src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   Color color;\r
  15 \r
  16   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  17   {\r
  18     this.av = av;\r
  19   }\r
  20 \r
  21 \r
  22   public void renderGaps(boolean b)\r
  23   {\r
  24     renderGaps = b;\r
  25   }\r
  26 \r
  27   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  28   {\r
  29    Color c = Color.white;\r
  30     try{\r
  31        c = cs.findColour(seq, seq.getSequence(i, i + 1), i, null);\r
  32     }catch(Exception ex){}\r
  33 \r
  34     return c;\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height, Vector pid, int seqnum)\r
  38   {\r
  39     currentSequenceGroup = sg;\r
  40 \r
  41     drawBoxes(g, seq, start, end, x1, y1, (int) width, height, pid);\r
  42 \r
  43     fm = g.getFontMetrics();\r
  44     drawText(g,seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  45 \r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void drawBoxes(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  49     int i      = start;\r
  50     int length = seq.getLength();\r
  51 \r
  52     Color currentColor = Color.WHITE;\r
  53 \r
  54     int curStart = x1;\r
  55     int curWidth = width;\r
  56 \r
  57     if(currentSequenceGroup!=null && currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  58     {\r
  59       curStart = currentSequenceGroup.getStartRes();\r
  60       curWidth = currentSequenceGroup.getEndRes();\r
  61     }\r
  62 \r
  63   //  int threshold = 80;\r
  64 \r
  65     while (i <= end && i < length)\r
  66     {\r
  67       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  68       {\r
  69         color = getResidueBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  70       }\r
  71       else\r
  72         color = getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  73 \r
  74     //  Hashtable hash  = (Hashtable)freq.elementAt(i-start);\r
  75     //  String    s     = (String)hash.get("maxResidue");\r
  76     //  int       count = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  77   //    int       max   = ((Integer)hash.get("size")).intValue();\r
  78    //   int       nongap = ((Integer)hash.get("nongap")).intValue();\r
  79    //   float     frac  = (float)(count*1.0/(1.0*nongap));\r
  80 \r
  81       //System.out.println("Frac/count/nongap " + frac + " " + count + " " + nongap);\r
  82     /*  if (!seq.getSequence().substring(i,i+1).equals(s) ||\r
  83           s.equals("-") ||\r
  84           s.equals(".") ||\r
  85           s.equals(" "))\r
  86       {\r
  87         c = Color.white;\r
  88       } else {\r
  89         if (frac > 0.9) {\r
  90           c = Color.red;\r
  91         } else if (frac > 0.8) {\r
  92           c = Color.orange;\r
  93         } else if (frac > 0.7) {\r
  94           c = Color.pink;\r
  95         } else if (frac > 0.5) {\r
  96           c = Color.yellow;\r
  97         } else if (frac> 0.3) {\r
  98             c = Color.lightGray;\r
  99         }\r
 100       }*/\r
 101 \r
 102       if (color != currentColor || color != null)\r
 103       {\r
 104         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
 105 \r
 106         currentColor = color;\r
 107         g.setColor(color);\r
 108 \r
 109         curStart = i;\r
 110         curWidth = width;\r
 111       }\r
 112       else\r
 113         curWidth += width;\r
 114 \r
 115       i++;\r
 116     }\r
 117     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public void drawText(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 121   {\r
 122     int pady = height/5;\r
 123     int charOffset=0;\r
 124     g.setColor(Color.black);\r
 125 \r
 126     char s;\r
 127     // Need to find the sequence position here.\r
 128     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 129     {\r
 130         if(i<seq.getLength())\r
 131           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 132         else\r
 133           s = ' ';\r
 134 \r
 135         if(!renderGaps && (s=='-' || s=='.' || s==' '))\r
 136           continue;\r
 137 \r
 138 \r
 139         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 140         {\r
 141           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 142             continue;\r
 143 \r
 144           if(currentSequenceGroup.getColourText())\r
 145             g.setColor(getResidueBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i).darker());\r
 146         }\r
 147         else\r
 148           g.setColor(Color.black);\r
 149 \r
 150       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 151       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 152     }\r
 153 \r
 154 \r
 155   }\r
 156 \r
 157   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 158   {\r
 159     if(currentSequenceGroup==null)\r
 160       return false;\r
 161 \r
 162     return (currentSequenceGroup.getStartRes()<=res && currentSequenceGroup.getEndRes()>=res)?true:false;\r
 163   }\r
 164 \r
 165   public void drawHighlightedText(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 166   {\r
 167     int pady = height/5;\r
 168     int charOffset=0;\r
 169     g.setColor(Color.BLACK);\r
 170     g.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 171     g.setColor(Color.white);\r
 172 \r
 173     char s='~';\r
 174     // Need to find the sequence position here.\r
 175     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 176     {\r
 177        if(i<seq.getLength())\r
 178           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 179 \r
 180       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 181       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 182     }\r
 183   }\r
 184 \r
 185 \r
 186 }\r