src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  51     boolean seqEditOccurred = false;\r
  52     ScrollThread scrollThread = null;\r
  53     boolean mouseDragging = false;\r
  54     boolean editingSeqs = false;\r
  55     boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57     //////////////////////////////////////////\r
  58     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     int oldSeq = -1;\r
  61     boolean changeEndSeq = false;\r
  62     boolean changeStartSeq = false;\r
  63     boolean changeEndRes = false;\r
  64     boolean changeStartRes = false;\r
  65     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66     boolean remove = false;\r
  67 \r
  68     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * Creates a new SeqPanel object.\r
  72      *\r
  73      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  74      * @param p DOCUMENT ME!\r
  75      */\r
  76     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  77     {\r
  78         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  79         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  81         this.av = avp;\r
  82         setBackground(Color.white);\r
  83 \r
  84         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  85         setLayout(new BorderLayout());\r
  86         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88         ap = p;\r
  89 \r
  90         if(!av.isDataset())\r
  91         {\r
  92           addMouseMotionListener(this);\r
  93           addMouseListener(this);\r
  94           addMouseWheelListener(this);\r
  95         }\r
  96     }\r
  97 \r
  98     int startWrapBlock=-1;\r
  99     int wrappedBlock=-1;\r
 100     int findRes(MouseEvent evt)\r
 101    {\r
 102      int res = 0;\r
 103      int x = evt.getX();\r
 104 \r
 105     if (av.wrapAlignment)\r
 106     {\r
 107 \r
 108       int hgap = av.charHeight;\r
 109       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 110         hgap += av.charHeight;\r
 111 \r
 112       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 113           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 114 \r
 115         int y = evt.getY();\r
 116         y -= hgap;\r
 117         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 118 \r
 119 \r
 120         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 121 \r
 122         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 123         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 124 \r
 125         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 126 \r
 127     }\r
 128     else\r
 129     {\r
 130         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 131     }\r
 132 \r
 133     if(av.hasHiddenColumns)\r
 134           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 135 \r
 136     return res;\r
 137 \r
 138    }\r
 139 \r
 140    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 141    {\r
 142 \r
 143      int seq = 0;\r
 144      int y = evt.getY();\r
 145 \r
 146      if (av.wrapAlignment)\r
 147      {\r
 148        int hgap = av.charHeight;\r
 149        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 150          hgap += av.charHeight;\r
 151 \r
 152        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 153            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 154 \r
 155          y -= hgap;\r
 156 \r
 157        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 158      }\r
 159      else\r
 160      {\r
 161        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 162      }\r
 163 \r
 164      return seq;\r
 165    }\r
 166 \r
 167    void endEditing()\r
 168    {\r
 169      startseq = -1;\r
 170      lastres = -1;\r
 171      seqEditOccurred = false;\r
 172      editingSeqs = false;\r
 173      groupEditing = false;\r
 174      keyboardGaps = null;\r
 175     }\r
 176 \r
 177 \r
 178     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 179     {\r
 180       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 181       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 182 \r
 183       if(seqCanvas.cursorX<0)\r
 184         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 185       else if(seqCanvas.cursorX>av.alignment.getWidth()-1)\r
 186         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth()-1;\r
 187       if(seqCanvas.cursorX<av.startRes)\r
 188         ap.scrollRight(false);\r
 189       else if(seqCanvas.cursorX>av.endRes)\r
 190         ap.scrollRight(true);\r
 191 \r
 192       if(seqCanvas.cursorY<0)\r
 193         seqCanvas.cursorY=0;\r
 194       else if(seqCanvas.cursorY>av.alignment.getHeight()-1)\r
 195         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight()-1;\r
 196       if(seqCanvas.cursorY<av.startSeq)\r
 197         ap.scrollUp(true);\r
 198       else if(seqCanvas.cursorY+1>av.endSeq)\r
 199         ap.scrollUp(false);\r
 200 \r
 201       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 202                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 203       seqCanvas.repaint();\r
 204     }\r
 205 \r
 206     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 207     {\r
 208       SequenceI sequence =\r
 209           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 210 \r
 211       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 212       {\r
 213         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 214         //Find the top and bottom of this group\r
 215         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 216         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 217         {\r
 218           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 219           if(index > max)\r
 220             max = index;\r
 221           if(index < min)\r
 222             min = index;\r
 223         }\r
 224 \r
 225         max ++;\r
 226 \r
 227         if(topLeft)\r
 228         {\r
 229           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 230           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 231             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 232 \r
