src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  15   Color resBoxColour;\r
  16   Graphics graphics;\r
  17 \r
  18   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  19   {\r
  20     this.av = av;\r
  21   }\r
  22 \r
  23 \r
  24   public void renderGaps(boolean b)\r
  25   {\r
  26     renderGaps = b;\r
  27   }\r
  28 \r
  29   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  30   {\r
  31     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  32     return resBoxColour;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  36   {\r
  37    if (cs != null)\r
  38        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i, av.getConsensus(false));\r
  39    else\r
  40        resBoxColour = Color.white;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height, Vector pid, int seqnum)\r
  44   {\r
  45     allGroups = sg;\r
  46 \r
  47     graphics = g;\r
  48 \r
  49     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height, pid);\r
  50 \r
  51     fm = g.getFontMetrics();\r
  52     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  53 \r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  57     int i      = start;\r
  58     int length = seq.getLength();\r
  59 \r
  60     int curStart = x1;\r
  61     int curWidth = width;\r
  62 \r
  63     Color tempColour = null;\r
  64     while (i <= end && i < length)\r
  65     {\r
  66       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  67       {\r
  68         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  69              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  70       }\r
  71       else if(av.getShowBoxes())\r
  72             getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  73       else\r
  74         resBoxColour = Color.white;\r
  75 \r
  76 \r
  77       if (resBoxColour != tempColour)\r
  78       {\r
  79         graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  80         graphics.setColor(resBoxColour);\r
  81 \r
  82         curStart = i;\r
  83         curWidth = width;\r
  84         tempColour = resBoxColour;\r
  85 \r
  86       }\r
  87       else\r
  88         curWidth += width;\r
  89 \r
  90       i++;\r
  91     }\r
  92     graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  96   {\r
  97     int pady = height/5;\r
  98     int charOffset=0;\r
  99     char s;\r
 100     // Need to find the sequence position here.\r
 101     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 102     {\r
 103         if(i<seq.getLength())\r
 104           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 105         else\r
 106           s = ' ';\r
 107 \r
 108         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 109           continue;\r
 110 \r
 111         graphics.setColor(Color.black);\r
 112 \r
 113         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 114         {\r
 115           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 116             continue;\r
 117 \r
 118             if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 119             {\r
 120               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 121               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 122             }\r
 123         }\r
 124         else\r
 125         {\r
 126           if(!av.getShowText())\r
 127             continue;\r
 128 \r
 129           if(av.getColourText())\r
 130            {\r
 131              getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 132              graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 133            }\r
 134         }\r
 135 \r
 136       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 137       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 138     }\r
 139 \r
 140 \r
 141   }\r
 142 \r
 143   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 144   {\r
 145     if(allGroups ==null)\r
 146       return false;\r
 147 \r
 148     for(int i=0; i<allGroups.length; i++)\r
 149       if(allGroups[i].getStartRes()<=res && allGroups[i].getEndRes()>=res)\r
 150       {\r
 151          currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 152          return true;\r
 153       }\r
 154 \r
 155     return false;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 159   {\r
 160     int pady = height/5;\r
 161     int charOffset=0;\r
 162     graphics.setColor(Color.BLACK);\r
 163     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 164     graphics.setColor(Color.white);\r
 165 \r
 166     char s='~';\r
 167     // Need to find the sequence position here.\r
 168     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 169     {\r
 170        if(i<seq.getLength())\r
 171           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 172 \r
 173       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 174       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 175     }\r
 176   }\r
 177 \r
 178 \r
 179 }\r