src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends JPanel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  14   public    AlignmentPanel    ap;\r
  15 \r
  16   protected int startres;\r
  17   protected int lastres;\r
  18   protected int endres;\r
  19 \r
  20   protected int startseq;\r
  21   protected int padseq;\r
  22 \r
  23   protected AlignViewport av;\r
  24 \r
  25   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  26   int seqEditOccurred = -1;\r
  27 \r
  28   ScrollThread scrollThread = null;\r
  29   boolean mouseDragging = false;\r
  30 \r
  31 \r
  32   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  33     this.av         = avp;\r
  34 \r
  35     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  36     setLayout(new BorderLayout());\r
  37     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  38 \r
  39     ap = p;\r
  40 \r
  41     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  42     {\r
  43       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  44       {\r
  45        if(av.getWrapAlignment())\r
  46          return;\r
  47         doMouseMoved(evt);    }\r
  48 \r
  49       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  50       {\r
  51         if(av.getWrapAlignment())\r
  52          return;\r
  53         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  54           doMouseDragged(evt);\r
  55         else\r
  56           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  57       }\r
  58     });\r
  59 \r
  60     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  61     {\r
  62       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  63       {\r
  64         if(av.getWrapAlignment())\r
  65          return;\r
  66         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  67           doMouseReleased(evt);\r
  68         else\r
  69           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  70       }\r
  71       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  72       {\r
  73         if(av.getWrapAlignment())\r
  74          return;\r
  75         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  76           doMousePressed(evt);\r
  77         else\r
  78           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  79       }\r
  80       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  81       {\r
  82         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  83                   evt.isControlDown())\r
  84                 return;\r
  85               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  86 \r
  87       }\r
  88       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  89       {\r
  90         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  91             evt.isControlDown())\r
  92           return;\r
  93         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  94       }\r
  95 \r
  96     });\r
  97     repaint();\r
  98   }\r
  99 \r
 100 \r
 101   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 102 \r
 103     int x = evt.getX();\r
 104     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 105 \r
 106     endres = res;\r
 107 \r
 108     startseq = -1;\r
 109     startres = -1;\r
 110     lastres  = -1;\r
 111     if(seqEditOccurred>-1)\r
 112       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 113 \r
 114     seqEditOccurred = -1;\r
 115 \r
 116     ap.repaint();\r
 117 \r
 118   }\r
 119 \r
 120   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 121     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 122     int seq;\r
 123     int res;\r
 124 \r
 125     int x = evt.getX();\r
 126     int y = evt.getY();\r
 127 \r
 128     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 129     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 130 \r
 131     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 132         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 133     {\r
 134       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 135       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 136       // in the alignment\r
 137 \r
 138       startseq = seq;\r
 139 \r
 140       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 141         padseq = 1;\r
 142       else\r
 143         padseq = 1;\r
 144 \r
 145       startres = res;\r
 146       lastres = res;\r
 147 \r
 148     }\r
 149     else\r
 150     {\r
 151       startseq = -1;\r
 152       startres = -1;\r
 153       lastres = -1;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     return;\r
 157   }\r
 158 \r
 159   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 160   {\r
 161     int res=0, seq=0;\r
 162     int x = evt.getX();\r
 163     int y = evt.getY();\r
 164     if(av.wrapAlignment)\r
 165     {\r
 166       y -= 2*av.charHeight;\r
 167       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 168 \r
 169 \r
 170       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 171 \r
 172       y %= chunkHeight;\r
 173       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 174 \r
 175     }\r
 176     else\r
 177     {\r
 178       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 179       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 180     }\r
 181 \r
 182 \r
 183     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 184       return;\r
 185 \r
 186     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 187     if(res>sequence.getLength())\r
 188       return;\r
 189 \r
 190     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 191     String aa = "";\r
 192     if(obj!=null)\r
 193          aa = obj.toString();\r
 194 \r
 195     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 196     if(aa!="")\r
 197       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 198 \r
 199     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 200 \r
 201     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 202     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 203     {\r
 204       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 205       Enumeration e = features.elements();\r
 206       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 207 \r
 208 \r
 209       while (e.hasMoreElements())\r
 210       {\r
 211         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 212         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 213             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 214         {\r
 215           if(sbuffer.length()>0)\r
 216             sbuffer.append("; ");\r
 217           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 218           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 219             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 220         }\r
 221 \r
 222       }\r
 223 \r
