src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.Vector;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     boolean seqEditOccurred = false;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     Point lastMousePress;\r
  71     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  72     StringBuffer keyboardNo1;\r
  73     StringBuffer keyboardNo2;\r
  74 \r
  75     java.net.URL linkImageURL;\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * Creates a new SeqPanel object.\r
  79      *\r
  80      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  81      * @param p DOCUMENT ME!\r
  82      */\r
  83     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  84     {\r
  85         linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  87         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  88         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  89         this.av = avp;\r
  90         setBackground(Color.white);\r
  91 \r
  92         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  93         setLayout(new BorderLayout());\r
  94         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         ap = p;\r
  97 \r
  98         if(!av.isDataset())\r
  99         {\r
 100           addMouseMotionListener(this);\r
 101           addMouseListener(this);\r
 102           addMouseWheelListener(this);\r
 103         }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     int startWrapBlock=-1;\r
 107     int wrappedBlock=-1;\r
 108     int findRes(MouseEvent evt)\r
 109    {\r
 110      int res = 0;\r
 111      int x = evt.getX();\r
 112 \r
 113     if (av.wrapAlignment)\r
 114     {\r
 115 \r
 116       int hgap = av.charHeight;\r
 117       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 118         hgap += av.charHeight;\r
 119 \r
 120       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 121           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 122 \r
 123         int y = evt.getY();\r
 124         y -= hgap;\r
 125         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 126 \r
 127 \r
 128         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129         if(cwidth<1)\r
 130           return 0;\r
 131 \r
 132         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 133         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 134 \r
 135         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 136 \r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if(av.hasHiddenColumns)\r
 144           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 145 \r
 146     return res;\r
 147 \r
 148    }\r
 149 \r
 150    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 151    {\r
 152      int seq = 0;\r
 153      int y = evt.getY();\r
 154 \r
 155      if (av.wrapAlignment)\r
 156      {\r
 157        int hgap = av.charHeight;\r
 158        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 159          hgap += av.charHeight;\r
 160 \r
 161        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 162            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 163 \r
 164          y -= hgap;\r
 165 \r
 166        seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 167                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 168      }\r
 169      else\r
 170      {\r
 171        seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 172                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 173      }\r
 174 \r
 175      return seq;\r
 176    }\r
 177 \r
 178    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 179    {\r
 180      Vector allFeatures = new Vector();\r
 181      int index = 0;\r
 182      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 183      {\r
 184        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 185        {\r
 186          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 187          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 188              sf.getEnd() >= res)\r
 189          {\r
 190            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 191            {\r
 192              allFeatures.addElement(sf);\r
 193            }\r
 194          }\r
 195          index++;\r
 196        }\r
 197      }\r
 198      return allFeatures;\r
 199   }\r
 200 \r
 201    void endEditing()\r
 202    {\r
 203      startseq = -1;\r
 204      lastres = -1;\r
 205      seqEditOccurred = false;\r
 206      editingSeqs = false;\r
 207      groupEditing = false;\r
 208      keyboardNo1 = null;\r
 209      keyboardNo2 = null;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     void setCursorRow()\r
 213     {\r
 214       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 215       scrollToVisible();\r
 216     }\r
 217 \r
 218     void setCursorColumn()\r
 219     {\r
 220       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 221       scrollToVisible();\r
 222     }\r
 223 \r
 224     void setCursorRowAndColumn()\r
 225     {\r
 226       if(keyboardNo2==null)\r
 227       {\r
 228         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 229       }\r
 230       else\r
 231       {\r
 232         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 233         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 234         scrollToVisible();\r
 235       }\r
 236     }\r
 237 \r
 238     void setCursorPosition()\r
 239     {\r
 240       SequenceI sequence =\r
 241           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 242 \r
 243       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 244           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 245           );\r
 246       scrollToVisible();\r
 247     }\r
 248 \r
 249     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 250     {\r
 251       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 252       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 253       scrollToVisible();\r
 254     }\r
 255 \r
 256     void scrollToVisible()\r
 257     {\r
 258       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 259         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 260       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 261         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 262 \r
