src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel\r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     int startEdit = -1;\r
  49     int endEdit = -1;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     int seqEditOccurred = -1;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Creates a new SeqPanel object.\r
  74      *\r
  75      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  76      * @param p DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  79     {\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  83         this.av = avp;\r
  84         setBackground(Color.white);\r
  85 \r
  86         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  87         setLayout(new BorderLayout());\r
  88         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90         ap = p;\r
  91 \r
  92         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  93             {\r
  94                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  95                 {\r
  96                     doMouseMoved(evt);\r
  97                 }\r
  98 \r
  99                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 100                 {\r
 101                     if (editingSeqs)\r
 102                     {\r
 103                         doMouseDragged(evt);\r
 104                     }\r
 105                     else\r
 106                     {\r
 107                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 108                     }\r
 109                 }\r
 110             });\r
 111 \r
 112        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 113        {\r
 114          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 115          {\r
 116 \r
 117            if (mouseWheelPressed)\r
 118            {\r
 119              Font font = av.getFont();\r
 120              int fontSize = font.getSize();\r
 121              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 30)\r
 122                fontSize++;\r
 123              else if (fontSize > 1)\r
 124                fontSize--;\r
 125 \r
 126              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 127              ap.fontChanged();\r
 128            }\r
 129            else\r
 130            {\r
 131              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 132                ap.scrollUp(false);\r
 133              else\r
 134                ap.scrollUp(true);\r
 135            }\r
 136 \r
 137          }\r
 138        });\r
 139 \r
 140 \r
 141         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 142             {\r
 143                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 144                 {\r
 145                     mouseWheelPressed = false;\r
 146 \r
 147                     if (editingSeqs)\r
 148                     {\r
 149                         doMouseReleased(evt);\r
 150                     }\r
 151                     else\r
 152                     {\r
 153                         doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 154                     }\r
 155                 }\r
 156 \r
 157                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 158                 {\r
 159                   if( javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 160                   {\r
 161                     mouseWheelPressed = true;\r
 162                     return;\r
 163                   }\r
 164 \r
 165                     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 166                             evt.isControlDown())\r
 167                     {\r
 168                         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 169                         {\r
 170                             groupEditing = true;\r
 171                         }\r
 172 \r
 173                         editingSeqs = true;\r
 174                         doMousePressed(evt);\r
 175                     }\r
 176                     else\r
 177                     {\r
 178                         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 179                     }\r
 180                 }\r
 181 \r
 182                 public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 183                 {\r
 184                   if (editingSeqs)\r
 185                   {\r
 186                     return;\r
 187                   }\r
 188 \r
 189                   doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 190                 }\r
 191 \r
 192                 public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 193                 {\r
 194                   if (editingSeqs)\r
 195                   {\r
 196                     return;\r
 197                   }\r
 198 \r
 199                     doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 200                 }\r
 201             });\r
 202     }\r
 203 \r
 204     int startWrapBlock=-1;\r
 205     int wrappedBlock=-1;\r
 206     int findRes(MouseEvent evt)\r
 207    {\r
 208      int res = 0;\r
 209      int x = evt.getX();\r
 210 \r
 211     if (av.wrapAlignment)\r
 212     {\r
 213 \r
 214       int hgap = av.charHeight;\r
 215       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 216         hgap += av.charHeight;\r
 217 \r
 218       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 219           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 220 \r
 221         int y = evt.getY();\r
 222         y -= hgap;\r
 223         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 224 \r
 225 \r
 226         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 227 \r
 228         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 229         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 230 \r
 231         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 232 \r
 233     }\r
 234     else\r
 235     {\r
 236         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 237     }\r
 238 \r
 239     return res;\r
 240 \r
 241    }\r
 242 \r
 243    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 244    {\r
