src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  31     this.av         = avp;\r
  32 \r
  33     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  34     setLayout(new BorderLayout());\r
  35     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  36 \r
  37     ap = p;\r
  38 \r
  39     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  40     {\r
  41       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  42       {\r
  43        if(av.getWrapAlignment())\r
  44          return;\r
  45         doMouseMoved(evt);    }\r
  46 \r
  47       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  48       {\r
  49         if(av.getWrapAlignment())\r
  50          return;\r
  51         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  52           doMouseDragged(evt);\r
  53         else\r
  54           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  55       }\r
  56     });\r
  57 \r
  58     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  59     {\r
  60       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  61       {\r
  62         if(av.getWrapAlignment())\r
  63          return;\r
  64         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  65           doMouseReleased(evt);\r
  66         else\r
  67           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  68       }\r
  69       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  70       {\r
  71         if(av.getWrapAlignment())\r
  72          return;\r
  73         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  74           doMousePressed(evt);\r
  75         else\r
  76           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  77       }\r
  78 \r
  79     });\r
  80     repaint();\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  85 \r
  86     int x = evt.getX();\r
  87     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  88 \r
  89     endres = res;\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     startres = -1;\r
  93     lastres  = -1;\r
  94     if(seqEditOccurred>-1)\r
  95       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  96 \r
  97     seqEditOccurred = -1;\r
  98 \r
  99     ap.RefreshPanels();\r
 100     repaint();\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 105     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 106     int seq;\r
 107     int res;\r
 108 \r
 109     int x = evt.getX();\r
 110     int y = evt.getY();\r
 111 \r
 112     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 113     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 114 \r
 115     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 116         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 117     {\r
 118       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 119       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 120       // in the alignment\r
 121 \r
 122       startseq = seq;\r
 123 \r
 124       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 125         padseq = 1;\r
 126       else\r
 127         padseq = 1;\r
 128 \r
 129       startres = res;\r
 130       lastres = res;\r
 131 \r
 132     }\r
 133     else\r
 134     {\r
 135       startseq = -1;\r
 136       startres = -1;\r
 137       lastres = -1;\r
 138     }\r
 139 \r
 140     return;\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 144   {\r
 145     int res=0, seq=0;\r
 146     int x = evt.getX();\r
 147     int y = evt.getY();\r
 148     if(av.wrapAlignment)\r
 149     {\r
 150       y -= 2*av.charHeight;\r
 151       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 152 \r
 153 \r
 154       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 155 \r
 156       y %= chunkHeight;\r
 157       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 158 \r
 159       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 160       //  startx += chunkWidth;\r
 161     }\r
 162     else\r
 163     {\r
 164       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 165       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 166     }\r
 167 \r
 168 \r
 169     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 170       return;\r
 171 \r
 172     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 173     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 174     String aa = "";\r
 175     if(obj!=null)\r
 176          aa = obj.toString();\r
 177 \r
 178     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 179     if(aa!="")\r
 180       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 181 \r
 182     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 183 \r
 184     if(av.showSequenceFeatures)\r
 185     {\r
 186       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 187       Enumeration e = features.elements();\r
 188       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 189 \r
 190 \r
 191       while (e.hasMoreElements())\r
 192       {\r
 193         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 194         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 195             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 196         {\r
 197           if(sbuffer.length()>0)\r
 198             sbuffer.append("; ");\r
 199           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 200           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 201             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 202         }\r
 203 \r
 204       }\r
 205 \r
 206       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 207       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 208     }\r
 209 \r
 210 \r
 211   }\r
 212 \r
 213   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 214     // If we're dragging we're editing\r
 215 \r
 216     int x = evt.getX();\r
 217 \r
 218     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 219     if (res < 0)\r
 220       res = 0;\r
 221 \r
 222     if (res != lastres)\r
 223     {\r
 224         // Group editing\r
 225         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 226         {\r
 227           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 228           if (sg != null)\r
 229           {\r
 230             boolean deleteAllowed = false;\r
 231             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 232             {\r
 233               /// Are we able to delete?\r
 234               boolean allGaps = true;\r
 235               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 236               {\r
 237                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 238                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 239                 {\r
 240                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 241                     {\r
 242                       res = j + 1;\r
 243                       allGaps = false;\r
 244                     }\r
 245                 }\r
 246 \r
 247                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 248                   deleteAllowed = true;\r
 249               }\r
 250             }\r
 251 \r
 252             // drag to right\r
 253             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 254                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 255 \r
 256             // drag to left\r
 257             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 258                      res < lastres)\r
 259                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 260 \r
 261 \r
 262 \r
 263 \r
 264             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 265             {\r
 266               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 267               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 268 \r
 269               // drag to right\r
 270               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 271                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 272                   insertChar(j, k);\r
 273 \r
 274               // drag to left\r
 275               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 276               {\r
 277                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 278                 {\r
 279                   deleteChar(j, k);\r
 280                   startres = res;\r
 281                 }\r
 282               }\r
 283             }\r
 284           }\r
 285         }\r
 286         else /////Editing a single sequence///////////\r
 287         {\r
 288           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 289           {\r
 290             // dragging to the right\r
 291             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 292               insertChar(j, startseq);\r
 293           }\r
 294           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 295           {\r
 296             // dragging to the left\r