 263       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 264         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 265       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 266         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 267 \r
 268 \r
 269       endEditing();\r
 270       if(av.wrapAlignment)\r
 271       {\r
 272         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 273       }\r
 274       else\r
 275       {\r
 276         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 277         {\r
 278           ap.scrollUp(true);\r
 279         }\r
 280         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 281         {\r
 282           ap.scrollUp(false);\r
 283         }\r
 284         if (!av.wrapAlignment)\r
 285         {\r
 286           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 287           {\r
 288             if (!ap.scrollRight(false))\r
 289               break;\r
 290           }\r
 291           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 292           {\r
 293             if (!ap.scrollRight(true))\r
 294               break;\r
 295           }\r
 296         }\r
 297       }\r
 298       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 299                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 300 \r
 301       seqCanvas.repaint();\r
 302     }\r
 303 \r
 304     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 305     {\r
 306       SequenceI sequence =\r
 307           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 308 \r
 309       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 310       {\r
 311         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 312         //Find the top and bottom of this group\r
 313         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 314         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 315         {\r
 316           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 317           if(index > max)\r
 318             max = index;\r
 319           if(index < min)\r
 320             min = index;\r
 321         }\r
 322 \r
 323         max ++;\r
 324 \r
 325         if(topLeft)\r
 326         {\r
 327           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 328           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 329             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 330 \r
 331           min = seqCanvas.cursorY;\r
 332         }\r
 333         else\r
 334         {\r
 335           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 336           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 337             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 338 \r
 339           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 340         }\r
 341 \r
 342         if(min>max)\r
 343         {\r
 344           // Only the user can do this\r
 345           av.setSelectionGroup(null);\r
 346         }\r
 347         else\r
 348         {\r
 349           // Now add any sequences between min and max\r
 350           sg.getSequences(false).clear();\r
 351           for (int i = min; i < max; i++)\r
 352           {\r
 353             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 354           }\r
 355         }\r
 356       }\r
 357 \r
 358       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 359       {\r
 360         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 361         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 362         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 363         sg.addSequence(sequence, false);\r
 364         av.setSelectionGroup(sg);\r
 365       }\r
 366 \r
 367 \r
 368       ap.repaint();\r
 369     }\r
 370 \r
 371     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 372     {\r
 373       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 374                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 375       groupEditing = group;\r
 376       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 377       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 378       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 379       editOccurred();\r
 380     }\r
 381 \r
 382     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 383     {\r
 384       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 385                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 386       groupEditing = group;\r
 387       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 388       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 389       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 390       editOccurred();\r
 391     }\r
 392 \r
 393     void numberPressed(char value)\r
 394     {\r
 395       if(keyboardNo1==null)\r
 396         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 397 \r
 398       if(keyboardNo2!=null)\r
 399         keyboardNo2.append(value);\r
 400       else\r
 401         keyboardNo1.append(value);\r
 402     }\r
 403 \r
 404     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 405     {\r
 406       if(kb==null)\r
 407         return 1;\r
 408       else\r
 409         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 410     }\r
 411 \r
 412 \r
 413     /**\r
 414      * DOCUMENT ME!\r
 415      *\r
 416      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 417      */\r
 418     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 419     {\r
 420       mouseDragging = false;\r
 421       mouseWheelPressed = false;\r
 422 \r
 423       if (!editingSeqs)\r
 424       {\r
 425          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 426          return;\r
 427       }\r
 428 \r
 429        editOccurred();\r
 430 \r
 431        ap.repaint();\r
 432     }\r
 433 \r
 434 \r
 435 \r
 436     /**\r
 437      * DOCUMENT ME!\r
 438      *\r
 439      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 440      */\r
 441     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 442     {\r
 443       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 444 \r
 445       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 446       {\r
 447         mouseWheelPressed = true;\r
 448         return;\r
 449       }\r