 245 \r
 246      int seq = 0;\r
 247      int y = evt.getY();\r
 248 \r
 249      if (av.wrapAlignment)\r
 250      {\r
 251        int hgap = av.charHeight;\r
 252        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 253          hgap += av.charHeight;\r
 254 \r
 255        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 256            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 257 \r
 258          y -= hgap;\r
 259 \r
 260        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 261      }\r
 262      else\r
 263      {\r
 264        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 265      }\r
 266 \r
 267      return seq;\r
 268    }\r
 269 \r
 270 \r
 271     /**\r
 272      * DOCUMENT ME!\r
 273      *\r
 274      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 275      */\r
 276     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 277     {\r
 278         if (seqEditOccurred > -1)\r
 279         {\r
 280             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 281         }\r
 282 \r
 283         startseq = -1;\r
 284         lastres = -1;\r
 285         seqEditOccurred = -1;\r
 286         editingSeqs = false;\r
 287         groupEditing = false;\r
 288 \r
 289         ap.repaint();\r
 290     }\r
 291 \r
 292     /**\r
 293      * DOCUMENT ME!\r
 294      *\r
 295      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 296      */\r
 297     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 298     {\r
 299       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 300                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 301 \r
 302       int seq = findSeq(evt);\r
 303       int res = findRes(evt);\r
 304 \r
 305       if(seq<0 || res<0)\r
 306         return;\r
 307 \r
 308         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 309                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 310         {\r
 311             startseq = seq;\r
 312             lastres = res;\r
 313         }\r
 314         else\r
 315         {\r
 316             startseq = -1;\r
 317             lastres = -1;\r
 318         }\r
 319 \r
 320         startEdit = lastres;\r
 321         endEdit = lastres;\r
 322 \r
 323         return;\r
 324     }\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * DOCUMENT ME!\r
 328      *\r
 329      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 330      */\r
 331     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 332     {\r
 333       int res = findRes(evt);\r
 334       int seq = findSeq(evt);\r
 335 \r
 336       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 337             return;\r
 338 \r
 339       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 340 \r
 341       if (res > sequence.getLength())\r
 342       {\r
 343         return;\r
 344       }\r
 345 \r
 346         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 347                 sequence.getName());\r
 348 \r
 349         Object obj = null;\r
 350         if (av.alignment.isNucleotide())\r
 351         {\r
 352           obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 353               "");\r
 354           if(obj!=null)\r
 355             text.append(" Nucleotide: ");\r
 356         }\r
 357         else\r
 358         {\r
 359           obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 360           if(obj!=null)\r
 361             text.append("  Residue: ");\r
 362         }\r
 363 \r
 364         if (obj != null)\r
 365         {\r
 366 \r
 367           if (obj != "")\r
 368           {\r
 369             text.append( obj + " (" +\r
 370                         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 371           }\r
 372         }\r
 373 \r
 374         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 375 \r
 376         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 377         if (av.showSequenceFeatures)\r
 378         {\r
 379             Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 380             Enumeration e = features.elements();\r
 381             StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 382 \r
 383             while (e.hasMoreElements())\r
 384             {\r
 385                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 386 \r
 387                 if ((sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 388                         (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 389                 {\r
 390                     if (sbuffer.length() > 0)\r
 391                     {\r
 392                         sbuffer.append("; ");\r
 393                     }\r
 394 \r
 395                     sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 396 \r
 397                     if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 398                     {\r
 399                         sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 400                     }\r
 401                 }\r
 402             }\r
 403 \r
 404             this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 405         }\r
 406     }\r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * DOCUMENT ME!\r
 410      *\r
 411      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 412      */\r
 413     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 414     {\r
 415         // If we're dragging we're editing\r
 416         int res = findRes(evt);\r
 417 \r
 418         if (res < 0)\r
 419         {\r
 420             res = 0;\r
 421         }\r
 422 \r
 423         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 424         {\r
 425             return;\r
 426         }\r
 427 \r
 428         boolean dragRight = true;\r
 429 \r
 430         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 431         {\r
 432             dragRight = false;\r
 433         }\r
 434 \r
 435         if (res != lastres)\r
 436         {\r
 437             // Group editing\r
 438             if (groupEditing)\r
 439             {\r
 440                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 441 \r
