src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 \r
  32 import javax.swing.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SeqPanel extends JPanel\r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     int startEdit = -1;\r
  51     int endEdit = -1;\r
  52     protected AlignViewport av;\r
  53 \r
  54     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  55     int seqEditOccurred = -1;\r
  56     ScrollThread scrollThread = null;\r
  57     boolean mouseDragging = false;\r
  58     boolean editingSeqs = false;\r
  59     boolean groupEditing = false;\r
  60 \r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  63     //////////////////////////////////////////\r
  64     int oldSeq = -1;\r
  65     boolean changeEndSeq = false;\r
  66     boolean changeStartSeq = false;\r
  67     boolean changeEndRes = false;\r
  68     boolean changeStartRes = false;\r
  69     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  70     boolean remove = false;\r
  71 \r
  72     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Creates a new SeqPanel object.\r
  76      *\r
  77      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  78      * @param p DOCUMENT ME!\r
  79      */\r
  80     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  81     {\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  84         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  85         this.av = avp;\r
  86         setBackground(Color.white);\r
  87 \r
  88         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  89         setLayout(new BorderLayout());\r
  90         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92         ap = p;\r
  93 \r
  94         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  95             {\r
  96                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  97                 {\r
  98                     doMouseMoved(evt);\r
  99                 }\r
 100 \r
 101                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 102                 {\r
 103                     if (editingSeqs)\r
 104                     {\r
 105                         doMouseDragged(evt);\r
 106                     }\r
 107                     else\r
 108                     {\r
 109                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 110                     }\r
 111                 }\r
 112             });\r
 113 \r
 114        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 115        {\r
 116          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 117          {\r
 118 \r
 119            if (mouseWheelPressed)\r
 120            {\r
 121              Font font = av.getFont();\r
 122              int fontSize = font.getSize();\r
 123              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 30)\r
 124                fontSize++;\r
 125              else if (fontSize > 1)\r
 126                fontSize--;\r
 127 \r
 128              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 129              ap.fontChanged();\r
 130            }\r
 131            else\r
 132            {\r
 133              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 134                ap.scrollUp(false);\r
 135              else\r
 136                ap.scrollUp(true);\r
 137            }\r
 138 \r
 139          }\r
 140        });\r
 141 \r
 142 \r
 143         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 144             {\r
 145                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 146                 {\r
 147                     mouseWheelPressed = false;\r
 148 \r
 149                     if (editingSeqs)\r
 150                     {\r
 151                         doMouseReleased(evt);\r
 152                     }\r
 153                     else\r
 154                     {\r
 155                         doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 156                     }\r
 157                 }\r
 158 \r
 159                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 160                 {\r
 161                   if( javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 162                   {\r
 163                     mouseWheelPressed = true;\r
 164                     return;\r
 165                   }\r
 166 \r
 167                     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 168                             evt.isControlDown())\r
 169                     {\r
 170                         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 171                         {\r
 172                             groupEditing = true;\r
 173                         }\r
 174 \r
 175                         editingSeqs = true;\r
 176                         doMousePressed(evt);\r
 177                     }\r
 178                     else\r
 179                     {\r
 180                         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 181                     }\r
 182                 }\r
 183 \r
 184                 public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 185                 {\r
 186                   if (editingSeqs)\r
 187                   {\r
 188                     return;\r
 189                   }\r
 190 \r
 191                   doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 192                 }\r
 193 \r
 194                 public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 195                 {\r
 196                   if (editingSeqs)\r
 197                   {\r
 198                     return;\r
 199                   }\r
 200 \r
 201                     doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 202                 }\r
 203             });\r
 204     }\r
 205 \r
 206     int startWrapBlock=-1;\r
 207     int wrappedBlock=-1;\r
 208     int findRes(MouseEvent evt)\r
 209    {\r
 210      int res = 0;\r
 211      int x = evt.getX();\r
 212 \r
 213     if (av.wrapAlignment)\r
 214     {\r
 215 \r
 216       int hgap = av.charHeight;\r
 217       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 218         hgap += av.charHeight;\r
 219 \r
