
 630     {\r
 631       running = true;\r
 632       while (running)\r
 633       {\r
 634         if(evt!=null)\r
 635         {\r
 636 \r
 637           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 638             running = ap.scrollUp(true);\r
 639 \r
 640           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 641               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 642             running = ap.scrollUp(false);\r
 643 \r
 644           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 645             running = ap.scrollRight(true);\r
 646 \r
 647           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 648             running = ap.scrollRight(false);\r
 649         }\r
 650 \r
 651         ap.repaint();\r
 652         try\r
 653         {\r
 654           Thread.sleep(75);\r
 655         }\r
 656         catch (Exception ex)\r
 657         {}\r
 658       }\r
 659     }\r
 660 }\r
 661 \r
 662 \r
 663 \r
 664 }\r
 665 \r
 666 \r
 667 \r
 668 \r