 442                 if (sg == null)\r
 443                 {\r
 444                     lastres = -1;\r
 445 \r
 446                     return;\r
 447                 }\r
 448 \r
 449                 // drag to right\r
 450                 if (dragRight)\r
 451                 {\r
 452                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 453                 }\r
 454 \r
 455                 // drag to left\r
 456                 else\r
 457                 {\r
 458                     /// Are we able to delete?\r
 459                     // ie are all columns blank?\r
 460                     boolean deleteAllowed = false;\r
 461 \r
 462                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 463                     {\r
 464                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 465 \r
 466                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 467                         {\r
 468                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 469                             {\r
 470                                 continue;\r
 471                             }\r
 472 \r
 473                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 474                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 475                             {\r
 476                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 477                                 res = j + 1;\r
 478                                 deleteAllowed = false;\r
 479 \r
 480                                 continue;\r
 481                             }\r
 482 \r
 483                             deleteAllowed = true;\r
 484                         }\r
 485                     }\r
 486 \r
 487                     if (!deleteAllowed)\r
 488                     {\r
 489                         lastres = -1;\r
 490 \r
 491                         return;\r
 492                     }\r
 493 \r
 494                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 495                 }\r
 496 \r
 497                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 498                 {\r
 499                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 500                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 501 \r
 502                     // drag to right\r
 503                     if (dragRight)\r
 504                     {\r
 505                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 506                         {\r
 507                             insertChar(j, k);\r
 508                         }\r
 509                     }\r
 510 \r
 511                     // drag to left\r
 512                     else\r
 513                     {\r
 514                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 515                         {\r
 516                             if (s.getLength() > j)\r
 517                             {\r
 518                                 deleteChar(res, k);\r
 519                             }\r
 520                         }\r
 521                     }\r
 522                 }\r
 523             }\r
 524             else /////Editing a single sequence///////////\r
 525             {\r
 526                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 527                 {\r
 528                     // dragging to the right\r
 529                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 530                     {\r
 531                         insertChar(j, startseq);\r
 532                     }\r
 533                 }\r
 534                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 535                         (res < lastres))\r
 536                 {\r
 537                     // dragging to the left\r
 538                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 539                     {\r
 540                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 541                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 542                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 543                         {\r
 544                             deleteChar(res, startseq);\r
 545                         }\r
 546                         else\r
 547                         {\r
 548                             break;\r
 549                         }\r
 550                     }\r
 551                 }\r
 552             }\r
 553         }\r
 554 \r
 555         endEdit = res;\r
 556         lastres = res;\r
 557         seqCanvas.repaint();\r
 558     }\r
 559 \r
 560     /**\r
 561      * DOCUMENT ME!\r
 562      *\r
 563      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 564      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 565      * @param start DOCUMENT ME!\r
 566      */\r
 567     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 568     {\r
 569         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 570             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 571         seqCanvas.repaint();\r
 572     }\r
 573 \r
 574     /**\r
 575      * DOCUMENT ME!\r
 576      *\r
 577      * @param j DOCUMENT ME!\r
 578      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 579      */\r
 580     public void insertChar(int j, int seq)\r
 581     {\r
 582         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 583         seqEditOccurred = seq;\r
 584     }\r
 585 \r
 586     /**\r
 587      * DOCUMENT ME!\r
 588      *\r
 589      * @param j DOCUMENT ME!\r
 590      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 591      */\r
 592     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 593     {\r
 594         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 595         seqEditOccurred = seq;\r
 596 \r
 597         av.alignment.getWidth();\r
 598         seqCanvas.repaint();\r
 599     }\r
 600 \r
 601     /**\r
 602      * DOCUMENT ME!\r
 603      *\r
 604      * @param i DOCUMENT ME!\r
 605      */\r
 606     void editOccurred(int i)\r
 607     {\r
 608       if (endEdit == startEdit)\r