 224       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 225       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 226     }\r
 227 \r
 228 \r
 229   }\r
 230 \r
 231   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 232     // If we're dragging we're editing\r
 233 \r
 234     if(lastres==-1)\r
 235       return;\r
 236 \r
 237     int x = evt.getX();\r
 238 \r
 239     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 240     if (res < 0)\r
 241       res = 0;\r
 242 \r
 243     if (res != lastres)\r
 244     {\r
 245         // Group editing\r
 246         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 247         {\r
 248           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 249           if(sg==null)\r
 250             av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 251           if (sg != null)\r
 252           {\r
 253             boolean deleteAllowed = false;\r
 254             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 255             {\r
 256               /// Are we able to delete?\r
 257               boolean allGaps = true;\r
 258               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 259               {\r
 260                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 261                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 262                 {\r
 263                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 264                     {\r
 265                       res = j + 1;\r
 266                       allGaps = false;\r
 267                     }\r
 268                 }\r
 269 \r
 270                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 271                   deleteAllowed = true;\r
 272               }\r
 273             }\r
 274 \r
 275             // drag to right\r
 276             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 277                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 278 \r
 279             // drag to left\r
 280             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 281                      res < lastres)\r
 282                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 283 \r
 284 \r
 285 \r
 286 \r
 287             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 288             {\r
 289               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 290               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 291 \r
 292               // drag to right\r
 293               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 294                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 295                   insertChar(j, k);\r
 296 \r
 297               // drag to left\r
 298               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 299               {\r
 300                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 301                 {\r
 302                   deleteChar(j, k);\r
 303                   startres = res;\r
 304                 }\r
 305               }\r
 306             }\r
 307           }\r
 308         }\r
 309         else /////Editing a single sequence///////////\r
 310         {\r
 311           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 312           {\r
 313             // dragging to the right\r
 314             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 315               insertChar(j, startseq);\r
 316           }\r
 317           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 318           {\r
 319             // dragging to the left\r
 320             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 321             {\r
 322               deleteChar(j, startseq);\r
 323               startres = res;\r
 324             }\r
 325           }\r
 326 \r
 327         }\r
 328 \r
 329     }\r
 330 \r
 331     lastres = res;\r
 332     repaint();\r
 333   }\r
 334 \r
 335   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 336     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 337     repaint();\r
 338   }\r
 339 \r
 340   public void insertChar(int j, int seq)\r
 341   {\r
 342     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 343     seqEditOccurred=seq;\r
 344   }\r
 345 \r
 346   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 347   {\r
 348 \r
 349     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 350         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 351 \r
 352     av.alignment.getWidth();\r
 353     repaint();\r
 354     seqEditOccurred=seq;\r
 355   }\r
 356 \r
 357 \r
 358   void updateConservation(int i)\r
 359   {\r
 360     av.updateConservation();\r
 361     av.updateConsensus();\r
 362 \r
 363     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 364     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 365       cs = ( (ConservationColourScheme) cs).cs;\r
 366 \r
 367     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 368       cs = new ClustalxColourScheme(av.alignment.getSequences(), av.alignment.getWidth());\r
 369 \r
 370     ap.alignFrame.changeColour(cs);\r
 371 \r
 372   }\r
 373 \r
 374 //////////////////////////////////////////\r
 375 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 376 //////////////////////////////////////////\r
 377   int oldSeq = -1;\r
 378   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 379   {\r
 380     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 381     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 382     oldSeq = seq;\r
 383 \r
 384     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 385 \r
 386     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 387       return;\r
 388 \r
 389     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 390 \r
 391     if(stretchGroup == null)\r
 392      {\r
 393        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 394        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 395          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 396        else\r
 397          stretchGroup = null;\r
 398      }\r
 399 \r
 400     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 401             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 402             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 403      {\r
 404        stretchGroup = null;\r
 405 \r
 406        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 407 \r
 408        if (allGroups != null)\r
 409          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 410            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 411                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 412            {\r
 413              stretchGroup = allGroups[i];\r
 414              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 415              break;\r
 416            }\r
 417      }\r
 418 \r
 419     if(stretchGroup==null)\r
 420     {\r