 450 \r
 451       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 452           evt.isControlDown())\r
 453       {\r
 454         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 455         {\r
 456           groupEditing = true;\r
 457         }\r
 458         editingSeqs = true;\r
 459       }\r
 460       else\r
 461       {\r
 462         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 463         return;\r
 464       }\r
 465 \r
 466 \r
 467 \r
 468       int seq = findSeq(evt);\r
 469       int res = findRes(evt);\r
 470 \r
 471       if(seq<0 || res<0)\r
 472         return;\r
 473 \r
 474       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 475                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 476 \r
 477         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 478                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 479         {\r
 480             startseq = seq;\r
 481             lastres = res;\r
 482         }\r
 483         else\r
 484         {\r
 485             startseq = -1;\r
 486             lastres = -1;\r
 487         }\r
 488 \r
 489         return;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      * DOCUMENT ME!\r
 494      *\r
 495      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 496      */\r
 497     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 498     {\r
 499       if (editingSeqs)\r
 500       {\r
 501        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 502        // If control is down, other platforms will not.\r
 503        mouseDragged(evt);\r
 504       }\r
 505 \r
 506       int res = findRes(evt);\r
 507       int seq = findSeq(evt);\r
 508 \r
 509 \r
 510       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 511             return;\r
 512 \r
 513       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 514 \r
 515       if (res > sequence.getLength())\r
 516       {\r
 517         return;\r
 518       }\r
 519 \r
 520       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 521       {\r
 522         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 523       }\r
 524 \r
 525       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 526 \r
 527         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 528         if (av.showSequenceFeatures)\r
 529         {\r
 530             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 531             if(features!=null)\r
 532             {\r
 533               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 534               StringBuffer seqSpecific =  new StringBuffer();\r
 535 \r
 536               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 537               {\r
 538 \r
 539                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 540                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 541                 {\r
 542                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 543                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 544                   continue;\r
 545 \r
 546 \r
 547                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 548                   {\r
 549                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 550                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 551                     {\r
 552                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 553                         sbuffer.append("<br>");\r
 554                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 555                                      features[i].getEnd());\r
 556                       if (features[i].links != null)\r
 557                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 558                     }\r
 559                   }\r
 560                   else\r
 561                   {\r
 562                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 563                       sbuffer.append("<br>");\r
 564 \r
 565                     sbuffer.append(features[i].getType() + " " +\r
 566                                    features[i].begin);\r
 567                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
 568                       sbuffer.append(" " + features[i].end);\r
 569 \r
 570                     if (features[i].getDescription() != null\r
 571                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 572                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 573 \r
 574                     if (features[i].getValue("status") != null)\r
 575                     {\r
 576                       sbuffer.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 577                     }\r
 578                     if (features[i].links != null)\r
 579                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 580 \r
 581                   }\r
 582                 }\r
 583                 else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
 584                 {\r
 585                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
 586                   //                   + features[i].getType()+" "\r
 587                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
 588 \r
 589                 }\r
 590               }\r
 591 \r
 592               if(seqSpecific.length()>0)\r
 593                 seqSpecific.setLength(seqSpecific.length()-4);\r
 594 \r
 595               sbuffer.append(seqSpecific);\r
 596               sbuffer.append("</html>");\r
 597               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 598                 setToolTipText("");\r
 599               else\r
 600                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 601             }\r
 602             else\r
 603               setToolTipText("");\r
 604         }\r
 605     }\r
 606 \r
 607     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 608     {\r
 609       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 610                                            sequence.getName());\r
 611 \r
 612       Object obj = null;\r
 613       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 614       {\r
 615         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 616                                                    "");\r