 609       {\r
 610         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 611         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 612       }\r
 613 \r
 614       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 615 \r
 616     }\r
 617 \r
 618     /**\r
 619      * DOCUMENT ME!\r
 620      *\r
 621      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 622      */\r
 623     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 624     {\r
 625       int res = findRes(evt);\r
 626       int seq = findSeq(evt);\r
 627       oldSeq = seq;\r
 628 \r
 629       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 630 \r
 631       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
 632       {\r
 633           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 634               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
 635               "Wrapped view - no edit",\r
 636               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 637         return;\r
 638       }\r
 639 \r
 640       if(seq<0 || res<0)\r
 641             return;\r
 642 \r
 643 \r
 644         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 645 \r
 646         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 647         {\r
 648             return;\r
 649         }\r
 650 \r
 651         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 652 \r
 653         if (stretchGroup == null)\r
 654         {\r
 655             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 656 \r
 657             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 658                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 659             {\r
 660                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 661             }\r
 662             else\r
 663             {\r
 664                 stretchGroup = null;\r
 665             }\r
 666         }\r
 667         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 668                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 669                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 670         {\r
 671             stretchGroup = null;\r
 672 \r
 673             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 674 \r
 675             if (allGroups != null)\r
 676             {\r
 677                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 678                 {\r
 679                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 680                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 681                     {\r
 682                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 683                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 684 \r
 685                         break;\r
 686                     }\r
 687                 }\r
 688             }\r
 689         }\r
 690 \r
 691         if (stretchGroup == null)\r
 692         {\r
 693             // define a new group here\r
 694             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 695             sg.setStartRes(res);\r
 696             sg.setEndRes(res);\r
 697             sg.addSequence(sequence, false);\r
 698             av.setSelectionGroup(sg);\r
 699             stretchGroup = sg;\r
 700 \r
 701             if (av.getConservationSelected())\r
 702             {\r
 703                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 704                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 705             }\r
 706 \r
 707             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 708             {\r
 709                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 710                     "Background");\r
 711             }\r
 712         }\r
 713         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 714         {\r
 715             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 716             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 717 \r
 718             // edit the properties of existing group\r
 719         }\r
 720 \r
 721         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 722         {\r
 723             // Edit end res position of selected group\r
 724             changeEndRes = true;\r
 725         }\r
 726         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 727         {\r
 728             // Edit end res position of selected group\r
 729             changeStartRes = true;\r
 730         }\r
 731 \r
 732         stretchGroup.getWidth();\r
 733 \r
 734         seqCanvas.repaint();\r
 735     }\r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * DOCUMENT ME!\r
 739      *\r
 740      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 741      */\r
 742     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 743     {\r
 744         if (mouseDragging)\r
 745         {\r
 746             stretchGroup.recalcConservation();\r
 747             mouseDragging = false;\r
 748         }\r
 749 \r
 750         if (stretchGroup == null)\r
 751         {\r
 752             return;\r
 753         }\r
 754 \r
 755         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 756         {\r
 757           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 758           {\r
 759             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 760                 sequences,\r
 761                 stretchGroup.getWidth());\r
 762           }\r
 763 \r
 764           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 765           {\r
 766             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 767                                               stretchGroup.getName());\r
 768           }\r
 769           else\r
 770           {\r
 771             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 772                                            stretchGroup.getName());\r
 773           }\r
 774         }\r
 775         changeEndRes = false;\r
 776         changeStartRes = false;\r
 777         stretchGroup = null;\r
 778         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 779     }\r
