src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import MCview.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  32 import java.io.File;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  35 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  37 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  38
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Dimension;
  42
  43 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  44 {
  45   // ASequenceFetcher sfetch;
  46   JInternalFrame frame;
  47
  48   IProgressIndicator guiWindow;
  49
  50   AlignFrame alignFrame;
  51
  52   StringBuffer result;
  53
  54   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  55
  56   Hashtable sources = new Hashtable();
  57
  58   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  59
  60   private static String dasRegistry = null;
  61
  62   /**
  63    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  64    * SequenceFetcher client
  65    *
  66    * @param guiWindow -
  67    *                where the initialisation delay message should be shown
  68    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  69    */
  70   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  71           final IProgressIndicator guiWindow)
  72   {
  73     if (sfetch == null
  74             || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
  75     {
  76       /**
  77        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
  78        */
  79       if (guiWindow != null)
  80       {
  81         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
  82                 Thread.currentThread().hashCode());
  83       }
  84       dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
  85       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
  86       if (guiWindow != null)
  87       {
  88         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
  89                 Thread.currentThread().hashCode());
  90       }
  91       sfetch = sf;
  92
  93     }
  94     return sfetch;
  95   }
  96
  97   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
  98   {
  99     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
 100     final SequenceFetcher us = this;
 101     // launch initialiser thread
 102     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 103     {
 104
 105       public void run()
 106       {
 107         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 108         {
 109           us.initGui(guiWindow);
 110         }
 111         else
 112         {
 113           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 114           {
 115             public void run()
 116             {
 117               JOptionPane
 118                       .showInternalMessageDialog(
 119                               Desktop.desktop,
 120                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 121                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 122                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 123             }
 124           });
 125
 126           // raise warning dialog
 127         }
 128       }
 129     });
 130     sf.start();
 131   }
 132
 133   /**
 134    * called by thread spawned by constructor
 135    *
 136    * @param guiWindow
 137    */
 138   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 139   {
 140     this.guiWindow = guiWindow;
 141     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 142     {
 143       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 144     }
 145
 146     database.addItem(noDbSelected);
 147     /*
 148      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 149      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 150      * identical DB sources, and should be collapsed.
 151      */
 152
 153     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 154     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 155     {
 156       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 157       {
 158         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 159         // duplicate source names are thrown away, here.
 160         if (!sources.containsKey(name))
 161         {
 162           database.addItem(name);
 163         }
 164         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 165         sources.put(name, dbs[i]);
 166       }
 167     }
 168     try
 169     {
 170       jbInit();
 171     } catch (Exception ex)
 172     {
 173       ex.printStackTrace();
 174     }
 175
 176     frame = new JInternalFrame();
 177     frame.setContentPane(this);
 178     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 179     {
 180       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 181     }
 182     else
 183     {
 184       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 140);
 185     }
 186   }
 187
 188   private String getFrameTitle()
 189   {
 190     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 191             + "Sequence Fetcher";
 192   }
 193
 194   private void jbInit() throws Exception
 195   {
 196     this.setLayout(borderLayout2);
 197
 198     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 199     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 200     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 201     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 202     jLabel1
 203             .setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 204     ok.setText("OK");
 205     ok.addActionListener(new ActionListener()
 206     {
 207       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 208       {
 209         ok_actionPerformed();
 210       }
 211     });
 212     clear.setText("Clear");
 213     clear.addActionListener(new ActionListener()
 214     {
 215       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 216       {
 217         clear_actionPerformed();
 218       }
 219     });
 220
 221     example.setText("Example");
 222     example.addActionListener(new ActionListener()
 223     {
 224       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 225       {
 226         example_actionPerformed();
 227       }
 228     });
 229     close.setText("Close");
 230     close.addActionListener(new ActionListener()
 231     {
 232       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 233       {
 234         close_actionPerformed(e);
 235       }
 236     });
 237     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 238     textArea.setLineWrap(true);
 239     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 240     {
 241       public void keyPressed(KeyEvent e)
 242       {
 243         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 244           ok_actionPerformed();
 245       }
 246     });
 247     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 248     borderLayout1.setVgap(5);
 249     jPanel1.add(ok);
 250     jPanel1.add(example);
 251     jPanel1.add(clear);
 252     jPanel1.add(close);