 220       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 221           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 222 \r
 223         int y = evt.getY();\r
 224         y -= hgap;\r
 225         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 226 \r
 227 \r
 228         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 229 \r
 230         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 231         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 232 \r
 233         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 234 \r
 235     }\r
 236     else\r
 237     {\r
 238         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 239     }\r
 240 \r
 241     return res;\r
 242 \r
 243    }\r
 244 \r
 245    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 246    {\r
 247 \r
 248      int seq = 0;\r
 249      int y = evt.getY();\r
 250 \r
 251      if (av.wrapAlignment)\r
 252      {\r
 253        int hgap = av.charHeight;\r
 254        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 255          hgap += av.charHeight;\r
 256 \r
 257        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 258            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 259 \r
 260          y -= hgap;\r
 261 \r
 262        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 263      }\r
 264      else\r
 265      {\r
 266        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 267      }\r
 268 \r
 269      return seq;\r
 270    }\r
 271 \r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * DOCUMENT ME!\r
 275      *\r
 276      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 277      */\r
 278     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 279     {\r
 280         if (seqEditOccurred > -1)\r
 281         {\r
 282             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 283         }\r
 284 \r
 285         startseq = -1;\r
 286         lastres = -1;\r
 287         seqEditOccurred = -1;\r
 288         editingSeqs = false;\r
 289         groupEditing = false;\r
 290 \r
 291         ap.repaint();\r
 292     }\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * DOCUMENT ME!\r
 296      *\r
 297      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 298      */\r
 299     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 300     {\r
 301       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 302                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 303 \r
 304       int seq = findSeq(evt);\r
 305       int res = findRes(evt);\r
 306 \r
 307       if(seq<0 || res<0)\r
 308         return;\r
 309 \r
 310         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 311                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 312         {\r
 313             startseq = seq;\r
 314             lastres = res;\r
 315         }\r
 316         else\r
 317         {\r
 318             startseq = -1;\r
 319             lastres = -1;\r
 320         }\r
 321 \r
 322         startEdit = lastres;\r
 323         endEdit = lastres;\r
 324 \r
 325         return;\r
 326     }\r
 327 \r
 328     /**\r
 329      * DOCUMENT ME!\r
 330      *\r
 331      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 332      */\r
 333     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 334     {\r
 335       int res = findRes(evt);\r
 336       int seq = findSeq(evt);\r
 337 \r
 338       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 339             return;\r
 340 \r
 341       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 342 \r
 343       if (res > sequence.getLength())\r
 344       {\r
 345           return;\r
 346         }\r
 347 \r
 348         Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 349                 "");\r
 350         String aa = "";\r
 351 \r
 352         if (obj != null)\r
 353         {\r
 354             aa = obj.toString();\r
 355         }\r
 356 \r
 357         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 358                 sequence.getName());\r
 359 \r
 360         if (aa != "")\r
 361         {\r
 362             text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 363                 av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 364         }\r
 365 \r
 366         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 367 \r
 368         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 369         if (av.showSequenceFeatures)\r
 370         {\r
 371             Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 372             Enumeration e = features.elements();\r
 373             StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 374 \r
 375             while (e.hasMoreElements())\r
 376             {\r
 377                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 378 \r
 379                 if ((sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 380                         (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 381                 {\r
 382                     if (sbuffer.length() > 0)\r
 383                     {\r
 384                         sbuffer.append("; ");\r
 385                     }\r
 386 \r
 387                     sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 388 \r
 389                     if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 390                     {\r
 391                         sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 392                     }\r
 393                 }\r
 394             }\r
 395 \r
 396             this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 397         }\r
 398     }\r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * DOCUMENT ME!\r
 402      *\r
 403      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 404      */\r
 405     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 406     {\r
 407         // If we're dragging we're editing\r
 408         int res = findRes(evt);\r
 409 \r
 410         if (res < 0)\r
 411         {\r
 412             res = 0;\r
 413         }\r
 414 \r
 415         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 416         {\r
 417             return;\r
 418         }\r
 419 \r
 420         boolean dragRight = true;\r
 421 \r
