src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    parent;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   public    boolean editFlag;\r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  31     this.av         = avp;\r
  32 \r
  33     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  34     setLayout(new BorderLayout());\r
  35     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  36 \r
  37     parent = p;\r
  38 \r
  39     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  40     {\r
  41       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  42       {   doMouseMoved(evt);    }\r
  43 \r
  44       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  45       {\r
  46         if(evt.isShiftDown() || evt.isControlDown())\r
  47           doMouseDragged(evt);\r
  48         else\r
  49           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  50       }\r
  51     });\r
  52 \r
  53     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  54     {\r
  55       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  56       {\r
  57         if(evt.isShiftDown() || evt.isControlDown())\r
  58           doMouseReleased(evt);\r
  59         else\r
  60           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  61       }\r
  62       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  63       {\r
  64         if(evt.isShiftDown() || evt.isControlDown())\r
  65           doMousePressed(evt);\r
  66         else\r
  67           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70     });\r
  71     repaint();\r
  72   }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  76 \r
  77     int x = evt.getX();\r
  78     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  79 \r
  80     endres = res;\r
  81 \r
  82       // This is to detect edits - we're at the end of an edit if mouse is up\r
  83     editFlag = false;\r
  84     startseq = -1;\r
  85     startres = -1;\r
  86     lastres  = -1;\r
  87     if(seqEditOccurred>-1)\r
  88       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  89 \r
  90     seqEditOccurred = -1;\r
  91 \r
  92     parent.RefreshPanels();\r
  93     repaint();\r
  94 \r
  95   }\r
  96 \r
  97   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  98     parent.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
  99     int seq;\r
 100     int res;\r
 101 \r
 102     int x = evt.getX();\r
 103     int y = evt.getY();\r
 104 \r
 105     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 106     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 107 \r
 108     if (seq < av.getAlignment().getHeight() && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 109     {\r
 110       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 111       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 112       // in the alignment\r
 113 \r
 114       startseq = seq;\r
 115 \r
 116       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight()-1)) {\r
 117         padseq = 1;\r
 118       } else {\r
 119         padseq = 1;\r
 120       }\r
 121 \r
 122       startres = res;\r
 123       lastres = res;\r
 124 \r
 125       } else {\r
 126       startseq = -1;\r
 127       startres = -1;\r
 128       lastres = -1;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     return;\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 135   {\r
 136     int res=0, seq=0;\r
 137     int x = evt.getX();\r
 138     int y = evt.getY();\r
 139     if(av.wrapAlignment)\r
 140     {\r
 141       y -= 2*av.charHeight;\r
 142       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 143 \r
 144 \r
 145       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 146 \r
 147       y %= chunkHeight;\r
 148       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 149 \r
 150       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 151       //  startx += chunkWidth;\r
 152     }\r
 153     else\r
 154     {\r
 155       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 156       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 157     }\r
 158 \r
 159 \r
 160     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 161       return;\r
 162 \r
 163     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 164     String aa = "";\r
 165     if(obj!=null)\r
 166          aa = obj.toString();\r
 167 \r
 168     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 169     if(aa!="")\r
 170       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 171 \r
 172     parent.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 173 \r
 174   }\r
 175 \r
 176   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 177     // If we're dragging we're editing\r
 178 \r
 179     editFlag = true;\r
 180     int x = evt.getX();\r
 181 \r
 182     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 183     if (res < 0) {res = 0;}\r
 184 \r
 185     if (res  != lastres) {\r
 186       if (startseq != -1) {\r
 187 \r
 188         // Group editing\r
 189         if (evt.isControlDown()) {\r
 190           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 191 \r
 192           if(sg!=null)\r
 193           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 194           {\r
 195             boolean flag = false;\r
 196             for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 197             {\r
 198               SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 199               for (int j=lastres-1; j >= res; j--)\r
 200               {\r
 201                 if (!flag)\r
 202                 {\r
 203                   if (s.getSequence().charAt(j)!=av.getAlignment().getGapCharacter() &&\r
 204                       s.getSequence().charAt(j)==' ')\r
 205                   {\r
 206                     res = j+1;\r
 207                     flag = true;\r
 208                   }\r
 209                 }\r
 210               }\r
 211             }\r
 212           }\r
 213 \r
 214           if(sg!=null)\r
 215           for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 216           {\r
 217             SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 218             boolean found = false;\r
 219             int sno = -1;\r
 220             for (int k = 0; k < av.getAlignment().getHeight(); k++)\r
 221             {\r
 222               if (av.getAlignment().getSequenceAt(k) == s)\r
 223               {\r
 224                 found = true;\r
 225                 sno = k;\r
 226                 break;\r
 227               }\r
 228             }\r
 229             if (found && sno != -1) {\r
 230               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 231               {\r
 232                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 233                   insertChar(j,sno);\r
 234 \r
 235                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 236                 if (index != -1)\r
 237                   drawChars(index,index+1,lastres);\r
 238 \r
 239 \r
 240               } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 241               {\r
 242                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 243                 {\r
 244                   deleteChar(j,res,sno);\r
 245                   startres = res;\r
