src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends JPanel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  14   public    AlignmentPanel    ap;\r
  15 \r
  16   protected int lastres;\r
  17   protected int startseq;\r
  18 \r
  19   protected AlignViewport av;\r
  20 \r
  21   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  22   int seqEditOccurred = -1;\r
  23 \r
  24   ScrollThread scrollThread = null;\r
  25   boolean mouseDragging = false;\r
  26 \r
  27 \r
  28   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  29     this.av         = avp;\r
  30 \r
  31     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  32     setLayout(new BorderLayout());\r
  33     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  34 \r
  35     ap = p;\r
  36 \r
  37     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  38     {\r
  39       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  40       {\r
  41        if(av.getWrapAlignment())\r
  42          return;\r
  43         doMouseMoved(evt);    }\r
  44 \r
  45       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47         if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  50           doMouseDragged(evt);\r
  51         else\r
  52           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  53       }\r
  54     });\r
  55 \r
  56     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  57     {\r
  58       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  59       {\r
  60         if(av.getWrapAlignment())\r
  61          return;\r
  62         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  63           doMouseReleased(evt);\r
  64         else\r
  65           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  66       }\r
  67       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  68       {\r
  69         if(av.getWrapAlignment())\r
  70          return;\r
  71         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  72           doMousePressed(evt);\r
  73         else\r
  74           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  75       }\r
  76       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  77       {\r
  78         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  79                   evt.isControlDown())\r
  80                 return;\r
  81               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  82 \r
  83       }\r
  84       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  85       {\r
  86         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  87             evt.isControlDown())\r
  88           return;\r
  89         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  90       }\r
  91 \r
  92     });\r
  93     repaint();\r
  94   }\r
  95 \r
  96 \r
  97   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  98 \r
  99     startseq = -1;\r
 100     lastres  = -1;\r
 101     if(seqEditOccurred>-1)\r
 102       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 103 \r
 104     seqEditOccurred = -1;\r
 105 \r
 106     ap.repaint();\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 110     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 111     int seq;\r
 112     int res;\r
 113 \r
 114     int x = evt.getX();\r
 115     int y = evt.getY();\r
 116 \r
 117     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 118     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 119 \r
 120     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 121         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 122     {\r
 123       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 124       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 125       // in the alignment\r
 126 \r
 127       startseq = seq;\r
 128 \r
 129       lastres = res;\r
 130 \r
 131     }\r
 132     else\r
 133     {\r
 134       startseq = -1;\r
 135       lastres = -1;\r
 136     }\r
 137 \r
 138     return;\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 142   {\r
 143     int res=0, seq=0;\r
 144     int x = evt.getX();\r
 145     int y = evt.getY();\r
 146     if(av.wrapAlignment)\r
 147     {\r
 148       y -= 2*av.charHeight;\r
 149       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 150 \r
 151 \r
 152       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 153 \r
 154       y %= chunkHeight;\r
 155       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 156 \r
 157     }\r
 158     else\r
 159     {\r
 160       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 161       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 162     }\r
 163 \r
 164 \r
 165     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 166       return;\r
 167 \r
 168     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 169     if(res>sequence.getLength())\r
 170       return;\r
 171 \r
 172     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 173     String aa = "";\r
 174     if(obj!=null)\r
 175          aa = obj.toString();\r
 176 \r
 177     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 178     if(aa!="")\r
 179       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 180 \r
 181     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 182 \r
 183     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 184     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 185     {\r
 186       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 187       Enumeration e = features.elements();\r
 188       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 189 \r
 190 \r
 191       while (e.hasMoreElements())\r
 192       {\r
 193         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 194         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 195             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 196         {\r
 197           if(sbuffer.length()>0)\r
 198             sbuffer.append("; ");\r
 199           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 200           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 201             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 202         }\r
 203 \r
 204       }\r
 205 \r
 206       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 207       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 208     }\r
 209 \r
 210 \r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 214 \r
 215     // If we're dragging we're editing\r
 216     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 217     if (res < 0)\r
 218       res = 0;\r
 219 \r
 220     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 221       return;\r
 222 \r
 223     boolean dragRight = true;\r
