src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 \r
  32 import javax.swing.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SeqPanel extends JPanel\r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     int startEdit = -1;\r
  51     int endEdit = -1;\r
  52     protected AlignViewport av;\r
  53 \r
  54     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  55     int seqEditOccurred = -1;\r
  56     ScrollThread scrollThread = null;\r
  57     boolean mouseDragging = false;\r
  58     boolean editingSeqs = false;\r
  59     boolean groupEditing = false;\r
  60 \r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  63     //////////////////////////////////////////\r
  64     int oldSeq = -1;\r
  65     boolean changeEndSeq = false;\r
  66     boolean changeStartSeq = false;\r
  67     boolean changeEndRes = false;\r
  68     boolean changeStartRes = false;\r
  69     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  70     boolean remove = false;\r
  71 \r
  72     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Creates a new SeqPanel object.\r
  76      *\r
  77      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  78      * @param p DOCUMENT ME!\r
  79      */\r
  80     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  81     {\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  84         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  85         this.av = avp;\r
  86         setBackground(Color.white);\r
  87 \r
  88         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  89         setLayout(new BorderLayout());\r
  90         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92         ap = p;\r
  93 \r
  94         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  95             {\r
  96                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  97                 {\r
  98                     doMouseMoved(evt);\r
  99                 }\r
 100 \r
 101                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 102                 {\r
 103                     if (editingSeqs)\r
 104                     {\r
 105                         doMouseDragged(evt);\r
 106                     }\r
 107                     else\r
 108                     {\r
 109                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 110                     }\r
 111                 }\r
 112             });\r
 113 \r
 114        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 115        {\r
 116          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 117          {\r
 118 \r
 119            if (mouseWheelPressed)\r
 120            {\r
 121              Font font = av.getFont();\r
 122              int fontSize = font.getSize();\r
 123              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 30)\r
 124                fontSize++;\r
 125              else if (fontSize > 1)\r
 126                fontSize--;\r
 127 \r
 128              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 129              ap.fontChanged();\r
 130            }\r
 131            else\r
 132            {\r
 133              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 134                ap.scrollUp(false);\r
 135              else\r
 136                ap.scrollUp(true);\r
 137            }\r
 138 \r
 139          }\r
 140        });\r
 141 \r
 142 \r
 143         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 144             {\r
 145                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 146                 {\r
 147                     mouseWheelPressed = false;\r
 148 \r
 149                     if (editingSeqs)\r
 150                     {\r
 151                         doMouseReleased(evt);\r
 152                     }\r
 153                     else\r
 154                     {\r
 155                         doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 156                     }\r
 157                 }\r
 158 \r
 159                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 160                 {\r
 161                   if( javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 162                   {\r
 163                     mouseWheelPressed = true;\r
 164                     return;\r
 165                   }\r
 166 \r
 167                     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 168                             evt.isControlDown())\r
 169                     {\r
 170                         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 171                         {\r
 172                             groupEditing = true;\r
 173                         }\r
 174 \r
 175                         editingSeqs = true;\r
 176                         doMousePressed(evt);\r
 177                     }\r
 178                     else\r
 179                     {\r
 180                         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 181                     }\r
 182                 }\r
 183 \r
 184                 public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 185                 {\r
 186                   if (editingSeqs)\r
 187                   {\r
 188                     return;\r
 189                   }\r
 190 \r
 191                   doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 192                 }\r
 193 \r
 194                 public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 195                 {\r
 196                   if (editingSeqs)\r
 197                   {\r
 198                     return;\r
 199                   }\r
 200 \r
 201                     doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 202                 }\r
 203             });\r
 204     }\r
 205 \r
 206     int startWrapBlock=-1;\r
 207     int wrappedBlock=-1;\r
 208     int findRes(MouseEvent evt)\r
 209    {\r
 210      int res = 0;\r
 211      int x = evt.getX();\r
 212 \r
 213     if (av.wrapAlignment)\r
 214     {\r
 215 \r
 216       int hgap = av.charHeight;\r
 217       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 218         hgap += av.charHeight;\r
 219 \r
 220       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 221           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 222 \r