 246                 }\r
 247                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 248                 if (index != -1)\r
 249                   drawChars(index,index+1,res);\r
 250 \r
 251               }\r
 252             }\r
 253 \r
 254           }\r
 255           lastres = res;\r
 256         } else {\r
 257 \r
 258 \r
 259           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres) {\r
 260             // dragging to the right\r
 261             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 262               insertChar(j,startseq);\r
 263 \r
 264             drawChars(startseq,startseq+1,lastres);\r
 265 \r
 266           } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 267           {\r
 268 \r
 269             // dragging to the left\r
 270             for (int j = res; j < lastres; j++) {\r
 271               deleteChar(j,res,startseq);\r
 272               startres = res;\r
 273             }\r
 274             drawChars(startseq,startseq+1,res);\r
 275           }\r
 276         }\r
 277       }\r
 278       lastres = res;\r
 279     }\r
 280 \r
 281     repaint();\r
 282     return;\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 286     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 287     repaint();\r
 288   }\r
 289 \r
 290   public void insertChar(int j, int seq)\r
 291   {\r
 292     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 293     seqEditOccurred=seq;\r
 294   }\r
 295 \r
 296   public void deleteChar(int j, int res, int seq)\r
 297   {\r
 298 \r
 299     if (av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='.' ||\r
 300         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='-' ||\r
 301         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)==' ' )\r
 302     {\r
 303         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 304     }\r
 305 \r
 306     av.getAlignment().getWidth();\r
 307     repaint();\r
 308     seqEditOccurred=seq;\r
 309   }\r
 310 \r
 311 \r
 312   void updateConservation(int i)\r
 313   {\r
 314   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 315     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 316     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 317       return;\r
 318 \r
 319     Conservation c = sg.getConservation();\r
 320 \r
 321     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 322                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 323                          al.getWidth());\r
 324     c.calculate();\r
 325     c.verdict(false, 100);\r
 326     sg.setConservation(c);\r
 327     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 328     ccs.conserve = c;*/\r
 329   }\r
 330 \r
 331   int oldSeq = -1;\r
 332 \r
 333   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 334   {\r
 335     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 336     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 337     oldSeq = seq;\r
 338 \r
 339     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 340 \r
 341     if(stretchGroup == null)\r
 342         stretchGroup = av.alignment.findGroup((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 343 \r
 344     else if(!stretchGroup.sequences.contains((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq))\r
 345             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 346             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 347      {\r
 348        stretchGroup = null;\r
 349      }\r
 350 \r
 351     if(stretchGroup==null)\r
 352     {\r
 353       // define a new group here\r
 354       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 355       sg.setStartRes(res);\r
 356       sg.setEndRes(res);\r
 357       sg.addSequence( (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq) );\r
 358       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 359       stretchGroup = sg;\r
 360     }\r
 361     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 362     {\r
 363         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( parent , null);\r
 364         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 365 \r
 366     // edit the properties of existing group\r
 367     }\r
 368 \r
 369     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 370       // Edit end res position of selected group\r
 371       changeEndRes = true;\r
 372 \r
 373    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 374       // Edit end res position of selected group\r
 375       changeStartRes = true;\r
 376 \r
 377 \r
 378     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 379     repaint();\r
 380 \r
 381 \r
 382   }\r
 383 \r
 384   boolean changeEndSeq = false;\r
 385   boolean changeStartSeq = false;\r
 386   boolean changeEndRes = false;\r
 387   boolean changeStartRes = false;\r
 388   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 389 \r
 390   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 391   {\r
 392     changeEndRes = false;\r
 393     changeStartRes = false;\r
 394     stretchGroup = null;\r
 395   }\r
 396 \r
 397 \r
 398   boolean remove = false;\r
 399   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 400   {\r
 401     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 402     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 403 \r
 404 \r
 405     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 406       // Edit end res position of selected group\r
 407       changeEndRes = true;\r
 408 \r
 409     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 410       // Edit end res position of selected group\r
 411       changeStartRes = true;\r
 412 \r
 413 \r
 414     if(res<av.getStartRes())\r
 415       res = av.getStartRes();\r
 416     else if(res>av.getEndRes())\r
 417       res = av.getEndRes();\r
 418 \r
 419     if(changeEndRes)\r
 420     {\r
 421       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 422         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 423     }\r
 424     else if(changeStartRes)\r
 425     {\r
 426       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 427         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 428     }\r
 429 \r
 430 \r
 431     int dragDirection = 0;\r
 432     if (y > oldSeq)\r
 433       dragDirection = 1;\r
 434     else if (y < oldSeq)\r
 435       dragDirection = -1;\r
 436 \r
 437     while (y != oldSeq)\r
 438     {\r
 439       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 440       // selection is quite slow.\r
 441       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 442 \r
 443       oldSeq += dragDirection;\r
 444       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 445 \r
 446       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 447       {\r
 448         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 449         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 450       }\r
 451       else\r
 452       {\r
 453         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 454         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 455       }\r
 456     }\r
 457     oldSeq = y;\r
 458 \r
 459     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 460     repaint();\r
 461   }\r
 462 \r
 463 \r
 464 }\r
 465 \r
 466 \r
 467 \r
 468 \r