 233           min = seqCanvas.cursorY;\r
 234         }\r
 235         else\r
 236         {\r
 237           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 239             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 240 \r
 241           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 242         }\r
 243 \r
 244         if(min>max)\r
 245         {\r
 246           // Only the user can do this\r
 247           av.setSelectionGroup(null);\r
 248         }\r
 249         else\r
 250         {\r
 251           // Now add any sequences between min and max\r
 252           sg.sequences.clear();\r
 253           for (int i = min; i < max; i++)\r
 254           {\r
 255             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 256           }\r
 257         }\r
 258       }\r
 259 \r
 260       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 261       {\r
 262         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 263         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 264         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 265         sg.addSequence(sequence, false);\r
 266         av.setSelectionGroup(sg);\r
 267       }\r
 268 \r
 269 \r
 270       ap.repaint();\r
 271     }\r
 272 \r
 273     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 274     {\r
 275       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 276                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 277       groupEditing = group;\r
 278       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 279       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 280       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardGaps());\r
 281       editOccurred();\r
 282     }\r
 283 \r
 284     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 285     {\r
 286       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 287                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 288       groupEditing = group;\r
 289       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 290       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardGaps();\r
 291       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 292       editOccurred();\r
 293     }\r
 294 \r
 295     void numberPressed(char value)\r
 296     {\r
 297       if(keyboardGaps==null)\r
 298         keyboardGaps = new StringBuffer();\r
 299 \r
 300       keyboardGaps.append(value);\r
 301     }\r
 302 \r
 303     StringBuffer keyboardGaps;\r
 304     int getKeyboardGaps()\r
 305     {\r
 306       if(keyboardGaps==null)\r
 307         return 1;\r
 308       else\r
 309         return Integer.parseInt(keyboardGaps.toString());\r
 310     }\r
 311 \r
 312 \r
 313     /**\r
 314      * DOCUMENT ME!\r
 315      *\r
 316      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 317      */\r
 318     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 319     {\r
 320       mouseDragging = false;\r
 321       mouseWheelPressed = false;\r
 322 \r
 323       if (!editingSeqs)\r
 324       {\r
 325          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 326          return;\r
 327       }\r
 328 \r
 329        editOccurred();\r
 330 \r
 331        endEditing();\r
 332        ap.repaint();\r
 333     }\r
 334 \r
 335 \r
 336 \r
 337     /**\r
 338      * DOCUMENT ME!\r
 339      *\r
 340      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 341      */\r
 342     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 343     {\r
 344       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 345       {\r
 346         mouseWheelPressed = true;\r
 347         return;\r
 348       }\r
 349 \r
 350       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 351           evt.isControlDown())\r
 352       {\r
 353         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 354         {\r
 355           groupEditing = true;\r
 356         }\r
 357         editingSeqs = true;\r
 358       }\r
 359       else\r
 360       {\r
 361         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 362         return;\r
 363       }\r
 364 \r
 365 \r
 366 \r
 367       int seq = findSeq(evt);\r
 368       int res = findRes(evt);\r
 369 \r
 370       if(seq<0 || res<0)\r
 371         return;\r
 372 \r
 373       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 374                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 375 \r
 376         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 377                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 378         {\r
 379             startseq = seq;\r
 380             lastres = res;\r
 381         }\r
 382         else\r
 383         {\r
 384             startseq = -1;\r
 385             lastres = -1;\r
 386         }\r
 387 \r
 388         return;\r
 389     }\r
 390 \r
 391     /**\r
 392      * DOCUMENT ME!\r
 393      *\r
 394      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 395      */\r
 396     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 397     {\r
 398       if (editingSeqs)\r
 399       {\r
 400        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 401        // If control is down, other platforms will not.\r
 402        mouseDragged(evt);\r
 403       }\r
 404 \r
 405       int res = findRes(evt);\r
 406       int seq = findSeq(evt);\r
 407 \r
 408 \r
 409       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 410             return;\r
 411 \r
 412       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 413 \r
 414       if (res > sequence.getLength())\r
 415       {\r
 416         return;\r
 417       }\r
 418 \r
 419       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 420       {\r
 421         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 422       }\r
 423 \r
 424       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 425 \r
 426         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 427         if (av.showSequenceFeatures)\r