 223         int y = evt.getY();\r
 224         y -= hgap;\r
 225         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 226 \r
 227 \r
 228         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 229 \r
 230         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 231         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 232 \r
 233         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 234 \r
 235     }\r
 236     else\r
 237     {\r
 238         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 239     }\r
 240 \r
 241     return res;\r
 242 \r
 243    }\r
 244 \r
 245    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 246    {\r
 247 \r
 248      int seq = 0;\r
 249      int y = evt.getY();\r
 250 \r
 251      if (av.wrapAlignment)\r
 252      {\r
 253        int hgap = av.charHeight;\r
 254        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 255          hgap += av.charHeight;\r
 256 \r
 257        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 258            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 259 \r
 260          y -= hgap;\r
 261 \r
 262        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 263      }\r
 264      else\r
 265      {\r
 266        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 267      }\r
 268 \r
 269      return seq;\r
 270    }\r
 271 \r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * DOCUMENT ME!\r
 275      *\r
 276      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 277      */\r
 278     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 279     {\r
 280         if (seqEditOccurred > -1)\r
 281         {\r
 282             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 283         }\r
 284 \r
 285         startseq = -1;\r
 286         lastres = -1;\r
 287         seqEditOccurred = -1;\r
 288         editingSeqs = false;\r
 289         groupEditing = false;\r
 290 \r
 291         ap.repaint();\r
 292     }\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * DOCUMENT ME!\r
 296      *\r
 297      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 298      */\r
 299     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 300     {\r
 301       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 302                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 303 \r
 304       int seq = findSeq(evt);\r
 305       int res = findRes(evt);\r
 306 \r
 307       if(seq<0 || res<0)\r
 308         return;\r
 309 \r
 310         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 311                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 312         {\r
 313             startseq = seq;\r
 314             lastres = res;\r
 315         }\r
 316         else\r
 317         {\r
 318             startseq = -1;\r
 319             lastres = -1;\r
 320         }\r
 321 \r
 322         startEdit = lastres;\r
 323         endEdit = lastres;\r
 324 \r
 325         return;\r
 326     }\r
 327 \r
 328     /**\r
 329      * DOCUMENT ME!\r
 330      *\r
 331      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 332      */\r
 333     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 334     {\r
 335       int res = findRes(evt);\r
 336       int seq = findSeq(evt);\r
 337 \r
 338       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 339             return;\r
 340 \r
 341       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 342 \r
 343       if (res > sequence.getLength())\r
 344       {\r
 345         return;\r
 346       }\r
 347 \r
 348         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 349                 sequence.getName());\r
 350 \r
 351         Object obj = null;\r
 352         if (av.alignment.isNucleotide())\r
 353         {\r
 354           obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 355               "");\r
 356           if(obj!=null)\r
 357             text.append(" Nucleotide: ");\r
 358         }\r
 359         else\r
 360         {\r
 361           obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 362           if(obj!=null)\r
 363             text.append("  Residue: ");\r
 364         }\r
 365 \r
 366         if (obj != null)\r
 367         {\r
 368 \r
 369           if (obj != "")\r
 370           {\r
 371             text.append( obj + " (" +\r
 372                         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 373           }\r
 374         }\r
 375 \r
 376         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 377 \r
 378         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 379         if (av.showSequenceFeatures)\r
 380         {\r
 381             Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 382             Enumeration e = features.elements();\r
 383             StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 384 \r
 385             while (e.hasMoreElements())\r
 386             {\r
 387                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 388 \r
 389                 if ((sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 390                         (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 391                 {\r
 392                     if (sbuffer.length() > 0)\r
 393                     {\r
 394                         sbuffer.append("; ");\r
 395                     }\r
 396 \r
 397                     sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 398 \r
 399                     if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 400                     {\r
 401                         sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 402                     }\r
 403                 }\r
 404             }\r
 405 \r
 406             this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 407         }\r
 408     }\r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * DOCUMENT ME!\r
 412      *\r
 413      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 414      */\r
 415     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 416     {\r
 417         // If we're dragging we're editing\r
 418         int res = findRes(evt);\r
 419 \r
 420         if (res < 0)\r
 421         {\r
 422             res = 0;\r
 423         }\r
 424 \r