 617         if (obj != null)\r
 618           text.append(" Nucleotide: ");\r
 619       }\r
 620       else\r
 621       {\r
 622         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 623         if (obj != null)\r
 624           text.append("  Residue: ");\r
 625       }\r
 626 \r
 627       if (obj != null)\r
 628       {\r
 629 \r
 630         if (obj != "")\r
 631         {\r
 632           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 633                       ")");\r
 634         }\r
 635       }\r
 636       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 637 \r
 638     }\r
 639 \r
 640     /**\r
 641      * DOCUMENT ME!\r
 642      *\r
 643      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 644      */\r
 645     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 646     {\r
 647       if (mouseWheelPressed)\r
 648       {\r
 649         int oldWidth = av.charWidth;\r
 650 \r
 651         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 652         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 653             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 654         {\r
 655           int fontSize = av.font.getSize();\r
 656 \r
 657           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 658           {\r
 659             fontSize--;\r
 660           }\r
 661           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 662           {\r
 663             fontSize++;\r
 664           }\r
 665 \r
 666           if(fontSize<1)\r
 667             fontSize = 1;\r
 668 \r
 669           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 670           av.charWidth = oldWidth;\r
 671           ap.fontChanged();\r
 672         }\r
 673         else\r
 674         {\r
 675           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 676           {\r
 677             av.charWidth--;\r
 678           }\r
 679           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 680           {\r
 681             av.charWidth++;\r
 682           }\r
 683 \r
 684           ap.repaint();\r
 685         }\r
 686 \r
 687         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 688         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 689 \r
 690         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 691 \r
 692         return;\r
 693       }\r
 694 \r
 695       if (!editingSeqs)\r
 696       {\r
 697         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 698         return;\r
 699       }\r
 700 \r
 701         int res = findRes(evt);\r
 702 \r
 703         if (res < 0)\r
 704         {\r
 705             res = 0;\r
 706         }\r
 707 \r
 708         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 709         {\r
 710             return;\r
 711         }\r
 712 \r
 713         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 714         {\r
 715           // dragLeft, delete gap\r
 716           editSequence(false, res);\r
 717         }\r
 718         else\r
 719           editSequence(true, res);\r
 720 \r
 721         mouseDragging = true;\r
 722         if(scrollThread!=null)\r
 723           scrollThread.setEvent(evt);\r
 724 \r
 725     }\r
 726 \r
 727     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 728     {\r
 729       int fixedLeft = -1;\r
 730       int fixedRight = -1;\r
 731       boolean fixedColumns = false;\r
 732       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 733 \r
 734 \r
 735         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 736         {\r
 737           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 738           {\r
 739             groupEditing = true;\r
 740           }\r
 741         }\r
 742 \r
 743         //No group, but the sequence may represent a group\r
 744         if (groupEditing\r
 745             && sg == null\r
 746             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 747         {\r
 748           groupEditing = false;\r
 749         }\r
 750 \r
 751         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 752         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 753         if (groupEditing)\r
 754            message.append("Edit group:");\r
 755         else\r
 756            message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 757 \r
 758        if(insertGap)\r
 759          message.append(" insert ");\r
 760        else\r
 761          message.append(" delete ");\r
 762 \r
 763        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 764        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 765 \r
 766 \r
 767         //Are we editing within a selection group?\r
 768         if (groupEditing\r
 769             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 770         {\r
 771           fixedColumns = true;\r
 772 \r
 773           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 774           //but the sequence represents a group\r
 775           if (sg == null)\r
 776           {\r
 777             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 778                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
 779             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 780           }\r
 781 \r
 782           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 783           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 784 \r
 785           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 786               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 787               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 788               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 789           {\r
 790             endEditing();\r
 791             return;\r
 792           }\r
 793 \r
 794           if (fixedLeft > startres)\r
 795           {\r
 796             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 797             fixedLeft = 0;\r
 798           }\r
 799           else if (fixedRight < startres)\r
 800           {\r
 801             fixedLeft = fixedRight;\r
 802             fixedRight = -1;\r
 803           }\r
 804         }\r
 805 \r
 806 \r
 807         if(av.hasHiddenColumns )\r
 808         {\r
 809             fixedColumns = true;\r
