src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   ScrollThread scrollThread = null;\r
  31   boolean mouseDragging = false;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72       }\r
  73       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if(av.getWrapAlignment())\r
  76          return;\r
  77         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  78           doMousePressed(evt);\r
  79         else\r
  80           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  81       }\r
  82       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  83       {\r
  84         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  85                   evt.isControlDown())\r
  86                 return;\r
  87               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  88 \r
  89       }\r
  90       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  93             evt.isControlDown())\r
  94           return;\r
  95         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  96       }\r
  97 \r
  98     });\r
  99     repaint();\r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 104 \r
 105     int x = evt.getX();\r
 106     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 107 \r
 108     endres = res;\r
 109 \r
 110     startseq = -1;\r
 111     startres = -1;\r
 112     lastres  = -1;\r
 113     if(seqEditOccurred>-1)\r
 114       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 115 \r
 116     seqEditOccurred = -1;\r
 117 \r
 118     ap.RefreshPanels();\r
 119     repaint();\r
 120 \r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 124     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 125     int seq;\r
 126     int res;\r
 127 \r
 128     int x = evt.getX();\r
 129     int y = evt.getY();\r
 130 \r
 131     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 132     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 133 \r
 134     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 135         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 136     {\r
 137       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 138       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 139       // in the alignment\r
 140 \r
 141       startseq = seq;\r
 142 \r
 143       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 144         padseq = 1;\r
 145       else\r
 146         padseq = 1;\r
 147 \r
 148       startres = res;\r
 149       lastres = res;\r
 150 \r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       startseq = -1;\r
 155       startres = -1;\r
 156       lastres = -1;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 163   {\r
 164     int res=0, seq=0;\r
 165     int x = evt.getX();\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167     if(av.wrapAlignment)\r
 168     {\r
 169       y -= 2*av.charHeight;\r
 170       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 171 \r
 172 \r
 173       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 174 \r
 175       y %= chunkHeight;\r
 176       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 177 \r
 178       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 179       //  startx += chunkWidth;\r
 180     }\r
 181     else\r
 182     {\r
 183       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 184       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 185     }\r
 186 \r
 187 \r
 188     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 189       return;\r
 190 \r
 191     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 192     if(res>sequence.getLength())\r
 193       return;\r
 194 \r
 195     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 196     String aa = "";\r
 197     if(obj!=null)\r
 198          aa = obj.toString();\r
 199 \r
 200     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 201     if(aa!="")\r
 202       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 203 \r
 204     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 205 \r
 206     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 207     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 208     {\r
 209       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 210       Enumeration e = features.elements();\r
 211       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 212 \r
 213 \r
 214       while (e.hasMoreElements())\r
 215       {\r
 216         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 217         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 218             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 219         {\r
 220           if(sbuffer.length()>0)\r
 221             sbuffer.append("; ");\r
 222           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 223           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 224             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 225         }\r
 226 \r
 227       }\r
 228 \r
 229       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 230       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 231     }\r
 232 \r
 233 \r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 237     // If we're dragging we're editing\r
 238 \r
 239     if(lastres==-1)\r
 240       return;\r
 241 \r
 242     int x = evt.getX();\r
 243 \r
 244     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 245     if (res < 0)\r
 246       res = 0;\r
 247 \r
 248     if (res != lastres)\r
 249     {\r
 250         // Group editing\r
 251         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 252         {\r
 253           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 254           if (sg != null)\r
 255           {\r
 256             boolean deleteAllowed = false;\r
 257             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 258             {\r
 259               /// Are we able to delete?\r
 260               boolean allGaps = true;\r
 261               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 262               {\r
 263                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 264                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 265                 {\r
 266                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 267                     {\r
 268                       res = j + 1;\r
 269                       allGaps = false;\r
