src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import MCview.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  31 import java.io.File;
  32 import jalview.io.*;
  33 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  34 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  35 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Dimension;
  41
  42 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  43 {
  44   // ASequenceFetcher sfetch;
  45   JInternalFrame frame;
  46
  47   IProgressIndicator guiWindow;
  48
  49   AlignFrame alignFrame;
  50
  51   StringBuffer result;
  52
  53   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  54
  55   Hashtable sources = new Hashtable();
  56
  57   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  58
  59   private static String dasRegistry = null;
  60
  61   /**
  62    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  63    * SequenceFetcher client
  64    *
  65    * @param guiWindow
  66    *          - where the initialisation delay message should be shown
  67    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  68    */
  69   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  70           final IProgressIndicator guiWindow)
  71   {
  72     if (sfetch == null
  73             || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
  74     {
  75       /**
  76        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
  77        */
  78       if (guiWindow != null)
  79       {
  80         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
  81                 Thread.currentThread().hashCode());
  82       }
  83       dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
  84       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
  85       if (guiWindow != null)
  86       {
  87         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
  88                 Thread.currentThread().hashCode());
  89       }
  90       sfetch = sf;
  91
  92     }
  93     return sfetch;
  94   }
  95
  96   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
  97   {
  98     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
  99     final SequenceFetcher us = this;
 100     // launch initialiser thread
 101     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 102     {
 103
 104       public void run()
 105       {
 106         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 107         {
 108           us.initGui(guiWindow);
 109         }
 110         else
 111         {
 112           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 113           {
 114             public void run()
 115             {
 116               JOptionPane
 117                       .showInternalMessageDialog(
 118                               Desktop.desktop,
 119                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 120                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 121                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 122             }
 123           });
 124
 125           // raise warning dialog
 126         }
 127       }
 128     });
 129     sf.start();
 130   }
 131
 132   /**
 133    * called by thread spawned by constructor
 134    *
 135    * @param guiWindow
 136    */
 137   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 138   {
 139     this.guiWindow = guiWindow;
 140     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 141     {
 142       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 143     }
 144
 145     database.addItem(noDbSelected);
 146     /*
 147      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 148      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 149      * identical DB sources, and should be collapsed.
 150      */
 151
 152     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 153     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 154     {
 155       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 156       {
 157         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 158         // duplicate source names are thrown away, here.
 159         if (!sources.containsKey(name))
 160         {
 161           database.addItem(name);
 162         }
 163         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 164         sources.put(name, dbs[i]);
 165       }
 166     }
 167     try
 168     {
 169       jbInit();
 170     } catch (Exception ex)
 171     {
 172       ex.printStackTrace();
 173     }
 174
 175     frame = new JInternalFrame();
 176     frame.setContentPane(this);
 177     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 178     {
 179       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 180     }
 181     else
 182     {
 183       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 140);
 184     }
 185   }
 186
 187   private String getFrameTitle()
 188   {
 189     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 190             + "Sequence Fetcher";
 191   }
 192
 193   private void jbInit() throws Exception
 194   {
 195     this.setLayout(borderLayout2);
 196
 197     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 198     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 199     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 200     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 201     jLabel1
 202             .setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 203     ok.setText("OK");
 204     ok.addActionListener(new ActionListener()
 205     {
 206       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 207       {
 208         ok_actionPerformed();
 209       }
 210     });
 211     clear.setText("Clear");
 212     clear.addActionListener(new ActionListener()
 213     {
 214       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 215       {
 216         clear_actionPerformed();
 217       }
 218     });
 219
 220     example.setText("Example");
 221     example.addActionListener(new ActionListener()
 222     {
 223       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 224       {
 225         example_actionPerformed();
 226       }
 227     });
 228     close.setText("Close");
 229     close.addActionListener(new ActionListener()
 230     {
 231       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 232       {
 233         close_actionPerformed(e);
 234       }
 235     });
 236     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 237     textArea.setLineWrap(true);
 238     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 239     {
 240       public void keyPressed(KeyEvent e)
 241       {
 242         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 243           ok_actionPerformed();
 244       }
 245     });
 246     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 247     borderLayout1.setVgap(5);
 248     jPanel1.add(ok);
 249     jPanel1.add(example);
 250     jPanel1.add(clear);
 251     jPanel1.add(close);
 252     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 253     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 254
 255     database.addActionListener(new ActionListener()
 256     {
 257
 258       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 259       {
 260         DbSourceProxy db = null;
 261         try
 262         {
 263           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 264                   .getSelectedItem()));
 265           dbeg.setText("Example query: " + db.getTestQuery());
 266         } catch (Exception ex)