 224     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 225       dragRight = false;\r
 226 \r
 227 \r
 228     if (res != lastres)\r
 229     {\r
 230         // Group editing\r
 231         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 232         {\r
 233           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 234           if(sg==null)\r
 235           {\r
 236             lastres=-1;\r
 237             return;\r
 238           }\r
 239 \r
 240             // drag to right\r
 241             if(dragRight)\r
 242                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 243 \r
 244             // drag to left\r
 245             else\r
 246             {\r
 247                /// Are we able to delete?\r
 248                // ie are all columns blank?\r
 249                boolean deleteAllowed = false;\r
 250               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 251               {\r
 252                 SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 253                 for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 254                 {\r
 255                   if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 256                     continue;\r
 257 \r
 258                   if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 259                   {\r
 260                     // Not a gap, block edit not valid\r
 261                     res=j+1;\r
 262                     deleteAllowed = false;\r
 263                     continue;\r
 264                   }\r
 265                   deleteAllowed = true;\r
 266                 }\r
 267               }\r
 268 \r
 269               if(!deleteAllowed)\r
 270               {\r
 271                 lastres = -1;\r
 272                 return;\r
 273               }\r
 274 \r
 275               sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 276             }\r
 277 \r
 278 \r
 279             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 280             {\r
 281               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 282               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 283 \r
 284               // drag to right\r
 285               if (dragRight)\r
 286                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 287                   insertChar(j, k);\r
 288 \r
 289               // drag to left\r
 290               else\r
 291               {\r
 292                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 293                 {\r
 294                   if(s.getLength()>j)\r
 295                     deleteChar(res, k);\r
 296                 }\r
 297               }\r
 298             }\r
 299         }\r
 300         else /////Editing a single sequence///////////\r
 301         {\r
 302           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 303           {\r
 304             // dragging to the right\r
 305             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 306               insertChar(j, startseq);\r
 307           }\r
 308           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 309           {\r
 310             // dragging to the left\r
 311             for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 312             {\r
 313               deleteChar(res, startseq);\r
 314             }\r
 315           }\r
 316 \r
 317         }\r
 318     }\r
 319 \r
 320     lastres = res;\r
 321     repaint();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 325     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 326     repaint();\r
 327   }\r
 328 \r
 329   public void insertChar(int j, int seq)\r
 330   {\r
 331     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 332     seqEditOccurred=seq;\r
 333   }\r
 334 \r
 335   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 336   {\r
 337 \r
 338     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 339     {  av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 340 \r
 341     }\r
 342     else System.out.println("err "+seq+" "+j);\r
 343     av.alignment.getWidth();\r
 344     repaint();\r
 345     seqEditOccurred=seq;\r
 346 \r
 347   }\r
 348 \r
 349 \r
 350   void updateConservation(int i)\r
 351   {\r
 352     av.updateConservation();\r
 353     av.updateConsensus();\r
 354 \r
 355     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 356     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 357       cs = ( (ConservationColourScheme) cs).cs;\r
 358 \r
 359     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 360       cs = new ClustalxColourScheme(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 361 \r
 362     ap.alignFrame.changeColour(cs);\r
 363 \r
 364   }\r
 365 \r
 366 //////////////////////////////////////////\r
 367 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 368 //////////////////////////////////////////\r
 369   int oldSeq = -1;\r
 370   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 371   {\r
 372     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 373     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 374     oldSeq = seq;\r
 375 \r
 376     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 377 \r
 378     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 379       return;\r
 380 \r
 381     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 382 \r
 383     if(stretchGroup == null)\r
 384      {\r
 385        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 386        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 387          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 388        else\r
 389          stretchGroup = null;\r
 390      }\r
 391 \r
 392     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 393             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 394             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 395      {\r
 396        stretchGroup = null;\r
 397 \r
 398        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 399 \r
 400        if (allGroups != null)\r
 401          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 402            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 403                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 404            {\r
 405              stretchGroup = allGroups[i];\r
 406              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 407              break;\r
 408            }\r
 409      }\r
 410 \r
 411     if(stretchGroup==null)\r
 412     {\r
 413       // define a new group here\r
 414       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 415       sg.setStartRes(res);\r
 416       sg.setEndRes(res);\r