 428         {\r
 429             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 430             if(features!=null)\r
 431             {\r
 432               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 433 \r
 434               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 435               {\r
 436 \r
 437                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 438                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 439                 {\r
 440                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 441                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 442                   continue;\r
 443 \r
 444 \r
 445                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 446                   {\r
 447                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 448                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 449                     {\r
 450                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 451                         sbuffer.append("<br>");\r
 452                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 453                                      features[i].getEnd());\r
 454                     }\r
 455                   }\r
 456                   else\r
 457                   {\r
 458                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 459                       sbuffer.append("<br>");\r
 460                     if(features[i].featureGroup!=null)\r
 461                       sbuffer.append(features[i].featureGroup+";");\r
 462 \r
 463                     sbuffer.append(features[i].getType());\r
 464 \r
 465                     if (features[i].getDescription() != null\r
 466                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 467                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 468 \r
 469                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 470                     {\r
 471                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 472                     }\r
 473                   }\r
 474                 }\r
 475 \r
 476               }\r
 477 \r
 478               sbuffer.append("</html>");\r
 479               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 480                 setToolTipText("");\r
 481               else\r
 482                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 483             }\r
 484             else\r
 485               setToolTipText("");\r
 486         }\r
 487     }\r
 488 \r
 489     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 490     {\r
 491       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 492                                            sequence.getName());\r
 493 \r
 494       Object obj = null;\r
 495       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 496       {\r
 497         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 498                                                    "");\r
 499         if (obj != null)\r
 500           text.append(" Nucleotide: ");\r
 501       }\r
 502       else\r
 503       {\r
 504         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 505         if (obj != null)\r
 506           text.append("  Residue: ");\r
 507       }\r
 508 \r
 509       if (obj != null)\r
 510       {\r
 511 \r
 512         if (obj != "")\r
 513         {\r
 514           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 515                       ")");\r
 516         }\r
 517       }\r
 518       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 519 \r
 520     }\r
 521 \r
 522     /**\r
 523      * DOCUMENT ME!\r
 524      *\r
 525      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 526      */\r
 527     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 528     {\r
 529       if (!editingSeqs)\r
 530       {\r
 531         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 532         return;\r
 533       }\r
 534 \r
 535         int res = findRes(evt);\r
 536 \r
 537         if (res < 0)\r
 538         {\r
 539             res = 0;\r
 540         }\r
 541 \r
 542         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 543         {\r
 544             return;\r
 545         }\r
 546 \r
 547         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 548         {\r
 549           // dragLeft, delete gap\r
 550           editSequence(false, res);\r
 551         }\r
 552         else\r
 553           editSequence(true, res);\r
 554 \r
 555         mouseDragging = true;\r
 556         if(scrollThread!=null)\r
 557           scrollThread.setEvent(evt);\r
 558 \r
 559     }\r
 560 \r
 561     void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 562     {\r
 563       int fixedLeft = -1;\r
 564       int fixedRight = -1;\r
 565       boolean fixedColumns = false;\r
 566 \r
 567        if(insertGap && av.hasHiddenColumns)\r
 568         {\r
 569           //Stop editing if the user has dragged beyond hiddenBoundary\r
 570           fixedRight = av.getColumnSelection().getHiddenRegionBoundary(lastres);\r
 571           if( fixedRight < lastres)\r
 572           {\r
 573             if(lastres!=fixedRight)\r
 574             {\r
 575               endEditing();\r
 576               return;\r
 577             }\r
 578           }\r
 579         }\r
 580 \r
 581         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 582         {\r
 583           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 584           {\r
 585             groupEditing = true;\r
 586           }\r
 587         }\r
 588 \r
 589 \r
 590         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 591         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 592         if (groupEditing)\r
 593           message.append("Edit group:");\r
 594        else\r
 595             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 596 \r
 597        if(insertGap)\r
 598          message.append(" insert ");\r
 599        else\r
 600          message.append(" delete ");\r