 810             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 811             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 812 \r
 813             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 814                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 815             {\r
 816               endEditing();\r
 817               return;\r
 818             }\r
 819 \r
 820             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 821             //Selection spans a hidden region\r
 822             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 823             {\r
 824               if(startres>=y2)\r
 825               {\r
 826                 fixedLeft = y2;\r
 827               }\r
 828               else\r
 829               {\r
 830                fixedRight = y2 - 1;\r
 831              }\r
 832             }\r
 833         }\r
 834 \r
 835 \r
 836         if (groupEditing)\r
 837         {\r
 838           Vector vseqs = sg.getSequences(true);\r
 839           int g, groupSize = vseqs.size();\r
 840           SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 841           for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 842             groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 843 \r
 844           // drag to right\r
 845           if (insertGap)\r
 846           {\r
 847               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 848               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 849               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 850                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 851                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 852                  )\r
 853               {\r
 854                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 855                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 856               }\r
 857 \r
 858             // Is it valid with fixed columns??\r
 859             // Find the next gap before the end\r
 860             // of the visible region boundary\r
 861             boolean blank = false;\r
 862             for (fixedRight = fixedRight;\r
 863                  fixedRight > lastres;\r
 864                  fixedRight--)\r
 865             {\r
 866               blank = true;\r
 867 \r
 868               for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 869               {\r
 870                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 871                 {\r
 872                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 873                       groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 874                   {\r
 875                     blank = false;\r
 876                     break;\r
 877                   }\r
 878                 }\r
 879               }\r
 880               if (blank)\r
 881                 break;\r
 882             }\r
 883 \r
 884             if (!blank)\r
 885             {\r
 886               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 887               {\r
 888                 if((av.hasHiddenColumns\r
 889                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 890                 {\r
 891                   endEditing();\r
 892                   return;\r
 893                 }\r
 894 \r
 895                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 896                 if(av.hasHiddenRows)\r
 897                 {\r
 898                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 899                   if(hwidth>alWidth)\r
 900                     alWidth = hwidth;\r
 901                 }\r
 902                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 903                 //contains all the sequences\r
 904                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 905                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 906               }\r
 907               else\r
 908               {\r
 909                 endEditing();\r
 910                 return;\r
 911               }\r
 912             }\r
 913           }\r
 914 \r
 915 \r
 916           // drag to left\r
 917           else if(!insertGap)\r
 918           {\r
 919             /// Are we able to delete?\r
 920             // ie are all columns blank?\r
 921 \r
 922             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 923             {\r
 924               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 925               {\r
 926                 if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 927                 {\r
 928                   continue;\r
 929                 }\r
 930 \r
 931                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 932                     groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 933                 {\r
 934                   // Not a gap, block edit not valid\r
 935                   endEditing();\r
 936                   return;\r
 937                 }\r
 938               }\r
 939             }\r
 940           }\r
 941 \r
 942 \r
 943           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 944           {\r
 945             if (insertGap)\r
 946             {\r
 947               // dragging to the right\r
 948               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 949               {\r
 950                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 951                 {\r
 952                   insertChar(j, groupSeqs[g], fixedRight);\r
 953                 }\r
 954                 else\r
 955                   insertChar(j, groupSeqs[g]);\r
 956               }\r
 957             }\r
 958             else\r
 959             {\r
 960               // dragging to the left\r
 961               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 962               {\r
 963                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 964                 {\r
 965                   deleteChar(startres, groupSeqs[g], fixedRight);\r
 966                 }\r
 967                 else\r
 968                 {\r
 969                   deleteChar(startres, groupSeqs[g]);\r
 970                 }\r
 971               }\r
 972             }\r