 780 \r
 781     /**\r
 782      * DOCUMENT ME!\r
 783      *\r
 784      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 785      */\r
 786     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 787     {\r
 788       int res = findRes(evt);\r
 789       int y = findSeq(evt);\r
 790 \r
 791       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 792         return;\r
 793 \r
 794       if (stretchGroup == null)\r
 795       {\r
 796             return;\r
 797         }\r
 798 \r
 799         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 800         {\r
 801             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 802         }\r
 803 \r
 804         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 805         {\r
 806             // Edit end res position of selected group\r
 807             changeEndRes = true;\r
 808         }\r
 809         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 810         {\r
 811             // Edit start res position of selected group\r
 812             changeStartRes = true;\r
 813         }\r
 814 \r
 815         if (res < av.getStartRes())\r
 816         {\r
 817             res = av.getStartRes();\r
 818         }\r
 819         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 820         {\r
 821             res = av.getEndRes();\r
 822         }\r
 823 \r
 824         if (changeEndRes)\r
 825         {\r
 826             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 827             {\r
 828                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 829             }\r
 830         }\r
 831         else if (changeStartRes)\r
 832         {\r
 833             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 834             {\r
 835                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 836             }\r
 837         }\r
 838 \r
 839         int dragDirection = 0;\r
 840 \r
 841         if (y > oldSeq)\r
 842         {\r
 843             dragDirection = 1;\r
 844         }\r
 845         else if (y < oldSeq)\r
 846         {\r
 847             dragDirection = -1;\r
 848         }\r
 849 \r
 850         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 851         {\r
 852             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 853             // selection is quite slow.\r
 854             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 855 \r
 856             oldSeq += dragDirection;\r
 857 \r
 858             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 859 \r
 860             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 861             {\r
 862                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 863             }\r
 864             else\r
 865             {\r
 866                 if (seq != null)\r
 867                 {\r
 868                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 869                 }\r
 870 \r
 871                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 872             }\r
 873         }\r
 874 \r
 875         oldSeq = y;\r
 876         mouseDragging = true;\r
 877 \r
 878         if (scrollThread != null)\r
 879         {\r
 880             scrollThread.setEvent(evt);\r
 881         }\r
 882 \r
 883         seqCanvas.repaint();\r
 884     }\r
 885 \r
 886     /**\r
 887      * DOCUMENT ME!\r
 888      *\r
 889      * @param e DOCUMENT ME!\r
 890      */\r
 891     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 892     {\r
 893         if (scrollThread != null)\r
 894         {\r
 895             scrollThread.running = false;\r
 896         }\r
 897     }\r
 898 \r
 899     /**\r
 900      * DOCUMENT ME!\r
 901      *\r
 902      * @param e DOCUMENT ME!\r
 903      */\r
 904     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 905     {\r
 906         if (av.getWrapAlignment())\r
 907         {\r
 908             return;\r
 909         }\r
 910 \r
 911         if (mouseDragging)\r
 912         {\r
 913             scrollThread = new ScrollThread();\r
 914         }\r
 915     }\r
 916 \r
 917     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 918     class ScrollThread extends Thread\r
 919     {\r
 920         MouseEvent evt;\r
 921         boolean running = false;\r
 922 \r
 923         public ScrollThread()\r
 924         {\r
 925             start();\r
 926         }\r
 927 \r
 928         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 929         {\r
 930             evt = e;\r
 931         }\r
 932 \r
 933         public void stopScrolling()\r
 934         {\r
 935             running = false;\r
 936         }\r
 937 \r
 938         public void run()\r
 939         {\r
 940             running = true;\r
 941 \r
 942             while (running)\r
 943             {\r
 944                 if (evt != null)\r
 945                 {\r
 946                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 947                             (av.getStartSeq() > 0))\r
 948                     {\r
 949                         running = ap.scrollUp(true);\r
 950                     }\r
 951 \r
 952                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 953                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 954                     {\r
 955                         running = ap.scrollUp(false);\r
 956                     }\r
 957 \r
 958                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 959                     {\r
 960                         running = ap.scrollRight(true);\r
 961                     }\r
 962                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 963                     {\r
 964                         running = ap.scrollRight(false);\r
 965                     }\r
 966                 }\r
 967 \r
 968                 try\r
 969                 {\r
 970                     Thread.sleep(75);\r
 971                 }\r
 972                 catch (Exception ex)\r
 973                 {\r
 974                 }\r
 975             }\r
 976         }\r
 977     }\r
 978 }\r