 601 \r
 602        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 603        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 604 \r
 605 \r
 606         //Are we editing within a selection group?\r
 607         if (groupEditing\r
 608             || (av.getSelectionGroup() != null &&\r
 609                 av.getSelectionGroup().sequences.contains(seq)))\r
 610         {\r
 611           fixedColumns = true;\r
 612 \r
 613           fixedLeft = av.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 614           fixedRight = av.getSelectionGroup().getEndRes();\r
 615 \r
 616           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 617               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 618               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 619               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 620           {\r
 621             endEditing();\r
 622             return;\r
 623           }\r
 624 \r
 625           if (fixedLeft > startres)\r
 626           {\r
 627             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 628             fixedLeft = 0;\r
 629           }\r
 630           else if (fixedRight < startres)\r
 631           {\r
 632             fixedLeft = fixedRight;\r
 633             fixedRight = -1;\r
 634           }\r
 635         }\r
 636 \r
 637         if (groupEditing)\r
 638         {\r
 639           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 640           if(fixedLeft>sg.getEndRes()\r
 641           ||fixedRight<sg.getStartRes())\r
 642        {\r
 643          endEditing();\r
 644          return;\r
 645        }\r
 646 \r
 647           if (av.hasHiddenRows)\r
 648           {\r
 649             //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 650             if (sg == null)\r
 651             {\r
 652               sg = new SequenceGroup();\r
 653               sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 654             }\r
 655 \r
 656             SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 657 \r
 658             //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 659             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 660             {\r
 661               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 662               tmp.addSequence(seq, false);\r
 663               if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 664               {\r
 665                 for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 666                   tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 667                                   false);\r
 668               }\r
 669             }\r
 670 \r
 671             sg = tmp;\r
 672           }\r
 673 \r
 674           if (sg == null)\r
 675           {\r
 676             endEditing();\r
 677             return;\r
 678           }\r
 679 \r
 680          // int blankColumn = -1;\r
 681 \r
 682           // drag to right\r
 683           if (insertGap)\r
 684           {\r
 685             // Is it valid??\r
 686             // Find the next gap before the end\r
 687             // of the visible region boundary\r
 688             if (av.hasHiddenColumns)\r
 689             {\r
 690              // int lastCol = av.getColumnSelection().\r
 691              //     getHiddenRegionBoundary(res);\r
 692 \r
 693             }\r
 694 \r
 695               if (fixedRight != startres && fixedRight<av.alignment.getWidth()-1)\r
 696               {\r
 697                 for (fixedRight = fixedRight;\r
 698                      fixedRight > lastres;\r
 699                      fixedRight --)\r
 700                 {\r
 701                   boolean blank = true;\r
 702                   for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 703                   {\r
 704                     seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 705 \r
 706                     if (seq.getSequence().length() <= fixedRight)\r
 707                     {\r
 708                       continue;\r
 709                     }\r
 710 \r
 711                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 712                         seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 713                     {\r
 714                       blank = false;\r
 715                       continue;\r
 716                     }\r
 717                   }\r
 718                   if (blank)\r
 719                     break;\r
 720                 }\r
 721               }\r
 722 \r
 723               if (fixedRight <= startres)\r
 724               {\r
 725                 endEditing();\r
 726                 return;\r
 727               }\r
 728             }\r
 729 \r
 730 \r
 731           // drag to left\r
 732           else\r
 733           {\r
 734             /// Are we able to delete?\r
 735             // ie are all columns blank?\r
 736 \r
 737             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 738             {\r
 739               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 740 \r
 741               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 742               {\r
 743                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 744                 {\r
 745                   continue;\r
 746                 }\r
 747 \r
 748                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 749                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 750                 {\r
 751                   // Not a gap, block edit not valid\r
 752                   endEditing();\r
 753                   return;\r
 754                 }\r
 755               }\r
 756             }\r
 757           }\r
 758 \r
 759 \r
 760           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 761           {\r
 762             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 763 \r
 764             if (insertGap)\r
 765             {\r
 766               // dragging to the right\r