 422         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 423         {\r
 424             dragRight = false;\r
 425         }\r
 426 \r
 427         if (res != lastres)\r
 428         {\r
 429             // Group editing\r
 430             if (groupEditing)\r
 431             {\r
 432                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 433 \r
 434                 if (sg == null)\r
 435                 {\r
 436                     lastres = -1;\r
 437 \r
 438                     return;\r
 439                 }\r
 440 \r
 441                 // drag to right\r
 442                 if (dragRight)\r
 443                 {\r
 444                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 445                 }\r
 446 \r
 447                 // drag to left\r
 448                 else\r
 449                 {\r
 450                     /// Are we able to delete?\r
 451                     // ie are all columns blank?\r
 452                     boolean deleteAllowed = false;\r
 453 \r
 454                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 455                     {\r
 456                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 457 \r
 458                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 459                         {\r
 460                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 461                             {\r
 462                                 continue;\r
 463                             }\r
 464 \r
 465                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 466                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 467                             {\r
 468                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 469                                 res = j + 1;\r
 470                                 deleteAllowed = false;\r
 471 \r
 472                                 continue;\r
 473                             }\r
 474 \r
 475                             deleteAllowed = true;\r
 476                         }\r
 477                     }\r
 478 \r
 479                     if (!deleteAllowed)\r
 480                     {\r
 481                         lastres = -1;\r
 482 \r
 483                         return;\r
 484                     }\r
 485 \r
 486                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 487                 }\r
 488 \r
 489                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 490                 {\r
 491                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 492                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 493 \r
 494                     // drag to right\r
 495                     if (dragRight)\r
 496                     {\r
 497                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 498                         {\r
 499                             insertChar(j, k);\r
 500                         }\r
 501                     }\r
 502 \r
 503                     // drag to left\r
 504                     else\r
 505                     {\r
 506                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 507                         {\r
 508                             if (s.getLength() > j)\r
 509                             {\r
 510                                 deleteChar(res, k);\r
 511                             }\r
 512                         }\r
 513                     }\r
 514                 }\r
 515             }\r
 516             else /////Editing a single sequence///////////\r
 517             {\r
 518                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 519                 {\r
 520                     // dragging to the right\r
 521                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 522                     {\r
 523                         insertChar(j, startseq);\r
 524                     }\r
 525                 }\r
 526                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 527                         (res < lastres))\r
 528                 {\r
 529                     // dragging to the left\r
 530                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 531                     {\r
 532                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 533                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 534                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 535                         {\r
 536                             deleteChar(res, startseq);\r
 537                         }\r
 538                         else\r
 539                         {\r
 540                             break;\r
 541                         }\r
 542                     }\r
 543                 }\r
 544             }\r
 545         }\r
 546 \r
 547         endEdit = res;\r
 548         lastres = res;\r
 549         seqCanvas.repaint();\r
 550     }\r
 551 \r
 552     /**\r
 553      * DOCUMENT ME!\r
 554      *\r
 555      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 556      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 557      * @param start DOCUMENT ME!\r
 558      */\r
 559     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 560     {\r
 561         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 562             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 563         seqCanvas.repaint();\r
 564     }\r
 565 \r
 566     /**\r
 567      * DOCUMENT ME!\r
 568      *\r
 569      * @param j DOCUMENT ME!\r
 570      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 571      */\r
 572     public void insertChar(int j, int seq)\r
 573     {\r
 574         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 575         seqEditOccurred = seq;\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * DOCUMENT ME!\r
 580      *\r
 581      * @param j DOCUMENT ME!\r
 582      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 583      */\r
 584     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 585     {\r
 586         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 587         seqEditOccurred = seq;\r
 588 \r
 589         av.alignment.getWidth();\r
