src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 \r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
  10 {\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13 \r
  14   public void renderGaps(boolean b)\r
  15   {\r
  16     renderGaps = b;\r
  17   }\r
  18 \r
  19   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  20   {\r
  21    Color c = Color.white;\r
  22     try{\r
  23        c = cs.findColour(seq, seq.getSequence(i, i + 1), i, null);\r
  24     }catch(Exception ex){}\r
  25 \r
  26     return c;\r
  27   }\r
  28 \r
  29 \r
  30   public void drawSequence(Graphics g,ColourSchemeI cs,SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, double width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText, boolean colourText,Vector freq, int seqnum) {\r
  31 \r
  32 \r
  33     if (displayBoxes)\r
  34         drawBoxes(g,cs,seq,start,end,x1,y1,(int)width, height,freq);\r
  35 \r
  36     if (displayText)\r
  37     {\r
  38         fm = g.getFontMetrics();\r
  39         drawText(g,cs,colourText,seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  40     }\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void drawBoxes(Graphics g,ColourSchemeI cs, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  44     int i      = start;\r
  45     int length = seq.getLength();\r
  46 \r
  47     Color currentColor = Color.WHITE;\r
  48 \r
  49     int curStart = x1;\r
  50     int curWidth = width;\r
  51 \r
  52   //  int threshold = 80;\r
  53 \r
  54     while (i <= end && i < length) {\r
  55       Color c = getResidueBoxColour(cs,seq,i);\r
  56 \r
  57     //  Hashtable hash  = (Hashtable)freq.elementAt(i-start);\r
  58     //  String    s     = (String)hash.get("maxResidue");\r
  59     //  int       count = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  60   //    int       max   = ((Integer)hash.get("size")).intValue();\r
  61    //   int       nongap = ((Integer)hash.get("nongap")).intValue();\r
  62    //   float     frac  = (float)(count*1.0/(1.0*nongap));\r
  63 \r
  64       //System.out.println("Frac/count/nongap " + frac + " " + count + " " + nongap);\r
  65     /*  if (!seq.getSequence().substring(i,i+1).equals(s) ||\r
  66           s.equals("-") ||\r
  67           s.equals(".") ||\r
  68           s.equals(" "))\r
  69       {\r
  70         c = Color.white;\r
  71       } else {\r
  72         if (frac > 0.9) {\r
  73           c = Color.red;\r
  74         } else if (frac > 0.8) {\r
  75           c = Color.orange;\r
  76         } else if (frac > 0.7) {\r
  77           c = Color.pink;\r
  78         } else if (frac > 0.5) {\r
  79           c = Color.yellow;\r
  80         } else if (frac> 0.3) {\r
  81             c = Color.lightGray;\r
  82         }\r
  83       }*/\r
  84 \r
  85       if (c != currentColor || c != null)\r
  86       {\r
  87         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  88 \r
  89         currentColor = c;\r
  90         g.setColor(c);\r
  91 \r
  92         curStart = i;\r
  93         curWidth = width;\r
  94       }\r
  95       else\r
  96         curWidth += width;\r
  97 \r
  98       i++;\r
  99     }\r
 100     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
 101   }\r
 102 \r
 103   public void drawText(Graphics g, ColourSchemeI cs, boolean colText, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 104   {\r
 105     int pady = height/5;\r
 106     int charOffset=0;\r
 107     g.setColor(Color.black);\r
 108 \r
 109     char s;\r
 110     // Need to find the sequence position here.\r
 111     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 112     {\r
 113         if(i<seq.getLength())\r
 114           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 115         else\r
 116           s = ' ';\r
 117 \r
 118         if(!renderGaps && (s=='-' || s=='.' || s==' '))\r
 119           continue;\r
 120 \r
 121         if (colText)\r
 122         {\r
 123             Color c = getResidueBoxColour(cs, seq, i);\r
 124             g.setColor(c.darker());\r
 125         }\r
 126 \r
 127       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 128 \r
 129 \r
 130       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 131     }\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void drawHighlightedText(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 135   {\r
 136     int pady = height/5;\r
 137     int charOffset=0;\r
 138     g.setColor(Color.BLACK);\r
 139     g.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 140     g.setColor(Color.white);\r
 141 \r
 142     char s='~';\r
 143     // Need to find the sequence position here.\r
 144     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 145     {\r
 146        if(i<seq.getLength())\r
 147           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 148 \r
 149       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 150       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 151     }\r
 152   }\r
 153 \r
 154 \r
 155 }\r