 767               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 768               {\r
 769                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 770                 {\r
 771                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 772                 }\r
 773                 else\r
 774                   insertChar(j, seq);\r
 775               }\r
 776             }\r
 777             else\r
 778             {\r
 779               // dragging to the left\r
 780               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 781               {\r
 782                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 783                 {\r
 784                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 785                 }\r
 786                 else\r
 787                 {\r
 788                   deleteChar(startres, seq);\r
 789                 }\r
 790               }\r
 791             }\r
 792           }\r
 793         }\r
 794         else /////Editing a single sequence///////////\r
 795         {\r
 796 \r
 797           if (insertGap)\r
 798           {\r
 799             // dragging to the right\r
 800             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 801             {\r
 802               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 803                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 804               else\r
 805                 insertChar(j, seq);\r
 806             }\r
 807           }\r
 808           else\r
 809           {\r
 810             // dragging to the left\r
 811             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 812             {\r
 813               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 814               {\r
 815                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 816               }\r
 817               else\r
 818               {\r
 819                 deleteChar(startres, seq);\r
 820               }\r
 821             }\r
 822           }\r
 823         }\r
 824 \r
 825         lastres = startres;\r
 826         seqCanvas.repaint();\r
 827     }\r
 828 \r
 829 \r
 830     /**\r
 831      * DOCUMENT ME!\r
 832      *\r
 833      * @param j DOCUMENT ME!\r
 834      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 835      */\r
 836     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 837     {\r
 838         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 839         seqEditOccurred = true;\r
 840     }\r
 841 \r
 842     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 843     {\r
 844       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 845       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 846       int blankColumn = fixedColumn;\r
 847       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 848       {\r
 849         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 850     {\r
 851           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 852           break;\r
 853         }\r
 854       }\r
 855 \r
 856       if (blankColumn <= j)\r
 857       {\r
 858         endEditing();\r
 859         return;\r
 860       }\r
 861 \r
 862       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 863       {\r
 864         //Just Checking\r
 865         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 866         return;\r
 867       }\r
 868 \r
 869       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 870       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 871       seqEditOccurred = true;\r
 872     }\r
 873 \r
 874     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 875     {\r
 876       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 877       {\r
 878         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 879             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 880         return;\r
 881       }\r
 882 \r
 883       seq.deleteCharAt(j);\r
 884       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 885       seqEditOccurred = true;\r
 886     }\r
 887 \r
 888     /**\r
 889      * DOCUMENT ME!\r
 890      *\r
 891      * @param j DOCUMENT ME!\r
 892      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 893      */\r
 894     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 895     {\r
 896       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 897       {\r
 898         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 899             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 900         return;\r
 901       }\r
 902 \r
 903         seq.deleteCharAt(j);\r
 904         seqEditOccurred = true;\r
 905         seqCanvas.repaint();\r
 906     }\r
 907     /**\r
 908      * DOCUMENT ME!\r
 909      *\r
 910      * @param e DOCUMENT ME!\r
 911      */\r
 912     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 913     {\r
 914         if(oldSeq < 0)\r
 915           oldSeq = 0;\r
 916 \r
 917         if (scrollThread != null)\r
 918         {\r
 919             scrollThread.running = false;\r
 920             scrollThread = null;\r
 921         }\r
 922     }\r
 923 \r
 924     /**\r
 925      * DOCUMENT ME!\r
 926      *\r
 927      * @param e DOCUMENT ME!\r
 928      */\r
 929     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 930     {\r
 931         if (av.getWrapAlignment())\r
 932         {\r
 933             return;\r
 934         }\r
 935 \r
 936         if (mouseDragging)\r
 937         {\r
 938             scrollThread = new ScrollThread();\r
 939         }\r
 940     }\r
 941 \r
 942     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 943     {}\r
 944 \r
 945     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 946     {\r
 947       e.consume();\r
 948       if (mouseWheelPressed)\r
 949       {\r
 950         Font font = av.getFont();\r
 951         int fontSize = font.getSize();\r
 952         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
 953           fontSize++;\r
 954         else if (fontSize > 1)\r
 955           fontSize--;\r
 956 \r