 421       // define a new group here\r
 422       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 423       sg.setStartRes(res);\r
 424       sg.setEndRes(res);\r
 425       sg.addSequence( sequence );\r
 426       av.setSelectionGroup( sg );\r
 427       stretchGroup = sg;\r
 428 \r
 429       if(av.getConservationSelected())\r
 430         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 431       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 432         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 433 \r
 434     }\r
 435     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 436     {\r
 437         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 438         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 439 \r
 440     // edit the properties of existing group\r
 441     }\r
 442 \r
 443     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 444       // Edit end res position of selected group\r
 445       changeEndRes = true;\r
 446 \r
 447    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 448       // Edit end res position of selected group\r
 449       changeStartRes = true;\r
 450 \r
 451 \r
 452     repaint();\r
 453 \r
 454   }\r
 455 \r
 456   boolean changeEndSeq = false;\r
 457   boolean changeStartSeq = false;\r
 458   boolean changeEndRes = false;\r
 459   boolean changeStartRes = false;\r
 460   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 461 \r
 462   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 463   {\r
 464     mouseDragging = false;\r
 465 \r
 466     if(stretchGroup==null)\r
 467       return;\r
 468 \r
 469     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 470     {\r
 471       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 472       repaint();\r
 473     }\r
 474 \r
 475     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 476     {\r
 477        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 478        stretchGroup.cs = ccs;\r
 479        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 480 \r
 481        repaint();\r
 482     }\r
 483     else\r
 484     {\r
 485       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 486       {\r
 487         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 488         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 489       }\r
 490 \r
 491     }\r
 492 \r
 493 \r
 494     changeEndRes = false;\r
 495     changeStartRes = false;\r
 496     stretchGroup = null;\r
 497     ap.idPanel.repaint();\r
 498   }\r
 499 \r
 500 \r
 501   boolean remove = false;\r
 502   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 503   {\r
 504     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 505     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 506 \r
 507     if(stretchGroup==null)\r
 508       return;\r
 509 \r
 510     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 511       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 512 \r
 513 \r
 514     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 515       // Edit end res position of selected group\r
 516       changeEndRes = true;\r
 517 \r
 518     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 519       // Edit start res position of selected group\r
 520       changeStartRes = true;\r
 521 \r
 522 \r
 523     if(res<av.getStartRes())\r
 524       res = av.getStartRes();\r
 525     else if(res>av.getEndRes())\r
 526       res = av.getEndRes();\r
 527 \r
 528     if(changeEndRes)\r
 529     {\r
 530       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 531         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 532     }\r
 533     else if(changeStartRes)\r
 534     {\r
 535       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 536         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 537     }\r
 538 \r
 539     int dragDirection = 0;\r
 540     if (y > oldSeq)\r
 541       dragDirection = 1;\r
 542     else if (y < oldSeq)\r
 543       dragDirection = -1;\r
 544 \r
 545     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 546     {\r
 547       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 548       // selection is quite slow.\r
 549       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 550 \r
 551       oldSeq += dragDirection;\r
 552       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 553 \r
 554       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 555       {\r
 556         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 557         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 558       }\r
 559       else\r
 560       {\r
 561        if(seq!=null)\r
 562         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 563         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 564       }\r
 565     }\r
 566     oldSeq = y;\r
 567     mouseDragging = true;\r
 568     if(scrollThread!=null)\r
 569       scrollThread.setEvent(evt);\r
 570 \r
 571     repaint();\r
 572   }\r
 573 \r
 574   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 575   {\r
 576     if (scrollThread != null)\r
 577       scrollThread.running = false;\r
 578   }\r
 579 \r
 580   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 581   {\r
 582     if (av.getWrapAlignment())\r
 583       return;\r
 584 \r
 585     if(mouseDragging)\r
 586       scrollThread = new ScrollThread();\r
 587 \r
 588   }\r
 589   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 590   class ScrollThread extends Thread\r
 591   {\r
 592     MouseEvent evt;\r
 593     boolean running = false;\r
 594     public ScrollThread()\r
 595     {\r
 596       start();\r
 597     }\r
 598 \r
 599     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 600     {\r
 601       evt = e;\r
 602     }\r
 603 \r
 604     public void stopScrolling()\r
 605     {\r
 606       running = false;\r
 607     }\r
 608 \r
 609     public void run()\r
 610     {\r
 611       running = true;\r
 612       while (running)\r
 613       {\r
 614         if(evt!=null)\r
 615         {\r
 616 \r
 617           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 618             running = ap.scrollUp(true);\r
 619 \r
 620           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 621               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 622             running = ap.scrollUp(false);\r
 623 \r
 624           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 625             running = ap.scrollRight(true);\r
 626 \r
 627           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 628             running = ap.scrollRight(false);\r
 629         }\r
 630 \r
 631         try\r
 632         {\r
 633           Thread.sleep(75);\r
 634         }\r
 635         catch (Exception ex)\r
 636         {}\r
 637       }\r
 638     }\r
 639 }\r
 640 \r
 641 \r
 642 \r
 643 }\r
 644 \r
 645 \r
 646 \r
 647 \r