 973           }\r
 974         }\r
 975         else /////Editing a single sequence///////////\r
 976         {\r
 977           if (insertGap)\r
 978           {\r
 979             // dragging to the right\r
 980             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 981             {\r
 982               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 983               {\r
 984                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 985               }\r
 986               else\r
 987                 insertChar(j, seq);\r
 988             }\r
 989           }\r
 990           else\r
 991           {\r
 992             // dragging to the left\r
 993             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 994             {\r
 995               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 996               {\r
 997                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 998               }\r
 999               else\r
1000               {\r
1001                 deleteChar(startres, seq);\r
1002               }\r
1003             }\r
1004           }\r
1005         }\r
1006 \r
1007         lastres = startres;\r
1008         seqCanvas.repaint();\r
1009     }\r
1010 \r
1011 \r
1012     /**\r
1013      * DOCUMENT ME!\r
1014      *\r
1015      * @param j DOCUMENT ME!\r
1016      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1017      */\r
1018     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
1019     {\r
1020         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1021         seqEditOccurred = true;\r
1022     }\r
1023 \r
1024     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1025     {\r
1026       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1027       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1028       int blankColumn = fixedColumn;\r
1029       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1030       {\r
1031         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1032         {\r
1033           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1034           break;\r
1035         }\r
1036       }\r
1037 \r
1038       if (blankColumn <= j)\r
1039       {\r
1040         blankColumn = fixedColumn;\r
1041         endEditing();\r
1042         return;\r
1043       }\r
1044 \r
1045       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1046       {\r
1047         //Just Checking\r
1048         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1049         return;\r
1050       }\r
1051 \r
1052       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1053       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1054       seqEditOccurred = true;\r
1055     }\r
1056 \r
1057     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1058     {\r
1059       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1060       {\r
1061         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1062             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1063         return;\r
1064       }\r
1065 \r
1066       seq.deleteCharAt(j);\r
1067       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1068       seqEditOccurred = true;\r
1069     }\r
1070 \r
1071     /**\r
1072      * DOCUMENT ME!\r
1073      *\r
1074      * @param j DOCUMENT ME!\r
1075      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1076      */\r
1077     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1078     {\r
1079       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1080       {\r
1081         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1082             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1083         return;\r
1084       }\r
1085 \r
1086         seq.deleteCharAt(j);\r
1087         seqEditOccurred = true;\r
1088         seqCanvas.repaint();\r
1089     }\r
1090     /**\r
1091      * DOCUMENT ME!\r
1092      *\r
1093      * @param e DOCUMENT ME!\r
1094      */\r
1095     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1096     {\r
1097         if(oldSeq < 0)\r
1098           oldSeq = 0;\r
1099 \r
1100         if (scrollThread != null)\r
1101         {\r
1102             scrollThread.running = false;\r
1103             scrollThread = null;\r
1104         }\r
1105     }\r
1106 \r
1107     /**\r
1108      * DOCUMENT ME!\r
1109      *\r
1110      * @param e DOCUMENT ME!\r
1111      */\r
1112     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1113     {\r
1114         if (av.getWrapAlignment())\r
1115         {\r
1116             return;\r
1117         }\r
1118 \r
1119         if (mouseDragging)\r
1120         {\r
1121             scrollThread = new ScrollThread();\r
1122         }\r
1123     }\r
1124 \r
1125     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1126     {}\r
1127 \r
1128     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1129     {\r
1130       e.consume();\r
1131      /* if (mouseWheelPressed)\r
1132       {\r
1133         Font font = av.getFont();\r
1134         int fontSize = font.getSize();\r
1135         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1136           fontSize++;\r
1137         else if (fontSize > 1)\r
1138           fontSize--;\r
1139 \r
1140 \r
1141 \r
1142         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1143 \r
1144         ap.fontChanged();\r
1145       }\r
1146       else*/\r
1147       {\r
1148         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1149           ap.scrollUp(false);\r
1150         else\r
1151           ap.scrollUp(true);\r
1152       }\r
1153 \r
1154     }\r
1155 \r
1156 \r
1157 \r
1158     /**\r
1159      * DOCUMENT ME!\r
1160      *\r
1161      * @param i DOCUMENT ME!\r
1162      */\r
1163     void editOccurred()\r
1164     {\r
1165       if (!seqEditOccurred)\r
1166       {\r
1167         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1168         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1169       }\r
1170 \r
1171       endEditing();\r
1172 \r
1173       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1174 \r
1175     }\r
1176 \r
1177     /**\r
1178      * DOCUMENT ME!\r
1179      *\r
1180      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1181      */\r
1182     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1183     {\r