 267         {
 268           dbeg.setText("");
 269         }
 270         jPanel2.repaint();
 271       }
 272     });
 273     dbeg.setText("");
 274     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 275     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 276     jPanel2.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 277     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 278     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 279     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 280     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 281     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 282     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 283
 284   }
 285
 286   protected void example_actionPerformed()
 287   {
 288     DbSourceProxy db = null;
 289     try
 290     {
 291       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 292               .getSelectedItem()));
 293       textArea.setText(db.getTestQuery());
 294     } catch (Exception ex)
 295     {
 296     }
 297     jPanel3.repaint();
 298   }
 299
 300   protected void clear_actionPerformed()
 301   {
 302     textArea.setText("");
 303     jPanel3.repaint();
 304   }
 305
 306   JLabel dbeg = new JLabel();
 307
 308   JComboBox database = new JComboBox();
 309
 310   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 311
 312   JButton ok = new JButton();
 313
 314   JButton clear = new JButton();
 315
 316   JButton example = new JButton();
 317
 318   JButton close = new JButton();
 319
 320   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 321
 322   JTextArea textArea = new JTextArea();
 323
 324   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 325
 326   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 327
 328   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 329
 330   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 331
 332   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 333
 334   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 335
 336   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 337
 338   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 339   {
 340     try
 341     {
 342       frame.setClosed(true);
 343     } catch (Exception ex)
 344     {
 345     }
 346   }
 347
 348   public void ok_actionPerformed()
 349   {
 350     database.setEnabled(false);
 351     textArea.setEnabled(false);
 352     ok.setEnabled(false);
 353     close.setEnabled(false);
 354
 355     Thread worker = new Thread(this);
 356     worker.start();
 357   }
 358
 359   private void resetDialog()
 360   {
 361     database.setEnabled(true);
 362     textArea.setEnabled(true);
 363     ok.setEnabled(true);
 364     close.setEnabled(true);
 365   }
 366
 367   public void run()
 368   {
 369     String error = "";
 370     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 371     {
 372       error += "Please select the source database\n";
 373     }
 374     // TODO: make this transformation optional and configurable
 375     com.stevesoft.pat.Regex empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 376             "(\\s|[,; ])+", ";"); // \\s+", "");
 377     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 378     // see if there's anthing to search with
 379     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 380             .getText()))
 381     {
 382       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 383     }
 384     if (error.length() > 0)
 385     {
 386       showErrorMessage(error);
 387       resetDialog();
 388       return;
 389     }
 390     AlignmentI aresult = null;
 391     Object source = database.getSelectedItem();
 392     Enumeration en = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 393     try
 394     {
 395       guiWindow.setProgressBar("Fetching Sequences from "
 396               + database.getSelectedItem(), Thread.currentThread()
 397               .hashCode());
 398       DbSourceProxy proxy = sfetch.getSourceProxy((String) sources
 399               .get(source));
 400       if (proxy.getAccessionSeparator() == null)
 401       {
 402         while (en.hasMoreElements())
 403         {
 404           String item = (String) en.nextElement();
 405           try
 406           {
 407             if (aresult != null)
 408             {
 409               try
 410               {
 411                 // give the server a chance to breathe
 412                 Thread.sleep(5);
 413               } catch (Exception e)
 414               {
 415                 //
 416               }
 417
 418             }
 419
 420             AlignmentI indres = null;
 421             try
 422             {
 423               indres = proxy.getSequenceRecords(item);
 424             } catch (OutOfMemoryError oome)
 425             {
 426               new OOMWarning(
 427                       "fetching " + item + " from "
 428                               + database.getSelectedItem(),oome,
 429                       this);
 430             }
 431             if (indres != null)
 432             {
 433               if (aresult == null)
 434               {
 435                 aresult = indres;
 436               }
 437               else
 438               {
 439                 aresult.append(indres);
 440               }
 441             }
 442           } catch (Exception e)
 443           {
 444             jalview.bin.Cache.log.info("Error retrieving " + item
 445                     + " from " + source, e);
 446           }
 447         }
 448       }
 449       else
 450       {
 451         StringBuffer multiacc = new StringBuffer();
 452         while (en.hasMoreElements())
 453         {
 454           multiacc.append(en.nextElement());
 455           if (en.hasMoreElements())
 456           {
 457             multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 458           }
 459         }
 460         try
 461         {
 462           aresult = proxy.getSequenceRecords(multiacc.toString());
 463         } catch (OutOfMemoryError oome)
 464         {
 465           new OOMWarning(
 466                   "fetching " + multiacc + " from "
 467                           + database.getSelectedItem(),oome,
 468                   this);
 469         }
 470
 471
 472       }
 473
 474     } catch (Exception e)
 475     {
 476       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 477               + database.getSelectedItem());
 478       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 479       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 480               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 481               + textArea.getText() + "'\n");
 482       e.printStackTrace();
 483     } catch (OutOfMemoryError e)
 484     {
 485       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 486       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 487               + textArea.getText()
 488               + " from "
 489               + database.getSelectedItem()
 490               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 491       e.printStackTrace();
 492     } catch (Error e)
 493     {
 494       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 495               + " from " + database.getSelectedItem());
 496       e.printStackTrace();
 497     }
 498     if (aresult != null)
 499     {
 500       parseResult(aresult, null, null);
 501     }
 502     // only remove visual delay after we finished parsing.
