src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    parent;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   public    boolean editFlag;\r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  31     this.av         = avp;\r
  32 \r
  33     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  34     setLayout(new BorderLayout());\r
  35     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  36 \r
  37     parent = p;\r
  38 \r
  39     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  40     {\r
  41       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  42       {   doMouseMoved(evt);    }\r
  43 \r
  44       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  45       {\r
  46         if(av.groupDefiningMode)\r
  47           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  48         else\r
  49           doMouseDragged(evt);\r
  50       }\r
  51     });\r
  52 \r
  53     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  54     {\r
  55       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  56       {\r
  57         if(av.groupDefiningMode)\r
  58           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  59         else\r
  60           doMouseReleased(evt);\r
  61       }\r
  62       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  63       {\r
  64         if(av.groupDefiningMode)\r
  65           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  66         else\r
  67           doMousePressed(evt);\r
  68       }\r
  69 \r
  70     });\r
  71     repaint();\r
  72   }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  76 \r
  77     int x = evt.getX();\r
  78     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  79 \r
  80     endres = res;\r
  81 \r
  82       // This is to detect edits - we're at the end of an edit if mouse is up\r
  83     editFlag = false;\r
  84     startseq = -1;\r
  85     startres = -1;\r
  86     lastres  = -1;\r
  87     if(seqEditOccurred>-1)\r
  88       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  89 \r
  90     seqEditOccurred = -1;\r
  91 \r
  92     parent.RefreshPanels();\r
  93     repaint();\r
  94 \r
  95   }\r
  96 \r
  97   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  98     parent.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
  99     int seq;\r
 100     int res;\r
 101 \r
 102     int x = evt.getX();\r
 103     int y = evt.getY();\r
 104 \r
 105     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 106     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 107 \r
 108     if (seq < av.getAlignment().getHeight() && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 109     {\r
 110       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 111       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 112       // in the alignment\r
 113 \r
 114       startseq = seq;\r
 115 \r
 116       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight()-1)) {\r
 117         padseq = 1;\r
 118       } else {\r
 119         padseq = 1;\r
 120       }\r
 121 \r
 122       startres = res;\r
 123       lastres = res;\r
 124 \r
 125       } else {\r
 126       startseq = -1;\r
 127       startres = -1;\r
 128       lastres = -1;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     return;\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 135   {\r
 136     int res=0, seq=0;\r
 137     int x = evt.getX();\r
 138     int y = evt.getY();\r
 139     if(av.wrapAlignment)\r
 140     {\r
 141       y -= 2*av.charHeight;\r
 142       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 143 \r
 144 \r
 145       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 146 \r
 147       y %= chunkHeight;\r
 148       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 149 \r
 150       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 151       //  startx += chunkWidth;\r
 152     }\r
 153     else\r
 154     {\r
 155       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 156       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 157     }\r
 158 \r
 159 \r
 160     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 161       return;\r
 162 \r
 163     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 164     String aa = "";\r
 165     if(obj!=null)\r
 166          aa = obj.toString();\r
 167 \r
 168     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 169     if(aa!="")\r
 170       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 171 \r
 172     parent.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 173 \r
 174   }\r
 175 \r
 176   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 177     // If we're dragging we're editing\r
 178     editFlag = true;\r
 179     int x = evt.getX();\r
 180 \r
 181     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 182     if (res < 0) {res = 0;}\r
 183 \r
 184     if (res  != lastres) {\r
 185       if (startseq != -1) {\r
 186 \r
 187         // Group editing\r
 188         if (av.getGroupEdit()) {\r
 189           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 190 \r
 191           if(sg!=null)\r
 192           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 193           {\r
 194             boolean flag = false;\r
 195             for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 196             {\r
 197               SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 198               for (int j=lastres-1; j >= res; j--)\r
 199               {\r
 200                 if (!flag)\r
 201                 {\r
 202                   if (s.getSequence().charAt(j)!=av.getAlignment().getGapCharacter() &&\r
 203                       s.getSequence().charAt(j)==' ')\r
 204                   {\r
 205                     res = j+1;\r
 206                     flag = true;\r
 207                   }\r
 208                 }\r
 209               }\r
 210             }\r
 211           }\r
 212 \r
 213           if(sg!=null)\r
 214           for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 215           {\r
 216             SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 217             boolean found = false;\r
 218             int sno = -1;\r
 219             for (int k = 0; k < av.getAlignment().getHeight(); k++)\r
 220             {\r
 221               if (av.getAlignment().getSequenceAt(k) == s)\r
 222               {\r
 223                 found = true;\r
 224                 sno = k;\r
 225                 break;\r
 226               }\r
 227             }\r
 228             if (found && sno != -1) {\r
 229               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 230               {\r
 231                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 232                   insertChar(j,sno);\r
 233 \r
 234                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 235                 if (index != -1)\r
 236                   drawChars(index,index+1,lastres);\r
 237 \r
 238 \r
 239               } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 240               {\r
 241                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 242                 {\r
 243                   deleteChar(j,res,sno);\r
 244                   startres = res;\r
 245                 }\r