 425         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 426         {\r
 427             return;\r
 428         }\r
 429 \r
 430         boolean dragRight = true;\r
 431 \r
 432         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 433         {\r
 434             dragRight = false;\r
 435         }\r
 436 \r
 437         if (res != lastres)\r
 438         {\r
 439             // Group editing\r
 440             if (groupEditing)\r
 441             {\r
 442                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 443 \r
 444                 if (sg == null)\r
 445                 {\r
 446                     lastres = -1;\r
 447 \r
 448                     return;\r
 449                 }\r
 450 \r
 451                 // drag to right\r
 452                 if (dragRight)\r
 453                 {\r
 454                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 455                 }\r
 456 \r
 457                 // drag to left\r
 458                 else\r
 459                 {\r
 460                     /// Are we able to delete?\r
 461                     // ie are all columns blank?\r
 462                     boolean deleteAllowed = false;\r
 463 \r
 464                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 465                     {\r
 466                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 467 \r
 468                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 469                         {\r
 470                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 471                             {\r
 472                                 continue;\r
 473                             }\r
 474 \r
 475                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 476                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 477                             {\r
 478                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 479                                 res = j + 1;\r
 480                                 deleteAllowed = false;\r
 481 \r
 482                                 continue;\r
 483                             }\r
 484 \r
 485                             deleteAllowed = true;\r
 486                         }\r
 487                     }\r
 488 \r
 489                     if (!deleteAllowed)\r
 490                     {\r
 491                         lastres = -1;\r
 492 \r
 493                         return;\r
 494                     }\r
 495 \r
 496                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 497                 }\r
 498 \r
 499                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 500                 {\r
 501                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 502                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 503 \r
 504                     // drag to right\r
 505                     if (dragRight)\r
 506                     {\r
 507                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 508                         {\r
 509                             insertChar(j, k);\r
 510                         }\r
 511                     }\r
 512 \r
 513                     // drag to left\r
 514                     else\r
 515                     {\r
 516                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 517                         {\r
 518                             if (s.getLength() > j)\r
 519                             {\r
 520                                 deleteChar(res, k);\r
 521                             }\r
 522                         }\r
 523                     }\r
 524                 }\r
 525             }\r
 526             else /////Editing a single sequence///////////\r
 527             {\r
 528                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 529                 {\r
 530                     // dragging to the right\r
 531                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 532                     {\r
 533                         insertChar(j, startseq);\r
 534                     }\r
 535                 }\r
 536                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 537                         (res < lastres))\r
 538                 {\r
 539                     // dragging to the left\r
 540                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 541                     {\r
 542                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 543                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 544                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 545                         {\r
 546                             deleteChar(res, startseq);\r
 547                         }\r
 548                         else\r
 549                         {\r
 550                             break;\r
 551                         }\r
 552                     }\r
 553                 }\r
 554             }\r
 555         }\r
 556 \r
 557         endEdit = res;\r
 558         lastres = res;\r
 559         seqCanvas.repaint();\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * DOCUMENT ME!\r
 564      *\r
 565      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 566      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 567      * @param start DOCUMENT ME!\r
 568      */\r
 569     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 570     {\r
 571         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 572             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 573         seqCanvas.repaint();\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      * DOCUMENT ME!\r
 578      *\r
 579      * @param j DOCUMENT ME!\r
 580      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 581      */\r
 582     public void insertChar(int j, int seq)\r
 583     {\r
 584         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 585         seqEditOccurred = seq;\r
 586     }\r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * DOCUMENT ME!\r
 590      *\r
 591      * @param j DOCUMENT ME!\r
 592      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 593      */\r
 594     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 595     {\r
