src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    parent;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   public    boolean editFlag;\r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel p) {\r
  28     this.av         = av;\r
  29 \r
  30     seqCanvas  = new SeqCanvas(av);\r
  31     setLayout(new BorderLayout());\r
  32     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  33 \r
  34     parent = p;\r
  35 \r
  36     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  37     {\r
  38       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  39       {  doMouseMoved(evt);   }\r
  40       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  41       {      doMouseDragged(evt);  }\r
  42     });\r
  43 \r
  44     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  45     {\r
  46       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  47       {  doMouseReleased(evt);  }\r
  48       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  49       {  doMousePressed(evt);   }\r
  50 \r
  51     });\r
  52     repaint();\r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  57 \r
  58     int x = evt.getX();\r
  59       int res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  60 \r
  61       endres = res;\r
  62 \r
  63       // This is to detect edits - we're at the end of an edit if mouse is up\r
  64       editFlag = false;\r
  65       startseq = -1;\r
  66       startres = -1;\r
  67       lastres  = -1;\r
  68 \r
  69     parent.RefreshPanels();\r
  70     repaint();\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  75   parent.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
  76     int seq;\r
  77     int res;\r
  78 \r
  79     int x = evt.getX();\r
  80     int y = evt.getY();\r
  81 \r
  82     res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  83     seq = (y)/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
  84 \r
  85     if (seq < av.getAlignment().getHeight() && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
  86     {\r
  87       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
  88       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
  89       // in the alignment\r
  90 \r
  91       startseq = seq;\r
  92 \r
  93       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight()-1)) {\r
  94         padseq = 1;\r
  95       } else {\r
  96         padseq = 1;\r
  97       }\r
  98 \r
  99       startres = res;\r
 100       lastres = res;\r
 101 \r
 102       } else {\r
 103       startseq = -1;\r
 104       startres = -1;\r
 105       lastres = -1;\r
 106     }\r
 107 \r
 108     return;\r
 109   }\r
 110 \r
 111   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 112   {\r
 113     int res=0, seq=0;\r
 114     int x = evt.getX();\r
 115     int y = evt.getY();\r
 116     if(av.wrapAlignment)\r
 117     {\r
 118       y -= 2*av.charHeight;\r
 119       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 120 \r
 121 \r
 122       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 123 \r
 124       System.out.println( ((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +" "+((x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes()) );\r
 125       y %= chunkHeight;\r
 126       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 127 \r
 128       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 129       //  startx += chunkWidth;\r
 130     }\r
 131     else\r
 132     {\r
 133       res = (int) (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 134       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 135     }\r
 136 \r
 137 \r
 138     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 139       return;\r
 140 \r
 141     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 142     String aa = "";\r
 143     if(obj!=null)\r
 144          aa = obj.toString();\r
 145 \r
 146     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 147     if(aa!="")\r
 148       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 149 \r
 150     parent.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 151 \r
 152   }\r
 153 \r
 154   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 155     // If we're dragging we're editing\r
 156     editFlag = true;\r
 157     int x = evt.getX();\r
 158 \r
 159     int res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 160     if (res < 0) {res = 0;}\r
 161 \r
 162     if (res  != lastres) {\r
 163       if (startseq != -1) {\r
 164 \r
 165         // Group editing\r
 166         if (av.getGroupEdit()) {\r
 167           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 168 \r
 169           if(sg!=null)\r
 170           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 171           {\r
 172             boolean flag = false;\r
 173             for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 174             {\r
 175               SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 176               for (int j=lastres-1; j >= res; j--)\r
 177               {\r
 178                 if (!flag)\r
 179                 {\r
 180                   if (!s.getSequence().substring(j,j+1).equals(av.getAlignment().getGapCharacter()) &&\r
 181                       !s.getSequence().substring(j,j+1).equals(" "))\r
 182                   {\r
 183                     res = j+1;\r
 184                     flag = true;\r
 185                   }\r
 186                 }\r
 187               }\r
 188             }\r
 189           }\r
 190 \r
 191           if(sg!=null)\r
 192           for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 193           {\r
 194             SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 195             boolean found = false;\r
 196             int sno = -1;\r
 197             for (int k = 0; k < av.getAlignment().getHeight(); k++)\r
 198             {\r
 199               if (av.getAlignment().getSequenceAt(k) == s)\r
 200               {\r
 201                 found = true;\r
 202                 sno = k;\r
 203                 break;\r
 204               }\r
 205             }\r
 206             if (found && sno != -1) {\r
 207               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 208               {\r
 209                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 210                   insertChar(j,sno);\r
 211 \r
 212                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 213                 if (index != -1)\r
 214                   drawChars(index,index+1,lastres);\r
 215 \r
 216 \r
 217               } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 218               {\r
 219                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 220                 {\r
 221                   deleteChar(j,res,sno);\r
 222                   startres = res;\r