 246                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 247                 if (index != -1)\r
 248                   drawChars(index,index+1,res);\r
 249 \r
 250               }\r
 251             }\r
 252 \r
 253           }\r
 254           lastres = res;\r
 255         } else {\r
 256 \r
 257 \r
 258           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres) {\r
 259             // dragging to the right\r
 260             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 261               insertChar(j,startseq);\r
 262 \r
 263             drawChars(startseq,startseq+1,lastres);\r
 264 \r
 265           } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 266           {\r
 267 \r
 268             // dragging to the left\r
 269             for (int j = res; j < lastres; j++) {\r
 270               deleteChar(j,res,startseq);\r
 271               startres = res;\r
 272             }\r
 273             drawChars(startseq,startseq+1,res);\r
 274           }\r
 275         }\r
 276       }\r
 277       lastres = res;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     repaint();\r
 281     return;\r
 282   }\r
 283 \r
 284   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 285     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 286     repaint();\r
 287   }\r
 288 \r
 289   public void insertChar(int j, int seq)\r
 290   {\r
 291     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 292     seqEditOccurred=seq;\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void deleteChar(int j, int res, int seq)\r
 296   {\r
 297 \r
 298     if (av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='.' ||\r
 299         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='-' ||\r
 300         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)==' ' )\r
 301     {\r
 302         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 303     }\r
 304 \r
 305     av.getAlignment().getWidth();\r
 306     repaint();\r
 307     seqEditOccurred=seq;\r
 308   }\r
 309 \r
 310 \r
 311   void updateConservation(int i)\r
 312   {\r
 313   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 314     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 315     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 316       return;\r
 317 \r
 318     Conservation c = sg.getConservation();\r
 319 \r
 320     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 321                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 322                          al.getWidth());\r
 323     c.calculate();\r
 324     c.verdict(false, 100);\r
 325     sg.setConservation(c);\r
 326     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 327     ccs.conserve = c;*/\r
 328   }\r
 329 \r
 330   int oldSeq = -1;\r
 331 \r
 332   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 333   {\r
 334     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 335     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 336     oldSeq = seq;\r
 337 \r
 338     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 339 \r
 340     if(stretchGroup == null)\r
 341         stretchGroup = av.alignment.findGroup((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 342 \r
 343     else if(!stretchGroup.sequences.contains((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq))\r
 344             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 345             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 346      {\r
 347        stretchGroup = null;\r
 348      }\r
 349 \r
 350     if(stretchGroup==null)\r
 351     {\r
 352       // define a new group here\r
 353       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 354       sg.setStartRes(res);\r
 355       sg.setEndRes(res);\r
 356       sg.addSequence( (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq) );\r
 357       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 358       stretchGroup = sg;\r
 359     }\r
 360     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 361     {\r
 362         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( av , this);\r
 363         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 364 \r
 365     // edit the properties of existing group\r
 366     }\r
 367 \r
 368     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 369       // Edit end res position of selected group\r
 370       changeEndRes = true;\r
 371 \r
 372    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 373       // Edit end res position of selected group\r
 374       changeStartRes = true;\r
 375 \r
 376 \r
 377     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 378     repaint();\r
 379 \r
 380 \r
 381   }\r
 382 \r
 383   boolean changeEndSeq = false;\r
 384   boolean changeStartSeq = false;\r
 385   boolean changeEndRes = false;\r
 386   boolean changeStartRes = false;\r
 387   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 388 \r
 389   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 390   {\r
 391     changeEndRes = false;\r
 392     changeStartRes = false;\r
 393     stretchGroup = null;\r
 394   }\r
 395 \r
 396 \r
 397   boolean remove = false;\r
 398   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 399   {\r
 400     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 401     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 402 \r
 403 \r
 404     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 405       // Edit end res position of selected group\r
 406       changeEndRes = true;\r
 407 \r
 408     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 409       // Edit end res position of selected group\r
 410       changeStartRes = true;\r
 411 \r
 412 \r
 413     if(res<av.getStartRes())\r
 414       res = av.getStartRes();\r
 415     else if(res>av.getEndRes())\r
 416       res = av.getEndRes();\r
 417 \r
 418     if(changeEndRes)\r
 419     {\r
 420       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 421         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 422     }\r
 423     else if(changeStartRes)\r
 424     {\r
 425       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 426         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 427     }\r
 428 \r
 429 \r
 430     int dragDirection = 0;\r
 431     if (y > oldSeq)\r
 432       dragDirection = 1;\r
 433     else if (y < oldSeq)\r
 434       dragDirection = -1;\r
 435 \r
 436     while (y != oldSeq)\r
 437     {\r
 438       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 439       // selection is quite slow.\r
 440       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 441 \r
 442       oldSeq += dragDirection;\r
 443       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 444 \r
 445       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 446       {\r
 447         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 448         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 449       }\r
 450       else\r
 451       {\r
 452         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 453         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 454       }\r
 455     }\r
 456     oldSeq = y;\r
 457 \r
 458     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 459     repaint();\r
 460   }\r
 461 \r
 462 \r
 463 }\r
 464 \r
 465 \r
 466 \r
 467 \r