 503     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 504     resetDialog();
 505   }
 506
 507   /*
 508    * result = new StringBuffer(); if
 509    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 510    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 511    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 512    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 513    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 514    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 515    *
 516    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 517    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch
 518    * = new EBIFetchClient(); String qry =
 519    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 520    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 521    *
 522    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 523    * reply.exists()) { efile =
 524    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null)
 525    * { for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 526    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 527    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 528    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 529    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 530    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 531    *
 532    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 533    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 534    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 535    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 536    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 537    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 538    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 539    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 540    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 541    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 542    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 543    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 544    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 545    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int
 546    * j=0;j<seqparts.length; i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; }
 547    * seqs=newseqs; } result.append("# Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); }
 548    * } if (seqs != null && seqs.length > 0) { if (parseResult(new
 549    * Alignment(seqs), null, null)!=null) { result.append( "# Successfully parsed
 550    * the PDB File Queries into an
 551    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 552    * try { result.append(new FastaFile(
 553    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 554    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 555    *
 556    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 557    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 558    * result = null; } }
 559    *
 560    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 561    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem());
 562    * }
 563    *
 564    * resetDialog(); return; }
 565    *
 566    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 567    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 568    *
 569    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 570    * dbref.getUniprotEntries(file);
 571    *
 572    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 573    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 574    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 575    *
 576    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 577    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 578    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 579    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 580    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 581    *
 582    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 583    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 584    *
 585    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 586    * "\n"); }
 587    *
 588    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 589    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 590    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 591    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 592    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 593    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 594    *
 595    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 596    *
 597    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 598    * (en2.hasMoreElements()) {
 599    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 600    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 601    *
 602    *
 603    *
 604    *
 605    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 606    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 607    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 608    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 609    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } }
 610    * }
 611    *
 612    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 613    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 614    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 615    *
 616    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 617    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file
 618    * == null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 619    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 620    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 621    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 622    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 623    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 624    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 625    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 626    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 627    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 628    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 629    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 630    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 631    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 632    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source
 633    * // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 634    * information DBRefEntry dbentry = new
 635    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 636    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 637    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 638    *
 639    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 640    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 641    * { jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 642    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 643    * null; }
 644    *
 645    *
 646    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 647    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 648    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 649    */
 650   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 651   {
 652     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 653     Alignment sequences = null;
 654     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 655     {
 656       sequences = null;
 657       try
 658       {
 659         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 660                 "Paste", format);
 661       } catch (Exception ex)
 662       {
 663       }
 664
 665       if (sequences != null)
 666       {
 667         return parseResult(sequences, title, format);
 668       }
 669     }
 670     else
 671     {
 672       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 673               + database.getSelectedItem());
 674     }
 675
 676     return null;
 677   }
 678
 679   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 680           String currentFileFormat)
 681   {
 682
 683     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 684     {
 685       if (alignFrame == null)
 686       {
 687         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 688                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 689         if (currentFileFormat != null)
 690         {
 691           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 692           // FORMAT FOR
 693           // NON-FormatAdapter Sourced
 694           // Alignments?
 695         }
 696
 697         if (title == null)
 698         {
 699           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 700         }
 701         SequenceFeature[] sfs = null;
 702         for (Enumeration sq = al.getSequences().elements(); sq
 703                 .hasMoreElements();)
 704         {
 705           if ((sfs = ((SequenceI) sq.nextElement()).getDatasetSequence()
 706                   .getSequenceFeatures()) != null)
 707           {
 708             if (sfs.length > 0)
 709             {
 710               af.setShowSeqFeatures(true);
 711               break;
 712             }
 713           }
 714
 715         }
 716         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 717                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 718
 719         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 720
 721         try
 722         {
 723           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 724                   false));
 725         } catch (Exception ex)
 726         {
 727         }
 728       }
 729       else
 730       {
 731         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 732         {
 733           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 734           // also
 735           // creates
 736           // dataset
 737           // sequence
 738           // entries
 739         }
 740         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 741                 .getHeight());
 742         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 743         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 744                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 745       }
 746     }
 747     return al;
 748   }
 749
 750   void showErrorMessage(final String error)
 751   {
 752     resetDialog();
 753     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 754     {
 755       public void run()
 756       {
 757         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 758                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 759       }
 760     });
 761   }
 762 }