If seq has a dataset, dont clear it
[jalview.git] / src / jalview / gui / SequenceRenderer.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.schemes.*;\r
24 \r
25 import java.awt.*;\r
26 \r
27 /**\r
28  * DOCUMENT ME!\r
29  *\r
30  * @author $author$\r
31  * @version $Revision$\r
32  */\r
33 public class SequenceRenderer\r
34 {\r
35     AlignViewport av;\r
36     FontMetrics fm;\r
37     boolean renderGaps = true;\r
38     SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
39     SequenceGroup[] allGroups = null;\r
40     Color resBoxColour;\r
41     Graphics graphics;\r
42     boolean monospacedFont;\r
43     boolean forOverview = false;\r
44 \r
45     /**\r
46      * Creates a new SequenceRenderer object.\r
47      *\r
48      * @param av DOCUMENT ME!\r
49      */\r
50     public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
51     {\r
52         this.av = av;\r
53     }\r
54 \r
55     /**\r
56      * DOCUMENT ME!\r
57      *\r
58      * @param b DOCUMENT ME!\r
59      */\r
60     public void prepare(Graphics g, boolean renderGaps)\r
61     {\r
62         graphics = g;\r
63         fm = g.getFontMetrics();\r
64 \r
65         // If EPS graphics, stringWidth will be a double, not an int\r
66         double dwidth = fm.getStringBounds("M", g).getWidth();\r
67 \r
68         monospacedFont =\r
69                dwidth == fm.getStringBounds("|",g).getWidth()\r
70                && av.charWidth == (int)dwidth;\r
71 \r
72         this.renderGaps = renderGaps;\r
73     }\r
74 \r
75 \r
76     public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)\r
77     {\r
78       allGroups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
79 \r
80       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
81       {\r
82         if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
83         {\r
84           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
85         }\r
86       }\r
87       else if (av.getShowBoxes())\r
88       {\r
89           getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
90       }\r
91 \r
92       return resBoxColour;\r
93     }\r
94 \r
95 \r
96     /**\r
97      * DOCUMENT ME!\r
98      *\r
99      * @param cs DOCUMENT ME!\r
100      * @param seq DOCUMENT ME!\r
101      * @param i DOCUMENT ME!\r
102      */\r
103     void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
104     {\r
105         if (cs != null)\r
106         {\r
107             resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
108         }\r
109         else if(forOverview && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))\r
110         {\r
111             resBoxColour = Color.lightGray;\r
112         }\r
113         else\r
114         {\r
115           resBoxColour = Color.white;\r
116         }\r
117     }\r
118 \r
119     /**\r
120      * DOCUMENT ME!\r
121      *\r
122      * @param g DOCUMENT ME!\r
123      * @param seq DOCUMENT ME!\r
124      * @param sg DOCUMENT ME!\r
125      * @param start DOCUMENT ME!\r
126      * @param end DOCUMENT ME!\r
127      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
128      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
129      * @param width DOCUMENT ME!\r
130      * @param height DOCUMENT ME!\r
131      */\r
132     public void drawSequence(SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
133         int start, int end, int y1)\r
134     {\r
135         allGroups = sg;\r
136 \r
137         drawBoxes(seq, start, end, y1);\r
138 \r
139         if (av.validCharWidth)\r
140           drawText(seq, start, end, y1);\r
141     }\r
142 \r
143     /**\r
144      * DOCUMENT ME!\r
145      *\r
146      * @param seq DOCUMENT ME!\r
147      * @param start DOCUMENT ME!\r
148      * @param end DOCUMENT ME!\r
149      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
150      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
151      * @param width DOCUMENT ME!\r
152      * @param height DOCUMENT ME!\r
153      */\r
154     public synchronized void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int y1)\r
155     {\r
156       int i = start;\r
157       int length = seq.getLength();\r
158 \r
159       int curStart = -1;\r
160       int curWidth = av.charWidth;\r
161 \r
162       Color tempColour = null;\r
163 \r
164       while (i <= end)\r
165       {\r
166         resBoxColour = Color.white;\r
167 \r
168         if (i < length)\r
169         {\r
170           if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
171           {\r
172             if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
173             {\r
174               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
175             }\r
176           }\r
177           else if (av.getShowBoxes())\r
178           {\r
179             getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
180           }\r
181 \r
182         }\r
183 \r
184           if (resBoxColour != tempColour)\r
185           {\r
186               if (tempColour != null)\r
187               {\r
188                   graphics.fillRect( av.charWidth * (curStart - start), y1,\r
189                       curWidth, av.charHeight);\r
190               }\r
191 \r
192               graphics.setColor(resBoxColour);\r
193 \r
194               curStart = i;\r
195               curWidth = av.charWidth;\r
196               tempColour = resBoxColour;\r
197           }\r
198           else\r
199           {\r
200               curWidth += av.charWidth;\r
201           }\r
202 \r
203           i++;\r
204       }\r
205 \r
206       graphics.fillRect( av.charWidth * (curStart - start), y1, curWidth,\r
207           av.charHeight);\r
208 \r
209     }\r
210 \r
211     /**\r
212      * DOCUMENT ME!\r
213      *\r
214      * @param seq DOCUMENT ME!\r
215      * @param start DOCUMENT ME!\r
216      * @param end DOCUMENT ME!\r
217      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