 417       sg.addSequence( sequence );\r
 418       av.setSelectionGroup( sg );\r
 419       stretchGroup = sg;\r
 420 \r
 421       if(av.getConservationSelected())\r
 422         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 423       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 424         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 425 \r
 426     }\r
 427     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 428     {\r
 429         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 430         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 431 \r
 432     // edit the properties of existing group\r
 433     }\r
 434 \r
 435     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 436       // Edit end res position of selected group\r
 437       changeEndRes = true;\r
 438 \r
 439    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 440       // Edit end res position of selected group\r
 441       changeStartRes = true;\r
 442 \r
 443 \r
 444     repaint();\r
 445 \r
 446   }\r
 447 \r
 448   boolean changeEndSeq = false;\r
 449   boolean changeStartSeq = false;\r
 450   boolean changeEndRes = false;\r
 451   boolean changeStartRes = false;\r
 452   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 453 \r
 454   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 455   {\r
 456     mouseDragging = false;\r
 457 \r
 458     if(stretchGroup==null)\r
 459       return;\r
 460 \r
 461     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 462     {\r
 463       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 464       repaint();\r
 465     }\r
 466 \r
 467     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 468     {\r
 469        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 470        stretchGroup.cs = ccs;\r
 471        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 472 \r
 473        repaint();\r
 474     }\r
 475     else\r
 476     {\r
 477       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 478       {\r
 479         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 480         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 481       }\r
 482 \r
 483     }\r
 484 \r
 485 \r
 486     changeEndRes = false;\r
 487     changeStartRes = false;\r
 488     stretchGroup = null;\r
 489     ap.idPanel.repaint();\r
 490   }\r
 491 \r
 492 \r
 493   boolean remove = false;\r
 494   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 495   {\r
 496     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 497     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 498 \r
 499     if(stretchGroup==null)\r
 500       return;\r
 501 \r
 502     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 503       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 504 \r
 505 \r
 506     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 507       // Edit end res position of selected group\r
 508       changeEndRes = true;\r
 509 \r
 510     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 511       // Edit start res position of selected group\r
 512       changeStartRes = true;\r
 513 \r
 514 \r
 515     if(res<av.getStartRes())\r
 516       res = av.getStartRes();\r
 517     else if(res>av.getEndRes())\r
 518       res = av.getEndRes();\r
 519 \r
 520     if(changeEndRes)\r
 521     {\r
 522       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 523         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 524     }\r
 525     else if(changeStartRes)\r
 526     {\r
 527       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 528         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 529     }\r
 530 \r
 531     int dragDirection = 0;\r
 532     if (y > oldSeq)\r
 533       dragDirection = 1;\r
 534     else if (y < oldSeq)\r
 535       dragDirection = -1;\r
 536 \r
 537     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 538     {\r
 539       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 540       // selection is quite slow.\r
 541       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 542 \r
 543       oldSeq += dragDirection;\r
 544       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 545 \r
 546       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 547       {\r
 548         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 549         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 550       }\r
 551       else\r
 552       {\r
 553        if(seq!=null)\r
 554         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 555         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 556       }\r
 557     }\r
 558     oldSeq = y;\r
 559     mouseDragging = true;\r
 560     if(scrollThread!=null)\r
 561       scrollThread.setEvent(evt);\r
 562 \r
 563     repaint();\r
 564   }\r
 565 \r
 566   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 567   {\r
 568     if (scrollThread != null)\r
 569       scrollThread.running = false;\r
 570   }\r
 571 \r
 572   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 573   {\r
 574     if (av.getWrapAlignment())\r
 575       return;\r
 576 \r
 577     if(mouseDragging)\r
 578       scrollThread = new ScrollThread();\r
 579 \r
 580   }\r
 581   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 582   class ScrollThread extends Thread\r
 583   {\r
 584     MouseEvent evt;\r
 585     boolean running = false;\r
 586     public ScrollThread()\r
 587     {\r
 588       start();\r
 589     }\r
 590 \r
 591     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 592     {\r
 593       evt = e;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     public void stopScrolling()\r
 597     {\r
 598       running = false;\r
 599     }\r
 600 \r
 601     public void run()\r
 602     {\r
 603       running = true;\r
 604       while (running)\r
 605       {\r
 606         if(evt!=null)\r
 607         {\r
 608 \r
 609           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 610             running = ap.scrollUp(true);\r
 611 \r
 612           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 613               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 614             running = ap.scrollUp(false);\r
 615 \r
 616           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 617             running = ap.scrollRight(true);\r
 618 \r
 619           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 620             running = ap.scrollRight(false);\r
 621         }\r
 622 \r
 623         try\r
 624         {\r
 625           Thread.sleep(75);\r
 626         }\r
 627         catch (Exception ex)\r
 628         {}\r
 629       }\r
 630     }\r
 631 }\r
 632 \r
 633 \r
 634 \r
 635 }\r
 636 \r
 637 \r
 638 \r
 639 \r