 596         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 597         seqEditOccurred = seq;\r
 598 \r
 599         av.alignment.getWidth();\r
 600         seqCanvas.repaint();\r
 601     }\r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * DOCUMENT ME!\r
 605      *\r
 606      * @param i DOCUMENT ME!\r
 607      */\r
 608     void editOccurred(int i)\r
 609     {\r
 610       if (endEdit == startEdit)\r
 611       {\r
 612         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 613         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 614       }\r
 615 \r
 616       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 617 \r
 618     }\r
 619 \r
 620     /**\r
 621      * DOCUMENT ME!\r
 622      *\r
 623      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 624      */\r
 625     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 626     {\r
 627       int res = findRes(evt);\r
 628       int seq = findSeq(evt);\r
 629       oldSeq = seq;\r
 630 \r
 631       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 632 \r
 633       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
 634       {\r
 635           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 636               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
 637               "Wrapped view - no edit",\r
 638               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 639         return;\r
 640       }\r
 641 \r
 642       if(seq<0 || res<0)\r
 643             return;\r
 644 \r
 645 \r
 646         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 647 \r
 648         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 649         {\r
 650             return;\r
 651         }\r
 652 \r
 653         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 654 \r
 655         if (stretchGroup == null)\r
 656         {\r
 657             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 658 \r
 659             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 660                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 661             {\r
 662                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 663             }\r
 664             else\r
 665             {\r
 666                 stretchGroup = null;\r
 667             }\r
 668         }\r
 669         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 670                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 671                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 672         {\r
 673             stretchGroup = null;\r
 674 \r
 675             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 676 \r
 677             if (allGroups != null)\r
 678             {\r
 679                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 680                 {\r
 681                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 682                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 683                     {\r
 684                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 685                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 686 \r
 687                         break;\r
 688                     }\r
 689                 }\r
 690             }\r
 691         }\r
 692 \r
 693         if (stretchGroup == null)\r
 694         {\r
 695             // define a new group here\r
 696             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 697             sg.setStartRes(res);\r
 698             sg.setEndRes(res);\r
 699             sg.addSequence(sequence, false);\r
 700             av.setSelectionGroup(sg);\r
 701             stretchGroup = sg;\r
 702 \r
 703             if (av.getConservationSelected())\r
 704             {\r
 705                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 706                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 707             }\r
 708 \r
 709             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 710             {\r
 711                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 712                     "Background");\r
 713             }\r
 714         }\r
 715         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 716         {\r
 717             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 718             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 719 \r
 720             // edit the properties of existing group\r
 721         }\r
 722 \r
 723         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 724         {\r
 725             // Edit end res position of selected group\r
 726             changeEndRes = true;\r
 727         }\r
 728         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 729         {\r
 730             // Edit end res position of selected group\r
 731             changeStartRes = true;\r
 732         }\r
 733 \r
 734         stretchGroup.getWidth();\r
 735 \r
 736         seqCanvas.repaint();\r
 737     }\r
 738 \r
 739     /**\r
 740      * DOCUMENT ME!\r
 741      *\r
 742      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 743      */\r
 744     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 745     {\r
 746         if (mouseDragging)\r
 747         {\r
 748             stretchGroup.recalcConservation();\r
 749             mouseDragging = false;\r
 750         }\r
 751 \r
 752         if (stretchGroup == null)\r
 753         {\r
 754             return;\r
 755         }\r
 756 \r
 757         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 758         {\r
 759           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 760           {\r
 761             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 762                 sequences,\r
 763                 stretchGroup.getWidth());\r
 764           }\r
 765 \r
 766           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 767           {\r
 768             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 769                                               stretchGroup.getName());\r
 770           }\r
 771           else\r
 772           {\r
 773             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 774                                            stretchGroup.getName());\r
 775           }\r