 253     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 254     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 255
 256     database.addActionListener(new ActionListener()
 257     {
 258
 259       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 260       {
 261         DbSourceProxy db = null;
 262         try
 263         {
 264           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 265                   .getSelectedItem()));
 266           dbeg.setText("Example query: " + db.getTestQuery());
 267         } catch (Exception ex)
 268         {
 269           dbeg.setText("");
 270         }
 271         jPanel2.repaint();
 272       }
 273     });
 274     dbeg.setText("");
 275     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 276     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 277     jPanel2.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 278     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 279     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 280     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 281     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 282     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 283     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 284
 285   }
 286
 287   protected void example_actionPerformed()
 288   {
 289     DbSourceProxy db = null;
 290     try
 291     {
 292       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 293               .getSelectedItem()));
 294       textArea.setText(db.getTestQuery());
 295     } catch (Exception ex)
 296     {
 297     }
 298     jPanel3.repaint();
 299   }
 300
 301   protected void clear_actionPerformed()
 302   {
 303     textArea.setText("");
 304     jPanel3.repaint();
 305   }
 306
 307   JLabel dbeg = new JLabel();
 308
 309   JComboBox database = new JComboBox();
 310
 311   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 312
 313   JButton ok = new JButton();
 314
 315   JButton clear = new JButton();
 316
 317   JButton example = new JButton();
 318
 319   JButton close = new JButton();
 320
 321   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 322
 323   JTextArea textArea = new JTextArea();
 324
 325   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 326
 327   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 328
 329   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 330
 331   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 332
 333   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 334
 335   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 336
 337   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 338
 339   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 340   {
 341     try
 342     {
 343       frame.setClosed(true);
 344     } catch (Exception ex)
 345     {
 346     }
 347   }
 348
 349   public void ok_actionPerformed()
 350   {
 351     database.setEnabled(false);
 352     textArea.setEnabled(false);
 353     ok.setEnabled(false);
 354     close.setEnabled(false);
 355
 356     Thread worker = new Thread(this);
 357     worker.start();
 358   }
 359
 360   private void resetDialog()
 361   {
 362     database.setEnabled(true);
 363     textArea.setEnabled(true);
 364     ok.setEnabled(true);
 365     close.setEnabled(true);
 366   }
 367
 368   public void run()
 369   {
 370     String error = "";
 371     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 372     {
 373       error += "Please select the source database\n";
 374     }
 375     com.stevesoft.pat.Regex empty = new com.stevesoft.pat.Regex("\\s+", "");
 376     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 377     if (textArea.getText().length() == 0)
 378     {
 379       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 380     }
 381     if (error.length() > 0)
 382     {
 383       showErrorMessage(error);
 384       resetDialog();
 385       return;
 386     }
 387     AlignmentI aresult = null;
 388     Object source = database.getSelectedItem();
 389     Enumeration en = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 390     try
 391     {
 392       guiWindow.setProgressBar("Fetching Sequences from "
 393               + database.getSelectedItem(), Thread.currentThread()
 394               .hashCode());
 395       DbSourceProxy proxy = sfetch.getSourceProxy(
 396               (String) sources.get(source));
 397       if (proxy.getAccessionSeparator()==null)
 398       {
 399         while (en.hasMoreElements())
 400         {
 401           String item = (String) en.nextElement();
 402           try {
 403             if (aresult!=null)
 404             {
 405               try {
 406                 // give the server a chance to breathe
 407                 Thread.sleep(5);
 408               } catch (Exception e)
 409               {
 410                 //
 411               }
 412
 413             }
 414             AlignmentI indres = proxy.getSequenceRecords(item);
 415             if (indres!=null)
 416             {
 417               if (aresult == null)
 418               {
 419                 aresult = indres;
 420               } else {
 421                 aresult.append(indres);
 422               }
 423             }
 424           } catch (Exception e)
 425           {
 426             jalview.bin.Cache.log.info("Error retrieving "+item+" from "+source,e);
 427           }
 428         }
 429       } else {
 430         StringBuffer multiacc = new StringBuffer();
 431         while (en.hasMoreElements())
 432         {
 433           multiacc.append(en.nextElement());
 434           if (en.hasMoreElements())
 435           {
 436             multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 437           }
 438         }
 439         aresult = proxy
 440               .getSequenceRecords(multiacc.toString());
 441       }
 442
 443     } catch (Exception e)
 444     {
 445       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 446               + database.getSelectedItem());
 447       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 448       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 449               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 450               + textArea.getText() + "'\n");
 451       e.printStackTrace();
 452     } catch (OutOfMemoryError e)
 453     {
 454       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 455       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 456               + textArea.getText()
 457               + " from "
 458               + database.getSelectedItem()
 459               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 460       e.printStackTrace();
 461     } catch (Error e)
 462     {
 463       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 464               + " from " + database.getSelectedItem());
 465       e.printStackTrace();
 466     }
 467     if (aresult != null)
 468     {
 469       parseResult(aresult, null, null);
 470     }
 471     // only remove visual delay after we finished parsing.