 270                     }\r
 271                 }\r
 272 \r
 273                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 274                   deleteAllowed = true;\r
 275               }\r
 276             }\r
 277 \r
 278             // drag to right\r
 279             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 280                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 281 \r
 282             // drag to left\r
 283             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 284                      res < lastres)\r
 285                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 286 \r
 287 \r
 288 \r
 289 \r
 290             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 291             {\r
 292               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 293               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 294 \r
 295               // drag to right\r
 296               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 297                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 298                   insertChar(j, k);\r
 299 \r
 300               // drag to left\r
 301               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 302               {\r
 303                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 304                 {\r
 305                   deleteChar(j, k);\r
 306                   startres = res;\r
 307                 }\r
 308               }\r
 309             }\r
 310           }\r
 311         }\r
 312         else /////Editing a single sequence///////////\r
 313         {\r
 314           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 315           {\r
 316             // dragging to the right\r
 317             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 318               insertChar(j, startseq);\r
 319           }\r
 320           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 321           {\r
 322             // dragging to the left\r
 323             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 324             {\r
 325               deleteChar(j, startseq);\r
 326               startres = res;\r
 327             }\r
 328           }\r
 329 \r
 330         }\r
 331 \r
 332     }\r
 333 \r
 334     lastres = res;\r
 335     repaint();\r
 336   }\r
 337 \r
 338   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 339     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 340     repaint();\r
 341   }\r
 342 \r
 343   public void insertChar(int j, int seq)\r
 344   {\r
 345     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 346     seqEditOccurred=seq;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 350   {\r
 351 \r
 352     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 353         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 354 \r
 355     av.alignment.getWidth();\r
 356     repaint();\r
 357     seqEditOccurred=seq;\r
 358   }\r
 359 \r
 360 \r
 361   void updateConservation(int i)\r
 362   {\r
 363   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 364     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 365     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 366       return;\r
 367 \r
 368     Conservation c = sg.getConservation();\r
 369 \r
 370     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 371                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 372                          al.getWidth());\r
 373     c.calculate();\r
 374     c.verdict(false, 100);\r
 375     sg.setConservation(c);\r
 376     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 377     ccs.conserve = c;*/\r
 378   }\r
 379 \r
 380 //////////////////////////////////////////\r
 381 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 382 //////////////////////////////////////////\r
 383   int oldSeq = -1;\r
 384   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 385   {\r
 386     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 387     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 388     oldSeq = seq;\r
 389 \r
 390     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 391 \r
 392     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 393       return;\r
 394 \r
 395     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 396 \r
 397     if(stretchGroup == null)\r
 398      {\r
 399        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 400        if(res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 401          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 402        else\r
 403          stretchGroup = null;\r
 404      }\r
 405 \r
 406     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 407             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 408             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 409      {\r
 410        stretchGroup = null;\r
 411 \r
 412        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 413 \r
 414        if (allGroups != null)\r
 415          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 416            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 417                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 418            {\r
 419              stretchGroup = allGroups[i];\r
 420              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 421              break;\r
 422            }\r
 423      }\r
 424 \r
 425     if(stretchGroup==null)\r
 426     {\r
 427       // define a new group here\r
 428       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 429       sg.setStartRes(res);\r
 430       sg.setEndRes(res);\r
 431       sg.addSequence( sequence );\r
 432       av.setSelectionGroup( sg );\r
 433       stretchGroup = sg;\r
 434 \r
 435       if(av.getConservationSelected())\r
 436         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 437       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 438       {\r
 439         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 440         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 441         if (threshold > 0)\r
 442           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 443       }\r
 444 \r
 445     }\r
 446     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 447     {\r