 590         seqCanvas.repaint();\r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      * DOCUMENT ME!\r
 595      *\r
 596      * @param i DOCUMENT ME!\r
 597      */\r
 598     void editOccurred(int i)\r
 599     {\r
 600       if (endEdit == startEdit)\r
 601       {\r
 602         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 603         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 604       }\r
 605 \r
 606       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 607 \r
 608     }\r
 609 \r
 610     /**\r
 611      * DOCUMENT ME!\r
 612      *\r
 613      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 614      */\r
 615     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 616     {\r
 617       int res = findRes(evt);\r
 618       int seq = findSeq(evt);\r
 619       oldSeq = seq;\r
 620 \r
 621       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 622 \r
 623       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
 624       {\r
 625           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 626               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
 627               "Wrapped view - no edit",\r
 628               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 629         return;\r
 630       }\r
 631 \r
 632       if(seq<0 || res<0)\r
 633             return;\r
 634 \r
 635 \r
 636         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 637 \r
 638         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 639         {\r
 640             return;\r
 641         }\r
 642 \r
 643         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 644 \r
 645         if (stretchGroup == null)\r
 646         {\r
 647             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 648 \r
 649             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 650                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 651             {\r
 652                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 653             }\r
 654             else\r
 655             {\r
 656                 stretchGroup = null;\r
 657             }\r
 658         }\r
 659         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 660                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 661                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 662         {\r
 663             stretchGroup = null;\r
 664 \r
 665             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 666 \r
 667             if (allGroups != null)\r
 668             {\r
 669                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 670                 {\r
 671                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 672                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 673                     {\r
 674                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 675                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 676 \r
 677                         break;\r
 678                     }\r
 679                 }\r
 680             }\r
 681         }\r
 682 \r
 683         if (stretchGroup == null)\r
 684         {\r
 685             // define a new group here\r
 686             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 687             sg.setStartRes(res);\r
 688             sg.setEndRes(res);\r
 689             sg.addSequence(sequence, false);\r
 690             av.setSelectionGroup(sg);\r
 691             stretchGroup = sg;\r
 692 \r
 693             if (av.getConservationSelected())\r
 694             {\r
 695                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 696                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 697             }\r
 698 \r
 699             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 700             {\r
 701                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 702                     "Background");\r
 703             }\r
 704         }\r
 705         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 706         {\r
 707             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 708             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 709 \r
 710             // edit the properties of existing group\r
 711         }\r
 712 \r
 713         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 714         {\r
 715             // Edit end res position of selected group\r
 716             changeEndRes = true;\r
 717         }\r
 718         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 719         {\r
 720             // Edit end res position of selected group\r
 721             changeStartRes = true;\r
 722         }\r
 723 \r
 724         stretchGroup.getWidth();\r
 725 \r
 726         seqCanvas.repaint();\r
 727     }\r
 728 \r
 729     /**\r
 730      * DOCUMENT ME!\r
 731      *\r
 732      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 733      */\r
 734     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 735     {\r
 736         if (mouseDragging)\r
 737         {\r
 738             stretchGroup.recalcConservation();\r
 739             mouseDragging = false;\r
 740         }\r
 741 \r
 742         if (stretchGroup == null)\r
 743         {\r
 744             return;\r
 745         }\r
 746 \r
 747         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 748         {\r
 749           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 750           {\r
 751             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 752                 sequences,\r
 753                 stretchGroup.getWidth());\r
 754           }\r
 755 \r
 756           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 757           {\r
 758             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 759                                               stretchGroup.getName());\r
 760           }\r
 761           else\r
 762           {\r
 763             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 764                                            stretchGroup.getName());\r
 765           }\r
 766         }\r
 767         changeEndRes = false;\r