 472     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 473     resetDialog();
 474   }
 475
 476   /*
 477    * result = new StringBuffer(); if
 478    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 479    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 480    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 481    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 482    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 483    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 484    *
 485    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 486    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch =
 487    * new EBIFetchClient(); String qry =
 488    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 489    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 490    *
 491    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 492    * reply.exists()) { efile =
 493    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null) {
 494    * for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 495    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 496    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 497    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 498    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 499    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 500    *
 501    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 502    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 503    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 504    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 505    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 506    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 507    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 508    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 509    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 510    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 511    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 512    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 513    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 514    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int j=0;j<seqparts.length;
 515    * i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; } seqs=newseqs; } result.append("#
 516    * Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); } } if (seqs != null &&
 517    * seqs.length > 0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null) {
 518    * result.append( "# Successfully parsed the PDB File Queries into an
 519    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 520    * try { result.append(new FastaFile(
 521    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 522    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 523    *
 524    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 525    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 526    * result = null; } }
 527    *
 528    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 529    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()); }
 530    *
 531    * resetDialog(); return; }
 532    *
 533    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 534    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 535    *
 536    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 537    * dbref.getUniprotEntries(file);
 538    *
 539    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 540    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 541    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 542    *
 543    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 544    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 545    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 546    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 547    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 548    *
 549    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 550    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 551    *
 552    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 553    * "\n"); }
 554    *
 555    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 556    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 557    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 558    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 559    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 560    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 561    *
 562    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 563    *
 564    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 565    * (en2.hasMoreElements()) {
 566    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 567    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 568    *
 569    *
 570    *
 571    *
 572    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 573    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 574    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 575    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 576    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } } }
 577    *
 578    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 579    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 580    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 581    *
 582    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 583    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file ==
 584    * null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 585    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 586    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 587    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 588    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 589    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 590    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 591    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 592    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 593    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 594    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 595    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 596    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 597    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 598    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source //
 599    * JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 600    * information DBRefEntry dbentry = new
 601    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 602    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 603    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 604    *
 605    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 606    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file {
 607    * jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 608    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 609    * null; }
 610    *
 611    *
 612    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 613    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 614    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 615    */
 616   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 617   {
 618     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 619     Alignment sequences = null;
 620     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 621     {
 622       sequences = null;
 623       try
 624       {
 625         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 626                 "Paste", format);
 627       } catch (Exception ex)
 628       {
 629       }
 630
 631       if (sequences != null)
 632       {
 633         return parseResult(sequences, title, format);
 634       }
 635     }
 636     else
 637     {
 638       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 639               + database.getSelectedItem());
 640     }
 641
 642     return null;
 643   }
 644
 645   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 646           String currentFileFormat)
 647   {
 648
 649     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 650     {
 651       if (alignFrame == null)
 652       {
 653         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 654                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 655         if (currentFileFormat != null)
 656         {
 657           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 658           // FORMAT FOR
 659           // NON-FormatAdapter Sourced
 660           // Alignments?
 661         }
 662
 663         if (title == null)
 664         {
 665           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 666         }
 667         SequenceFeature[] sfs=null;
 668         for (Enumeration sq=al.getSequences().elements(); sq.hasMoreElements();)
 669         {
 670           if ((sfs=((SequenceI)sq.nextElement()).getDatasetSequence().getSequenceFeatures())!=null)
 671           {
 672             if (sfs.length>0)
 673             {
 674               af.setShowSeqFeatures(true);
 675               break;
 676             }
 677           }
 678
 679         }
 680         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 681                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 682
 683         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 684
 685         try
 686         {
 687           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 688                   false));
 689         } catch (Exception ex)
 690         {
 691         }
 692       }
 693       else
 694       {
 695         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 696         {
 697           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 698           // also
 699           // creates
 700           // dataset
 701           // sequence
 702           // entries
 703         }
 704         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 705                 .getHeight());
 706         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 707         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 708                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 709       }
 710     }
 711     return al;
 712   }
 713
 714   void showErrorMessage(final String error)
 715   {
 716     resetDialog();
 717     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 718     {
 719       public void run()
 720       {
 721         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 722                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 723       }
 724     });
 725   }
 726 }