218      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
219      * @param width DOCUMENT ME!\r
220      * @param height DOCUMENT ME!\r
221      */\r
222     public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)\r
223     {\r
224       y1 += av.charHeight - av.charHeight / 5; // height/5 replaces pady\r
225       int charOffset = 0;\r
226       char s;\r
227 \r
228         if(end+1>=seq.getLength())\r
229           end = seq.getLength()-1;\r
230         graphics.setColor(Color.black);\r
231 \r
232 \r
233         if(monospacedFont && av.showText && allGroups.length==0 && !av.getColourText())\r
234         {\r
235           if(av.renderGaps)\r
236           graphics.drawString(seq.getSequence(start, end + 1), 0, y1);\r
237          else\r
238          {\r
239            char gap = av.getGapCharacter();\r
240            graphics.drawString( seq.getSequence(start, end+1).replace(gap, ' '), 0, y1);\r
241          }\r
242         }\r
243         else\r
244         {\r
245           for (int i = start; i <= end; i++)\r
246           {\r
247             graphics.setColor(Color.black);\r
248             s = seq.getCharAt(i);\r
249             if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
250             {\r
251               continue;\r
252             }\r
253 \r
254             if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
255             {\r
256               if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
257               {\r
258                 continue;\r
259               }\r
260 \r
261               if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
262               {\r
263                 getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
264                 graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
265               }\r
266             }\r
267             else\r
268             {\r
269               if (!av.getShowText())\r
270               {\r
271                 continue;\r
272               }\r
273 \r
274               if (av.getColourText())\r
275               {\r
276                 getBoxColour(av.globalColourScheme, seq, i);\r
277 \r
278                 if (av.getShowBoxes())\r
279                 {\r
280                   graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
281                 }\r
282                 else\r
283                 {\r
284                   graphics.setColor(resBoxColour);\r
285                 }\r
286               }\r
287             }\r
288 \r
289             charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
290 \r
291           //  System.out.print(s);\r
292             graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
293                                 charOffset + av.charWidth * (i - start),\r
294                                 y1);\r
295 \r
296           }\r
297         //  System.out.println("\n");\r
298         }\r
299     }\r
300 \r
301     /**\r
302      * DOCUMENT ME!\r
303      *\r
304      * @param res DOCUMENT ME!\r
305      *\r
306      * @return DOCUMENT ME!\r
307      */\r
308     boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
309     {\r
310         if (allGroups == null)\r
311         {\r
312             return false;\r
313         }\r
314 \r
315         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
316         {\r
317             if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
318                     (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
319             {\r
320                 currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
321 \r
322                 return true;\r
323             }\r
324         }\r
325 \r
326         return false;\r
327     }\r
328 \r
329     /**\r
330      * DOCUMENT ME!\r
331      *\r
332      * @param seq DOCUMENT ME!\r
333      * @param start DOCUMENT ME!\r
334      * @param end DOCUMENT ME!\r
335      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
336      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
337      * @param width DOCUMENT ME!\r
338      * @param height DOCUMENT ME!\r
339      */\r
340     public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1)\r
341     {\r
342         int pady = av.charHeight / 5;\r
343         int charOffset = 0;\r
344         graphics.setColor(Color.BLACK);\r
345         graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth * (end - start + 1), av.charHeight);\r
346         graphics.setColor(Color.white);\r
347 \r
348         char s = '~';\r
349 \r
350         // Need to find the sequence position here.\r
351         if(av.validCharWidth)\r
352         {\r
353           for (int i = start; i <= end; i++)\r
354           {\r
355             if (i < seq.getLength())\r
356             {\r
357               s = seq.getSequence().charAt(i);\r
358             }\r
359 \r
360             charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
361             graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
362                                 charOffset + x1 + (av.charWidth * (i - start)),\r
363                                 (y1 + av.charHeight) - pady);\r
364           }\r
365         }\r
366     }\r
367 \r
368     public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)\r
369     {\r
370       int pady = av.charHeight / 5;\r
371       int charOffset = 0;\r
372       graphics.setColor(Color.black);\r
373       graphics.fillRect(x1, y1, av.charWidth, av.charHeight);\r
374 \r
375       if(av.validCharWidth)\r
376       {\r
377         graphics.setColor(Color.white);\r
378 \r
379         char s = seq.getCharAt(res);\r
380 \r
381         charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(s)) / 2;\r
382         graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
383                             charOffset + x1,\r
384                             (y1 + av.charHeight) - pady);\r
385       }\r
386 \r
387     }\r
388 }\r