 223                 }\r
 224                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 225                 if (index != -1)\r
 226                   drawChars(index,index+1,res);\r
 227 \r
 228               }\r
 229             }\r
 230 \r
 231           }\r
 232           lastres = res;\r
 233         } else {\r
 234 \r
 235 \r
 236           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres) {\r
 237             // dragging to the right\r
 238             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 239               insertChar(j,startseq);\r
 240 \r
 241             drawChars(startseq,startseq+1,lastres);\r
 242 \r
 243           } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 244           {\r
 245 \r
 246             // dragging to the left\r
 247             for (int j = res; j < lastres; j++) {\r
 248               deleteChar(j,res,startseq);\r
 249               startres = res;\r
 250             }\r
 251             drawChars(startseq,startseq+1,res);\r
 252           }\r
 253         }\r
 254       }\r
 255       lastres = res;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     repaint();\r
 259     return;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 263     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 264     repaint();\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void insertChar(int j, int seq)\r
 268   {\r
 269     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter().charAt(0));\r
 270     updateConservation(seq);\r
 271   }\r
 272 \r
 273   public void deleteChar(int j, int res, int sno)\r
 274   {\r
 275 \r
 276     if (av.getAlignment().getSequenceAt(sno).getSequence().substring(j,j+1).equals(".") ||\r
 277         av.getAlignment().getSequenceAt(sno).getSequence().substring(j,j+1).equals("-") ||\r
 278         av.getAlignment().getSequenceAt(sno).getSequence().substring(j,j+1).equals(" ") )\r
 279     {\r
 280         av.getAlignment().getSequenceAt(sno).deleteCharAt(j);\r
 281     }\r
 282     updateConservation(sno);\r
 283     av.getAlignment().getWidth();\r
 284     repaint();\r
 285   }\r
 286 \r
 287 \r
 288   void updateConservation(int i)\r
 289   {\r
 290 \r
 291     Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 292     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 293     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 294       return;\r
 295 \r
 296     Conservation c = sg.getConservation();\r
 297 \r
 298     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 299                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 300                          al.getWidth());\r
 301     c.calculate();\r
 302     c.verdict(false, 100);\r
 303     sg.setConservation(c);\r
 304     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 305     ccs.conserve = c;\r
 306   }\r
 307 \r
 308 \r
 309   public void setColourScheme(ColourSchemeI cs, boolean showConservation)\r
 310   {\r
 311     if (av.getSelection().size() == 0)\r
 312     {\r
 313       seqCanvas.cs = cs;\r
 314       for (int i = 0; i < av.alignment.getGroups().size();i++)\r
 315       {\r
 316         SequenceGroup sg = (SequenceGroup)av.alignment.getGroups().elementAt(i);\r
 317         sg.cs = cs;\r
 318         if(!showConservation\r
 319             && !(sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
 320             && sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 321          {\r
 322            // remove ConservationColouring from existing Conservation group\r
 323            ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 324            sg.cs = ccs.cs;\r
 325          }\r
 326          else if(showConservation && !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 327          {\r
 328            // add ConservationColouring to new group\r
 329            Conservation c = sg.getConservation();\r
 330            Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 331            c = new Conservation("All", al.cons,\r
 332                                 ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 333                                 al.getWidth() );\r
 334            c.calculate();\r
 335            c.verdict(false, 100);\r
 336            sg.setConservation(c);\r
 337            sg.cs = new ConservationColourScheme(sg);\r
 338          }\r
 339       }\r
 340     }\r
 341     else\r
 342     {\r
 343       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup((Sequence)av.sel.sequenceAt(0));\r
 344 \r
 345       if( isNewSelection(sg) )\r
 346       {\r
 347         sg = av.getAlignment().addGroup();\r
 348         for (int i=0; i < av.getSelection().size(); i++)\r
 349         {\r
 350           av.alignment.removeFromGroup(av.alignment.findGroup( (Sequence) av.\r
 351               sel.sequenceAt(i)),\r
 352                                        (Sequence) av.sel.sequenceAt(i));\r
 353           av.alignment.addToGroup(sg, (Sequence) av.sel.sequenceAt(i));\r
 354         }\r
 355       }\r
 356 \r
 357 \r
 358       sg.cs = cs;\r
 359 \r
 360       // Selection is made, we only want to change the conservationColour for selected group\r
 361       if(  showConservation\r
 362            && !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 363            && !(sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme))\r
 364       {\r
 365         Conservation c = sg.getConservation();\r
 366         Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 367 \r
 368         c = new Conservation("All", al.cons,\r
 369                              ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 370                              al.getWidth() );\r
 371         c.calculate();\r
 372         c.verdict(false, 100);\r
 373         sg.setConservation(c);\r
 374         sg.cs = new ConservationColourScheme(sg);\r
 375     }\r
 376     else  if( !showConservation && sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 377     {\r
 378       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 379       sg.cs = ccs.cs;\r
 380     }\r
 381 \r
 382 \r
 383 \r
 384    }\r
 385    seqCanvas.paintFlag = true;\r
 386    repaint();\r
 387   }\r
 388 \r
 389   boolean isNewSelection(SequenceGroup sg)\r
 390   {\r
 391     if(sg.getSize()!=av.getSelection().size())\r
 392       return true;\r
 393 \r
 394     for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 395      if( !av.getSelection().contains( sg.getSequenceAt(i) ))\r
 396        return true;\r
 397 \r
 398     return false;\r
 399   }\r
 400 \r
 401 \r
 402   public ColourSchemeI getColourScheme()\r
 403   {\r
 404     if(av.getSelection().size()>0)\r
 405        return av.alignment.findGroup((Sequence)av.sel.sequenceAt(0)).cs;\r
 406     else\r
 407       return seqCanvas.cs;\r
 408   }\r
 409 }\r
 410 \r
 411 \r
 412 \r
 413 \r