 957         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 958         ap.fontChanged();\r
 959       }\r
 960       else\r
 961       {\r
 962         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 963           ap.scrollUp(false);\r
 964         else\r
 965           ap.scrollUp(true);\r
 966       }\r
 967 \r
 968     }\r
 969 \r
 970 \r
 971 \r
 972     /**\r
 973      * DOCUMENT ME!\r
 974      *\r
 975      * @param i DOCUMENT ME!\r
 976      */\r
 977     void editOccurred()\r
 978     {\r
 979       if (!seqEditOccurred)\r
 980       {\r
 981         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 982         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 983       }\r
 984 \r
 985       endEditing();\r
 986 \r
 987       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 988 \r
 989     }\r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * DOCUMENT ME!\r
 993      *\r
 994      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 995      */\r
 996     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 997     {\r
 998       int res = findRes(evt);\r
 999       int seq = findSeq(evt);\r
1000       oldSeq = seq;\r
1001 \r
1002       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1003 \r
1004       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1005       {\r
1006           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1007               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1008               "Wrapped view - no edit",\r
1009               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1010         return;\r
1011       }\r
1012 \r
1013       if(seq<0 || res<0)\r
1014             return;\r
1015 \r
1016         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1017 \r
1018         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1019         {\r
1020             return;\r
1021         }\r
1022 \r
1023         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1024 \r
1025         if (stretchGroup == null)\r
1026         {\r
1027             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1028 \r
1029             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1030                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1031             {\r
1032                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1033             }\r
1034             else\r
1035             {\r
1036                 stretchGroup = null;\r
1037             }\r
1038         }\r
1039         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
1040                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1041                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1042         {\r
1043             stretchGroup = null;\r
1044 \r
1045             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1046 \r
1047             if (allGroups != null)\r
1048             {\r
1049                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1050                 {\r
1051                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1052                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1053                     {\r
1054                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1055                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1056 \r
1057                         break;\r
1058                     }\r
1059                 }\r
1060             }\r
1061         }\r
1062 \r
1063         if (av.cursorMode)\r
1064         {\r
1065           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1066           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1067           seqCanvas.repaint();\r
1068           return;\r
1069         }\r
1070 \r
1071 \r
1072         if (stretchGroup == null)\r
1073         {\r
1074             // define a new group here\r
1075             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1076             sg.setStartRes(res);\r
1077             sg.setEndRes(res);\r
1078             sg.addSequence(sequence, false);\r
1079             av.setSelectionGroup(sg);\r
1080             stretchGroup = sg;\r
1081 \r
1082             if (av.getConservationSelected())\r
1083             {\r
1084                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1085                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
1086             }\r
1087 \r
1088             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1089             {\r
1090                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1091                     "Background");\r
1092             }\r
1093         }\r
1094         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1095         {\r
1096             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
1097             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1098 \r
1099             // edit the properties of existing group\r
1100         }\r
1101 \r
1102         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1103         {\r
1104             // Edit end res position of selected group\r
1105             changeEndRes = true;\r
1106         }\r
1107         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1108         {\r
1109             // Edit end res position of selected group\r
1110             changeStartRes = true;\r
1111         }\r
1112 \r
1113         stretchGroup.getWidth();\r
1114 \r
1115         seqCanvas.repaint();\r
1116     }\r
1117 \r
1118     /**\r
1119      * DOCUMENT ME!\r
1120      *\r
1121      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1122      */\r
1123     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1124     {\r
1125         if (stretchGroup == null)\r
1126         {\r
1127             return;\r
1128         }\r
1129 \r
1130 \r
1131         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1132         {\r
1133           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1134           {\r
1135             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1136                 sequences,\r
1137                 stretchGroup.getWidth());\r