1184       int res = findRes(evt);\r
1185       int seq = findSeq(evt);\r
1186       oldSeq = seq;\r
1187 \r
1188       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1189 \r
1190       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1191       {\r
1192           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1193               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1194               "Wrapped view - no edit",\r
1195               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1196           return;\r
1197       }\r
1198 \r
1199       if(seq<0 || res<0)\r
1200             return;\r
1201 \r
1202         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1203 \r
1204         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1205         {\r
1206             return;\r
1207         }\r
1208 \r
1209         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1210 \r
1211         if (stretchGroup == null)\r
1212         {\r
1213             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1214 \r
1215             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1216                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1217             {\r
1218                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1219             }\r
1220             else\r
1221             {\r
1222                 stretchGroup = null;\r
1223             }\r
1224         }\r
1225         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1226                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1227                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1228         {\r
1229             stretchGroup = null;\r
1230 \r
1231             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1232 \r
1233             if (allGroups != null)\r
1234             {\r
1235                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1236                 {\r
1237                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1238                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1239                     {\r
1240                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1241                         break;\r
1242                     }\r
1243                 }\r
1244             }\r
1245 \r
1246             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1247 \r
1248         }\r
1249 \r
1250 \r
1251         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1252         {\r
1253           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1254                                                   sequence.findPosition(res));\r
1255           Vector links = new Vector();\r
1256             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1257             {\r
1258               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1259               if (sf.links != null)\r
1260               {\r
1261                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1262                 {\r
1263                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1264                 }\r
1265               }\r
1266             }\r
1267 \r
1268             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1269             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1270             return;\r
1271         }\r
1272 \r
1273         if (av.cursorMode)\r
1274         {\r
1275           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1276           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1277           seqCanvas.repaint();\r
1278           return;\r
1279         }\r
1280 \r
1281         if (stretchGroup == null)\r
1282         {\r
1283           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1284 \r
1285           // define a new group here\r
1286           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1287           sg.setStartRes(res);\r
1288           sg.setEndRes(res);\r
1289           sg.addSequence(sequence, false);\r
1290           av.setSelectionGroup(sg);\r
1291           stretchGroup = sg;\r
1292 \r
1293           if (av.getConservationSelected())\r
1294           {\r
1295             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1296                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1297                                               "Background");\r
1298           }\r
1299 \r
1300           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1301           {\r
1302             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1303                                            "Background");\r
1304           }\r
1305           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1306           {\r
1307             // Edit end res position of selected group\r
1308             changeEndRes = true;\r
1309           }\r
1310           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1311                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1312           {\r
1313             // Edit end res position of selected group\r
1314             changeStartRes = true;\r
1315           }\r
1316           stretchGroup.getWidth();\r
1317         }\r
1318 \r
1319         seqCanvas.repaint();\r
1320     }\r
1321 \r
1322     /**\r
1323      * DOCUMENT ME!\r
1324      *\r
1325      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1326      */\r
1327     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1328     {\r
1329         if (stretchGroup == null)\r
1330         {\r
1331             return;\r
1332         }\r
1333 \r
1334 \r
1335         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1336         {\r
1337           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1338           {\r
1339             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1340                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1341                 stretchGroup.getWidth());\r
1342           }\r
1343 \r
1344           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1345           {\r
1346             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1347                                               stretchGroup.getName());\r
1348             stretchGroup.recalcConservation();\r
1349           }\r
1350           else\r