 448         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 449         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 450 \r
 451     // edit the properties of existing group\r
 452     }\r
 453 \r
 454     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 455       // Edit end res position of selected group\r
 456       changeEndRes = true;\r
 457 \r
 458    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 459       // Edit end res position of selected group\r
 460       changeStartRes = true;\r
 461 \r
 462 \r
 463     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 464     repaint();\r
 465 \r
 466   }\r
 467 \r
 468   boolean changeEndSeq = false;\r
 469   boolean changeStartSeq = false;\r
 470   boolean changeEndRes = false;\r
 471   boolean changeStartRes = false;\r
 472   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 473 \r
 474   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 475   {\r
 476     mouseDragging = false;\r
 477 \r
 478     if(stretchGroup==null)\r
 479       return;\r
 480 \r
 481     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 482     {\r
 483       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 484       seqCanvas.paintFlag = true;\r
 485       repaint();\r
 486     }\r
 487 \r
 488     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 489     {\r
 490       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 491 \r
 492 \r
 493        stretchGroup.cs = ccs;\r
 494 \r
 495 \r
 496        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 497 \r
 498        seqCanvas.paintFlag = true;\r
 499        repaint();\r
 500     }\r
 501     else\r
 502     {\r
 503       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 504       {\r
 505         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 506         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 507         if(threshold>0)\r
 508           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 509       }\r
 510 \r
 511     }\r
 512 \r
 513 \r
 514     changeEndRes = false;\r
 515     changeStartRes = false;\r
 516     stretchGroup = null;\r
 517     ap.idPanel.repaint();\r
 518   }\r
 519 \r
 520 \r
 521   boolean remove = false;\r
 522   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 523   {\r
 524     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 525     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 526 \r
 527     if(stretchGroup==null)\r
 528       return;\r
 529 \r
 530     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 531       // Edit end res position of selected group\r
 532       changeEndRes = true;\r
 533 \r
 534     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 535       // Edit start res position of selected group\r
 536       changeStartRes = true;\r
 537 \r
 538 \r
 539     if(res<av.getStartRes())\r
 540       res = av.getStartRes();\r
 541     else if(res>av.getEndRes())\r
 542       res = av.getEndRes();\r
 543 \r
 544     if(changeEndRes)\r
 545     {\r
 546       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 547         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 548     }\r
 549     else if(changeStartRes)\r
 550     {\r
 551       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 552         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 553     }\r
 554 \r
 555     int dragDirection = 0;\r
 556     if (y > oldSeq)\r
 557       dragDirection = 1;\r
 558     else if (y < oldSeq)\r
 559       dragDirection = -1;\r
 560 \r
 561     while (y != oldSeq && oldSeq>0)\r
 562     {\r
 563       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 564       // selection is quite slow.\r
 565       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 566 \r
 567       oldSeq += dragDirection;\r
 568       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 569 \r
 570       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 571       {\r
 572         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 573         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 574       }\r
 575       else\r
 576       {\r
 577         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 578         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 579       }\r
 580     }\r
 581     oldSeq = y;\r
 582     mouseDragging = true;\r
 583     if(scrollThread!=null)\r
 584       scrollThread.setEvent(evt);\r
 585 \r
 586     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 587     repaint();\r
 588   }\r
 589 \r
 590   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 591   {\r
 592     if (scrollThread != null)\r
 593       scrollThread.running = false;\r
 594   }\r
 595 \r
 596   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 597   {\r
 598     if (av.getWrapAlignment())\r
 599       return;\r
 600 \r
 601     if(mouseDragging)\r
 602       scrollThread = new ScrollThread();\r
 603 \r
 604   }\r
 605   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 606   class ScrollThread extends Thread\r
 607   {\r
 608     MouseEvent evt;\r
 609     boolean running = false;\r
 610     public ScrollThread()\r
 611     {\r
 612       start();\r
 613     }\r
 614 \r
 615     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 616     {\r
 617       evt = e;\r
 618     }\r
 619 \r
 620     public void stopScrolling()\r
 621     {\r
 622       running = false;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     public void run()\r
 626     {\r
 627       running = true;\r
 628       while (running)\r
 629       {\r
 630         if(evt!=null)\r
 631         {\r
 632 \r
 633           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 634             running = ap.scrollUp(true);\r
 635 \r
 636           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 637               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 638             running = ap.scrollUp(false);\r
 639 \r
 640           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 641             running = ap.scrollRight(true);\r
 642 \r
 643           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 644             running = ap.scrollRight(false);\r
 645         }\r
 646 \r
 647         ap.repaint();\r
 648         try\r
 649         {\r
 650           Thread.sleep(75);\r
 651         }\r
 652         catch (Exception ex)\r
 653         {}\r
 654       }\r
 655     }\r
 656 }\r
 657 \r
 658 \r
 659 \r
 660 }\r
 661 \r
 662 \r
 663 \r
 664 \r