 297             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 298             {\r
 299               deleteChar(j, startseq);\r
 300               startres = res;\r
 301             }\r
 302           }\r
 303 \r
 304         }\r
 305 \r
 306     }\r
 307 \r
 308     lastres = res;\r
 309     repaint();\r
 310   }\r
 311 \r
 312   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 313     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 314     repaint();\r
 315   }\r
 316 \r
 317   public void insertChar(int j, int seq)\r
 318   {\r
 319     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 320     seqEditOccurred=seq;\r
 321   }\r
 322 \r
 323   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 324   {\r
 325 \r
 326     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 327         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 328 \r
 329     av.alignment.getWidth();\r
 330     repaint();\r
 331     seqEditOccurred=seq;\r
 332   }\r
 333 \r
 334 \r
 335   void updateConservation(int i)\r
 336   {\r
 337   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 338     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 339     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 340       return;\r
 341 \r
 342     Conservation c = sg.getConservation();\r
 343 \r
 344     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 345                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 346                          al.getWidth());\r
 347     c.calculate();\r
 348     c.verdict(false, 100);\r
 349     sg.setConservation(c);\r
 350     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 351     ccs.conserve = c;*/\r
 352   }\r
 353 \r
 354 //////////////////////////////////////////\r
 355 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 356 //////////////////////////////////////////\r
 357   int oldSeq = -1;\r
 358   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 359   {\r
 360     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 361     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 362     oldSeq = seq;\r
 363 \r
 364     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 365 \r
 366     if(stretchGroup == null)\r
 367      {\r
 368        stretchGroup = av.alignment.findGroup( (Sequence) av.getAlignment().\r
 369                                              getSequenceAt(seq));\r
 370        av.setRubberbandGroup( stretchGroup );\r
 371      }\r
 372 \r
 373     else if(!stretchGroup.sequences.contains((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq))\r
 374             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 375             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 376      {\r
 377        stretchGroup = null;\r
 378 \r
 379        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( (Sequence) av.\r
 380            getAlignment().\r
 381            getSequenceAt(seq));\r
 382 \r
 383        if (allGroups != null)\r
 384          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 385            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 386                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 387            {\r
 388              stretchGroup = allGroups[i];\r
 389              av.setRubberbandGroup(stretchGroup);\r
 390              break;\r
 391            }\r
 392      }\r
 393 \r
 394     if(stretchGroup==null)\r
 395     {\r
 396       // define a new group here\r
 397       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 398       sg.setStartRes(res);\r
 399       sg.setEndRes(res);\r
 400       sg.addSequence( (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq) );\r
 401       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 402       stretchGroup = sg;\r
 403 \r
 404       if(av.getConservationSelected())\r
 405         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 406       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 407       {\r
 408         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 409         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 410         if (threshold > 0)\r
 411           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 412       }\r
 413 \r
 414     }\r
 415     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 416     {\r
 417         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 418         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 419 \r
 420     // edit the properties of existing group\r
 421     }\r
 422 \r
 423     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 424       // Edit end res position of selected group\r
 425       changeEndRes = true;\r
 426 \r
 427    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 428       // Edit end res position of selected group\r
 429       changeStartRes = true;\r
 430 \r
 431 \r
 432     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 433     repaint();\r
 434 \r
 435   }\r
 436 \r
 437   boolean changeEndSeq = false;\r
 438   boolean changeStartSeq = false;\r
 439   boolean changeEndRes = false;\r
 440   boolean changeStartRes = false;\r
 441   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 442 \r
 443   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 444   {\r
 445 \r
 446     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 447     {\r
 448       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 449       seqCanvas.paintFlag = true;\r
 450       repaint();\r
 451     }\r
 452 \r
 453     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 454     {\r
 455       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 456 \r
 457       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 458                                         ResidueProperties.propHash, 3, stretchGroup.sequences, 0,\r
 459                                         av.alignment.getWidth() );\r
 460 \r
 461        c.calculate();\r
 462        c.verdict(false, 100);\r
 463        ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 464 \r
 465        stretchGroup.cs = ccs;\r
 466 \r
 467 \r
 468        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 469 \r
 470        seqCanvas.paintFlag = true;\r
 471        repaint();\r
 472     }\r
 473     else\r
 474     {\r
 475       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 476       {\r
 477         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 478         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 479         if(threshold>0)\r
 480           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 481       }\r
 482 \r
 483     }\r
 484 \r
 485 \r
 486     changeEndRes = false;\r
 487     changeStartRes = false;\r
 488     stretchGroup = null;\r
 489   }\r
 490 \r
 491 \r
 492   boolean remove = false;\r
 493   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 494   {\r
 495     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 496     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 497 \r
 498 \r
 499     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 500       // Edit end res position of selected group\r
 501       changeEndRes = true;\r
 502 \r
 503     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 504       // Edit start res position of selected group\r
 505       changeStartRes = true;\r
 506 \r
 507 \r
 508     if(res<av.getStartRes())\r
 509       res = av.getStartRes();\r
 510     else if(res>av.getEndRes())\r
 511       res = av.getEndRes();\r
 512 \r
 513     if(changeEndRes)\r
 514     {\r
 515       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 516         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 517     }\r
 518     else if(changeStartRes)\r
 519     {\r
 520       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 521         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 522     }\r
 523 \r
 524 \r
 525     int dragDirection = 0;\r
 526     if (y > oldSeq)\r
 527       dragDirection = 1;\r
 528     else if (y < oldSeq)\r
 529       dragDirection = -1;\r
 530 \r
 531     while (y != oldSeq)\r
 532     {\r
 533       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 534       // selection is quite slow.\r
 535       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 536 \r
 537       oldSeq += dragDirection;\r
 538       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 539 \r
 540       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 541       {\r
 542         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 543         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 544       }\r
 545       else\r
 546       {\r
 547         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 548         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 549       }\r
 550     }\r
 551     oldSeq = y;\r
 552 \r
 553     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 554     repaint();\r
 555   }\r
 556 \r
 557 \r
 558 }\r
 559 \r
 560 \r
 561 \r
 562 \r