 776         }\r
 777         changeEndRes = false;\r
 778         changeStartRes = false;\r
 779         stretchGroup = null;\r
 780         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 781     }\r
 782 \r
 783     /**\r
 784      * DOCUMENT ME!\r
 785      *\r
 786      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 787      */\r
 788     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 789     {\r
 790       int res = findRes(evt);\r
 791       int y = findSeq(evt);\r
 792 \r
 793       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 794         return;\r
 795 \r
 796       if (stretchGroup == null)\r
 797       {\r
 798             return;\r
 799         }\r
 800 \r
 801         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 802         {\r
 803             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 804         }\r
 805 \r
 806         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 807         {\r
 808             // Edit end res position of selected group\r
 809             changeEndRes = true;\r
 810         }\r
 811         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 812         {\r
 813             // Edit start res position of selected group\r
 814             changeStartRes = true;\r
 815         }\r
 816 \r
 817         if (res < av.getStartRes())\r
 818         {\r
 819             res = av.getStartRes();\r
 820         }\r
 821         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 822         {\r
 823             res = av.getEndRes();\r
 824         }\r
 825 \r
 826         if (changeEndRes)\r
 827         {\r
 828             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 829             {\r
 830                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 831             }\r
 832         }\r
 833         else if (changeStartRes)\r
 834         {\r
 835             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 836             {\r
 837                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 838             }\r
 839         }\r
 840 \r
 841         int dragDirection = 0;\r
 842 \r
 843         if (y > oldSeq)\r
 844         {\r
 845             dragDirection = 1;\r
 846         }\r
 847         else if (y < oldSeq)\r
 848         {\r
 849             dragDirection = -1;\r
 850         }\r
 851 \r
 852         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 853         {\r
 854             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 855             // selection is quite slow.\r
 856             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 857 \r
 858             oldSeq += dragDirection;\r
 859 \r
 860             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 861 \r
 862             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 863             {\r
 864                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 865             }\r
 866             else\r
 867             {\r
 868                 if (seq != null)\r
 869                 {\r
 870                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 871                 }\r
 872 \r
 873                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 874             }\r
 875         }\r
 876 \r
 877         oldSeq = y;\r
 878         mouseDragging = true;\r
 879 \r
 880         if (scrollThread != null)\r
 881         {\r
 882             scrollThread.setEvent(evt);\r
 883         }\r
 884 \r
 885         seqCanvas.repaint();\r
 886     }\r
 887 \r
 888     /**\r
 889      * DOCUMENT ME!\r
 890      *\r
 891      * @param e DOCUMENT ME!\r
 892      */\r
 893     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 894     {\r
 895         if (scrollThread != null)\r
 896         {\r
 897             scrollThread.running = false;\r
 898         }\r
 899     }\r
 900 \r
 901     /**\r
 902      * DOCUMENT ME!\r
 903      *\r
 904      * @param e DOCUMENT ME!\r
 905      */\r
 906     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 907     {\r
 908         if (av.getWrapAlignment())\r
 909         {\r
 910             return;\r
 911         }\r
 912 \r
 913         if (mouseDragging)\r
 914         {\r
 915             scrollThread = new ScrollThread();\r
 916         }\r
 917     }\r
 918 \r
 919     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 920     class ScrollThread extends Thread\r
 921     {\r
 922         MouseEvent evt;\r
 923         boolean running = false;\r
 924 \r
 925         public ScrollThread()\r
 926         {\r
 927             start();\r
 928         }\r
 929 \r
 930         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 931         {\r
 932             evt = e;\r
 933         }\r
 934 \r
 935         public void stopScrolling()\r
 936         {\r
 937             running = false;\r
 938         }\r
 939 \r
 940         public void run()\r
 941         {\r
 942             running = true;\r
 943 \r
 944             while (running)\r
 945             {\r
 946                 if (evt != null)\r
 947                 {\r
 948                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 949                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 950                     {\r
 951                         running = ap.scrollUp(true);\r
 952                     }\r
 953 \r
 954                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 955                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 956                     {\r
 957                         running = ap.scrollUp(false);\r
 958                     }\r
 959 \r
 960                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 961                     {\r
 962                         running = ap.scrollRight(true);\r
 963                     }\r
 964                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 965                     {\r
 966                         running = ap.scrollRight(false);\r
 967                     }\r
 968                 }\r
 969 \r
 970                 try\r
 971                 {\r
 972                     Thread.sleep(75);\r
 973                 }\r
 974                 catch (Exception ex)\r
 975                 {\r
 976                 }\r
 977             }\r
 978         }\r
 979     }\r
 980 }\r