 768         changeStartRes = false;\r
 769         stretchGroup = null;\r
 770         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 771     }\r
 772 \r
 773     /**\r
 774      * DOCUMENT ME!\r
 775      *\r
 776      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 777      */\r
 778     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 779     {\r
 780       int res = findRes(evt);\r
 781       int y = findSeq(evt);\r
 782 \r
 783       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 784         return;\r
 785 \r
 786       if (stretchGroup == null)\r
 787       {\r
 788             return;\r
 789         }\r
 790 \r
 791         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 792         {\r
 793             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 794         }\r
 795 \r
 796         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 797         {\r
 798             // Edit end res position of selected group\r
 799             changeEndRes = true;\r
 800         }\r
 801         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 802         {\r
 803             // Edit start res position of selected group\r
 804             changeStartRes = true;\r
 805         }\r
 806 \r
 807         if (res < av.getStartRes())\r
 808         {\r
 809             res = av.getStartRes();\r
 810         }\r
 811         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 812         {\r
 813             res = av.getEndRes();\r
 814         }\r
 815 \r
 816         if (changeEndRes)\r
 817         {\r
 818             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 819             {\r
 820                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 821             }\r
 822         }\r
 823         else if (changeStartRes)\r
 824         {\r
 825             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 826             {\r
 827                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 828             }\r
 829         }\r
 830 \r
 831         int dragDirection = 0;\r
 832 \r
 833         if (y > oldSeq)\r
 834         {\r
 835             dragDirection = 1;\r
 836         }\r
 837         else if (y < oldSeq)\r
 838         {\r
 839             dragDirection = -1;\r
 840         }\r
 841 \r
 842         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 843         {\r
 844             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 845             // selection is quite slow.\r
 846             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 847 \r
 848             oldSeq += dragDirection;\r
 849 \r
 850             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 851 \r
 852             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 853             {\r
 854                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 855             }\r
 856             else\r
 857             {\r
 858                 if (seq != null)\r
 859                 {\r
 860                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 861                 }\r
 862 \r
 863                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 864             }\r
 865         }\r
 866 \r
 867         oldSeq = y;\r
 868         mouseDragging = true;\r
 869 \r
 870         if (scrollThread != null)\r
 871         {\r
 872             scrollThread.setEvent(evt);\r
 873         }\r
 874 \r
 875         seqCanvas.repaint();\r
 876     }\r
 877 \r
 878     /**\r
 879      * DOCUMENT ME!\r
 880      *\r
 881      * @param e DOCUMENT ME!\r
 882      */\r
 883     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 884     {\r
 885         if (scrollThread != null)\r
 886         {\r
 887             scrollThread.running = false;\r
 888         }\r
 889     }\r
 890 \r
 891     /**\r
 892      * DOCUMENT ME!\r
 893      *\r
 894      * @param e DOCUMENT ME!\r
 895      */\r
 896     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 897     {\r
 898         if (av.getWrapAlignment())\r
 899         {\r
 900             return;\r
 901         }\r
 902 \r
 903         if (mouseDragging)\r
 904         {\r
 905             scrollThread = new ScrollThread();\r
 906         }\r
 907     }\r
 908 \r
 909     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 910     class ScrollThread extends Thread\r
 911     {\r
 912         MouseEvent evt;\r
 913         boolean running = false;\r
 914 \r
 915         public ScrollThread()\r
 916         {\r
 917             start();\r
 918         }\r
 919 \r
 920         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 921         {\r
 922             evt = e;\r
 923         }\r
 924 \r
 925         public void stopScrolling()\r
 926         {\r
 927             running = false;\r
 928         }\r
 929 \r
 930         public void run()\r
 931         {\r
 932             running = true;\r
 933 \r
 934             while (running)\r
 935             {\r
 936                 if (evt != null)\r
 937                 {\r
 938                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 939                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 940                     {\r
 941                         running = ap.scrollUp(true);\r
 942                     }\r
 943 \r
 944                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 945                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 946                     {\r
 947                         running = ap.scrollUp(false);\r
 948                     }\r
 949 \r
 950                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 951                     {\r
 952                         running = ap.scrollRight(true);\r
 953                     }\r
 954                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 955                     {\r
 956                         running = ap.scrollRight(false);\r
 957                     }\r
 958                 }\r
 959 \r
 960                 try\r
 961                 {\r
 962                     Thread.sleep(75);\r
 963                 }\r
 964                 catch (Exception ex)\r
 965                 {\r
 966                 }\r
 967             }\r
 968         }\r
 969     }\r
 970 }\r