1138           }\r
1139 \r
1140           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1141           {\r
1142             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1143                                               stretchGroup.getName());\r
1144             stretchGroup.recalcConservation();\r
1145           }\r
1146           else\r
1147           {\r
1148             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1149                                            stretchGroup.getName());\r
1150           }\r
1151         }\r
1152         changeEndRes = false;\r
1153         changeStartRes = false;\r
1154         stretchGroup = null;\r
1155         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1156     }\r
1157 \r
1158     /**\r
1159      * DOCUMENT ME!\r
1160      *\r
1161      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1162      */\r
1163     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1164     {\r
1165       int res = findRes(evt);\r
1166       int y = findSeq(evt);\r
1167 \r
1168       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1169         return;\r
1170 \r
1171        if (stretchGroup == null)\r
1172        {\r
1173             return;\r
1174        }\r
1175 \r
1176 \r
1177         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1178         {\r
1179           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1180         }\r
1181 \r
1182         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1183         {\r
1184             // Edit end res position of selected group\r
1185             changeEndRes = true;\r
1186         }\r
1187         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1188         {\r
1189             // Edit start res position of selected group\r
1190             changeStartRes = true;\r
1191         }\r
1192 \r
1193         if (res < av.getStartRes())\r
1194         {\r
1195             res = av.getStartRes();\r
1196         }\r
1197 \r
1198         if (changeEndRes)\r
1199         {\r
1200             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1201             {\r
1202                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1203             }\r
1204         }\r
1205         else if (changeStartRes)\r
1206         {\r
1207             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1208             {\r
1209                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1210             }\r
1211         }\r
1212 \r
1213         int dragDirection = 0;\r
1214 \r
1215         if (y > oldSeq)\r
1216         {\r
1217             dragDirection = 1;\r
1218         }\r
1219         else if (y < oldSeq)\r
1220         {\r
1221             dragDirection = -1;\r
1222         }\r
1223 \r
1224 \r
1225         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1226         {\r
1227             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1228             // selection is quite slow.\r
1229             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1230 \r
1231             oldSeq += dragDirection;\r
1232 \r
1233             if(oldSeq<0)\r
1234               break;\r
1235 \r
1236             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1237 \r
1238             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1239             {\r
1240                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1241             }\r
1242             else\r
1243             {\r
1244                 if (seq != null)\r
1245                 {\r
1246                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1247                 }\r
1248 \r
1249                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1250             }\r
1251         }\r
1252 \r
1253         if(oldSeq < 0)\r
1254           oldSeq = -1;\r
1255 \r
1256         mouseDragging = true;\r
1257 \r
1258         if (scrollThread != null)\r
1259         {\r
1260             scrollThread.setEvent(evt);\r
1261         }\r
1262 \r
1263         seqCanvas.repaint();\r
1264     }\r
1265 \r
1266 \r
1267 \r
1268     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1269     class ScrollThread extends Thread\r
1270     {\r
1271         MouseEvent evt;\r
1272         boolean running = false;\r
1273 \r
1274         public ScrollThread()\r
1275         {\r
1276             start();\r
1277         }\r
1278 \r
1279         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1280         {\r
1281             evt = e;\r
1282         }\r
1283 \r
1284         public void stopScrolling()\r
1285         {\r
1286             running = false;\r
1287         }\r
1288 \r
1289         public void run()\r
1290         {\r
1291             running = true;\r
1292 \r
1293             while (running)\r
1294             {\r
1295                 if (evt != null)\r
1296                 {\r
1297                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1298                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1299                     {\r
1300                         running = ap.scrollUp(true);\r
1301                     }\r
1302 \r
1303                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1304                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1305                     {\r
1306                         running = ap.scrollUp(false);\r
1307                     }\r
1308 \r
1309                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1310                     {\r
1311                         running = ap.scrollRight(false);\r
1312                     }\r
1313                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1314                     {\r
1315                         running = ap.scrollRight(true);\r
1316                     }\r
1317                 }\r
1318 \r
1319                 try\r
1320                 {\r
1321                     Thread.sleep(20);\r
1322                 }\r
1323                 catch (Exception ex)\r
1324                 {\r
1325                 }\r
1326             }\r
1327         }\r
1328     }\r
1329 }\r