src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   Color resBoxColour = Color.white;\r
  15   Graphics graphics;\r
  16 \r
  17   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  18   {\r
  19     this.av = av;\r
  20   }\r
  21 \r
  22 \r
  23   public void renderGaps(boolean b)\r
  24   {\r
  25     renderGaps = b;\r
  26   }\r
  27 \r
  28   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  29   {\r
  30     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  31     return resBoxColour;\r
  32   }\r
  33 \r
  34   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  35   {\r
  36 \r
  37    if (cs != null)\r
  38        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i, av.getConsensus(false));\r
  39    else\r
  40        resBoxColour = Color.white;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height, Vector pid, int seqnum)\r
  44   {\r
  45     currentSequenceGroup = sg;\r
  46 \r
  47     graphics = g;\r
  48 \r
  49     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height, pid);\r
  50 \r
  51     fm = g.getFontMetrics();\r
  52     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  53 \r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  57     int i      = start;\r
  58     int length = seq.getLength();\r
  59 \r
  60     int curStart = x1;\r
  61     int curWidth = width;\r
  62 \r
  63     Color tempColour = Color.red;\r
  64     while (i <= end && i < length)\r
  65     {\r
  66       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  67       {\r
  68         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  69              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  70       }\r
  71       else if(av.getShowBoxes())\r
  72            getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  73 \r
  74       if (resBoxColour != tempColour)\r
  75       {\r
  76         graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  77         graphics.setColor(resBoxColour);\r
  78 \r
  79         curStart = i;\r
  80         curWidth = width;\r
  81         tempColour = resBoxColour;\r
  82 \r
  83       }\r
  84       else\r
  85         curWidth += width;\r
  86 \r
  87       i++;\r
  88     }\r
  89     graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  90   }\r
  91 \r
  92   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  93   {\r
  94     int pady = height/5;\r
  95     int charOffset=0;\r
  96     char s;\r
  97     // Need to find the sequence position here.\r
  98     for (int i = start; i <= end; i++)\r
  99     {\r
 100         if(i<seq.getLength())\r
 101           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 102         else\r
 103           s = ' ';\r
 104 \r
 105         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 106           continue;\r
 107 \r
 108         graphics.setColor(Color.black);\r
 109 \r
 110         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 111         {\r
 112           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 113             continue;\r
 114 \r
 115           if(currentSequenceGroup.getColourText())\r
 116             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 117         }\r
 118         else\r
 119         {\r
 120           if(!av.getShowText())\r
 121             continue;\r
 122 \r
 123           if(av.getColourText())\r
 124             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 125         }\r
 126 \r
 127       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 128       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 129     }\r
 130 \r
 131 \r
 132   }\r
 133 \r
 134   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 135   {\r
 136     if(currentSequenceGroup==null)\r
 137       return false;\r
 138 \r
 139     return (currentSequenceGroup.getStartRes()<=res && currentSequenceGroup.getEndRes()>=res)?true:false;\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 143   {\r
 144     int pady = height/5;\r
 145     int charOffset=0;\r
 146     graphics.setColor(Color.BLACK);\r
 147     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 148     graphics.setColor(Color.white);\r
 149 \r
 150     char s='~';\r
 151     // Need to find the sequence position here.\r
 152     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 153     {\r
 154        if(i<seq.getLength())\r
 155           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 156 \r
 157       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 158       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 159     }\r
 160   }\r
 161 \r
 162 \r
 163 }\r