1351           {\r
1352             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1353                                            stretchGroup.getName());\r
1354           }\r
1355         }\r
1356         changeEndRes = false;\r
1357         changeStartRes = false;\r
1358         stretchGroup = null;\r
1359 \r
1360         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1361     }\r
1362 \r
1363     /**\r
1364      * DOCUMENT ME!\r
1365      *\r
1366      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1367      */\r
1368     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1369     {\r
1370       int res = findRes(evt);\r
1371       int y = findSeq(evt);\r
1372 \r
1373       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1374         return;\r
1375 \r
1376        if (stretchGroup == null)\r
1377        {\r
1378             return;\r
1379        }\r
1380 \r
1381         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1382         {\r
1383           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1384         }\r
1385 \r
1386         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1387         {\r
1388             // Edit end res position of selected group\r
1389             changeEndRes = true;\r
1390         }\r
1391         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1392         {\r
1393             // Edit start res position of selected group\r
1394             changeStartRes = true;\r
1395         }\r
1396 \r
1397         if (res < av.getStartRes())\r
1398         {\r
1399             res = av.getStartRes();\r
1400         }\r
1401 \r
1402         if (changeEndRes)\r
1403         {\r
1404             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1405             {\r
1406                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1407             }\r
1408         }\r
1409         else if (changeStartRes)\r
1410         {\r
1411             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1412             {\r
1413                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1414             }\r
1415         }\r
1416 \r
1417         int dragDirection = 0;\r
1418 \r
1419         if (y > oldSeq)\r
1420         {\r
1421             dragDirection = 1;\r
1422         }\r
1423         else if (y < oldSeq)\r
1424         {\r
1425             dragDirection = -1;\r
1426         }\r
1427 \r
1428 \r
1429         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1430         {\r
1431             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1432             // selection is quite slow.\r
1433             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1434 \r
1435             oldSeq += dragDirection;\r
1436 \r
1437             if(oldSeq<0)\r
1438               break;\r
1439 \r
1440             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1441 \r
1442             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1443             {\r
1444                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1445             }\r
1446             else\r
1447             {\r
1448                 if (seq != null)\r
1449                 {\r
1450                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1451                 }\r
1452 \r
1453                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1454             }\r
1455         }\r
1456 \r
1457         if(oldSeq < 0)\r
1458           oldSeq = -1;\r
1459 \r
1460         mouseDragging = true;\r
1461 \r
1462         if (scrollThread != null)\r
1463         {\r
1464             scrollThread.setEvent(evt);\r
1465         }\r
1466 \r
1467         seqCanvas.repaint();\r
1468     }\r
1469 \r
1470     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1471     {\r
1472       if(evt==null)\r
1473       {\r
1474         if(scrollThread!=null)\r
1475         {\r
1476           scrollThread.running = false;\r
1477           scrollThread = null;\r
1478         }\r
1479         mouseDragging = false;\r
1480       }\r
1481       else\r
1482       {\r
1483         if (scrollThread == null)\r
1484           scrollThread = new ScrollThread();\r
1485 \r
1486         mouseDragging = true;\r
1487         scrollThread.setEvent(evt);\r
1488       }\r
1489 \r
1490     }\r
1491 \r
1492 \r
1493     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1494     class ScrollThread extends Thread\r
1495     {\r
1496         MouseEvent evt;\r
1497         boolean running = false;\r
1498 \r
1499         public ScrollThread()\r
1500         {\r
1501             start();\r
1502         }\r
1503 \r
1504         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1505         {\r
1506             evt = e;\r
1507         }\r
1508 \r
1509         public void stopScrolling()\r
1510         {\r
1511             running = false;\r
1512         }\r
1513 \r
1514         public void run()\r
1515         {\r
1516             running = true;\r
1517 \r
1518             while (running)\r
1519             {\r
1520                 if (evt != null)\r
1521                 {\r
1522                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1523                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1524                     {\r
1525                         running = ap.scrollUp(true);\r
1526                     }\r
1527 \r
1528                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1529                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1530                     {\r
1531                         running = ap.scrollUp(false);\r
1532                     }\r
1533 \r
1534                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1535                     {\r
1536                         running = ap.scrollRight(false);\r
1537                     }\r
1538                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1539                     {\r
1540                         running = ap.scrollRight(true);\r
1541                     }\r
1542                 }\r
1543 \r
1544                 try\r
1545                 {\r
1546                     Thread.sleep(20);\r
1547                 }\r
1548                 catch (Exception ex)\r
1549                 {\r
1550                 }\r
1551             }\r
1552         }\r
1553     }\r
1554 }\r